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Deux acteurs du biocluster, le laboratoire SABNP (Université d’Évry Paris-Saclay) et la startup Synsight, ont développé une approche intégrée de criblage de nouveaux médicaments qui s’appuie à la fois sur la modélisation informatique, l’analyse structurale des molécules biologiques et une technologie brevetée d’étude des interactions protéines-ARN au sein même de la cellule. La démarche des scientifiques génopolitains cible des pistes thérapeutiques modulant ou inhibant ces interactions, prometteuses pour des cancers et diverses maladies, dont la découverte était jusque-là freinée par le manque de méthodes. Dans un organisme vivant, la liaison entre protéines et molécules d’ARN, ARN messager codant pour d’autres protéines ou ARN non codant aux divers rôles biologiques, est un phénomène essentiel au fonctionnement de chaque cellule et de l’organisme tout entier. Le génome humain code par exemple pour plus de 1 000 protéines de cette nature. Les liaisons protéines-ARN régulent notamment l’expression de nos gènes. Elles sont parfois la cause de pathologies, par exemple de maladies neurodégénératives et de cancers. Une classe méconnue de nouveaux médicaments Cibler les interactions protéine-ARN est une voie prometteuse pour la découverte de nouveaux médicaments. Cette piste thérapeutique est jusqu’à présent largement sous-exploitée car elle se heurte à deux obstacles : d’une part le manque de modèles informatiques pour un criblage in silico de composés ciblant la poche moléculaire, siège de l’interaction, et d’autre part la difficulté de détecter expérimentalement, dans la cellule, ces interactions. Le laboratoire SABNP, dirigé par David Pastré et sous tutelle de l’Université d’Évry Paris-Saclay, et la société Synsight, fondée par Cyril Bauvais, ont conçu une approche de criblage thérapeutique exploitant des données chimiques, structurales et cellulaires. Lire la suite de l’Actu UEVE Contact : david.pastre@univ-evry.fr
Les espèces exotiques envahissantes représentent une grave menace mondiale souvent méconnue et largement sous-estimée. Tel est le constat alarmant que viennent de dresser les experts internationaux de l'IPBES (Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services) dans leur dernier rapport dont Franck Courchamp, directeur de recherche au Laboratoire Ecologie Systématique et Evolution - ESE (CNRS/AgroParisTech/UPSaclay, IDEEV, Gif-sur-Yvette) est l’un des co-auteurs. Contact : franck.courchamp@universite-paris-saclay.fr
La Graduate School Biosphera vous invite à son Assemblée Générale le jeudi 12 octobre 2023 de 9h00 à 11h00 au Campus Agro Paris-Saclay. C’est l’opportunité pour vous, de mieux découvrir les actions de la GS Biosphera, et pour nous, de mieux appréhender les attentes de notre communauté. Programme prévisionnel : - Introduction de Laurent Buisson - Directeur général d'AgroParisTech
- Bilan des activités de la GS Biosphera avec pour focus : la contribution GS dans le One Health ; les plateformes et l'international
- Intervention de Tania Di Gioia (Directrice de la Recherche et de la Valorisation - Université Paris-Saclay) pour son éclairage sur l'innovation et les PUI (pôles universitaires d'innovation)
=> Des temps de discussion seront prévus pour chacun des sujets. Pour des raisons organisationnelles une inscription préalable à cet évènement est nécessaire avant le mardi 3 octobre. Lien : ICI Pour toute question ou renseignement, merci de bien vouloir vous adresser à frederique.delville@universite-paris-saclay.fr A l'issue de cette Assemblée, nous poursuivrons avec les Journées Scientifiques de Biosphera (pour en savoir plus : ICI)
Leem - Lancement de l’appel à projets 2023 : « Innover dans le parcours de santé »
Cet appel à projets soutiendra des projets participant à l’émergence de solutions innovantes dans les parcours de santé et à leur appropriation par les bénéficiaires, notamment dans l’un des champs suivants : - Prise en compte des comportements et déterminants de santé,
- Repérage et détection des populations et des situations à risque,
- Actions visant à renforcer l’éducation thérapeutique et/ou l’adhésion des patients à leur traitement.
Une attention spécifique sera portée sur : - Les projets concernant les personnes en situation de vulnérabilité ;
- Les projets mettant l’accent sur la participation des bénéficiaires et la prise en compte de leur environnement ;
- L’articulation et la coordination entre les différentes composantes du parcours de santé (dispositif sanitaire, dispositif social, etc.).
