La plateforme ACTAGen, en partenariat avec QIAGEN, vous invite à un atelier consacré à la PCR digitale, qui se tiendra le mardi 22 septembre, de 15h à 17h, à Henri Moissan (Orsay) en salle 1009 HM2.

Lors de cet atelier, nous vous présenterons les nouveaux développements dans le domaine de la PCR digitale, ainsi que les bonnes pratiques pour maîtriser et optimiser vos méthodes, afin de gagner en performance et en fiabilité.

-> Contact : pauline.tran@universite-paris-saclay.fr

Dans une revue publiée dans Science Immunology, des scientifiques de l’IDMIT (UMR-S 1184 Inserm/CEA/UPSaclay, Le Kremlin Bicêtre), de l’Université de Pittsburgh et de l’Université de Lausanne font le point sur les avancées récentes concernant la cytokine IL-17 et la manière dont son action varie selon les cellules et les tissus.

L’IL-17 est un acteur majeur de l’immunité des tissus. Essentielle à la défense contre certaines infections, notamment aux interfaces avec l’environnement, elle peut également contribuer à des maladies inflammatoires et auto-immunes. Longtemps étudiée principalement à travers les lymphocytes qui la produisent, l’IL-17 apparaît aujourd’hui comme un véritable signal de communication entre le système immunitaire et les tissus : ses principales cellules cibles sont en effet des cellules “non immunitaires”.

Cette revue souligne que la réponse à l’IL-17 n’est pas uniforme. Selon le tissu - peau, rein, intestin, poumon, tissu adipeux ou encore système nerveux - différents mécanismes moléculaires sont mobilisés. Au-delà de l’activation classique de gènes inflammatoires, l’IL-17 agit notamment sur le devenir des ARN messagers, leur stabilité et leur traduction en protéines.

Ces découvertes révèlent ainsi une immunité façonnée par le tissu lui-même et ouvrent la voie à des stratégies thérapeutiques plus ciblées, capables de limiter les effets pathologiques de l’IL-17 tout en préservant ses fonctions protectrices contre les infections.

-> Contact : rami.bechara@universite-paris-saclay.fr

Dans une étude publiée dans Cell Systems, les scientifiques de l’Institut MICALIS (Inrae/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas), avec le CEA (MetaboHUB, Université Paris-Saclay), l'Université Grenoble Alpes et le CHU Grenoble Alpes, ont montré qu'une bactérie non modifiée génétiquement peut servir de calculateur biologique.

Le principe s'inspire du « reservoir computing », une approche d'apprentissage automatique dans laquelle un système dynamique complexe transforme les données d'entrée, seule une lecture simple étant ensuite entraînée. Ici, ce système est vivant : Escherichia coli n'a pas évolué pour calculer, mais pour survivre. Elle détecte en permanence les composés de son environnement et ajuste son métabolisme et sa croissance, dont la courbe résume tous les signaux perçus.

Mises en contact direct avec le plasma de patients atteints de COVID-19, les bactéries ont permis de distinguer précocement les patients évoluant vers une forme bénigne de ceux évoluant vers une forme sévère, avec 86% de classifications correctes. Traduits en mélanges de nutriments, des problèmes classiques d'apprentissage automatique ont également été résolus par la seule croissance bactérienne, avec des performances supérieures à la régression linéaire, aux machines à vecteurs de support et aux réseaux de neurones multicouches. Des simulations à l'échelle du génome relient enfin cette capacité de calcul à la diversité métabolique des espèces.

Ces travaux ouvrent la voie à des outils de diagnostic et de surveillance simples et peu coûteux, déployables avec des moyens techniques limités. L'équipe explore désormais les échantillons environnementaux, notamment les eaux usées urbaines.

Légende Figure : Escherichia coli comme calculateur vivant. En haut : un échantillon clinique (plasma) est mis en contact avec la bactérie ; sa courbe de croissance, mesurée puis interprétée par une lecture entraînée, classe le patient en forme bénigne ou sévère. En bas : un problème de calcul est traduit en un mélange de nutriments et la croissance de la bactérie fournit la réponse, comparée ici à la valeur attendue. © Ahavi et al., Cell Systems, 2026 (résumé graphique de l'article, accès ouvert).

-> Contact : jean-loup.faulon@inrae.fr

Dans une étude publiée dans Small, des scientifiques du LAMBE (Laboratoire Analyse, Modélisation, Matériaux pour la Biologie et l'Environnement, UMR 8587 UE-PSaclay/CNRS/Cergy Paris Université, Evry‑Courcouronnes) ont démontré qu’un nanopore peut identifier et distinguer, à l’échelle d’une seule molécule, deux formes de la cholécystokinine-8 (CCK-8), une hormone produite notamment dans le système digestif et impliquée dans plusieurs processus physiologiques.

La CCK-8 existe sous deux formes, sulfatée et non sulfatée, qui peuvent exercer des fonctions biologiques distinctes. Leur différenciation revêt un intérêt particulier sur le plan médical, car la CCK-8 est étudiée comme biomarqueur potentiel de plusieurs cancers, dont le cancer gastrique. Les méthodes analytiques classiques ne permettent pas de distinguer efficacement ces deux formes, notamment dans des milieux biologiques complexes.

