Life Sciences Université Paris-Saclay

Le 18 et 19 Novembre nous organiserons ( à Gustave Roussy) un cours pratique sur une technique de microscopie récente : "Expansion Microscopy"  (info/lien :  Boyden E.S. 2015 Science)

Applicable sur tout type d’échantillon biologique, cette technique permet l’imagerie de détails très fins en les rendant physiquement plus grands grâce à un processus d'expansion chimique isotrope qui préserve les détails à l'échelle nanométrique. Elle permet une imagerie super-résolution sur un microscope optique classique et réduit les agrégats des biomolécules pour une meilleure analyse chimique.

Des centaines des groupes ont commencé à utiliser l'Expansion Microscopy pour étudier les circuits cérébraux, les biopsies du cancer, les microbes, les échantillons de tissus de tous types (y compris ceux de patients humains) et d’autres types d’échantillons biologiques.

L’enregistrement est gratuit mais limité à 20 personnes.

Les places seront attribuées aux personnes souhaitant utiliser la technique à court terme.

Vers le site de l’évènement.

Pour plus de détails, contacter : Tudor.MANOLIU@gustaveroussy.fr

L'Inserm et l'Inria lancent un appel à candidatures pour 2 à 4 thèses co-encadrées. Les sujets de thèse devront aborder une question scientifique relevant de la Médecine Numérique et viseront à renforcer une collaboration existante ou à en initier une nouvelle. Ils devront impérativement présenter un caractère pluridisciplinaire, intégrant à la fois une dimension informatique ou de mathématique appliquée (modélisation, simulation, analyse, apprentissage, ...) portée par le partenaire Inria et une question biomédicale identifiée, portée par le partenaire Inserm.

Date limite de candidature : 7 juin 2019
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Les variations génétiques modulent l'expression des gènes au niveau transcriptionnel ou post-transcriptionnel et peuvent donc altérer le phénotype d'un individu. La mesure de l'expression différentielle allélique au niveau de locus hétérozygotes chez un individu, un phénomène appelé expression spécifique-allèle (ASE) peut être utilisée pour détecter les variants ayant un effet cis-régulateur sur l'expression des gènes. Avec les méthodes de séquençage massif de l'ADN et de l'ARN il est désormais possible d’étudier ce bais d’expression allélique au niveau d’un génome entier.

Chez les bovins, ce type d’étude n’a été fait que chez la race Holstein. Dans une étude qui vien de paraitre dans Scientific Reports, Dominique Rocha et ses collaborateurs de l’unité de Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI, UMR 1313, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Jouy-en-Josas) ont effectué une analyse de l'ASE à l'échelle du génome à l’aide de 19 échantillons de muscles d’animaux de race Limousine. Les chercheurs ont séquencé les génomes et transcriptomes complets de ces animaux et identifié 5 658 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) montrant un biais d’expression allèlique dans 13% des gènes exprimés. Fait intéressant, ils ont constaté un biais d’expression allélique dans les gènes AOX1, PALLD et CAST. Ils ont également trouvé 2 107 « SNPs ASE » situés dans des régions associées à des caractères liées aux qualités des viandes. Afin d'identifier les variants causatifs régulateurs expliquant l'ASE, les chercheurs ont recherché des SNPs modifiant les sites de liaison des facteurs de transcription ou des sites cibles de microARNs. Ils ont ainsi identifié un SNP dans la région 3'UTR du gène PRNP qui pourrait être une variation causale modifiant. Dans cette étude ils ont montré que l'ASE est fréquent dans leurs échantillons musculaires.

