Life Sciences Université Paris-Saclay

Une collaboration entre des chercheurs français, dont certains issus de l’Université Paris-Saclay, s’est intéressée à l’influence des facteurs socioéconomiques sur le contrôle et le traitement de l’asthme, une maladie respiratoire chronique et incurable. Les scientifiques ont focalisé leur étude sur les femmes âgées, qui représentent une population à risque et peu investiguée dans ce contexte.

Affection respiratoire chronique, l’asthme touche aujourd’hui plus de 350 millions de personnes dans le monde. Bien que la maladie soit incurable, des traitements existent pour soulager les symptômes de crise et réduire l’inflammation, ce qui améliore la qualité de vie des personnes asthmatiques. Cependant, entre 45 et 60 % des personnes atteintes en France auraient un asthme non contrôlé, représentant un coût sanitaire et socioéconomique important.

Afin de mieux comprendre les raisons de cette prise en charge non optimale, les chercheurs du laboratoire Vieillissement et maladies chroniques - Approches épidémiologiques et de santé publique (VIMA - Université Paris-Saclay, UVSQ, Inserm) et du Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP – Université Paris-Saclay, UVSQ, Université Paris-Sud, Inserm), en collaboration avec leurs collègues de Grenoble et de Nanterre, ont interrogé 2 258 femmes âgées françaises et asthmatiques de la cohorte E3N (étude épidémiologique auprès de femmes de la Mutuelle générale de l'Éducation nationale).

Les résultats de leurs travaux, publiés dans la revue Respiratory Medicine, montrent qu’un quart d’entre elles ne dispose pas d’une prise en charge adaptée. Les femmes dont l’asthme est le moins bien contrôlé sont aussi celles dont la situation socioéconomique est la plus désavantagée. Contrairement à de précédentes études, les travaux intègrent également l’environnement dans lequel vivent les participantes, et non uniquement les facteurs socioéconomiques individuels. Les chercheurs montrent que la situation économique et sociale du quartier de résidence des patientes joue également un rôle dans le contrôle de la maladie. Les femmes résidant dans des quartiers défavorisés, quel que soit leur niveau socioéconomique individuel, sont celles dont la maladie est la moins bien contrôlée.

Ces disparités s’expliqueraient par un recours inapproprié au traitement et un moins bon accès aux soins. Bien que les traitements de l’asthme et les soins associés soient remboursés en France, il demeure des patients qui ne bénéficient pas d’une prise en charge optimale de leur maladie. Pour parvenir à une meilleure prise en charge de l’asthme chez les patients âgés en particulier, les chercheurs insistent sur la nécessité de porter une attention particulière aux malades ayant un niveau socioéconomique désavantagé et résidant dans des quartiers défavorisés, ou celles résidant dans des quartiers aisés sans pour autant bénéficier d’un accompagnement adéquat.

Contact : marie-christine.boutron@gustaveroussy.fr

La bactérie Helicobacter pylori est une bactérie qui infecte la paroi interne de l'estomac. Acquise principalement dans l'enfance, l'infection persiste toute la vie si elle n'est pas traitée. Elle est responsable de gastrites chroniques, d'ulcères duodénaux et joue un rôle important dans l'apparition des cancers de l'estomac. H. Pylori infecte environ la moitié de la population mondiale avec une répartition géographique diversifiée : 60 à 90% en Afrique, Asie et Amérique latine et 30 à 40% en Europe.

Depuis la mise en évidence en 1982 de ce pathogène comme agent étiologique des ulcères, le traitement avec des antibiotiques a permis de guérir cette pathologie et éviter des cancers. Cependant, les dernières années ont vu une augmentation spectaculaire de souches de H. pylori résistantes au traitement. Ceci est dû à l'impressionnante plasticité du génome de cette bactérie. Au-delà de la mutagénèse très élevée chez ce pathogène, la transformation naturelle contribue énormément à l'acquisition et propagation de gènes de résistance aux antibiotiques. Par cette voie, certaines espèces bactériennes peuvent capter et incorporer dans leur génome de l'ADN présent dans l'environnement. Chez H. pylori, où ce processus est très efficace, la machinerie moléculaire qui permet la capture et l'internalisation de l'ADN transformant est mal connue.

