Une veille scientifique et technique sur les thématiques : politique(s) de la science ouverte ; évaluation de la recherche ; Données de la recherche ; Engagements dans les établissements de l’ESR. Ressources scientifiques et techniques sélectionnées par les documentalistes du Service Documentation L@Doc : Ressources - Formation - Appui à la recherche - Institut Agro Rennes-Angers
Dès janvier 2020, les publications scientifiques ont augmenté dans les nombreux domaines de recherche concernés par la pandémie. L’open science, et ses compléments, l’open knowledge, l’open data et l’open source, ont joué un rôle considérable dans cette science d’urgence. Ses standards largement adoptés ont favorisé les transferts rapides vers la pratique clinique. Ses capacités de bibliométrie, de data analyse et data science, en ont fait la « métascience » de cet épisode scientifique inédit. Les résultats montrent qu’elle n’a favorisé à ce stade ni les collaborations nouvelles ni la qualité scientifique. Mais les sciences participatives et citoyennes ont tiré un profit direct des informations et données partagées. La place de l’open science dans un tel événement rappelle le besoin d’une politique incitative incluant une politique de données novatrice, et la reconnaissance des sciences participatives comme une ressource interdisciplinaire et interculturelle nécessaire aux questions complexes qui, comme la pandémie de Covid-19, vont s’accuser dans les changements environnementaux auxquels les sciences et toute la communauté sociale se préparent.
« Couperin, le CCSD, l’IRD, le réseau des URFIST, organisent une présentation d’OpenAIRE, projet européen pour faire avancer la science ouverte. Cet atelier a pour but de présenter à la communauté scientifique française les services offerts par ce projet (https://www.openaire.eu/openaire-nexus-project). Un focus avec des retours d’expérience de chercheurs utilisateurs sera réalisé pour 4 d’entre eux : Amnesia : anonymisation des données Argos : gestion des données de la recherche Épisciences : plateforme de journaux en accès ouvert Community dashboard : plateforme au service d’un domaine de recherche particulier
"En route vers l’ouverture des codes de la recherche"
Depuis novembre 2018, le Comité pour la science ouverte dispose d’un nouveau groupe “logiciels libres et open sources” ou plus simplement le GPLO.
La création de ce groupe part d’un constat simple : les logiciels sont au cœur de la recherche et les pratiques du monde du libre (open source) sont un des éléments fondateurs de la science ouverte. La mission du GPLO est d’aider le comité à accompagner le développement, dans les communautés scientifiques, des logiciels libres et ouverts, considérés comme un pilier de la science ouverte.
Les deux premières années du groupe ont été très riches et nous sommes ravis de partager nos premiers résultats.
Source : Camille Maumet, avec des contributions de l’ensemble des membres du GPLO , groupe « logiciels libres et ouverts », Comité pour la science ouverte
Cette vidéo a été réalisée dans le cadre d'un projet tutoré par des étudiants du Master Information et médiation scientifique et technique de l'Université Lyon 1 pour aborder la question des revues prédatrices, en tant que phénomène sociétal, qui gangrènent le fonctionnement de la science et la fluidité des rapports sciences-société. Elle a pour objectif de sensibiliser aussi bien les communautés scientifiques que le grand public sur cette thématique, qui ne cesse de gagner en ampleur au fil du temps.
Vous avez trouvé un jeu de données intéressant dans un entrepôt et vous l’avez réutilisé pour produire un résultat scientifique ? Vous avez généré des données en utilisant un logiciel produit par d’autres scientifiques ? Dans ce cas, il est important de citer dans vos publications les données et le logiciel que vous avez réutilisés afin d’en identifier le (ou les) auteur(s), d’en faciliter l’accès et donc de permettre la reproductibilité de vos résultats et analyses.
Le CNRS œuvre pour une recherche plus ouverte, notamment sur l’accès aux publications scientifiques. Cette stratégie s’accélère et s’est élargie en 2020 avec la mise en place de la Direction des données ouvertes de la recherche (DDOR). Le point sur les ambitions de l’organisme.
