Life Sciences Université Paris-Saclay

La Région Île-de-France ouvre aujourd’hui l’appel à projets « La science pour tous » en vue de cofinancer des projets de partage de la culture scientifique technique et industrielle en Île-de-France entre le 1er juin 2019 et le 30 mai 2020.

Les projets concernés sont des évènements ponctuels ou des actions de plus long-terme, organisés en Île-de-France, qui permettent d’associer les Franciliens aux travaux de la recherche ou de valoriser les filières scientifiques, techniques et industrielles.

Vous avez jusqu’au jeudi 24 janvier minuit pour candidater depuis l’onglet « Mes démarches » (accessible à partir de la semaine prochaine sur le site de la Région, à partir de la page indiquée ci-dessous).

Pour plus d’informations vous pouvez consulter la page dédiée du site internet de la Région Île-de-France :

https://www.iledefrance.fr/aides-services/la-science-2019-culture-scientifique-technique-industrielle

Depuis quelques années les traitements du cancer par des immunothérapies qui réactivent la réponse lymphocytaire anti-tumorale des patients notamment en ciblant l’interaction entre PD1 et PDL1, ont révolutionné la prise en charge du mélanome et d’autres cancers de plus en plus nombreux. Cependant des réponses durables ne sont obtenues que chez une minorité des patients. L’élucidation des mécanismes de résistance et le développement de biomarqueurs  capables d’identifier les patients susceptibles de répondre au traitement sont  donc des enjeux majeurs.

En s'intéressant au complexe d’initiation de la traduction appelé eIF4F (eukariotic initiation factor 4F) impliqué dans la phase d'initiation de la traduction des ARN messagers en protéines, Caroline Robert ('unité INSERM/UPSud/Gustave Roussy 981 à Villejuif), Stephan Vagner (Institut Curie, UPSud, CNRS UMR 3348, Orsay) et leurs collaborateurs ont pu mettre en évidence que ce dernier régule l'expression de PD-L1 dans les cellules de mélanomes. Ainsi leur étude, parue dans Nature Medicine, démontre pour la première fois, d’une part que l’activation du complexe eIF4F pourrait être utilisé en tant que marqueur prédictif potentiel de réponse aux traitements par immunothérapie ciblant PD1/PDL1, et d’autre part qu'en ciblant eIF4F dans les cellules tumorales, il est possible de stimuler l'immunité anti-tumorale mimant ainsi l'effet d'une immunothérapie.

Contact : caroline.robert@gustaveroussy.fr ou stephan.vagner@curie.fr

A Chinese scientist claims that he has helped make the world's first genome-edited babies — twin girls who were born this month. The announcement has provoked shock, and some outrage, among scientists around the world.

He Jiankui, a genome-editing researcher from the Southern University of Science and Technology of China in Shenzhen, says that he implanted into a woman an embryo that had been edited to disable the genetic pathway that allows a cell to be infected with HIV.

In a video posted to YouTube, He says the girls are healthy and now at home with their parents. Genome sequencing of their DNA has shown that the editing worked, and only altered the gene they targeted, he says.

This list recognizes world-class researchers selected for their exceptional research performance, demonstrated by production of multiple highly cited papers that rank in the top 1% by citations for field and year in Web of Science.

Le Conseil européen de la recherche lance l'appel à propositions Consolidator Grant 2018 (ERC-COG-2018) qui bénéficie d'un budget indicatif de 602 millions d'euros et pourra financer environ 301 bourses. Il s'adresse à des chercheurs qui souhaitent consolider leur équipe de recherche.

Date limite de candidature : 7 février 2019

Le pathogène bactérien Agrobacterium tumefaciens provoque des galles sur les tiges et racines d’un large spectre de plantes hôtes telles les plants de tomate, peupliers, rosiers... Le mécanisme de formation des galles est connu : le pathogène transfère une partie de son ADN (appelé ADN-T) dans le noyau des cellules végétales, puis l’expression des gènes de l’ADN-T provoque la prolifération des cellules végétales et la formation des galles. Agrobacterium tumefaciens colonise la surface et l’intérieur des galles. Mais comment ce pathogène est-il capable de vivre dans les galles ? De quels nutriments dispose-t-il et comment les utilise-t-il ?

