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FOCUS PLATEFORME : Séquençage en cellule unique, séquençage direct par nanopore, détection de modifications… Des technologies variées au service des ARNs à l’I2BC

FOCUS PLATEFORME : Séquençage en cellule unique, séquençage direct par nanopore, détection de modifications… Des technologies variées au service des ARNs à l’I2BC | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Des technologies variées au service des ARNs à l’I2BC ! Qu’ils soient messagers, petits, d’expression variée entre cellules, modifiés, ou très structurés, les ARN offrent une vision précieuse du fonctionnement cellulaire et de l’expression des gènes. Mais accéder à toute leur diversité nécessite des technologies de pointe et une connaissance avancée de leurs spécificités. Ces technologies sont accessibles aux équipes de recherche du territoire Paris-Saclay et au-delà grâce à l’équipement et à l’expertise des ingénieurs de la plateforme de séquençage à haut débit de l’I2BC.

 

A l’inverse des méthodes classiques de séquençage d’ARN qui ne fournissent qu’une moyenne des profils transcriptomiques d’une population de cellules, le séquençage d’ARN en cellule unique a pour avantage de donner accès à la diversité des profils transcriptomiques entre cellules, ainsi qu’aux profils de coexpression au sein de chaque cellule. S’appuyant sur la technologie 10X Genomics, la plateforme de séquençage à haut débit de l’I2BC a ainsi collaboré avec l’équipe Levraud/Joly (NeuroPSI/TEFOR Paris Saclay) afin de déterminer les mécanismes de réparation à l’œuvre dans certaines cellules du cerveau (Banerjee et al., 2022), ou avec l’équipe Noordermeer (I2BC) pour étudier l’impact de l’organisation de la chromatine sur l’activité des gènes (Moniot-Perron et al., 2023).

 

Autre technologie disponible, le séquençage Nanopore a pris une importance de premier plan en biologie. Cette technologie de séquençage en lecture longue permet d’obtenir des lectures directes de fragments d’ADN ou de molécules d’ARN (van Dijk et al., 2023). Pour ces dernières, elle permet ainsi l’identification des isoformes d’ARN messagers (épissage alternatif) ainsi que la détection directe des bases modifiées. Cette technologie est applicable par exemple à la détection des modifications présentes sur les anti-codons des ARNt. La plateforme est une des seules en France proposant un service de détection directe des modifications d’ARN avec la technologie Oxford Nanopore.

 

Enfin, la plateforme de séquençage à haut débit a une expertise forte en séquençage des petits ARN (lecture courte). Les technologies de séquençage de nouvelle génération ont révolutionné l’étude des petits ARN (small RNA : sRNA). Cependant, les méthodes classiques de préparation de banques à partir de sRNA introduisent de nombreux biais, principalement lors des étapes de ligation de l’adaptateur. Plusieurs types de sRNA contiennent ainsi un 2'-O-méthyle (2'-OMe) au niveau de leur terminaison 3', inhibant la ligation de l’adaptateur et rendant la préparation de la banque particulièrement difficile. Dans ce contexte, la plateforme a comparé les protocoles existants et développé un protocole original réduisant les biais (van Dijk et al., 2021).

 

A noter dans vos agendas : en juin 2024 aura lieu à l’I2BC une formation spécifiquement dédiée à la préparation des banques NGS (Illumina) à partir des petits ARNs. N’hésitez pas à vous y inscrire : https://cnrsformation.cnrs.fr/preparer-des-banques-ngs-a-partir-des-petits-arn-pour-la-technologie-illumina (Attention : il vous faut copier ce lien dans votre navigateur favori … il ne fonctionne pas en cliquant directement dessus !).

 

Contacts : I2BC-sequencage@i2bc.paris-saclay.fr

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI

 

I2BC / Plateforme de séquençage à haut débit. La plateforme de séquençage à haut débit de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, campus CNRS de Gif-sur-Yvette) collabore étroitement avec un grand nombre d’équipes de recherche du territoire Paris-Saclay et au-delà. Accessible à tous les utilisateurs académiques et industriels, son accompagnement couvre non seulement la mise en place de protocoles et technologies avancées en collaboration avec les équipes, mais aussi la réalisation de prestations de services de séquençage. Son expertise porte sur une grande variété de domaines en transcriptomique ou génomique avec les technologies Oxford Nanopore (lectures longues), Illumina (lectures courtes), ou 10X Genomics (cellule unique). Ses services, outre le conseil et l’accompagnement, couvrent toutes les étapes d’un projet de séquençage, de la préparation de librairies au séquençage mais aussi à l’analyse bioinformatique des données. Enfin, elle est membre de l’infrastructure nationale France Génomique, certifiée ISO:9001/NFX:50-900, labellisée IBiSA, et participe au Réseau des plateformes de génomique de Paris-Saclay (GENOPS).

 

A propos de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC - UMR 9198). L’I2BC est une Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay), constituée de 61 équipes de recherches et 16 plateformes technologiques réparties en 6 pôles. Principalement localisé sur le campus CNRS de Gif-sur-Yvette, l’institut est spécialisé dans les approches transverses en biologie cellulaire et moléculaire.

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June 22, 6:31 PM
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FOCUS PLATEFORME : Les grandes évolutions de la cryo-microscopie électronique, avec Biostruct@UPSAY et le GIS IBiSA

FOCUS PLATEFORME : Les grandes évolutions de la cryo-microscopie électronique, avec Biostruct@UPSAY et le GIS IBiSA | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les grandes évolutions de la cryo-microscopie électronique. En l’espace d’une décennie, cette méthode d’observation ultraprécise n’a eu de cesse d’être perfectionnée. Co-responsable de la plateforme Biostruct@UPSAY, Stéphane Bressanelli explique le bénéfice de ces améliorations dans le domaine de la biologie structurale. Lire l’article.

 

IBiSA est dans le Microscopoly ! A l’occasion de ses 20 ans, le réseau technologique de microscopie photonique de fluorescence multidimensionnelle (RTmfm) lance la version microscopie du Monopoly ! IBiSA se trouve sur le plateau, aux côtés de nombreuses plateformes labellisées.

 

L’empreinte carbone, c’est aussi une affaire de plateformes. Les plateformes sont-elles obligées de réaliser un bilan carbone ? Que faut-il prendre en compte ? Tête-à-tête avec Floriant Bellvert, ingénieur sur la plateforme MetaToul et intervenant sur les ateliers de formation IBiSA axés empreinte environnementale de la recherche. Lire l'article.

 

Quels outils pour la gestion de projets sur les plateformes ? La gestion de projets est facilitée par une multitude de logiciels. Comment choisir et adapter les outils aux plateformes ? Exemples de solutions originales présentées par des ingénieurs de plateformes au cours des ateliers de formation IBiSA. Lire l'article.

 

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A propos d’IBISA. Le GIS IBiSA coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux infrastructures de biologie, santé et agronomie. Placé sous la tutelle de 8 partenaires, il est l’unique instrument de financement commun à l’ensemble des établissements de recherche en sciences du vivant. Grâce à deux appels d’offres dédiés, les plateformes et centres de ressources biologiques (CRB) peuvent candidater à la labellisation IBiSA et accéder à des financements conséquents pour des investissements jugés nécessaires à leurs missions. Le GIS conditionne son soutien à une ouverture large à la communauté scientifique. Il encourage également la création de structures de pilotage, concertation et coopération, l'animation de réseaux thématiques et les démarches qualité.

