SEED-DREAM Lab info

PhD at the INRAE IJPB-Versailles: we are looking for an enthusiastic and motivated candidate that is

willing to participate to a competition to get a scholarship at the doctoral school « Plant Sciences: from

genes to ecosystems » (SEVE) of the Paris Saclay University.

The PhD project focuses on the understanding of Arabidopsis seed metabolism and its regulation by combining genetics,

gene functional analyses and metabolomic approaches. A Master’s degree in Plant Science or related fields is required.

Thesis Director: CORSO Massimiliano, Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, Institut Jean-Pierre Bourgin.

F-box proteins have diverse functions in eukaryotic organisms, including plants, mainly targeting proteins for 26S proteasomal degradation. Here, we demonstrate the role of the F-box protein SKP1-INTERACTING PARTNER 31 (SKIP31) from Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) in regulating late seed maturation events, seed vigor, and viability through biochemical and genetic studies using skip31 mutants and different transgenic lines. We show that SKIP31 is predominantly expressed in seeds and that SKIP31 interacts with JASMONATE ZIM DOMAIN (JAZ) proteins, key repressors in jasmonate (JA) signaling, directing their ubiquitination for proteasomal degradation independently of coronatine/jasmonic acid-isoleucine (JA-Ile), in contrast to CORONATINE INSENSITIVE 1, which sends JAZs for degradation in a coronatine/JA-Ile dependent manner. Moreover, JAZ proteins interact with the transcription factor ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 5 (ABI5) and repress its transcriptional activity, which in turn directly or indirectly represses the expression of downstream genes involved in the accumulation of LATE EMBRYOGENESIS ABUNDANT proteins, protective metabolites, storage compounds, and abscisic acid biosynthesis. However, SKIP31 targets JAZ proteins, deregulates ABI5 activity, and positively regulates seed maturation and consequently seed vigor. Furthermore, ABI5 positively influences SKIP31 expression, while JAZ proteins repress ABI5-mediated transactivation of SKIP31 and exert feedback regulation. Taken together, our findings reveal the role of the SKIP31-JAZ-ABI5 module in seed maturation and consequently, establishment of seed vigor.

COMMUNIQUÉ DE PRESSE - INRAE et l’Université Paris-Saclay ont signé ce jeudi 9 mars 2023 une convention cadre de partenariat stratégique visant à renforcer leur collaboration dans une dynamique scientifique partagée autour de trois grands domaines : les sciences du vivant, de l’agriculture et de l’alimentation ; les mathématiques, l’ingénierie et les sciences de l’information ; les sciences humaines et sociales.

Seed dormancy is an adaptive trait which enables plants to survive adverse conditions and restart growth in a season and location suitable for vegetative and reproductive growth. Control of seed dormancy is also important for crop production and food quality because it can help induce uniform germination and prevent preharvest sprouting. Rice preharvest sprouting quantitative trait locus (QTL) analysis has identified Seed dormancy 4(Sdr4) as a positive regulator of dormancy development. Here, we analyzed the loss-of-function mutant of the Arabidopsis ortholog, Sdr4 Like1 (SFL1), and found that the sfl1-1seeds showed precocious germination at mid- to late-maturation stage similar to rice sdr4 mutant, but converted to become more dormant than the wild type during maturation drying. In sync with the dormancy levels, expression levels of the seed maturation and dormancy master regulator genes, ABI3, FUS3 and DOG1 in sfl1-1 seeds were lower than in wild type at early- and mid-maturation stages, but higher at the late-maturation stage. In addition to the seed dormancy phenotype, sfl1-1 seedlings showed a growth arrest phenotype and heterochronic expression of LAFL (LEC1, ABI3, FUS3, LEC2) and DOG1 in the seedlings. These data suggest that SFL1 is a positive regulator of initiation and termination of the seed dormancy program. We also found genetic interaction between SFL1 and the SFL2, SFL3 and SFL4 paralogs of SFL1, which impacts on the timing of the phase transition from embryo maturation to seedling growth.