Contact : dominique.rocha@inra.fr

La prolactine (PRL) est une hormone principalement synthétisée et sécrétée par les cellules lactotropes de l'hypophyse. Son rôle chez les mammifères est indispensable à la lactation. Elle exerce ses effets au travers d’un récepteur transmembranaire unique dont la structure a été récemment élucidée et est similaire à celle de nombreux autres récepteurs de la famille des récepteurs de cytokines hématopoïétiques de classe 1, tels que le récepteur de l'hormone de croissance. Le récepteur de la PRL est exprimé dans un large éventail de tissus et un nombre croissant de processus biologiques continuent d'être attribués à cette hormone. Au cours des 10 dernières années, nos connaissances ont considérablement progressé sur les mécanismes d'action de cette hormone. Dans une revue qui vient de paraitre dans Nature Reviews Endocrinology, Nadine Binart et ses collègues de l’UMR-SU1185 (INSEMER/UPSud, Faculté de Médecine Paris Sud, Le Kremlin Bicêtre) se concentrent sur les nouveaux rôles de la PRL dans la santé humaine et les maladies, en particulier son implication dans le métabolisme, le tissu adipeux, les follicules de la peau et des cheveux, le pancréas, l’os, la réponse surrénalienne au stress, le contrôle de l'homéostasie des cellules lactotropes et le comportement maternel. Il est maintenant démontré que la PRL exerce des actions autocrines ou paracrines sur les cellules lactotropes in vivo, et de nouvelles avancées ont eu lieu sur la régulation de sa sécrétion. Des variations des taux circulants de PRL sont associées à des états pathologiques d'hypoprolactinémie et d'hyperprolactinémie. Enfin le mécanisme neuroendocrine de l'hyperprolactinémie sur l'axe gonadotrope conduisant à une infertilité a été élucidé.

Contact : nadine.binart@inserm.fr

 Le projet "TerriBio Saclay" (Territoires d'interface et biodiversité urbaine sur le plateau de Saclay) porté par Romain Melot (UMR SAD-APT / INRA - AgroParisTech) et Emmanuel Baudry (ESE / UPSud - CNRS - AgroParisTech) remporte l'appel à projets Excellence lancé par la Maison des Sciences de l'Homme (MSH) et le Département des Sciences de l'Homme et de la Société de l'Université Paris-Saclay.

Le projet TerriBio Saclay est centré sur l'analyse de la biodiversité urbaine et cultivée comme vecteur de représentations sociales et comme objet pour l'action publique locale dans les projets d'aménagement. Les recherches seront menées sur le plateau de Saclay, un territoire marqué par une forte dynamique d'artificialisation. Le plateau présente des enjeux importants en termes de coexistence et d'utilisation des espaces urbains et des espaces ouverts, agricoles ou semi-naturels, et de la biodiversité.

La Direction de la recherche fondamentale (DRF) du CEA mène des activités scientifiques dans les domaines de la physique, de la chimie, de la biologie et santé, des sciences des matériaux, des sciences du climat et de l’environnement. Au sein de cette direction, l’institut de biologie François Jacob mène des recherches dans quatre domaines :

• la radiobiologie et radiotoxicologie,
• la recherche translationnelle et le développement de thérapies innovantes pour les maladies neurodégénératives et les maladies infectieuses,

• la génomique humaine et environnementale,

• la chimie du vivant et l’ingénierie métabolique.

Ces recherches multidisciplinaires, de la recherche fondamentale aux applications dans les domaines de la santé, de la biodiversité et des bioénergies s’appuient sur des compétences et expertises spécifiques en génomique, développement et validation de modèles précliniques, couplages méthodologiques et technologiques notamment en imagerie in vivo. Les recherches menées dans l’Institut reposent sur l’excellence scientifique avec nos partenaires académiques et de nombreux partenariats industriels.

L’Institut Jacob accueille environ 730 personnes dont la majorité exerce leurs activités de recherche dans des unités mixtes de recherche en co-tutelles entre le CEA et d’autres organismes de recherche (CNRS, Inserm…) et les universités. L’institut est organisé en cinq départements et trois services qui regroupent toutes les unités de recherche de l’institut.

Les équipes de recherche de l'Institut de biologie François Jacob sont principalement situées en région parisienne à Fontenay aux Roses et Evry.

Les candidat(e)s doivent envoyer leur candidature composée d’une lettre de motivation, d’une notice de titre et travaux (n'excédant pas 5 pages), d’un curriculum vitae, et d’une liste des publications les plus significatives (20 au maximum) ainsi que trois noms de références à l’adresse suivante :  recrutement-jacob@cea.fr avant le 15 Mai 2019 délai de rigueur.

