Alors que les récents développements en « omique » à résolution spatiale sont en train de révolutionner la façon dont nous pouvons explorer la complexité tissulaire, la plupart des solutions disponibles se concentrent uniquement sur la détection de la présence d'ARN. Des études antérieures ont indiqué que la demi-vie des molécules d'ARN dans la cellule peut varier de 40 minutes à 9 heures, notamment en fonction de sa fonction physiologique (Tani et al. 2012), ce qui suggère qu'un test de profilage transcriptomique ne reflète pas directement l'état transcriptionnel de la cellule au moment de la mesure. De plus, par définition, une analyse transcriptomique ne peut identifier que les lectures des gènes exprimés, mais ne peut pas distinguer les gènes réprimés des gènes maintenus dans un état transcriptionnel favorable, car les deux sont transcriptionnellement inactifs.

L'utilisation de stratégies d'immunoprécipitation de la chromatine (utiliser des anticorps pour capturer des protéines associées à l’ADN) pour interroger la présence de modifications d'histones à travers le génome est devenue la méthode de référence pour interroger l'état de régulation de la transcription au moment « t » dans des prélèvement des échantillons (Bannister & Kouzarides, 2011). Cette stratégie, plus récemment déclinée dans sa version enzymatique « Cut&Tag » (basée sur l'utilisation d'une protéine A recombinante et de la transposase Tn5 : PA-Tn5) (Kaya-Okur et al., 2019) a permis un gain de sensibilité en réduisant le nombre de cellules requises de millions à quelques milliers, atteignant même l'échelle de la cellule unique (Bartosovic et al., 2021). Ainsi, il est possible de capturer des histones (les protéines utilisées pour compacter l’ADN), ayant des modifications associées à l’état de régulation de l’expression de gènes.

Dans une nouvelle étude parue dans Genome Research, Marco Mendoza et ses collaborateurs du laboratoire Genoscope (CEA/CNRS/UEVE/UPSaclay) présentent une nouvelle méthode permettant la capture de signatures de modification d'histones de manière spatialement résolue, grâce à une puce d'ADN présentant des barcodes moléculaires uniques à une résolution de 100 micromètres. Cette technologie, basée sur l’utilisation de la protéine recombinante PA-Tn5, permet de cliver la chromatine et l’immobiliser par la création d’un pont covalent avec les sondes d'ADN de la puce. Ainsi, les auteurs ont validé cette méthodologie sur des cerveaux de souris adulte ainsi que sur du matériel biologique osseux préalablement décalcifié et conservé dans de blocs de paraffine (FFPE). En effet, le matériel biologique conservé en « FFPE » est considéré comme difficilement lisible par de méthodes de transcriptomique car l’ARN est mal conservé dans ces conditions ; phénomène qui est encore accentué avec des procédures de décalcification. Par ailleurs, les chercheurs ont démontré la possibilité de combiner plusieurs lectures de modifications d’histones collectées sur des sections consécutives d’embryon de souris, afin de révéler état épigénétique de promoteurs comme un moyen efficace de prédire leur état transcriptionnel.

Après les travaux du professeur Rong Fan à l’Université de Yale, cette technologie correspond à la seconde tentative mondiale pour cartographier les modifications d’histones sur des section de tissus. Bien que la technologie ne soit pas aussi résolutive que la méthodologie du professeur Fan (canaux microfluidiques de 20 microns : Deng et al. 2022), la flexibilité de fabrication de puces d'ADN couvrant des surfaces personnalisées à moindre coût, grâce au nombre combinatoire de sondes requises, rend cette approche extrêmement performante pour l'analyse d'un grand nombre de coupes de tissus, même de grandes dimensions.

Dans cette étude, les scientifiques ont également souligné la nécessité de collecter des coupes consécutives pour acquérir des signatures distinctes de modifications d'histones, lesquelles peuvent ensuite être combinées afin de révéler les signatures d'état de la chromatine et de les comparer dans un contexte spatial. Cette stratégie devrait gagner en puissance dans les années à venir grâce à une diminution des coûts de séquençage, permettant ainsi de collecter plusieurs coupes consécutives pour reconstruire des vues volumétriques des signatures d'état de la chromatine qui régissent l'architecture tissulaire. Un brevet sur la stratégie de fabrication des puces, la procédure de coupure de la chromatine et l’obtention des libraires de séquençage a été déposé (Marco Mendoza ; no. EP24307128).

-> Contact : mmendoza@genoscope.cns.fr

Dans une étude publiée dans Nature Microbiology, des scientifiques du Laboratoire Ecologie Société Evolution - ESE (CNRS/UPSaclay/AgroParisTech, Gif-sur-Yvette) ont clarifié les origines évolutives des archées DPANN, un groupe longtemps énigmatique. Ces microorganismes, aux génomes extrêmement réduits et aux cellules minuscules, sont des symbiontes d’autres archées, qui leur fournissent toutes les molécules (acides aminés, nucléotides, phospholipides, etc.) qu’ils ne peuvent pas synthétiser eux-mêmes. Les archées DPANN ont été découvertes il y a une vingtaine d’années, mais leur place dans l’arbre du vivant restait vivement débattue.

