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Résultats de l'appel d'offres Plateformes IBiSA 2022. Au bilan de cette dernière édition, 71 candidatures reçues, 8 labels, 8 labels à 2 ans et 3 174 000 € distribuées à 53 plateformes en sciences du vivant. IBiSA a mis l'accent sur l'exposome, thématique récemment introduite dans les infrastructures nationales. Découvrez les candidats retenus. Dynamiser la recherche sur l'exposome chimique humain. En 2022, IBiSA a soutenu plusieurs structures travaillant sur l'exposome. Parmi elles, AnimEx, une plateforme de France Exposome, la nouvelle infrastructure nationale en biologie et santé dédiée à la recherche dans ce domaine. Zoom sur l’exposome et les intérêts d'une telle coopération. En savoir plus. Les appels d'offres IBiSA 2023 sont ouverts. Vous souhaitez obtenir la labellisation IBiSA ou être soutenu par un financement du GIS ? Les appels d'offres Plateformes et CRB 2023 sont ouverts depuis le 23 janvier. Les candidatures se font en ligne sur le site du GIS IBiSA. En savoir plus. Les ateliers IBiSA se poursuivent en 2023. Face au succès grandissant des ateliers organisés sur le plan de gestion de données (PGD), le réseau de compétences du GIS IBiSA envisage de nouvelles formations pour aider les plateformes à calculer leur coût environnemental. En savoir plus. Vous souhaitez recevoir la newsletter publiée par IBiSA chaque trimestre ? Inscrivez-vous ! Vous souhaitez découvrir le potentiel complet de Paris-Saclay en termes de plateformes ? L’interface Plug In Labs Université Paris-Saclay recense et rend visible plus de 200 plateformes du domaine Sciences de la vie - des plateaux techniques, des plateformes technologiques, des infrastructures d’expérimentation, mais aussi des collections - en d’autres termes, des espaces de laboratoires dotés d’équipements, souvent uniques, ou de banques de ressources, associés à un fort potentiel humain, les opérant et les maintenant au meilleur niveau technologique. _____________________ A propos d’IBISA. Le GIS IBiSA coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux infrastructures de biologie, santé et agronomie. Placé sous la tutelle du CEA, du CNRS, d'INRAE, de l'Inria, de l'Inserm, de l’INCa, de la CPU et du Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation (MESRI), il est l’unique instrument de financement commun à l’ensemble des établissements en sciences du vivant. Grâce à deux appels d’offres dédiés, les plateformes et centres de ressources biologiques (CRB) peuvent candidater à la labellisation IBiSA et accéder à des financements conséquents pour des investissements jugés nécessaires à leurs missions. Le GIS conditionne son soutien à une ouverture large à la communauté scientifique. Il encourage également la création de structures de pilotage, concertation et coopération, l'animation de réseaux thématiques et les démarches qualité en vue de la structuration et certification des plateformes. Plus d’infos sur ibisa.net. A propos de Plug In Labs Université Paris-Saclay. Plug In Labs Université Paris-Saclay ou PILUPS pour les intimes, est le portail numérique unique retenu par l’Université Paris-Saclay pour la mise en valeur et promotions des compétences, expertises et technologies des laboratoires et plateformes technologiques de son territoire ! Piloté par l’Université Paris-Saclay et la SATT Paris-Saclay, financé par l’IDEX et le Fonds national de valorisation, PILUPS est accessible à tous depuis 2017, partenaire académique comme entreprise, en particulier les PME. Un seul site web : https://www.pluginlabs-universiteparissaclay.fr. Et une seule adresse mail : pluginlabs@universite-paris-saclay.fr.