Les chercheurs ont utilisé un nanopore d’aérolysine intégré dans une membrane hybride lipide-polymère. La capture des peptides dans le nanopore génère des signatures électriques distinctes, permettant de différencier les deux formes de CCK-8 selon plusieurs paramètres. La méthode reste efficace dans un milieu complexe contenant 20% de sérum humain et à des concentrations de biomarqueur de l’ordre du nanomolaire.

Ces résultats ouvrent la voie à la détection de biomarqueurs peptidiques dans des échantillons biologiques complexes et pourraient contribuer à la mise au point de futurs outils diagnostiques, notamment dans le cadre des dispositifs de POCT (Point-of-Care Testing, ou tests diagnostiques au plus près du patient).

-> Contact : juan.pelta@univ-evry.fr / benjamin.cressiot@cyu.fr

La ségrégation fidèle des chromosomes lors de la mitose est essentielle à la stabilité du génome. Elle dépend notamment de l’activation de la séparase, une protéase qui permet la séparation des chromatides sœurs au début de l’anaphase. Toutefois, les mécanismes contrôlant précisément son activation restent encore partiellement compris.

Dans une étude publiée dans Nucleic Acids Research, des chercheurs du laboratoire Réparation et Vieillissement de l’UMR Stabilité Génétique, Cellules souches et Radiations - SGCSR (DRCM, UMR 1274 INSERM/CEA/UPCité/UPSaclay/, Fontenay-aux-Roses), en collaboration avec la plateforme CIGEx (DRCM, CEA), les universités Sapienza (Rome) et della Tuscia (Viterbo), ont identifié la lamine B1 comme un nouveau partenaire de la séparase et un régulateur de son activité pendant la mitose.

La lamine B1, composant majeur de la lamina nucléaire, est principalement connue pour ses fonctions dans l’organisation et l’intégrité du noyau. Cette étude montre que l’interaction de la lamine B1 avec la séparase augmente au cours de la mitose, notamment en prophase. La diminution de la lamine B1 entraîne un recrutement prématuré de la séparase sur les chromosomes et une séparation précoce des chromatides. À l’inverse, sa surexpression réduit le recrutement de la séparase et retarde son activation, entraînant des défauts de ségrégation chromosomique et la formation de diplochromosomes.

Ces résultats révèlent une nouvelle voie de régulation de la séparase reliant la lamine B1 au contrôle de la ségrégation chromosomique et à la stabilité du génome. Ils apportent de nouveaux éléments pour comprendre comment la dérégulation de la lamine B1, associée à l’agressivité tumorale dans plusieurs types de cancers, pourrait contribuer à l’instabilité génomique dans ces tumeurs.

-> Contact : gaelle.pennarun@cea.fr / pascale.bertrand@cea.fr

Dans une étude consacrée à l’épidémiologie des Klebsiella oxytoca complex productrices de carbapénèmases en France, les scientifiques du Centre National de Référence de la résistance aux antibiotiques et de l’équipe RESIST de l’UMR-S 1184 (INSERM/UPSaclay/CEA et CHU de Bicêtre, AP-HP, Le Kremlin-Bicêtre) ont analysé les isolats reçus entre 2017 et 2023.

Le séquençage génomique a permis de préciser la répartition des différentes espèces du complexe, des carbapénèmases et des principaux lignages circulant sur le territoire français. K. oxytoca sensu stricto était l’espèce majoritaire et les enzymes de type OXA-48-like les carbapénèmases les plus fréquemment retrouvées. Deux lignages prédominaient, ST-141 et surtout ST-2, largement diffusé en France.

Afin de mieux comprendre le succès épidémiologique de ST-2, les chercheurs ont complété l’analyse génomique par une caractérisation de ses propriétés de virulence, notamment sa capacité à former des biofilms sur différentes surfaces et sa virulence dans un modèle d’infection de Galleria mellonella.

Les résultats, publiés dans Emerging Microbes & Infections, montrent que le succès de ST-2 ne semble pas reposer sur une virulence accrue, mais plutôt sur une remarquable capacité de persistance à long terme. Cette combinaison entre faible virulence et persistance pourrait favoriser sa diffusion silencieuse et son maintien durable en milieu de soins.

Ces travaux soulignent ainsi l’importance de la surveillance des lignages de K. oxytoca complex producteurs de carbapénèmases, au-delà de leur seul potentiel de virulence.

-> Contact : ines.rezzoug@aphp.fr / laurent.dortet@aphp.fr

Camille Blériot est chargé de recherche CNRS au sein de l’UMR 9018 METSY « Biologie du Cancer & Métabolisme » (CNRS/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) dirigée par Dr. Catherine Brenner. Ses travaux portent sur l’immunométabolisme et visent à comprendre comment les modifications du métabolisme tissulaire, notamment dans le contexte de l’obésité, influencent les fonctions des macrophages et leur rôle dans les maladies métaboliques et le cancer. Camille Blériot s’intéresse depuis plus de 15 ans aux interactions entre immunité et environnement tissulaire. Au cours de son parcours, il a développé une expertise dans l’étude des macrophages et de leur plasticité fonctionnelle, en combinant approches de biologie cellulaire, génétique, transcriptomique et imagerie.

Titulaire d’un doctorat en écologie microbienne de l’Université de Lyon obtenu en 2010 sous la direction du Dr. Agnès Rodrigue, il rejoint ensuite l’équipe du Pr. Marc Lecuit à l’Institut Pasteur pour un premier parcours postdoctoral (2011-2016) avant d’intégrer le Singapore Immunology Network (SIgN), dans l’équipe du Pr. Florent Ginhoux, où il poursuit ses travaux sur les mécanismes de régulation des réponses immunitaires (2017-2020). Il rejoint ensuite Gustave Roussy avec le Pr. Ginhoux, avant d’être recruté au CNRS en 2022 comme chargé de recherche au sein de l’équipe du Dr. Nicolas Venteclef à l’Institut Necker Enfants Malades.