Dans cette analyse, les chercheurs ont utilisé plus de 300 génomes d’archées, dont la totalité des phylums DPANN connus, et 126 marqueurs protéiques ultra-conservés. Grâce à des approches phylogénomiques innovantes, permettant de corriger les artefacts liés à la vitesse d’évolution et aux biais de composition en acides aminés, ils ont pu démontrer que les DPANN forment un groupe monophylétique, très probablement issu d’un ancêtre libre appartenant à la grande lignée des euryarchées. Ces résultats réfutent l’idée que la monophylie des DPANN résulterait d’artefacts phylogénétiques et révèlent que plusieurs protéines clés de ces archées proviennent d’anciens transferts horizontaux de gènes depuis des bactéries également symbiotiques, comme les Patescibacteria et les Omnitrophota. Ces acquisitions ont pu jouer un rôle déterminant dans l’adaptation des DPANN à une vie symbiotique, en facilitant par exemple l’adhésion aux cellules hôtes.

Ces résultats renforcent l’idée que la symbiose, en favorisant la réduction génomique et l’interdépendance, a été un moteur puissant de diversification chez ces archées encore largement méconnues. Ils illustrent aussi l’importance des transferts de gènes entre les différents domaines du vivant dans l’évolution des modes de vie, un processus qui pourrait être beaucoup plus fréquent qu’on ne le pensait.

-> Contact : david.moreira@universite-paris-saclay.fr

Dans une étude publiée dans Psychiatry and Clinical Neurosciences, les équipes MOODS et Exposome et Hérédité du Centre de Recherche en Epidémiologie et Santé des Populations – CESP (UMR-S 1018 INSERM/UVSQ/UPSaclay, Villejuif) ont étudié les liens entre dépression, traitement antidépresseur et incidence du cancer du sein. La population étudiée incluait 47 791 femmes de la cohorte E3N (Etude Epidémiologique auprès de femmes de la Mutuelle Générale de l'Education Nationale), nées entre 1925 et 1950 et suivies pour l’incidence du cancer du sein de 2005 à 2014.

La dépression était définie par un score ≥17 à l’auto-questionnaire Center for Epidemiologic Studies-Depression Scale (CES-D), rempli par les participantes en 2005. L’exposition aux traitements antidépresseurs était évaluée à partir des données de remboursements de médicaments, disponibles depuis 2004. Les associations entre le risque de cancer du sein et la dépression ainsi que la prise d’antidépresseurs (Hazard Ratios [HR] et leurs intervalles de confiance [IC] à 95%) étaient ajustés sur les facteurs de risque de cancer du sein.

Durant les 7,2 années de suivi en moyenne, 1365 cancers du sein ont été diagnostiqués. La dépression était associée à une incidence plus élevée de cancer du sein (HR : 1,14, IC 95% : 1,01-1,29) tandis que l’exposition aux traitements antidépresseurs était associée à une moindre incidence (HR : 0,85, IC 95% : 0,74-0,98).

Ces résultats suggèrent que dépression et traitement antidépresseur exercent des effets opposés sur l’incidence du cancer du sein. Bien qu’une réplication soit nécessaire, ils constituent un argument supplémentaire pour traiter par antidépresseurs les femmes souffrant d’un trouble dépressif.

-> Contact : romain.colle@aphp.fr

Les sphéroïdes-sur-puce et les organoïdes-sur-puce sont des systèmes de culture cellulaire en 3D qui reflètent certaines propriétés fonctionnelles des organes ou des tissus. Les sphéroïdes formés par les cellules épithéliales intestinales sont plus simples que les organoïdes, mais offrent néanmoins des caractéristiques physiologiques essentielles pour la recherche, car ils permettent aux cellules d’interagir dans toutes les directions et de former des jonctions serrées.

Dans un article récemment publié dans ACS Biomaterials Science & Engineering, des chercheurs de l’institut MICALIS (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas), en collaboration avec la société EdenTech (Paris), la plateforme MIMA2 et l’Université d’Udine (Italie), ont développé un dispositif microfluidique pour étudier le rôle des vésicules extracellulaires dans la pathogenèse de Campylobacter jejuni. La plateforme a été intégrée à un capteur impédimétrique afin de surveiller les interactions entre les vésicules et les cellules en temps réel.

Lorsque les cellules épithéliales sont cultivées dans ce dispositif, elles subissent une morphogenèse spontanée en sphéroïdes. En combinant la spectroscopie d’impédance et l’observation microscopique, la plateforme a permis de suivre la croissance spatiale des cellules et de détecter de manière sensible les interactions des vésicules bactériennes avec les sphéroïdes, mettant en évidence le rôle protecteur de l’organisation cellulaire en 3D. Cette étude a suggéré que les vésicules de Campylobacter diffusaient par voie paracellulaire.

Le dispositif microfluidique développé constitue une plateforme prometteuse pour l’étude des interactions hôte-bactérie et pourrait avoir un impact majeur sur la recherche biomédicale liée aux gastro-entérites.