 

Vous souhaitez découvrir le potentiel de Paris-Saclay en termes de plateformes ? L’interface Plug In Labs Université Paris-Saclay recense et rend visible plus de 200 plateformes dans le domaine des sciences de la vie - des plateaux techniques, des plateformes technologiques, des infrastructures d’expérimentation, mais aussi des collections - en d’autres termes, des espaces de laboratoires dotés d’équipements, souvent uniques, ou de banques de ressources, associés à un fort potentiel humain, les opérant et les maintenant au meilleur niveau technologique.

 

A propos de Plug In Labs Université Paris-Saclay. Plug In Labs Université Paris-Saclay ou PILUPS pour les intimes, est le portail numérique unique retenu par l’Université Paris-Saclay pour la mise en valeur et promotions des compétences, expertises et technologies des laboratoires et plateformes technologiques de son territoire. Piloté par l’Université Paris-Saclay et la SATT Paris-Saclay, financé par l’IDEX et le Fonds national de valorisation, PILUPS est accessible à tous depuis 2017, partenaires académiques comme entreprises, en particulier les PME. Un seul site web : https://www.pluginlabs-universiteparissaclay.fr. Et une seule adresse mail : pluginlabs@universite-paris-saclay.fr.

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Prix de la recherche médicale 2025 de la Fondation de France /Jean Valade

Prix de la recherche médicale 2025 de la Fondation de France /Jean Valade | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Contexte

Cette année la fondation de France et la fondation Jean Valade s’unissent pour distinguer deux acteurs exceptionnels de la recherche médicale française dont les travaux ont fait progresser la découverte médicale. Un prix jeune chercheur et un prix senior seront décernés pour un montant total de 150 000 euros. Ces deux Prix de la recherche médicale de la Fondation de France/Jean Valade visent à récompenser l’avancée de recherches originales et innovantes qui ont débouché ou déboucheront à terme sur des applications chez l’Homme.

 

Date limite de dépôt de dossiers : 21 août 2024 avant 17h

 

Public concerné

Les prix seront remis à des chercheurs (DR, PU ou PU-PH) titulaires, rattachés à une équipe, exerçant dans un laboratoire de recherche à but non lucratif. Deux prix seront attribués : un prix de 100 000 euros décerné à un chercheur sénior (45 ans et plus) et un prix de 50 000 euros pour un jeune chercheur (âgé de moins de 45 ans).

 

Critères d'éligibilité

Pour chaque prix, les candidatures devront suivre les critères ci-dessous :

  • travaux de recherche dans les thématiques suivantes :
    • cancérologie ;
    • cardiologie ;
    • liens entre santé humaine et environnement ;
    • maladies neurodégénératives ;
    • autisme et neuro-développement ;
    • maladies psychiatriques ;
    • douleur ou fin de vie ;
  • travaux ayant débouché sur des résultats originaux, (recherche fondamentale, clinique ou sciences humaines et sociales) ;
  • application possible à l’Homme : clinique, épidémiologique ou amélioration des pratiques.

Ce dernier critère sera décisif dans l’évaluation des candidatures.

 

Si un chercheur soumet sa candidature 3 années consécutives, il devra ensuite respecter un délai de carence d’un an avant de pouvoir candidater de nouveau.

 

Modalité d'utilisation du prix

Pour chaque prix, le lauréat pourra utiliser jusqu’à 15% du montant à titre personnel à minima et 85% du montant seront consacrés à la poursuite des travaux de recherche de son équipe.

 

Comment répondre ? 

Attention, les candidatures s’effectuent désormais exclusivement en ligne, avant le 21 aout 2024, 17h.

Les décisions seront communiquées fin décembre 2024, uniquement par voie postale ou électronique.

 

Dans le cadre de valorisations de la Fondation de France, les lauréats seront invités à présenter leurs travaux.

 

→ L'appel à projets

Lauréats 2024

 

Pour toute demande d’information

Fondation de France
Prix de la recherche médicale de la Fondation de France/Jean Valade
40 avenue Hoche - 75008 Paris
Tél. : 01 85 53 13 66
Email : projets@fdf.org

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Innovative Health Initiative

Innovative Health Initiative | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La Cellule Europe de l’Inserm a le plaisir de vous inviter à participer à ce wébinaire qui portera sur la présentation des 4 appels à projets européens ci-dessous financés dans le cadre du partenariat européen public-privé Innovative Health Initiative (IHI) du programme-cadre Horizon Europe : 

  • A city-based approach to reducing cardiovascular mortality in Europe
  • Novel endpoints for osteoarthritis (OA) by applying big data analytics
  • Modelling regulatory sandbox mechanisms and enabling their deployment to support breakthrough innovation
  • Patient-centred clinical-study endpoints derived using digital health technologies

La présentation sera effectuée par Magali Poinot, Advisor to the Executive Director & Team Leader of the Governance Cell et Nathalie Seigneuret, Principal Scientific Manager du partenariat IHI.

Inscription

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Une méthode pour quantifier la fluidité membranaire des bactéries

Une méthode pour quantifier la fluidité membranaire des bactéries | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La fluidité membranaire est un élément critique du phénotype bactérien : c’est le paramètre qui gouverne la vitesse de diffusion des protéines membranaires. La fluidité d’une membrane est modulée par les paramètres physiques de son environnement, en premier lieu par la température : lorsque la température baisse, la fluidité d’une membrane baisse aussi. En réponse à de telles stimulations, il est connu que les bactéries changent la composition de leur membrane.

 

Pour quantifier les changements de fluidité induits par ces changements de composition, les chercheurs de l’équipe ProCeD de l’Institut MICALIS (Inrae/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas), en collaboration avec une équipe du Science For Life Laboratory à Stockholm, ont développé une nouvelle méthode, publiée dans Biophysical Journal.

 

Le principe de cette technique est simple : il consiste à injecter un traceur fluorescent dans la membrane d’une cellule bactérienne pour mesurer sa vitesse de diffusion. Plus la vitesse du traceur est rapide, plus la fluidité est élevée. Grâce à cette technique, les chercheurs ont pu mesurer les changements relatifs de fluidité de B. subtilis en réponse à un changement de température. Leurs expériences ont montré que si la membrane de B. subtilis adapte sa fluidité en réponse à un changement de température, cette adaptation est incomplète et la fluidité membranaire est plus faible à 20°C qu’à 37°C.

 

Cette technique, purement biophysique, est facile à adapter d’une bactérie à une autre. Pour le montrer, les chercheurs ont également étudié la réponse au froid du pathogène Staphylococcus aureus, bien moins connue que celle de B. subtilis.

