Life Sciences Université Paris-Saclay

La campagne de candidature aux contrats doctoraux "Handicap" est ouverte. Ce programme est destiné à des étudiantes ou étudiants en situation de handicap et qui souhaitent préparer un doctorat. C'est un cofinancement par le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche et l'IDEX Paris-Saclay.

Toutes les informations sont ici (en français seulement).

L'absence de la sous-unité GluN2B du récepteur NMDA dans les artères pulmonaires des patients atteints d'Hypertension Artérielle Pulmonaire augmente la prolifération et la migration des cellules musculaires lisses vasculaires pulmonaires dépendante du PDGF, suggérant un rôle des NMDAR composés de GluN2B comme frein au remodelage vasculaire pulmonaire. Ainsi l’atténuation de ce frein observée chez les patients pourrait contribuer au développement de la pathologie vasculaire pulmonaire.

Sylvia Cohen-Kaminsky, au sein de l’UMR-S 999 Inserm/UPSud et ses collaborateurs ont récemment montré l’importance du récepteur NMDA (NMDAR) dans le remodelage vasculaire conduisant à l’Hypertension Artérielle Pulmonaire (HTAP) (Dumas et al, Circulation 2018) (Scoop.it SDV Paris Saclay http://sco.lt/6onKcL), et comme cible thérapeutique potentielle dans le traitement de l’HTAP. Compte tenu du potentiel de cette nouvelle cible thérapeutique, le développement de nouveaux antagonistes des NMDAR ne passant pas la barrière hémato-encéphalique, et ciblant ainsi les NMDAR périphériques, a été entrepris avec le soutien du LabEx LERMIT (projet T1.2) de l’ANR NUTS, et du programme de maturation technologique de la SATT Paris-Saclay, menant au dépôt de 3 brevets (WO/2017/216159, WO/2017/017116, WO/2017/093354), à un candidat médicament dé-risqué en pré-toxicité règlementaire (Collaboration avec Mouad Alami, BioCIS, UMR CNRS 8076 et Alain Pruvost, LEMM, CEA), et à un modèle moléculaire dynamique du NMDAR pour le criblage de molécules (Collaboration Luba Tchertanov, CMLA, ENS Paris Saclay) (Scoop.it SDV Paris Saclay http://sco.lt/8ENoxd).

Dans ce travail, les chercheurs ont étudié la composition du complexe protéique NMDAR vasculaire pulmonaire dans le contexte de l’HTAP, puis ont exploré les effets fonctionnels de l’interaction entre le NMDAR et le récepteur au PDGF dans les cellules musculaires lisses artérielles pulmonaires (PASMC). GluN2B, une sous-unité composant les NMDAR susceptible d'affecter la survie/prolifération PASMC, est diminuée dans les poumons des patients atteints d'HTAP. L'exposition des PASMC au PDGF-BB stimule l'activation immédiate des kinases de la famille des Src (SFKs) via leur phosphorylation ainsi que l'augmentation de GluN2B phosphorylée (sa forme active) et sa relocalisation à la surface des cellules, suggérant un dialogue croisé entre les SFKs recrutées par le PDGFR et le NMDAR. L'inhibition sélective du PDGFR-β ou des SFKs, pharmacologique ou avec des siARN spécifiques, empêche la phosphorylation de GluN2B induite par le PDGF, validant ainsi la voie. L'inhibition pharmacologique sélective de GluN2B ainsi que sa neutralisation avec un siARN spécifique, en présence de PDGF-BB, augmentent considérablement la migration et la prolifération des PASMC, renforçant ainsi l'importance fonctionnelle de la voie.

L’ensemble de ces résultats indique que l'activation des NMDAR de type GluN2B confère aux cellules musculaire lisses pulmonaires des propriétés anti-prolifératives et anti-migratoires. La diminution des niveaux de GluN2B observée dans les artères pulmonaires des patients HTAP pourrait expliquer la prolifération excessive des PASMC dans la maladie, contribuant ainsi à l'hyperplasie médiale et au développement de l’HTAP.

