Plant and Seed Biology
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The evolution of gene expression in a chromatin context

The evolution of gene expression in a chromatin context | Plant and Seed Biology | Scoop.it
Sophisticated gene-regulatory mechanisms probably evolved in prokaryotes billions of years before the emergence of modern eukaryotes, which inherited the same basic enzymatic machineries. However, the epigenomic landscapes of eukaryotes are dominated by nucleosomes, which have acquired roles in genome packaging, mitotic condensation and silencing parasitic genomic elements. Although the molecular mechanisms by which nucleosomes are displaced and modified have been described, just how transcription factors, histone variants and modifications and chromatin regulators act on nucleosomes to regulate transcription is the subject of considerable ongoing study. We explore the extent to which these transcriptional regulatory components function in the context of the evolutionarily ancient role of chromatin as a barrier to processes acting on DNA and how chromatin proteins have diversified to carry out evolutionarily recent functions that accompanied the emergence of differentiation and development in multicellular eukaryotes.
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Regulation of anthocyanin accumulation via MYB75/HAT1/TPL-mediated transcriptional repression

Regulation of anthocyanin accumulation via MYB75/HAT1/TPL-mediated transcriptional repression | Plant and Seed Biology | Scoop.it
Anthocyanin is part of secondary metabolites, which is induced by environmental stimuli and developmental signals, such as high light and sucrose. Anthocyanin accumulation is activated by the MYB-bHLH-WD40 (MBW) protein complex in plants. But the evidence of how plants maintain anthocyanin in response to signals is lacking. Here we perform molecular and genetic evidence to display that HAT1 plays a new breaker of anthocyanin accumulation via post-translational regulations of MBW protein complex. Loss of function of HAT1 in the Arabidopsis seedlings exhibits increased anthocyanin accumulation, whereas overexpression of HAT1 significantly repressed anthocyanin accumulation. We found that HAT1 interacted with MYB75 and thereby interfered with MBW protein complex. Overexpression of HAT1 suppresses abundant anthocyanin phenotype of pap1-D plant. HAT1 is characterized as a transcriptional repressor possessing an N-terminal EAR motif, which determines to interact with TOPLESS corepressor. Repression activity of HAT1 in regulation of gene expression and anthocyanin accumulation can be abolished by deletion or mutation of the EAR motif 1. Chromatin immunoprecipitation assays revealed that MYB75 formed a transcriptional repressor complex with HAT1-TPL by histone H3 deacetylation in target genes. We proposed that HAT1 restrained anthocyanin accumulation by inhibiting the activities of MBW protein complex through blocking the formation of MBW protein complex and recruiting the TPL corepressor to epigenetically modulate the anthocyanin late biosynthetic genes (LBGs).
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Constitutive signaling activity of a receptor-associated protein links fertilization with embryonic patterning in Arabidopsis thaliana

Constitutive signaling activity of a receptor-associated protein links fertilization with embryonic patterning in Arabidopsis thaliana | Plant and Seed Biology | Scoop.it
In flowering plants, membrane-associated kinases of the BRASSINOSTEROID SIGNALING KINASE (BSK) family are ubiquitous, receptor-associated signaling partners in various receptor kinase pathways, where they function in signaling relay. The Brassicaceae-specific BSK family member SHORT SUSPENSOR (SSP), however, acts as a patterning cue in the zygote, initiating the apical-basal patterning process in a signal-like manner. The SSP protein has lost a regulatory, intramolecular interaction and activates the MAPKKK YODA signaling pathway constitutively, in principle, enabling the protein to initiate embryonic patterning without receptor activation. We further show that the BSK family members BSK1 and BSK2, both conserved in flowering plants, activate the same signaling pathway in parallel to SSP and might constitute remnants of an older, canonical signaling pathway still active in Arabidopsis.

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« Rejeter les progrès de la science engagera nos activités agricoles dans la voie de la régression » (28 février)

« Rejeter les progrès de la science engagera nos activités agricoles dans la voie de la régression » (28 février) | Plant and Seed Biology | Scoop.it

La méfiance du rôle de la science et des technologies en matière d’agriculture risque à terme d’être préjudiciable aux nouveaux défis que doit relever ce secteur, ...

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Jacques Ricard (1929-2018), par M. Delseny.