 

Contact: aurelien.barbotin@inrae.fr

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Today, 10:05 AM
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Activité antivirale d’anticorps à domaine unique (domaine VHH) intracellulaires ciblant l’ARN-polymérase des virus influenza

Activité antivirale d’anticorps à domaine unique (domaine VHH) intracellulaires ciblant l’ARN-polymérase des virus influenza | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans PLoS Pathogens, des scientifiques de l’UMR 0892 Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM) (INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas), en collaboration avec des collègues de l’IBS (Grenoble) et du LISM (Marseille), ont sélectionné des anticorps à domaine unique (ou VHH) ciblant l’ARN-polymérase (FluPol) d’un virus influenza H3N2. Exprimés pour un ciblage en intracellulaire, certains d’entre eux s’avèrent inhiber l’activité de plusieurs FluPols de virus du type A, mais pas du type B. Le VHH le plus actif se fixe sur FluPol avec une affinité inférieure au nanomolaire. Son expression ectopique dans des cellules sensibles au virus bloque la multiplication de différents virus influenza de type A. Ce VHH bloque partiellement le transport du dimère PA-PB1 au noyau.

 

En sélectionnant des mutants du virus sur leur capacité à se multiplier après passages successifs en cellules exprimant ce VHH, son site de fixation a pu être établi par séquençage de leurs génomes. Son épitope est localisé sur une interface formée par des acides aminés de PA et les deux résidus N-terminaux de PB1, chevauchant ou à proximité immédiate des sites d’interaction à deux protéines cellulaires (ANP32A et la sous-unité RPB1 de l’ARN-polymérase II) essentielles au virus pour assurer sa réplication et la transcription virale.

 

Ces résultats suggèrent que le site d’interaction identifié pour ce VHH représente un nouveau site de vulnérabilité de FluPol et comme tel, une potentielle nouvelle cible pour développer des antiviraux.

 

Contact: bernard.delmas@inrae.fr

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Today, 9:43 AM
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L’imagerie TEP pour l’évaluation des effets centraux d’une thérapie innovante pour l’aide au sevrage tabagique

L’imagerie TEP pour l’évaluation des effets centraux d’une thérapie innovante pour l’aide au sevrage tabagique | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les traitements disponibles pour l’aide au sevrage tabagique ont une efficacité limitée. Le développement de nouvelles stratégies est limité par la difficulté de reproduire les effets centraux du sevrage tabagique dans des modèles précliniques. Les modèles actuels se focalisent sur les effets additifs de la nicotine, négligeant ainsi l'importance possible d'autres constituants de la fumée de tabac.

 

Le NFL-101 est un extrait standardisé et dénicotinisée de feuilles de tabac, utilisé initialement comme traitement de désensibilisation allergique. Le NFL-101 est en cours de développement (en Phase II) comme aide au sevrage tabagique sur la base de l'observation empirique de l’arrêt du tabac chez les personnes désensibilisées.

 

Dans une étude publiée dans ACS Chemical Neuroscience, les chercheurs de BioMaps (CEA/CNRS UMR9011/Inserm UMR1281/UPSaclay, Orsay), en collaboration avec des immunologistes de l’Université Paris-Cité, ont utilisé la tomographie par émission de positons (TEP) au [18F]2-fluoro-2-désoxy-D-glucose ([18F]FDG) dans un modèle murin de sevrage après une exposition chronique et contrôlée à la fumée de tabac.

 

Les résultats montrent une perte localisée de l’activité métabolique dans le thalamus lors du sevrage tabagique. Cette région est particulièrement riche en récepteurs nicotiniques et son rôle dans l’addiction tabagique est bien connue. L’injection de NFL-101 induit une réponse immunitaire humorale spécifique (IgG) en périphérie. Au niveau central, le NFL-101 permet une normalisation du métabolisme glucidique dans le thalamus.

 

L’association du modèle d’exposition à la fumée de tabac à l’imagerie TEP au [18F]FDG offre une plateforme d’évaluation de thérapies innovantes pour l’aide au sevrage tabagique, avec des perspectives cliniques chez les fumeurs.

 

Contact : sebastien.goutal@universite-paris-saclay.fr

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Today, 9:13 AM
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Les avancées méthodologiques récentes dans la quantification de la réplication des chromosomes eucaryotes

Les avancées méthodologiques récentes dans la quantification de la réplication des chromosomes eucaryotes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une revue publiée dans Communications Biology, l'équipe de recherche ATIP-Avenir “La réplication de l'(épi)génome” de l'UMR9019 « Intégrité du Génome et Cancers » (CNRS/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) à Gustave Roussy discute des avancées méthodologiques pour étudier la réplication des chromosomes eucaryotes. 

 

Lors des divisions cellulaires, les cellules eucaryotes doivent répliquer leurs chromosomes pour assurer la transmission précise de l'information génétique. La réplication des chromosomes implique plus que la simple duplication de l'ADN ; elle inclut également l'assemblage de la chromatine, l'héritage des marques épigénétiques et la reprise fidèle de toutes les fonctions génomiques après la réplication.

 

Cette revue met en lumière les méthodes novatrices permettant de découvrir les principes et les mécanismes de la réplication des chromosomes. Ces avancées technologiques permettent d'éclairer la régulation des programmes de réplication du génome, de quantifier l'impact de la réplication de l'ADN sur les mutations génomiques et les processus évolutifs, ainsi que d'élucider les mécanismes d'assemblage de la chromatine et le maintien de l'(épi)génome pendant la réplication.

 

Contact : nataliya.petryk@gustaveroussy.fr

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June 24, 12:22 PM
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Stress, fatigue, récupération : comment enchaîner les courses aux JO 2024 ?

Stress, fatigue, récupération : comment enchaîner les courses aux JO 2024 ? | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Lire l’article dans The Conversation par François Chiron, Doctorant en Sciences du sport et du mouvement humain , Université Paris-Saclay, au Laboratoire de biologie de l’exercice pour la performance et la santé (LBEPS) (UPSacay/UEVE/IRBA, Evry).

 

Contact : francois.chiron@athle.fr

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June 18, 8:52 AM
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Sopa : un pipeline général d’analyse de données de "spatial-omics"

Sopa : un pipeline général d’analyse de données de "spatial-omics" | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans Nature Communications, les chercheurs du laboratoire Mathématiques et Informatique pour la Complexité et les Systèmes - MICS (CentraleSupélec/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) ont développé un outil d’analyse pour les données de spatial-omics. Ce type de donnée consiste à mesurer l’expression d’ARN ou de protéines des cellules d’une tumeur ainsi que leur localisation dans la tumeur. Ceci permet d’étudier la structure, l’évolution, et l’organisation d’une tumeur, permettant ainsi de mieux comprendre certains mécanismes biologiques complexes. Les données de spatial-omics sont donc novatrices et extrêmement prometteuses, mais leur complexité impose l’utilisation de nouveau outils sophistiqués.

 

C’est en ce sens que l’outil développé au sein du laboratoire MICS, Sopa, a été développé. Afin de faciliter l’accès à ces données au plus grand nombre, Sopa est conçu pour être compatible avec toutes les machines de spatial-omics basées sur des images, alors que la plupart des outils étaient auparavant limités à une ou plusieurs machines. En outre, Sopa utilise très peu de mémoire vive, ce qui est crucial pour l’analyse de données pouvant atteindre 1 To par patient. Pour maximiser son impact, l’outil offre également une visualisation interactive des données et une intégration avec d’autres outils de la communauté. Cela facilite l’accès aux données et leur utilisation par un large public.

