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Agrodoc Ouest
from PAYSAGE ET TERRITOIRES
September 20, 2023 8:14 AM
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Agrodoc Ouest
May 7, 3:58 AM
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Organisée par le chargé de mission Science ouverte, le groupe de travail SO et la Direction de la recherche et de la valorisation, cette matinée d’étude abordera la réforme en cours de l’évaluation de la recherche, en écho aux travaux de la coalition CoARA, à laquelle l’URCA a adhéré en 2022.
Au cours de cette matinée, il s’agira de comprendre les enjeux, les difficultés et les conditions de réalisation d’une approche plus qualitative de l’évaluation de la recherche et des chercheurs. En lien avec le rapport du Comité Évaluation et science ouverte de l’Académie des sciences du 13 mars 2025, « Évaluation des enseignants-chercheurs, des chercheurs, de leurs équipes et de leurs projets scientifiques dans le contexte de la science ouverte », nous chercherons aussi à vérifier comment une meilleure prise en compte des activités liées à la science ouverte peut constituer un levier pour changer les pratiques.
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May 7, 3:36 AM
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Le ministère chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche (MESR) et le Comité pour la science ouverte (CoSO) annoncent l'ouverture des prix science ouverte 2025 du logiciel libre, des données de la recherche et de la thèse. L'objectif est de promouvoir les pratiques de science ouverte.
Les candidatures pour les prix science ouverte du logiciel libre, des données de la recherche et de la thèse sont ouvertes jusqu’en juin 2025. Cette initiative s’inscrit dans la lignée du deuxième Plan national pour la science ouverte et a pour ambition de soutenir les projets, les équipes et les jeunes scientifiques engagés dans une démarche exemplaire de science ouverte.
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May 6, 11:16 AM
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Une épirevue (en anglais : overlay journal) est une revue électronique en accès ouvert, alimentée par les articles déposés dans les archives ouvertes et non publiés par ailleurs (glossaire de la science ouverte du CNRS).
La condition préalable pour qu’un article soit publié dans une épirevue consiste donc à déposer son préprint dans une archive ouverte (HAL, arXiv, Zenodo…). Les auteurs soumettent ensuite leur manuscrit à une épirevue, laquelle organise son évaluation par les pairs. La version acceptée de l’article est ensuite déposée dans l’archive ouverte.
L’épirevue peut donc être considérée comme une « surcouche » (overlay) aux archives ouvertes. La revue prend en charge le workflow éditorial ainsi que la publication des articles sur son site web : présentation des articles compilés en volumes et numéros, attribution d’un DOI et lien vers l’article sur l’archive ouverte.
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April 30, 10:10 AM
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Indonesian open access journals serve both academic audiences and broader communities. Ikhwan Arief, DOAJ Ambassador for Indonesia, discusses the rapid growth of open access journals in Indonesia and their inclusion in DOAJ
As of March 2025, Indonesia has become the leading contributor to the Directory of Open Access Journals (DOAJ), with 2,473 journals indexed, surpassing all other countries, including the United Kingdom (2,176), Brazil (1,578) and the United States (1,223). Representing approximately 11.5% of the 21,457 journals currently listed in DOAJ, Indonesia’s position reflects the country’s significant investment in open access publishing and its sustained commitment to equitable knowledge dissemination. Among the total indexed journals, 2,441 have unique titles, while a small number share the same title. This is permitted under the ISSN system, which allows for identical journal names as long as each carries a distinct ISSN.
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April 30, 9:41 AM
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There are a growing number of AI bots crawling repositories. These bots are sufficiently aggressive that they can cause service disruptions and outages in repositories. As a result, some repositories have started to block machine access to their collections, which is also inadvertently blocking other desired network services such as scholarly aggregators, indexing services, and directories.
To get a better understanding about the impact of bots and crawlers on repositories, a short survey was distributed to COAR members in April 2025. There were 66 responses from different countries around the world (22 from Canada/US, 22 from Europe, 9 from Latin America, 6 from Asia, 4 from Australasia, 2 from Africa, and 1 unknown).
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April 23, 4:56 AM
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En épistémologie des sciences, les concepts autour de la reproducibilité commencent à être acceptés comme faisant partie de la méthode scientifique et des standards de qualités à l'état de l'art.
L'idée implique notamment de se mettre d'accord sur le vocabulaire utilisé, qui va nécessairement plus loin que le seul mot « reproductible ».
Le diagramme suivant synthétise une proposition de vocabulaire que j'aime bien, tirée d'un article scientifique :
López-Ibáñez, M., Branke, J., & Paquete, L. (2021). Reproducibility in evolutionary computation. ACM Transactions on Evolutionary Learning and Optimization, 1(4), 1-21.