Les parasites apicomplexes sont généralement dangereux pour les hommes et les animaux. Parmi les apicomplexes figurent l’agent responsable du paludisme qui fait partie comme la tuberculose et le SIDA, des 3 agents infectieux les plus mortels référencés à ce jour mais également la toxoplasmose causée par le protozoaire intracellulaire Toxoplasma gondii qui a déjà infecté plus d’un quart de la population mondiale. Cette parasitose est surtout dangereuse pour le fœtus, nouveaux nés et les patients immunodéprimés. L’un des dénominateurs communs de ces parasites est leur polarité morphologique avec deux organites sécrétoires apicaux contenant les facteurs de virulence. Stanislas Tomavo et ses collaborateurs de l’I2BC (UPSaclay/CNRS/CEA, Gif-sur-Yvette) et du Centre d’Infection et d’immunité de Lille avaient découvert que la formation de ces organites vitaux dépend d’un récepteur parasitaire homologue de la Sortiline (Sloves et al., 2015). Ils ont alors fabriqué un toxoplasme transgénique exprimant simultanément une double fluorescence verte dans l’appareil de Golgi-Endosome (TgSORT-GFP) et rouge (une protéine d’un organite sécrétoire ROP-mCherry) afin de développer une approche de criblage par imagerie à haut débit d’une banque d’inhibiteurs capables de tuer les parasites responsables de la toxoplasmose et du paludisme. Ce travail effectué par deux étudiants béninois à l’UPSaclay, et qui a fait l’objet d’une publication dans Frontiers in Cellular and Infection Microbiology et d’un brevet européen, est le fruit d’une collaboration fructueuse entre deux laboratoires du Bénin (Université d’Abomey Calavi et Institut de Recherche pour le Développement - IRD) et les deux équipes dirigées par Priscille Brodin (Centre d’Infection et d’immunité de Lille) et Stanislas Tomavo à l’I2BC. Cette approche méthodologique pourra être maintenant utilisée pour identifier des inhibiteurs spécifiques contre le récepteur TgSortiline responsable du trafic intracellulaire et la formation des organites sécrétoires vitaux afin d’obtenir de futurs médicaments antiparasitaires. Légende Figure : A) Multiples rosaces de Toxoplasma gondii en division normale au sein d’un fibroblaste humain; B) Plusieurs vacuoles de parasites morts avec l’inhibiteur indiqué ci-dessus (images prises sur la Plateforme Imagerie-GIF). Contact : stanislas.tomavo@i2bc.paris-saclay.fr
Les symptômes négatifs ont un impact majeur sur le pronostic des patients atteints de schizophrénie. Malheureusement, les thérapeutiques actuelles n’ont que peu d’effet sur cette symptomatologie. Dans une méta-analyse publiée dans Psychiatry Research, les chercheurs de l’unité de Recherche PSYCOMADD (UPSaclay/APHP, Le Kremlin Bicêtre) et du Département de Psychiatrie et Addictologie (APHP, Hôpital Paul Brousse, Villejuif) ont évalué l'efficacité des traitements par antagonistes des récepteurs 5-HT2A (AR-5HT2A) sur les symptômes négatifs chez les patients atteints de schizophrénie. Après une recherche systématique, tous les essais randomisés, en double aveugle et contrôlés par placebo évaluant l'efficacité des AR-5HT2A sur les symptômes négatifs ont été inclus. Les différences moyennes standardisées ont été calculées entre les groupes AR-5HT2A et placebo pour les données quantitatives, et les odds ratio ont été calculés entre les groupes AR-5HT2A et placebo pour les données qualitatives. Dix études ont été incluses dans l'analyse. Une diminution significativement plus importante des symptômes négatifs et de la symptomatologie globale a été constatée dans le groupe AR-5HT2A par rapport au groupe placebo, mais aucune différence n'a été constatée pour les symptômes positifs. A la fin des études, un score plus faible des symptômes extra-pyramidaux a été trouvé dans le groupe AR-5HT2A. Aucune différence significative n'a été trouvée pour le taux de perdu de vus ou pour le taux d'effets indésirables graves, mais un taux plus élevé d'effets indésirables apparus au cours du traitement a été trouvé dans le groupe des AR-5HT2A. Cette méta-analyse montre que les AR-5HT2A présentent un profil bénéfices/risques favorable et pourraient être utiles dans le traitement des symptômes négatifs chez les patients atteints de schizophrénie. Contact : brunoromeo@hotmail.fr
De nombreuses études épidémiologiques ont été conduites afin d’étudier l’association entre la maladie de Parkinson (MP) et le cancer. Ces études ont montré globalement une diminution du risque de cancer chez les patients atteints de MP en raison d’une moindre fréquence du tabagisme chez ces patients, mais retrouvaient des résultats inconsistants pour différents types de cancer. Ces études se heurtent à des difficultés méthodologiques et les approches génétiques, qui sont moins susceptibles d’être affectées par certains biais, peuvent être complémentaires aux approches épidémiologiques. Dans une étude publiée dans Movement Disorders, des chercheurs de l’équipe « Exposome, hérédité, cancer et santé » au sein du Centre de recherche en Epidémiologie et Santé des Populations – CESP (UMR-S 1018 Inserm/UVSQ/UPSaclay, Villejuif) ont examiné la contribution de facteurs de susceptibilité génétique pléiotropes à l’association entre la MP et certains cancers. Cette étude a été réalisée à l’aide de données individuelles issues des consortia internationaux Courage-PD sur la MP, EPITHYR sur le cancer différencié de la thyroïde, ainsi que des résultats résumés d’analyses pan-génomiques issus de grands consortia sur les cancers (mélanome, MMAC ; sein, BCAC ; ovaire, OCAC ; prostate, PRACTICAL ; poumon, ILCCO) et la