Enveloppe globale 250 000 euros. Le financement de projet sur un an sera privilégié et ne pourra excéder 2 ans. Afin de garantir la soutenabilité financière du projet, les co-financements sont nécessaires Date butoir : 3 novembre 2023
L'Observatoire du Végétal (OV) est un ensemble unique de ressources dédiées au phénotypage multi-niveaux des plantes. Il est adossé à l’Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB, UMR 1318, INRAE-AgroParisTech-Université Paris-Saclay) et au réseau Saclay Plant Sciences (SPS). Ces infrastructures labellisées IBiSA sont situées sur le Centre INRAe de Versailles. L’objectif de l’OV est de mettre en place une analyse intégrée et à haut débit des plantes, alliant phénotypage macroscopique, biochimique, cytologique, chimique, métabolique. Il s’appuie à ce titre sur 6 composantes / plateformes : Biochimie (resp. Hakim MIREAU, Alexandre de St GERMAIN), Chimie / Métabolisme (resp. Grégory MOUILLE), Culture de plantes (resp. Hervé VAUCHERET), Cytologie / Imagerie (resp. Bertrand DUBREUCQ), Phenoscope (resp. Olivier LOUDET) et le CRB Arabidopsis (resp. Christine CAMILLERI, Christine HORLOW). Ce cluster, dédié au phénotypage des plantes, permet de réaliser une caractérisation à des niveaux d’analyse multiples d’échantillons végétaux produits in situ. Contacts : Christian Meyer (christian.meyer@inrae.fr) IJPB / OV : cliquer ICI Les plateformes de IJPB / Observatoire du Végétal prennent régulièrement RDV avec vous au travers de FOCUS PLATEFORME. Profitez de cette brève pour découvrir à nouveau un éclairage sur leurs expertises, leurs équipements et leurs offres de collaborations ou de prestations ! - IJPB / Observatoire du végétal - Plateforme de Biochimie
FOCUS PLATEFORME : Quand la biochimie se joint à la synthèse organique pour préserver la culture du chanvre industriel ! - IJPB / Observatoire du végétal - Plateforme Chimie-Métabolisme
FOCUS PLATEFORME : L'analyse des métabolites spécialisés des plantes : un outil pour l'étude des interactions plantes/microorganismes, une spécificité de la plateforme Chimie-Métabolisme-Métabolome de l'Observatoire du Végétal - IJPB / Observatoire du végétal - Plateforme de culture de plantes
FOCUS PLATEFORME : La culture sous tous les climats : une spécificité de la plateforme Observatoire du Végétal - Culture de Plantes à l'INRAE de Versailles ! - IJPB / Observatoire du végétal - Plateforme de Cytologie et Imagerie Végétale
FOCUS PLATEFORME : La microdissection assistée par laser, un apport « tranchant » dans l'analyse à très petite échelle des transcriptomes végétaux !
FOCUS PLATEFORME : AAP SESAME 2021 - Vers de nouveaux fronts de science avec un microscope à super résolution à technologie STED dès 2022 ! - IJPB / Observatoire du végétal – Phenoscope
FOCUS PLATEFORME : Changement d'échelle avec le développement d'un nouveau robot de phénotypage des plantes de type 'PHENOSCOPE'... en taille XL ! - IJPB / Observatoire du végétal - Centre de ressources biologiques Arabidopsis
FOCUS PLATEFORME : Le Centre de Ressources Biologiques (CRB) Arabidopsis de l’Observatoire du Végétal à l’INRAE de Versailles : des ressources génétiques uniques
Il y a 50 ans naissait la théorie du contrôle métabolique – aujourd’hui appelée MCA, pour Metabolic Control Analysis –, qui étudie comment un système métabolique répond à de petites perturbations au voisinage d'un état stationnaire (Kacser & Bums 1973; Heinrich & Rapoport 1974). Ce que l’on peut considérer comme la première approche de biologie des systèmes s’est révélée extrêmement féconde. En biochimie, elle a notamment permis de montrer que le contrôle des flux métaboliques était distribué entre toutes les enzymes, ce qui a marginalisé la notion de facteur limitant. L’influence de la MCA s'est aussi étendue à des domaines tels que la transduction du signal et le cycle cellulaire, mais elle a surtout fourni un modèle biologiquement réaliste de la relation – non-linéaire – entre le génotype et le phénotype. Ce dernier aspect fait l’objet d’un article de Dominique de Vienne, Charlotte Coton et Christine Dillmann (Unité GQE Le Moulon / IDEEV UPSaclay/INRAE/CNRS/AgroParisTech, Gif-sur-Yvette) paru dans le cadre d’un numéro spécial du journal BioSystems consacré aux avancées passées et actuelles de la MCA. Cet article passe en revue les apports majeurs de cette théorie en génétique, génétique quantitative et évolution. La dominance, l’épistasie, l’hétérosis (vigueur hybride), la neutralité sélective des polymorphismes moléculaires, la dynamique de rétention des gènes après duplication des génomes, la distribution biaisée des effets des gènes à effet quantitatif, etc., sont autant d’observations fondamentales que la MCA a éclairées (Fig. A à D). Des résultats originaux sur la mesure de l’épistasie sont également présentés, ainsi qu’une étude montrant les relations structurelles étroites entre l’épistasie et l’hétérosis dans le contexte de la MCA (Fig. E). Légende Figure : Conséquences génétiques de la non-linéarité de la relation génotype-phénotype. Le phénotype est ici le flux métabolique et le génotype est