Depuis 2024, il est de retour à Gustave Roussy où il développe son programme de recherche indépendant, consacré à la plasticité métabolique des macrophages dans les cancers et les maladies métaboliques. Ses travaux s’intéressent notamment aux macrophages associés aux tumeurs ainsi qu’aux macrophages résidents du foie et du tissu adipeux. Il a ainsi montré que ces macrophages jouent un rôle important dans la gestion des lipides alimentaires et dans l’adaptation du foie aux variations métaboliques, avec des conséquences sur le développement de la stéatose hépatique et de l’inflammation. Dans le domaine du cancer, son équipe étudie plus particulièrement comment l’obésité et les perturbations métaboliques reprogramment les macrophages associés aux tumeurs et contribuent à la progression tumorale et à l’exclusion immunitaire. En combinant modèles murins, transcriptomique unicellulaire et spatiale, imagerie multiplexée, métabolomique et analyses fonctionnelles du métabolisme cellulaire, ses recherches visent à identifier les mécanismes reliant métabolisme, plasticité des macrophages et réponse immunitaire. À terme, ces travaux pourraient permettre d’identifier de nouvelles stratégies visant à remodeler le microenvironnement tumoral et à améliorer l’efficacité des immunothérapies.

“La phrase la plus excitante à entendre en science n'est pas « Eurêka! » mais plutôt « Tiens, c'est marrant... »” - Isaac Asimov

-> Contact: camille.bleriot@gustaveroussy.fr

Dans une étude publiée dans Nature Communications, des scientifiques de l’Institut des Sciences des Plantes Paris-Saclay - IPS2 (CNRS/INRAE/UEVE/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) ont exploré à grande échelle les produits codés par les transposons et leurs interactions avec les réseaux cellulaires chez Arabidopsis thaliana.

Les transposons sont des séquences d’ADN capables de se multiplier au sein des génomes grâce à des facteurs qu’ils codent eux-mêmes. Pourtant, la diversité de leurs ARN et de leurs protéines, ainsi que leurs interactions avec la cellule hôte, restent encore largement méconnues.

En combinant séquençage à longues et courtes lectures, analyses de réseaux de régulation, protéomique à haute profondeur et prédictions structurales, les chercheurs ont établi un atlas fonctionnel des produits issus des transposons. Ils montrent que l’expression des transposons s’inscrit dans les réseaux de régulation de la cellule et dépend notamment de l’action combinée de la méthylation de l’ADN et des facteurs de transcription. Les analyses protéomiques révèlent par ailleurs la production de plus d’une centaine de protéines de transposons avec un haut niveau de confiance.

L’analyse structurale de ce protéome prédit une diversité jusqu’ici insoupçonnée de structures, d’assemblages protéiques et d’interactions potentielles avec des protéines cellulaires. Elle révèle également des parentés structurales entre protéines de transposons et protéines de la plante, mettant en évidence de nouveaux cas potentiels de domestication au cours de l’évolution.

Ces résultats offrent une nouvelle vision des transposons comme composants actifs des réseaux cellulaires et comme source d’innovation génomique.

-> Contact : leandro.quadrana@cnrs.fr

Le virus respiratoire syncytial (VRS) est la principale cause de la bronchiolite du nourrisson. Les scientifiques de l’équipe M3P (Institut Pasteur, UVSQ Paris-Saclay, INSERM) et de l’Unité Virologie et Immunologie Moléculaires – VIM (INRAE/UVSQ/UPSaclay, Jouy-en-Josas), en collaboration avec l'AFMB (Aix-Marseille Université) et l'Université de Montpellier viennent de déchiffrer comment le VRS transporte son matériel génétique à l’intérieur de la cellule infectée. Ces travaux sont publiés dans PLoS Pathogens.

Lors de la multiplication virale, de nouveaux génomes viraux s’associent à des protéines virales pour former la ribonucléoprotéine virale (vRNP). Ces complexes macromoléculaires se déplacent dans la cellule jusqu’aux sites de libération des virus. Des travaux antérieurs avaient montré que le VRS détournait Rab11a, une petite GTPase impliquée dans le transport des endosomes de recyclage, pour déplacer ses vRNP le long des microtubules.

Les chercheurs démontrent aujourd’hui que la polymérase L, le plus grand composant de la machinerie de réplication du VRS, est l’élément de la vRNP responsable de la reconnaissance de Rab11a. Plus précisément, les travaux démontrent une liaison directe des domaines C-terminaux de la polymérase avec la forme active de Rab11a, c’est-à-dire la forme impliquée dans les transports. Cette liaison est importante pour le transport des vRNP.

Cette découverte identifie une étape critique et spécifique du cycle du VRS : le transport intracellulaire du génome viral. L’interface L-Rab11a constitue une cible attrayante pour le développement de molécules capables de bloquer ce transport sans affecter les fonctions cellulaires normales de Rab11a.

Légende Figure : Transport de la RNP du VRS le long des microtubules via l’interaction entre la polymérase  L et la forme active de Rab11a.