-> Contact : jasmina.vidic@inrae.fr

Les rhizobia sont des bactéries du sol fixatrices d’azote qui établissent des associations mutualistes et spécifiques avec des légumineuses. Elles induisent la formation de niches exclusives, appelées nodosités, sur les racines de leurs plantes hôtes. Les bactéries prolifèrent d’abord abondamment dans les nodosités, puis se différencient en une forme distincte capable de fixer l’azote au profit de la plante.

Il a longtemps été admis dans ce domaine que tous les rhizobia utilisaient des signaux moléculaires spécifiques appelés "Facteurs Nod" pour déclencher la formation des nodosités sur leur plante hôte. Cependant, en collaboration avec l’équipe d’Eric Giraud (IRD Montpellier), l'équipe de Peter Mergaert de l'I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) a récemment montré que certains rhizobia peuvent remplacer ces signaux de type Facteur Nod par des effecteurs du système de sécrétion de type 3, une machinerie bactérienne surtout connue chez les pathogènes des plantes et des animaux pour son rôle dans le déclenchement de maladies ou la neutralisation de l’immunité de l’hôte (Busset et al., 2021). Les effecteurs symbiotiques, que nous appelons ET-Nods (effecteurs déclenchant la nodulation), sont nécessaires et suffisants chez ces rhizobia pour induire la nodulation chez leur légumineuse hôte, mais leur mode d'action reste inconnu.

Dans un nouvel article, publié dans New Phytologist, l'équipe de l'I2BC - une nouvelle fois en collaboration avec l'équipe d'Eric Giraud - montre que les ET-Nods "ErnA" et "Sup3" manipulent la voie de SUMOylation des cellules racinaires de l’hôte pour déclencher la nodulation, ce qui suggère que la voie de signalisation de la symbiose chez la plante hôte est contrôlée par la SUMOylation d’un ou de plusieurs de ses régulateurs.

-> Contact : peter.mergaert@i2bc.paris-saclay.fr

Jeanne Neuffer est maîtresse de conférences à AgroParisTech depuis septembre 2024. Ses activités d’enseignement sont intégrées à l’UFR Biologie et Nutrition Humaine, et ses activités de recherche à l’INRAE, dans l’équipe PROSPECT de l’unité Physiologie de la Nutrition et du Comportement Alimentaire - PNCA (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Palaiseau).

Après un master de santé publique – épidémiologie à l’ISPED, convaincue du poids du mode de vie et de la nutrition dans la santé cérébrale de la population vieillissante, Jeanne commence son parcours académique avec un doctorat au sein du centre de recherche INSERM Bordeaux Population Health. Sa recherche a porté pendant sa thèse sur la caractérisation de stratégies préventives des pathologies du vieillissement cérébral (notamment la démence et la maladie d’Alzheimer) par la nutrition et le mode de vie. Mettant à profit de riches données d’une cohorte française de personnes âgées, la cohorte des Trois Cités, elle a cherché à identifier des combinaisons nutritionnelles optimales pour le vieillissement cérébral, de nouvelles pistes de prévention au travers de l’axe intestin-cerveau, et certains groupes à risques chez qui la prévention pourrait être plus efficace pour une prévention de précision. Elle se passionne pour l’enseignement durant ces trois ans, et reste un an de plus à l’ISPED et au BPH en tant qu’ATER, où elle affine son projet de recherche et intervient dans divers enseignements en épidémiologie et statistiques. Durant cette dernière année, elle reçoit deux prix de thèse pour ses travaux, par l’université de Bordeaux (prix de thèse en biologie-santé) et par la direction générale de la santé (prix de thèse « politique et intervention en santé publique »).

Elle obtient ensuite le poste de maîtresse de conférences à AgroParisTech, où elle donne des enseignements en épidémiologie nutritionnelle et apporte son regard d’épidémiologiste aux étudiants agronomes et en master nutrition-santé. En parallèle, elle entame son nouveau projet de recherche, sur le lien entre la végétalisation de l’alimentation, de plus en plus croissante du fait des pressions environnementales et sanitaires, et le vieillissement global et cérébral. Son premier projet consiste notamment à investiguer le rôle du fer et de ses différentes formes, qui se trouve être un facteur limitant dans les régimes végétalisés, sur le vieillissement cérébral mais aussi le vieillissement en bonne santé. Elle entend généraliser ce projet à plus long-terme à l’identification des bénéfices et risques de la végétalisation de l’alimentation sur la qualité du vieillissement et le vieillissement cérébral pathologique.

“All scientific work is incomplete. All scientific work is liable to be upset or modified by advancing knowledge. That does not confer upon us a freedom to ignore the knowledge we already have, or to postpone the action that it appears to demand at a given time.” - Austin Bradford Hill (1897-1991, épidémiologiste et statisticien)

-> Contact: jeanne.neuffer@agroparistech.fr

Puri López-García est chercheuse en biologie et directrice de recherche CNRS au laboratoire Écologie, société et évolution (ESE - Univ. Paris-Saclay/CNRS/AgroParisTech). Spécialiste des micro-organismes, notamment les archées, les bactéries et les eucaryotes microbiens, elle cherche à travers l'étude du monde invisible à remonter le fil de l'histoire de la vie sur Terre et à éclairer les grandes transitions évolutives qui ont façonné cette planète. Elle est également membre de l'Académie des sciences, de l'Académie royale de Belgique et de l'Académie américaine de microbiologie.

