Mucosal Immunity

La Chine recourt de façon croissante aux dépistages rectaux pour tester les sujets à risque et les voyageurs arrivant de l'étranger. La méthode rebute.

Compared with nasal swabs, saliva tests may better reflect infection deep in the lungs.  To the known risk factors for developing severe COVID-19—age, male sex, or any of a series of underlying conditions—a new study adds one more: high levels of the virus in your saliva. Standard COVID-19 tests sample the nasal passage. But several new tests look for SARS-CoV-2, the pandemic coronavirus, in saliva, and the new work finds a striking correlation between high virus levels there and later hospitalization or death. If the results are confirmed, saliva tests could help doctors prioritize which patients in the early stages of the disease should receive medicines that drive down levels of the virus. “I thought it was pretty striking,” says Shane Crotty, a virologist at the La Jolla Institute for Immunology, who was not involved with the research. Crotty notes the results suggest virus levels in saliva reflect viral load deep in the lungs, where the disease does much of its damage in severe cases. “That is a fundamentally valuable insight,” Crotty says. The new work isn’t the first to link the body’s coronavirus load and disease outcome. Several research groups have found a correlation between high viral levels in the nasal passages at the time of a patient’s hospital admission and ultimate disease severity. But other groups have failed to find that same link. The standard test to detect SARS-CoV-2 samples nasal mucus using nasopharyngeal (NP) swabs. The procedure is unpleasant, but it is the customary way to sample respiratory pathogens. In recent months, however, several research groups have developed and received emergency use authorization from the U.S. Food and Drug Administration for tests detecting SARS-CoV-2 in saliva. Yale University researchers were among the first, and the university’s hospitals have been using both saliva and NP swab tests. In both cases, labs analyze the samples using quantitative reverse transcription polymerase chain reaction tests, which can detect genetic material from SARS-CoV-2 and quantify the number of viral particles in each milliliter of sample.

Researchers led by Akiko Iwasaki, an immunologist at Yale, compared viral loads in saliva and NP swabs from 154 patients and 109 people without the virus. They divided the patients into groups that had low, medium, and high viral loads as determined by both types of test. Then they compared those results with the severity of symptoms the patients developed later. They found that patients who developed severe disease, were hospitalized, or died were more likely to have had high virus loads in their saliva tests, but not in their NP swabs. Viral load in both saliva and nasal mucus declined over time in patients who recovered, but not in those who died. When Iwasaki and her colleagues reviewed patients’ electronic medical records for markers of disease in the blood, they found that high saliva viral loads correlated with high levels of immune signals such as cytokines and chemokines, nonspecific molecules that ramp up in response to viral infections and have been linked to tissue damage. People with more virus in their saliva also gradually lost certain cells that mount an immune response against viral targets, had lower levels of antibodies targeting the spike protein that the virus uses to enter cells, and were slower to develop the strong immune response needed to knock down the virus in cases where they recovered. The team’s results appeared on 10 January in a preprint that has not been peer reviewed.

Iwasaki and her colleagues argue that saliva may be a better predictor of disease outcome than nasal mucus because the latter comes from the upper respiratory tract, whereas severe disease is associated with damage deep in the lungs. “Saliva may better represent what is going on in the lower respiratory tract,” Iwasaki says, because cilia lining the respiratory tract naturally move mucus up from the lungs into the throat, where it mixes with saliva; coughs have the same effect. The results don’t have enough statistical power to reveal how much more likely a person with a high saliva viral load is to develop severe COVID-19, Iwasaki says. She is also eager for other groups to replicate the results, especially because efforts to link high NP swab viral loads with disease progression have had mixed results. If other research confirms the finding, “it would clear away a lot of the fog” around this disease, Crotty says. Monica Gandhi, an infectious disease expert at the University of California, San Francisco, adds that if saliva tests are predictive, they could help doctors identify patients to treat early with either antibodies to reduce viral load or steroids to tamp down overactive nonspecific immune responses. Saliva tests are cheaper and easier than NP tests, but much less widely available. So confirmation of the new results could bolster efforts to make saliva tests more readily available, says Sri Kosuri, CEO of Octant, Inc., a biotech company. “If this study happened in March, we’d be talking about whether we should be doing NP testing at all,” Kosuri says.

Preprint available in medRxiv  (Jan. 10, 2021):

https://doi.org/10.1101/2021.01.04.21249236 

It has been reported that SARS-CoV-2 may use ACE2 as a receptor to gain entry into human cells, in a way similar to that of SARS-CoV. Analyzing the distribution and expression level of ACE2 may therefore help reveal underlying mechanisms of viral susceptibility ...