l’ensemble des facteurs génétiques susceptibles d’affecter la concentration des enzymes. A. Épistasie. La forme de la relation entre la concentration d’une enzyme particulière et le flux dépend du fonds génétique : les trois courbes correspondent à concentrations différentes des autres enzymes de la chaîne. B. Coefficient de contrôle. La sensibilité du flux à la variation de concentration d’une enzyme est quantifiée via le coefficient de contrôle, qui est la pente normalisée au point considéré (flèches jaunes). Au niveau du plateau, l’enzyme a un contrôle négligeable sur le flux. C. Dominance. Le croisement entre le génotype aa (flux Jaa) et le génotype AA (flux JAA) donne le génotype Aa dont le flux JAa est supérieur à la moyenne des flux parentaux. L'allèle A est donc dominant sur l'allèle a en ce qui concerne le flux bien qu’il y ait additivité des concentrations d’enzymes. D. Hétérosis. Le flux (courbes de niveau) dépend des concentrations de deux enzymes. L’hybride issu du croisement P1 x P2 a un flux (losange noir) supérieur à la moyenne des flux parentaux, mais inférieur à celui du meilleur parent (mid-parent heterosis). L’hybride issu du croisement P3 x P4 a un flux supérieur à celui du meilleur parent (best-parent heterosis). L’hétérosis est donc une conséquence inévitable de la courbure de la surface. E. Relation entre hétérosis et épistasie (simulations de la glycolyse de levure). A partir des valeurs de flux pour une série de parents et de leurs hybrides, un indice d’épistasie (en abscisse) et un indice d’hétérosis (en ordonnée) ont été calculés. Les valeurs d’épistasie entre 0 et 1 correspondent à de l’épistasie antagoniste, les valeurs supérieures à 1 à de l’épistasie synergique. Points jaunes : mid-parent heterosis. Points bleus : best-parent heterosis. On voit que les plus fortes valeurs d’hétérosis sont associées à l’épistasie antagoniste : cela signifie que lorsque les parents ont des valeurs phénotypiques faibles en raison d’interactions négatives entre gènes, l’hybridation est un moyen de contrecarrer ces effets. Contact : dominique.de-vienne@inrae.fr
Les gliomes malins de la ligne médiane (DMG) demeurent universellement incurables, avec une survie médiane de 9 mois, du fait de leur localisation particulière, de leur résistance aux thérapies et de leur capacité à infiltrer le cerveau. En effet, l’invasion des cellules tumorales dans le cerveau est l’une des capacités les plus importantes de ces gliomes pédiatriques, en partie responsable de l’échec des thérapeutiques dans cette maladie. Des chercheurs des unités UMR-S 981 et UMR-S 1279 (INSERM/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) ont réussi à mettre au point une méthode rapide qui permet de prédire l'invasivité interindividuelle au laboratoire. Ce travail montre que plus les cellules tumorales récoltées au diagnostic sont invasives in vitro, plus le patient risque de développer des métastases au cours de la maladie et que ceci est associé à un pronostic encore plus grave. L’utilisation d’avatars en 3 dimensions (tumoroïdes) a permis aux chercheurs de commencer à disséquer les mécanismes qui régulent ce processus. Ils ont ainsi découvert un régulateur important de l'invasion, le gène BMP7, et la possibilité de bloquer ses effets avec des médicaments ciblant la voie MEK/ERK/Rho qu’ils pourront envisager d’utiliser rapidement en clinique. Les résultats de cette étude, publiée dans Neuro-Oncology, devraient permettre une meilleure stratification et une prise en charge plus adaptée pour les enfants atteints de DMG. Contact : david.castel@gustaveroussy.fr
Dans une étude prospective (clinicaltrials.gov NCT02948322) publiée dans le European Journal of Endocrinology, les médecins–chercheurs du Service d’Endocrinologie de l’Hôpital Bicêtre (UMR-S 1185 « Physiologie Physiopathologie Endocriniennes » Inserm/UPSaclay), en collaboration avec l’équipe de l’Imagerie cardiaque de l’Institut de Cardiométabolisme et Nutrition (ICAN) à l’hôpital Pitié-Salpêtrière, ont exploré la cardiomyopathie spécifique des patients atteints d’une acromégalie. L’acromégalie est une maladie rare due à un excès de l’hormone de croissance (GH) à l’âge adulte produit par un adénome hypophysaire ; elle est classiquement associée à une morbidité cardiovasculaire, notamment à une hypertrophie ventriculaire dont le caractère ni la pathogénie ne sont pas bien compris. Dans cette étude, 26 patients atteints d'une acromégalie ont été investigués par IRM cardiaque avant et après le traitement de leur acromégalie, et comparé à 31 sujets témoins d'un âge et de sexe comparables. Les patients acromégales avait une augmentation de la masse ventriculaire gauche par rapport aux témoins ; et leur masse ventriculaire gauche corrélait avec log GH. Une « authentique » hypertrophie ventriculaire gauche a été diagnostiquée seulement chez 6 patients (24%) atteints d'acromégalie active, ce qui est une proportion bien plus basse que l’ont suggéré les études préalables utilisant l’échographie cardiaque. L’augmentation de la masse ventriculaire était due à une augmentation à la fois de la masse intracellulaire (reflétant le volume des cardiomyocytes) et de l’espace extracellulaire (possiblement liée à une infiltration par les mucopolysaccharides). Le traitement de l'acromégalie a réduit la masse ventriculaire totale et intracellulaire (dépendante des variations de la pression artérielle), sans affecter la masse extracellulaire. Cette atteinte cardiaque est donc différente de celle observée chez les patients hypertendus et met en évidence l'impact direct de la GH et de l'IGF-I sur le cœur. Contact : peter.kamenicky@aphp.fr