Lire la suite du portrait sur le site de UPSaclay

Nous utilisons des mécanismes cérébraux similaires pour produire des sons complexes, ce qui constitue une piste sérieuse pour comprendre et, éventuellement, soigner certaines pathologies du langage.

Quel que soit le continent sur lequel ils grandissent, le chat miaule et le chien aboie. Cela n’est pas lié à un quelconque processus de transmission sociale ou culturelle. Ce qui n’est pas le cas chez l’être humain : la parole va dépendre de notre éducation, et de la langue que nous avons entendue tout au long de notre croissance. Si ce trait de comportement est rare dans le monde du vivant, il n’est pourtant pas unique. Nous le partageons avec certaines espèces, notamment quelques oiseaux, comme les perruches ou les diamants mandarins. Une nouvelle étude, menée par Zetian Yang et Michael Long, neuroscientifiques à l’université de New York, et publiée dans la revue Nature, nous révèle qu’une région cérébrale spécialisée fonctionne de manière identique chez l’homme et chez les perruches. Les auteurs y voient une clef pour comprendre et, éventuellement, soigner certaines pathologies.

Nicolas Giret, chercheur CNRS à NeuroPSI (CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) nous explique tout cela dans un article paru dans Le Figaro du 28 juin 2025. 

-> Contact : nicolas.giret@universite-paris-saclay.fr

La GS Chimie organise une journée scientifique sur le thème de l'utilisation de ressources critiques en chimie. Cette journée aura lieu au bâtiment Henri Moissan 2, dans l'amphithéâtre Hervé Daniel, le jeudi 16 octobre 2025.

Métaux, transition écologique, océans, recyclage, sondes, transformations chimiques et alternatives, venez découvrir les innovations sur ces sujets. 

Pour vous inscrire dès à présent, veuillez cliquer sur ce lien.

Réservez cette journée dans votre agenda, l'équipe de la GS Chimie sera ravie de vous accueillir à cette occasion.

Après deux ans d'existence, la startup Oligofeed dédiée à la préservation des abeilles obtient l'EIC Accelerator. Une formidable reconnaissance de cette innovation révolutionnaire dans le domaine de la santé des abeilles !

Parmi les 40 lauréats de l'EIC Accélérateur du cut-off d'octobre 2024 désignés par European Innovation Council and SMEs Executive Agency (EISMEA), figurent 3 startups françaises dont Oligofeed. Co-fondée par Sébastien Floquet, enseignant-chercheur chimiste à l'Institut Lavoisier de Versailles (ILV-UVSQ/CNRS) et Aneta Ozieranska, ingénieure passée par CentraleSupélec et désormais CEO, Oligofeed propose un complément alimentaire à base de molybdène pour les abeilles, sujettes à de multiples carences et attaques, qui débouchera sur la commercialisation du produit.

« L'aventure Oligofeed continue. Déjà 2 ans d'existence, une équipe de 8 personnes, un labo R&D, et quelques beaux succès (le concours I-lab de BPI, le Grand Prix du salon des inventions de Genève, le palmarès des 100 inventeurs de l'année 2024 du magazine Le Point). Aujourd'hui, Oligofeed est lauréate de l'EIC Accelerator. Le graal pour les startups et seulement entre 1% et 6% de succès », s'enthousiasme Sébastien Floquet. « A la clé 2,5 M€ pour nous aider à passer les étapes réglementaires, lancer notre production industrielle et lancer notre commercialisation en Europe et en Amérique du Nord dès que nous aurons les feux verts réglementaires. »

Bénéficiant d'une véritable ruche de partenaires, Oligofeed a pu compter sur le soutien de la Société d'accélération de transfert technologique de Paris-Saclay (SATT Paris-Saclay), l'Institut Universitaire de France, l'UPSaclay (Labex Charmmmat & AAP Poc in labs 2018), la Fondation Lune de miel, la Fondation UVSQ, l’INRAE, les étudiants de HEC au travers du programme Lab2biz, et le Syndicat National d'Apiculture.

Rappelons que l'EIC Accelerator vise à aider les startups et les PME les plus prometteuses à déployer des innovations de nature radicale et disruptive sur le marché. Il a pour ambition de jouer un rôle de catalyseur pour attirer les investisseurs privés vers des entreprises à fort potentiel.

Informations complémentaires

• EIC Accelerator
• European Innovation Council
• Oligofeed : la start up au service des abeilles
• Institut Lavoisier de Versailles (ILV-UVSQ/CNRS)

Pour la première fois en France, les encéphales de six enfants de 6 à 12 ans ont été examinés dans un appareil d’imagerie par résonance magnétique à haut champ, permettant de voir des détails plus fins de leur anatomie et de leur fonctionnement.