L'équipe du LRIG (IRCM, CEA Institut de biologie François Jacob, Fontenay aux Roses), en collaboration avec l'I2BC (CEA/CNRS/UPSud, Gif-sur-Yvette) et l'Indian Institute of Sciences (Bangalore), a identifié un acteur clé impliqué dans l'internalisation de l'ADN, la protéine ComH.

Cette protéine (sans homologue dans d'autres espèces) est présente dans le périplasme de H. pylori, l'espace entre les deux membranes de la bactérie. Elle lie avec une forte affinité l'ADN et par son interaction avec une protéine du pore de la membrane interne, livre l'ADN transformant pour son passage vers le cytoplasme. Ce transfert de matériel génétique lors de la transformation naturelle est important aussi bien pour la virulence que pour la propagation de la résistance aux antibiotiques chez H. pylori.

L'identification d'un composant unique à cette bactérie et essentielle pour ce processus et ouvre la voie à l'identification d'une nouvelle cible thérapeutique pour l'éradication de l'infection.

Contact : pablo.radicella@cea.fr

Olivier Delelis est chercheur au Laboratoire de biologie et pharmacologie appliquée (LBPA - Université Paris-Saclay, ENS Paris-Saclay, CNRS) et se consacre depuis plus de 20 ans à la recherche sur le sida. Au sein de l’équipe « Biophotonique des interactions moléculaires », il s’est spécialisé dans les mécanismes de résistance aux molécules de dernière génération qui soignent les patients atteints par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH).

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Dans son laboratoire de l’Institut des cellules souches pour le traitement et l'étude des maladies monogéniques (i-Stem), Christine Baldeschi fabrique des cellules de la peau à partir de cellules souches.

Son but : greffer un épiderme sur des patients souffrant de maladies génétiques rares de la peau, une « première » mondiale.

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L’université Paris-Saclay, avec l’université Paris-Sud (Inès Gallay), l’I2BC (Julie Ménétrey et Marie-Hélène Le Du), l’Ecole Polytechnique (Marc Graille) et le synchrotron Soleil (Serena Sirigu et Pierre Legrand), organise son 3eme atelier national de BioCristallographie.

• Quand ?Du 16/03/2020 au 20/03/2020
• Où ?Saint-Aubin SOLEIL
• Participants :12 participants
• Site Internet :Visitez le site Internet

L’objectif de cet atelier est de fournir une initiation à la détermination de la structure de macromolécules biologiques par diffraction des rayons X.

Cet atelier s’adresse aux doctorants, post-doctorants, chercheurs/ingénieurs concernés par la biocristallographie.

L’atelier sera organisé avec des cours le matin et des sessions pratiques l’après-midi selon le programme suivant :

• Congélation de cristaux
• Collecte et Traitement de données de diffraction des rayons X sur les lignes Proxima 1/2 à SOLEIL
• Phasage (Diffusion anomale et remplacement moléculaire)
• Affinement et validation des structures.

 Les matinées seront dédiées aux cours théoriques (accessibles à des biologistes) pour fournir les concepts nécessaires aux travaux pratiques des après-midi. 

Pour préparer l'atelier, et commencer avec des prérequis similaires, les participants seront invités  à suivre  une session du MOOC « Voyage au cœur du vivant avec les rayons X : la cristallographie " dédiée aux participants de l'atelier en mode privatif.

Les inscriptions pour un nombre de places limitées à 12 participants se termineront le 31 janvier.

Pour vous inscrire, veuillez remplir la fiche suivante :

Contact : atelierbiocristallo@gmail.com

Le festival de l’Université Paris-Saclay, CURIOSITas, s’est tenu cette année du 7 au 17 novembre. Une programmation incluant installations interactives, spectacles et ateliers co-créés par des artistes et des scientifiques de l’université, à la frontière entre arts et sciences, a été proposé au public.

En tant qu’établissement partenaire, l’Inserm a pris part à cette manifestation et a organisé une représentation théâtrale « Binôme » pour des collégiens et lycéens de la ville de Massy. Retour en images ICI !

