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March 26, 2019 10:56 AM
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« Un Anneau pour les gouverner tous, un Anneau pour les trouver » - Un Anneau pour amener un Herpesvirus et dans les vésicules autophagiques l’envelopper

« Un Anneau pour les gouverner tous, un Anneau pour les trouver » - Un Anneau pour amener un Herpesvirus et dans les vésicules autophagiques l’envelopper | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’infection par le cytomégalovirus Humain (HCMV), un virus enveloppé appartenant à la famille des Herpesvirus, est le plus souvent bénigne mais peut engendrer des pathologies graves chez les personnes immunodéprimées ainsi que des malformations majeures chez le fœtus.

 

Dans l’article publié dans Scientific Reports, l’équipe d’Audrey Esclatine (Faculté de Pharmacie UPSud, Châtenay-Malabry, rattachée au département de Virologie de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Gif-sur-Yvette) a montré, en mettant au point différentes lignées cellulaires déficientes en autophagie, que le HCMV utilise la machinerie autophagique à son profit pour améliorer sa multiplication. L’autophagie est un processus vésiculaire permettant la dégradation et le recyclage de composés cellulaires. HCMV modifie l’organisation de la cellule pour former une structure spécifique, appelée le compartiment d’assemblage viral (vAC). Situé proche du noyau qui est alors déformé par l’infection, le vAC comporte des fragments de différents organites cellulaires, comme l’appareil de Golgi, et adopte une forme en anneaux concentriques. La particule virale du HCMV, un Seigneur des anneaux à sa façon, est acheminée au niveau du vAC pour acquérir son enveloppe en utilisant les différentes membranes présentes. Dans cet article, les auteurs ont montré que des vésicules contenant différentes protéines de l'autophagie, comme LC3 sous sa forme lipidée, s'accumulent au niveau du vAC et participent à l’enveloppement du virus. Ces protéines cellulaires sont ensuite retrouvées dans les particules virales extracellulaires purifiées. De quoi rendre Gollum jaloux…

 

Ce travail montre donc que la machinerie autophagique participe à l’enveloppement cytoplasmique des particules virales du HCMV au niveau du vAC.

 

Contact : audrey.esclatine@u-psud.fr ou clemence.taisne@u-psud.fr

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March 27, 2019 6:05 PM
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CFTR protège contre l'infection à Mycobacterium abscessus en affinant les défenses oxydatives de l'hôte

CFTR protège contre l'infection à Mycobacterium abscessus en affinant les défenses oxydatives de l'hôte | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Mycobacterium abscessus (Mabs) est un pathogène émergent dans la mucoviscidose (CF), une exocrinopathie consécutive de mutations dans CFTR. Cependant, l’absence de modèles animaux adaptés a largement entravé notre compréhension du lien direct entre un CFTR dysfonctionnel et la sensibilité aux infections à Mabs.

 

Dans ce contexte, les Docteurs Bernut (University of Sheffield) et Kremer (IRIM-CNRS) ont développé un nouveau modèle animal pertinent, l’embryon transparent de zebrafish, afin de disséquer le rôle de CFTR dans la régulation de la réponse inflammatoire et immune vis-à-vis de Mabs. L’équipe du Professeur Jean-Louis Herrmann (UMR-S 1173 INSERM/UVSQ) a été associée à ce projet qui vient d’être accepté dans Cell Reports.

 

Leurs résultats révèlent en particulier qu’un défaut de CFTR chez le zebrafish se caractérise par une sensibilité accrue à Mabs en raison d’un défaut de bactéricidie intracellulaire des phagocytes. Ce défaut est consécutif à une réduction de la production de radicaux oxydants (ROS), qui compromet à terme, la formation et l'intégrité du granulome, impliqué dans la défense contre Mabs. Ainsi, ces travaux suggèrent que CFTR limiterait la croissance intracellulaire de Mabs en stimulant les défenses oxydatives des phagocytes professionnels.

 

Cette étude met en exergue un nouveau modèle prometteur et performant pour définir de façon inédite la relation directe entre Mabs et CFTR dans un vertébré vivant. L’optimisation de ce système biologique pourrait fournir des avancées notoires dans notre compréhension des bases primaires de la sensibilité des patients atteints de mucoviscidose face à ce pathogène et à plus long terme, guider vers de futures thérapies immuno-ciblées innovantes visant à potentialiser le rééquilibrage de la réponse immunitaire anti-Mabs chez les patients mucoviscidosiques.

 

Légende de la Figure : Rôle de CFTR dans l’immunité anti Mycobacterium abscessus via la régulation des défenses oxydatives de l'hôte.

 

Contact : jean-louis.herrmann@aphp.fr

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March 25, 2019 9:17 AM
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Paris-Saclay SPRING, le rendez-vous de l’innovation

Paris-Saclay SPRING, le rendez-vous de l’innovation | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’Université Paris-Saclay et l’Institut Polytechnique de Paris sont partenaires du salon Paris-Saclay SPRING le 15 mai 2019.
A ce titre, 15 équipes de recherche pourront bénéficier d’un stand de 4m2 dans le village de l’innovation pour y présenter une innovation et/ou un projet innovant en rapport avec un des 5 thèmes (soit 3 emplacements par thème) :

  • Énergie / Climat / Environnement
  • Santé / Alimentation
  • Mobilité
  • Smart Manufacturing
  • Sécurité

Nous vous proposons de candidater en retournant le dossier de candidature avant le lundi 15 avril 18h à la SATT et à votre référent comme indiqué dans le dossier.
Penser à joindre le logo HD de votre établissement (.ai ou .eps)
 
Cette journée met à l’honneur les membres de l’écosystème d’innovation de Paris-Saclay en leur permettant d’exposer, d’être visible et de rencontrer les visiteurs (soit plus de 1.000 chercheurs, industriels, financeurs, partenaires …).