Six enfants de 6 à 12 ans se sont prêtés au jeu des « astronautes du cerveau » en faufilant leur tête, au printemps, dans le tunnel d’un appareil d’imagerie par résonance magnétique (IRM). Une première en France, réalisée au centre NeuroSpin du CEA Paris-Saclay, qui permet de scanner le cerveau juvénile avec une précision inédite, par une technique d’IRM à 7 teslas.

Lire la suite de l’article paru dans Le Monde

Evolène Deslignière est chargée de recherche au CNRS depuis janvier 2025. Elle a intégré l’équipe de spectrométrie de masse au sein du département Chimie et Biologie Structurales et Analytiques de l’Institut de Chimie des Substances Naturelles - ICSN (CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette). Ses recherches portent sur le développement de méthodes en spectrométrie de masse pour la caractérisation de complexes protéiques et acides nucléiques.

Après l’obtention de son diplôme d’ingénieur de l’École européenne de chimie, polymères et matériaux (ECPM) en 2018, Evolène effectue sa thèse de doctorat en chimie analytique à l’Université de Strasbourg. Sous la direction du Dr. Sarah Cianférani, elle développe de nouvelles approches en spectrométrie de masse native et mobilité ionique, notamment pour l’étude de protéines à visée thérapeutique comme les anticorps monoclonaux. Ses travaux, réalisés en collaboration avec des entreprises biopharmaceutiques, permettent d’assurer une meilleure fiabilité des traitements administrés aux patients.

En 2022, elle rejoint l’équipe du Pr. Albert Heck à l’Université d’Utrecht, aux Pays-Bas. Durant son post-doctorat, elle s’intéresse à des produits thérapeutiques beaucoup plus larges et hétérogènes que des anticorps. Ces produits ne peuvent pas être étudiés avec une analyse traditionnelle de spectrométrie de masse native, c’est pourquoi Evolène a travaillé sur d’autres techniques dites à particules uniques, comme la spectrométrie de masse à détection de charge ou la photométrie de masse. Grâce à ces développements, il a été possible de caractériser de façon plus fine des complexes protéiques et acides nucléiques extrêmement hétérogènes, tels que l’ARN messager et les virus adéno-associés, qui sont de plus en plus présents dans le paysage pharmaceutique.

À l'interface de la chimie biologique et analytique, les développements méthodologiques d’Evolène peuvent s’appliquer non seulement au domaine biopharmaceutique, mais également à la biologie structurale. C’est en ce sens qu’elle souhaite poursuivre ses travaux à l’ICSN, afin de permettre une meilleure caractérisation structurale de complexes multiprotéiques, en combinaison avec d’autres approches analytiques de biologie structurale.

“All that glitters may not be gold, but at least it contains free electrons.” – John Desmond Bernal

-> Contact : evolene.desligniere@cnrs.fr

Dans une étude publiée dans Annals of the Rheumatic Diseases, des médecins des réseaux PulmoTension (dédié à l’hypertension pulmonaire, AP-HP/UPSaclay, Service de Pneumologie, Le Kremlin-Bicêtre) et CRI-IMIDIATE (dédié aux maladies inflammatoires systémiques et ostéoarticulaires) ont décrit la plus large cohorte adulte d’hypertension pulmonaire artérielle (HTAP) associée à la maladie de Still. Cette complication rare mais grave s’est développée chez 16 patientes, dont 72% étaient porteuses de l’allèle HLA-DRB1*15. Ces patientes présentaient une forme particulièrement active de la maladie de Still, tant au moment du diagnostic de l’HTAP qu’au cours du suivi. Comparées à une cohorte témoin de 111 patients atteints de maladie de Still sans HTAP, elles présentaient plus fréquemment un syndrome d’activation macrophagique (62%) et une hyperéosinophilie (68%). La mortalité était significativement plus élevée dans le groupe HTAP (37,5% contre 0,9%, p<0,001), tous les décès étant liés à une poussée de la maladie.

L’étude montre que, dans la maladie de Still, l’HTAP peut survenir indépendamment d’une atteinte interstitielle pulmonaire, souvent sur un fond d’hyperinflammation. Les auteurs insistent sur l’intérêt d’un dépistage échocardiographique en cas de dyspnée inexpliquée, notamment chez les patientes à haut risque (femmes, HLA-DRB1*15+, SAM récurrents, hyperéosinophilie). Le traitement associant biothérapies (IL-1/IL-6) et immunosuppresseurs ciblant les lymphocytes T semble améliorer les paramètres hémodynamiques.

Ces résultats renforcent le lien entre HLA-DRB1*15 et les formes sévères de la maladie de Still, et suggèrent que cet allèle pourrait constituer un biomarqueur de risque utile à intégrer dans la stratégie de suivi et de dépistage précoce.

-> Contact : athenais.boucly@aphp.fr

Clostridioides difficile est une bactérie responsable d’infections intestinales, souvent récidivantes (15 à 25% des cas), en raison de sa persistance sous forme de spores ou de biofilm. Bien que la présence de biofilms in vivo reste à démontrer, plusieurs indices soutiennent cette hypothèse.