Jacques Ricard (1929-2018), par M. Delseny. | Plant and Seed Biology | Scoop.it

 

6 août 1929 - 28 décembre 2018

Jacques Ricard est décédé le 29 décembre 2018 à l’âge de 89 ans. Il avait été élu correspondant de l’Académie des sciences le 11 juin 1990, dans la section de Biologie Intégrative. Il était né à Marseille, où il a fait des études de mathématiques et de biologie. Il soutient une thèse d’état à Paris en 1957. Il part ensuite deux années comme Research associate à l’Université Cornell aux USA. Il revient à Marseille en 1959, d’abord sur le campus St Charles, puis St Jérôme, comme maitre-assistant, maitre de conférences et professeur. Il dirigera, sur le nouveau campus de Marseille-Luminy, le laboratoire de Biochimie Végétale associé au CNRS jusqu’en 1980, puis prendra la direction du laboratoire propre du CNRS, le Centre de Biochimie et Biologie Moléculaire, toujours à Marseille, jusqu’en 1991. À cette date, il devient professeur à l’université Paris VII et sera directeur de l’Institut Jacques Monod de 1992 à 1996. Il prend sa retraite en 1999, mais reste émérite, et continue à être actif jusqu’à ses derniers jours.

Au cours de sa carrière, Jacques Ricard s’est illustré dans deux domaines principaux.

Le premier concerne la croissance des végétaux, objet de sa thèse. Il aborde la question sous l’angle biométrique et statistique, puis physiologique et met en évidence le rôle de l’auxine, la première hormone connue chez les végétaux. Il contribue à l’élucidation de son métabolisme et établit, avec ses collaborateurs, le rôle des peroxydases dans les réactions d’oxygénation et d’hydrogénation de l’auxine. Il publiera en 1960 un petit livre dans la collection "Que sais-je ?" intitulé "La croissance des végétaux", que nombre d’étudiants des années suivantes ont lu. Une partie de ses travaux évoluera alors vers la biologie moléculaire avec la démonstration que l’auxine intervient en régulant la transcription des ARN ribosomiques et la synthèse des protéines. Ses élèves seront parmi les premiers à purifier les ARN polymérases végétales.

Mais c’est surtout par l’étude des enzymes et de leur cinétique qu’il va acquérir sa reconnaissance, combinant analyse mathématique, modélisation et analyse biochimique expérimentale. Il élabore la notion de mémoire enzymatique qui rend compte des phénomènes de coopérativité hors équilibre thermodynamique. Ses modèles d’étude seront des enzymes monomériques ou multimériques du métabolisme énergétique, telles que l’hexokinase, la fructose bisphosphatase et les enzymes du cycle de Calvin-Benson. L’intérêt principal de ces nouvelles propriétés cinétiques est qu’elles permettent une régulation plus fine du métabolisme cellulaire. Il va développer l’étude de la dynamique des réactions enzymatiques en milieu organisé et chargé et tentera de comprendre et de modéliser comment les interactions entre charges fixes et mobiles altèrent les comportements d’enzymes fixées. Il appliquera ces théories à l’analyse des réactions enzymatiques se produisant à la surface des membranes et des parois des cellules végétales et conduisant au grandissement de la paroi, étape clé de la croissance végétale. La notion de mémoire enzymatique le conduira à formuler des hypothèses, aujourd’hui en partie confirmées, sur la mémoire des stress. En effet les plantes se souviennent d’avoir expérimenté un stress thermique ou biotique. Ses travaux sur les édifices enzymatiques complexes sont précurseurs de ce que l’on appelle aujourd’hui la biologie des systèmes. Sur la fin de sa carrière, il s’est intéressé à l’épistémologie et à la philosophie des sciences et a écrit un remarquable ouvrage "Pourquoi le Tout est plus que la somme des Parties. Pour une approche scientifique de l’émergence".

L’ensemble des travaux de Jacques Ricard a fait l’objet d’au moins 140 publications dans des revues internationales et de 7 ouvrages de référence, dont plusieurs publiés en anglais. Ils lui ont valu de recevoir la médaille d’argent du CNRS en 1966, et, outre son élection comme membre correspondant de notre Académie, d’être membre de la New York Academy of Sciences et de l’Académie internationale de philosophie des sciences. Ajoutons qu’il fut aussi un administrateur efficace et visionnaire de la recherche à la tête des différents laboratoires et Instituts qu’il a dirigés.

