Complete and accurate reference genomes and annotations provide fundamental tools for characterization of genetic and functional variation. These resources facilitate the determination of biological processes and support translation of research findings into improved and sustainable agricultural technologies. Many reference genomes for crop plants have been generated over the past decade, but these genomes are often fragmented and missing complex repeat regions. Here we report the assembly and annotation of a reference genome of maize, a genetic and agricultural model species, using single-molecule real-time sequencing and high-resolution optical mapping. Relative to the previous reference genome, our assembly features a 52-fold increase in contig length and notable improvements in the assembly of intergenic spaces and centromeres. Characterization of the repetitive portion of the genome revealed more than 130,000 intact transposable elements, allowing us to identify transposable element lineage expansions that are unique to maize. Gene annotations were updated using 111,000 full-length transcripts obtained by single-molecule real-time sequencing. In addition, comparative optical mapping of two other inbred maize lines revealed a prevalence of deletions in regions of low gene density and maize lineage-specific genes.
Dans ce nouveau numéro de Paris-Saclay TV vous découvrirez : - Le projet Iseult, l’aimant le plus gros du monde - Le Learning Center - La gestion des déblais sur le plateau de Saclay - Une signature pour Paris-Saclay
L’homme héberge plus de quelques 100.000 milliards de micro-organismes avec lesquels il vit en bonne intelligence. L'ensemble de ces micro-organismes non pathogènes, dits commensaux (bactéries, virus, parasites, champignons) constitue le microbiote et est aujourd’hui considéré comme un organe à part entière.
Dans l'organisme, il existe différents microbiotes : le microbiote intestinal, le microbiote de la peau, de la bouche, du vagin, etc. Ces microbiotes sont indispensables au bon fonctionnement de l’organisme ; ils jouent un rôle majeur dans les fonctions digestives, métaboliques, immunitaires et neurologiques.
La journée « microbiote et santé » organisée par la Faculté de Médecine Paris-Sud a pour objectifs de présenter les liens entre microbiote et certains groupes de maladies comme les cancers, les maladies métaboliques, les maladies inflammatoires et autoimmunes ainsi que les derniers développements diagnostiques et thérapeutiques pour mesurer et modifier le microbiote dans la prise en charge de ces différentes maladies.
L’institut thématique multiorganismes Biologie Cellulaire, Développement et Evolution (ITMO-BCDE) dispose d'un nouveau site web. Vous y trouverez un ensemble d'informations concernant les activités de l'ITMO et l'état des lieux de la biologie cellulaire en France.
La 2e édition des Rencontres de la Recherche et de l’Innovation se tiendra du 3 au 5 juillet 2017, à la Cité des Sciences et de l’Industrie de Paris. Cet événement est destiné à rassembler les acteurs français qui travaillent à l’attractivité de la France auprès des chercheurs et doctorants étrangers.
Les Echos se penchent sur « les nombreux ponts [qui] existent pour faire travailler ensemble organismes de recherche publics et entreprises privées, favoriser le transfert de technologies et accélérer l’innovation ». Le journal précise que l’Hexagone compte 14 sociétés d’accélération du transfert de technologies (SATT). Ces dernières ont « pour mission de simplifier et de professionnaliser la transformation des inventions issues de la recherche publique française », explique le quotidien. Et de préciser que parmi leurs actionnaires, figurent le CNRS, l’Inserm, les universités et autres organismes publics tels les CHU.
Maryvonne Hiance, présidente de France Biotech, l’association qui regroupe les entreprises des sciences de la vie, compte faire de la France le leader européen des biotechs et « aider nos jeunes pousses et nos PME à devenir des ETI mondiales dans les biotechs, les medtechs, le big data et la e-santé ». Avec 84 entreprises en sciences de la vie cotées sur Euronext, Paris est déjà la seconde place mondiale, derrière les Etats-Unis. Par contre, le portefeuille de médicaments en développement clinique est moins fourni en France qu’en Grande-Bretagne. L’Hexagone est également plus faible en termes de collecte des fonds. La France a cependant des atouts avec une recherche scientifique reconnue, et de 2008 à 2014, une hausse du nombre de publications médicales de 50%, souligne France Biotech.