L’adaptation fine de la croissance de la plante à son environnement joue un rôle clé dans sa survie, d’autant plus qu’elle est fixée au sol. Grâce au Phenoscope, un robot de culture permettant de faire du phénotypage haut-débit en conditions strictement contrôlées et reproductibles, des chercheurs de l’Inra (l’Institut Jean-Pierre Bourgin - IJPB,Versailles-Grignon) révèlent la grande complexité génétique permettant des variations de croissance aérienne de la plante en réponse à la limitation de la disponibilité en eau. Publiés dans PLoS Genetics, ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives dans la découverte des variations génétiques qui contrôlent la réponse aux stress pour des caractères d’intérêt adaptatif et agronomique.

Le GEFLUC-Île-de-France (association Les Entreprises contre le Cancer Paris) lance un appel d'offre annuel pour le financement de projets de recherche en cancérologie.
Montant : 20 000 €
Date limite de candidature : 15 mai 2019
Consulter les modalités

L’Académie des sciences et la National Academy of sciences (Etats-Unis) attribueront en 2020 le prix Richard Lounsbery à un chercheur français (de préférence âgé de moins de 40 ans) pour récompenser ses réalisations en biologie et en médecine.

Ce prix compte d’une part une somme de 50 000 dollars et d’autre part l’attribution de 20 000 dollars pour la prise en charge d’un ou plusieurs séjours de coopération scientifique aux Etats-Unis (à utiliser pendant les 3 ans suite à l’attribution du prix).

Les informations concernant les conditions de nominations, en pièce jointe, sont également disponibles sur le site Internet de l’Académie des sciences à l’adresse suivante : cliquez-ici.

Les candidatures doivent être adressées en anglais avant le vendredi 5 juillet 2019 par courriel électronique à : cesar.manrique@academie-sciences.fr

Homologous recombination (HR) maintains genome stability by promoting accurate DNA repair. Two recombinases, RAD51 and DMC1, are central to HR repair and form dynamic nucleoprotein filaments in vivo under tight regulation. However, the interplay between positive and negative regulators to control the dynamic assembly/disassembly of RAD51/DMC1 filaments in multicellular eukaryotes remains poorly characterized. In a recent paper published in Nucleic Acids Research, Rajeev Kumar, Raphael Mercier and their collaborators at the Institut Jean-Pierre Bourgin (INRA, AgroParisTech, CNRS, Université Paris-Saclay, Versailles) report an antagonism between BRCA2, a well-studied positive mediator of RAD51/DMC1, and FIDGETIN-LIKE-1 (FIGL1), that they previously proposed as a negative regulator of RAD51/DMC1. Through forward genetic screen, they identified a mutation in one of the two Arabidopsis BRCA2 paralogues that suppresses the meiotic phenotypes of figl1. Consistent with the antagonistic roles of BRCA2 and FIGL1, the figl1 mutation in the brca2 background restores RAD51/DMC1 focus formation and homologous chromosome interaction at meiosis, and RAD51 focus formation in somatic cells. This study shows that BRCA2 and FIGL1 have antagonistic effects on the dynamics of RAD51/DMC1-dependent DNA transactions to promote accurate HR repair.

Contact : rajeev.kumar@inra.fr ou raphael.mercier@inra.fr

Une équipe de NeuroSpin, en collaboration avec les universités de Maastricht et du Minnesota, a conduit pour la première fois un examen entier d’IRM fonctionnelle basé sur la technologie de la transmission parallèle à 7T, dans le cadre du Human Connectome Project. Les résultats, publiés dans la revue Neuroimage,  montrent que le problème des inhomogénéités de champ radiofréquence, frein à la pleine exploitation de l’IRM à très haut champ, est ainsi correctement résolu à aucun coût pour l’utilisateur.

La transmission parallèle est une technique puissante pour adresser le problème des inhomogénéités de champ radiofréquence, problème placé de loin comme le plus important, empêchant de pouvoir exploiter pleinement le potentiel l’IRM à très haut champ (conclusions du congrès international de Résonance Magnétique à Très Hauts Champs, 2019, Dubrovnik, Croatie). En effet, sans la transmission parallèle, les images de cerveau peuvent souffrir des hétérogénéités du champ radiofréquence généré pour exciter la magnétisation des protons des molécules d’eau, engendrant des pertes de signal importantes à l’encontre de l’intérêt de l’IRM à haut champ. Or, jusqu’ici, l’utilisation de la transmission parallèle était réservée à des laboratoires qui possédaient l’expertise nécessaire.