Il restera pour ses collègues et amis, un scientifique brillant et passionné, curieux, modeste et discret, profondément humain, qui a ouvert la voie à une vision intégrée des différents volets de la biologie : physiologie, modélisation mathématique, biochimie, biologie moléculaire, biologie théorique et épistémologie.

Michel Delseny, délégué de la section de Biologie intégrative

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Four steps to food security for swelling cities

Four steps to food security for swelling cities | Plant and Seed Biology | Scoop.it

As the world’s population rises, and expanding cities pave over fertile soils, it is becoming harder to produce food for everyone13. By 2050, more than twice as many people will live in cities as did so in 2000, and on three times as much urban land. Around 2% of the world’s best croplands will be lost, mainly in Asia and Africa, where cities are growing quickest3.

No wonder governments rush to protect farmland and limit sprawl. US federal programmes are banned from building on valuable agricultural plots. China reclaims natural lands to compensate for requisitioning cropland for development.....

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Concours Recrutement INRA Chargé de recherche 2019 "Caractérisation et exploitation des métabolites secondaires végétaux"

Concours Recrutement INRA Chargé de recherche 2019 "Caractérisation et exploitation des métabolites secondaires végétaux" | Plant and Seed Biology | Scoop.it
 

PRÉSENTATION

Concours externes chargés de recherche sur profil

Caractérisation et exploitation des métabolites secondaires végétaux

Numéro du profil: CRCN-2019-3-BAP-1 Corps CRCN

Discipline scientifique:  Génomique et autres approches omiques

Numéro du concours: 3

Intitulé du concours: Métabolites secondaires des champignons et des végétaux

 

AFFECTATION

Zone géographique: Ile-de-France

Nom de l'unité:  UMR 1318 - Institut Jean-Pierre Bourgin Adresse de l'unité Université Paris-Saclay, Route de Saint-Cyr, 78026 Versailles Cedex 

Site web de l'unitéhttps://www-ijpb.versailles.inra.fr/en/index.htm

Structure de rattachement:BAP Biologie et amélioration des plantes

Centre de rattachement: Ile-de-France-Versailles-Grignon

DESCRIPTION

Activités-clés et compétences-cibles
Les métabolites spécialisés constituent un enjeu majeur pour l'agriculture, l'alimentation et la santé humaine. Par exemple, les flavonoïdes sont impliqués dans la protection des plantes et impactent la qualité nutritionnelle et organoleptique de nombreux aliments. L'objectif des travaux est de caractériser et d'exploiter la biodiversité métabolique des graines pour isoler des gènes candidats impliqués dans la production de métabolites spécialisés. Ces connaissances peuvent contribuer à l'amélioration de la qualité des plantes cultivées et à la production de ces métabolites dans la graine de Caméline par ingénierie métabolique. Le chercheur utilisera des approches "omiques" pour caractériser ces voies métaboliques ou leurs régulations. Sa capacité à collaborer sera déterminante puisqu'il/elle devra travailler étroitement avec la plateforme de Chimie et des membres de l'équipe qui participeront à la validation fonctionnelle de gènes candidats ou à leur utilisation biotechnologique.
Formations recherchées
Doctorat ou équivalent. Un doctorat et post-doctorat en génomique avec des connaissances solides en métabolisme sont souhaités. Une expérience en physiologie végétale et des connaissances en biochimie et enzymologie sont un plus.La maîtrise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n'en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l'étranger à l'issue de l'année de stage.
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Specialized plant metabolites: from analysis to engineering SPS Summer School, June 30 – July 4, 2019 – Versailles and Orsay (France) 

Specialized plant metabolites: from analysis to engineering  SPS Summer School, June 30 – July 4, 2019 – Versailles and Orsay (France)  | Plant and Seed Biology | Scoop.it

The SPS Summer School 2019 is a one-week programme for outstanding and enthusiastic PhD students, as well as young post-docs, who have a question involving plant specialized metabolites in their project and want to acquire excellent training in this field.

It will address, through keynote seminars, focused seminars and practical courses, the following scientific topics:
- Translational biology / Synthetic biology
- Structure/function relationship
- Biosynthetic and regulatory pathways
- Structural and analytical chemistry
- Integrative biology

The Summer School will bring together 12 participants from all over the world and offer them the chance to receive scientific training in an international and rather informal atmosphere, facilitating exchanges.