Un preprint est disponible sur arXiv: cs.AI:2102.03380
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Agrodoc Ouest
April 22, 8:10 AM
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Ce guide a été conçu pour répondre aux défis récents de la gestion des données de recherche dans le contexte de la science ouverte. Il s'appuie sur les réflexions interdisciplinaires menées au sein de réseaux et de groupes de travail de la MITI (GeDeM, RTmfm et DOREMITI) et d'instituts du CNRS, mettant en avant des pratiques FAIR (Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables et Réutilisables). En prenant pour exemple la gestion des données en microscopie photonique, ce document propose un cas d'usage concret tout en exposant les notions fondamentales de la gestion FAIR. Le guide suit les étapes du cycle de vie des données, enrichi d'une phase initiale dédiée à la planification et à la préparation des projets. Cette approche met en lumière l'importance de chaque étape, depuis l'acquisition jusqu'à la publication, afin d'assurer la pérennité, la diffusion et la réutilisation des données au-delà de leur contexte initial. Non exhaustif, ce guide s'inscrit dans les efforts nationaux pour la science ouverte, offrant un accompagnement aux ingénieurs et aux chercheurs dans la gestion des données.
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April 8, 5:28 AM
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Nous vous parlions il y a quelques semaines des actions que les auteurs du préprint « CODE beyond FAIR » invitent à mettre en place pour améliorer les pratiques autour des logiciels de recherche : ouvrir, documenter, exécuter, collaborer. Vous pouvez désormais apprendre concrètement comment faire, en vous inscrivant à la formation sur la reproductibilité computationnelle qui aura lieu du 1er au 3 juillet 2025, à Fréjus. Source : CENTRE DE RESSOURCES EN INFORMATION SCIENTIFIQUE (INSTITUT PASTEUR)
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Agrodoc Ouest
April 7, 5:28 AM
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Cette session propose une présentation de GAFFEx. Les laboratoires du monde entier produisent de nombreux résultats inexploités car considérés comme « négatifs », « nuls », ou encore « sous-optimaux ». Bien qu’une majorité des chercheurs considèrent ces résultats comme utiles, il est encore difficile aujourd’hui de les publier. La plateforme GAFFEx.org (« GAFFEx » acronyme de « Gathering of fundamentally Failed Experiments ») se donne pour objectif de relever le défi du partage de ces résultats en prenant en compte les principaux verrous soulevés par les chercheurs. Pour y répondre, un modèle éditorial inédit a été conçu pour associer simplicité, robustesse et transparence du modèle de revue par les pairs. Le retour et la contribution des chercheurs est primordiale pour que la plateforme soit complètement opérationnelle. Lien de connexion : https://u-bordeaux-fr.zoom.us/j/89137460072
Dans le cadre de la Semaine Science Ouverte et Données de la Recherche proposée par AgroParisTech et la Graduate School Biosphera du 7 au 11 avril 2025, la GS organise, le jeudi 10 avril 2025 (9h-17h30), une data party en présentiel sur le campus Agro Paris Saclay autour des bonnes pratiques de gestion et d’ouverture des données de la recherche produite au sein des unités de la GS. Cette journée sera l’occasion de vous proposer différents ateliers (1.5 heures environ par atelier) pour aborder concrètement des thématiques telles que la qualité, la documentation, le stockage ou encore la publication des jeux de données en tenant compte des spécificités disciplinaires. La langue des ateliers (Français ou Anglais) dépendra des animateurs. Nous vous invitons à participer à cette activité structurée en ateliers pratiques, en venant idéalement avec quelques exemples de vos propres jeux de données. Pour faciliter l’organisation de cette activité, nous vous invitons à remplir ce sondage avant le 10 février 2025 et choisir les ateliers qui vous intéressent. Merci de mentionner l'état actuel de vos données. Si vous remplissez le sondage, nous considérons que vous vous engagez à participer à la Data Party. Nous retiendrons la liste finale des ateliers en fonction du nombre d’inscrits. Merci de bloquer la date dans vos agendas. Pour votre information et pour appréhender les notions essentielles qui serviront de base au contenu des ateliers, AgroParisTech organise le 9 avril 2025 (9h-13h), une formation théorique abordant le cycle de vie de la donnée tout au long d’un projet de recherche. Vous êtes aussi vivement invités à participer à ce module (inscriptions à venir). Une version résumée sera proposée en introduction de la data party. Pour toute question : Eva Legras (eva.legras@agroparistech.fr) et Rafael Muñoz-Tamayo (rafael.munoz-tamayo@inrae.fr)
Via Life Sciences UPSaclay
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Agrodoc Ouest
April 3, 9:09 AM
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L'IA soulève de forts enjeux socio-économiques. La collaboration entre recherche publique et privée est essentielle pour maintenir la compétitivité et garantir une autonomie technologique européenne.