Pour répondre à ces questions, l’équipe Interactions Plante-Bactéries de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, Gif-sur-Yvette), a combiné plusieurs approches omiques : la métabolomique, le transposon-sequencing et la transcriptomique (Gonzalez-Mula et al. in press New Phytologist). La métabolomique a permis de comparer la diversité et l’abondance des métabolites d’origine végétale (acides aminés, sucres …) présents dans les galles et les tiges saines de plants de tomate. La combinaison du transposon-sequencing et de la transcriptomique a permis d’identifier les gènes d’Agrobacterium tumefaciens qui sont nécessaires à sa croissance sur certains de ces métabolites. Enfin, des bactéries mutées pour ces gènes ont été construites et se sont avérées moins efficaces dans la colonisation des galles que la bactérie sauvage Agrobacterium tumefaciens. Ce travail révèle de nouveaux gènes et voies métaboliques importants dans la survie d’Agrobacterium tumefaciens dans les galles qu’il provoque sur les plantes.

Illustration gauche : Une galle provoquée par Agrobacterium tumefaciens sur une tige de plant de tomate.

Illustration droite : Identification par transposon-sequencing des gènes essentiels (en rouge) et non-essentiels (en vert) d’Agrobacterium tumefaciens lorsqu’il croît dans un milieu riche en nutriments.

Contact : denis.faure@i2bc.paris-saclay.fr

The microtubule cytoskeleton plays an essential role in the development, function and survival of neurons. Dysregulation of the microtubules have been linked to a number of neurodegenerative diseases, such as Alzheimer’s, Huntington’s and Parkinson’s disease.

In two recent papers published in EMBO Journal (Magiera et al. and Shashi et al.), researchers from the Institut Curie, CNRS UMR 3348 and University Paris Sud in Orsay have shown that neurodegeneration can be caused by deregulation of a key posttranslational modification of the microtubule cytoskeleton, polyglutamylation.

In their first study, they generate a panel of mouse models in which they modulate enzymes that add or remove this posttranslational modification. These models allowed them to demonstrate how a specific type of neurons in the cerebellum, the Purkinje cells, can be specifically and cell-autonomously induced to degenerate, or rescued from degeneration by up- or downregulating polyglutamylation. They also demonstrate that other neurons are equally susceptible to degeneration when polyglutamylation is perturbed, making this process a novel, general risk factor of neurodegeneration. Finally, they find that mitochondria transport, a microtubule-dependent process, is perturbed in neurons with upregulated polyglutamylation, which gives a first hint on the cellular mechanism of this novel type of degeneration.

In their second publication, with a network of collaborators, they describe patients with infantile-onset neurodegeneration that is caused by mutations in the very same deglutamylating enzymes they have analyzed in the mouse models. Thus, alterations of microtubule polyglutamylation is a mechanism involved in human neurodegenerative disorders. Their finding that modulating polyglutamylating enzymes can avoid degeneration in mice suggests that pharmacological inhibition of the enzymes involved in this process could become a therapeutic approach for tackling human disorders.

See editorial comment in Nature Reviews Molecular Cell Biology.

Contact: carsten.janke@curie.fr or maria.magiera@curie.fr

Frédérique Vidal, ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, et Mounir Mahjoubi, secrétaire d’Etat au numérique, ont présenté hier à Toulouse le plan détaillé pour l’intelligence artificielle (IA). L’enveloppe globale s’élève à 665 millions d’euros de dépenses du budget de l’Etat jusqu’en 2022, auxquels s’ajoutent des investissements du secteur privé qui porteront l’ensemble à un milliard d’euros. Ce plan vise à encourager la recherche publique et privée dans l’IA, pour faire de l’Hexagone un leader mondial. L’un des axes vise à soutenir les chercheurs français et attirer des talents étrangers. Le gouvernement compte doubler le flux annuel des doctorants (250 aujourd’hui) ; 70 millions d’euros y seront consacrés. En outre, 100 millions d’euros seront réservés, d’ici à 2022, à des appels à projets de recherche. Le gouvernement investira aussi 115 millions d’euros dans les superordinateurs, dont la puissance de calcul est nécessaire aux chercheurs. Pour favoriser le rapprochement entre universités et entreprises, le gouvernement veut créer 50 laboratoires communs à ces deux univers spécialisés en IA, les « Labcom », pour un total de 40 millions. Enfin, le renforcement des coopérations bilatérales, européennes et internationales sera encouragé, sur la base de ce qui se fait déjà avec l’Allemagne.

Au cours du processus de reproduction sexuée, les chromosomes échangent du matériel génétique par recombinaison (crossing-over), participant ainsi à la diversité. Mais ce brassage s'effectue de façon limitée, car les échanges sont rares. En cause, la présence de gènes, dont l'action inhibe le mécanisme. Des chercheurs de l'Inra et du Cirad ont démontré que désactiver l'un d'entre eux, nommé RECQ4 entraîne la multiplication par trois du nombre de recombinaisons chez des plantes cultivées telles que le riz, de pois et de tomates. Cette découverte, qui a fait l'objet d'une publication dans la revue Nature Plants, le 26 novembre 2018, pourrait permettre d'accélérer le processus de sélection génétique des plantes, et ainsi développer plus rapidement des variétés mieux adaptées aux conditions environnementales (résistance aux maladies, adaptation au changement climatique).  