-> Contact : marie-anne.rameix-welti@pasteur.fr / julien.sourimant@inrae.fr

La cholestase intrahépatique familiale progressive de type 2 (PFIC2) est une maladie rare du foie, due à des mutations du gène ABCB11 codant BSEP (bile salt export pump), le transporteur canaliculaire responsable de la sécrétion biliaire des acides biliaires. La moitié des enfants atteints de PFIC2 sont transplantés du foie avant l’âge adulte.

Dans une étude publiée dans American Journal of Physiology – Gastrointestinal and Liver Physiology, des chercheurs de l’UMR-S 1193 (INSERM/UPSaclay, Orsay) en association avec le service d’hépatologie et de transplantation hépatique pédiatriques de l’hôpital Bicêtre (Emmanuel Gonzales et Emmanuel Jacquemin) et en collaboration avec l’équipe d’Isabelle Callebaut (IMPMC, CNRS, Paris) a reproduit en laboratoire deux mutations faux-sens du gène ABCB11 affectant le même résidu thréonine 463 (T463). Ces mutations (T463I et T463P) identifiées chez des patients atteints de PFIC2 induisaient des phénotypes de sévérité différente (réponse à la dérivation biliaire chirurgicale versus transplantation à l’âge de 9 mois).

L’analyse prédictive de la structure 3D et la caractérisation in vitro dans plusieurs modèles cellulaires de ces deux mutants, ont montré que le mutant T463I induisait seulement un défaut fonctionnel partiel. Le mutant T463P induisait un défaut de localisation de la protéine (retenue à l’intérieur de la cellule), en plus d’un défaut de fonction majeur.

Les chercheurs sont parvenus à restaurer 70% de la fonction de la protéine T463I, comparée à celle de la protéine sauvage, à l’aide de molécules « potentiatrices » (SBC040 et Ivacaftor). Cependant, pour le mutant T463P, la pharmacothérapie ciblée (correcteurs pour la localisation + potentiateurs) n’a pas permis d’atteindre un seuil de transport des acides biliaires (estimé à au moins 50% de celui de la protéine sauvage) suffisant pour permettre l’amélioration clinique du patient.

Cette étude met en lumière la variabilité des conséquences des mutations faux-sens du gène ABCB11 et propose un cadre in silico et in vitro permettant de les caractériser et de les classer. Cette classification pourrait permettre d’orienter les stratégies thérapeutiques.

-> Contact : martine.lapalus@universite-paris-saclay.fr

Le transfert horizontal de gènes joue un rôle crucial dans l’évolution des populations bactériennes. Chez les pathogènes, il favorise la propagation des résistances aux antibiotiques et des facteurs de virulence. Helicobacter pylori, bactérie infectant l’estomac de 50% de la population mondiale et responsable de la majorité des ulcères et cancers gastriques, a une capacité remarquable à échanger des gènes via la transformation naturelle. Par cette voie, les bactéries peuvent capter et incorporer dans leur génome de l'ADN présent dans l'environnement. Pour cela, H. pylori utilise un système de captation d’ADN atypique : un système de sécrétion de type 4 (T4SS) nommé ComB, au lieu du pilus présent dans toutes les autres bactéries naturellement transformables. Par rapport aux T4SS classiques, certains composants semblaient être absents de ce système.

Dans une étude publiée dans PLoS Pathogens, des chercheurs du Département de Radiobiologie Cellulaire et Moléculaire (Institut de Biologie François Jacob, CEA/UPSaclay, UP Cité, Fontenay aux Roses) et de l’I2BC (CEA/CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), en collaboration avec un laboratoire de l’Institut Pasteur, ont mis en évidence une ATPase essentielle pour ce système de sécrétion. Des recherches d’homologie ont détecté un gène, éloigné des opérons connus du complexe ComB, susceptible de coder pour une ATPase associée à un T4SS. Des expériences de génétique et biochimie ont montré que la protéine codée par ce gène est effectivement une ATPase essentielle pour la transformation naturelle de H. pylori. La modélisation structurale a dévoilé une interaction entre cette ATPase et un composant du système ComB, confirmant ainsi son appartenance à ce T4SS atypique.

-> Contact : pablo.radicella@cea.fr / jessica.andreani@i2bc.paris-saclay.fr

Dans une étude publiée dans Cell Communication and Signaling, le Laboratoire de RadioPathologie - LRP (CEA-JACOB/DRCM/UPSaclay, Fontenay-aux-Roses), nouvellement dirigé par Laurent Gauthier, met en évidence un effet inattendu des rayonnements ionisants sur les progéniteurs neuraux : une irradiation modérée suffit à modifier leur capacité à migrer.

Au cours du développement cérébral, la migration des progéniteurs neuraux est étroitement coordonnée avec leur prolifération et leur différenciation. Leur déplacement vers le cortex en formation est indispensable à l’organisation corticale et à la mise en place de réseaux neuronaux fonctionnels. Une perturbation de leur trajectoire et/ou de leur vitesse peut ainsi contribuer à des anomalies du développement cérébral, pouvant être associées à une microcéphalie, des déficiences intellectuelles ou à l’apparition de crises épileptiques.

Jusqu’à présent, les effets d’une irradiation sur le cerveau en développement étaient principalement attribués à la mort cellulaire, à une diminution de la prolifération ou à des défauts de différenciation, tandis que son impact sur la migration restait peu étudié.