Nous avons encore peu de recul sur la manière dont les communautés productrices de matériaux de recherche se saisissent des enjeux de l’ouverture des données dans le contexte actuel du Big Data et de la Science Ouverte, dépeint par Jim Gray comme l’ère du nouveau paradigme de la “Science dirigée par les données massives” (Hey, 2009). En particulier, lorsque ces communautés rassemblent différentes cultures épistémiques, impliquant une pluralité de rapports à la donnée. En prenant appui sur l’expérience d’un programme de recherche sur les relations en agriculture et littoral en Bretagne (Parchemins, 2016-2020), nous décrivons comment une équipe de 10 chercheurs et ingénieurs issus d’horizons divers (agronomie, sciences et techniques de l’information, anthropologie et études sociales des sciences) a intégré cet objectif en lien avec son ambition interdisciplinaire et transdisciplinaire, et a co-construit un système d’information modulaire et interopérable pour y répondre. Dans quelles mesures l’objectif de mise en partage des matériaux de recherche à un niveau à la fois interne et ouvert, favorise-t-il l’hybridation des approches scientifiques et l’ouverture de la science vers la société ? La description fine de l'instrumentation technique et numérique du partage des matériaux de recherche nous permet de mettre en lumière et de discuter une partie de ces formes d’hybridation.
L’Agence nationale de la recherche (ANR) poursuit sa politique en faveur du libre accès aux publications par l’adoption et l’application prochaine de la Stratégie de Non-Cession des Droits « Rights Retention Strategy » établie par la cOAlition S, une initiative européenne dont elle est partenaire. Cette stratégie représente une nouvelle étape dans la mise en œuvre du Plan S qui vise à un accès complet et immédiat aux publications scientifiques issues des travaux de recherche financés par des fonds publics. Elle doit permettre un accès ouvert, sans embargos, aux publications scientifiques grâce à l'utilisation de la licence Creative Commons CC-BY.
cOAlition S strategy of applying a prior licence to the Author’s Accepted Manuscript (AAM) is designed to facilitate full and immediate open access of funded scientific research for the greater benefit of science and society. It helps authors exercise their ownership rights on the AAM, so they can share it immediately in a repository under an open licence.
The manuscript – even after peer-review – is the intellectual creation of the authors. The RRS is designed to protect authors’ rights. The costs that publishers incur for the AAM, such as managing the peer-review process, are covered by subscriptions or publication fees. Delivering such publication services does therefore not entitle publishers to limit, constrain or appropriate ownership rights in the author’s AAM.
Some subscription publishers have recently put in place practices that attempt to prevent cOAlition S funded researchers from exercising their right to make their cOAlition S funded researchers immediately on publication.
The undersigned – cOAlition S funders and other stakeholders in academic publishing – wish to provide clarity to researchers about these practices, and caution them about the possible consequences.
Comment est né le mouvement de la Science Ouverte ? Pourquoi mettre en place un plan de gestion de données et partager les données de la recherche ? Découvrez l'impact de la Science Ouverte sur les données de la recherche en 3 minutes
Les bibliothèques de l'enseignement supérieur soutiennent de longue date l'accès ouvert aux publications et aux données de la recherche. La mise en œuvre du Plan national pour la science ouverte conduit toutefois à s'interroger sur le rôle que les bibliothèques jouent et devraient jouer dans un système de production de la recherche profondément modifié par les techniques numériques.