Les usagers et les personnels de l'Université Paris-Saclay, des établissements-composantes, des universités de Versailles-Saint-Quentin-en-Yvelines et Evry-Val-d’Essonne et des organismes nationaux de recherche des unités concernées, sont appelés à élire leurs représentants au conseil d’administration (CA), à la commission de la recherche (CR) et à la commission de la formation et de la vie universitaire (CFVU) de l’Université Paris-Saclay.Conformément aux statuts, les listes électorales seront établies à partir des informations fournies par les établissements.

Le fermenteur Unifertex a été présenté le 27 novembre dernier à l’Unité pilote de l’Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN, CNRS de Gif-sur-Yvette). Marie-Hélène Papillon, Déléguée régionale du CNRS en Ile-de-France Sud, Erick Dufourc, Directeur adjoint scientifique de l’INC et Jean-Christophe Pietri, Directeur de Pierre-Guérin Technologies étaient réunis pour l’inauguration de cet équipement phare du CNRS. Jamal Ouazzani, Directeur de recherche à l’ICSN a également présenté le projet TASCMAR, projet européen H2020 qui a permis la réalisation d’Unifertex.

La fondation Perce neige lance son appel à projets 2020 sur le thème « Prescription de psychotropes chez les personnes avec une déficience intellectuelle : pertinence, risques et conséquences ».

Date limite de candidature : 31 janvier 2020

Les chloroplastes sont les organites de plante qui captent l’énergie lumineuse et la transforment en énergie chimique, permettant ainsi la vie sur terre. Issus de cyanobactéries, ils ont gardé un petit génome dont l’expression est essentielle à la fonction photosynthétique. Suite à la transcription, les ARN subissent de multiples étapes de maturation afin de former les transcrits destinés à être traduits. Ils sont ainsi édités, épissés, clivés en plusieurs molécules et les extrémités 5’ et 3’ maturées. Les ribonucléases du chloroplaste sont au cœur des mécanismes de clivage et maturation mais leurs sites d’action précis sont inconnus à l’échelle du transcriptome.

Le développement du Terminome-Seq par l’équipe OGE de l’Institut des Sciences des Plantes de Paris Saclay (IPS2, Gif-sur-Yvette) en collaboration avec le BTI, donne maintenant accès à toutes les extrémités des ARN chloroplastiques avec une résolution simple nucléotide. Les résultats, publiés dans Nucleic Acids Research, montrent plus de 200 sites d’initiation de la transcription, bien au-delà de ce qui semble nécessaire pour l’expression de la vingtaine de cluster de gènes classiquement décrits dans le chloroplaste. Il existe également plus de mille extrémités 5’ et 3’ dites secondaires (après maturation) dont la localisation plaide en faveur du modèle actuellement privilégié pour la définition des extrémités des ARN chloroplastiques matures : des structures secondaires ou des protéines spécifiques de liaisons à l’ARN protègent les extrémités contre la dégradation non spécifique par les ribonucléases. Cette stratégie devrait à terme permettre une meilleure compréhension des mécanismes du contrôle qualité des ARN chloroplastiques.

Contact : benoit.castandet@ips2.universite-paris-saclay.fr

Depuis une dizaine d’années, le Laboratoire de Marquage au Carbone 14 (LMC) de l’Institut Joliot (CEA, Saclay) contribue activement au développement de la chimie « click » utilisée pour modifier à souhait et avec des performances inégalées du matériel biologique (on parle de bioconjugués). La communauté de chimistes spécialistes de la chimie click recourt classiquement à des composés contenant des fonctions azotures comme briques polyvalentes pour lier des molécules complexes. Le LMC a découvert que des composés dits « mésoioniques » pouvaient remplacer avantageusement les azotures et a notamment identifié des composés appelés sydnones capables de lier des molécules ou des protéines d’intérêt pharmaceutiques par exemple pour construire des bioconjugués dont la préparation par des procédés classiques n’est pas évidente.