Contact : sylvia.cohen-kaminsky@u-psud.fr

Les levures du sous-phylum Saccharomycotina, les « budding yeasts », font l’objet d’une évolution régressive de leur métabolisme des ARNm : perte dramatique d’introns, disparition partielle de l’ARN interférence, suppression ou simplification de mécanismes de contrôle qualité tels que « l’exon-junction complex » (EJC). Chez de nombreuses espèces eucaryotes, ce complexe multi-protéique est déposé quelques 20-24 pb en amont de la jonction exon-exon lors de l’épissage des introns. L’EJC joue un rôle de plateforme pour le recrutement de facteurs prépondérants pour les étapes d’export, de traduction et de dégradation impliquant le « non-sense mediated mRNA decay », un autre mécanisme de contrôle qualité.

Le travail récemment publié dans Scientific Reports par une équipe de l’INRA Micalis rapporte l’identification des protéines composant l'EJC, à savoir Mago, Y14 et eIF4A3, dans au moins sept espèces de levures, y compris Yarrowia lipolytica, autrement connue pour ses intérêts biotechnologiques. Des facteurs périphériques liés à l’EJC, qui permettent son assemblage (Ibp160 ou Cwc22) ou qui interviennent dans des processus en aval, sont également présents dans les même espèces, formant ainsi un package évolutif. Des études de co-immunoprécipitation chez Y. lipolytica ont montré que Mago et Y14 ont conservé la capacité de former des hétérodimères, qui se lient aux facteurs périphériques Upf3, Aly/REF et Pym. L'analyse des phénotypes et du transcriptome des mutants de l'EJC a mis en évidence l’implication de Y14 et Mago dans le métabolisme des ARNm et notamment que Y14 pourrait interférer avec l'épissage des pré-ARNm ou séquestrer l'ARNm dans le noyau avant son export. Ces résultats indiquent que la levure est un modèle pertinent pour comprendre les fonctions de l’EJC.

Contact : anita.baudevin@inra.fr & cecile.neuveglise@inra.fr

Artificial proteins binding any predefined “target” protein can now be efficiently generated using combinatorial libraries based on robust protein scaffolds. αRep is such a family of artificial proteins, based on an α-solenoid protein repeat scaffold. The low aggregation propensity of the specific “binders” generated from this library opens new protein engineering opportunities such as the creation of biosensors within multidomain constructions. Here, we have explored the properties of two new types of artificial bidomain proteins based on αRep structures. Their structural and functional properties are characterized in detail using biophysical methods. The results clearly show that both bidomain proteins adopt a closed bivalve shell-like conformation, in the ligand free form. However, the presence of ligands induces a conformational transition, and the proteins adopt an open form in which each domain can bind its cognate protein partner. The open/closed equilibria alter the affinities of each domain and induce new cooperative effects. The binding-induced relative domain motion was monitored by FRET. Crystal structures of the chimeric proteins indicate that the conformation of each constituting domain is conserved but that their mutual interactions explain the emergent properties of these artificial bidomain proteins. The ligand-induced structural transition observed in these bidomain proteins should be transferable to other αRep proteins with different specificity and could provide the basis of a new generic biosensor design.