 

Contact : quentin.blampey@centralesupelec.fr ou paul-henry.cournede@centralesupelec.fr

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June 18, 9:46 AM
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Étude de la qualité de l’alimentation de la mère pendant la grossesse en lien avec la multimorbidité allergique et respiratoire des enfants

Étude de la qualité de l’alimentation de la mère pendant la grossesse en lien avec la multimorbidité allergique et respiratoire des enfants | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans Scientific Reports, des chercheurs de l’équipe d’Epidémiologie Respiratoire Intégrative du Centre de recherche en Epidémiologie et Santé des Populations – CESP (UMR-S 1018 Inserm/UVSQ/UPSaclay, Villejuif) ont étudié la qualité de l’alimentation de la mère pendant la grossesse en lien avec les maladies allergiques et respiratoires de 9679 enfants suivis jusqu’à 5,5 ans dans la cohorte de naissance Elfe.

 

Les maladies allergiques et respiratoires (asthme, eczéma, allergie alimentaire, rhinite allergique…) sont fréquentes chez les enfants, mais également concomitantes. Ces maladies ont ainsi été étudiées sous forme de profils de multimorbidité allergique et respiratoire, construits avec des approches de clustering (analyse en classes latentes) à partir des symptômes des enfants jusqu’à 5,5 ans. Cinq profils d’enfants ont été identifiés : « asymptomatiques », « sifflements précoces sans asthme », « asthme seul », « allergies sans asthme », et « multi-allergique ».

 

La qualité de l’alimentation maternelle a été évaluée à l’aide de deux scores alimentaires (un mesurant l’adhérence aux recommandations du programme national nutrition santé - PNNS, l’autre l’adéquation de l’apport en nutriments), et 11 groupes d’aliments.

 

Les analyses ont montré que la qualité de l’alimentation de la mère pendant la grossesse était peu associée aux profils de multimorbidité allergique et respiratoire des enfants. Une consommation de légumineuses d’au moins 2 fois par mois pendant la grossesse était associée à un moindre risque de sifflements précoces sans asthme, et une consommation modérée de poisson (2 fois par semaine) à un moindre risque d’allergies sans asthme chez les enfants.

 

Contact : rosalie.delvert@inserm.fr

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June 18, 11:25 AM
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Les vésicules extracellulaires : des transporteurs indispensables dans la pathogénicité de Campylobacter jejuni ?

Les vésicules extracellulaires : des transporteurs indispensables dans la pathogénicité de Campylobacter jejuni ? | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Campylobacter, une bactérie à Gram négatif microaérophile, mobile et spiralée, est la 1ère cause de gastro-entérite bactérienne d'origine alimentaire dans le monde (majoritairement C. jejuni et C. coli). Même si la majorité des infections à C. jejuni n’entrainent pas de complications, cet agent pathogène est le principal agent infectieux identifié dans le syndrome de Guillain-Barré. A l’heure actuelle, le processus infectieux de C. jejuni est encore peu connu et de récentes études pointent le rôle des vésicules extracellulaires dans ce processus pathogène.

 

Dans une revue publiée dans Microbes & Infection, des chercheurs de l’Équipe MicrobAdapt de l’Institut MICALIS (Inrae/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) reviennent sur l’importance de vésicules extracellulaires dans la pathogénicité de C. jejuni. Les études retenues par cette revue systématique révèlent que les vésicules extracellulaires sécrétées par C. jejuni renferment de nombreux facteurs de virulence impliqués dans diverses étapes du processus pathogène. En effet, des analyses protéomiques ont permis d’identifier dans le cargo des vésicules des protéases, des protéines flagellaires, des protéines de résistance aux antibiotiques (pompes à efflux), mais également les toxines Cdt responsables de la mort des cellules épithéliales intestinales (par dommages à l’ADN).

 

Ces données suggèrent que les vésicules extracellulaires jouent un rôle majeur dans l’infection à C. jejuni en permettant la sécrétion rapide, ciblée et spécifique de facteurs de virulence dans l’environnement de la cellule hôte. Les chercheurs soulignent l'importance de poursuivre les recherches dans ce domaine pour mieux comprendre les mécanismes impliqués.

 

Contact : jeanne.villemagne@gmail.com ou jasmina.vidic@inrae.fr

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June 18, 11:44 AM
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A propos de l’utilisation de la fluorescence intrinsèque de l’ADN pour la détection de son endommagement

A propos de l’utilisation de la fluorescence intrinsèque de l’ADN pour la détection de son endommagement | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’utilisation des sondes fluorescentes est un moyen très répandu pour détecter l’endommagement de l’ADN. Il a été également proposé d’utiliser la fluorescence intrinsèque des composés formés par photo-dimérisation des nucléobases afin d’évaluer l’efficacité de lampes spermicides. Dans une revue/perspective parue dans ACS Omega, Dimitra Markovitsi, de l’Institut de Chimie Physique - ICP (CNRS/UPSaclay, Orsay), explique que cela n’est pas aussi simple au vu des études fondamentales sur les processus photo-induits dans l’ADN.

 

Il est aujourd’hui bien établi que, en plus des photo-dimères formés dans un état électroniquement excité, le rayonnement UV absorbé par l’ADN provoque aussi sa photoïonisation avec des rendements quantiques qui varient avec la longueur d’onde d’irradiation, mais qui restent toujours supérieurs à ceux des réactions de photo-dimérisation. Parmi les nombreuses lésions finales, certaines sont bien caractérisées alors que d’autres restent inconnues, certaines sont fluorescentes alors que d’autres passent inaperçues si l’on enregistre la fluorescence ; le résultat dépend fortement aussi bien de la longueur d’onde d’irradiation que de celle de l’excitation. En revanche, l’émission de nucléobases non endommagées, qui apparaît à des longueurs plus courtes que 330 nm, mérite d’être explorée dans ce but. Malgré son faible rendement quantique, on arrive aujourd’hui à la mesurer aisément. Son intensité diminue à cause de disparition de nucléobases qui réagissent.

 

Ainsi donc la fluorescence intrinsèque de l’ADN pourrait fournir des informations précieuses, non seulement pour des dommages induits par le rayonnement UV, mais aussi par d’autres agents thérapeutiques ou sanitaires.

 

Contact : dimitra.markovitsi@universite-paris-saclay.fr

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June 19, 4:52 AM
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Un pas de plus pour une chimie plus durable : des méthodes bioinformatiques innovantes pour la recherche de biocatalyseurs au sein de la biodiversité

Un pas de plus pour une chimie plus durable : des méthodes bioinformatiques innovantes pour la recherche de biocatalyseurs au sein de la biodiversité | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans Nature Communications, des scientifiques du laboratoire UMR 8030 Génomique Métabolique (Genoscope, CEA/CNRS/UEVE/UPSaclay, Évry) présentent leurs résultats qui s’inscrivent dans la thématique de la chimie durable. En effet, pour participer à la mutation de notre industrie vers une chimie plus respectueuse de l’environnement, une grande diversité d'enzymes est nécessaire pour déployer la biocatalyse (= chimie catalysée par des enzymes) à un grand nombre de transformations chimiques.