Les cancers HPV induits sont responsables d'une forte proportion des cancers du col de l'utérus localement avancés, des cancers de l'anus et de l'oropharynx. Afin d'améliorer la prise en charge et le traitement de ces cancers, le développement de schémas thérapeutiques innovants, personnalisés et combinant des modalités de traitement complémentaires telles que la chimioradiothérapie (CRT) et l'immunothérapie semble être une option thérapeutique prometteuse. Dans ce contexte, des chercheurs de l’unité de Radiothérapie Moléculaire et Innovation Thérapeutique (UMR-S 1030 INSERM/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) viennent de publier un article dans European Journal of Nuclear Medicine and Molecular Imaging montrant le potentiel de l’intelligence artificielle (IA) appliquée à l'imagerie en oncologie pour la personnalisation du traitement des cancers HPV-induits. Dans ce travail, des caractéristiques quantitatives d'images médicales, appelées caractéristiques radiomiques, caractérisant la forme de la tumeur, ses intensités sur l’image et son hétérogénéité spatiale ont été extraites d’images acquises par tomographie par émission de positons (TEP). Des modèles d’IA basés sur les variables cliniques, biologiques et radiomiques ont été ensuite développés pour prédire la survie des patients. D’après leurs résultats validés sur des jeux de données indépendants, l’équipe a montré que les modèles de prédiction de survie basés sur les caractéristiques radiomiques extraites des images TEP pourraient prédire la survie avec une signature commune aux cancers HPV-induits. La radiomique pourrait donc ouvrir la voie à l'optimisation du traitement des cancers induits par le HPV, en identifiant les patients qui pourraient bénéficier d'une intensification ou d'une désintensification de la dose administrée en radiothérapie. Contact : stephane.niyoteka@gustaveroussy.fr
Portrait Jeune Chercheuse - Julie Boucquemont, Maître de Conférences en biostatistique
Julie Boucquemont est maître de conférences à la faculté de médecine de l’Université Paris Saclay depuis septembre 2019. Responsable du DU Biostatistique et méthodes en santé publique et co-responsable du M1 Méthodes en santé publique, elle est affiliée à l’équipe Epidémiologie clinique du Centre de recherche en Epidémiologie et Santé des Population – CESP (UMR-S 1018 INSERM/UVSQ/UPSaclay, Villejuif) pour son activité de recherche. Après une formation initiale en biologie, c’est lors de son M2 puis de sa thèse en biostatistique sous la direction de Karen Leffondré à l’université de Bordeaux que Julie commence à s’intéresser aux méthodes statistiques innovantes et à leur application dans le domaine de l’épidémiologie rénale. Les défis méthodologiques liés à l’étude de l’évolution de la fonction rénale représentaient un terrain d’application parfait pour les méthodes développées alors dans l’équipe de biostatistique, telles que le modèle linéaire mixte à classes latentes ou encore le modèle « illness-death » pour données censurées par intervalle. Julie décroche ensuite un contrat postdoctoral de deux ans à l’Université McGill à Montréal. En collaboration avec Bethany Foster, épidémiologiste clinique et pédiatre spécialiste en transplantation, elle montre que chez l’adolescent et l’adulte jeune, les jeunes femmes semblent avoir une meilleure observance du traitement immunosuppresseur que les jeunes hommes après transplantation rénale. A son retour en France en 2017, Julie est recrutée comme attachée temporaire d’enseignement et de recherche à l’université de Nantes au sein de l’unité mixte de recherche Inserm SPHERE. Elle y poursuit ses travaux sur la transplantation rénale, cette fois chez l’adulte, en étudiant la diversité des pratiques de prescription de traitement lors de la greffe entre les différents centres de transplantation. Cette expérience nantaise confirme son envie d’enseigner. « La santé publique est par définition pluridisciplinaire et dans une même formation, les étudiants peuvent venir d’horizons très variés. S’adapter à ce public est passionnant. L’enseignement, au-delà de la transmission de connaissances, me donne le sentiment de participer à la construction des étudiants, et j’en tire une grande satisfaction personnelle. » En 2019, Julie rejoint l’équipe Epidémiologie Clinique du CESP dirigée par Bénédicte Stengel. Cette équipe coordonne l’étude CKD-REIN, la première large cohorte nationale menée en France sur la maladie rénale chronique et ses complications, financée par le Programme « Cohortes-Investissements d’avenir ». « L’expertise de Julie dans la modélisation et l’analyse des données longitudinales complexes, qu’il s’agisse d’évènements de santé ou de marqueurs biologiques, est très précieuse pour la cohorte » souligne Marie Metzger, responsable data de la cohorte CKD-REIN. « Compte tenu de la masse de données collectées, l’arrivée de Julie a été une vraie chance pour développer de nouveaux projets avec les étudiants qu’elle encadre en collaboration avec les cliniciens de l’équipe. » ajoute Natalia Alencar de Pinho, coordinatrice de l’étude. Dans un travail en cours, Julie cherche à identifier les facteurs associés à une meilleure planification du traitement de suppléance rénale chez les patients avec une maladie rénale chronique avancée. Du point de vue de l’enseignement, Julie est très impliquée dans la Graduate School de Santé Publique. En s’appuyant sur les ressources pédagogiques existantes, elle souhaite notamment faire évoluer l’enseignement en biostatistique en y intégrant par exemple la création d’exercices interactifs. Chaque étudiant étant différent, il est en effet nécessaire de varier les modes d’apprentissage pour s’adapter à chacun et de nouvelles possibilités sont offertes par le développement des outils numériques de ces dernières années. “If your Nerve, deny you—Go above your Nerve” - Emily Dickinson (& Cheryl Strayed) Contact : julie.boucquemont@universite-paris-saclay.fr
Chaque année, l’Académie d’agriculture de France (AAF) récompense des travaux majeurs et prometteurs. En 2023, ce sont six lauréates et lauréats issus de l’Université Paris-Saclay qui ont été primés lors d’une séance solennelle qui s’est déroulée mercredi 20 septembre 2023. La médaille d’Or reconnaît l’originalité et la qualité de l’ensemble d’une œuvre couronnant une carrière. Directrice de recherche INRAE au laboratoire Écologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (EcoSys – Univ. Paris-Saclay, AgroParisTech, INRAE), Isabelle Lamy est une des cinq lauréat.e.s de la médaille d’Or 2023, décernée en reconnaissance de son implication significative dans le développement des recherches en écotoxicologie terrestre aux niveaux national, européen et international. Contact : isabelle.lamy@inrae.fr
Pour augmenter la libido, la musculature, contrer la fatigue... On peut vouloir accroître son taux de testostérone? Comment ? Aliments, médicaments, risques et conseils médicaux. Le Professeur Jacques Young (service d'endocrinologie et reproduction, hôpital de Bicêtre, AP-HP/UPSaclay, Kremlin-Bicêtre) répond aux questions. Lire l’article dans le Journal des Femmes
Xavier Mariette, élu président de la Commission Médicale d’Etablissement Locale (CMEL) du GHU AP-HP Université Paris-Saclay
Le Professeur Xavier Mariette (service de Rhumatologie-Hôpital Bicêtre, Laboratoire IMVA UMR-S 1184 UPSaclay/INSERM/CEA et centre de référence des maladies systémiques auto-immunes rares, Le Kremlin-Bicêtre) a été élu à la Présidence de la Commission médicale d’établissement locale (CMEL) du GHU AP-HP Université Paris-Saclay. Il a à ses côtés en qualité de Vice-Président, le Dr Tristan Cudennec (Service de Médecine Gériatrique, Hôpital Ambroise Paré, AP-HP/UVSQ/UPSaclay, Boulogne Billancourt).
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Le laboratoire IBISC de l'Université d’Évry Paris-Saclay a développé le 1er outil d’identification des ARN bifonctionnels, récemment découverts pour leur rôle au cours du développement ou dans les cancers. Le laboratoire IBISC a mis au point IRSOM2, le premier outil bio-informatique de prédiction des ARN bifonctionnels, une classe nouvellement découverte d’ARN qui cumulent une activité biologique propre et la capacité à être traduits en protéines fonctionnelles. Le modèle repose sur les réseaux de neurones et la méthode des cartes auto-organisatrices. Il identifie les ARN codants, non-codants et une 3e classe qui regroupe les ARN potentiellement bifonctionnels. Librement accessible et simple d’utilisation, IRSOM2 fournit aux biologistes des candidats à étudier et contribue ainsi aux progrès des connaissances dans le domaine naissant des ARN bifonctionnels. Contact : fariza.tahi@univ-evry.fr
- Roche et Foundation Medicine (FMI) vont transférer la technologie FoundationOne® Liquid CDx à Gustave Roussy, afin de lui permettre de réaliser des profilages génomiques larges (CGP) par le biais de tests de biopsie liquide accessibles progressivement à tous les patients français.
- La biopsie liquide repose sur l’analyse de l’ADN tumoral circulant et constitue une option importante pour l’orientation thérapeutique des patients atteints de cancer à un stade avancé, en leur permettant de bénéficier dans un délai court d’un CGP lorsqu’une biopsie tissulaire n’est pas possible, recommandée ou réalisable dans un délai acceptable.
- Le partenariat souligne l'engagement de Gustave Roussy, Roche et Foundation Medicine à investir dans des soins de santé personnalisés pour faire entrer la médecine de précision dans une nouvelle dimension au bénéfice des patients atteints de cancer en France.