Bien que les principaux réseaux cérébraux soient déjà en place à la naissance, d’intenses changements microstructurels se produisent dans le cortex du nourrisson avec le développement des connexions intra-corticales, la synaptogenèse, la myélinisation, etc. Alors que ces processus sont concomitants avec les développements sensorimoteurs et cognitifs de l’enfant, leur déroulement n’a été que peu étudié in vivo au cours de la première année postnatale. Dans une récente étude publiée dans NeuroImage, des chercheurs de NeuroSpin (Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot, CEA de Saclay) ont considéré différentes approches pour cartographier la maturation corticale en imagerie par résonance magnétique (IRM) chez des nourrissons sains âgés de 1 à 5 mois. Ils se sont focalisés sur des paramètres quantitatifs qui varient avec la microstructure : les temps de relaxation longitudinale et transversale, la diffusivité parallèle issue du tenseur de diffusion. Les cartes correspondantes ont tout d’abord été analysées de façon indépendante, révélant que chaque paramètre a sa propre temporalité de maturation entre régions cérébrales et au cours du développement. Pour pallier aux limites d’interprétation de ces analyses, les chercheurs ont considéré dans un second temps une approche multiparamétrique basée sur un algorithme de clustering, leur permettant d’analyser les paramètres conjointement et de tirer profit de leur complémentarité. Cela leur a permis de mettre en évidence des différences de maturation, spatiales et temporelles, à l’échelle de chaque nourrisson et du groupe. En bon accord avec les références post mortem sur le sujet, cette étude propose des marqueurs in vivo de la maturation corticale, qui pourront être corrélés à l’avenir avec les acquisitions fonctionnelles du bébé.

Contact : jessica.lebenberg@gmail.com et jessica.dubois@cea.fr

Le 16 Avril 2019 à EDF Lab Paris-Saclay

aura lieu

le 15e Colloque d'ILE DE SCIENCE PARIS-SACLAY

L'INNOVATION BIO-INSPIREE

L’événement Meet My Platform, consacré pour sa première édition aux Sciences de la Vie, a rassemblé plus de 300 participants, jeudi 31 janvier sur le campus de CentraleSupélec. Un vrai succès qui traduit bien l’attente en matière de rapprochement plateformes technologiques/entreprises et besoin de se connaitre/faire connaitre pour les plateformes elles-mêmes.

A l’initiative du département Sciences de la Vie (SDV) de l’Université Paris-Saclay et de Genopole, et avec le soutien de la SATT Paris-Saclay et du pôle de compétitivité MEDICEN Paris-Région, cette journée, qui s’est tenue à CentraleSupélec, avait pour but de faire découvrir aux unités de recherches et aux entreprises du domaine, le potentiel des plateformes technologiques de l’Université Paris-Saclay (UPSaclay). Cette journée a été introduite par Rodolphe Fischmeister, responsable du département SDV de l’Université Paris-Saclay, et Emmanuel Dequier, directeur de Genopole Recherche et Plateformes, et ceci dans un amphithéâtre archi-comble.

Animée par la journaliste Nathalie Tourret, le premier point fort de cette journée a été une table ronde organisée sur le thème des partenariats académiques/industriels. Elle a réuni trois intervenants issues de trois entreprises d’intérêt pour les thématiques scientifique soutenues par le département SDV : deux déjà présentes sur son territoire, Danone avec Artem Khlebnikov, directeur des partenariats stratégiques à Danone Research, et Enterome avec Laurent Chêne, chef du département « Drug discovery », mais aussi Servier, dont l’implantation est programmée à l’horizon 2021, avec Georges Da Violante, chef du département pharmacocinétique et métabolisme, en charge des partenariats académiques et industriels.

Dans un deuxième temps, l’ensemble que constitue les 200 plateformes affiliées au département SDV, ses mots-clefs associés, les typologies dominantes qui le caractérisent et les réseaux de plateformes déjà créés et/ou en construction ont été introduits (Frédéric Dollé), permettant ainsi une transition toute en douceur vers quatre présentations plénières : Génomique/post-génomique (Claudine Deloménie), Biologie structurale/biophysique (Jean-Baptiste Charbonnier), Imagerie cellulaire (Larbi Amazit) et pour finir, Imagerie in vivo (Cyril Poupon). L’interface de mise en visibilité de ses plateformes a aussi été mis en valeur : PlugInLabs Université Paris-Saclay.

Dans l’après-midi, cela a été au tour des plateformes de se mettre en avant … 84 d’entre elles étaient présentes avec un stand monté d’un Kakémono institutionnel, pour un total de près de 80 rendez-vous « BtoB » sollicités. L’écosystème industriel, avec plus de 40 entreprises (GG, ETI, PME mais aussi Start-Up), étaient aussi au RV. En parallèle, se sont également tenus 6 ateliers, visant à consolider ou discuter l’opportunité de créer un réseau dédié de plateformes sur Paris-Saclay, par typologie, thématique, ou tout simplement métier.