Le virus responsable du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2) est un Betacoronavirus de la famille des Coronaviridae. Il est responsable de la maladie appelée Covid-19. Les premiers cas d’infection au SARS-CoV-2 ont été rapportés en décembre 2019, dans la province de Wuhan en Chine. Depuis, le virus s’est propagé sur tous les continents, provoquant une pandémie. Comme la majorité des virus respiratoires, le SARS-CoV-2 se transmet principalement par voie aérienne, sous forme de gouttelettes. Ces gouttelettes se déposent sur des surfaces et vecteurs inertes (« fomites »). Le virus peut ensuite être transmis par contact avec ces surfaces (OMS 2020). Il est donc crucial dans la lutte contre la propagation du virus de disposer de moyens de décontamination surfacique. Ce travail s’inscrit dans cet objectif d’évaluer l’efficacité virucide sur le SARS-CoV-2 de différents biocides appliqués à la décontamination de surface. Les laboratoires et hôpitaux utilisent le plus souvent des solutions commerciales, telles que l’Anioxy-Spray™, le Surfa’Safe™ (Laboratoires ANIOS) et le Septalkan™ (Alkapharm), pour la décontamination des objets et plans de travail selon une action volontaire, sous la forme d’une pulvérisation dirigée sur les surfaces à traiter. Toutes ces solutions sont indiquées comme étant efficaces sur les virus (Laboratoire ANIOS, n.d.; Laboratoires ANIOS, n.d.; Alkapharm, n.d.), selon les normes EN 14 476, EN 13 610 et EN 14 675. D’autres produits chimiques plus communs, que nous pourrions appeler «grand public», peuvent aussi présenter des propriétés biocides. Citons par exemple l’éthanol (principal principe actif du gel hydro-alcoolique), efficace en milieu liquide sur les coronavirus SARS-CoV-1 (responsable de l’épidémie de 2003), MERS-CoV (coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient) et SARS-CoV-2 (Kratzel et al. 2020 ; Kariwa et al. 2004), l’Eau de Javel, à une concentration minimale de 500 ppm en chlore (Lai et al. 2005) ou bien encore le vinaigre d’alcool, à une concentration de 6 % en acidité (Rabenau et al. 2005) efficaces en phase liquide sur le SARS-CoV-1. Enfin, des biocides utilisés dans des secteurs non médicaux ou de laboratoire peuvent aussi être utiles dans la lutte contre le SARS-CoV-2. Il s’agit par exemple du Bactipal ELV™; une solution à base d’acide peracétique (5 %), de peroxyde d’hydrogène et d’acide acétique utilisée en horticulture (homologuée par le Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation). Il présente une activité virucide à une concentration finale de 2 % (JohnsonDiversey, n.d.). L’objectif du travail présenté ici n’est pas d’aboutir à une normalisation de ces produits biocides. Il s’agit pour nous de vérifier leur activité, déjà éprouvée contre d’autres micro-organismes, sur des dépôts de SARS-CoV-2 en suspension dans une matrice comportant deux niveaux d’interférents, décrits par la norme NF EN 14 675, représentatives de conditions réelles de travail ou de circonstances de la vie quotidienne (salissures ménagères par exemple). Toutes les études avec du virus vivant ont été réalisées dans un laboratoire de niveau de sécurité biologique 3 (NSB3) selon les recommandations de la SFM (SFM avril 2020). Le matériel et méthode détaillé est présenté en annexe de ce texte. Brièvement, 10 µL d’une suspension virale à 2×106 pfu/mL, soit 2×104 pfu, ont été déposés sur des cupules stériles en inox de 9 mm de diamètre. Cette concentration est une condition majorante par rapport à des niveaux de contamination observés dans des prélèvements humains et des prélèvements de surface en milieu hospitalier (Wölfel et al. 2020, Ong et al. 2020). Les dépôts ont été séchés à température ambiante pendant 40 minutes. Cette étape de séchage engendre une chute de titre viral de 1,2 ± 0,6 log10 . A l’issue du séchage, une solution biocide a été appliquée sur la surface de la cupule. Le tableau 1 récapitule les résultats de ces évaluations. La réduction du titre viral est calculée par rapport à la moyenne des titres viraux des contrôles non traités par le biocide, correspondant à un dépôt de 10 µL de suspension virale séché pendant 40 minutes en même temps que les dépôts des cupules traitées. Les cupules témoin ne reçoivent pas de biocide mais subissent le même temps de séchage que les cupules essais. Les conditions pour lesquelles aucune particule virale n’a pu être mise en évidence après traitement figurent dans les cases grisées.

Preclinical tests at UAB last year showed potent systemic and mucosal immune responses in mice after a single intranasal dose. The vaccine candidate was developed by Maryland-based Altimmune Inc. Credit: UAB BIRMINGHAM, Ala.

According to the scientists, including those from Sorbonne University in Paris, the IgA antibodies found in the mucosa dominate the early response to the SARS-CoV-2 virus compared to other antibodies such as the IgM and IgG.