MP (iPDGC). Des analyses de corrélations génétiques ont permis de confirmer une corrélation génétique positive précédemment rapportée entre la MP et le mélanome (Gcorr=0.16 [0.04; 0.28]), et d’identifier une autre corrélation positive entre la MP et le cancer de la prostate (Gcorr=0.11 [0.03; 0.19]). Des analyses croisées des scores de risque polygéniques (PRS, polygenic risk score) associés aux cancers et à la MP ont également montré que le PRS associé au risque de MP était associé positivement au cancer du sein (OR=1.08 [1.06; 1.10]) et négativement au cancer de l'ovaire (OR=0.95 [0.91; 0.99]). Le PRS associé au risque de cancer de l'ovaire était également associé négativement à la MP (OR=0.89 [0.84; 0.94]). Ces résultats suggèrent que des variants génétiques pourraient contribuer à expliquer en partie l’association positive ou négative entre la MP et certains cancers (pléiotropie). Il serait intéressant d’étudier la pléiotropie au niveau des gènes et des voies biologiques pour mieux comprendre les mécanismes biologiques partagés entre ces deux maladies. Contact : pierre-emmanuel.sugier@inserm.fr
Des ADN-polymérases répliquent l’ADN au cours de la phase S de chaque cycle cellulaire. Ce processus est extrêmement fidèle, les polymérases commétant très peu d’erreurs d’incorporation des nucléotides. Ces polymérases sont toutefois bloquées lorsqu’elles rencontrent des bases modifiées (telles que les dimères de pyrimidine). Ces blocages entrainent l’accumulation de brèches simple-brin à l’arrière des fourches de réplication. Ces brèches sont réparées principalement par deux mécanismes conservés chez tous les organismes. Le premier implique des ADN-polymérases spécialisées capables d’incorporer un nucléotide en face d’une base modifiée (synthèse translésionnelle, TLS). Ce mécanisme permet d’éviter des pauses de réplication de l’ADN mais conduit à la formation fréquente de mutations. L’autre mécanisme, la recombinaison homologue, est lui beaucoup plus conservatif : il utilise la chromatide sœur ou le chromosome homologue comme matrice pour réparer la brèche simple-brin. La recherche d’une séquence d’ADN homologue est médiée par la recombinase Rad51 qui forme des filaments sur l’ADN simple-brin. L’équilibre entre l’utilisation de ces deux mécanismes définit en partie la mutagenèse associée à la réplication de l’ADN. Dans une étude récente parue dans la revue PLoS Genetics, des chercheurs de l’unité Stabilité Génétique, Cellules Souches et Radiations (UMR-S 1274 Inserm/CEA-Jacob/UPSaclay/UParis-Cité, Fontenay-aux-Roses) montrent chez la levure Saccharomyces cerevisiae que le complexe Rad55-Rad57, formé de protéines paralogues à la recombinase Rad51, est essentiel à la formation des filaments Rad51 impliqués dans la réparation des brèches simple-brin par la recombinaison homologue. Ce résultat nouveau est remarquable car au contraire, le complexe Rad55-Rad57 n’est pas essentiel pour la réparation des cassures double-brin de l’ADN. Les résultats décrits dans l’étude indiquent que la stabilisation des filaments Rad51 conférée par le complexe Rad55-Rad57 réduit considérablement le recrutement des ADN-polymérases translésionnelles. Ainsi, le complexe Rad55-Rad57 est un facteur clé dans la réduction de la mutagenèse associée à la réplication de l’ADN. Par ailleurs, cette étude montre que l’association de mutations dans le complexe Rad55-Rad57 et dans les ADN-polymérases translésionnelles induit une sensibilité extrème des cellules exposées à une irradiation aux rayonnements ultra-violet (qui génère énormément de dimères de pyrimidine). Cette découverte chez la levure n’est pas encore documentée chez les mammifères. La confirmation de cette observation permettrait d’envisager l’utilisation d’inhibiteurs de la TLS pour détruire spécifiquement les cellules cancéreuses déficientes pour l’une des cinq protéines paralogues de RAD51. Contact : laurent.maloisel@cea.fr ou eric.coic@cea.fr
Les anti-angiogéniques potentialisent l'efficacité des immunothérapies antagonistes de checkpoints dans les mésothéliomes avancés. Cependant, la majorité des patients présentent des résistances primaires à cette combinaison. L’équipe du Pr Aurélien Marabelle à l’Institut Gustave Roussy (Département d’Innovation Thérapeutique et d’Essais Précoces DITEP et Unité UMR-S 1015 Immunologie des tumeurs et immunothérapie INSERM/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) a analysé des échantillons séquentiels fixés, congelés et frais, de sang et de tumeurs, provenant de patients atteints de mésothéliome et traités par une combinaison pembrolizumab et nintedanib. De manière inattendue, toutes les tumeurs ont présenté le même niveau de réaction immunitaire au traitement, avec une sécrétion élevée de chemokines (CXCL9,10,11&13) et le recrutement de cellules T CD8+ cytotoxiques. Cependant, les patients présentant une résistance primaire à cette immunothérapie avaient une accumulation d’altérations génomiques corrélée à une production accrue de cytokines pro-inflammatoires (IL-6 & IL-8), de VEGF et au recrutement de cellules T régulatrices intratumorales lors du traitement. Ces travaux font l’objet d’une publication dans Cancer Discovery. Contact : aurelien.marabelle@gustaveroussy.fr