Frédéric Dollé (frederic.dolle@cea.fr), pour le comité d’organisation*

*Frédéric Dollé, CEA / JOLIOT et animateur du chantier transverse « Infrastructures-plateformes » du département SDV /UPSay et Julien Picot (responsable des plateformes Genopole) ; Jessica Pericaud (chargée de mission Relations Entreprises et Prospective, UPSaclay) sans oublier Virginie Paris et Marion Le Devenec (chargées de communication événementielle, direction de la communication, UPSaclay), mais aussi Sébastien Magnaval (Responsable Pôle Relation Entreprise/Laboratoire, SATT Paris-Saclay), et Alexandre Da Costa/Aurélien Seve (respectivement VP Grands comptes & Investisseurs et responsable Offre PME, MEDICEN Paris-Région.

 Campagne de recrutement de chercheurs INRA : deux postes ouverts au concours dans l’Unité Micalis (Microbiologie de l'Alimentation au service de la Santé, INRA et AgroParisTech, https://www.micalis.fr/)
-        CRCN-2019-11-MICA-2 : Impact à long-terme des bactéries sur la santé humaine et animale
-        CRCN-2019-2-ALIMH-2 : Alimentation saine, microbiotes et santé respiratoire
Pour consulter les profils et s’informer sur les modalités de candidature : http://jobs.inra.fr/A-la-une/Actualites/L-Inra-recrute-e-37chercheur-e-s-en-2019
Date limite de dépôt des dossiers : 4 mars !

Les dates à retenir

CANDIDATURES Jusqu’au 22/02

SÉLECTION 19 et 20/03

DÉMARRAGE à partir du 04/04

LANCEZ-VOUS !

La Fondation pour la recherche médicale et la Fondation Alzheimer lancent un appel "Approches interdisciplinaires pour comprendre les mécanismes fondamentaux de la maladie d’Alzheimer".
Date limite de candidature : 20 mars 2019

La connaissance de la physiopathologie de l’hypertension artérielle pulmonaire (HTAP) a considérablement évolué depuis l’identification de mutations du gène BMPR2 (récepteur II de la protéine morphogénique osseuse/bone morphogenetic protein type II receptor) dans les années 2000. Cependant, les voies moléculaires et cellulaires sous la dépendance de ce récepteur BMPR-II, contribuant à cette prédisposition à l’HTAP, sont encore totalement méconnues.

En 2007, le BMP9 et le BMP10 ont été identifiés comme étant les deux ligands spécifiques de haute affinité pour le récepteur de type 1 ALK1 en association avec BMPR-II, ActR2A ou ActR2B. Le récepteur ALK1 est spécifiquement exprimé à la surface des cellules endothéliales (CE), alors que le récepteur BMPR-II est présent dans un plus grand nombre de cellules, même s’il est connu lui aussi pour être majoritairement exprimé dans les CE. La liaison de BMP9 (ou de BMP10) au complexe ALK1/BMPR-II entraîne la phosphorylation du récepteur ALK1 par le domaine sérine/thréonine kinase du BMPR-II, ce qui va entraîner une cascade de signalisation intracellulaire pour aboutir à l’activation des facteurs de transcription Smad1/5/8 qui correspondent à la voie canonique des BMP (Figure). Cependant, la fixation de BMP9 (ou de BMP10) à ces 2 récepteurs va également enclencher des voies non dépendantes des protéines Smad1/5/8 (Figure). De manière très intéressante, des mutations du gène GDF2, qui code pour le BMP9, et du gène BMP10 ont récemment été identifiées chez certains patients HTAP.