 
Mobilisez-vous !

Nous attendons vos propositions qui, en fonction du nombre reçu, donneront lieu à une sélection selon les critères de complémentarité des exposants, du niveau d’engagement des équipes, des besoins exprimés de rencontres avec des entreprises.
 

Nous répondrons à vos questions : sebastien.magnaval@satt-paris-saclay.fr

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March 27, 2019 10:27 AM
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Workshop "Les dispositifs de e-santé" - 5/06/2019

Workshop "Les dispositifs de e-santé" - 5/06/2019 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Organisé par Sandra Charreire Petit (RITM / UPSud), Eric Fouassier (EA7358 GRADES / UPSud) & Damien Talbot (ClerMa / Université de Clermont-Ferrand Auvergne).

 

Qu’en est-il du déploiement en France, accéléré au plan politique depuis septembre 2018, des dispositifs de e-santé ? Qu’en est-il plus particulièrement en termes d’usages par les différentes parties prenantes (patients, médecins, soignants en HAD, pharmaciens, associations de malades, start’up du champs de la santé,…) ?

S’agit-il d’une déshumanisation ou d’un progrès dans l’accès à des soins de qualité pour tous ? Quid des représentations des différents acteurs de ces nouveaux systèmes de santé encore largement en devenir (télé expertise, téléconsultation, télésurveillance / observance, téléassistance,…), et qui repose, en grande partie, sur la dématérialisation et sur l’échange de données ?

Quels sont ou quels peuvent être les risques de nouvelles fractures (numériques – sociales – économiques – technologiques – générationnelles) à venir et susceptibles de remettre en cause l’objectif visé par les décideurs publics ?

L’objectif de ce workshop est d’engager des débats sur la e-santé depuis la MSH, au sein de la communauté Paris-Saclay et au-delà, en faisant dialoguer différentes disciplines des sciences sociales (Droit – Management – géographie – économie, systèmes d’information…) avec des disciplines liées à la santé (médecine, pharmacie, biologie informatique,…).

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March 25, 2019 5:30 AM
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6th Annual Drug Discovery & Development Symposium (1-2 June 2019, Paris)

6th Annual Drug Discovery & Development Symposium (1-2 June 2019, Paris) | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

On behalf of the PVRI, Gérald Simonneau & Marc Humbert (UMR-S 999, LERMIT partners), as Scientific Organisers, warmly invite you to attend the 6th Annual Drug Discovery and Development Symposium (1-2 June 2019, Paris). This meeting is held annually each summer to bring leading scientists in the fields of pulmonary vascular disease, right heart failure, and clinical trial designs together with the pharmaceutical industry and regulatory authorities to help identify the most promising treatments for future development.

More information on: https://pvrinstitute.org/en/professionals/events/2019/7/1/6th-annual-drug-discovery-development-symposium-in-paris/

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March 25, 2019 3:06 AM
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Paris Region PhD² | Appel à candidatures pour le financement d'allocations doctorales

Appel à candidatures pour le financement d'allocations doctorales.

Objectifs de l'aide

Soutenir l’emploi scientifique de l’Ile-de-France et développer les compétences numériques des entreprises.

Public

Jeunes scientifiques réalisant leur doctorat partagé entre un établissement d’enseignement supérieur et de recherche et une structure du monde socio-économique établis en Île-de-France.

Éligibilité

  1.  Domaines et thématiques de recherche éligibles
    Les projets de recherche cibleront les enjeux du développement numérique des entreprises (IoT, intelligence artificielle, blockchain, big data, robotique…), quelle que soit sa discipline. Ils doivent porter sur des thématiques de recherche liées aux défis économiques et sociétaux de la Région et s’inscrivent dans les thématiques de recherche portées par les domaines d’intérêt majeur (DIM). Ils doivent impérativement être le fruit d’un partenariat entre un (ou plusieurs) laboratoire(s) de recherche académique et un (ou plusieurs) partenaire(s) socioéconomique, culturel, associatif…
  2.  Structures académiques éligibles
    Sont éligibles les établissements ou regroupements d’établissements d’enseignement supérieur ou de recherche franciliens, publics ou privés à but non lucratif. Le laboratoire d’accueil du doctorant et l’école doctorale de rattachement doivent être localisés en Ile-de-France.
  3. Partenaires socio-économiques éligibles
    Sont éligibles à cet appel à candidatures les partenaires suivants situés en Ile-de-France :
    - entreprise (hors cabinets de conseils),
    - collectivité territoriale ou son regroupement,
    - association loi 1901 ou assimilée.
  4. Candidats éligibles
    Aucun critère de nationalité ni d’âge des candidats n’est retenu, néanmoins, les candidats âgés de plus de 30 ans doivent être en mesure de justifier de leur parcours professionnel.
    Le candidat à cette allocation doctorale doit répondre aux critères suivants ;
    - Etre titulaire d’un master 2 ou équivalent, non titulaire d’un doctorat ;
    - S’inscrire dans une école doctorale francilienne, en 1ère année de doctorat à la rentrée universitaire 2019-2020 ;
    - S’engager à débuter sa recherche doctorale avant le 1er janvier 2020
    Le doctorant doit bénéficier :
    - D’un encadrement par un directeur de thèse de son laboratoire académique de rattachement (ou de co-directeurs si plusieurs laboratoires) ;
    - D’un « encadrement » par un référent chez le partenaire socio-économique ;
    - D’une période en laboratoire dont la durée doit-être identifiée en commun accord avec le partenaire socio-économique ;
    - D’une période chez le partenaire socio-économique dont la durée doit-être identifiée en commun accord avec le laboratoire d’accueil ;
    - D’une offre de formation tout au long de son contrat de recherche.