Comment l'organisme réagit-il en cas d'inhalation de nanoparticules ? Des scientifiques des laboratoires Matière et systèmes complexes (MSC, CNRS/Université Paris Cité), Matériaux et phénomènes quantiques (MPQ, CNRS/Université Paris Cité), Immunologie, immunopathologie et chimie thérapeutique (I2CT, CNRS) et de l'Institut Galien Paris-Saclay (IGPS, CNRS/UPSaclay, Orsay) ont étudié l'évolution de nanofeuillets de disulfure de molybdène dans des poumons de souris jusqu'à un mois après leur inhalation. Publiés dans la revue Advanced Materials, ces travaux montrent que les macrophages pulmonaires peuvent transformer ces nanoparticules et les enrouler afin de réduire leur surface de contact, et donc leur toxicité, et seraient également capables de moduler la réaction inflammatoire induite. Légende Figure : Images successives réalisées par microscope électronique dans un milieu mimant l'environnement intracellulaire de la dynamique de transformation des nanofeuillets. Les flèches blanches indiquent les plis, les jaunes les enroulements. Les temps d'observation sont indiqués en minutes. Lire la suite de l’article Techno-Science.net Contact : elias.fattal@universite-paris-saclay.fr
Dans une revue publiée dans Frontiers in Neuroscience, Jean-Vianney Barnier et ses collaborateurs de l’Institut des Neurosciences Paris-Saclay – NeuroPSI (UMR 9197, CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) discutent de l’état des connaissances sur la corrélation génotype/phénotype dans les pathologies neurodéveloppementales associées aux gènes PAKs. Identifier les bases moléculaires et cellulaires des maladies neuro-développementales associées aux gènes PAK permet de comprendre la relation génotype/phénotype dans ces pathologies. Bien que l’identification de nombreux gènes impliqués dans les troubles neurodéveloppementaux ait permis une avancée dans notre compréhension de leur étiologie, il existe encore des obstacles majeurs ralentissant le développement de solutions thérapeutiques pour la déficience intellectuelle (DI) et les autres maladies neurodéveloppementales. Ces obstacles sont principalement l’hétérogénéité clinique et génétique, la rareté des variations pathogéniques et la comorbidité avec de nombreux troubles psychiatriques. Une des étapes nécessaires pour comprendre l’origine de cette diversité phénotypique est d’établir les relations génotype/phénotype associées aux variations pathogènes de ces gènes. L’identification récente de mutations des gènes PAK1 et PAK2, ainsi que le nombre croissant de mutations associées au gène PAK3 posent la question du rôle de ces kinases dans la physiopathologie des troubles neurodéveloppementaux. Ainsi les mutations de PAK1 correspondent à des gains de fonction responsables de déficience intellectuelle (DI), de retard de développement et de macrocéphalie. Les mutations de PAK2 génèrent des haplo-insuffisances responsables de troubles du spectre autistique (TSA) ; tandis que les mutations identifiées sur le gène PAK3 sont à l’origine d’un large spectre clinique comprenant DI de sévérité variable, TSA, microcéphalie ou macrocéphalie, et de nombreux autres traits cliniques. Cette revue résume les données cliniques des cas décrits pour les mutations de ces trois gènes et explore les mécanismes moléculaires et cellulaires pouvant expliquer la diversité des phénotypes observés. Contact : jean-vianney.barnier@universite-paris-saclay.fr
We are particularly sad to announce the death of our colleague Stéphane Abel, which occurred on Monday March 13, 2023.
Since 2003, Stéphane worked with M. Marchi in Bruno Robert’s team at I2BC, first during his PhD, then as a Marie Curie post-doc. He was recruited by the CEA in 2008 as a researcher, obtained his “Habilitation à Diriger des Recherches” at Université Paris-Saclay in 2017, and was recently promoted to “Directeur de Recherches” by the CEA.
Stéphane Abel was interested in multi-scale modelling and molecular dynamics simulations of biological processes. He developed and used atomistic and coarse-grained molecular dynamics to study the stability and function of membrane proteins in different environments (normal phase or reverse micelles, or phospholipid membranes). He also used quantum mechanical approaches to develop force field parameters for biomolecules and, in particular, the detergents used in membrane protein experiments.
In addition to his qualities as a researcher, Stéphane was an extremely endearing character. This little man suffered from a serious brittle bone disease, and his life was undoubtedly a long struggle – but Stéphane was never bitter. He had a sunny disposition, joyful and mischievous, and was never heard to complain. He had a sharp sense of humour that he often turned against himself, and he was of a constant and deep kindness.
He leaves a great void for all those who knew him and in particular for the computational biology community in which he was respected and loved.
Our thoughts go to his closest colleagues and particularly to his family.
Quels sont les cancers les plus fréquents chez la femme et chez l’homme ? Quelles sont les pistes d’amélioration du diagnostic et de la prise en charge ? Où en est la recherche ? Ecouter l’émission sur RFI
28 mars 2023 – IDEEV (12 rue 128, 91190 Gif-sur-Yvette)
Toute recherche scientifique implique, à un moment ou à un autre, de la collecte de données à la lumière d'une théorie scientifique, suivie de l'analyse de ces données. En pratique, nous saisissons les données brutes dans un ordinateur et utilisons un logiciel pour ajuster un modèle statistique. Mais très vite, nous changeons de modèle, ajoutons une étape de prétraitement, collectons davantage de données, partageons notre travail en cours avec un étudiant du bureau voisin ou avec un collaborateur à l'étranger, etc. Et dans un projet de recherche réaliste, nous faisons cela encore, et encore, et encore...