Dans l’objectif de mieux appréhender le rôle du BMPR-II et de sa signalisation induite par le BMP9 dans cette pathologie, le Dr Christophe Guignabert et son groupe de recherche (INSERM UMR_S 999, Le Plessis-Robinson) ont étudié les effets de la déficience ou de la perte de BMP9 dans les modèles précliniques d’hypertension pulmonaire (HTP). C’est ainsi qu’au travers de 3 approches différentes de suppression de l’action de BMP9 chez les rongeurs, ils ont pu démontrer que la perte ou l’inhibition sélective de BMP9 ne prédispose pas, mais empêche ou protège partiellement contre l’HTP expérimentale. En effet, les souris déficientes en BMP9 (Bmp9 -/-) sont moins susceptibles au développement de l’HTP induite par l’hypoxie chronique ou la monocrotaline pyrrole. De même, la perte de BMP9 chez la souris à l’aide d’anticorps neutralisants dirigés contre la protéine BMP9 (anti-BMP9) ou chez le rat à l’aide de récepteurs solubles d'ALK1 (ALK1ECD) a un effet protecteur respectivement, contre le développement et la progression de l’HTP induite par l’hypoxie chronique ou la monocrotaline. En utilisant des données de transcriptomiques différentielles issues de cultures primaires de cellules endothéliales pulmonaires exposées ou non à du BMP9 recombinant, ils ont identifié que le BMP9 peut moduler la synthèse et la libération de divers facteurs vasoréactifs dont l’endothéline-1, l'apéline et l'adrénomédulline, des données in silico qui ont été validées par un ensemble d’évidences obtenues à partir d’études in vitro et in vivo.

Cette étude offre donc un nouvel éclairage sur la complexité de la signalisation du BMP9, puisqu’il s’agit d’un facteur essentiel à la quiescence endothéliale, mais dont l’absence pourrait ralentir le remodelage structurel et fonctionnel du lit vasculaire pulmonaire dans l’HTAP. Cette étude, coordonnée par le Dr Christophe Guignabert (INSERM UMR_S 999, Le Plessis-Robinson), menée en collaboration étroite avec l’équipe du Dr Sabine Bailly (Université Grenoble Alpes, Inserm, CEA, DRF/BIG/Biologie du Cancer et de l’Infection), vient de paraître dans Circulation Research.

Contact : guignabert@gmail.com

Les bovins représentent des modèles biologiques particulièrement intéressants pour caractériser les bases génétiques de l’adaptation récente aux conditions climatiques. Située à la croisée de plusieurs routes de migration, la Méditerranée représente une zone centrale pour l’échange des populations bovines européennes et africaines. Elle figure de plus parmi les zones qui seront les plus affectées par le réchauffement climatique.

Dans une étude récente parue dans Molecular Ecology, des chercheurs des unités GABI (Génétique Animale et Biologie Intégrative, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Jouy-en-Josas), SELMET (Systèmes d’Elevage Méditerranéens et Tropicaux, INRA, CIRAD, Montpellier Supagro, Univ. Montpellier, Montpellier) et CBGP (Centre de Biologie et de Gestion des Populations, INRA, CIRAD, IRD, Montpellier Supagro, Univ. Montpellier, Montferrier-sur-Lez) et du consortium GALIMED (regroupant des partenaires algériens, chypriotes, égyptiens, espagnols, français, grecs, italiens et marocains) ont cherché à mieux comprendre l’histoire démographique et adaptative des races bovines locales du pourtour méditerranéen.

Après une analyse de la structuration de la diversité génétique de 21 races en utilisant des données de génotypage denses pangénomiques, plusieurs variants ont été trouvés associés avec des covariables climatiques représentatives des différents sous-types de climat méditerranéen. Les gènes situés à proximité de ces variants sont principalement impliqués dans la thermotolérance, la protection vis à vis des UV, la résistance à certains agents pathogènes et le métabolisme. Plusieurs gènes candidats sérieux ont pu être proposés (p.e. NDUFB3, FBN1, METTL3, LEF1, ANTXR2 et TCF7).