« A l’heure de la science ouverte et du web sémantique, les professionnels de l’information scientifique et technique font face à de nombreux défis dans la gestion des métadonnées des productions académiques, qui constituent le socle de la recherche d’information scientifique et de l’accès aux publications au niveau mondial : traitement des données des éditeurs, archives ouvertes, édition en libre accès, gestion et politique des registres d’identifiants, bases de données de publications, devenir des bases de citations, enjeu de la création d’un index mondial ouvert des publications, avancée en matière de graphes de données liées… Nous en présentons les enjeux stratégiques, institutionnels et techniques. Nous tentons également d’identifier les évolutions en cours et souhaitables en termes de compétences, d’outils technologiques et de gouvernance, et de définir le rôle que peuvent jouer les bibliothèques pour renforcer la qualité et l’ouverture des métadonnées. (…) »
This is another tangible step forward for immediate open access to scientific publications
The no-transfer of rights strategy was initiated in July 2020 by cOAlition S and represents another step towards full and immediate open access to publicly funded scientific publications. In the framework of this strategy, research authors can use the Creative Commons CC-BY license to publish in subscription journals while retaining full rights to their articles and also may deposit the accepted version for publication in an open archive as of the date of publication.
This Practical Guide provides guidance to ensure the long-term preservation and accessibility of research data, and supports organisations to provide a framework in which researchers can share their output in a sustainable way.
Agrodoc Ouest's insight:
Ce guide pratique fournit des conseils pour assurer la préservation et l'accessibilité à long terme des données de recherche, et aide les organisations à fournir un cadre dans lequel les chercheurs peuvent partager leurs résultats de manière durable.
Open Access, données de la recherche, évaluation par les pairs… Se former, à son rythme, aux enjeux et aux pratiques de la science ouverte, c’est ce que proposera à partir de l’automne 2021 le MOOC « Science ouverte », réalisé dans le cadre de l’Alliance Sorbonne Université.
Piloté par une équipe mixte Sorbonne Université – MNHN, ce MOOC, entièrement gratuit, est destiné en priorité aux doctorantes et doctorants, notamment ceux de l’Alliance Sorbonne Université. Il sera cependant ouvert à tous.
Sa réalisation fait suite à l’engagement pris par Sorbonne Université dans la Charte pour le libre accès aux publications, de former tous ses doctorantes et doctorants à la science ouverte.
Prévu pour une diffusion à l’automne 2021 sur la plateforme FUN (France Université Numérique), tous les contenus du MOOC seront sous licence CC-BY et donc librement réutilisables, notamment par les autres établissements d’enseignement supérieur et de recherche.
Some scholarly publishers have already outsourced operations like copy editing and printing. Now, 15 journals are outsourcing something central to science itself: the peer-review process. The journals, which include BMJ Open Science and Royal Society Open Science, say they will accept articles reviewed by a nonprofit “peer community” organization.
For roughly the past decade, Sci-Hub—aka, the “Pirate Bay of Science—has been giving researchers, reporters, and open-source advocates unfettered access to countless scientific papers across every discipline you can imagine. In return, it’s been hit with multiple lawsuits, a suspended Twitter account, and an investigation from the United States Department of Justice.
Now, people are trying to rescue the site before it’s wiped off the web for good. A collection of data-hoarding redditors have banned together to personally torent each of the 85 million articles currently housed within Sci-Hub’s walls. Ultimately, their goal is to make a fully open-source library that anyone can access, but nobody can take down.
In 2018, an influential group of research funders announced a bold pledge: the scientists they fund should publish their peer-reviewed papers outside journal paywalls. The initiative, called Plan S, caused an instant uproar over its aim of ending journal subscription models — the means by which many scholarly publications have financed their existence. Its intended start date in 2020 was delayed, and its details were tweaked. But after much sparring over policy, the project formally began in 2021, with 25 funding agencies rolling out similar open-access (OA) mandates.
As the first papers under these mandates are published, Plan S supporters say it’s the start of a journey towards open science. But most research funders haven’t signed up yet, and negotiations over the plan have produced a complex landscape of options to avoid paywalls. Here’s what the initiative means for scientists and journals — and some of the controversies that will play out in 2021 and beyond.
Crédit Photo : Yang Qing/Xinhua via Zuma Wire
Agrodoc Ouest's insight:
Les tensions entre éditeurs et financeurs mises en lumière .