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Agrodoc Ouest
March 12, 4:24 AM
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La collection Humanités numériques et science ouverte est en cours d'instruction auprès de notre partenaire OpenEdition Books.
Une fois cette instruction validée, les textes issus de la collection y seront publiés et accessibles en open access freemium : HTML accessible gratuitement / ePub et PDF commercialisés.
Dans l'attente, et afin de soutenir l'esprit de cette nouvelle collection et de son modèle économique (FNSO), les Presses universitaires du Septentrion et la MESHS ont choisi de diffuser gratuitement la version PDF de cette première publication.
La gestion, le partage et l'ouverture des données de recherche font partie des priorités de la politique de la science ouverte. Ainsi, en France, le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche a défini la structuration et l’ouverture des données de recherche comme un des axes majeurs de ses deux Plans nationaux pour la science ouverte (2018 et 2021). L’objectif du second Plan (PNSO2 : 2021-2024) est une généralisation de la science ouverte d’ici 2024 autour de plusieurs mesures, dont l’obligation de la diffusion ouverte des données de recherche issues de programmes financés par appels à projets sur fonds publics et la promotion de l’adoption d’une politique d’ouverture pour les données associées aux articles publiés par les chercheurs.
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Agrodoc Ouest
May 7, 5:06 AM
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ROYAUTÉ Raphaël.Captation vidéo lors des Journées 2025 du Réseau Français de la Recherche Reproductible... Lieu de réalisation : Lyon DOI : 10.60527/ssxz-wp87
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Agrodoc Ouest
May 7, 3:40 AM
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« Avec la sélection de 13 premiers nœuds, la fédération de l’European Open Science Cloud (EOSC) ouvre la voie vers son futur portail européen d’accès et de mise à disposition de données et de logiciels pour l’ensemble des communautés scientifiques. Parmi ces nœuds, Data Terra, une infrastructure de recherche dédiée au système Terre et à l’environnement, dont la candidature était portée par le CNRS. (…) »
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source > cnrs.fr, 25 avril 2025
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Agrodoc Ouest
May 6, 11:50 AM
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Pendant mes quatre années de doctorat, on m’a répété mille fois que publier dans une revue scientifique constituait la preuve de la réussite de mon travail de recherche. Que plus le facteur d’impact de la revue était élevé, mieux c’était, car cela témoignait de ma qualité en tant que chercheuse. C’était aussi, m’a-t-on dit, la clé pour décrocher un postdoctorat si je souhaitais poursuivre une carrière dans la recherche.
Durant cette période, j’ai été surprise par les coûts exorbitants pour publier dans les fameuses revues censées déterminer si mon travail « valait le coup » ou non — on parlait déjà de montants à quatre chiffres pour les « meilleures revues ». J’ai été indignée d’apprendre que les articles devaient être relus et validés par des reviewers qui n’étaient pas rémunérés pour ce travail. Et j’ai été scandalisée de découvrir que, si je ne payais pas ces frais de publication, d’autres chercheurs souhaitant accéder à mes résultats de recherche devraient eux aussi payer. Finalement, tout semblait se résumer à l’argent.
Ce n’est que deux ans après avoir soutenu ma thèse que j’ai entendu parler de la science ouverte, grâce à l’opportunité d’écrire sur ce blog. En commençant à m’informer et à suivre les formations sur le sujet proposées par l’Institut Pasteur, ainsi que sur des plateformes comme FUN, avec le MOOC proposé par Sorbonne Université, j’ai été rassurée de constater qu’un véritable mouvement cherche à renverser ce paradigme : celui de la science ouverte......"
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Agrodoc Ouest
May 2, 3:56 AM
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Ce guide a été conçu pour répondre aux défis récents de la gestion des données de recherche dans le contexte de la science ouverte. Il s’appuie sur les réflexions interdisciplinaires menées au sein de réseaux et de groupes de travail de la MITI (GeDeM, RTmfm et DOREMITI) et d’instituts du CNRS, mettant en avant des pratiques FAIR (Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables et Réutilisables). En prenant pour exemple la gestion des données en microscopie photonique, ce document propose un cas d’usage concret tout en exposant les notions fondamentales de la gestion FAIR. Le guide suit les étapes du cycle de vie des données, enrichi d’une phase initiale dédiée à la planification et à la préparation des projets. Cette approche met en lumière l’importance de chaque étape, depuis l’acquisition jusqu’à la publication, afin d’assurer la pérennité, la diffusion et la réutilisation des données au-delà de leur contexte initial. Non exhaustif, ce guide s’inscrit dans les efforts nationaux pour la science ouverte, offrant un accompagnement aux ingénieurs et aux chercheurs dans la gestion des données”.