Dans une étude publiée dans npj Biofilms and Microbiomes, des chercheurs de l’équipe BaPS (Institut MICALIS INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Orsay), de la plateforme MIPSIT (INSERM/UPSaclay, Orsay) et du Laboratoire Matériaux et Santé (UPSaclay, Orsay) ont caractérisé la structure et la composition des biofilms formés in vitro par quatre souches de C. difficile : une souche clinique (R20291), une souche de laboratoire (630∆erm) et deux mutants altérés dans la motilité (∆fliC) ou la couche S (∆cwp84).

Les résultats révèlent une matrice exopolymérique dominée par les polysaccharides. D’autres composants, comme des protéines et de l’ADN extracellulaire (ADNe), sont présents en plus faible quantité. L’imagerie par microscopie confocale met en évidence une organisation tridimensionnelle : bactéries vivantes en surface, mortes à la base, incluses dans une matrice dense. Une découverte majeure est la visualisation de filaments d’ADNe formant un réseau en toile d’araignée, assurant la cohésion du biofilm. La DNAse I détruit ce réseau et disperse les biofilms.

Ce maillage s’associe à des composants de surface, tels que le polysaccharide II et la lipoprotéine CD1687, suggérant un rôle dans la stabilité du biofilm. Le mode de libération de ces constituants reste inconnu. Des structures proches de vésicules extracellulaires ont été observées et ces données ouvrent de nouvelles perspectives sur la caractérisation des biofilms de C. difficile.

-> Contact : sylvie.bouttier@universite-paris-saclay.fr

La néphropathie associée au polyomavirus BK (BKPyV) représente une complication majeure et fréquente de la transplantation rénale, caractérisée par une réplication virale plasmatique élevée et une diminution de la survie du greffon. À ce jour, il n’existe pas de traitement spécifique disponible et la principale approche thérapeutique consiste en une réduction de l’immunosuppression afin de rétablir une réponse immunitaire efficace.

Dans une étude publiée dans Transplantation, les chercheurs de l’UMR-S 1186 (Inserm/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) ont étudié les fonctions lymphocytaires T de 28 transplantés rénaux présentant une ADNémie détectable de BKPyV. Après une réduction significative du traitement immunosuppresseur, deux groupes de malades ont pu être identifiés. Un premier groupe, le groupe Contrôleur (C), chez qui une rapide clairance du virus a pu être observée (n=13) et un second groupe, groupe Non Contrôleur (NC) qui a  présenté une réplication virale persistante, traduisant une réponse immune insuffisante. Les traitements immunosuppresseurs d’induction et d’entretien étaient comparables entre les deux groupes. Une altération de la fonction rénale a été plus importante dans le groupe NC (p<0,055) et dans les 2 groupes la moitié des malades a développé un rejet cellulaire.

Sur le plan immunologique, les réponses des lymphocytes T spécifiques du BKPyV, en termes de prolifération et de production de cytokines, étaient significativement altérées dans le groupe NC. Cette altération fonctionnelle s’accompagnait d’une surexpression de plusieurs récepteurs inhibiteurs (PD1, TIGIT, TIM3), témoignant d’un phénotype épuisé des lymphocytes T CD4+ et CD8+ spécifiques du BKPyV. Le blocage d’un seul de ces récepteurs n’a pas permis de restaurer les fonctions effectrices ; en revanche, l’inhibition combinée des voies PD1 et TIM3 ex vivo a permis une restauration significative des fonctions des lymphocytes T CD8+ (p < 0,05).

Ces résultats montrent qu’une ADNémie à BKPyV persistante , malgré une réduction de l’immunosuppression, est associée à un épuisement fonctionnel des lymphocytes T spécifiques du virus. La restauration ex vivo de ces fonctions par un double blocage immunitaire (PD-1 et TIM3) ouvre la voie à de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblées pour améliorer le contrôle du BKPyV après transplantation rénale.

-> Contact : antoine.durrbach@inserm.fr

Dans une étude publiée dans Radiotherapy and Oncology, les membres de l’équipe Nouvelles Approches en Radiothérapie - NARA du Laboratoire signalisation, radiobiologie et cancer (UMR 3347 CNRS/UMR-S 1021 INSERM/Institut Curie/UPSaclay, Orsay) ont démontré les avantages de la radiothérapie par mini-faisceaux de protons pour les re-irradiations cérébrales.

La re-irradiation reste un défi médical en raison du risque élevé de toxicité. La radiothérapie par mini faisceaux de protons (pMBRT), qui a déjà démontré une réduction remarquable de la neurotoxicité, pourrait minimiser ce risque dans les ré-irradiations du système nerveux central. L'objectif de cette étude était de réaliser la première évaluation des effets anatomiques et fonctionnels des ré-irradiations cérébrales chez le rat par pMBRT.

Les cerveaux des rats ont été soumis soit à une seule irradiation conventionnelle aux rayons X, soit à une seconde irradiation avec la radiothérapie (RT) conventionnelle ou avec la pMBRT. Des tests comportementaux ont été effectués pour évaluer les conséquences fonctionnelles des différents schémas de ré-irradiation. Des évaluations histologiques ont également été réalisées pour caractériser les lésions tissulaires, l'inflammation et l'astrogliose.