Cet atelier a pour objectif de vous former à quelques outils qui vous permettront de conduire vos recherches de manière reproductible.
Toutes les informations sur cet atelier sont disponibles sur le site, où vous pourrez vous inscrire (gratuitement) : https://workshop.inrae.fr/recherchereproductible Attention, un petit test de niveau en programmation et statistiques est requis lors de l'inscription. Date-limite d'inscription : 18 mars 2023
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La transcription pervasive, essentiellement non-codante et anti-sens, issue de promoteurs cryptiques ou de la translecture transcriptionnelle, est conservé dans tous les organismes. Chez la bactérie à Gram positif Bacillus subtilis, cette transcription est largement contrôlée par le facteur de terminaison de la transcription Rho. L’expression de Rho diminue naturellement quand les cellules rentrent en phase stationnaire. Des chercheurs de l’Institut Micalis (UPSaclay/INRAE/AgroParisTech, Jouy-en-Josas) et de l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Génome à l'Environnement – MaIAGE (INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas) ont donc suggéré que les modifications de la transcription globale et de la physiologie cellulaire nécessaires pour l’adaptation aux carences nutritionnelles sont dues à une diminution de l’activité de Rho. Pour tester cette hypothèse, ils ont construit une souche B. subtilis Rho+ exprimant Rho à un niveau stable pendant la croissance et en phase stationnaire. La stabilisation artificielle du niveau cellulaire de Rho provoque une inhibition globale de la transcription pervasive et modifie l'expression de nombreux gènes (http://genoscapist.migale.inrae.fr/seb_rho). Les changements les plus importants se produisent dans le réseau de régulation des gènes qui contrôle la transition cellulaire vers la phase stationnaire et intègre les facteurs de transcription Spo0A, AbrB, CodY et la réponse stringente. Cela provoque des effets pléiotropes sur la physiologie cellulaire à tel point que les cellules Rho+ ne peuvent développer la compétence génétique, ne sporulent plus et dévient sensibles aux divers stress. La synthèse de l'alarmone (p)ppGpp (qui est bien connu comme activateur de la réponse stringente) a été identifiée comme cible de l'activité régulatrice de Rho. Les auteurs de cette étude, publiée dans PLoS Genetics, proposent que le facteur de terminaison Rho est un régulateur global d’expression génique bactérien contrôlant l'adaptation de B. subtilis à la phase stationnaire. Légende Figure : Modèle schématique de l’activité du facteur de terminaison Rho dans les réseaux de régulation de l'adaptation de B. subtilis à la phase stationnaire et différentiation cellulaire. Seuls les éléments clés sont présentés pour simplicité. Ainsi l’activité de CodY et AbrB est limité au control d’expression de comK codant pour le régulateur de compétence ComK. (A) Dans les cellules sauvages, les niveaux de Rho diminuent à l'entrée de la phase stationnaire. Ceci intensifie la transcription de gènes kinB et kbaA et par conséquence augmente l'activité de Spo0A~P. (B) Stabilisation de niveau intracellulaire de Rho dans les cellules stationnaires Rho+ diminue l'accumulation de (p)ppGpp et bloque le développement de la compétence génétique et du processus de sporulation aux différentes étapes. Les flèches et lignes barrées indiquent, respectivement, l’activation et la répression des gènes ; les lignes pointues indiquent une diminution de régulation. Contact : elena.bidnenko@inrae.fr
Les septines sont des protéines qui s’organisent en filaments et constituent ainsi un élément du cytosquelette au même titre que les microtubules, les microfilaments d’actine et les filaments intermédiaires. Le dialogue entre ces éléments et les membranes apparaît comme essentiel pour un large panel de fonctions cellulaires. Dans une revue publiée dans Frontiers in Cell and Developmental Biology, l'équipe du Pr Christian Poüs de l’UFR de Pharmacie (UMR-S-1193, INSERM/UPSaclay, Orsay) fait le point sur la manière dont les septines interagissent avec les membranes et influencent leurs organisations, propriétés et fonctions, directement ou indirectement, par l'intermédiaire d’autres éléments du cytosquelette. Légende Figure : Structure, assemblage et exemples de fonctions des septines en lien avec les membranes. Contact : beatrice.benoit@unversite-paris-saclay.fr ou christian.pous@universite-paris-saclay.fr ou anita.baillet@unversite-paris-saclay.fr