Dans une précédente étude, l’équipe avait montré qu’une dose modérée d’irradiation stimulait la migration et l’invasion des cellules souches de glioblastome via la voie HIF-1α/JMY (Gauthier et al., 2020). Les chercheurs ont donc exploré l’existence d’un mécanisme similaire dans les progéniteurs neuraux.

À partir de progéniteurs neuraux fœtaux humains et murins, ils montrent qu’une dose unique de 0,5 Gy suffit à augmenter leur migration et leur capacité d’invasion, in vitro comme in vivo. L’irradiation induit la production d’espèces réactives de l’oxygène, favorisant l’accumulation nucléaire de HIF-1α, puis l’augmentation de l’expression de JMY, une protéine impliquée, entre autres, dans la polymérisation de l’actine et le remodelage du cytosquelette. L’inhibition de HIF-1α ou de JMY supprime cette réponse, identifiant l’axe ROS/HIF-1α/JMY comme un mécanisme important des effets des rayonnements sur la mobilité des progéniteurs neuraux.

Ces travaux ouvrent de nouvelles perspectives sur le rôle de cet axe dans la régulation de la mobilité des progéniteurs neuraux au cours du développement.

-> Contact : laurent-r.gauthier@cea.fr

Le Réseau de Cytométrie Paris-Saclay (CyPSay) a le plaisir de vous annoncer la 4e Journée de Cytométrie et vous invite à réserver dès maintenant cette date dans vos agendas !

Jeudi 19 novembre 2026
De 9h30 à 17h15
IDEEV – Université Paris-Saclay

Cette journée, dédiée à la communauté de la cytométrie, s’adresse à tous les publics : étudiants, chercheurs, ingénieurs, techniciens, utilisateurs réguliers ou personnes souhaitant découvrir cette technologie.

Au programme

• Matinée : reprise des bases de la cytométrie, idéale pour consolider les fondamentaux ou découvrir la discipline.
• Après-midi : place au savoir-faire, avec des cas concrets, des retours d’expérience, et des échanges autour des bonnes pratiques et des applications.

L’inscription est gratuite mais obligatoire via ce lien ou le QR code figurant sur l’affiche.

Nous espérons vous retrouver nombreux pour cette journée d’apprentissage, de partage et de rencontres autour de la cytométrie.

Dans un éditorial publié dans Annals of Oncology, Antonin Levy (UMR-S 1355 Inserm/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) et ses collègues du Département de radiothérapie de Gustave Roussy analysent les résultats de l’étude de Prudente et al. publiée dans le même journal qui invite à reconsidérer la place du thymus adulte en radiothérapie oncologique. Longtemps considéré comme peu fonctionnel après la puberté, le thymus apparaît aujourd’hui comme un acteur important du maintien de l’immunité à l’âge adulte.

Les auteurs commentent cette étude menée chez des patients atteints d’un cancer bronchique non à petites cellules localement avancé. Celle-ci montre qu’une dose d’irradiation plus élevée reçue accidentellement par le thymus est associée à un risque accru de métastases à distance et de décès, particulièrement chez les patients dont le thymus est encore bien préservé avant le traitement.

Ces résultats invitent à considérer le thymus comme un potentiel « organe à risque immunitaire » lors de la planification de la radiothérapie. Sa préservation pourrait contribuer à maintenir la réponse immunitaire antitumorale et à améliorer l’efficacité des traitements combinant radiothérapie et immunothérapie. Les auteurs soulignent toutefois que des études prospectives sont nécessaires avant d’introduire des contraintes de dose au thymus dans la pratique clinique.

Légende Figure : Le thymus adulte en radio-immunothérapie. Synthèse des liens proposés entre santé thymique, irradiation du thymus, réponse à l’immunothérapie, contrôle métastatique/survie et risque de pneumopathie radique.

-> Contact : antonin.levy@gustaveroussy.fr

Dans une revue publiée dans Current Opinion in Plant Biology, les chercheurs de l’équipe GEDY (GEnome DYnamics and Pathogen Resistance) de l’Institut des Sciences des Plantes Paris-Saclay - IPS2 (CNRS/INRAE/UEVE/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) font le point sur le paradoxe de la recombinaison au sein des clusters de gènes de résistance NLR chez les plantes.

Les gènes NLR (Nucleotide-binding Leucine-rich Repeat) codent pour des récepteurs immunitaires intracellulaires qui protègent les plantes contre les agents pathogènes, et sont souvent groupés en clusters. Ce paradoxe réside dans l’observation que ces clusters peuvent présenter soit une forte suppression de la recombinaison, soit, à l’inverse, des taux exceptionnellement élevés de recombinaison méiotique. Ces deux situations influencent profondément la diversité allélique ainsi que la trajectoire évolutive des clusters de gènes impliqués dans l’immunité des plantes.

Ces dernières années, les progrès du séquençage des génomes ont apporté de nouvelles connaissances sur l’ampleur de la variation structurale au sein des clusters de gènes NLR, permettant ainsi de mieux comprendre ces résultats apparemment contradictoires. Cette revue présente les avancées technologiques récentes qui ont permis le séquençage à grande échelle de clusters NLR complexes et ont révélé une variation structurale jusque-là insoupçonnée. Les auteurs illustrent ces résultats à l’aide de plusieurs exemples de clusters NLR provenant de différentes espèces végétales et présentant une importante variation structurale entre différents génotypes d’une même espèce. Enfin, les auteurs discutent de l’impact de la variation structurale sur la recombinaison méiotique au sein des clusters NLR.