Lire la suite de l’Actu Gustave Roussy
L'Objet Interdisciplinaire BioProbe (OI BioProbe) une initiative interdisciplinaire de l’Université Paris-Saclay qui a pour objectif de promouvoir des projets innovants en chimie et en physique pour l’étude de processus biologiques en milieu complexe en vue d’applications pour le diagnostic et l’imagerie. Une des missions de BioProbe est de dynamiser la recherche fondamentale interdisciplinaire en valorisant les méthodes innovantes de détection, d'analyse et d'imagerie pour l'exploration quantitative au niveau moléculaire des processus du vivant. Les personnels support sont essentiels pour mener les activités scientifiques de BioProbe notamment via les nombreuses plateformes utilisées par les équipes et en particulier celles d’imagerie. BioProbe propose de contribuer au financement d’une action de formation pour ces personnes pour un montant maximal de 3000€ par personne. Ce financement est ouvert de manière permanente et évalué au fil de l’eau. Informations et candidatures
Les « gènes sauteurs » sont des parasites moléculaires, un peu comme des virus, qui se multiplient au sein des génomes. Des mécanismes de défenses permettent en général de limiter leur prolifération dans les génomes. Cependant, sur les chromosomes sexuels qui perdent la capacité à recombiner, la sélection devient moins efficace et ces « gènes sauteurs » se multiplient, mais nous ne savions pas jusqu’alors à quelle vitesse. Une étude récente sur des champignons castrateurs de plantes, qui ont des chromosomes sexuels de différents âges, a révélé que ces « gènes sauteurs » s’accumulent très rapidement sur les chromosomes sexuels dès qu’ils deviennent non-recombinants, puis la quantité de ces séquences répétées se stabilise. Cet article du Laboratoire Ecologie Systématique et Evolution - ESE (CNRS/AgroParisTech/UPSaclay, IDEEV, Gif-sur-Yvette) a été publié dans Nature Communications. Les chromosomes sexuels X et Y des mammifères ne recombinent plus depuis des dizaines de millions d’années, à tel point que le chromosome Y a perdu la plupart de ses gènes mais a accumulé de grandes quantités de séquences répétées, des « gènes sauteurs » qui sont capables de se multiplier dans les génomes par « copier-coller ». L’absence de recombinaison sur le chromosome Y empêche de purger efficacement ces éléments parasites qui peuvent se coller au milieu des gènes et les rendre non-fonctionnels. L’âge assez élevé des chromosomes sexuels des mammifères empêche cependant d’étudier à quelle vitesse ces « gènes sauteurs » s’accumulent. L’étude récente, utilisant des chromosomes sexuels de champignons, qui sont relativement jeunes et de différents âges entre espèces proches, révèle que ces « gènes sauteurs » s’accumulent très rapidement sur les chromosomes sexuels dès qu’ils deviennent non-recombinants. La quantité de ces séquences répétées se stabilise ensuite après 1,5 millions d’années autour de 50% de l’information génétique dans les régions qui ne recombinent plus. L’étude révèle également que certaines familles de ces gènes sauteurs se multiplient préférentiellement, de façon répétables, par des événements ponctuels de prolifération intense, sur les chromosomes sexuels après la suppression de recombinaison. Ces résultats contribuent à la compréhension de l’évolution des génomes et à leur invasion par des parasites moléculaires. Légende Figure : Vitesse d’accumulation gènes sauteurs sur les chromosomes sexuels des champignons Microbotryum castrateurs de plantes. Contact : tatiana.giraud@universite-paris-saclay.fr Twitter : @GenEcoEvo @TatianaGiraud6 @LaPepena
Dans une étude publiée dans npj Science of Food, des scientifiques d’INRAE et d’AgroParisTech, dont deux unités de UPSaclay (MIA-Paris-Saclay et SayFood), présentent une approche pour intégrer les données de la recherche dans le domaine des aliments et bioproduits. En effet, le partage et le croisement des données de recherche constituent de puissants leviers d’innovation mais nécessitent de mettre en place des systèmes d’information performants. De tels systèmes peuvent s’appuyer sur des ontologies, qui fournissent un modèle pour intégrer des sources et des formats hétérogènes. En donnant une structure commune aux données dans un format lisible par une machine, les ontologies permettent de mettre en lien les données entre elles et de structurer la connaissance. Les chercheurs présentent une nouvelle ontologie, PO2/TransformON, spécifique à l'ingénierie des aliments, des bioproduits et des biodéchets qui n’a pas à ce jour d’équivalent à l’échelle internationale. Cette ontologie fournit le modèle de concepts, de relations et le vocabulaire permettant de décrire tout processus de transformation de la biomasse et la caractérisation des entrées et/ou sorties de ces processus. Les données structurées à l’aide de l’ontologie peuvent ensuite être exploitées par des approches statistiques ou probabilistes, d’optimisation ou d’aide à la décision multicritère. Il est ainsi possible de faire le lien entre les multiples dimensions (environnementales, socio-économiques, nutritionnelles, organoleptiques, sanitaires ou encore fonctionnelles) qui interviennent dans les procédés de transformation pour concevoir des aliments sains et durables et des matériaux biosourcés aux fonctionnalités ciblées, répondant aux enjeux de la bioéconomie. Contact : caroline.penicaud@inrae.fr ou magalie.weber@inrae.fr