La perturbation du processus de la duplication de la molécule d’ADN est une source majeure d’altération du matériel génétique d'une cellule favorisant le développement tumoral. Lorsque la duplication de l’ADN est perturbée, les fourches de réplication sont fragilisées : des mécanismes de protection se mettent en place pour éviter leur dégradation inappropriée par des nucléases. Ces mécanismes de protection sont indispensables à la survie des cellules et font l’objet d’intenses recherches car ils constituent des cibles thérapeutiques potentielles pour combattre les cellules cancéreuses. Dans une étude publiée dans Molecular Cell, les chercheurs de de l’UMR 3348 (CNRS/UPSaclay/Institut Curie, Orsay), en collaboration avec Jean-Baptiste Charbonnier (I2BC UMR CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), ont mis à jour un nouveau mécanisme de protection des fourches qui fait appel aux molécules d’ARN et au facteur de réparation Ku chez la levure S. pombe. Les molécules d’ARN correspondent aux amorces des fragments d’Okazaki qui sont synthétisés de façon récurrente et régulière au cours de la réplication de l’ADN. En condition de stress réplicatif, ces amorces ARN forment des hybrides ARN:ADN qui sont fixés par le facteur de réparation Ku pour bloquer la dégradation des fourches par la nucléase Exo1. Ce mécanisme de protection peut ensuite être levé par une enzyme appelée RNase H2, qui dégrade l'amorce d'ARN et lève la barrière Ku en coopération avec le facteur MRN-Ctp1. Cette étape permet d’engager une dégradation contrôlée des fourches de réplication pour assurer leur redémarrage. En conclusion, cette étude montre que l'ARN des fragments d’Okazaki joue un rôle clé dans la protection des fourches en servant de point d’ancrage au facteur Ku. Légende Figure : La protection des fourches de réplication en conditions de stress nécessite 3 nouveaux acteurs : l’ARN, issu des fragments d’Okazaki, le facteur de réparation Ku qui fixe les hybrides ARN :ADN , permettant de bloquer l’accès à l’enzyme Exo1. Pour contourner ce mode de protection, l’enzyme RNase H2, avec l’aide du complexe MRN-Ctp1, permet la digestion des ARN et de lever la barrière exercée par KU. Contact : sarah.lambert@curie.fr
Les cellules tumorales circulantes (CTC) sont des cellules cancéreuses invasives qui se sont détachées de la tumeur primaire, puis entrent dans la circulation sanguine des patients ou dans le système lymphatique. Après extravasation, elles sont capables d'atteindre un organe distant et peuvent jouer un rôle critique dans le processus métastatique. Ces cellules représentent donc une source potentielle intéressante de biomarqueurs pour le diagnostic, le pronostic, et la prédiction de la récidive du cancer. Bien qu'elles soient largement étudiées dans la recherche en oncologie, leur utilité diagnostique n'a pas encore été démontrée et validée. Leur rareté dans les fluides biologiques empêche l'identification de sous-populations dangereuses de CTC susceptibles de favoriser la dissémination métastatique. Dans cette perspective, le LAMBE (UMR 8587 CNRS/UEVE/Cergy Paris Université, Evry), le CRB (AP-HP et UFR de Médecine, Université Paris Cité), et le LCMCP (Sorbonne Université, CNRS, Collège de France) discutent de techniques prometteuses qui pourraient être utilisées pour l'identification de ces cellules métastatiques. Dans une perspective parue dans ACS Sensors les chercheurs introduisent les méthodes pour isoler les CTC dérivées de patients. Puis, ils décrivent en détail les stratégies de la fabrication de matrices biomimétiques 3D pour les conserver et les amplifier. Enfin, ils présentent des méthodes innovantes pour l’analyse de CTC aux niveaux de cellule et de molécule unique. En particulier, ils discutent de la caractérisation de propriétés mécaniques ou morphologiques par AFM de ces cellules pour les classer mais aussi de l’utilisation de nanopores pour l’identification de biomarqueurs moléculaires. L’objectif serait de pouvoir donner aux patients un diagnostic précoce et personnalisé. Contact : juan.pelta@univ-evry.fr ou philippe.manivet@aphp.fr
L’immunothérapie est un traitement majeur de nombreux cancers, notamment lors de la phase métastatique. Le principe est l’injection d’un anticorps qui permet de lever l’inhibition que les cellules tumorales exercent sur le système immunitaire censé nous défendre. Bien que l’efficacité soit encourageante, de nombreuses tumeurs résistent dans un premier ou second temps à ce traitement. Une des pistes afin d’améliorer l’efficacité du traitement est la chronomodulation. L’idée est d’injecter un traitement selon une heure précise, afin de s’adapter au rythme circadien du patient et de son système immunitaire. Cette approche a montré des signes d’activité dans la diminution des effets secondaires de la chimiothérapie dans le cancer colorectal et dans l’amélioration de la réponse immunitaire vaccinale. Dans le domaine de l’immunothérapie contre le cancer, une étude américaine rétrospective avait montré une survie améliorée chez les patients avec un mélanome métastatique recevant au moins 80% de leurs injections d’immunothérapie avant 16h30. Dans une étude publiée dans European Journal of Cancer, l’équipe d’oncologie thoracique de Gustave Roussy a reproduit cette analyse chez 180 patients avec un cancer du poumon métastatique, et montré que la survie de ces patients était meilleure quand la proportion d’injections avant 16h30 augmentait. Il faut toutefois rester critique devant ces résultats, une association statistique n’implique pas la causalité, et des données prospectives avec un recueil de données transrationnelles concernant l’immunité circadienne sera nécessaire pour démontrer que la chronomodulation apporte un bénéfice. Légende Figure : Survie sans progression (A) et survie globale (B) en fonction d’un seuil d’au moins 20% d’injections d'inhibiteurs de checkpoint immunitaire après 16h30. Contact : adrien.rousseau@gustaveroussy.fr
