Life Sciences Université Paris-Saclay

La SATT Paris-Saclay organise un appel à projet spécifique « Intelligence Artificielle », dont la date de clôture est le 23/09/2022.

L’objectif de cet AAP exceptionnel est d’identifier et soutenir les inventions les plus prometteuses développées par les chercheurs de Paris-Saclay. La SATT Paris-Saclay organise cet AAP afin d’identifier tout résultat, logiciel, données ou outils générés dans le cadre des travaux de recherche pouvant être l’objet d’une création de startup ou transfert vers un acteur industriel. Les budgets alloués aux projets peuvent varier entre 100 k€ et 500k€ sur 12 à 24 mois.

Date limite 23/09/2022.

Si vous voulez candidater, nous vous encourageons à contacter votre structure de valorisation en amont.

à Retrouvez toutes les informations dans la note de cadrage (pdf)

https://satt-paris-saclay.fr/wp-content/uploads/2022/06/Note_cadrage_PhD-POCUP-Tech-Transfer-Program_2022_IA_VF-VF.pdf

La FFRE financera en cette fin d’année 2022, avec le soutien de la Fondation Vera Nijs & Jens Erik Rosborg, sous l’égide de la Fondation de Luxembourg, un projet de recherche clinique sur 3 ans (2023-2025) visant à améliorer la prise en charge et la qualité de vie des patients souffrant d’épilepsie. Ce financement sera de 160 000 € sur 3 ans.

La date limite de réception des dossiers a été fixée au 1er octobre 2022 au soir.

Vous trouverez toutes les informations via ce lien.

Après une primo-infection oro-faciale, le virus de l'herpès simplex de type 1 (HSV1) établit une infection latente à vie dans les neurones des ganglions du trijumeau (TG). Les réactivations virales, qui s’accompagnent d’une synthèse de particules infectieuses qui migrent des TG vers les tissus périphériques, entrainent le plus souvent des épisodes récurrents d’herpès labial. Mais elles peuvent également causer des kératites récidivantes (cause majeure de cécité infectieuse dans les pays industrialisés), et plus rarement des encéphalites. En outre, des données récentes suggèrent que des réactivations a minima dans le système nerveux central pourraient avoir un lien avec le développement de la maladie d'Alzheimer. Les antiviraux actuellement disponibles n’offrent malheureusement qu’une protection partielle contre les réactivations, et il n'existe actuellement aucun vaccin efficace contre HSV-1.

A l’aide d’un modèle murin qui reproduit la physiopathologie de l’infection humaine (inoculation dans la lèvre suivie d’une phase d’infection aiguë, puis établissement d’une infection latente dans les TG), Marc Labetoulle et ses collaborateurs du Center for Immunology of Viral, Auto-immune, Hematological and Bacterial Diseases  - IMVA-HB (UMR-S 1184 CEA/INSERM/UPSaclay, Fontenay-aux-Roses) ont récemment démontré qu‘une inoculation périphérique de souris avec une souche d’HSV-1 non-neurovirulente (incapable de réplication dans les neurones) prévient tous les signes de la phase aiguë de la maladie, et bloque toute réactivation virale lors d’une infection ultérieure par une souche pleinement virulente.

Leurs derniers travaux parus dans Scientific Reports ont caractérisé les mécanismes immunitaires locaux impliqués dans ce phénomène de protection. Leur objectif final étant d’identifier les modifications susceptibles d'être responsables de l'établissement d’une infection latente dépourvue de capacités de réactivation.

L'inoculation périphérique avec une souche non-neurovirulente de HSV-1 s’accompagne de la mise en place au site d’inoculation d’une immunosurveillance accrue, médiée par les cellules NK ainsi que d’un recrutement rapide d'infiltrats immunitaires riches en lymphocytes. Les chercheurs ont en outre démontré que cette infection latente « non réactivable », s’accompagnait d’une réponse immunitaire moins intense au niveau des TG, avec une diminution nette de l’infiltrat en lymphocytes T. Ces résultats démontrent que le challenge par la souche non-neurovirulente suscite une mobilisation précoce des réponses immunitaires lymphocytaires qui pourraient être responsables de l'établissement d’une infection latente non-réactivable. Ces mécanismes pourraient être exploités dans des stratégies vaccinales pour prévenir les différentes pathologies causées par HSV-1.