Dans un article publié dans Angewandte Chemie en collaboration avec un chercheur de l’Iramis (CEA/CNRS), le LMC a décidé d’étudier en détail la réactivité d’une classe de mésoioniques contenant des atomes de soufre, les 1,3-dithiolium-4-olates (DTO). Ils ont d’abord préparé une bibliothèque de DTOs comportant tous le même cœur cyclique mais avec des substitutions différentes à certaines positions. Ils les ont ensuite testés pour leur capacité, en présence d’alcynes cycliques, à donner des dérivés du thiophène. Les différentes molécules obtenues, qui sont bien des dérivés du thiophène, s’avèrent être fortement fluorescentes à la différence des DTOs de départ. En comparant les rendements des différentes réactions selon le DTO initialement utilisé, les chercheurs se sont aperçus que certaines substitutions sur le cœur du DTO favorisaient l’efficacité de la réaction. Surtout, ils ont montré qu’il était possible de faire une double réaction click, et ainsi d’avoir la capacité de connecter trois molécules pour former un seul produit fluorescent d’une grande complexité structurale.

Leur procédé peut s’appliquer à des partenaires réactionnels très complexes tels que des peptides, des protéines ou des médicaments pour en faire des objets fluorescents, d’intérêt en pharmacologie. Des travaux sont en cours au laboratoire pour utiliser ce type de chimie biocompatible dans le cadre du développement de nouveaux produits pour la thérapie ciblée.

Contact : davide.audisio@cea.fr ou frederic.taran@cea.fr

Le 26 novembre dernier, le Prix de l'innovation Inria-Académie des sciences-Dassault Systèmes 2019 a récompensé cinq chercheurs de l'équipe Scikit-Learn Inria - CEA Parietal (NeuroSpin) : Loïc Estève, Alexandre Gramfort, Olivier Grisel, Bertrand Thirion et Gaël Varoquaux pour le développement de la librairie scikit-learn, la bibliothèque française de l'intelligence artificielle.

Ce prix récompense le développement de scikit-learn, un logiciel open-source de machine learning devenu depuis 2010 une référence mondiale dans l'industrie, l'enseignement et la recherche. Voir également notre news du 9 juin.

Le prix franco-taïwanais de l’Académie des sciences est décerné conjointement à François Treussart et Huan-Cheng Chang (ENS Paris-Saclay).

Le prix récompense leurs travaux communs sur l’utilisation des nanodiamants fluorescents en biologie, notamment dans l’imagerie neuronale.

Les FND (Fluorescent NanoDiamonds) ont de nombreuses propriétés remarquables dont celles d’être :

• des émetteurs fluorescents parfaitement stables qui ne se dégradent jamais
• des nanoparticules très bien tolérées par les cellules et les organismes.

Ces deux propriétés en font d’excellents vecteurs et traceurs de biomolécules sur le long terme.

La remise solennelle de leur prix a eu lieu mardi 26 novembre 2019, à 14h sous la Coupole de l'Institut de France.

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L’Université Paris-Saclay et la Commission franco-américaine Fulbright ont conclu un accord pour la mise en place d’un nouveau programme de bourses de mobilité à destination des doctorants de l’Université Paris-Saclay et des doctorants américains.

L’Université Paris-Saclay s’est associée à la Commission franco-américaine Fulbright pour financer conjointement la mobilité des doctorants français et américains souhaitant effectuer des séjours de recherche aux Etats-Unis ou à l’Université Paris-Saclay. Le programme, intitulé « Fulbright-Université Paris-Saclay », prévoit l’attribution de trois bourses entrantes et trois bourses sortantes par an, d’un montant de $1 500 à 2 000 par mois, pour des séjours allant jusqu’à 12 mois de mobilité. Les candidats issus de tous les domaines de recherche sont éligibles à une bourse et les premières mobilités sont attendues pour la rentrée universitaire 2020-2021.
S’inscrivant dans la stratégie de renforcement de la mobilité doctorale de l’Université Paris-Saclay avec les Etats-Unis, ce nouveau dispositif a pour ambition d’intensifier les coopérations scientifiques et universitaires franco-américaines.
Le programme Fulbright compte plus de 380 000 anciens à travers le monde, parmi lesquels 60 Prix Nobel. La Commission franco-américaine administre ce prestigieux programme entre la France et les Etats-Unis depuis 70 ans et compte plus de 20 000 lauréats des deux pays. L’Université Paris-Saclay est l’une des rares universités françaises à avoir un programme de ce type avec la Commission franco-américaine Fulbright.
Le lancement du programme a eu lieu le lundi 25 novembre 2019 à l’Université Paris-Saclay, en présence de la Présidente de l’Université, Sylvie Retailleau et d’Arnaud Roujou de Boubée, Directeur exécutif de la Commission franco-américaine Fulbright.