Légende Figure : The paradox of recombination at NLR gene clusters. Arrows indicate NLR genes (in color) and other genes flanking the NLR cluster (in grey) with transcriptional direction indicated in triangle. Red circles represent centromeres that were positioned arbitrarily right next the NLR cluster. (a) Copy Number Variation (CNV). Copy number variation can be the result of an unequal CO (red cross) between paralogs. (b) High recombination observed at the population level. The structural variation (SV) at a given NLR gene cluster in different haplotypes (A to E) revealed by recent advances in technologies (long read sequencing, sophisticated assemblers and annotation tools) is in accordance with previous population-based analyses using linkage disequilibrium that often reveal signatures of historical recombination within these clusters. Grey lines identify homologous genes. (c) Suppression of recombination in a specific biparental cross, with genotypes presenting structural variation. During meiosis, loss of sequence collinearity due to CNV could lead to hypothetical chromosome loop formation between the homologous chromosomes, preventing recombinational events inside the NLR gene cluster (top panel). In the case of large inversion, CO can occur in the inversion loop but will generate aberrant chromosomes (dicentric and acentric chromosomes) that could lead to inviable aneuploid gametes (bottom panel). In these two cases, no recombination in this NLR cluster will be observed in the progeny.

-> Contact : valerie.geffroy@inrae.fr

Dans une étude publiée dans Regulatory Toxicology Pharmacology, des scientifiques de l’équipe ITALI de l’UMR-S 996 (INSERM/UPSaclay, Orsay) en collaboration avec l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé ont effectué une analyse comparative des données issues des études non-cliniques de toxicologie et de la pharmacovigilance à la suite de la campagne de vaccination COVID-19 en France.

Cinq vaccins autorisés ont été inclus : tozinaméran (Comirnaty®), élasoméran (Spikevax®), ChAdOx1-S (Vaxzevria®), Ad26.COV2-S (Jcovden®) et protéine Spike de SARS-CoV-2 adjuvantée (Nuvaxovid®). Parmi les quatre effets indésirables reconnus par l'Agence européenne des médicaments (EMA), les trois suivants ont été analysés : réactogénicité, myocardite associée aux vaccins à ARNm et thrombopénie thrombotique induite par le vaccin (VITT) associée aux vaccins à vecteur viral. Un score de réactogénicité a été élaboré à partir des données de pharmacovigilance, en se fondant sur les symptômes signalés et leur intensité ; ce score a révélé une réactogénicité plus élevée pour les vaccins à vecteur viral. Un score parallèle a été établi à partir des données non cliniques (biomarqueurs et analyses histopathologiques).

Concernant les effets indésirables rares, l'analyse a permis d'identifier des biomarqueurs cliniques, tels que la troponine dans le cas de la myocardite. Comme attendu, ces événements rares n'avaient pas été prédits par les études non cliniques. Bien que les études non cliniques répondent actuellement aux exigences réglementaires en matière de sécurité, leur capacité prédictive pourrait être renforcée par l'intégration d'un système renforcé de l’évaluation de la réactogénicité, l'harmonisation du suivi des biomarqueurs et l'ajout de paramètres ciblés fondés sur des données cliniques.

-> Contact : marc.pallardy@universite-paris-saclay.fr

La maladie de Fanconi est une maladie génétique rare causée par un défaut de réparation de l’ADN, responsable d’une instabilité génomique chronique. Elle se manifeste par diverses anomalies du développement touchant notamment la croissance, le squelette et certains organes. La maladie fragilise également les cellules souches hématopoïétiques, pouvant conduire à une aplasie médullaire, et prédispose fortement aux cancers hématologiques et solides. Au-delà de ces complications, elle constitue un modèle pertinent pour étudier les conséquences du stress génétique chronique sur l’adaptation cellulaire et les premières étapes de l’évolution tumorale.

Dans une étude publiée dans Science Advances, issue d’une étroite collaboration entre plusieurs équipes dont deux unités de Gustave Roussy (UMR-S 1360 INSERM/UPSaclay/Gustave Roussy, et UMR 9019 CNRS/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif), Dominique Bluteau et ses collaborateurs ont exploré, dans le cadre de la thèse de Maeva Loock (Université Paris-Saclay), les stratégies mises en œuvre par des cellules déficientes pour un gène de la voie Fanconi afin de survivre malgré une instabilité persistante de leur ADN.

Grâce à des approches transcriptomiques, lipidomiques et fonctionnelles, les chercheurs ont mis en évidence un rôle inattendu de ZMAT3, une protéine de liaison à l’ARN régulée par p53. Ils montrent que ZMAT3 stabilise le transcrit d’ASAH1, une enzyme clé du métabolisme des sphingolipides. Sa diminution entraîne une accumulation de céramides, une augmentation des dommages à l’ADN et une sensibilité accrue à la ferroptose, une forme de mort cellulaire dépendante du fer et de la peroxydation lipidique.

Ces résultats révèlent un lien inédit entre stress génétique, métabolisme des sphingolipides et survie cellulaire. Ils ouvrent de nouvelles perspectives pour comprendre l’évolution pré-tumorale associée à la déficience de la voie Fanconi et identifier de nouvelles cibles thérapeutiques.

Ces travaux ont reçu le soutien financier de La Ligue contre le Cancer (comité94), de l’Association pour la recherche contre le Cancer, de l’Association Aremig (Société Française de Recherche contre le Cancer de l’Enfant) et de la société Française d’hématologie.