Contact : marc.labetoulle@aphp.fr

L’intégration du génome linéaire viral des Rétrovirus issu de l’étape de transcription inverse, en particulier celui du VIH-1, permet la synthèse de nouvelles particules virales infectieuses. Cette étape, réalisée par une protéine virale nommée intégrase, est considérée comme essentielle au cycle de réplication. Dans une étude publiée dans Journal of Virology, Olivier Delelis (Equipe Biophotonique des Interactions Moléculaires, LBPA-Laboratoire de Biologie et Pharmacologie Appliquée, ENS Paris-Saclay, Gif sur Yvette) et ses collaborateurs montrent que les inhibiteurs dirigés contre l’intégrase sélectionnent un virus portant une mutation dans une région distincte du gène de l’intégrase, plus particulièrement dans une région impliquée dans le processus de transcription inverse.

Cette mutation a pour conséquence un changement drastique du mécanisme de transcription inverse. L’ADN issu de la transcription inverse n’est plus un ADN linéaire viral mais un ADN circulaire. Ce génome viral circulaire ne peut pas s’intégrer dans le génome cellulaire mais sert de support à la réplication du virus sans étape d’intégration.

Ce travail démontre pour la première fois, le rôle de l’ADN non intégré des Rétrovirus dans la réplication virale mais aussi son rôle dans l’échappement aux molécules anti-intégrase. Ce travail permet également d’expliquer l’apparition de telles mutations chez les patients traités aux anti-intégrase et échappant à ces molécules. Les chercheurs étudient actuellement le mécanisme de cet échappement au niveau moléculaire mais aussi au niveau clinique grâce à leurs collaborateurs.

Contact : delelis@ens-paris-saclay.fr ou clemence.richetta@ens-paris-saclay.fr

Les G-quadruplexes (G4) sont des structures particulières des simples brins d’acides nucléiques riches en Guanines (G). Quatre G peuvent s’arranger dans le même plan, formant une tétrade, et ces tétrades peuvent s’empiler les unes sur les autres, le tout  formant une structure très stable pouvant gêner les machineries de réplication, transcription ou traduction. Les hélicases sont des enzymes utilisant l’énergie de l’hydrolyse de l’ATP pour déplier et rendre accessible les structures des acides nucléiques. L’hélicase Pif1, conservée de la bactérie à l’Homme, a une activité spécifique de dépliement des G4.

Pour la première fois, dans une étude collaborative parue dans EMBO Reports et dirigée par Xu-Guang Xi (LBPA-Laboratoire de Biologie et Pharmacologie Appliquée, ENS Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette), la structure de l’hélicase Pif1 de la bactérie Thermus oshimai en complexe avec un G4 a été déterminée par cristallographique aux rayons X. La structure révèle un G4 parfaitement replié en interaction avec Pif1 et constitue l’étape précédant la réaction d’ouverture. La structure permet d’identifier précisément les acides aminés pouvant être impliqués dans le mécanisme réactionnel. La dynamique du dépliement du G4 a été suivie au cours du temps par fluorescence à l’échelle de la molécule unique (smFRET). Le lien entre la structure et la fonction a été établi par mutagenèse dirigée des acides aminés identifiés comme importants.

Ainsi en combinant des techniques de biologie structurale, de biochimie et de biophysique, un mécanisme détaillé du dépliement d’un G4 par l’hélicase Pif1 a pu être établi. Le rôle des G4 dans la régulation des fonctions cellulaires est de plus en plus mis en évidence. Ces travaux peuvent servir de base au développement de stratégies permettant de contrôler la formation des G4 dans la cellule.

Contact : stephane.rety@ens-lyon.fr ou xxi01@ens-paris-saclay.fr

L’imagerie par Tomographie d’Emission de Tomographie (TEP) au fluorodéoxyglucose permet de calculer deux biomarqueurs pronostiques chez les patients atteints de lymphomes B diffus à grandes cellules : le volume tumoral métaboliquement actif dans le corps entier (TMTV) et un index de dissémination tumorale (Dmax). Cependant, le calcul de ces biomarqueurs nécessite que l’ensemble des foyers tumoraux, souvent plusieurs dizaines, soient segmentés sur les images TEP volumiques, ce qui s’avère extrêmement laborieux et empêche le calcul systématique de ces biomarqueurs.

Dans une étude publiée dans Journal of Nuclear Medicine, le laboratoire d’imagerie translationnelle en oncolologie (LITO, UMR-S 1288 INSERM/Curie/UPSaclay, Saint-Cloud et Orsay) propose une approche originale par apprentissage profond (IA) pour réaliser automatiquement cette segmentation à partir d’images pseudo 3D (cf Figure). La fiabilité du modèle d’IA a été évaluée sur 384 patients issus de 2 cohortes multicentriques, démontrant que l’estimation totalement automatique de biomarqueurs substituts du TMTV et Dmax conduisait à une stratification des patients non significativement différente de celle obtenue lorsque les experts segmentent manuellement les lésions.