Les ré-irradiations avec la RT conventionnelle ont conduit à un score de lésion cutanée élevé (4) comparé au score de lésion léger (2) dans les ré-irradiations pMBRT, à une altération transitoire de l'activité locomotrice et d'exploration, et ont eu un impact important sur les fonctions cognitives telles que les capacités de mémorisation contrairement aux ré-irradiations pMBRT. Ces résultats concordent avec les évaluations histologiques. La ré-irradiation par RT conventionnelle a entraîné une nécrose de la fimbria, une nécrose de l'alvéole, une nécrose de CA1 à CA4 et/ou du gyrus denté, une vasculopathie dans les plexus chez 88%, 25%, 38% et 50% des animaux, respectivement. La seule observation histologique chez les animaux ré-irradiés par le pMBRT était la nécrose des fimbrias chez 50% des animaux.

En conclusion, la ré-irradiation par pMBRT entraîne moins de neurotoxicité d'un point de vue anatomique et fonctionnel et pourrait être une alternative sûre à la pratique clinique actuelle.

-> Contact : yolanda.prezado@curie.fr

Les espèces de la famille des Brassicaceae accumulent principalement de l'huile et des protéines dans leurs graines, qui sont essentielles pour l’alimentation humaine et animale mais aussi en tant que ressources pour la chimie verte.

À ce jour, les cultures de Brassicaceae telles que le colza ont été sélectionnées principalement pour leur teneur en huile. Cependant, il existe un intérêt croissant pour leur teneur en protéines. Une forte corrélation négative entre la teneur en huile et en protéines est observée, ce qui suggère que le remplissage des graines est fortement contraint et que la manipulation indépendante de ces deux composants n'est pas triviale. Par conséquent, identifier les facteurs génétiques qui déterminent l’accumulation relative des réserves des graines est nécessaire si l’on souhaite concevoir des cultures à haut rendement produisant des graines « à façon ».

Dans un article publié dans The Plant Journal, des analyses génétiques et métabolomiques réalisées par des chercheurs de l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal - IJPB (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Versailles) ont révélé le rôle d’un kampferol glycosylé dans les phénotypes observés.

Lire la suite de l’Actu IJPB

-> Contact : sophie.jasinski@inrae.fr

Mathilde Grelon, directrice de recherche INRAE, responsable de l'équipe "Mécanismes de la Méiose" MeioMe de l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal - IJPB (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Versailles) vient d’être élue membre de l‘EMBO (Organisation européenne de biologie moléculaire). A ce titre, elle contribuera aux activités de l’organisation, notamment à la promotion de la recherche, à la formation scientifique et au développement des échanges entre scientifiques à l’échelle européenne et mondiale.

Lire la suite de l’Actu IJPB et le communiqué de presse de l’EMBO

-> Contact : mathilde.grelon@inrae.fr

Pr Claire Smadja a rejoint l’équipe de direction de la Faculté de Pharmacie de l’Université Paris-Saclay en tant que Vice-Doyenne Recherche auprès de la nouvelle Doyenne, Pr Claire Janoir.

Claire Smadja est Professeure en Nanobiotechnologie. Docteure en Pharmacie, titulaire d’un doctorat en pharmacochimie moléculaire réalisé au sein de l’unité de Pharmacochimie Moléculaire et Cellulaire (INSERM U266/CNRS 1500) à l’Université Paris-Descartes, elle a poursuivi sa formation par un stage post-doctoral au Babraham Institute de Cambridge (UK), dans le Laboratoire de Neuroscience Moléculaire. En 1999, elle est recrutée comme Maître de conférences à la Faculté de Pharmacie, où elle intègre la Jeune Équipe 2495, Protéines et Nanotechnologies en Sciences Séparatives, rattachée à l’Institut Galien Paris-Saclay (UMR CNRS 8612) en 2010.

Ses travaux de recherche ont d’abord porté sur le développement de dispositifs miniaturisés pour la détection de biomarqueurs, incluant les laboratoires sur puce et les biocapteurs. Elle a contribué à la mise au point de méthodes innovantes de pré-traitement d’échantillons complexes utilisant des particules magnétiques. Ses recherches actuelles se concentrent sur l’analyse de protéines thérapeutiques, en particulier les anticorps monoclonaux, à l’aide de méthodes séparatives miniaturisés (électrophorèse capillaire, focalisation isoélectrique capillaire) et de méthodes chromatographiques bi-dimensionnelles permettant de détecter leurs dégradations.

Elle a également exercé des responsabilités administratives, en tant que chargée de mission auprès du vice-président patrimoine pour l’opération "Biologie Pharmacie Chimie", dans le cadre du déménagement de la Faculté de Pharmacie vers le plateau de Saclay, où elle a été référente pour le domaine pharmacie et a coordonné l’ensemble des opérations au sein de l’UFR.

Sur le plan pédagogique, elle est co-responsable depuis 2020 du Master 2 Biotechnologie pharmaceutique et thérapies innovantes, et a contribué à la mise en place d’enseignements en nanobiotechnologies.