 

Les auteurs décrivent ici une démarche intégrée, combinant des expertises en bioinformatique, chemoinformatique et chimie biocatalysée, qui a permis d'obtenir, au sein de la biodiversité, une vue d'ensemble d'une famille d'enzymes appelées amines déshydrogénases (AmDHs). Ces enzymes catalysent l'amination réductrice de cétones pour former des amines (optiquement pures si chirales), une fonction clé retrouvée dans un grand nombre de composés, dont des actifs pharmaceutiques. Pour ce faire, des milliards de séquences protéiques, rapatriées de banques de données issues de grandes campagnes de génomique environnementale, ont été criblées afin d'identifier un large panel de séquences codant des enzymes AmDHs. Après une classification basée sur des analyses structurales et phylogénétiques, des enzymes d’intérêts ont ensuite été sélectionnées et testées en laboratoire pour connaitre leurs activités et leur potentiel d’applications en chimie.

 

Ce travail a été financé par l’ANR au sein des projets MODAMDH (ANR-19-CE07-0007) et ALADIN (ANR-21-ESRE-0021).

 

Voir aussi la vidéo réalisée par le CEA

 

Contact : carine.vergne@genoscope.cns.fr ou vallenet@genoscope.cns.fr

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HDH - Appel à manifestation d’intérêt sur le Partage de données industrielles

HDH - Appel à manifestation d’intérêt sur le Partage de données industrielles | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Contexte de l’appel à projets

 

Depuis sa création le HDH s’est fortement mobilisé auprès des acteurs en charge de bases de données pour leur constitution, leur enrichissement ou leur partage. Les acteurs privés sont présents aux côtés du HDH depuis son lancement, que ce soit dans sa gouvernance, ou au sein des projets qu’il accompagne, c’est pourquoi le HDH s’est engagé dans une réflexion plus structurante pour développer des actions à leur destination s’agissant du partage des données dont ils sont dépositaires.

 

Pour contribuer à le dynamiser, le présent appel à manifestation d’intérêt vise à, en collaboration avec les partenaires du HDH - Roche et Medipath, multiplier des opportunités d’exploration et de réutilisation de données collectées par des acteurs industriels.

 

Cette initiative permet également de réfléchir aux conditions de partage des données d’origine privée dans le contexte européen de l'adoption du règlement relatif à l'espace européen des données de santé (EHDS) et des travaux de préfiguration en cours, notamment ceux menés par un consortium d'acteurs européens emmené par le HDH.

 

Les porteurs de projets pourront - dans les conditions décrites ci-après - soumettre un projet de recherche ou d’innovation en santé utilisant une des sources de données proposées volontairement par un des partenaires industriels, croisée ou non avec la base principale du SNDS. Le périmètre de bases de données partagées est susceptible de s’étendre dans les prochaines semaines ou mois.

 

Les porteurs de projet sélectionnés par un jury bénéficieront d’un financement de près de 100 000 euros et d’un accompagnement technique et humain.

 

Thèmes retenus

 

  • Base de données n°1 proposée par Roche : 
    • Description : Base PRM (remboursement personnalisé) cancer du sein. 
    • Effectif : 25 000 patientes sein. 
    • Durée : de 2015 à 2020.
    • Caractéristiques : L’objectif principal de la base était de collecter des données en vie réelle relatives à l’usage et l’efficacité des médicaments utilisés dans le cancer du sein, afin de pouvoir faire des propositions concrètes aux autorités de santé d’un ou plusieurs modèles de prix innovants dans le cancer du sein.
    • Utilisation secondaire : Potentiel de recherche pour décrire au fil du temps les conditions d’utilisation des produits en vie réelle.
       
  • Base de données n°2 proposée par Roche : 
    • Description : Base PRM (remboursement personnalisé) cancer du poumon.
    • Effectif : 5000 patients poumon. 
    • Durée : de 2015 à 2020.
    • Caractéristiques : L’objectif principal de la base était de collecter des données en vie réelle relatives à l’usage et l’efficacité des médicaments utilisés dans le cancer du poumon, afin de pouvoir faire des propositions concrètes aux autorités de santé d’un ou plusieurs modèles de prix innovants dans le cancer du poumon.
    • Utilisation secondaire : Potentiel de recherche pour décrire au fil du temps les conditions d’utilisation des produits en vie réelle.
       
  • Base de données n°3 proposée par MEDIPATH : 
    • Description : Cancer du poumon à non petites cellules et données de biologie moléculaire associées.
    • Effectif : 500 patients.
    • Durée : 2016 à 2023.
    • Caractéristiques : Population ciblée ayant développé un cancer pulmonaire (cancer non à petites cellules), les prélèvements ont été réalisés sur le territoire français, la base de données comprend les résultats de tests d'immuno histochimie et des résultats de biologie moléculaire.
    • Utilisation secondaire : Potentiel de recherche pour analyser les comportements, prédire la fréquence d’apparition d’une mutation, déployer de nouvelles stratégies thérapeutiques, développer la médecine de précision ou effectuer un contrôle de surveillance de l’apparition de certaines nouvelles mutations. 

 

Calendrier des étapes de sélection

  • Ouverture de l’appel à manifestation d’intérêt : 19/06/2024
  • Clôture de l’appel à manifestation d’intérêt : 04/09/2024 à 15h00 (heure de Paris)

 

-> Plus d’information

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Appel à projets « Projets fondation ARC » 2024

Appel à projets « Projets fondation ARC » 2024 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les projets présentés dans le cadre de l’appel à projets « Projets fondation ARC » doivent permettre de soulever des questions nouvelles, d’explorer de nouvelles pistes de recherche, d’initier des ruptures technologiques, thématiques ou conceptuelles, d’obtenir une preuve de concept ou des résultats préliminaires.

 

Les projets peuvent être issus de tout laboratoire de recherche publique et relever de tous les domaines et disciplines participant à la lutte contre le cancer, depuis la recherche fondamentale et de transfert jusqu’à la recherche clinique, incluant l’épidémiologie et les sciences humaines et sociales. Pour mieux s’adapter aux évolutions du coût de la recherche la Fondation ARC a revalorisé en 2023 le soutien aux « Projets Fondation ARC » à 70k € pour 24 mois ou 35k € pour un an.

 

Une attention particulière sera portée aux projets permettant à de jeunes chercheurs de développer ou consolider une thématique innovante dans leur équipe d’accueil (PJA1 et PJA2).

 

  • Clôture : Mardi 10 septembre 2024 à 15h
  • Résultats : Mi-décembre 2024

 

Dépôt de candidature selon l’expérience du porteur de projet :

  • PJA1 : Jeune Chercheur : 1 à 10 ans après la thèse
  • PJA2 : Chercheur en consolidation : 11 à 20 ans après la thèse
  • PJA3 : Chercheur expérimenté : plus de 20 ans après la thèse

 

La subvention est exclusivement destinée à financer :

  • Des frais de fonctionnement (consommables, réactifs…), petits équipements (total maximum 30k €)
  • Des frais de mission (travaux d’acquisition sur le terrain et/ou participation à des colloques et des congrès) maximum 2000 € par an.

 

Les dossiers sont expertisés par les Commissions Nationales et par le Conseil Scientifique.

 

Pour déposer une demande de financement, créez un dossier sur appelsaprojets.fondation-arc.org.