-> Contact : dominique.bluteau@gustaveroussy.fr

Une étude publiée dans Nature Communications par des chercheurs de Gustave Roussy (menée par Gaël Moquin-Beaudry, post-doctorant senior au sein du groupe Ostéosarcome au sein de la nouvelle unité Inserm d'oncologie pédiatrique UMR-S 1360 (INSERM/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) apporte un nouvel espoir pour les enfants et adolescents atteints d'ostéosarcome, un cancer osseux agressif aux options thérapeutiques limitées.

Grâce à la transcriptomique spatiale, l'équipe a cartographié l'expression génique de 26 tumeurs et identifié une signature de neuf gènes de surface pouvant améliorer le diagnostic et guider de nouvelles thérapies ciblées, dont deux font déjà l'objet de médicaments en développement clinique.

Les chercheurs ont également découvert que des cellules immunitaires de la lignée ostéoclastique, une population normalement responsable de la résorption osseuse, infiltrent activement les métastases pulmonaires et s'y différencient, représentant ainsi de potentielles nouvelles cibles d’immunothérapie.

Cet atlas moléculaire, le plus complet à ce jour pour ce cancer rare, ouvre la voie à des stratégies de médecine de précision pour une maladie dont le pronostic n'a pas évolué depuis 40 ans.

-> Contact : gael.moquin-beaudry@gustaveroussy.fr

Dans une étude publiée dans Signal Transduction and Targeted Therapy, des chercheurs de l’Institut Galien Paris-Saclay – IGPS (CNRS/UPSaclay, Orsay), Thelma Akanchise, Fucen Luo et Angelina Angelova, en collaboration avec la Chine, la République Tchèque et le Japon, ont démontré que des nanoassemblages antioxydants de type cubosome et hexosome, décorés de peptides ciblants, activent des voies de survie et protègent les mitochondries dopaminergiques après administration intranasale dans le modèle MitoPark.

Cette avancée constitue une étape majeure pour l'administration non invasive de peptides de recherche et de composés apparentés vers le cerveau. En renforçant le ciblage neuronal et l’internalisation cellulaire grâce à des ligands tels que PACAP et un peptide dérivé de la glycoprotéine du virus de la rage, ces vecteurs lipidiques fonctionnalisés démontrent une capacité unique à moduler simultanément la santé mitochondriale et l’inflammation.

Les effets observés comprennent l’activation de voies de survie, la protection des mitochondries dopaminergiques et l’amélioration des profils protéiques et transcriptionnels, ouvrant de nouvelles perspectives méthodologiques pour l’étude des processus neurodégénératifs. Cette stratégie apparaît particulièrement prometteuse dans les modèles de la maladie de Parkinson, où la restauration de la fonction mitochondriale et la réduction des signaux inflammatoires constituent des leviers essentiels pour ralentir la perte neuronale.

-> Contact : angelina.angelova@universite-paris-saclay.fr

Des chercheurs du SIMoS (DMTS, CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) viennent de mettre en évidence un mécanisme moléculaire inédit qui contrôle l'activation du récepteur de l'apeline (APJ), une protéine impliquée dans la régulation de la fonction cardiovasculaire, de la pression artérielle et de l'équilibre hydrique. Ces travaux, publiés dans British Journal of Pharmacology, ouvrent de nouvelles perspectives pour le développement de traitements plus ciblés contre les maladies cardiovasculaires.

Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG), dont fait partie le récepteur APJ, constituent la cible de près d'un tiers des médicaments actuellement commercialisés. Mieux comprendre leur fonctionnement est donc un enjeu majeur pour la conception de nouvelles stratégies thérapeutiques.

En étudiant la structure tridimensionnelle du récepteur APJ, les chercheurs ont montré qu'une petite région située à sa surface agit comme un véritable « verrou moléculaire ». Lorsque cette structure est perturbée, l'une des deux hormones naturelles du récepteur, l'apeline, perd en grande partie sa capacité à s'y fixer et à l'activer. À l'inverse, l'autre hormone naturelle, l'élabela, conserve largement son activité. Ces résultats démontrent que deux molécules agissant sur un même récepteur peuvent utiliser des mécanismes de reconnaissance différents.

L'étude montre également que cette région est indispensable à l'action d'un anticorps agoniste expérimental, tout en restant compatible avec la liaison d'un anticorps antagoniste. Cette découverte fournit de nouvelles informations sur les mécanismes d'activation des RCPG et ouvre des perspectives pour la conception de médicaments ou d'anticorps thérapeutiques plus sélectifs, capables de moduler précisément l'activité du récepteur selon l'effet recherché.

Enfin, cette 4ème boucle extracellulaire qui est retrouvée dans la famille des récepteurs aux chimiokines et dont le rôle est indispensable à leur activité, montre que le récepteur de l’apéline fait partie intégrante de cette grande famille de récepteurs et partage des modes d’activations similaires.

Ces travaux illustrent l'expertise des équipes de l'Université Paris-Saclay dans l'étude des mécanismes moléculaires de la signalisation cellulaire, à l'interface de la pharmacologie, de la biophysique et de la biologie structurale, au service de l'innovation thérapeutique.