Download the provisional program of the Summer School
Topics and invited speakers
The SPS Summer School 2019 will include:


Via Saclay Plant Sciences
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A regulatory circuit conferring varied flowering response to cold in annual and perennial plants

A regulatory circuit conferring varied flowering response to cold in annual and perennial plants | Plant and Seed Biology | Scoop.it

The reproductive strategies of plants are highly variable. Short-lived annuals flower abundantly soon after germination, whereas longer-lived perennials postpone and spatially restrict flowering. We used CRISPR/Cas9 and interspecies gene transfer to understand divergence in reproductive patterns between annual and perennial crucifers. We show that in perennial Arabis alpina, flowering in response to winter cold depends on the floral integrator SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN-LIKE 15 (SPL15), whose activity is limited to older shoots and branches during cold exposure. In annuals, this regulatory system is conserved, but cold-induced flowering occurs in young shoots, without requirement for SPL15, through the photoperiodic pathway when plants return to warm. By reconstructing the annual response in perennials, we conclude that characteristic patterns of reproduction in annuals and perennials are conferred through variation in dependency on distinct flowering pathways acting in parallel.

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Hommage à Jean-Claude Kader (SFBV)

Hommage à Jean-Claude Kader (SFBV) | Plant and Seed Biology | Scoop.it

Jean-Claude Kader, Directeur de Recherche honoraire au CNRS est décédé le samedi 18 Juillet 2018 à Rennes à l’âge de 77 ans.

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A gene expression map of shoot domains reveals regulatory mechanisms

A gene expression map of shoot domains reveals regulatory mechanisms | Plant and Seed Biology | Scoop.it
Gene regulatory networks control development via domain-specific gene expression. In seed plants, self-renewing stem cells located in the shoot apical meristem (SAM) produce leaves from the SAM peripheral zone. After initiation, leaves develop polarity patterns to form a planar shape. Here we compare translating RNAs among SAM and leaf domains. Using translating ribosome affinity purification and RNA sequencing to quantify gene expression in target domains, we generate a domain-specific translatome map covering representative vegetative stage SAM and leaf domains. We discuss the predicted cellular functions of these domains and provide evidence that dome seemingly unrelated domains, utilize common regulatory modules. Experimental follow up shows that the RABBIT EARS and HANABA TARANU transcription factors have roles in axillary meristem initiation. This dataset provides a community resource for further study of shoot development and response to internal and environmental signals.
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13th International Congress on Plant Molecular Biology Cairns, Queensland, Australia -  24 -28 October 2021

13th International Congress on Plant Molecular Biology Cairns, Queensland, Australia -  24 -28 October 2021 | Plant and Seed Biology | Scoop.it
13th International Congress on Plant Molecular Biology
Cairns, Queensland, Australia - Sunday 24 to Thursday 28 October 2021
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The Saclay Plant Sciences (SPS) Research Network and Graduate School wish you a Happy New Year 2019 !

The Saclay Plant Sciences (SPS) Research Network and Graduate School wish you a Happy New Year 2019 ! | Plant and Seed Biology | Scoop.it

@SPS_Plant_Sci,   @DocSchoolPLant @LifeSciencesUPS @UnivParisSaclay @I2BCParisSaclay @ijpb_fr @INRA_Bioger, IPS2 , and GQE labs.

 


Via Saclay Plant Sciences
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A transcriptional mechanism mediates the switch between pathogen defense and cold tolerance, Pr. Ling YUAN, University of Kentucky, Jeudi 28 mars 10h00 (IJPB, INRA, Versailles).

A transcriptional mechanism mediates the switch between pathogen defense and cold tolerance, Pr. Ling YUAN, University of Kentucky, Jeudi 28 mars 10h00 (IJPB, INRA, Versailles). | Plant and Seed Biology | Scoop.it

Jeudi 28 mars 2019, 10h00
IJPB, INRA, Versailles, Grande salle Bât.7

Pr. Ling YUAN 
Prof. in Plant Biochemistry
Department of Plant and Soil Sciences, University of Kentucky, USA

 

A transcriptional mechanism mediates the switch between pathogen defense and cold tolerance

Ling Yuan Lab webpage

Invité par : Loic.Lepiniec@inra.fr 


Inscription obligatoire pour les extérieurs au site de Versailles jusqu'au 27/03/19 12h00

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Control of proliferation in the haploid meristem by CLE peptide signaling in Marchantia polymorpha