 

Pour toute question, n'hésitez pas à nous contacter (subvention@fondation-arc.org ou 01 45 59 58 63 / 01 45 59 58 64)

 

Lauréats 2023

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Microbiote, sérotonine et comportement : Nouvelles données sur l’axe-intestin-cerveau chez les souris

Microbiote, sérotonine et comportement : Nouvelles données sur l’axe-intestin-cerveau chez les souris | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Il est maintenant bien établi que les micro-organismes de notre corps, appelés microbiote, jouent un rôle majeur dans notre physiologie et notre santé. En particulier, de nombreux travaux ont démontré ces dernières années l’existence d’un axe microbiote – intestin – cerveau, qui influence physiologie cérébrale et comportements. Mais il reste encore beaucoup à découvrir.

 

Dans une étude récente, publiée dans FASEB Journal, des chercheurs de l’Institut MICALIS (Inrae/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) ont utilisé des souris axéniques (i.e. dépourvues de microbiote) pour étudier l'impact de l'absence de microbiote sur divers traits comportementaux. Ils ont également exploré le métabolisme de la sérotonine, un neurotransmetteur jouant un rôle crucial dans de nombreuses fonctions cérébrales et comportements et impliqué dans de nombreux aspects de la fonction gastro-intestinale.

 

Dans cette étude, les chercheurs ont constaté que les souris axéniques étaient moins actives et plus anxieuses que des souris conventionnelles (i.e. arborant leur microbiote naturel), tandis que le comportement social, la mémoire et les comportements répétitifs n’étaient pas significativement altérés. L’expression de gènes impliqués dans le système sérotoninergique était différente entre les souris axéniques et conventionnelles, au niveau intestinal mais pas au niveau cérébral. Ces différences étaient parfois spécifiques à la région de l'intestin étudiée, suggérant que la régulation du système sérotoninergique intestinal par le microbiote varie le long du tube digestif.

 

Cette étude est la première à s’intéresser en parallèle aux systèmes sérotoninergiques intestinaux et cérébraux et au comportement chez des animaux axéniques. A l’avenir il serait intéressant de caractériser plus directement le lien entre ces modulations intestinales et comportementales. 

 

Contact : sylvie.rabot@inrae.fr ou laurent.naudon@inrae.fr

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Interaction et impact des bactéries probiotiques et commensales sur le métabolisme des vitamines, des minéraux et des acides gras à chaîne courte

Interaction et impact des bactéries probiotiques et commensales sur le métabolisme des vitamines, des minéraux et des acides gras à chaîne courte | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Il est de plus en plus évident que les bactéries probiotiques et commensales jouent un rôle crucial dans le métabolisme des substrats, l'absorption d'énergie et l'homéostasie intestinale. Elles exercent également des activités immunomodulatrices bénéfiques pour la santé humaine. Des recherches récentes suggèrent que ces micro-organismes interagissent avec les vitamines et les minéraux, favorisant le bien-être intestinal et métabolique tout en produisant des métabolites essentiels tels que les acides gras à chaîne courte (AGCC). Un champ de recherche en plein essor explore actuellement la dynamique complexe entre les vitamines, les minéraux, les acides gras à chaîne courte et les interactions entre les bactéries commensales et probiotiques.

 

Dans une revue publiée dans Microbial Cell Factories, les chercheurs de l’équipe Interactions des bactéries commensales et probiotiques avec l'hôte (Probihôte) au sein de l’Institut MICALIS (Inrae/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) résument certaines des principales hypothèses sur les mécanismes par lesquels les bactéries commensales et probiotiques influencent la santé intestinale, ainsi que leurs effets sur l'absorption et le métabolisme des vitamines, des minéraux et des AGCC. Cette analyse comprend un examen complet des données actuelles issues d'études précliniques et cliniques, avec un accent particulier sur l'interaction potentielle entre les bactéries commensales/probiotiques et les micronutriments. Enfin, les auteurs identifient les lacunes dans les connaissances actuelles et proposent des orientations pour la recherche future dans ce domaine qui évolue rapidement.

 

Légende Figure : Mécanismes proposés par lesquels les probiotiques améliorent les conditions intestinales afin de permettre une meilleure absorption des nutriments. Les probiotiques peuvent optimiser l'absorption des vitamines et des minéraux dans l'intestin par le biais d'un certain nombre de mécanismes différents, notamment : (1) l'abaissement du pH par la production accrue d'acide lactique intraluminal, (2) la modulation des niveaux d'hormones, (3) des modifications bénéfiques du microbiote intestinal et (4) l'inhibition de l'adhésion des bactéries pathogènes à la surface des cellules épithéliales intestinales, réduisant ainsi la concurrence pour les nutriments disponibles.

 

Contact : luis.bermudez@inrae.fr

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Today, 9:58 AM
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Vers une radiothérapie nouvelle génération qui préserverait d’avantage le système immunitaire

Vers une radiothérapie nouvelle génération qui préserverait d’avantage le système immunitaire | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une revue publiée dans Clinical Cancer Research, les chercheurs de l’unité « Radiothérapie Moléculaire et Innovations Thérapeutiques » (UMR-S 1030 INSERM/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) à Gustave Roussy décrivent les raisons pour lesquelles le domaine de la radiothérapie opère actuellement un début d’évolution d’une grande importance. En effet, plus de la moitié des patients traités par radiothérapie de nos jours développent une lymphopénie (chute du nombre de lymphocytes sous la limite normale minimale). La profondeur et la durée de cette lymphopénie dite « radio-induite » corrèlent très étroitement avec un pronostic altéré, quel que soit le type de cancer traité.

 

Dans leur revue, les auteurs décrivent l’effet de l’irradiation sur les lymphocytes et sur les autres cellules immunitaires. Ils proposent de prendre davantage en compte le passage des faisceaux ionisants dans les organes lymphoïdes (dont le thymus, les ganglions, etc.) et dans les gros vaisseaux sanguins lors de la planification d’un traitement par radiothérapie, ce qui correspondrait à une redéfinition des organes à risques utilisés par les onco-radiothérapeutes. Enfin, ils énumèrent quelques stratégies pharmacologiques qui pourraient, utilisées avec la radiothérapie, soutenir le compartiment lymphocytaire et ainsi préserver une immunité efficace en post-radiothérapie.

 

L’objectif ultime de cette radiothérapie nouvelle génération « d’épargne lymphocytaire » est de maintenir une immunosurveillance efficace pendant et après les séances de radiothérapie pour améliorer la qualité de vie et la survie des patients atteints de cancer.

 

Contact : daphne.morel@gustaveroussy.fr

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Today, 9:30 AM
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La classification et la quantification des architectures péjoratives du carcinome hépatocellulaire par approche deep learning sur lames numérisées

La classification et la quantification des architectures péjoratives du carcinome hépatocellulaire par approche deep learning sur lames numérisées | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans The American Journal of Pathology, les équipes du service d’Anatomie et Cytologie Pathologiques de l’Hôpital Bicêtre et du Centre de Vision Numérique de CentraleSupélec ont collaboré pour construire un algorithme diagnostique qui permet l'identification et la quantification des architectures péjoratives du carcinome hépatocellulaire, à savoir les architectures macrotrabéculaires et le pattern vessels encapsulating tumor clusters. La méthodologie de ce travail a reposé sur une approche supervisée, basée sur l'apprentissage profond d’un réseau de neurones ResNet34, à partir de 680 lames numérisées issues de 107 cas de carcinome hépatocellulaire.