Poldip2 est un acteur important de la signalisation oxydative des cellules, jouant un rôle clé dans l'accomplissement de certaines fonctions biologiques. Dans les cellules musculaires lisses vasculaires (VSMC), Poldip2 stimule la production d'espèces réactives de l'oxygène (ROS) en interagissant avec la protéine membranaire p22phox, associée à la NADPH oxydase 4 (Nox4), ce qui entraîne des modifications du cytosquelette nécessaires à la migration cellulaire. Cette stimulation a été confirmée in vitro sur des cellules HEK393 exprimant également Nox4. Toutefois, la famille de la NADPH oxydase comprend d’autres isoformes (Nox1, 2 et 3) ayant p22phox comme partenaire établi, qui peuvent potentiellement être coexprimées dans certaines cellules. Cette constatation soulève la question de la régulation de ces isoformes par Poldip2. Des chercheurs de l’Institut de Chimie Physique - ICP (CNRS/UPSaclay, Orsay) et de l’unité Intégrité du Génome et Cancers (UMR 9019 CNRS/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif), en collaboration avec des chercheurs de l’Université de Paris-Cité, de l’Université libre de Bruxelles et du Synchrotron SOLEIL, ont voulu étudier son effet sur Nox2, présent dans les neutrophiles et qui joue un rôle essentiel dans la défense immunitaire innée. De manière inattendue, ils ont observé, contrairement à l’effet sur Nox4, une diminution de la production de ROS par Nox2 en présence de Poldip2, ce dernier établissant des interactions privilégiées avec p47phox, l'une des protéines régulatrices déjà connue de la NADPH oxydase des phagocytes. Ces résultats, publiés dans Free Radical Biology and Medicine, suggèrent ainsi un nouveau mécanisme de régulation de la NADPH oxydase phagocytaire qui pourrait expliquer les niveaux différents de production de ROS dans les neutrophiles, les macrophages et les monocytes. En agissant comme un interrupteur cellulaire capable de réguler spécifiquement les activités des NADPH oxydases, Poldip2 pourrait ainsi orchestrer le niveau et la nature des ROS générés par ces enzymes dans les cellules Contact : laura.baciou@universite-paris-saclay.fr
Les troubles du spectre de l’alcoolisation fœtale (TSAF) sont encore sous-diagnostiqués. Sur les imageries cérébrales (IRM) de patients de l’hôpital Robert Debré, des chercheurs du CEA et de l’Inserm (équipe InDEV de UNIACT/NeuroSpin CEA, Gif-sur-Yvette) et de l’UMR NeuroDiderot) ont identifié des anomalies neuroanatomiques du cervelet et du corps calleux récurrentes chez les patients ayant un syndrome d’alcoolisation fœtale (SAF). Les chercheurs proposent d’intégrer ces anomalies ainsi que la microcéphalie aux critères diagnostiques neuroanatomiques des TSAF pour augmenter la certitude diagnostique. Cette amélioration est surtout intéressante pour les patients TSAF n’ayant pas les signes physiques du SAF (TSAF non syndromique), pour lesquels le manque de spécificité peut dissuader le diagnostic et, en fin de compte, limiter les soins aux patients. Lire la suite de l'Actu du CEA-Joliot et l'article publié dans Developmental Medicine & Child Neurology. Contact : justine.fraize@inserm.fr
Dans des travaux publiés dans Cells, des chercheurs du Laboratoire de Développement des Gonades (LDG/iRCM, UMRE008 Stabilité Génétique Cellules Souches et Radiations, Université Paris Cité/UPSaclay/CEA, Fontenay-aux-Roses) développent un modèle in vitro à partir de cellules souches pluripotentes induites humaines qui reproduit les premières étapes de l’ovogenèse pour mieux en comprendre les mécanismes et modéliser les causes d’infertilités féminines. Lire la suite de l’Actu du CEA-Jacob. Contact : gabriel.livera@cea.fr
Portrait Jeune Chercheuse - Claire de March, chercheuse en biologie structurale