À la suite de la décision des États-Unis de sortir de l’Accord de Paris, le Président de la République, Emmanuel MACRON a lancé, le 1er juin 2017, un appelaux chercheurs et aux enseignants, aux entrepreneurs, aux associations et aux ONG, aux étudiants et à toute la société civile à se mobiliser et à rejoindre la France pour mener la lutte contre le réchauffement climatique.
Dans un article paru le 2 juin dans Cell Death & Differentiation, l''unité de radiothérapie moléculaire UMR-S INSERM/UPSud 1030 à Gustave Roussy, associée au Labex LERMIT, vient de révéler la capacité des rayonnements ionisants à reprogrammer les macrophages associés aux tumeurs et à déclencher une voie de signalisation qui implique la NADPH oxidase 2 et la kinase ATM. La détection de cette voie de signalisation macrophagique permet de prédire la réponse à la radiothérapie des patients présentant un cancer colorectal localement avancé. Ces travaux de recherche représentent un progrès notable dans la compréhension des processus immunologiques impliqués dans la réponse à la radiothérapie.
Le Comité Départemental de la Ligue pour les Yvelines remet tous les ans un prix à deux chercheurs reconnus. Ce prix, d’un montant de 12 500 euros pour chaque équipe, est abondé par le Conseil Général du Département des Yvelines. Le Conseil Scientifique national de la Ligue contre le cancer a désigné notre collègue Mouad ALAMI, Directeur de Recherche CNRS, responsable du Laboratoire Conception et Synthèse de Molécules d'Intérêt Thérapeutique (CoSMIT) au sein de l'UMR CNRS/UPSud/UPSaclay 8076 BioCIS (Faculté de Pharmacie de Châtenay-Malabry) Lauréat du Prix 2017 pour ses travaux de recherche.
Dans un article paru le 6 juin, le Quotidien du Médecin rapporte les résultats d'une étude internationale publiée en janvier 2017 dans ACS Nano et explique que « les maladies présentent des signatures olfactives dans l’haleine, qui sont à la fois détectables et spécifiques ». 17 maladies, dont de nombreux cancers, mais aussi des pathologies digestives, ont déjà été testées. Sylvia Cohen-Kaminsky, directrice de recherche CNRS dans l'unité UMR-S 999 « Hypertension artérielle pulmonaire – Physiopathologie et innovation thérapeutique » dirigée par Marc Humbert (INSERM-UPSud-Faculté de Médecine, UPSaclay, AP-HP, Centre National de Référence de l'Hypertension Pulmonaire Sévère, DHU TORINO, Service de Pneumologie, Hôpital de Bicêtre, LabEx LERMIT), et co-auteure de l'étude, souligne : « C’est le retard diagnostic moyen de 2,8 ans et la procédure invasive par cathétérisme droit qui ont convaincu l’équipe de travailler sur la détection de la maladie à partir des composés volatils dans l’haleine ».
Contact : sylvia.cohen-kaminsky@u-psud.fr ou marc.humbert@aphp.fr
« Éclairer le débat en donnant exclusivement la parole aux universitaires », telle est l'ambition du site « The conversation » dont une version française vient d'être lancée le 21 septembre dernier.
"Make our planet great again " a tweeté Emmanuel Macron le 1er juin dernier, invitant les scientifiques du monde entier à venir en France travailler contre le réchauffement climatique. Mais le pays est-il un centre de recherche attractif? Paris-Saclay se lance de nombreux défis: le projet CLAND étudie les changements dans le cycle du carbone de la Terre en réponse aux activités humaines, l'ICE (Infrastructure pour le climat et l'environnement) rassemble les unités de recherche du LSCE (Laboratoire des sciences du climat et de l'environnement) ou encore le Labex BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat) analyse l'impact des activités humaines sur les écosystèmes.
La Société francophone Nutrition clinique et métabolisme (SFNEP) attribue 7 prix pour soutenir la réalisation de projets. Montant : de 10 000 à 15 000 € / prix.
Deux fois par semaine, Sciencetips propose une anecdote scientifique décalée et mémorable à lire en une minute. Les partenaire fondateurs de ce tout nouveau projet sont l'INSERM, le CEA, le CNES, le CNRS, Air liquide et Andra. Inscrivez-vous gratuitement à Sciencetips !