...

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March 31, 2019 5:00 PM
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Appels à projets - CCA Inserm-Bettencourt

Appels à projets - CCA Inserm-Bettencourt | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’Inserm en partenariat avec la Fondation Bettencourt Schueller poursuit sa politique de renforcement des liens entre la recherche fondamentale, la recherche clinique et la recherche en santé publique.

 

Objectifs :
Permettre à des jeunes médecins ou pharmaciens ou odontologistes, terminant l’internat et titulaires de doctorats en spécialité de santé et en sciences, de réaliser un projet de recherche dans le cadre de leur clinicat au sein d’une équipe de recherche labellisée par les grands organismes de recherche
nationaux en partenariat avec une équipe hospitalière. Acquérir l'expérience et l’autonomie nécessaires pour la pratique médicale de leur spécialité et pour conduire un projet et une équipe
scientifique sont les objectifs visés.


Les CCA à temps de recherche protégé disposeront de 50% de leur temps pour leur recherche et 50% pour leur activité hospitalière sur l’ensemble de la durée du contrat. La durée du contrat est de 2 ans renouvelables 2 fois un an.


Prérequis :
Les candidats doivent être titulaires d’un doctorat en médecine, pharmacie ou odontologie et d’un doctorat en sciences à leur prise de fonction. Les candidats doivent avoir un projet hospitalier et de recherche précis et construit, comprenant un engagement du chef de service et du doyen pour un poste de CCA ou d’AHU, un projet de recherche validé par le responsable du laboratoire, avec engagement de sa part d’encadrer et faciliter l’insertion du candidat dans son laboratoire. Un accord sur le projet de recherche entre le responsable du laboratoire et le chef de service (si différents) est nécessaire. Les candidats devront avoir fini leur internat depuis trois ans ou moins.

 

Moyens attribués :
Au total, 4 postes de CCA seront financés chaque année par la Fondation Bettencourt Schueller qui a établi pour cela une convention avec l’Inserm. La part « recherche » (50%) du salaire (coût chargé) du candidat sera versée à l’hôpital dont dépend
le candidat. Les 50% restant du salaire du CCA représentent la part universitaire de ce poste, est donc versée par l’Université dont dépend le centre hospitalier. La masse salariale ainsi dégagée doit
permettre de proposer au service clinique une solution pour obtenir, soit un demi-poste de praticien attaché, soit si possible un poste de CCA supplémentaire (décision du doyen), ou un poste
d’assistant hospitalier spécialiste selon les cas. La solution proposée par le chef de service et le doyen doit être clairement indiquée. De plus, une somme de 45k€ sera versée chaque année au laboratoire de recherche pour les dépenses liées au projet de recherche (consommables, missions etc…). Un ajustement de cette dotation pourra être fait lors des évaluations intermédiaires du projet (2 ans et 3 ans).

 

Dossier de candidature :
Le dossier de candidature est téléchargeable sur le site : https://eva3-accueil.inserm.fr

 

Date limite de dépôt des dossiers : 18 Avril 2019

 

Contact : cca-inserm-bettencourt@inserm.fr

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March 18, 2019 7:29 PM
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La réponse au stress, le comportement et le développement de la drosophile sont façonnés par des mutations induites par des éléments transposables

La réponse au stress, le comportement et le développement de la drosophile sont façonnés par des mutations induites par des éléments transposables | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Nos connaissances sur l’adaptation des espèces à leur environnement sont basées essentiellement sur l'analyse de polymorphismes mononucléotidiques (SNP). Cependant, la contribution des variantes structurelles reste largement inexplorée, et ce malgré des preuves nombreuses de leur rôle causal.

 

Hadi Quesneville (Unité de Recherches en Génomique-Info, UR INRA 1164, Centre de recherche de Versailles) et ses collaborateurs ont analysé les fréquences des polymorphismes d’insertion de 1615 éléments transposables (ET) annotées dans le génome de référence de Drosophila melanogaster, dans 91 échantillons provenant de 60 populations naturelles du monde. Dans leur étude parue dans PLoS Genetics, les chercheurs ont identifié un ensemble de 300 ET polymorphes présents à des fréquences élevées. L'âge et la longueur de ces 300 ET correspondent à des insertions relativement jeunes et longues atteignant des fréquences élevées en raison de l'action de la sélection positive. En outre, les chercheurs ont identifié un ensemble de 21 ET fixés susceptibles également d’être adaptatifs. Ils ont trouvé des preuves de sélection pour 84 insertions, dont l'analyse des gènes à proximité, a suggéré que la réponse fonctionnelle à la sélection est liée aux catégories de réponse GO stimulus, comportement et développement. Ils ont en outre montré qu'un sous-ensemble de ces ET affecte l'expression de gènes proches, et que 5 d'entre eux ont déjà été liés à un effet phénotypique pertinent sur le plan écologique.