Claire de March est chargée de recherche au CNRS (CRCN). Elle a suivi une formation en sciences et industrie des arômes à l'ISIPCA de Versailles et a eu une expérience industrielle en tant qu'analyste sensorielle dans le groupe Bel. Elle a obtenu son doctorat à l’Université Nice Côte d’Azur en 2015 où elle a étudié les mécanismes moléculaires impliqués dans la reconnaissance des molécules odorantes par les récepteurs olfactifs en chimie computationnelle. Aucune structure de récepteurs olfactifs n’étant disponible, elle a construit des modèles théoriques de ses récepteurs desquels elle a tiré des hypothèses de fonctionnement mécanistique qu’elle a validé ou infirmé expérimentalement en collaboration avec l’Université de Duke (NC, USA). Elle a décrit les mécanismes d’activations de ses récepteurs et leur mode de liaison aux molécules odorantes. De 2016 à 2022, elle a rejoint le laboratoire de Hiroaki Matsunami de l'Université Duke. Elle a continué à étudier la manière dont les récepteurs odorants sont utilisés pour déclencher un percept olfactif, mais cette fois-ci en laboratoire au moyen des outils de biochimie et de biologie cellulaire. Elle s’est attaquée à l’étude des raisons pour lesquelles aucune structure expérimentale de récepteurs olfactifs n’existait : ils ne s’expriment pas ou peu en modèle cellulaire. Grâce, entre autres, au développement de récepteurs olfactifs dit « consensus » et au progrès technologique en matière d’élucidation structurale, elle publie en 2023 la toute première structure expérimentale d’un récepteur olfactif humain avec les Universités de Duke, de Californie-San Francisco et de City of Hope. Depuis fin 2022, elle a rejoint l'Institut de chimie des substances naturelles - ICSN (CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) en tant que chargée de recherche. Elle utilise la synergie des approches in silico et in vitro pour établir le lien entre la structure chimique d'une molécule odorante, les processus biologiques impliqués dans sa détection et la sensation qu'elle provoque. Elle s'intéresse particulièrement au rôle des motifs d'acides aminés conservés au cours de l'évolution chez les récepteurs olfactifs et à la façon dont cela définit leur identité et leur structure au sein de la famille des GPCRs. « Smell is a potent wizard that transports you across thousands of miles and all the years you have lived » - Helen Keller (autrice, activiste politique, maitresse de conférences, première personne non-voyante et non-entendante à obtenir un diplôme universitaire) Contact : claire.de-march@cnrs.fr
Florent Ginhoux est directeur du laboratoire Cellules myéloïdes et cancer au sein de l’unité de recherche Immunologie anti-tumorale et immunothérapie des cancers (ITIC - Univ. Paris-Saclay, Inserm, Gustave Roussy). Spécialiste de l’ontogénie et de la différenciation des macrophages, il figure sur la liste des chercheurs les plus cités au monde depuis 2016. Il consacre actuellement ses travaux à la mise en lumière de différents types de macrophages associés aux tumeurs en vue du développement futur de nouvelles immunothérapies ciblant ces populations cellulaires. Lire la suite du portrait ICI.
Expliquer des mois, voire des années de travaux de recherche de thèse de la manière la plus simple, dynamique et divertissante possible en 3 minutes, c’est possible ! C’est en effet le challenge qu’ont relevé quatorze doctorants lors de la finale « Ma thèse en 180 secondes » de l’Université Paris-Saclay qui s’est déroulée mercredi 15 mars. Goran STANAJIC PETROVIC a reçu le prix du public, parmi les quatorze doctorants issus d’une première sélection, pour sa thèse « Développement d’un nouvel outil d’imagerie nucléaire multi-cancers à partir d’une toxine de serpent ». Goran STANAJIC PETROVIC est doctorant au Laboratoire Médicaments et Technologies pour la Santé - MTS (Univ. Paris-Saclay | CEA | INRAE).
Le prix du jury a été décerné à Arthur LEDAGUENEL, pour sa thèse « IA neuro-symbolique : apprendre à partir de données et de règles ». Arthur LEDAGUENEL est doctorant au Laboratoire Mathématiques et Informatique pour la Complexité et les Systèmes - MICS (Univ. Paris-Saclay | CentraleSupélec).
Les deux lauréats participeront à la demi-finale nationale du concours qui se déroulera fin mars 2023. Lire le communiqué de presse.
Les "Lundis de l'IPSIT" - Lundi 3 avril 2023 à 9h15
Emergence de microorganismes pathogènes dans l’environnement Organisateur : Sébastien Pomel (MCU, Laboratoire BioCIS, Equipe Chimiothérapie antiparasitaire - PARACHEM, ORSAY - 91) Lundi 3 avril 2023 - 09h15 - 12h15 Université Paris-Saclay - Bâtiment Henri Moissan - 17, avenue des Sciences, 91400 ORSAY (Salle 4000 - HM1 recherche - 4e étage) Inscription gratuite mais obligatoire par mail : nadine.belzic@inserm.fr - 9h15 - 9h30 Accueil des participants
- 9h30 - 10h15 Michel Pélandakis (Université Claude Bernard Lyon 1, Unité de recherche en microbiologie, adaptation et pathogénie, Equipe : Microbiologie des environnements extrêmes, Villeurbanne - 69) : « Emergence de l’amibe pathogène Naegleria fowleri dans l’environnement »
- 10h15 - 10h45 Pause-café - Discussions
- 11h30 - 12h15 Loïc Favennec (EA 7510 ESCAPE, Université de Rouen Normandie, Rouen -76) : « Cryptosporidium spp un pathogène émergent dans l'environnement ? »
- 10h45 - 11h30 Pierre Le Cann (Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique, Inserm, IRSET -Institut de Recherche en Santé, Environnement et Travail- UMR_S 1085, Rennes -35) : « Emergence et réémergence des pathogènes dans l’air »
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