Chez les organismes eucaryotes multicellulaires, l'ADN génomique se réplique de manière contrôlée dans le temps grâce à l’ordonnancement des régions de réplication précoce, intermédiaire ou tardive, appelé programme temporel de réplication. La manière dont ce programme est orchestré est mal comprise, mais son dérèglement provoque une instabilité génomique qui est observée dans le cancer. La protéine Rif1 est le principal régulateur connu de ce programme chez les eucaryotes, cependant son rôle pendant les premiers cycles embryonnaires au cours desquels la réplication de l'ADN est très rapide et des facteurs de réplication sont abondants, restait mal caractérisé. Des chercheurs de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif‐sur‐Yvette), de NeuroPSI (CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), de l'ENS Paris et de CalTech (USA) ont précisé ces mécanismes en utilisant un système in vitro très performant d’extraits d'œufs de Xénope et en combinant l'analyse des fibres d'ADN par peignage moléculaire avec un modèle in silico. Cette étude, parue dans Communications Biology, révèle qu'en absence de Rif1 le programme temporel de réplication est fortement accéléré à l’échelle de groupes d'origines. Cette accélération s’accompagne de l’augmentation du recrutement sur la chromatine d'une kinase de la phase S (Cdc7/Drf1) et de plusieurs facteurs clé de l'initiation de la réplication (Treslin/MTBP, RecQL4). Le modèle, proposé dans cette étude, est que Rif1 restreint parallèlement l'accès à l'ADN ou l'activité de plusieurs facteurs afin de réguler finement la synthèse exceptionnellement rapide de l'ADN observée pendant le développement embryonnaire. Mieux comprendre le rôle de Rif1 pendant ces stades permet d'envisager de pouvoir élucider les mécanismes moléculaires impliqués dans certains maladies sous-jacentes des mutations ou des variants de Rif1chez l’Homme. Pour en savoir plus, lire la suite dans Nature Portfolio Contact : kathrin.marheineke@i2bc.paris-saclay.fr
Les cassures double-brin de l'ADN (CDB) sont des lésions délétères qui compromettent l'intégrité du génome. En interphase, elles sont principalement réparées par jonction non homologue des extrémités et par recombinaison homologue. Lors de la division cellulaire, des kinases spécifiques inhibent ces voies de réparation. Dans une étude publiée dans Nature, des chercheurs de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, équipe IntGen Team, Gif-sur-Yvette) et de l’UMR-S 830 (PSL/Institut Curie, Paris) montrent que l'une de ces kinases mitotiques, la Polo-like kinase 1 (PLK1), est capable d'activer une nouvelle voie de réparation utilisant l'ADN polymérase thêta (Polθ). Plus précisément, PLK1 phosphoryle Polθ qui est ensuite recrutée à travers une interaction avec TOPBP1 aux CDB mitotiques. Les analyses RMN démontrent que PLK1 phosphoryle un groupe de quatre sérines dans la région centrale désordonnée de Polθ, et que le motif phosphorylé interagit directement avec les domaines C-terminaux de TOPBP1. Le programme d'intelligence artificielle AlphaFold prédit de manière cohérente que la région Polθ contenant le groupe de quatre sérines se lie dans un sillon à la surface des domaines C-terminaux de TOPBP1. La mutation de ces sérines empêche le recrutement de la Polθ aux CDB et la jonction des extrémités cassées de l'ADN en mitose. La Polθ est essentielle à la réparation des CDB en mitose. Son rôle est encore plus crucial dans les cellules déficientes en recombinaison homologue, car ces cellules accumulent des CDB à l'entrée de la mitose, et la perte de la réparation des CDB mitotiques par Polθ entraîne la mort cellulaire. Ces données expliquent pourquoi une inhibition de la Polθ est synthétiquement létale avec un déficit en recombinaison homologue, et révèlent l'importance de réparer les CDB en mitose pour maintenir l'intégrité du génome. Légende Figure : Modèle expliquant le mécanisme d'activation de l'ADN polymérase thêta lors de la réparation des cassures double brin en mitose. Contact : sophie.zinn@i2bc.paris-saclay.fr
Dans le journal biomolecules les chercheurs de l’INRAe (Unité Génomique Info – URGI, INRAE/UPSaclay, Versailles), du CIRAD et de l’Université du Queensland font le point sur 25 années de recherches et résument les connaissances actuelles sur les éléments viraux endogènes issus des Caulimoviridae. Les Caulimoviridae sont une famille de virus à ADN double brin qui infectent les plantes. Les génomes de la plupart des plantes vasculaires contiennent des caulimovirides endogènes (ECV), une classe d'éléments d'ADN répétitifs qui est abondante dans certains génomes de plantes, résultant de l'intégration de l'ADN viral dans les chromosomes des cellules germinales au cours d'épisodes d'infection qui ont parfois eu lieu il y a des millions d'années. Cette revue met en lumière la gamme de niches écologiques sans précédent occupées par les Caulimoviridae au fil du temps ainsi que leur incroyable diversité et les scénarios de macroévolution qui en découlent. Les chercheurs soulignent les lacunes dans les connaissances et les perspectives de recherche future, alimentées par un accès accru aux données de séquence du génome des plantes et par de nouveaux outils d'annotation du génome, afin d'étudier l'étendue, l'impact et le rôle des ECV sur la biologie des plantes, ainsi que l'origine et les trajectoires évolutives des Caulimoviridae. Légende Figure : Deux scénarios actuels sur l’évolution des Caulimoviridae en fonction de leur gamme d’hôtes. Macroévolution des Caulimoviridae selon Diop et al. (2018) (A) et Gong et Han (2018) (B). Les cladogrammes indiquent les principales divisions des euphyllophytes. La position de l'hypothétique dernier ancêtre commun (LCA) des Caulimoviridae est représentée par un point rouge. Les flèches rouges et bleues représentent respectivement la transmission verticale et les sauts d'hôtes. Les représentations graphiques des plantes ont été extraites de la base de données Phylopic (consultée le 1er mars 2023). Contact : helena.vassilieff@inrae.fr