Le développement et l’évaluation du modèle d’IA ont été réalisés en conformité aux recommandations élaborées par la Société Américaine de Médecine Nucléaire et d’Imagerie Moléculaire (SNMMI), élaboration à laquelle le LITO a activement participé.

Contact : irene.buvat@curie.fr

La vaccination des animaux d’élevage est l’un des moyens de prévention les plus efficaces contre les maladies infectieuses. Les liens entre réponse vaccinale et variations du microbiote intestinal sont peu étudiés, or ce dernier joue un rôle considérable dans la régulation de l’immunité. Par ailleurs chez la poule il est établi que les variations génétiques peuvent influencer la composition du microbiote et la réponse vaccinale.

Dans une étude exploratoire publiée dans Scientific Reports, des chercheurs de l’équipe Génétique, Microbiote, Santé (GeMS) de l’UMR GABI du Centre INRAE de Jouy-en-Josas et leurs collaborateurs de l’Université d’Aarhus au Danemark ont étudié les corrélations entre composition du microbiote caecal et paramètres immunitaires chez six lignées génétiques de poule pondeuse infectées par le virus de la bronchite infectieuse (IBV). La moitié des animaux avaient été vaccinés contre le virus IBV.

Les microbiotes des animaux vaccinés et des animaux non vaccinés sont différents après infection. Par ailleurs la composition du microbiote varie selon la lignée génétique, que les animaux soient vaccinés ou non. Enfin les variations de différents paramètres immunitaires sont associées avec celles du microbiote caecal, avec un effet dépendant de la lignée et du statut vaccinal. Ainsi l’abondance de la bactérie Escherichia Shigella est associée avec l’expression des récepteurs TCRϒδ+ des cellules T TCRϒδ+.

Ces résultats montrent donc une interaction complexe entre composition du microbiote et paramètres immunitaires dans un contexte d’infection par le virus IBV, ayant un effet probable sur le niveau de réponse vaccinale et variant selon la lignée génétique.

Légende Figure : Comparaison des compositions des microbiotes caecaux des animaux vaccinés (en jaune) et non vaccinés (en bleu) en fonction des distances de Bray-Curtis (a.) avec l’ensemble des animaux (b.) pour chaque lignée génétique.

Contact : fanny.calenge@inrae.fr

La signalisation Ca2+ est d'une importance primordiale dans le contrôle de nombreuses fonctions cellulaires dans le cerveau. Depuis leur découverte par de Duve, les lysosomes sont considérés comme des organites de dégradation contenant des protéases et d'autres enzymes. Et bien sûr, c'est vrai. Pourtant, c'est assez réducteur comme le décrivent Lora Martucci et José-Manuel Cancela (NeuroPSI, UMR 9197 CNRSUPSaclay, Gif-sur-Yvette) dans une revue parue dans Cell Calcium.  

Les endolysosomes sont des organites acides qui émergent actuellement comme des réserves de Ca2+ importantes dans les astrocytes, la microglie, les cellules endothéliales et les neurones. Les dernières années ont vu un intérêt croissant pour la signalisation calcique lysosomale, en particulier dans le cerveau où les dysfonctionnements lysosomauxs sont liés à de nombreuses maladies psychiatriques et neurologiques comme dans la maladie de Parkinson ou la mucolipidose IV.

Dans les neurones, les lysosomes se trouvent dans les axones, le soma, les dendrites et les terminaisons axonales et fournissent ainsi des sources locales de Ca2+ impliquées dans le contrôle de la transmission synaptique, la plasticité neuronale et l'autophagie, pour n'en nommer que quelques-unes. Cette revue explore également comment les réserves acides lysosomales de Ca2+ sont recrutées en réponse à l’activation de récepteurs couplés aux protéines G. Les auteurs décrivent en particulier le rôle d’une nouvelle famille de canaux calciques, les canaux endolysosomaux « two-pore channel » (TPC) et leur agoniste physiologique qu’est l’acide nicotinique adénine dinucléotide phosphate (NAADP) et comment ils interagissent avec les récepteurs à la ryanodine du réticulum endoplasmique. Enfin, cette revue décrit de nouveaux outils pharmacologiques et des modèles de mutants animaux désormais disponibles pour explorer le Ca2+ lysosomal en tant qu'éléments clés du fonctionnement et du dysfonctionnement du cerveau.