Control of proliferation in the haploid meristem by CLE peptide signaling in Marchantia polymorpha | Plant and Seed Biology | Scoop.it
The homeostasis of meristems in flowering plants is maintained by cell-to-cell communication via CLE (CLAVATA3/EMBRYO SURROUNDING REGION-related) peptide hormones. In contrast, cell signals that regulate meristem activity remains elusive in bryophytes that maintain apical meristems in the gametophyte (haploid) body and undergo a gametophyte-dominant life cycle. We here show that MpCLE1 confines the proliferative activity of gametophytic meristem and affects the overall size of gametangiophores (reproductive organs) in Marchantia polymorpha, which is in sharp contrast with the meristem-promoting function of its ortholog TDIF/CLE41/CLE44 in Arabidopsis vascular meristems. Expression analysis suggests that MpCLE1 and its receptor gene MpTDR are expressed in distinct patterns across the apical meristem. These data suggest that local CLE peptide signaling may have had a role in regulating cell proliferation in the shoot meristem in the ancestral land plant and acts in both sporophytic and gametophytic meristems of extant plants.

Via Philip Carella
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Molecular Networks of Seed Size Control in Plants

Molecular Networks of Seed Size Control in Plants | Plant and Seed Biology | Scoop.it
The size of seeds affects not only evolutionary fitness but also grain yield of crops. Understanding the mechanisms controlling seed size has become an important research field in plant science. Seed size is determined by the integrated signals of maternal and zygotic tissues, which control the coordinated growth of the embryo, endosperm, and seed coat. Recent advances have identified several signaling pathways that control seed size through maternal tissues, including or involving the ubiquitin-proteasome pathway, G-protein signaling, mitogen-activated protein kinase (MAPK) signaling, phytohormone perception and homeostasis, and some transcriptional regulators. Meanwhile, growth of the zygotic tissues is regulated in part by the HAIKU (IKU) pathway and phytohormones. This review provides a general overview of current findings in seed size control and discusses the emerging molecular mechanisms and regulatory networks found to be involved.
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Cell geometry determines symmetric and asymmetric division plane selection in Arabidopsis early embryos (IJPB, SPS)

Cell geometry determines symmetric and asymmetric division plane selection in Arabidopsis early embryos (IJPB, SPS) | Plant and Seed Biology | Scoop.it
Plant tissue architecture and organ morphogenesis rely on the proper orientation of cell divisions. Previous attempts to predict division planes from cell geometry in plants mostly focused on 2D symmetric divisions. Using the stereotyped division patterns of Arabidopsis thaliana early embryogenesis, we investigated geometrical principles underlying plane selection in symmetric and in asymmetric divisions within complex 3D cell shapes. Introducing a 3D computational model of cell division, we show that area minimization constrained on passing through the cell centroid predicts observed divisions. Our results suggest that the positioning of division planes ensues from cell geometry and gives rise to spatially organized cell types with stereotyped shapes, thus underlining the role of self-organization in the developing architecture of the embryo. Our data further suggested the rule could be interpreted as surface minimization constrained by the nucleus position, which was validated using live imaging of cell divisions in the stomatal cell lineage.

Via Saclay Plant Sciences
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Agrodoc Ouest's curator insight, February 18, 7:54 AM

L'architecture des tissus végétaux et la morphogenèse des organes dépendent de la bonne orientation des divisions cellulaires. Les tentatives précédentes de prédiction des plans de division à partir de la géométrie cellulaire des plantes portaient principalement sur les divisions symétriques 2D. En utilisant les modèles de division stéréotypés de l'embryogenèse précoce d'Arabidopsis thaliana thaliana, nous avons étudié les principes géométriques qui sous-tendent la sélection du plan en divisions symétriques et asymétriques dans des formes cellulaires 3D complexes.

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The new potato

The new potato | Plant and Seed Biology | Scoop.it
On a bleak, brown hill here, David Ellis examines a test plot of potato plants and shakes his head. “They're dead, dead, dead,” he says. Pests and lack of rain have laid waste to all 17 varieties that researchers had planted.

It is a worrying sign for Ellis, the now-retired director of the gene bank at the International Potato Center (CIP) in Lima. People have grown potatoes in this rugged stretch of the Andes for thousands of years. In recent years, that task has gotten tougher, in part because of climate change. Drought and frost are striking more often. The rains come later, shortening the growing season. And warmer temperatures have allowed moths and weevils to encroach from lower elevations.