-> Contact : claire.smadja@universite-paris-saclay.fr

Summer School

Rôle du microbiome dans la santé et la maladie

17-18 septembre 2025

Domaine Saint-Paul, 102 route de Limours,

78470 Saint-Rémy-lès-Chevreuse

L’objectif de cette école d'été est de proposer deux journées complètes pour faire le point sur les connaissances actuelles concernant le microbiome, son impact sur la santé et la maladie, et les enjeux de la pharmacomicrobiomique. Cette école d’été s’adresse à 25 participants : doctorants, post-doctorants, chercheurs académiques ou issus de l’industrie pharmaceutique.

Des intervenants issus de la recherche et de l’industrie, partageront leurs expertises. Nous aurons notamment la chance d'accueillir Joël Doré, directeur de recherche spécialiste du microbiote intestinal à l’Inrae, chercheur en écologie microbienne intestinale à l’institut Micalis (Inrae/AgroParisTech/UPSaclay) et directeur scientifique du centre d’excellence en analyse du microbiome MetaGenoPolis, comme grand témoin, fort de plus de 30 ans d’expérience dans ce domaine passionnant.

Vous trouverez ci-dessus la plaquette de communication avec le QR Code d’inscription, ainsi que le programme prévisionnel. Les inscriptions sont désormais ouvertes.

Ce projet est soutenu par l’OI Healthi, la GS HeaDS, la GS LSH, le DIM BioConvS et Thermofisher, et reconnu comme formation pour les doctorants de l’ED ITFA.

Julien Pothlichet et le comité d’organisation de la Summer School sur le rôle du Microbiome dans la Santé et la Maladie

-> Contact : julien.pothlichet@inserm.fr

L'Objet Interdisciplinaire Health and Therapeutic Innovation (HEALTHI) de l'Université Paris-Saclay organise sa 5ème École d'Été-Automne "Innovation Thérapeutique" du 07 au 09 octobre 2025 au Domaine de Saint Paul à Saint-Remy-Lès-Chevreuse en Île-de-France.

Pendant deux jours et demi des sujets variés seront proposés autour de l'innovation thérapeutique et du médicament avec des intervenants du domaine aussi bien académique qu'industriel. Le programme sera communiqué prochainement.

L’École d’été de HEALTHI est ouverte aux doctorants, post-doctorants, chercheurs et enseignants-chercheurs dans la limite des places disponibles. 

Les participants peuvent être du monde académique ou privé. 

La participation à l’École d’Automne pourra être validée comme module d’enseignement pour les Doctorants.

Les frais d’hébergement et de restauration sont fixés à 50 euros pour les doctorants, 100 euros pour les Enseignants-Chercheurs et Chercheurs Académiques et 300 euros pour le secteur privé.

Dates clé :

• Avant le 23 juillet 2025 : Envoi du dossier de candidatures (CV et lettre de motivation) à l'adresse :  healthi@universite-paris-saclay.fr
• Le 25 juillet 2025: Renvoi à chaque candidat de l'information relative à l'acceptation ou pas de sa candidature.

Pour la 12ème année consécutive, l’Université Paris-Saclay s’engage à répondre aux défis de la connaissance et aux enjeux de la société, en soutenant l’émergence de projets innovants issus de ses laboratoires.

Le comité de sélection, réuni par la direction de la Recherche et de la Valorisation (DIREV) de l’université, a décerné une enveloppe de 930 000 € à 13 projets sur les 38 candidatures prometteuses reçues cette année.

Ces derniers bénéficieront de financements IDEX Paris-Saclay (Initiative d’excellence) et des Graduate Schools partenaires, afin de valider leur preuve de concept et transformer leur idée en solution concrète. Durant douze mois, l’université accompagnera ces projets dans la mise en œuvre de leur stratégie de valorisation et la construction d’une équipe expérimentée et engagée vers la maturation.

Ces résultats sont le fruit d’un processus de sélection validé par le comité de direction (CODIREV) de l’université, sur la base de critères définis dans la note de cadrage de l’appel à projets. Les projets ont ainsi fait l’objet d’une évaluation effectuée par deux jurys : l’un réunissant des personnes issues du milieu académique et des professionnels issus du monde socio-économique et présidé par des responsables de direction de valorisation, et l’autre par des spécialistes de l’innovation indépendants (Vianeo).

Parmi les 13 lauréats figurent 7 projets en lien avec les Sciences de la Vie :

• LipoLabeling : Accès plus simple aux lipides multi-marqués au carbone isotopique pour l'étude du lipidome. Davide Audisio
• SmarTher : Thérapie anti-cancéreuse radio-activable. Stéphanie Deville-Foillard
• REGLYSS : Caractérisation de souches probiotiques pour une régulation de la glycémie, en toute sérénité et sécurité. Séverine Layec
• SeedBioPep : Solution de biocontrôle à base de peptides de semences. Loic Rajjou
• OSIRIS : Programme de transcription permettant la production de protéine d’intérêt. Etienne Dervyn
• BreviThera : Complément postbiotique adjuvant aux thérapies anticancéreuses. Luis Bermudez
• MEGASPA : Cible(s) d'intérêt diagnostique, théranostique et thérapeutique dans les spondyloarthrites (SpA). Simon Glatigny