Contact : jose-manuel.cancela@universite-paris-saclay.fr ou lora.martucci@new.ox.ac.uk

La transmission à travers la muqueuse colorectale est le mode le plus courant d'acquisition du VIH dans les pays occidentaux. Afin de développer un vaccin ou des schémas préventifs plus efficaces, la définition précise des cellules cibles initiales du VIH dans la muqueuse colorectale est nécessaire, en particulier les phagocytes mononucléaires (MP). Celles-ci sont constituées de cellules dendritiques et de macrophages qui expriment les récepteurs d'entrée du VIH CD4 et CCR5, leur permettant d'interagir avec le virus et d'être directement infectés.  

Dans un article récemment publié dans iScience, une équipe de l'IDMIT au CEA de Fontenay-aux-Roses et en collaboration avec l'Institut San Raffaele de Milan, a identifié une population unique de MP exprimant le récepteur de la fractalkine CX3CR1 comme étaient des cibles initiales lors de l'infection par le VIH. Ces résultats ont également été confirmés en utilisant le modèle d'infection SIV chez les primates non humains. Les MP CX3CR1+ sont capables de s'insérer entre les cellules épithéliales intestinales pour capturer les virions luminaux après une exposition virale ex vivo et in vivo et de transférer le virus à d'autres cellules cibles du VIH, telles que les lymphocytes T CD4+, pour propager davantage l'infection. De plus, suite à l'infection in vivo chez les primates non humains par le SIV, la population de macrophages anti-inflammatoire résidant dans l’intestin (CX3CR1high) est remplacée par des macrophages avec un phénotype pro-inflammatoire (CX3CR1low). L'accumulation de macrophages CX3CR1low au cours de la phase précoce de l'infection pourrait contribuer à la rupture de la barrière intestinale et prédisposer l'hôte à la translocation bactérienne et à une inflammation intestinale exacerbée.

Contact : mariangela.cavarelli@cea.fr

L’obésité est un facteur de risque d’infection sévère à SARS-CoV-2 ce qui conduit à s’interroger sur le rôle du tissu adipeux dans la physiopathologie de l’infection. L’obésité est associée à un excès de tissu adipeux mais également à un remodelage profond de ce tissu, modifiant ses capacités métaboliques, son potentiel immunosuppresseur au profit d’un environnement plus inflammatoire et sa composition en cellules immunitaires. L’hypothèse qu’une infection directe du tissu adipeux pourrait exacerber les défauts locaux et systémiques déjà induits par l’obésité a ainsi été proposée.

Dans un travail publié dans Communications Biology, Christine Bourgeois et ses collaborateurs de l’UMR-S 1184 (INSERM/CEA/UPSaclay, Center for Immunology of Viral, Auto-immune, Hematological and Bacterial Diseases - IMVA-HB/IDMIT, Le Kremlin-Bicêtre) ont voulu déterminer si le tissu adipeux était une cible directe du SARS-CoV-2 et les conséquences de l’infection sur les lymphocytes T, spécifiquement impliqués dans les réponses antivirales, présents dans le tissu adipeux.

L’étude a été menée chez le macaque cynomolgus dans un modèle d’infection modérée. Sept jours après infection, le virus a été détecté dans le tissu adipeux sous-cutané mais pas dans le tissu adipeux viscéral. Les chercheurs ont également montré une perturbation des lymphocytes T du tissu adipeux à J7 de l’infection, à la fois dans le tissu adipeux sous-cutané et viscéral.

Ces travaux confirment que le tissu adipeux (sous-cutané) peut être une cible directe du virus dans un modèle d’infection non sévère, hors obésité. Ils ont observé également un impact de l’infection sur les lymphocytes T CD8 du tissu adipeux, indépendant de la présence du virus in situ, confirmant que le tissu adipeux est aussi une cible indirecte de l’infection.

Légende Figure : Immunohistofluorescence sur tissu adipeux de macaque (Image L3I, C. Chapon IDMIT). Marquage FABP-4 (rouge) identifiant les adipocytes et DAPI (blanc) pour visualiser les noyaux des cellules de la fraction stroma-vasculaire.

Contact : christine.bourgeois@universite-paris-saclay.fr

Le virus respiratoire syncytial (VRS) est le principal agent de la bronchiolite du nourrisson. Il est à l'origine de plus de 30 millions de cas de bronchiolite chez l'enfant chaque année dans le monde et constitue la deuxième cause de mortalité infantile. Il peut aussi être responsable d'infections sévères chez le sujet âgés ou fragilisés. Il représente ainsi un problème de santé publique majeur. Pourtant, aucun médicament antiviral ou vaccin n'est encore disponible dans le commerce à ce jour. En fait, le développement d'outils thérapeutiques spécifiques reste ralenti par un manque général de connaissances sur plusieurs aspects des processus moléculaires de la réplication du virus.