Chaque année, l’Académie d’agriculture de France (AAF) récompense des travaux majeurs et prometteurs. En 2023, ce sont six lauréates et lauréats issus de l’Université Paris-Saclay qui ont été primés lors d’une séance solennelle qui s’est déroulée mercredi 20 septembre 2023. Ce prix annuel (2 500 €), créé en référence à Marie-Louise Dufrenoy (1898-1976), professeure de littérature française à l’Université de Berkeley, spécialiste de l’Orient romanesque et bienfaitrice de l’Académie d’agriculture de France, est attribué à un·e jeune chercheur·se français·e dont les travaux ont ou sont susceptibles de donner lieu à des applications pratiques au bénéfice de l’agriculture. Au moins une partie de ces travaux se caractérise par leur originalité et les résultats ont fait l’objet d’une critique statistique. Cette année, le prix récompense les travaux de Frédéric Chauffour qui, après l’obtention d’un doctorat en physiologie végétale au sein de l’Institut Jean-Pierre Bourgin (Univ. Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech), est devenu co-fondateur de Seed In tech, une start-up spécialisée dans la technologie Smart Priming pour l’optimisation des lots de semences. Pour découvrir la start-up Seed In tech Contact : frederic.chauffour@seedintech.com
Paul Leadley est professeur d’écologie, enseignant-chercheur au laboratoire Écologie, systématique, évolution (ESE – Université Paris-Saclay, CNRS, AgroParisTech) et coordinateur de l’objet interdisciplinaire C-BASC (Centre d’études interdisciplinaires sur la biodiversité, l’agroécologie, la société et le climat) de l’Université Paris-Saclay. Spécialiste de la modélisation de la biodiversité et de l’utilisation de scénarios pour produire des outils d’aide à la décision, il est l’auteur principal de trois évaluations de l’IPBES (Plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques). C’est aux États-Unis, dont il est originaire, que débute l’histoire de Paul Leadley. Étudiant la biologie et les mathématiques à la Pennsylvania State University, il doit son intérêt naissant pour l’écologie à un ami, alors en stage postdoctoral dans ce domaine. « Nous pratiquions ensemble l’escalade et discutions souvent d’écologie », se souvient Paul Leadley. Son Bachelor’s degree en poche, il commence à s’intéresser à la modélisation du vivant et débute un master sur les effets de l’augmentation de la teneur en CO2 atmosphérique sur le soja. « Au départ, j’étais plutôt orienté vers les écosystèmes agricoles », précise l’enseignant-chercheur. Après quelques années passées à travailler comme ingénieur de recherche, il se lance en 1990 dans une thèse consacrée à la modélisation de l’impact du changement climatique sur la toundra arctique à la San Diego State University. Puis il décide de partir réaliser son post-doctorat à l’Université de Bâle, en Suisse, toujours sur les effets des augmentations de teneur en CO2 atmosphérique sur les écosystèmes prairiaux. « C’est à cette époque que j’ai commencé à m’intéresser à la question de l’impact du changement global sur la biodiversité », explique Paul Leadley. Des recherches à l’issue desquelles il obtient un poste d’enseignant-chercheur en écologie végétale à l’Université Paris-Sud – devenue Université Paris-Saclay – au sein du laboratoire Écologie, systématique, évolution (ESE), qu’il dirige de 2006 à 2014 et auquel il appartient toujours. Lire la suite du portrait sur le site de UPSaclay Contact : paul.leadley@universite-paris-saclay.fr
L’opération « Septembre en or », qui se déroule en ce moment, sensibilise le grand public aux cancers pédiatriques. Grâce aux progrès dans les traitements, le taux de survie des enfants atteints d’un cancer est passé de 10 % dans les années 1960 à 80 % aujourd’hui. De nouvelles études se consacrent à la recherche des causes des cancers chez l’enfant, qu’elles soient génétiques ou environnementales. « La toute première patiente traitée par des CAR‑T cells en 2012 pour une leucémie est toujours en rémission », souligne la Pre Véronique Minard-Colin, du département de cancérologie de l’enfant et de l’adolescent de l’Institut Gustave-Roussy, à Villejuif. « Le défi, c’est d’en développer des plus puissants pour contrôler la maladie à plus long terme et couvrir un plus large champ de cancers. » La Pre Minard-Colin, qui est aussi vice-présidente de la Société française de lutte contre les cancers et les leucémies de l’enfant et l’adolescent (SFCE), souligne : « On est désormais capables de guérir certaines leucémies et certains lymphomes à 95 % ». L’apparition des CAR‑T cells remonte au début des années 2010, et leur utilisation ne cesse de se développer. « Elles ont révolutionné la prise en charge des leucémies, et des résultats prometteurs arrivent sur les tumeurs solides », confirme Olivier Delattre, directeur de recherche Inserm et directeur du Centre Siredo de l’Institut Curie (entièrement dédié aux cancers pédiatriques). Autre piste, qui n’en est qu’au stade de la recherche fondamentale : la programmation cellulaire et épigénétique. « Une cellule tumorale est une cellule qui a échappé à sa trajectoire de développement normale », précise le chercheur. « On cherche à effectuer une reprogrammation pour la détruire ou la remettre dans sa trajectoire. » Troisième voie, là encore exploratoire : l’utilisation de molécules dites « Protac » ou de la colle moléculaire. Elles auraient pour propriété de faciliter la dégradation des protéines anormales à l’origine du développement tumoral. Lire l’article dans La Croix
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