Ces résultats suggèrent que les principales pressions de sélection affectant les bovins en Méditerranée seraient liées aux variations de l'exposition à la chaleur et aux UV, à la disponibilité des ressources alimentaires et à l'exposition à certains agents pathogènes, dont notamment l’agent du charbon bactéridien. De plus, cette étude indique que l'adaptation aux conditions climatiques locales proviendrait de variations génomiques existantes d’origine taurine ou de l'introgression adaptative d'origine indicine, selon l’origine des différentes races étudiées. Pris dans leur ensemble, nos résultats attestent du caractère unique des races bovines méditerranéennes autochtones et plaident pour leur conservation, notamment dans le contexte du changement climatique.

Le Projet GALIMED a été financé par le Métaprogramme ACCAF, INRA.

Contact : laurence.flori@inra.fr ou katayoun.goudarzi@inra.fr

La radiomique désigne le domaine de recherche consistant à extraire un grand nombre de caractéristiques à partir d’images médicales et à concevoir des modèles, statistiques ou par apprentissage, combinant ces caractéristiques pour expliquer des mécanismes physiopathologiques ou prédire, par exemple, la réponse à un traitement. Les modèles radiomiques se heurtent cependant à la grande variabilité des paramètres d'acquisition des images et des équipements, qui induit des variations très significatives des caractéristiques radiomiques. Ainsi, un modèle prédictif établi à partir des données d’un centre d’imagerie s’avère généralement peu performant quand il est appliqué à des données émanant d’un autre centre. Le laboratoire d’ Imagerie Moléculaire In Vivo (IMIV, UMR 1023, Service Hospitalier Frédéric Joliot, CEA, Orsay) a proposé de corriger cet effet « centre » au moyen d’une approche initialement décrite pour traiter de la variabilité entre expériences impliquant des puces à ADN. D’abord étudiée avec succès pour l’imagerie de tomographie d’émission de positons (Orlhac et al. 2018), cette approche vient d’être validée pour la tomodensitométrie dans un article paru dans Radiology. Un atout de la méthode réside dans sa facilité de mise en œuvre a posteriori, sans avoir à ré-analyser les images ni à caractériser finement la réponse des imageurs. Comme souligné par l’éditorial qui accompagne la publication, ce travail ouvre la voie à la réalisation d’études radiomiques multicentriques de grande envergure.

Légende de la figure : Effet de l’harmonisation de caractéristiques radiomiques pour compenser les variations liées à l’usage de différentes épaisseurs de coupe en tomodensitométrie. Avant harmonisation, le paramètre « homogénéité » prend des valeurs qui dépendent de l’épaisseur de coupe, tandis qu’après harmonisation, toutes les valeurs deviennent comparables.

Contact : Irene.buvat@u-psud.fr

En plein cœur de la chimie marine, la famille des alcaloïdes guanidiniques cycliques complexes fascinent les chimistes depuis longtemps. Dans un travail collaboratif publié récemment dans Angewandte Chemie, et impliquant des chercheurs du laboratoire BioCIS (UMR 8076 Cnrs/UPSud, LabEx LERMIT) à la Faculté de Pharmacie de Châtenay-Malabry, une nouvelle hypothèse de biosynthèse a été formulée pour ces structures naturelles en particulier les crambescines. Le projet a permis non seulement de valider les hypothèses par marquage isotopique sur une éponge marine modèle mais aussi de vérifier la faisabilité chimique par une synthèse bio-inspirée efficace. Un retour d’expérience des études de chimie a même permis d’affiner l’hypothèse de biosynthèse. Un schéma cohérent expliquant la formation des squelettes et les niveaux de diversité des crambescines, crambescidines et batzelladines est aujourd’hui proposé.

Contact : erwan.poupon@u-psud.fr ou laurent.evanno@u-psud.fr

Des chercheurs de l’université Paris Sud, du CNRS, de l’INSERM et de l’APHP ont collaboré avec trois équipes de chercheurs portugais et italiens dans le cadre du projet ANR international Cardio-BDP. Ils ont élaboré un régime alimentaire supplémenté en 5 baies, caractérisé leur contenu en polyphénols et étudié leur métabolisation chez le rat au niveau de différents organes et fluides (foie, rein, cerveau, plasma, urine et cœur) indiquant ainsi la possibilité d’effets systémiques.