To find potatoes that can cope with those challenges, researchers and Peruvian farmers are testing dozens of the 4350 locally cultivated varieties, or landraces, kept in CIP's refrigerated storage. The plants in this plot fell short. “Native landraces evolved over time,” Ellis says. But, he says, climate change is happening “too fast for these varieties to adapt.
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Agrodoc Ouest's curator insight, February 18, 7:37 AM

Sur une colline sombre et brune, David Ellis examine une parcelle d'essai de plants de pommes de terre et secoue la tête. "Ils sont morts, morts, morts, morts", dit-il. Les ravageurs et le manque de pluie ont mis à sac les 17 variétés que les chercheurs avaient plantées.

C'est un signe inquiétant pour Ellis, le directeur aujourd'hui retraité de la banque de gènes du Centre international de la pomme de terre (CIP) à Lima. Depuis des milliers d'années, les gens cultivent des pommes de terre dans cette région sauvage des Andes. Ces dernières années, cette tâche est devenue plus difficile, en partie à cause des changements climatiques. La sécheresse et le gel frappent plus souvent. Les pluies arrivent plus tard, ce qui raccourcit la saison de croissance. Et les températures plus chaudes ont permis aux mites et aux charançons d'empiéter à partir des basses altitudes.

Pour trouver des pommes de terre capables de relever ces défis, les chercheurs et les agriculteurs péruviens testent des douzaines des 4 350 variétés cultivées localement, ou races locales , conservées dans les entrepôts réfrigérés du CIP. Les plantes de cette parcelle n'ont pas été à la hauteur. "Les races autochtones ont évolué au fil du temps, dit Ellis. Mais, dit-il, le changement climatique se produit "trop rapidement pour que ces variétés puissent s'adapter.

 

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Un poste de jeune chercheur INRA sur la "Caractérisation et l'exploitation des métabolites secondaires végétaux" est ouvert à l'IJPB

Un poste de jeune chercheur INRA sur la "Caractérisation et l'exploitation des métabolites secondaires végétaux" est ouvert à l'IJPB | Plant and Seed Biology | Scoop.it
 

PRÉSENTATION

Concours externes chargés de recherche sur profil

Caractérisation et exploitation des métabolites secondaires végétaux

Numéro du profil: CRCN-2019-3-BAP-1 Corps CRCN

Discipline scientifique:  Génomique et autres approches omiques

Numéro du concours: 3

Intitulé du concours: Métabolites secondaires des champignons et des végétaux

 

AFFECTATION

Zone géographique: Ile-de-France

Nom de l'unité:  UMR 1318 - Institut Jean-Pierre Bourgin Adresse de l'unité Université Paris-Saclay, Route de Saint-Cyr, 78026 Versailles Cedex 

Site web de l'unitéhttps://www-ijpb.versailles.inra.fr/en/index.htm

Structure de rattachement:BAP Biologie et amélioration des plantes

Centre de rattachement: Ile-de-France-Versailles-Grignon

DESCRIPTION

Activités-clés et compétences-cibles
Les métabolites spécialisés constituent un enjeu majeur pour l'agriculture, l'alimentation et la santé humaine. Par exemple, les flavonoïdes sont impliqués dans la protection des plantes et impactent la qualité nutritionnelle et organoleptique de nombreux aliments. L'objectif des travaux est de caractériser et d'exploiter la biodiversité métabolique des graines pour isoler des gènes candidats impliqués dans la production de métabolites spécialisés. Ces connaissances peuvent contribuer à l'amélioration de la qualité des plantes cultivées et à la production de ces métabolites dans la graine de Caméline par ingénierie métabolique. Le chercheur utilisera des approches "omiques" pour caractériser ces voies métaboliques ou leurs régulations. Sa capacité à collaborer sera déterminante puisqu'il/elle devra travailler étroitement avec la plateforme de Chimie et des membres de l'équipe qui participeront à la validation fonctionnelle de gènes candidats ou à leur utilisation biotechnologique.
Formations recherchées
Doctorat ou équivalent. Un doctorat et post-doctorat en génomique avec des connaissances solides en métabolisme sont souhaités. Une expérience en physiologie végétale et des connaissances en biochimie et enzymologie sont un plus.La maîtrise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n'en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l'étranger à l'issue de l'année de stage.
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SPS - Saclay Plant Sciences - Newsletter 7

SPS - Saclay Plant Sciences - Newsletter 7 | Plant and Seed Biology | Scoop.it

First of all, with the SPS Directory Board, we wish you a very Happy New Year 2019 and all the best for your research, teaching or innovation activities!