Pour citer le guide : Alexis Lebon, Julio Mateos Langerak, Faisal Bekkouche, Guillaume Gay, Mathieu Vigneau, et al.. Guide des bonnes pratiques pour la gestion des données de la recherche en BioImagerie. RTmfm, MITI du CNRS, IFSeM. 2025. hal-05023064
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Agrodoc Ouest
April 30, 10:03 AM
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"Jisc has been a longstanding participant in both the OA2020 and the Berlin conferences, sharing the UK’s strategies and learning from international peers....." Since its inception in 2003, the Open Access conference (OA2020) has played a key role in shaping the open access movement, offering a unique space for consortia and libraries to engage directly with senior leaders from the academic publishing industry. It’s a place to celebrate progress, confront ongoing challenges, and find collaborative solutions. The Berlin meetings have helped define pivotal milestones for open access. Berlin 13, for example, reinforced the idea that subscription funds should be redirected to support sustainable OA business models. Berlin 16 highlighted that removing paywalls must not lead to new barriers in open science participation. These conversations have led to real progress, including clearer, more aligned publishing licenses that better serve the needs of researchers....." Source : Sarah Roughley Barake Licensing portfolio specialist
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Agrodoc Ouest
April 30, 9:23 AM
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Méthodologie, intégrité, éthique, reproductibilité, science ouverte, techniques rédactionnelles, démarche qualité, découvrez les outils, les ressources et les questions à se poser pour évoluer avec aisance dans l’écosystème de la recherche.
Rédaction d’articles, lectures scientifiques, expérimentations, réflexion, conférences, voyages et enseignement … le quotidien d’un chercheur est souvent bien rempli ! Si vous êtes déjà engagé-e dans cette aventure ou si vous songez à le faire, c’est que vous avez la curiosité intellectuelle, la polyvalence, la rigueur et la résilience nécessaires pour ce métier. La recherche est passionnante, variée et utile à la société, pour peu qu’on en maîtrise les règles et les bonnes pratiques. Cette sélection de MOOC vous donnera les outils pour naviguer dans le milieu de la recherche comme un poisson dans l’eau.
Le MOOC Reproducible Research II: Practices and tools for managing computations and data proposé par Inria intéressera toute personne souhaitant maîtriser la gestion des données massives et des calculs complexes dans un contexte de recherche scientifique. Dispensé en anglais, ce MOOC vous apprendra à organiser, versionner et archiver efficacement vos données et votre code à l’aide d’outils reconnus comme Git Annex, Software Heritage ou Zenodo, et à adopter des formats structurés tels que FITS ou HDF5. Vous découvrirez également comment déployer des environnements logiciels contrôlés grâce à des outils comme Docker ou Guix, essentiels pour garantir la reproductibilité de vos travaux. Enfin, il vous guidera dans l’automatisation des analyses longues ou distribuées à l’aide de workflows (make, snakemake), tout en assurant un contrôle total de l’environnement logiciel utilisé. Que vous soyez chercheur, ingénieur ou data scientist, ce MOOC vous permettra de franchir un cap dans la gestion rigoureuse de vos projets scientifiques. Inscrivez-vous dès maintenant pour professionnaliser vos pratiques !
Ce cours est en anglais.
Début du cours : 5 mai 2025
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Agrodoc Ouest
April 22, 8:26 AM
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Développée par le Centre Français des 3R, la plateforme FC3R Short Notes vise à faciliter la diffusion des résultats de recherche non publiés, qu’ils soient positifs ou négatifs.