Dans une publication parue dans PLoS Pathogens, Marie-Anne Rameix-Welti et son équipe au sein du laboratoire Infection et Inflammation – 2I (UMR-S 1173 INSERM/UVSQ/UPSaclay, Montigny le Bretonneux, et Hôpital Ambroise Paré, Laboratoire de Microbiologie, DMU15, AP-HP) rapportent des avancées majeures autour de la multiplication du VRS.

Lire la suite de l’Actu UVSQ ICI.

Légende Figure : Dynamique des RNPs et de Rab11. Cellule A549 exprimant transitoirement une protéine rab11 fusionnée à la mCherry (rouge) infectée par un RSV exprimant une RNP fluorescente verte observée sous un microscope confocal. Les positions successives d'une RNP et d'une vésicule Rab11 sont superposée à l'image initiale. La détection des surfaces a été faite dur le logiciel Imaris. Image réalisée par le Dr Gina Cosentino.

Contact : marie-anne.rameix-welti@uvsq.fr

La Fondation pour la recherche sur l’endométriose favorise les initiatives qui apportent des solutions à l’errance médicale des malades. En 2022, elle finance 4 projets de recherche pour un montant total de 200 000 €.

voir le webinaire Voir les projets de recherche 

Date limite de candidature : 5 septembre 2022.

Vous avez dit soufflage de verre ? La verrerie scientifique soufflée au chalumeau est sans doute l’une des branches la plus méconnue de l’industrie du verre. Pourtant, le verre, la médecine et la science font bon ménage depuis plusieurs siècles. Les premières cornues de distillation ont été fabriquées par des alchimistes arabes en l’an 800. Depuis le 19ème siècle, les techniques de soufflage de verre ont alimenté l'économie de la technologie, contribué à l'amélioration de la santé humaine ainsi qu’à la recherche de pointe. Les radars, la radiographie, la radiodiffusion puis la télévision, les premiers calculateurs et les appareils de recherche scientifiques, la physique, la pétrochimie, les techniques du vide ont utilisé et utilisent encore des éléments fabriqués par des souffleurs de verre au chalumeau.

Une expertise unique sur le territoire Paris-Saclay, porté par une UMS ! La plateforme Verrerie Scientifique et Technique (VERRE SCIEN-TECH) est en effet l’une des 11 plateformes de l’UMS IPSIT (Ingénierie et Plateformes au Service de l’Innovation Thérapeutique) et propose dans son atelier l'étude, la conception et la réalisation d’appareils en verre et matériaux assimilés à usage scientifique et à destination de la recherche et de l’enseignement. Elle offre également une expertise dans le domaine des produits verriers. A sa tête, Stéphane Louis, double lauréat du concours des Meilleurs Ouvriers de France : Verrerie Scientifique en 2011, et Verrerie d’Art en 2015 !

Une activité rare et précieuse, de la conception à la fabrication sur mesure ! Au sein de cette plateforme technique sont produits des prototypes, des pièces uniques ou de petites séries de fabrication spéciale pour les unités de recherche qui utilisent le verre et ses dérivés dans leurs travaux. Cette proche collaboration avec les utilisateurs est appréciée et participe directement à la recherche et aux expérimentations nouvelles. La plateforme est pourvue de différents outils et machines spécifiques au travail du verre, des chalumeaux, un tour, des machines de travail à froid et des outils de mesure et de contrôle. La plateforme continue d'évoluer dans un groupe de professionnels hautement spécialisés, capables d'adaptation aux industries nouvelles et à la recherche.

Comme l’ont écrit Diderot et d’Alembert dans l’Encyclopédie ou Dictionnaire raisonné des sciences, des arts et des métiers : « Ce qu’il y a de certain, c’est que la chimie n’a point fait de découverte depuis celle des métaux, plus merveilleuse et plus utile que la découverte du verre ».

N’hésitez pas à nous contacter !

Contact : stephane.louis@universite-paris-saclay.fr

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI

IPSIT / Verre SCIEN-TECH. La plateforme Verre Scien-Tech est située sur le site de la Faculté de Pharmacie de Châtenay-Malabry. Ses principales missions sont la Conception, la Fabrication et la Réparation d'appareils en verre et matériaux assimilés à usage scientifique à destination de la recherche et de l'enseignement ainsi que l'Expertise dans le domaine des produits verriers.