As you know, the kick-off meeting of our new SPS “Graduate School of Research” took place on October 3, 2018. Claude Chappert presented the history of the creation of the new Université Paris-Saclay, the contribution of the plant sciences and prospects for the future. I then reminded the main objectives of SPS for the next 10 years, such as support for interactions between education and research and the internationalization of these activities. Our goal is to establish SPS as a permanent framework for discussion and coordination of research, training and innovation activities, thus contributing to the overall impact and attractiveness of the Université Paris-Saclay in Plant Sciences. In this context, we are pleased to announce the arrival of several new teams from BIOGER and GQE labs within our network.

In this Newsletter, you will also find, among other things, news concerning the arrival of our new business developer (Edith Francoz) as part of the SPINN project, as well as information on several highlights of the year 2018: the “Plant epigenetics and epigenomics” Summer School (July 8-13), the Fête de la Science (Science Fair), in which SPS has participated the last 6 years, and the international symposium "SPS Conference 2018: Plant Sciences for the Future " from July 4 to July 6, in Gif-sur-Yvette.

Finally, please note the next two major scientific events, a summer school that we organize on Plant Specialized Metabolites (June 30 to July 4) and the IPGSA meeting that will take place just before in Paris (June 25-29) and which organization involves SPS members.

Happy reading!

Loïc Lepiniec


Via Saclay Plant Sciences
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Editor's choice: plant genome editing research

Editor's choice: plant genome editing research | Plant and Seed Biology | Scoop.it
This collection showcases advances in plant genome editing research, recently published in Scientific Reports, touching on applications of CRISPR-based editing systems and crop breeding.
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Hommage à Roland Douce (1939-2018), SFBV

Hommage à Roland Douce (1939-2018), SFBV | Plant and Seed Biology | Scoop.it

Le 4 novembre 2018, le professeur Roland Douce est décédé à La Tronche, près de Grenoble (France), à l'âge de 79 ans.

 

Membre de l’Académie des Sciences et de la National Academy of Sciences (USA), Roland Douce restera comme l’un des spécialistes du métabolisme des plantes les plus remarquables du XXe siècle.

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Fascination of Plants Day 2019

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Fascination of Plants Day 2019
16 mai 2019 - Centre INRA - Versailles

La biologie végétale expliquée aux lycéens...
A l’occasion de la journée Fascination of Plants Day 2019, Sciences des Plantes de Saclay organise une journée de découverte de la biologie des plantes, destinée aux lycéens, en collaboration avec le Centre Inra Île-de-France Versailles-Grignon.

Qu’est-ce que la journée Fascination of Plants Day ?

La journée internationale de célébration des plantes est parrainée par l’Organisation Européenne pour la Science Végétale (EPSO). Le but de cette journée est de montrer au monde entier l’intérêt de travailler sur les plantes et l’importance que ce domaine d’étude peut avoir notamment pour l’agriculture, la production durable de nourriture, l’énergie et l’environnement.

Accueil des classes de lycées - 10h > 16h
Programme prévisionnel
10h00: Accueil
- Présentation du réseau Sciences des Plantes de Saclay
- Présentation : "Pourquoi étudier les plantes ?"
10h30: Activité 1
11h00: Activité 2
11h30: Activité 3
12h00: Déjeuner (prévoir pique-nique)
13h30: Conférence
14h00: Activité 4
14h30: Activité 5
15h00: Découverte des métiers de la recherche
16h00: Fin prévue de la journée

Activités
Conférence: "Les sucres : biosynthèse, transport et utilisation chez les végétaux"
Afin de croître et de s’adapter à des modifications de leur environnement, les végétaux fabriquent des sucres à partir du dioxyde de carbone atmosphérique, de l’eau et de la lumière grâce à la photosynthèse. Une fois synthétisés, les sucres sont transportés dans tous les autres organes et sont utilisés dans de nombreux processus biologiques. Dans cet exposé, nous détaillerons la biosynthèse, le transport et l’utilisation des sucres chez les plantes grâce à des exemples concrets.