L’expression « évaluation par les pairs » a fait irruption dans les médias avec la crise du Covid-19 et l’on en mesure bien l’importance : pour être dignes de foi, les résultats d’une recherche doivent d’abord être examinés de manière critique par d’autres spécialistes du domaine, des « pairs ». De fait, ce processus est une pierre angulaire de la recherche scientifique, d’autant plus importante aujourd’hui où tout un chacun peut « poster » ses écrits sur Internet.
Son histoire est liée à celle des revues scientifiques. La rigueur de l’évaluation par les pairs mise en œuvre par les éditeurs scientifiques d’une revue fait sa réputation. Une revue attire d’autant plus de bons articles qu’elle est sélective, ce qui entretient un cercle vertueux. À partir des années 1950, de nombreuses revues scientifiques furent reprises ou lancées par des groupes privés : le nombre de revues publiées par Pergamon press, basé à Oxford, passa de 40 à 150 en six ans au début des années 1960, tandis qu’Elsevier n’en avait que 10. Puis, dans cet exemple, Elsevier racheta Pergamon Press (et au passage la fameuse revue The Lancet) en 1991, et publie aujourd’hui 2500 revues.
Le rapport de Knowledge Exchange Openness Profile: Modelling research evaluation for open scholarship propose l’élaboration d’un portefeuille numérique, ou profil d’ouverture, une ressource numérique dans laquelle les divers résultats et activités d’un contributeur à la recherche et qui concourent à son ouverture seraient accessibles en un seul endroit.
Ce modèle s’articulerait autour des identifiants pérennes comme ORCID, et d’autres qui seraient interopérables.
Cette enquête en ligne visait à dégager des leçons de la pratique des plans de gestion de données (PGD) au Cirad pour orienter ou faire évoluer la stratégie institutionnelle en gestion et valorisation de données.
Ces vingt dernières années, à la faveur du mouvement du « libre accès », la proportion d’articles scientifiques pouvant être consultés gratuitement est passée d’une infime minorité à près de la moitié des publications. Au cours des vingt prochaines années, pour permettre au grand public de pleinement saisir la portée des avancées de la science, il nous faudra également démocratiser les évaluations par les pairs.
« Il y a 19 ans, un groupe de chercheurs internationaux s’est donné rendez-vous à Budapest pour discuter d’un problème tenace : malgré l’énorme quantité de travaux scientifiques et universitaires publiés, la plupart demeuraient inaccessibles. Les études réalisées restaient soumises à l’accès payant imposé par les revues spécialisées. De fait, les chercheurs avaient bien du mal à partager leurs découvertes et ne pouvaient pas s’appuyer sur leurs travaux respectifs pour en faire de nouvelles. Pour remédier à cette situation, le groupe a lancé l’initiative de Budapest, afin de promouvoir l’accès libre et gratuit aux revues scientifiques dans tous les domaines de recherche. (…) Mais si l’accès aux _ publications_ scientifiques s’est amélioré, l’accès aux données (data) sur lesquelles reposent les études reste encore très limité. (…) »
La Commission européenne a lancé aujourd'hui Open Research Europe, une plateforme de publication des articles scientifiques qui sera accessible à tous. La plateforme présentera les résultats des travaux de recherche financés par Horizon Europe, le programme de recherche et d'innovation de l'UE pour la période 2021-2027, et par son prédécesseur, Horizon 2020.
Open Research Europe offrira à tous, chercheurs et citoyens, un accès gratuit aux découvertes scientifiques les plus récentes. Elle apporte une solution directe aux difficultés majeures souvent liées à la publication des résultats scientifiques, notamment les retards, les obstacles à la réutilisation des résultats et les coûts élevés. La plateforme est un service facultatif offert aux bénéficiaires d'Horizon Europe et d'Horizon 2020, afin qu'ils puissent répondre à leurs besoins de financement pour un accès ouvert immédiat, sans frais pour eux.
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