Cette plateforme s’aligne avec les principes des 3R (Remplacer, Réduire, Raffiner) qui visent à promouvoir une utilisation raisonnée des animaux en recherche et à améliorer le bien-être animal. En effet, en offrant de la visibilité à des résultats et protocoles non publiés, il devient possible d’optimiser le nombre d’animaux utilisés ou même de les remplacer par des alternatives : on évite de refaire des recherches qui ont déjà été menées sur des animaux, on évite de lancer de nouvelles recherches sur des animaux alors que des résultats non concluants ont déjà été obtenus, on améliore son protocole en se basant sur l’expérience des autres avant de lancer sa propre expérience…
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Agrodoc Ouest
April 8, 5:40 AM
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La petite encyclopédie de la science ouverte publie dix articles encyclopédiques sur dix sujets clés de la science ouverte. Chaque article a été publié simultanément sur Wikipédia ce qui constitue une contribution à la plus grande encyclopédie collaborative du monde. La version Wikipédia pourra évoluer avec le système de contribution collective qui lui est propre. Les articles sont publiés en anglais et en français. Ils sont également disponibles sur l’encyclopédie libre Wikipédia. Image d’illustration : Gerd Altmann de Pixabay
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Agrodoc Ouest
April 8, 5:08 AM
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« Diffuser les résultats de la recherche par voie de publication est une démarche qui requiert éthique et responsabilité et doit répondre à une double exigence d’intégrité scientifique et de science ouverte. La science ouverte propose un cadre utile et fournit de nombreux outils facilitant la transparence des processus de recherche. Elle contribue de ce fait au respect de l’intégrité scientifique. Cela suppose de la part des scientifiques un engagement personnel et collectif très important et une volonté de réappropriation d’un processus de publication souvent délégué à des intérêts non scientifiques. »
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Agrodoc Ouest
April 3, 9:57 AM
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Le CCSD fait le constat qu’il est de plus en plus complexe d’identifier les traces de consultation de HAL par les robots et web crawlers. Le filtre jusqu’à présent mis en place qui éliminait les traces au-delà de 100 consultations/jour pour une même machine ne permet pas de garantir une élimination fiable des robots. A partir de 2025, les données de consultation ne prendront plus en compte ce seuil.
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Agrodoc Ouest
April 3, 9:24 AM
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Une science inclusive, partagée et équitable est un facteur clé de succès dans la réalisation des aspirations de l’Agenda 2063 « L’Afrique que nous voulons ». De même, la recommandation de l’UNESCO sur la science ouverte offre un outil puissant pour atteindre les objectifs de développement durable en ouvrant les pratiques et les productions scientifiques. Dans ce contexte, accroître la visibilité des productions scientifiques pour promouvoir leur impact et leur réutilisation est l’un des principaux objectifs de la science ouverte.
En Afrique, il est urgent d’accroître la visibilité des productions scientifiques. Malgré leur richesse et leur diversité, elles restent très mal indexées dans le système international d’édition, qui par ses règles et son fonctionnement contribue à exclure les productions scientifiques du continent. (…) »
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Agrodoc Ouest
April 2, 4:52 AM
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Optimisation de l’affichage et du référencement, amélioration de l’impression, possibilité d’exposer des jeux de données disponibles dans d’autres entrepôts et prochainement une fonctionnalité d’export en format word : le CV HAL se renouvelle pour mieux répondre aux attentes des chercheurs et chercheuses.
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Agrodoc Ouest
March 11, 5:05 AM
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Nous avons déjà évoqué à plusieurs reprises les problèmes de « pollution » de la science, en particulier liés aux pratiques des paper mills, review mills et citation mills. Mais que peut-on faire pour lutter contre cette fausse science ?
Des experts (réunis à Paris en décembre dernier) traquent les manquements à l’intégrité scientifique dans la littérature scientifique, mais ils ont peu de moyens et leurs actions sont limitées. Dix de ces « détectives » demandent donc, dans un article publié dans la revue Nature, que des efforts concertés soient déployés par la communauté scientifique
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![[Save the date] 12 juin 2025 Journée d’étude « Quelle place pour la science ouverte dans la réforme de l’évaluation de la recherche ? » | SCIENCE OUVERTE | Scoop.it](https://img.scoop.it/F85e9wRvhQoMbrUjTcMTpzl72eJkfbmt4t8yenImKBVvK0kTmF0xjctABnaLJIm9)
![[Formation en ligne] le 10 avril de 14h à 15h : GAFFEx, l’incubateur des résultats négatifs de la recherche | SCIENCE OUVERTE | Scoop.it](https://img.scoop.it/m0DHepLzBPfF_kPqlVJGOjl72eJkfbmt4t8yenImKBVvK0kTmF0xjctABnaLJIm9)
![[Conférence ] SORTEE : Une société pour la science ouverte en écologie et biologie évolutive | Canal U | SCIENCE OUVERTE | Scoop.it](https://img.scoop.it/98ImpxT0HL_BzBiO2MP-sTl72eJkfbmt4t8yenImKBVvK0kTmF0xjctABnaLJIm9)
![[Mooc] Explorer les bonnes pratiques de la recherche : entre éthique, qualité et reproductibilité | SCIENCE OUVERTE | Scoop.it](https://img.scoop.it/gNsgxK-go-PL5eddMX6DODl72eJkfbmt4t8yenImKBVvK0kTmF0xjctABnaLJIm9)