Une étude de la fonction cardiaque menée au sein de l’UMR-S 1180 INSERM/UPSud/LabEx LERMIT a montré qu’après 9 semaines de ce régime alimentaire enrichi en baies, des rats Dahl hypertendus ne développaient pas insuffisance cardiaque ou étaient moins atteints. Grâce à une collaboration avec la plateforme de protéomique de l’Institut Cochin, une analyse du protéome global du ventricule gauche a révélé une surexpression de certaines protéines contrôlant la cytoarchitecture du cardiomyocyte dont la protéine CSRP3. Les chercheurs ont ensuite pu démontrer in vitro sur des cardiomyocytes néonataux de rats que cette protéine contrôlait l’hypertrophie cellulaire et qu’elle était régulée par des polyphénols purs comme le resvératrol et des métabolites circulant comme le 4-methylcatechol sulfate.

Les polyphénols ont également protégé les rats d’une dysfonction rénale via l’aquaporine 1 et de la fibrose aortique, mais les mécanismes cellulaires et moléculaires restent à élucider.

Ces travaux menés par Catherine Brenner et ses collaborateurs ont été publiés dans la revue Journal of Nutrional Biochemistry.

Contact : catherine.brenner@u-psud.fr

Le microbiote vaginal pourrait moduler la susceptibilité vis-à-vis de plusieurs infections sexuellement transmissibles (IST), telles que le papillomavirus humain (HPV), Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae et Mycoplasma genitalium. L’infection persistante par un HPV cancérigène est un prérequis pour le cancer du col de l’utérus, et les infections génitales par C. trachomatis, N. gonorrheae et M. genitalium sont toutes associées aux infections génitales hautes (endométrite et salpingite principalement) et à des problèmes d’infertilité par la suite. Peu de consensus se dégage de la littérature au sujet de l’association entre ces infections et le microbiote vaginal, du fait des diverses techniques de caractérisation de la flore vaginale et des schémas d’étude proposés.

Dans une méta-analyse sur le sujet réalisée par une équipe INSERM/UVSQ de l’UMR 1181 B2PHI à l’UFR de Médecine de Montigny-le-Bretonneux et qui vient d’être publiée dans Clinical Microbiology and Infection, les chercheurs ont recherché sur Medline et le Web of Science tous les articles publiés entre 2000 et 2016 présentant une mesure d’association entre microbiote vaginal et l’une des IST considérées, dans des populations de femmes, en se limitant au diagnostic moléculaire des IST.

En dichotomisant la flore vaginale en deux grandes catégories (non-dominé-par-Lactobacillus vs dominé-par-Lactobacillus) sur la base du séquençage de l’ARNr 16S bactérien, ou du score de Nugent, ou des critères d’Amsel, les chercheurs ont mis en évidence des tendances par IST. Les mesures d’association pour HPV s’étendent de 0.6 (IC95% 0.3–1.2) à 2.8 (IC95% 0.3–28.0) et de 0.7 (IC95% 0.4–1.2) à 5.2 (IC95% 1.9–14.8) pour C. trachomatis, avec une moyenne significativement supérieure à 1 dans les deux cas, indiquant que les résultats convergent vers l’existence d’une association entre ces IST et une flore vaginale non-dominée par Lactobacillus spp. L’hétérogénéité des résultats semble liée principalement à la zone géographique des études, à la méthode de caractérisation de la flore vaginale (pour HPV) et aux catégories d’âge étudiées (pour C. trachomatis). Pour N. gonorrheae, en moyenne aucune association n’a été mise en évidence, soit qu’elle n’existe pas, soit que trop peu d’études l’aient mesurée ou dans des populations d’études trop petites. Enfin pour M. genitalium, seules quatre études ont abordé cette question.