Atelier: "Analyser le hasard dans l’espace à trois dimensions"
Les systèmes biologiques sont organisés de façon hiérarchique à travers plusieurs niveaux d’organisation (molécules, cellules, tissus, organes, etc.). Le fonctionnement de ces systèmes est étroitement lié à la façon dont leurs constituants sont organisés dans l’espace. Dans cet atelier, nous montrerons comment l’imagerie, les mathématiques et l’informatique permettent d’analyser de façon objective la répartition d’objets biologiques dans l’espace.


Atelier: "Parcours scientifique : un exemple de recherche, une découverte !"
De l’hypothèse de départ à la publication scientifique, l’activité de recherche est loin d’être toujours un chemin direct et sans embûches. Un résultat nouveau et inattendu peut être au bout du chemin. Venez découvrir la démarche mise en œuvre et comment une nouvelle connaissance s’acquiert étape par étape, à travers un exemple concret de recherche scientifique sur l’arabette des dames (Arabidopsis thaliana), la « souris verte » des laboratoires de biologie végétale.


Atelier: "Cellules de plantes en puzzle et musique, une même histoire de mathématiques !"
La surface des feuilles est couverte de cellules en forme de pièces de puzzle. En regardant de près, on remarque une structure organisée et harmonique que l’on peut décrire par des outils mathématiques similaires à ceux que l’on peut utiliser pour décrire la musique ! On comprend alors que la croissance des plantes est finement régulée par des mécanismes de contrôle. Ceci nous amènera vers les processus chimiques, mécaniques et génétiques impliqués dans la formation des plantes et indirectement de tout être vivant.

Visite de serres
Visite de laboratoire

 

Candidatures
Seul un nombre restreint de classes pourront être accueillies.
Date limite pour candidater: 15 mars 2019 (minuit)

Localisation
INRA Centre de Versailles-Grignon
Route de St-Cyr (RD 10)
78026 Versailles Cedex
France


Via Saclay Plant Sciences
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High levels of auxin signalling define the stem-cell organizer of the vascular cambium

High levels of auxin signalling define the stem-cell organizer of the vascular cambium | Plant and Seed Biology | Scoop.it
Wood, a type of xylem tissue, originates from cell proliferation of the vascular cambium. Xylem is produced inside, and phloem outside, of the cambium1. Morphogenesis in plants is typically coordinated by organizer cells that direct the adjacent stem cells to undergo programmed cell division and differentiation. The location of the vascular cambium stem cells and whether the organizer concept applies to the cambium are currently unknown2. Here, using lineage-tracing and molecular genetic studies in the roots of Arabidopsis thaliana, we show that cells with a xylem identity direct adjacent vascular cambial cells to divide and function as stem cells. Thus, these xylem-identity cells constitute an organizer. A local maximum of the phytohormone auxin, and consequent expression of CLASS III HOMEODOMAIN-LEUCINE ZIPPER (HD-ZIP III) transcription factors, promotes xylem identity and cellular quiescence of the organizer cells. Additionally, the organizer maintains phloem identity in a non-cell-autonomous fashion. Consistent with this dual function of the organizer cells, xylem and phloem originate from a single, bifacial stem cell in each radial cell file, which confirms the classical theory of a uniseriate vascular cambium3. Clones that display high levels of ectopically activated auxin signalling differentiate as xylem vessels; these clones induce cell divisions and the expression of cambial and phloem markers in the adjacent cells, which suggests that a local auxin-signalling maximum is sufficient to specify a stem-cell organizer. Although vascular cambium has a unique function among plant meristems, the stem-cell organizer of this tissue shares features with the organizers of root and shoot meristems.
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Root branching toward water involves posttranslational modification of transcription factor ARF7

Root branching toward water involves posttranslational modification of transcription factor ARF7 | Plant and Seed Biology | Scoop.it
Plants adapt to heterogeneous soil conditions by altering their root architecture. For example, roots branch when in contact with water by using the hydropatterning response. We report that hydropatterning is dependent on auxin response factor ARF7. This transcription factor induces asymmetric expression of its target gene LBD16 in lateral root founder cells. This differential expression pattern is regulated by posttranslational modification of ARF7 with the small ubiquitin-like modifier (SUMO) protein. SUMOylation negatively regulates ARF7 DNA binding activity. ARF7 SUMOylation is required to recruit the Aux/IAA (indole-3-acetic acid) repressor protein IAA3. Blocking ARF7 SUMOylation disrupts IAA3 recruitment and hydropatterning. We conclude that SUMO-dependent regulation of auxin response controls root branching pattern in response to water availability.
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