Depuis la Seconde Guerre mondiale, l’agronomie est devenue une discipline scientifique et technique à part entière, qui appuie le raisonnement des pratiques de production végétale. Conçue initialement comme application de la chimie agricole et de la physiologie végétale, elle a développé ses propres concepts et étendu son domaine, en intégrant les savoirs issus de nombreuses autres disciplines. Elle s’est aussi construite en étudiant les pratiques des agriculteurs et des autres acteurs de l’espace rural. Ces évolutions lui ont permis de renouveler son utilité, en répondant aux nouveaux enjeux auxquels l’agriculture n’a cessé d’être confrontée.
Comment s’est opérée cette construction ? Quels en ont été les processus, les étapes et les acteurs ? En analysant la manière dont l’agronomie s’est façonnée en France, du milieu du xxe siècle à nos jours, La Fabrique de l’agronomie vise à éclairer l’avenir et à susciter des réflexions utiles sur les conditions de son développement dans les prochaines décennies.
Cet ouvrage sur l’évolution de la discipline s’adresse notamment aux agronomes de tous métiers confrontés aux défis à venir, qu’ils soient étudiants, actifs ou retraités.

28/09/2023 à 9h30 Animateur(s) : Serge POULET, Agnès RICROCH, Jean-Claude PERNOLLET, Chris BOWLER, Francis MARTIN Philippe,  KIM-BONBLED et Dominique JOB, IMPORTANT : pour vous inscrire : https://my.weezevent.com/ADNe 

Increasing the proportion of locally produced plant protein in currently meat-rich diets could substantially reduce greenhouse gas emissions and loss of biodiversity1. However, plant protein production is hampered by the lack of a cool-season legume equivalent to soybean in agronomic value2. Faba bean (Vicia faba L.) has a high yield potential and is well suited for cultivation in temperate regions, but genomic resources are scarce. Here, we report a high-quality chromosome-scale assembly of the faba bean genome and show that it has expanded to a massive 13 Gb in size through an imbalance between the rates of amplification and elimination of retrotransposons and satellite repeats. Genes and recombination events are evenly dispersed across chromosomes and the gene space is remarkably compact considering the genome size, although with substantial copy number variation driven by tandem duplication. Demonstrating practical application of the genome sequence, we develop a targeted genotyping assay and use high-resolution genome-wide association analysis to dissect the genetic basis of seed size and hilum colour. The resources presented constitute a genomics-based breeding platform for faba bean, enabling breeders and geneticists to accelerate the improvement of sustainable protein production across the Mediterranean, subtropical and northern temperate agroecological zones. Using a high-quality chromosome-scale assembly of the faba bean genome, the genetic basis of seed size and hilum colour is explored.

Multicellular organisms undergo several developmental transitions during their life cycles. In contrast to animals, the plant germline is derived from adult somatic cells. As such, the juvenility of a plant must be reset in each generation. Previous studies have demonstrated that the decline in the levels of miR156/7 with age drives plant maturation. Here we show that the resetting of plant juvenility during each generation is mediated by de novo activation of MIR156/7 in Arabidopsis. Blocking this process leads to a shortened juvenile phase and premature flowering in the offspring. In particular, an Arabidopsis plant devoid of miR156/7 flowers even without formation of rosette leaves in long days. Mechanistically, we find that different MIR156/7 genes are reset at different developmental stages through distinct reprogramming routes. Among these genes, MIR156A, B and C are activated de novo during sexual reproduction and embryogenesis, while MIR157A and C are reset upon seed germination. This redundancy generates a robust reset mechanism that ensures accurate restoration of the juvenile phase in each plant generation. In Arabidopsis, microRNAs control the transition from juvenile to adult states. The study, using genomic, genetic and molecular approaches, investigates how miR156 and miR157 are re-activated at each generation.

La préservation de la biodiversité est l'une des missions que s'est fixée l'Université dans sa Charte Développement Soutenable, en participant à la remédiation écologique des territoires, en priorisant la préservation des milieux naturels et cultivés, la restauration des fonctions écosystémiques et la libre évolution de la biodiversité.

L'Université Paris-Saclay organise pour la première fois des journées consacrées à la biodiversité. Au programme, afin de sensibiliser et de faire découvrir la faune et la flore de nos campus, des visites, des projections et des expositions sont organisées.

https://www.universite-paris-saclay.fr/actualites/journees-de-la-biodiversite-du-21-au-24-mai-la-biodiversite-sur-nos-campus

Au programme :

Concours photos :

1) Photographiez la biodiversité de nos campus

2) Postez vos photos sur Instagram en identifiant le compte @ds_upsaclay et en utilisant le #BiodiversiteSurNosCampus

3) Envoyez-nous en DM votre nom, prénom et votre fonction/année de formation

Les 20 premièr·es participant·es gagneront un lot qui sera remis le mardi 24 mai à l’occasion de l’exposition organisée à l’IDEEV.

Participations jusqu’au 23 mai à 12h. Les participant.es s’engagent à respecter le règlement à être présent·es à la remise des prix le 24 mai à 14h (si elles ou ils sont sélectionné·es) ou à renoncer à leur lot.