 

Ces résultats fournissent une vue plus complète de la variation génétique de traits impliqués dans l’adaptation et l'évolution des espèces. Des études similaires devraient aider à découvrir l’importance des mutations adaptatives induites par le ET chez d’autres espèces.

 

Contact : hadi.quesneville@inra.fr

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March 18, 2019 7:15 PM
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Mise au point du premier système de transcription eucaryote artificiel : C3P3-G1

Mise au point du premier système de transcription eucaryote artificiel : C3P3-G1 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les systèmes d’expression eucaryotes classiques stables ou transitoires sont basés sur l’utilisation d’un transgène sous contrôle d’un promoteur nucléaire. La machinerie nucléaire de la cellule synthétise l’ARN puis en assure les différentes modifications transcriptionnelles indispensables à son activité biologique, telles que le capping à son extrémité 5’ ou la polyadénylation à son extrémité 3’. Ces systèmes d’expression existants sont donc « parasites » pour la cellule et ne permettent la production que de quantités modestes d’ARNm, ce qui explique leurs performances souvent décevantes.

 

Dans une publication parue dans Nucleic Acids Research, la société Eukarÿs de la Génopole d’Evry, en collaboration avec des laboratoires CNRS, INSERM et d’Edmonton, a mis au point le prototype du tout premier système de transcription artificiel dénommé C3P3-G1 (chimeric capping prone phage polymerase of first generation). Ce système, développé par des techniques de biologie de synthèse, repose sur l’utilisation de l’enzyme artificielle C3P3 qui assure dans le compartiment cytoplasmique de la cellule hôte, à la fois la synthèse de la chaine ARN, le capping à l’extrémité 5’ et une polyadénylation rudimentaire à l’extrémité 3’ de l’ARNm.

 

L’ARNm mature codant pour la protéine d’intérêt est synthétisé par C3P3 directement dans le compartiment cytoplasmique de la cellule hôte, à partir d’un ADN double-brin comportant sa séquence codante sous contrôle d’un promoteur spécifique de l’enzyme C3P3. Ce système permet la production de grande quantité d’ARNm et donc des protéines recombinantes correspondantes. C3P3-G1 constitue le prototype avancé d’un système en amélioration continuelle et actuellement dans sa 3e génération.

 

Les applications de ce système sont multiples car en théorie utilisable dans toutes les cellules ou organismes vivants du règne eucaryote. Dans sa version actuelle, optimisée pour une utilisation chez les mammifères, ce système est utilisé pour la production de protéines ou de virus recombinants avec des rendements accrus. Ce système est également utilisable pour une nouvelle approche thérapeutique dite de thérapie génique synthétique en cours d’évaluation chez l’animal.

 

Contact : eric.jacquet@cnrs.fr ou philippe.jais@eukarys.com

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March 18, 2019 6:48 PM
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Une analyse des souris déficientes en CD38 révèle des dysfonctionnements majeurs du cortex préfrontal et de nouvelles pistes pour étudier les troubles du spectre de l’autisme

Une analyse des souris déficientes en CD38 révèle des dysfonctionnements majeurs du cortex préfrontal et de nouvelles pistes pour étudier les troubles du spectre de l’autisme | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les troubles du spectre de l'autisme (TSA) se caractérisent par l'apparition précoce d'altérations sociales et cognitives. De faibles concentrations plasmatiques d'ocytocine ont également été observées chez les patients atteints de TSA. L’enzyme CD38 est importante dans la régulation de la sécrétion d'ocytocine et une mutation commune a été associée à une forme familiale d'autisme.  Cependant, on ne savait pas si un déficit d'expression de CD38 pouvait entraîner des modifications fonctionnelles du cortex préfrontal (CPF), une structure fortement impliquée dans le comportement social et les TSA.

 

Une collaboration entre plusieurs équipes de Neuro-PSI rapporte dans une étude publiée dans le FASEB Journal que le gène CD38 joue un rôle majeur dans le développement et la plasticité et du cortex préfrontal.

 

L’équipe a utilisé des souris ayant un gène CD38 dysfonctionnel. La suppression du gène a induit une croissance cérébrale excessive (Figure panel A) et des altérations du fonctionnent neuronal, telles que révélées par des expériences d'IRM, d’électrophysiologie et de biochimie. Des tests comportementaux ont révélé chez ces souris adultes mâles une forte agressivité, une altération des compétences sociales et de communication (Figure panel B*). L'absence de CD38 compromet également dans le CPF le niveau des neurotransmetteurs (monoamines, Figure panel C) impliqués dans le comportement social, l'empathie et le bien-être. Les résultats de cette étude suggèrent que des gènes spécifiques, des hormones et des neurotransmetteurs impliqués dans des maladies du développement cérébral pourraient être affectés de manière différente chez les hommes et chez les femmes, puisque cette étude montre que les souris femelles dépourvues du gène CD38 ont, contrairement aux mâles, un développement cérébral normal avec des altérations limitées des neurotransmetteurs.

 

L’étude dévoile des changements majeurs dans les mécanismes physiologiques du cortex préfrontal mettant en jeu le gène CD38 et montre que la souris CD38-/- est un modèle pertinent pour étudier les mécanismes physiopathologiques des troubles mentaux tels que les TSA.

 

Légende Figure B, ultrasonic vocalizations (USV).