Une équipe de recherche menée par Emmanuel de Langre, professeur au Laboratoire d’hydrodynamique de l'Ecole Polytechnique-UPSaclay, vient de développer un dispositif de phénotypage des plantes sans contact et par signature vibratoire. Un brevet, en copropriété École polytechnique/CNRS/Inra, a été déposé en vue d’une future utilisation industrielle.
Le phénotypage non destructif d’une plante consiste à identifier une caractéristique physique de lots de plantes et de la suivre au cours de leur croissance. Cela permet par exemple de révéler les différences entre différents traitements expérimentaux ou entre différents génotypes. Il existe ainsi des plateformes de phénotypage haut-débit (high throughput phenotyping) qui se développent dans le monde entier, capables de traiter des centaines de plantes chaque jour et pour lesquelles des entreprises spécialisées développent des systèmes de mesure non destructifs.
Cet Appel à projets (AAP) a pour objectif de financer des projets de démonstrateurs et briques technologiques dans le domaine de la chimie du végétal et des matériaux biosourcés, afin de permettre le développement de ces filières.
Summary paragraph: The centriole is a subcellular organelle that forms the core of cilium and the centrosome, a center for microtubule organization. Paternal centrioles are essential for embryo development in most animals, including humans, other mammals, and insects. However, paternal centrioles undergo a process resulting in the loss of many proteins and structural characteristics during sperm differentiation. Therefore, the origin of the embryo centrioles is unknown. The Avidor-Reiss lab identified a novel atypical form of sperm centrioles that may resolve this enigma.
La Fondation Louis D. récompense chaque année par deux Grands Prix et plusieurs subventions des associations, des fondations, des personnes morales ou des organisations non gouvernementales menant une action à caractère caritatif ou culturel, ou dont le but est d’encourager la recherche scientifique. Tatiana Giraud (laboratoire Ecologie, Systématique, Evolution - ESE, Univ Paris-Sud-CNRS-AgroParisTech et Université Paris-Saclay) a obtenu ce prix pour ses travaux de recherche concernant l’étude génomique de la diversité des champignons et des mécanismes d’adaptation. Institut de France 7 Juin 2017
Chiara Stringari, chercheuse CNRS au Laboratoire d’optique et biosciences (Ecole Polytechnique, UPSaclay), a reçu le Young Investigator Grant 2017 du prestigieux Human Frontier Science Program (HFSP). La lauréate est membre de l’une des 30 équipes de recherche qui ont été récompensées, parmi plus de 1000 candidatures reçues. La Young Investor Grant du HFSP récompense le projet de recherche « Chromatin dynamics and nuclear metabolism: an intimate interplay uncovered by non-linear optics » mené en collaboration avec la biologiste Lorena Aguilar-Arnal de l’Université Autonome de Mexico. Chiara Stingari obtient ainsi une bourse de 750k$ sur trois ans pour mener à bien son projet de recherche interdisciplinaire.
La Young Investor Grant du HFSP récompense le projet de recherche « Chromatin dynamics and nuclear metabolism: an intimate interplay uncovered by non-linear optics » mené en collaboration avec la biologiste Lorena Aguilar-Arnal de l’Université Autonome de Mexico. Chiara Stingari obtient ainsi une bourse de 750k$ sur trois ans pour mener à bien son projet de recherche interdisciplinaire.
La Tribune explique que « les investisseurs [sont] de plus en plus séduits par les thérapies basées sur le microbiote », les fonds d’investissement et les laboratoires pharmaceutiques ayant investi plus de 700 millions de dollars entre 2011 et 2016 dans ces dernières. Isabelle de Crémoux, présidente du fonds d’investissement Seventure Partners, indique : « On pense que le microbiote va générer des plus-values. Le domaine croit plus vite que ce qu’on attendait ». Selon le cabinet Microbiome Invest, « en 2016, en grimpant autour des 600 millions de dollars, les sommes investies ont dépassé celles cumulées lors de la période 2011-2015 », explique le quotidien. Les maladies gastro-intestinales représentent à elles seules 36% de ces investissements. L’Inserm rappelle : « Le microbiote intestinal est le plus important de tous, car il représente deux à dix fois le nombre de cellules qui constituent le corps humain ».
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