Le Monde avec AFP (20 fev 17h17)

Photo ERIC CABANIS / AFP

Sa contribution au décryptage du gène a été capitale et a ouvert la voie à l’utilisation, près de soixante ans plus tard, de l’ARN messager dans les principaux vaccins utilisés contre le Covid-19. Il avait 96 ans.

Il a contribué, aux côtés des figures les plus éminentes de la recherche scientifique, à la naissance de la biologie moléculaire qui a bouleversé les sciences du vivant. Le biologiste François Gros, qui a participé à toutes les aventures de la biologie moderne, est mort vendredi 18 février à l’âge de 96 ans, a annoncé dimanche à l’Agence France-Presse Etienne Ghys, mathématicien et secrétaire perpétuel de l’Académie des sciences.

Codécouvreur, avec François Jacob, de l’ARN messager – l’intermédiaire moléculaire du code génétique ADN – sa contribution au décryptage du gène a été capitale. Ses travaux ont ouvert la voie, près de soixante ans plus tard, à l’utilisation de cette technologie dans les principaux vaccins utilisés contre le Covid-19.

« Tout nous semblait à découvrir »

Entré à l’Institut Pasteur au lendemain de la guerre, il y côtoie par la suite André Lwoff, François Jacob et Jacques Monod, prix Nobel de médecine en 1965. Il est nommé directeur général de l’institut Pasteur de 1976 à 1981, et entre à l’Académie des sciences en 1979. Il en devient secrétaire perpétuel de 1991 à 2001. Il occupe parallèlement jusqu’en 1996 la chaire de biochimie cellulaire au Collège de France.

Né à Paris le 24 avril 1925 dans une famille « israélite non pratiquante », François Gros se replie à Toulouse pendant la seconde guerre mondiale. « Perpétuellement à la merci d’une dénonciation », il change de nom régulièrement, raconte-t-il dans ses Mémoires scientifiques. Un demi-siècle de biologie (2003). Etudiant distrait, il s’inscrit à la faculté de sciences de Toulouse par erreur, pensant être dans la file pour la faculté de médecine.

Sur les bancs de l’université, il se passionne pour la botanique. A la Libération, il rejoint la Sorbonne en novembre 1944 puis fait ses débuts comme bénévole à l’Institut Pasteur en 1946. On y fait alors les premières recherches sur les antibiotiques initiées par Alexander Flemming, prix Nobel de médecine l’année précédente.

A l’époque, « tout ou presque relève du bricolage » : le jeune biochimiste raconte ainsi que, muni d’une grande marmite pleine d’acide, il avait pour habitude de se rendre en bus aux abattoirs de Paris pour récupérer muscles, foies et pancréas de bœuf, pour ses recherches sur les antibiotiques. L’opération, entre « folklore et cauchemar », « n’entamait en rien notre enthousiasme ». « Tout nous semblait alors à découvrir (…) avec les moyens du bord. »

Non-lieu dans l’affaire du sang contaminé

Le jeune chef de laboratoire Jacques Monod le prend bientôt sous son aile et lui recommande de partir aux Etats-Unis. En 1960, il parvient à mettre pour la première fois en évidence l’ARN messager dans le laboratoire de Jim Watson à Harvard. Au même moment sur la côte ouest des Etats-Unis, trois autres chercheurs, dont le biologiste français François Jacob, font la même découverte.

Il se lie d’amitié avec François Mitterrand, Elie Wiesel et Ephraïm Katzir : « Peu d’hommes ont trouvé chez moi une résonance d’amitié et de respect aussi profonde. » Au début des années 1980, il est appelé à Matignon comme conseiller scientifique de Pierre Mauroy puis de Laurent Fabius. A ce titre, dans l’affaire du sang contaminé, la justice lui reproche d’avoir fait retarder, en 1985, l’homologation du test américain de dépistage du virus du sida en attendant que le test développé par l’Institut Pasteur soit prêt. Il bénéficie d’un non-lieu.

Dans les années 1990, il suit la folle course au séquençage des génomes. Les Français sont alors les pionniers de la cartographie du patrimoine génétique humain.

Considéré comme l’une des consciences les plus vigilantes en matière de recherche, il préférait les codes de déontologie plus proches de la réalité que l’adoption de lois. Marié deux fois et père de trois garçons, il a été l’initiateur d’échanges scientifiques et techniques avec l’Inde et l’Afrique avec la création du Coped (Comité pays en développement) dont il a assumé la présidence jusqu’en juin 2017.