 

Contact : jose-manuel.cancela@u-psud.fr

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March 18, 2019 5:41 PM
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RESTORE, Shifting from treating symptoms to curing diseases and making Europe the world leader in Advanced Therapies 

RESTORE, Shifting from treating symptoms to curing diseases and making Europe the world leader in Advanced Therapies  | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Shifting from treating symptoms to curing diseases and making Europe the world leader in Advanced Therapies is the aspiration of RESTORE-

 

This Large-Scale Research Initiative is led by Charité – Universitätsmedizin Berlin, in which Prof. Annelise Bennaceur Griscelli from UNIVERSITY PARIS SACLAY participates as a steering committee member and represents INSERM.

 

On February, the European Commission (EC) backed that vision and announced that RESTORE will receive initial funding and invited the consortium to fully develop their concept and to further expand the community that strives to propel Europe to the forefront in Advanced Therapies. As a successful Large-Scale-Research Initiative RESTORE will as part of the research framework program Horizon Europe, deliver a pipeline of transformative cures for the benefit of struggling patients. RESTORE will promote groundbreaking research, nurture innovative companies and engage the public; its concept is supported by a broad international and interdisciplinary community of stakeholders, who united behind the mission to make patient-centered value at high ethical and quality standards a reality.

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March 21, 2019 8:29 AM
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Summer School : From Gut to Brain. How our microbiome influences our emotions and behaviors

Summer School : From Gut to Brain. How our microbiome influences our emotions and behaviors | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it
Summer School : From Gut to Brain. How our microbiome influences our emotions and behaviors
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March 23, 2019 6:56 PM
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Colloque sur l'innovation bio-inspirée le 16 avril 2019 à EDF Lab Paris-Sacla

Colloque sur l'innovation bio-inspirée le 16 avril 2019 à EDF Lab Paris-Sacla | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Julie Grollier (UMR CNRS/Thalès), Ally Aukauloo (ICMMO CNRS/Upsud), Gaëlle Lehoucq (Thalès) et Emmanuel De Langre (LadHyX CNRS/Ecole Polytechnique) interviendront, le 16 avril prochain, au colloque "L'innovation bio-inspirée".

 

Ce colloque est organisé par Ile de Science Paris-Saclay et se tiendra à EDF Lab Paris-Saclay.


Lors de cette journée, une quinzaine de spécialistes viendront décliner le thème de l'innovation bio-inspirée selon des approches spécifiques : mécanique, mathématiques, physique, chimie, cosmétique, agriculture ou encore mobilité.

 

La date de clôture des inscriptions est fixée au 31 mars 2019.

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March 28, 2019 9:50 AM
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NeuroSpin combine IRM et Intelligence Artificielle pour développer un outil de biopsie virtuelle non invasif

NeuroSpin combine IRM et Intelligence Artificielle pour développer un outil de biopsie virtuelle non invasif | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’utilisation des très hauts champs magnétiques améliore sensiblement la résolution spatiale des données d’imagerie par résonance magnétique (IRM) sans toutefois permettre d’atteindre l’échelle microscopique qui permet de visualiser les cellules individuelles. Dans le cadre du flagship européen Human Brain Project, Cyril Poupon & Kévin Ginsburger de NeuroSpin (Institut des Sciences du Vivant Frédéric Joliot, CEA de Saclay) et leurs collaborateurs du Research Centre Juelich (Institute of Neuroscience and Medicine INM1, Juelich, Germany) développent une approche originale qui repose sur l’utilisation de simulations numériques à large échelle pour entraîner des algorithmes de machine learning afin de procéder au décodage in vivo de l’organisation cellulaire des tissus cérébraux de volontaires sains ou patients à partir de simples acquisitions d’IRM pondérées en diffusion, sensibles au mouvement microscopique de l’eau à l’intérieur des tissus.

 

L’outil de décodage repose sur plusieurs étapes de simulations nécessitant l’utilisation d’infrastructures de calcul à haute performance (HPC), parmi lesquelles une étape de simulation numérique d’une grande collection d’échantillons virtuels ultra-réalistes du tissu cérébral qui a nécessité le développement d’une nouvelle méthode que l’équipe de NeuroSpin vient de publier dans un article de la revue Neuroimage.

 

Dans cet article, l’équipe détaille le principe de ce nouvel algorithme appelé MEDUSA (pour Microstructure Environment Designer with Unified Sphere Atoms) et démontre qu’il permet de synthétiser la géométrie des membranes de populations de cellules correspondant à n’importe quelle région cérébrale. Reposant sur la prescription d’un jeu de quelques dizaines de paramètres, il permet de créer des échantillons virtuels de tissu avec un degré de réalisme encore jamais atteint in silico.

 

Ce nouvel outil permet désormais de simuler le signal IRM attendu pour toute configuration de populations de cellules à même de peupler le tissu cérébral, et donc d’apprendre la signature IRM propre à chacune de ces configurations en entraînant une méthode d’apprentissage machine. Une fois entraînée, la méthode peut alors être utilisée pour décoder l’organisation cellulaire à partir d’un jeu réduit de signaux IRM, constituant ainsi un véritable outil permettant de réaliser des biopsies virtuelles.

 

Cet outil, fondé sur l’utilisation conjointe de méthodes d’IRM et de méthodes d’intelligence artificielle (IA), vise non seulement à répondre au besoin de la recherche fondamentale sur le cerveau humain, en particulier du décodage in vivo de la cytoarchitecture du cortex cérébral, mais aussi au besoin de la recherche clinique afin de mettre à disposition des cliniciens un substitut à la biopsie qui reste un acte chirurgical très invasif.