Dans le cadre de la journée mondiale de lutte contre le sida le 1er décembre 2019, le LBPA - Laboratoire de Biologie et Pharmacologie Appliquée (CNRS, Institut d’Alembert ENS Paris-Saclay) aborde ses travaux de recherche et d’observation engagés depuis plusieurs années pour lutter contre le VIH-1. Deux équipes scientifiques sont fortement impliquées. Leurs recherches portent sur l’étude des interactions acides nucléiques (ADN, ARN) / protéines et sur l’analyse des protéines nucléocapside et intégrase. Un nouveau mécanisme de résistance du VIH aux traitements par des anti-rétroviraux dirigés contre l’intégrase a récemment été découvert.

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Le cancer du sein triple-négatif défini par l’absence dans la tumeur de récepteurs estrogène, progestérone et de la protéine HER2 (human epidermal growth factor receptor 2), représente 10 à 15% des cancers du sein. Comparé aux autres sous-types de cancer du sein, il est plus agressif et associé à un pronostic plus défavorable. En l'absence de récepteurs hormonaux et de thérapies ciblées personnalisées pour ce sous-type de cancer, la chimiothérapie reste le traitement systémique standard. Pourtant, parmi les triple-négatifs, un sous-ensemble de patientes avec une tumeur de petite taille (<2 cm) et un envahissement ganglionnaire très faible voire inexistant, a un très bon pronostic avec un risque de rechute dans les 5 ans inférieur à 10%.

Un premier article paru en janvier 2019 dans le journal Journal of Clincal Oncology (voir notre précédent info) par des chercheurs de Gustave Roussy, l’Inserm et l’Université Paris-Sud, en collaboration avec le Peter MacCallum Cancer Centre à Melbourne a mis en évidence l’effet pronostique de l’infiltrat lymphocytaire chez des patientes triples-négatif après une chimiothérapie adjuvante à base d'anthracycline.

Identifier un sous-groupe de patientes triple-négatif d’excellent pronostic, chez qui le bénéfice absolu attendu de survie par la chimiothérapie adjuvante pourrait être minime vis-à-vis de la morbidité associée : c’était le défi que se sont lancés des chercheurs de Gustave Roussy en collaboration avec l’Institut Curie, l’Inserm, l’Université Paris-Sud et des chercheurs de Corée du Sud (Asan Medical Cente), d’Italie (University of Padova, European Institute of Oncology, etc.) et d’Australie (Peter MacCallum Cancer Centre).

Forts des résultats précédents, les chercheurs ont voulu confirmer l’effet pronostique de l’infiltrat lymphocytaire en l’absence de traitement par chimiothérapie. Or, sans alternative efficace, les patientes triple-négatif sont systématiquement traitées par chimiothérapie. Construire une base de données de patientes triple-négatif non-traitées par chimiothérapie était une gageure.

L’équipe de Gustave Roussy a rassemblé les données de 476 patientes de Corée du Sud, d’Italie, de l’Institut Curie et de Gustave Roussy. L’analyse a montré que l’effet pronostique de l’infiltrat lymphocytaire se confirmait en l’absence de chimiothérapie avec une amélioration de la survie proportionnelle à l’augmentation de l’infiltrat lymphocytaire. Une analyse supplémentaire dans le groupe de Stade I (tumeur de petite taille, envahissement ganglionnaire nul) et infiltrat lymphocytaire supérieur à 30% a permis d’identifier un sous-groupe dont la survie estimée à 5 ans est excellente (98%).

Les résultats de cette étude ont été présentés lors du congrès de l’ESMO (European Society for Medical Oncology) le 30 septembre 2019 et publiés simultanément dans le journal Annals of Oncology.

La perspective de désescalade thérapeutique chez certaines patientes triple-négatif ― un sous-type défavorable ― est encourageante. À la clef, une amélioration de la qualité de vie et la disparition des effets secondaires et risques liés à la chimiothérapie.

Ce projet a bénéficié du financement de l’Agence Nationale pour le Recherche et du CGI (RHU MyPROBE, ANR-17-RHUS-0008).

Contact : stefan.michiels@gustaveroussy.fr et fabrice.andre@gustaveroussy.fr