Contact : Raphaël Mercier (Institut Jean-Pierre Bourgin, UMR1318 INRA–AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Versailles, France) - raphael.mercier@inra.fr

Une étude européenne lève le voile sur la diversité des gènes de résistance aux antibiotiques présents dans les bactéries du microbiote intestinal. Des équipes des hôpitaux Beaujon et Bichat Claude-Bernard AP-HP, de l’Inra (MetaGenoPolis), de l’Institut Pasteur, de l’Inserm, des universités Paris Diderot et Paris-Saclay ont développé une nouvelle méthode bioinformatique de prédiction de fonction des gènes basée sur la structure tridimensionnelle des protéines qu’ils codent. Les chercheurs, en collaboration avec d’autres équipes européennes, l’ont ensuite appliquée à un catalogue de plusieurs millions de gènes du microbiote intestinal. Grâce à cette méthode, ils ont identifié plus de 6000 gènes de résistance aux antibiotiques très différents des gènes connus. Ces travaux, publiés dans la revue Nature Microbiology, illustrent la diversité des gènes de résistance des bactéries de notre microbiote intestinal.

When Chinese researchers first edited the genes of a human embryo in a lab dish in 2015, it sparked global outcry and pleas from scientists not to make a baby using the technology, at least for the present.

It was the invention of a powerful gene-editing tool, CRISPR, which is cheap and easy to deploy, that made the birth of humans genetically modified in an in vitro fertilization (IVF) center a theoretical possibility.

Now, it appears it may already be happening.

According to Chinese medical documents posted online this month (here and here), a team at the Southern University of Science and Technology, in Shenzhen, has been recruiting couples in an effort to create the first gene-edited babies. They planned to eliminate a gene called CCR5 in hopes of rendering the offspring resistant to HIV, smallpox, and cholera.

Jiankui He leads a team using the gene-editing technology CRISPR in an effort to prevent disease in newborns.

The clinical trial documents describe a study in which CRISPR is employed to modify human embryos before they are transferred into women’s uteruses.

Journée des métiers : zoom sur les bonnes pratiques du M2 Sciences du végétal
Par Sabine Ferrier / Publié le 27 novembre 2018

Vendredi 5 octobre, le Master 2 Innovation en Qualité et Productions Végétales (IQPV) organisait en partenariat avec le LabEx SaclayPlantScience (SPS) et l’Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2) une journée autour des métiers de la protection des plantes : développement technique, marketing ou encore homologation.

La France produit 20% des denrées agricoles de l'Union européenne et est l’un des principaux exportateurs mondiaux de céréales. Pourtant, les rendements, c’est à a dire la quantité de biomasse récoltée par unité de surface cultivée stagnent. L’article de Schauberger et al. paru dans Scientific Reports avec des chercheurs du Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement  (LSCE) et de l’INRA analyse un ensemble de données historiques comprenant plus de 120 000 observations de rendement de 1900 à 2016 pour dix cultures (orge, blé dur, blé dur, maïs, avoine, pommes de terre, colza, betterave à sucre, tournesol et vin) dans les 96 départements français métropolitains depuis la fin du 19ème siècle. Les rendements ont été multipliés par quatre en moyenne au cours du 20ème siècle. Alors que la variabilité absolue du rendement a augmenté, la variation relative à la moyenne a été divisée par deux – c’est à dire que les rendements moyens ont augmenté plus rapidement que leur variabilité. Le principal résultat de cette étude est de montrer que croissance des rendements a stagné depuis 1990 pour le blé d'hiver, l'orge, l'avoine, le blé dur, le tournesol sur au moins 25% des superficies cultivées, mais pas pour le maïs. Les causes peuvent être liées au changement climatique ou à une baisse d’intensification de la production due aux directives visant à limiter les engrais ou la politique des prix des denrées agricoles. Par contre, les données suggèrent que la limite des potentiels biologiques de production n’est pas la cause principale de cette stagnation récente.

Figure. Évolution des rendements de diverses cultures en France depuis 1900. On voit la forte augmentation due aux progrès techniques de l’agriculture entre 1960 et 2000 et pour la plupart des cultures une saturation des rendements depuis 2000. Pour le vin, la baisse récente est expliquée par la demande en qualité et non pas en quantité de produits viticoles.

Contact : philippe.ciais@lsce.ipsl.fr