 

L’outil développé fait d’ores-et-déjà l’objet de premières campagnes de simulation au sein du Très Grand Centre de Calcul du CEA (CCRT, Bruyères-le-Châtel), afin de démontrer qu’il était possible de quantifier précisément le gonflement des axones qui survient lors d’un accident vasculaire cérébral, et une campagne de plus grande ampleur pour simuler une dizaine de milliards d’échantillons virtuels fait actuellement l’objet d’une demande de ressources auprès du GENCI afin de permettre la cartographie in vivo de la microstructure de la substance blanche cérébrale.

 

Légende de la figure: synthèse d’un échantillon cubique de 100 micromètres de côté, représentatif de la substance blanche cérébrale, et généré à partir du simulateur MEDUSA, incluant près de 200 axones myélinisés, ainsi que de nombreux astrocytes et oligodendrocytes

 

Contact : cyril.poupon@gmail.com ou kginsburger@gmail.com

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March 25, 2019 6:44 PM
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Une réponse sensorielle imagée à l’échelle microscopique et mésoscopique

Une réponse sensorielle imagée à l’échelle microscopique et mésoscopique | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

​Des chercheurs de l'Inserm, en collaboration avec une équipe de NeuroSpin, ont mis au point une préparation permettant d'observer de manière séquentielle l'activité neuronale et les réponses vasculaires d'une même souris en microscopie bi-photonique, imagerie par ultrasons et imagerie IRMf de type BOLD, en réponse à un stimulus olfactif. Cette approche a permis de comparer quantitativement les réponses à des odeurs observées tant à l'échelle microscopique que mésoscopique. Les résultats, publiés dans Nature Communications, montrent que les trois techniques mesurent de manière semblable la concentration d'une odeur.

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March 25, 2019 6:53 PM
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Nouvel éclairage sur la régulation de la photosynthèse chez les « vieilles » cyanobactéries

Nouvel éclairage sur la régulation de la photosynthèse chez les « vieilles » cyanobactéries | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Plantes, algues, cyanobactéries régulent leur photosynthèse de manière à ce qu’elle soit la plus efficace possible et non délétère. Des travaux, dirigés par une équipe de l'I2BC (CEA/CNRS/UPSud, Gif-sur-Yvette) et publiés dans Plant Cell, lèvent le voile sur l’un des mécanismes de régulation chez les cyanobactéries et montrent qu’il est bien différent de celui équivalent chez les plantes et algues.

 

Contact : diana.kirilovsky@cea.fr

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March 25, 2019 9:06 AM
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6th Annual Drug Discovery & Development Symposium in Paris

6th Annual Drug Discovery & Development Symposium in Paris | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

On behalf of the PVRI, Gérald Simonneau & Marc Humbert (UMR-S 999, INSERM/UPSud/LabEx LERMI), as Scientific Organisers, warmly invite you to attend the 6th Annual Drug Discovery and Development Symposium (1-2 June 2019, Paris). This meeting is held annually each summer to bring leading scientists in the fields of pulmonary vascular disease, right heart failure, and clinical trial designs together with the pharmaceutical industry and regulatory authorities to help identify the most promising treatments for future development.

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March 25, 2019 3:10 AM
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Minicolloque : « MicroARN extracellulaires en santé humaine, animale et végétale », Jeudi 11 avril 2019 – 14h à 18h , Gustave Roussy – Villejuif Entrée gratuite

Minicolloque : « MicroARN extracellulaires en santé humaine, animale et végétale », Jeudi 11 avril 2019 – 14h à 18h , Gustave Roussy – Villejuif  Entrée gratuite | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Minicolloque : « MicroARN extracellulaires en santé humaine, animale et végétale »

 

Jeudi 11 avril 2019 – 14h à 18h

Salle Roger Monier – Pavillon de Recherche n°2

Gustave Roussy - 39 rue Camille Desmoulins – Villejuif

Entrée gratuite

 

Réunion organisée à  l’initiative du consortium PREDICT.

PREDICT rassemble des acteurs du département des Sciences de la Vie de Paris-Saclay intéressés par la biologie prédictive.

Présentation de différentes méthodes de détection des miRNAex, résultats des équipes, Table ronde

 

Contacts : Corinnne Cotinot (corinne.cotinot@inra.fr) - Pierre Busson (pierre.busson@gustaveroussy.fr)

 

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March 28, 2019 12:53 PM
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Programme de recherche conjoint CNRS – Inde

Programme de recherche conjoint CNRS – Inde | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le CNRS et l’Indian Institute for Science Education and Research de Pune lancent un appel conjoint pour développer les collaborations entre les deux institutions dans tous les domaines scientifiques. Les projets lauréats bénéficieront de deux bourses doctorales pour trois ans ainsi que de crédits pour financer les déplacements entre France et Inde.

 

Date limite de candidature : 15 avril 2019.

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March 31, 2019 1:10 PM
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Prix Galien : appel à candidatures

Prix Galien : appel à candidatures | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le prix Galien récompense des médicaments ou dispositifs médicaux.
Montant : jusqu'à 4 500 €

 

Date limite de candidature : 31 mai 2019

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March 18, 2019 7:20 PM
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L'exposition aux retardateurs de flamme bromés est associé à un risque accru de diabète de type 2 : résultats de l’étude de cohorte E3N

L'exposition aux retardateurs de flamme bromés est associé à un risque accru de diabète de type 2 : résultats de l’étude de cohorte E3N | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Au cours des dernières décennies, les cas de diabète de type 2 (DT2) ont progressivement augmenté dans le monde, et il a été suggéré que l'exposition aux contaminants environnementaux, comme les retardateurs de flamme bromés (RFB), pourraient contribuer à cette épidémie.