-> Contact : xavier.iturrioz@cea.fr

Dans un article de perspective publié dans Diabetes, Dured Dardari (service de diabétologie du Centre hospitalier Sud Francilien, Laboratoire de biologie de l’exercice pour la performance et la santé - LBEPS Univ. Évry Paris-Saclay/IRBA/CERITD et Faculté de médecine Paris-Saclay) s’intéresse au pied de Charcot, une complication rare mais destructrice associée au diabète, qui fragilise les os et les articulations d’un pied devenu insensible en raison d’une neuropathie. L’article cherche à comprendre pourquoi cette complication apparaît à un moment précis chez certaines personnes, alors que la neuropathie et les contraintes mécaniques sont fréquentes.

Il propose un modèle testable selon lequel une baisse cliniquement significative de l’HbA1c, lors de l’intensification du traitement, pourrait coïncider avec une activation transitoire du remodelage osseux chez un sous-groupe vulnérable. Dans ce cadre, l’ostéocalcine est envisagée non comme un mécanisme démontré, mais comme un biomarqueur candidat.

L’originalité du travail est de relier un signal observé dans trois études antérieures aux mécanismes locaux reconnus du pied de Charcot — neuropathie, microtraumatismes, inflammation et déséquilibre RANKL/OPG — et de proposer une stratégie prospective pour tester cette hypothèse. Les données actuelles soutiennent une association temporelle et une plausibilité biologique, sans prouver de causalité. Elles ne justifient pas de ralentir l’optimisation glycémique, mais invitent à renforcer la surveillance du pied chez les personnes les plus vulnérables.

-> Contact : dured.dardari@chsf.fr

Dans une étude portant sur la diffusion des Serratia spp. productrices de carbapénèmases en France, les scientifiques du Centre National de Référence de la résistance aux antibiotiques et de l’équipe RESIST de l’UMR-S 1184 (INSERM/UPSaclay/CEA et CHU de Bicêtre, AP-HP, Le Kremlin-Bicêtre) ont analysé 193 isolats collectés entre 2016 et 2024.

Le séquençage du génome complet a permis de préciser l’épidémiologie de ces bactéries, leurs mécanismes de résistance et leur diversité clonale. De façon inattendue, S. sarumanii (54%) et S. nevei (41%) représentaient la quasi-totalité des isolats, tandis qu’aucun S. marcescens n’a été identifié. Les carbapénèmases de type OXA-48-like étaient majoritaires (56%), suivies des enzymes NDM (25%), IMP (8%) et VIM (7%). Malgré une importante diversité génétique, plusieurs clones à haut risque ont été identifiés, notamment les ST-601, ST-298, ST-477, ST-600 et ST-474.

L’étude, publiée dans Emerging Microbes & Infections, a également évalué l’activité des antibiotiques de dernier recours. Parmi les molécules testées, les associations aztréonam-avibactam et céfépime-taniborbactam présentaient les meilleures activités. Enfin, les mécanismes à l’origine de la résistance intrinsèque des Serratia spp. à la colistine ont été explorés. Les résultats suggèrent un rôle majeur de la perméabilité membranaire plutôt que de modifications du lipide A, cible de la colistine.

-> Contact : ines.rezzoug@aphp.fr / laurent.dortet@aphp.fr

La dystrophie musculaire facio-scapulo-humérale (FSHD) est une maladie génétique caractérisée par une perte progressive de la force et de la masse musculaires. Au cœur de cette maladie se trouve l'activation anormale du gène DUX4, habituellement silencieux dans les muscles adultes. Les effets toxiques de DUX4 sur les cellules musculaires sont bien connus. En revanche, son influence sur les nombreuses cellules qui composent l'environnement du muscle restait beaucoup moins comprise.

Dans une étude publiée dans Cell Communication and Signaling, Olesya Serbina (Institut Koltzov du Biologie de Développment, Moscou, Russie), Anna Schwager (UMR3244 CNRS/Institut Curie), Yegor Vassetzky (UMR 9018 METSY CNRS/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) et leurs collègues et ont étudié l'effet de DUX4 sur des cellules stromales mésenchymateuses humaines. Ces cellules participent normalement à la réparation des tissus et peuvent contribuer à différents compartiments cellulaires présents dans le muscle.

Les chercheurs montrent que l'expression de DUX4 modifie profondément le devenir de ces cellules. Certaines acquièrent des caractéristiques associées au programme musculaire et forment des structures ressemblant à des myotubes. Toutefois, cette transformation reste très incomplète : leur capacité de fusion et l'expression des marqueurs musculaires demeurent nettement inférieures à celles de véritables cellules musculaires. Les auteurs soulignent ainsi qu'il ne s'agit pas d'une conversion complète en cellules musculaires fonctionnelles.

Parallèlement, DUX4 réduit fortement la capacité de ces cellules à se différencier en cellules adipeuses ou osseuses. Mais le résultat le plus marquant concerne l'activation de programmes liés à la matrice extracellulaire et à la fibrose. L'analyse du transcriptome révèle notamment une augmentation de voies impliquées dans l'organisation de la matrice, le collagène et le remodelage fibreux.

Cette étude élargit donc notre vision de la FSHD. DUX4 pourrait agir non seulement directement sur les cellules musculaires, mais également modifier l'environnement cellulaire qui les entoure, en favorisant un état mésenchymateux associé au remodelage et à la fibrose. Des études complémentaires seront menés pour déterminer le rôle fonctionnel de ces cellules dans la progression de la maladie in vivo.

-> Contact : yegor.vassetzky@cnrs.fr