 

Ce modèle a atteint une précision de 0,823 pour la lame entière. Pour confirmer ces performances, l’algorithme a été validé sur une cohorte externe de 29 cas de carcinome hépatocellulaire provenant de l’Hôpital Henri-Mondor, avec une précision de 0,787 pour la lame entière, ce qui confirme les capacités de généralisation de l’algorithme.

 

En outre, les plus grandes zones connexes d’architectures péjoratives, paramètres extraits du modèle, étaient positivement corrélées à la présence d'une invasion microvasculaire et au nombre d'emboles tumoraux de ces tumeurs. Ces résultats suggèrent que l'identification des architectures péjoratives pourrait être un substitut efficace de l'invasion microvasculaire et avoir une forte valeur prédictive pour le risque de récidive.

 

Cette étude est la première étape dans la construction d'un modèle composite de prédiction de la récidive.

 

Contact : astrid.laurent-bellue@aphp.fr

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Portrait Jeune Chercheur – Gilles Mary, Maître de conférence en génie des procédés

Portrait Jeune Chercheur – Gilles Mary, Maître de conférence en génie des procédés | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Gilles Mary est enseignant chercheur en génie des procédés. Basé à Orléans au sein de la Chaire de Cosmétologie d’AgroParisTech, ses activités d’enseignement et de recherche sont rattachées au département SPAB (Sciences et Procédés des Aliments et Bioproduits) et à l’UMR SayFood (Paris-Saclay Food and Bioproduct Engineering, INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Palaiseau) au sein de l’équipe GéPro (Génie des Produits).

 

Après un Master en physico-chimie des matériaux polymères à l’ESPCI Paris (école supérieure de physique et de chimie industrielles), Gilles fait sa thèse de doctorat en génie des procédés à AgroParisTech au sein de l’UMR GéNIAL, à Massy (équipe SP2 : structuration du produit par le procédé) en partenariat avec le groupe Reckitt, qui fabrique et distribue des produits d'hygiène et de soin. Sa thèse porte sur la modélisation de l’opération de foisonnement et l’effet du couple formulation-procédé sur la microstructure finale des mousses et leur propriété de texture.

 

Gilles applique ensuite cette expertise technique en R&D chez des grands acteurs de l’industrie cosmétique en travaillant sur les problématiques liées au développement des formules de poudres de maquillage et à la conduite de leur industrialisation. Il y aiguise ses compétences en management transversal de projet, y acquiert une riche expérience de terrain et le sens du triptyque coûts-qualité-délais.

 

En 2015, il rejoint la technopole d’Orléans, l’agence de développement économique de la métropole et œuvre pour la promotion de l’écosystème d’innovation local. Il accompagne la création des startups deeptech et coordonne l’ingénierie des projets structurants liés à la recherche et à l’enseignement supérieur. D’un naturel créatif et audacieux, il est à l’initiative du projet d’installation de la Chaire de Cosmétologie d’AgroParisTech, réunissant ainsi l’école, le secteur et le territoire qui ont jalonné son parcours.

 

Dans le cadre de son poste actuel, son expérience de la mise en œuvre des interfaces physico-chimiques et collaboratives inspire ses activités. Ses enseignements portent sur la gestion de production et le supply chain management dans l’industrie cosmétique. Son projet de recherche s’articule autour des questions liées à la construction par les procédés, des propriétés d’usage des produits. Il cible notamment les oleofoams (mousses de lipides) comme sujet d’intérêt, dont les mécanismes de structuration et de stabilisation sont peu documentés par rapport au mousses aqueuses et dont les applications industrielles sont prometteuses, en agroalimentaire pour des alternatives saines aux matières grasses saturées, et en cosmétique pour le développement de nouvelles galéniques water-free aux propriétés sensorielles innovantes.

 

« De la boue naît la fleur de lotus » - Bouddha

 

Contact: gilles.mary@agroparistech.fr

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June 24, 12:09 PM
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JO 2024 : Paris-Saclay au coeur de la lutte antidopage

JO 2024 : Paris-Saclay au coeur de la lutte antidopage | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le laboratoire antidopage Français installé à Orsay dans le territoire de Paris-Saclay va jouer un rôle clé dans la lutte contre le dopage durant les Jeux olympiques de Paris. Il a fait peau neuve pour l'occasion.

 

Seul labo en France à être agréé par l'Agence mondiale antidopage (AMA), le laboratoire antidopage d'Orsay, s'apprête à recevoir les milliers de prélèvements des sportifs recueillis par Paris 2024 pour les JO. Sa mission : fiabiliser les résultats des épreuves olympiques, en vérifiant l'absence de substances prohibées dans le sang et les urines des champions. « La lutte contre le dopage est un aspect vital de la réussite des JO. Nous avons tout mis en oeuvre pour être prêts dans les délais et réaliser l'équipement le plus performant », indique Dominique Laurent, présidente de l'Agence française de lutte contre le dopage jusqu'en juillet 2023. Cette dernière a géré notamment l'ensemble du processus d'installation du laboratoire dans ses nouveaux locaux d'Orsay.

 

Lire la suite de l’article dans Les Echos

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June 18, 9:36 AM
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Des peptides antimicrobiens façonnent la biogéographie du microbiote intestinal chez les insectes

Des peptides antimicrobiens façonnent la biogéographie du microbiote intestinal chez les insectes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le microbiote n'est généralement pas dispersé de manière homogène dans l'intestin de l'animal, mais structuré spatialement dans des micro-environnements. Le microbiote de l'intestin de la punaise des haricots Riptortus pedestris présente une séparation nette entre l'intestin moyen antérieur et postérieur, avec une communauté bactérienne multi-espèces dans la région antérieure et une population spécifique et mono-espèce de symbiotes du genre bactérien Caballeronia dans la région postérieure. Ce microbiote est bénéfique et stimule le développement, la reproduction et l'immunité de l'insecte.

 

Dans un travail collaboratif publié dans PNAS, des chercheurs de deux équipes de l'I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), de la plateforme de séquençage à haut débit de l’I2BC, de la plateforme de microscopie électronique à balayage de MICALIS et d'une équipe de l'AIST (Sapporo, Japon), ont découvert que cet insecte déploie dans l'intestin moyen un arsenal de plusieurs centaines de peptides antimicrobiens. Ces peptides ont une activité antimicrobienne contre diverses bactéries, mais les symbiotes de l'intestin moyen postérieur ont une résistance élevée, tandis que des mutants de ces symbiotes dans des gènes de résistance à ces peptides ont une capacité réduite à coloniser l'intestin moyen postérieur. Les peptides créent donc un environnement sélectif limitant le type de bactéries du microbiote de l'intestin moyen antérieur qui ont une chance de s'établir dans l'intestin moyen postérieur.

 

Cette découverte met en évidence un mécanisme qui contribue à la construction d'une niche exclusive pour les symbiotes intestinaux bénéfiques.