 

Les RFB sont des produits chimiques synthétiques, classés comme perturbateurs endocriniens, incorporés dans de nombreux produits d'usage courant, comme les matériels plastiques et électriques. Les RFB s'accumulent dans les aliments, de telle sorte que l’alimentation constitue généralement la principale source d'exposition de la population.

 

Etant donné le fardeau sociétal du DT2 et le manque de connaissances concernant la relation entre les RFB et le diabète de type 2, Francesca Romana Mancini et ses collègues de l’équipe Générations et Santé du Centre de recherche en Epidémiologie et Santé des Populations (CESP, UMR-S 1018 INSERM/UPSaclay/Gustave Roussy) à Villejuif, ont étudié le lien entre l’exposition alimentaire aux RFB, en particulier les HBCD et PBDE, et le risque de DT2 dans la grande cohorte E3N, incluant 71415 femmes suivies pendant 19 ans.

 

Cette étude, publiée dans Environment International, a montré qu’il existait une association linéaire positive entre l’exposition alimentaire aux HBCD et le risque de DT2 et que les femmes qui ont une exposition la plus élevée ont une probabilité jusqu’à 49% plus élevée de développer un DT2, par rapport aux femmes qui ont une exposition faible. En parallèle, les chercheurs ont trouvé une association non linéaire entre l’exposition alimentaire aux PBDE et le risque de développer un DT2.

 

Ces résultats soulignent l'importance de poursuivre les recherches sur l’association entre les RFB, et plus largement sur les perturbateurs endocriniens, et le risque de DT2.

 

Contact : francesca.mancini@gustaveroussy.fr

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March 18, 2019 7:05 PM
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Les plaquettes issues de sujets atteints d’obésité présentent une hyporéactivité réversible après amaigrissement

Les plaquettes issues de sujets atteints d’obésité présentent une hyporéactivité réversible après amaigrissement | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Il existe très peu de données sur les fonctions plaquettaires chez les sujets obèses : elles font état d’une hyperactivation de l’hémostase et d’une sensibilité réduite aux médicaments antiplaquettaires.

 

Dans une étude qui vient de paraitre dans Thrombosis and Haemostasis, les chercheurs de l’UMR-S 1176 (INSERM/UPSud, Le Kremlin-Bicêtre) et leurs collaborateurs de plusieurs hôpitaux de l’AP-HP ont comparé spécifiquement les fonctions plaquettaires de sujets atteints d’obésité à celles de sujets non obèses, en présence de thrombine : agrégation plaquettaire (concentrations croissantes), activation plaquettaire (expression de aIIbb3 activée), signal calcique intraplaquettaire, expression de SERCA3 et sécrétion d’ADP.

 

Les chercheurs montrent que les plaquettes des sujets obèses sont hyporéactives par rapport aux sujets non obèses : l’agrégation et l’activation plaquettaires en présence de thrombine sont diminuées, ainsi que le signal calcique, qui est indispensable pour activer les plaquettes. Les plaquettes des sujets obèses présentent également une expression diminuée de SERCA3 (protéine qui régule les stocks calciques intracellulaires), ainsi qu’une sécrétion d’ADP réduite. Ces anomalies sont réversibles ; toutes ces fonctions plaquettaires et l’expression de SERCA3 sont normalisées après amaigrissement. Par ailleurs, les chercheurs montrent que : i) l’inhibition pharmacologique de SERCA3 dans les plaquettes témoins reproduit le même phénotype que les plaquettes issues de sujets obèses ; ii) l’addition d’ADP sur les plaquettes des sujets obèses au moment de la stimulation permet de restaurer l’agrégation plaquettaire, ainsi que le signal calcique intracellulaire.

 

Ce travail démontre ainsi que chez les sujets obèses, l’expression diminuée de SERCA3 perturbe le signal calcique intracellulaire et la sécrétion d’ADP, et se traduit par une hyporéactivité des plaquettes. Ces anomalies sont réversibles après amaigrissement. La signification physiologique de ces données n’est pas connue. Une hypothèse serait une adaptation des fonctions plaquettaires à un environnement plasmatique procoagulant chez les sujets atteints d’obésité.

 

Contact : alain.stepanian@aphp.fr ou regis.bobe@inserm.fr

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March 18, 2019 6:39 PM
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Interaction non-conventionnelle entre le colza et le champignon Leptosphaeria maculans

Interaction non-conventionnelle entre le colza et le champignon Leptosphaeria maculans | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La reconnaissance spécifique d’un agent phytopathogène par sa plante-hôte dépend classiquement d’une relation gène-pour-gène entre un gène d’avirulence de l’agent pathogène et un gène de résistance de la plante-hôte. Cependant, les interactions entre gènes d’avirulence et gènes de résistance se révèlent parfois plus complexes, notamment chez Leptosphaeria maculans, champignon responsable de la nécrose du collet du colza (Brassica napus). L. maculans représente un modèle de choix pour explorer la multiplicité de ces interactions et leur diversification au cours de la co-évolution avec sa plante-hôte. Le locus d’avirulence AvrLm10, reconnu par le gène de résistance Rlm10, en est un nouvel exemple.