A propos d’IPSIT. IPSIT (Ingénierie et Plateformes au Service de l’Innovation Thérapeutique) est une Unité Mixte de Service placée sous les tutelles conjointes de l’UPSaclay (UMS-IPSIT), l’Inserm (US31) et le CNRS (UAR3679). L’IPSIT regroupe 11 plateformes techniques, organisées en trois pôles technologiques (IMCELLF, OMICS et INTERACTIONS) et trois plateformes transverses. L’IPSIT se veut résolument à l’interface de la chimie, de la biologie et de la clinique en établissant le lien entre la cible pathologique et le médicament. L’IPSIT est adossée à une Structure Fédérative de Recherche (SFR) qui rassemble l’UMS-et 25 équipes de recherche. Enfin, IPSIT participe à l’animation scientifique et à la formation des étudiants et des personnels tout en contribuant au rapprochement d’équipes d’horizons différents et à la transdisciplinarité des collaborations.

De nombreux gènes sont en conflit au sein des génomes, comme lorsqu’ils sont soumis à des processus sélectifs antagonistes. C’est le cas des systèmes « Sex-ratio » découverts chez la mouche Drosophila simulans. Dans l’un de ceux-ci, un gène situé sur le chromosome X, appelé distorteur de ségrégation, détourne à son avantage les lois de Mendel de transmission de l’information génétique chez les mâles, en empêchant les spermatozoïdes porteurs du chromosome Y de féconder, produisant principalement des femelles. Cela lui permet en théorie d’envahir très rapidement les populations de drosophile, mais les effets délétères associés peuvent l’en empêcher. D’autres gènes ailleurs dans le génome, appelés suppresseurs, sont sélectionnés pour rétablir une transmission normale et un sexe-ratio équilibré. Dans certaines populations naturelles de drosophile, ce distorteur augmente très rapidement en fréquence, de manière concomitante avec les suppresseurs. Une fois que les deux acteurs du système ont envahi les populations, on observe souvent un déclin du distorteur, probablement lié à ses effets délétères sur la valeur sélective des individus qui le portent.

Dans une étude publiée dans Chromosome Research, des chercheurs de l’Institut Diversité Ecologie et Evolution du Vivant - IDEEV (CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) ont réalisé des expériences d’évolution expérimentale à partir de populations entièrement suppressives sur une centaine de générations, afin de voir l’évolution de la fréquence du distorteur dans ce contexte. Dans certaines populations, les effets délétères semblent faibles voire inexistants, lui permettant de se maintenir autour de sa fréquence de départ.

Ces résultats appuient le fait que ce qu’on pensait être un conflit entre gènes pourrait être plutôt de la coopération : le distorteur a besoin des suppresseurs pour réduire ses effets délétères et envahir les populations, et les suppresseurs ont besoin du distorteur qui leur permet d’être sélectionnés pour rétablir un sexe-ratio équilibré.

Contact : pierre.gerard@agroparistech.fr ou heloise.bastide@universite-paris-saclay.fr

Depuis une dizaine d’années, des mortalités de poissons ainsi que des efflorescences de cyanobactéries toxiques sont signalées de façon récurrente dans diverses retenues d’eau en Algérie. Ces deux évènements ont suscité une mobilisation très importante de la population locale et des médias, mais aucun lien entre eux n’a été considéré. Par exemple, « mort mystérieuse de poissons dans les barrages de Béni Haroun et de Grouz (Wilaya de Mila) » titrait-on dans un article publié dans Le Temps d’Algérie le 24 juin 2013.

Dans une étude récente parue dans Environmental Science and Pollution Research, l’équipe PEPA du laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution - ESE (UMR 8079, CNRS/AgroParisTech/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), en collaboration avec le laboratoire Biologie et Environnement à l’Université de Constantine 1 (Algérie) et Biofluids and Biosystems Modeling Laboratory à l’Université Dalhousie (Canada), ont examiné les mortalités massives de poissons, en particulier des cyprinidés, observées dans le barrage Béni-Haroun (Algérie) en octobre 2017 et leurs liens éventuels avec le développement simultané de cyanobactéries toxiques durant cette période.

Les niveaux élevés des cyanotoxines de type microcystine (libre et liée) détectés dans le tissu viscéral (960,24 ng/g de masse sèche) et dans le tissu musculaire (461.37 ng/g de masse sèche) de carpes trouvées mortes et la lyse complète de leur hépatopancréas montrent bien l’implication de ces cyanotoxines dans la mortalité massive de poissons dans ce barrage.

Légende Figure : (a) Efflorescences de cyanobactéries dans le barrage Béni-Haroun (Algérie) associées à une mortalité de poissons en octobre 2017, (b) Lyse de l’hépatopancréas de poissons morts et (c) Taux en microcystines totales (libres et liées) dans les viscères et le muscle de la carpe commune (Cyprinus carpio).

Contact : noureddine.bouaicha@universite-paris-saclay.fr

Depuis avril 2021, des cas de myocardite et de péricardite ont été signalés après l’administration de vaccins Covid-19 à ARN messager (ARNm).