 

Contact : peter.mergaert@i2bc.paris-saclay.fr

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June 18, 10:00 AM
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Les variations temporelles de la communauté virale de la surface du fromage décryptée grâce à l’étude des métaviromes

Les variations temporelles de la communauté virale de la surface du fromage décryptée grâce à l’étude des métaviromes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le fromage est un écosystème microbien dynamique qui se construit par le développement successif de bactéries lactiques, de levures, de champignons filamenteux et de bactéries d’affinage. De récentes études ont également révélé qu’une communauté virale représente une part non négligeable du microbiome du fromage. Celle-ci est essentiellement composée de bactériophages, aussi appelés phages, qui sont des virus bactériens. Cependant, sa composition, ses variations temporelles ainsi que les associations phages-bactéries dans cet écosystème restent encore largement méconnues.

 

Grâce à l’utilisation combinée d’approches de métagénomique virale et de métagénétique, des scientifiques des unités de l’UMR SayFood (Paris-Saclay Food and Bioproduct Engineering, INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Palaiseau) et de l’Institut MICALIS (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) ont choisi d’étudier les variations temporelles des communautés virales et bactériennes d’un fromage français. Deux échelles de temps ont été abordées grâce à des prélèvements réalisés au cours d’un cycle d’affinage à différentes étapes de maturation, et de fromages prêts à consommer couvrant plusieurs années de production.

 

Les résultats, publiés dans mSystems, indiquent l’existence d’une transition dans la structure de la communauté virale durant l’affinage, avec une succession des phages de Lactococcus largement dominants en début d’affinage, et des phages de bactéries d’affinage telles que Brevibacterium, Glutamicibacter, Pseudoalteromonas, et Vibrio qui les remplacent progressivement. Bien que des variations aient également été observées dans les viromes de fromages provenant de différentes années de production, l’immense majorité des phages dominants semble persister à long terme dans l’environnement de production.

 

Une meilleure connaissance de l’écologie microbienne du fromage, notamment par la prise en compte de la dynamique des populations virales, permettra une meilleure maîtrise de leur production.

 

Contact : eric.dugat-bony@inrae.fr

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June 18, 11:36 AM
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Mapping global critical soil moisture threshold of plant water stress

Mapping global critical soil moisture threshold of plant water stress | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Using systematic satellite observations of land surface temperature and SM during soil dry-downs, a new study published in Nature Communications by the Laboratoire des sciences du climat et de l'environnement - LSCE (CEA/CNRS/UVSQ/UPSaclay) and IGSNRR uncovered the spatially-explicit global distribution of the critical SM threshold of plant water stress and its drivers.

 

The critical soil moisture threshold (θcrit) of plant water stress is defined as the soil moisture (SM) level at which evapotranspiration becomes SM limited in that environment. Lab and field experiments have found diverse values for θcrit, but the global distribution of θcrit is not known, due to a lack of global observations. Even less is known about the mechanisms that control the variation of θcrit between regions. Earth system models have adopted parametric representations of soil moisture–evaporation relationships to describe the linkage between the water and energy cycles and predict future climate. However, due to difficulties in observing evapotranspiration globally, these relationships assume different functional forms across models which contribute to divergences and uncertainty in climate, drought and carbon sink projections. Dr. Zheng Fu, Dr. Philippe Ciais at LSCE, and other colleagues tackles this issue in their new paper in Nature Communications.

 

Using systematic satellite observations of land surface temperature and SM during soil dry-downs, they find that the global average θcrit is 0.19 m3/m3, with a large gradient ranging from 0.12 m3/m3 in arid ecosystems to 0.26 m3/m3 in humid ecosystems. Compared to our observation-based map, θcrit simulated by Earth System Models is underestimated in wet areas and overestimated in dry areas, and models show an erroneous spatially uniform pattern. The global observed pattern of θcrit reflects plant adaptation to soil available water and atmospheric demand. Using explainable machine learning, we show that aridity index, leaf area and soil texture are the most influential drivers. Moreover, we show that the annual fraction of days with water stress, when SM stays below θcrit, has increased in the past four decades. These results have important implications for understanding the inception of water stress in models and identifying SM tipping points.

 

Figure Legend: Global distribution of critical soil moisture threshold.

 

Contact : fuzheng@igsnrr.ac.cn

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June 18, 11:56 AM
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Régulation de gènes soumis à l’empreinte : Importance d’un long ARN non-codant et des niveaux de méthylation de l’ADN sur un site de fixation de CTCF

Régulation de gènes soumis à l’empreinte : Importance d’un long ARN non-codant et des niveaux de méthylation de l’ADN sur un site de fixation de CTCF | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le domaine soumis à l’empreinte Dlk1-Dio3 comprend les gènes Dlk1 et Rtl1 qui sont exclusivement exprimés depuis le chromosome paternel, ainsi qu’un polycistron exprimé depuis l’allèle maternel qui est ensuite maturé en le long ARN non-codant Meg3 et de nombres petits ARN non-codants. Dans le cadre d’un travail collaboratif entre l'IGMM (groupe de R. Feil ; Montpellier) et l’équipe Dynamique de la Chromatine de Daan Noordermeer à l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), les chercheurs ont étudié le rôle précis de l’ARN Meg3 et de son promoteur dans le contrôle de l'expression de Dlk1 et Rtl1.

 

En utilisant des cellules mutantes présentant une terminaison prématurée de la transcription ou une délétion partielle du polycistron, ils ont montré que le long ARN non-codant Meg3, mais pas les autres ARN non-codants produits par le polycistron, contrôle l’expression de Dlk1 en cis. L'expression de ce polycistron, depuis l’allèle maternel, est contrôlée par la région différentiellement méthylée de Meg3 (Meg3-DMR) qui est non méthylée sur l'allèle maternel et y agit comme promoteur actif. En outre, la Meg3-DMR comprend un site de liaison connu pour la protéine architecturale CTCF, qui se lie uniquement à l'allèle maternel non méthylé.

 

Les chercheurs de cette étude ont montré que l’allèle maternel Dlk1-Dio3 est organisé en sous-domaines d'association topologique (sub-TADs) qui sont articulés par la liaison allélique de CTCF à la Meg3-DMR maternelle. Ils ont également découvert que les niveaux de méthylation de la Meg3-DMR sont instructifs pour la liaison de CTCF et dictent une organisation en sous-TAD différente sur les deux allèles parentaux, ce qui facilite en retour la répression de Dlk1 sur l'allèle maternel.

 

Dans l'ensemble, ce travail publié dans Nucleic Acids Research, a révélé que le long ARN non codant Meg3, exprimé depuis l’allèle maternel, réprime Dlk1 en cis, et que les faibles niveaux de méthylation de la Meg3-DMR maternelle permettent une structuration spécifique en sous-TADs qui contribue aussi à réprimer Dlk1."

 

Légende Figure : Le long ARN non-codant Meg3, mais pas les autres ARN non-codants produits par le polycistron, contrôle la répression du gène Dlk1 sur l'allèle maternel. L'hypométhylation de la Meg3-DMR permet la fixation de CTCF à cette DMR, induisant ainsi un sous-TAD qui contribue également à la répression de Dlk1 en cis.

 

Contact : benoit.moindrot@i2bc.paris-saclay.fr

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