 

En combinant clonage positionnel et données génomiques, Marie-Hélène Balesdent, Isabelle Fudal et leurs collègues (UMR BIOGER, INRA, AgroParisTech, Université Paris‐Saclay, Thiverval‐Grignon) ont identifié deux candidats pour AvrLm10. Ces deux gènes voisins et en orientation inverse codent deux petites protéines sécrétées, sont localisés dans une région génomique riche en répétitions sub-télomériques, et sont surexprimés en phase précoce d’infection.

 

Dans un article paru dans New Phytologist, les chercheurs ont démontré, par complémentation fonctionnelle et silencing, que la reconnaissance par Rlm10 nécessite la présence simultanée de ces deux gènes (AvrLm10A et AvrLm10B). Ils ont également montré qu’AvrLm10A et AvrLm10B interagissent physiquement in vitro et in planta. Enfin, ils ont identifié des homologues de ces gènes, avec une conservation de leur organisation génomique, chez d'autres champignons phytopathogènes, suggérant une fonction effectrice conservée nécessitant l'hétérodimérisation d’AvrLm10A et AvrLm10B.

 

Après la découverte chez L. maculans de plusieurs cas d’interactions non-conventionnelles (gènes d'avirulence reconnus par deux gènes de résistance, protéine d'avirulence masquant d’autres interactions), ce travail illustre un cas de figure original où deux gènes d’avirulence sont nécessaires pour induire la résistance.

 

Contact : isabelle.fudal@inra.fr ou marie-helene.balesdent@inra.fr

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March 20, 2019 7:10 PM
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Irradiation stéréotaxique pulmonaire : une technique de pointe aujourd’hui modélisable chez la souris

Irradiation stéréotaxique pulmonaire : une technique de pointe aujourd’hui modélisable chez la souris | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La radiothérapie en conditions stéréotaxiques (RTS) est une alternative à la chirurgie dans le traitement des tumeurs broncho-pulmonaires non à petites cellules de stade précoce. Elle se caractérise par une précision balistique puissante permettant d’irradier de tout petits volumes en utilisant de très fortes doses par fraction. La qualité du contrôle tumoral est excellente et les indications thérapeutiques s’élargissent rapidement sans que l’on ait de notion précise des effets radiobiologiques et des risques potentiels associés. Ce manque de connaissances radiobiologiques était lié jusqu’à récemment à un verrou technologique. Comment modéliser l’irradiation stéréotaxique chez le petit animal ? Comment n’irradier qu’une petite portion de poumon chez la souris ?

 

Depuis 4 ans, l’Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN, Fontenay-aux-Roses) dispose d’un SARRP (Small Animal Radiation Research Platform) qui a permis à Agnès François et ses collaborateurs de mettre en place un modèle d’irradiation stéréotaxique pulmonaire chez la souris. Ce modèle, décrit dans une récente publication dans Radiation Oncology, permet d’irradier comme chez l’homme environ 4% du volume pulmonaire total et d’étudier les conséquences de l’irradiation sur le tissu pulmonaire.

 

L’irradiation focale entraine des modifications anatomopathologiques au niveau du volume cible mais également en dehors du champ, avec des conséquences sur les capacités physiques des animaux. Tout comme chez l’homme, une dose non négligeable est déposée en dehors du volume cible et peut contribuer au développement de réactions tissulaires qu’il est nécessaire de comprendre pour essayer de mieux gérer les séquelles de ces traitements. La modélisation de la RTS est maintenant possible et ouvre de nombreuses perspectives dans l’acquisition de connaissances sur les risques associés aux nouveaux protocoles de radiothérapie.

 

Légende de la figure : Irradiation stéréotaxique du poumon droit chez la souris. A: scanner thoracique, positionnement de l’isocentre (au centre du cercle rouge), définition des angles d’arc-thérapie de -80 à +160° afin d’épargner le cœur, et tracé des isodoses par le logiciel de plan de traitement. B: contourage des organes, nécessaire pour le calcul de la dose distribuée dans chaque volume d’intérêt, représentée graphiquement en C par les histogrammes dose/volume. D: graphique représentant la dose moyenne pour chaque organe contouré et pour chaque souris (n=6).

 

Contact : agnes.francois@irsn.fr

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March 21, 2019 11:29 AM
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Workshop "Nanos pour le vivant" - 18 avril 2019 - LPS

Workshop "Nanos pour le vivant" - 18 avril 2019 - LPS | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Un workshop interdisciplinaire "Les Nanos pour le Vivant" est organisé dans le cadre du LabEx NanoSaclay, en forte interaction avec les LabEx Charmmmat, Lermit et Palm, ainsi qu’avec les départements de l’Université Paris-Saclay de Chimie, Sciences de la Vie et Phom.

 

Cet évènement aura lieu le 18 avril à partir de 14h au LPS. Il vise à créer de nouvelles synergies au sein d’une large communauté travaillant à l’interface chimie-physique-biologie.

 

Des conférences invitées seront données par des industriels qui laisseront ensuite la place à des présentations flash de chercheurs et d’industriels. Une place importante sera laissée aux discussions conviviales autour des posters et lors du cocktail qui clôturera la journée.

 

L’appel à communication est ouvert. Les résumés des présentations sont à faire parvenir à H. Remita et R. Gref (hynd.remita@u-psud.fr; ruxandra.gref@u-psud.fr) avant le 23 mars.

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