À partir des données nationales de séjours hospitaliers et d'administration de vaccins, Epi-Phare a réalisé une large étude épidémiologique d'associations entre ces deux inflammations cardiaques et l'exposition aux deux premières doses de vaccins à ARNm.

Une étude publiée dans Nature Communications et dirigée par Mahmoud Zureik (CESP, UMR-S 1018 INSERM/UVSQ/UPSaclay, UFR Simone Veil – Santé à l’UVSQ, et directeur d’Epi-Phare) retrouve un risque accru de myocardite et de péricardite dans la semaine suivant la vaccination contre le Covid-19 par les vaccins à ARNm, en particulier la deuxième dose du vaccin mRNA-1273 (Moderna), chez les hommes et les femmes âgés de 12 à 50 ans.

L’excès estimé de cas de myocardite dû à la vaccination est le plus important chez les hommes entre 18 et 24 ans, atteignant 4,7 [3,8-5,8] cas pour 100 000 deuxièmes doses de BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) et 17 [13-23] cas pour 100 000 deuxièmes doses de mRNA-1273 (Moderna).

Les cas de myocardite et de péricardite suivant la vaccination n’apparaissent pas plus graves que ceux survenant en dehors de la vaccination.

Contact : stephane.le-vu@ansm.sante.fr ou mahmoud.zureik@ansm.sante.fr

Le genre bactérien Enterobacter est composé de plus de 24 espèces et comprend des pathogènes opportunistes à Gram-négatif responsables d'infections nosocomiales, notamment dans les services de réanimation néonatale (RNN).

Dans un article paru dans MicrobiologySpectrum, Florence Doucet-Populaire et ses collaborateurs de l’équipe Host-pathogen interaction in sepsis (I2BC, Gif-sur-Yvette) et du service de Bactériologie-Hygiène de l’Hôpital Antoine Béclère (AP-HP/UPSaclay) ont investigué une épidémie de sepsis à Enterobacter chez des nouveau-nés prématurés qui a perduré malgré la mise en œuvre de mesures d’hygiène renforcées.

La comparaison du génome des souches isolées des hémocultures et de l’environnement de la réanimation néonatale a démontré par analyse des SNPs (Singular Nuclotide Polymorphism) l’existence de clonalité. L'analyse de l'identité nucléotidique moyenne (ANI) et des MLST a mis en évidence que l’épidémie était multi-espèce et multi-clonale ; E. xiangfangensis et E. bugandensis étant les deux espèces les plus fréquentes. Cette dernière espèce était responsable d’un taux de mortalité plus élevé associé à la présence de LpxO, un marqueur de sévérité modifiant le LPS précédemment mis en évidence par la même équipe. Une nouvelle stratégie de prélèvement des incubateurs en condition d’usage (37°C, 85% hygrométrie, 48H) a permis le recueil de souches d’Enterobacter.

L'analyse génomique des souches isolées des incubateurs et des hémocultures a révélé une parenté génétique, confirmant que les incubateurs étaient la principale source de l’épidémie et constituait un important réservoir de bactéries pathogènes en RNN.

Contact : florence.doucet-populaire@universite-paris-saclay.fr ou ehernandez_aa@hotmail.com

Le Médiateur est un corégulateur conservé jouant un rôle clé dans la transcription par l'ARN polymérase (Pol) II. L’équipe de Julie Soutourina (Biologie des génomes/I2BC et Institut Joliot, CEA/CNRS/UPSaclay) a découvert un nouveau lien du Médiateur avec la réparation par excision de nucléotides (NER) via Rad2 (homologue de XPG humain). Dans leur étude publiée dans Genome Research, l’équipe a analysé un lien potentiel de deux protéines de NER : Rad26 (homologue de CSB) et Rad1-Rad10 (homologue de XPF-ERCC1) avec le Médiateur et la Pol II chez la levure Saccharomyces cerevisiae.

Les analyses génomiques révèlent que ces protéines s'associent à la chromatine sans stress génotoxique exogène. De plus, Rad1-Rad10 et Rad26 co-localisent avec le Médiateur dans les régions intergéniques et interagissent physiquement avec ce complexe. Malgré des similitudes dans la localisation génomique, leur lien fonctionnel avec la Pol II et le Médiateur diffère sensiblement. Combinés à des analyses multivariées, les résultats montrent comment les relations entre Rad1-Rad10, Rad26, le Médiateur et la Pol II sont modulées par la dynamique du Médiateur et de la transcription. En conclusion, le lien du Médiateur avec la réparation de l’ADN n'est pas limité à la protéine Rad2.