Grâce aux développements de NeuroSpin, la technologie a pu être rendue « plug and play », (presse-bouton), ne demandant ni expertise ni temps de préparation. Auparavant, l’utilisateur expérimenté devait passer une bonne quinzaine de minutes à calibrer l’équipement, alors que le sujet était placé dans l’aimant, ce qui constituait un frein majeur à l’implantation de la technologie en routine. Désormais, rien ne diffère dans l’utilisation de la transmission parallèle comparé à un examen exploitant la technologie standard, ce qui représente une avancée majeure pour démocratiser les scanners IRM hauts-champs. Les résultats de cette étude montrent que le problème d’inhomogénéité de champ radiofréquence peut être ainsi correctement résolu, et ce, à coût zéro pour l’utilisateur. Le signal rétabli, l’imageur 7T peut être pleinement exploité, notamment pour mieux définir les régions du cerveau qui travaillent ensemble au repos (Figure).

Cette étude, menée dans le cadre du Human Connectome Project, montre que la technologie de la transmission parallèle mise au point à NeuroSpin, améliore considérablement la qualité des images du cerveau humain en IRM à très haut champ et pourra être utilisée en routine par les laboratoires.

Figure : Images illustrant l’intérêt de la transmission parallèle. La première rangée correspond à des données d’IRM fonctionnelle brutes (à gauche), d’IRM anatomique (milieu) et d’IRMf après analyse. Le signal retrouvé grâce à la technologie et aux développements permet d’obtenir des corrélations nettement supérieures sur les signaux temporels correspondant à différents points du cerveau (à droite).

Contact : nicolas.boulant@cea.fr

La radiomique a pour objectif d’extraire de grandes quantités d’index des images médicales afin de caractériser notamment la forme et l’hétérogénéité des lésions tumorales. Cette étude, publiée dans Scientific Reports par l’U1030 – Unité de radiothérapie moléculaire (INSERM/UPSUd/Gustave Roussy, Villejuif), a eu pour objectif de créer, grâce à des équations d’harmoniques sphériques puis par impression 3D, des modèles tumoraux de complexités croissantes. Ces modèles ont ainsi permis d’évaluer la relation existant entre les index radiomiques reflétant la forme établis dans la littérature et la complexité réelle des modèles. L’impact des paramètres d’acquisition des images scanograpiques (épaisseur de coupe, taille des voxels), de l’algorithme de maillage utilisé pour la détermination de la surface et du volume et du changement de volume des tumeurs sur les index de forme a également été évalué. Les résultats de cette étude identifient les index de forme à favoriser dans les études cliniques à venir. Les modèles de tumeur développés seront utiles au développement de nouveaux index et à leur standardisation.

Figure : Modèles de tumeurs de complexités croissantes obtenues grâce à des formules d’harmoniques sphériques.

Contact : ch.robert@gustaveroussy.fr

L’équipe de Chimie Organique et Biocatalyse du Laboratoire de Biocatalyse et Métabolisme Synthétique (LBMS de l’UMR de Génomique Métabolique - CEA/CNRS/Université d’Evry) a découvert une nouvelle famille d’enzymes naturelles qui constituent une première étape vers une alternative durable pour la synthèse chimique des amines chirales, composés clés des médicaments. L’étude est publiée dans Nature Catalysis du 18 mars 2019.

Directeur de recherche à l’INRA (Institut national de la recherche agronomique), rattaché à AgroParisTech, André Torre est actuellement directeur de la maison des sciences de l’Homme de Paris-Saclay (MSH Paris-Saclay). Spécialiste en sciences sociales, son parcours, à la frontière de l’économie industrielle et de l’économie spatiale, l’amène aujourd’hui au développement territorial, sous le prisme de la proximité. Une proximité qui fait le lien avec les conflits territoriaux, dont il est un des spécialistes.