En bref, ces résultats soutiennent un rôle protecteur d’une flore vaginale dominée par des Lactobacillus vis-à-vis de HPV et C. trachomatis, bien que de plus amples études longitudinales soient nécessaires pour déterminer précisément si la flore vaginale prédispose à l’infection ou si l’infection elle-même modifie la flore vaginale.

Légende de la figure : A. Mesures d'association entre flore vaginale non dominée par des Lactobacillus et infection par HPV, B. Mesures d'association entre flore vaginale non dominée par des Lactobacillus et infection par Chlamydia trachomatis.

Contact : jeanne.tamarelle@uvsq.fr

Déterminer pour chaque femme atteinte d’un cancer du sein la façon dont il va évoluer permettrait de leur proposer des innovations thérapeutiques adaptées. Une étude menée par des chercheurs de l’Université Paris-Saclay, en collaboration avec le Peter MacCallum Cancer Centre à Melbourne (Australie) sur une cohorte de femmes atteintes d’un cancer dit triplement négatif vient d’être publiée dans la première revue internationale de cancérologie clinique, Journal of Clinical Oncology.

Contact : stefan.michiels@gustaveroussy.fr

Campagne de recrutement de chercheurs INRA : trois postes ouverts au concours dans l’Unité Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI, https://www6.jouy.inra.fr/gabi) - Sciences Animales Paris-Saclay (SAPS, http://saps.paris)

-        CRCN-2019-12-GA-4 : Vésicules extracellulaires mammaires et lait : véhicules d'informations génétiques

-        CRCN-2019-9-GA-2 : Approches génomiques de caractérisation, de gestion et de valorisation de la diversité génétique dans un contexte agro-écologique

-        CRCN-2019-9-GA-1 : Génétique de l'allocation des ressources et transition agro-écologique en aquaculture

Pour consulter les profils et s’informer sur les modalités de candidature : https://www6.jouy.inra.fr/gabi/Nous-rejoindre/Concours-de-recrutement

Date limite de dépôt des dossiers : 4 mars !

L’allopolyploïdie (hybridation interspécifique associée à une duplication du génome) est un processus d’évolution et de spéciation majeur chez les plantes. De nombreuses études ont été menées afin de caractériser les mécanismes moléculaires à l’origine de son succès évolutif. Néanmoins, peu d’études ont eu comme objectif l’identification des mécanismes impliqués dans la régulation fonctionnelle de ces génomes complexes. L’hypothèse d’un rôle majeur des petits ARN non codants dans la régulation de l’expression d’un génome néo-allopolyploïde a peu à peu émergé.

Dans une étude publiée dans Molecular Biology and Evolution, les auteurs ont analysé la réponse globale de ces petits ARN non codants à un événement d’allopolyploïdie chez les Brassica. Le colza (Brassica napus) est une espèce allotétraploïde qui trouve son origine dans l’hybridation spontanée entre un navet (B. rapa) et un chou (B. oleracea). A l’aide des techniques récentes de séquençage haut-débit, les niveaux d’accumulation des populations de petits ARN ont été caractérisés chez trois colzas néo-synthétisés, issus de croisements contrôlés au laboratoire, en comparaison de leurs progéniteurs diploïdes.

Les résultats obtenus montrent la mise en place d’une réorganisation immédiate de la production des petits ARN en réponse à l’allopolyploïdie. Celle-ci permettrait un contrôle efficace de la réactivation transcriptionnelle de différents éléments « non-codants » du génome tels que des éléments transposables, souvent source d’instabilité génomique. Elle conduirait également à une régulation ciblée de gènes impliqués dans des réponses à différents stress. L’accumulation différentielle des petits ARN permettrait ainsi la mise en place progressive d’une certaine stabilité génomique nécessaire aux premières étapes de formation d’un néo-allopolyploïde. Ces résultats amènent à penser que sans ces populations de petits ARN, mobilisés comme des « gardiens du génome », un nouvel événement d’allopolyploïdie n’aurait que peu de chance de réussite…

Contact : karine.alix@inrae.fr