Ce travail apporte ainsi de nouvelles informations sur la dynamique fonctionnelle entre Rad1-Rad10, Rad26, Pol II et Médiateur, en contribuant à de nouveaux concepts des liens entre les machineries de la transcription et la réparation d'ADN. Les questions soulevées sont pertinentes pour les pathologies humaines, y compris le cancer et les maladies rares Xeroderma Pigmentosum (XP) ou Syndrome de Cockayne (CS).

Contact : julie.soutourina@cea.fr

Les travaux de l’équipe de Mathias Richard au sein de l’unité Micalis (INRAE/AGroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) s’appliquent à identifier le rôle potentiel des champignons dans les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin comme la maladie de Crohn. Dans ce cadre ils ont choisi entre autres d’étudier le rôle des récepteurs de l’immunité innée à ces champignons dans le dialogue avec l’hôte et des modifications potentielles induites de la susceptibilité à l’inflammation intestinale.

Leur étude récente publiée dans Microbiome s’est portée sur 2 récepteurs majeurs aux champignons Dectin-1 et Dectin-2 qui reconnaissent 2 sucres différents qui composent la paroi à la surface des champignons. Pour la caractérisation de ce système complexe, les chercheurs ont utilisé un modèle animal d’inflammation intestinale sur des souris Dectin1 et 2 KO.

Les résultats de leur étude ont montré que la susceptibilité à l’inflammation de ces souris doubles mutantes était beaucoup plus faible que les souris sauvages. Ils ont pu mettre en évidence que cette protection était essentiellement portée par le microbiote puisque le transfert de ce microbiote seul suffisait à protéger les souris. La grosse surprise a été que dans ce microbiote protecteur la population fongique n’était pas impactée alors que le microbiote bactérien l’est lui beaucoup plus ce qui n’était pas du tout attendu dans ce contexte génétique.

Parmi les bactéries dont la population était modifiée, des souches de la famille des Lachnospiraceae ont été identifiées comme possible bactéries protectrices. L’utilisation d’une d’entre elles, Blautia hansenii, leur a permis de démontrer un effet positif sur la susceptibilité à l’inflammation.

Ces résultats novateurs ouvrent de nouvelles portes dans le développement de probiotiques de nouvelle génération.

Contact : mathias.richard@inrae.fr

L’équipe Génétique Microbienne et Environnement - GME de l’unité MICALIS (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) a identifié un nouvel acteur de la virulence de Bacillus thuringiensis (Bt) : le régulateur VipR. Celui-ci est autorégulé et contrôle l’expression de la toxine insecticide Vip3A dès l’entrée en phase stationnaire. Il contrôle aussi l’expression de gènes cry et pourrait jouer un rôle majeur, jusque-là insoupçonné, dans le pouvoir pathogène de Bt.

Bt est une bactérie pathogène d’insectes très utilisée en lutte antivectorielle pour tuer les larves d’insectes vecteurs de maladies (moustiques et simuli) et en protection des cultures pour tuer les larves de lépidoptères ou de coléoptères. Ses propriétés insecticides sont principalement dues à la production des toxines Cry qui provoquent une toxémie induisant la paralysie de l’intestin, la germination des spores et la multiplication des bactéries. Durant la croissance de Bt, d’autres toxines, notamment Vip3A, et des enzymes dégradatives sont produites et permettent aux bactéries de provoquer une septicémie conduisant à la mort de l’insecte. Un intérêt majeur de la toxine Vip3A est d’être active contre des lépidoptères faiblement sensibles aux toxines Cry et de reconnaître des récepteurs différents de ceux reconnus par les toxines Cry. Cet atout limite fortement les risques de sélection d’insectes résistants.

Une séquence de liaison à l’ADN reconnue spécifiquement par VipR a été identifiée en amont de plusieurs gènes cry. Cette observation suggère que ces toxines Cry sont produites précocement, avant la sporulation, et jouent un rôle dans le processus infectieux de la bactérie en plus de la toxémie due à l’ingestion des cristaux.

Ces travaux ont été publiés dans Microbiology Spectrum.

Contact : didier.lereclus@inrae.fr ou emilie.verplaetse@inrae.fr

Des chercheurs du laboratoire GAIA (UMR BAOBAB / NeuroSpin, CEA/CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) ont développé une stratégie de cartographie des fibres de la matière blanche superficielle permettant de démêler la variabilité de son organisation à l'aide d'une stratification de la population basée sur des « tractogrammes » régionaux dérivés de données d’IRM de diffusion.

Lire la suite de l'Actu du CEA-Joliot ICI et l'article publié dans NeuroImage.

Contact : jean-francois.mangin@cea.fr