Life Sciences Université Paris-Saclay

Les vésicules extracellulaires (VEs), et en particulier les exosomes, sont des vésicules sécrétées par la plupart des types cellulaires. Les exosomes jouent un rôle primordial dans le développement du système immunitaire ainsi que dans le domaine de la communication cellulaire. Environ 96% de ARNs exosomaux sont des micro-RNAs (miRs), petits ARN (19-25 nucléotides) non codants qui régulent l'expression des gènes après la transcription et contrôlent divers processus biologiques. Les miRs véhiculés par les exosomes (exo-miRs) sont des biomarqueurs de maladies, étant donné leur rôle régulateur dans de nombreux processus cellulaires. Pour pouvoir utiliser les exo-miRs dans le diagnostic ou dans le suivi de pathologies, il est nécessaire de consolider la technique qui permet d’obtenir un profil exo-miRs à partir d’un faible volume de fluide corporel de départ (inférieur à 1 mL) qui, à ce jour, reste un défi technique majeur.

 

Dans le cadre d’un Laboratoire Partenarial Associé (LPA) entre l’unité INRAE UMR1313 GABI (à laquelle sont rattachées la plateforme @Bridge et le plateau de microscopie électronique à transmission (MET) de la plateforme MIMA2 (MIMA2-MET)), et la société Excilone, les partenaires ont associé leurs compétences complémentaires dans le but de rechercher de nouvelles solutions diagnostiques dans le domaine de la santé animale et humaine, via l’analyse des miRs contenues dans les exosomes et/vésicules extracellulaires (VEs) d’origines différentes. En effet, la plateforme @Bridge a une expertise reconnue dans l’analyse microgénomique (analyse génomique adaptée au petit échantillon ou à la cellule unique). De son côté, la société Excilone, a une expertise reconnue dans l’isolement et caractérisation d’exosomes ou VEs de différents biopsies liquides. Enfin, MIMA2-MET a une expertise reconnue pour la caractérisation de l’intégrité structurale des VEs ou exosomes. Cette complémentarité leur a par ailleurs permis d’obtenir un financement Carnot (Action filière Santé Carnot France Futur Elevage, programme FINDMED » pour le projet DIGIEXOMIR : « Validation d’outils (dPCR) pour la quantification des microRNAs (miRs) extraits de vésicules extracellulaires et/ou exosomes ».

 

Résultat ? Les premières études réalisées par les partenaires ont montré que la quantité d’ARN extrait des exosomes purifiés à partir de 500 µL de fluide biologique (plasma, lait, etc.) est si faible qu’elle n’est pas détectable par des approches standard. La technique de digital PCR (ddPCR QX200 Bio-Rad) accessible sur la plateforme @Bridge est 10 fois plus sensible que la qPCR, peu influencée par les impuretés inhibitrices et plus compatible avec le multiplex. C’est ainsi que, après isolement et visualisation des exosomes extraits à partir d’1 mL de lait de différentes espèces et/ou de 500 µL de sérum humain, les mesures de 5 miRs en qPCR et ddPCR ont été réalisées à partir d’exo-miRs. Les données obtenues ont confirmé que tous les miR testés (faiblement ou fortement exprimés) étaient détectables par ddPCR et les résultats étaient robustes et reproductibles.

 

Contact : claudia.bevilacqua@inrae.fr

 

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ici pour @Bridge et MIMA2 / Plateau de microscopie électronique à transmission (MET).

 

@Bridge. L'offre de services et d'équipements de la plateforme @BRIDGe (animal Biological Resources for Integrated and Digital Genomics), intègre la conservation de l'échantillon biologique et son analyse au niveau moléculaire, cellulaire ou tissulaire. Les domaines d'activité sont la génomique structurale et fonctionnelle, la microgénomique (analyse génomique à l'échelle cellulaire) spatiale ou en microfluidique, l'analyse morphologique. Les équipements, à la pointe de la technologie, sont aussi mis à disposition de ses utilisateurs qui bénéficieront d’un accompagnement par un personnel qualifié. Le Centre de Ressources Biologiques permet une gestion sécurisée des échantillons, leur caractérisation et leur distribution, ainsi que la fourniture de procédures expérimentales et d'outils pour l'analyse des données. Dans le cadre d’un Laboratoire Partenarial Associé (LPA) entre l’unité INRAE UMR1313 GABI (à laquelle est rattachées la plateforme) et la société Excilone, les partenaires ont associé leurs compétences complémentaires dans le domaine de la nanogénomique. Le but est de rechercher de nouvelles solutions diagnostiques dans le domaine de la santé animale et humaine via par exemple l’analyse des miRs contenues dans les exosomes et/vésicules extracellulaires (VEs) d’origines différentes ou dans le tissus fixée (FFPE). La plateforme @BRIDGe est certifiée ISO 9001:2015 et NFS 96 900 pour sa partie biobanque. La biobanque est labellisée ISC (Infrastructure Scientifique Collective) par l'INRAE depuis 2018 et fait partie de l’infrastructure nationale RARe (https://agrobrc-rare.org).

 

MIMA2 / Plateau de microscopie électronique à transmission (MET). Le plateau de microscopie électronique à transmission au sein de la plateforme MIMA2 (MIMA2-MET) dispose d’un ensemble d’équipements et de techniques permettant l’étude d’objets biologiques (cellules, tissus, microorganismes) de leur ultrastructure générale à la localisation des organites intra-cellulaires. Les protéines ou les nano-objets biologiques sont observés après coloration négative. La localisation intra-cellulaire de protéines peut être étudiée soit par immunocytochimie sur des cryo-coupes ou par une analyse en microscopie corrélative. Le plateau par son expertise, propose soit des prestations « clé en main », soit de vous accompagner et de vous former pour réaliser vos expériences depuis la collecte des échantillons jusqu’à l’interprétation des données images.

 

A propos d’Excilone. Excilone est une société qui propose une gamme complète de prestations centrée sur l’analyse histopathologique (e.g. coloration HE et spéciales, immunohistochimie, hybridation in situ, Tissue Micro Array, FISH etc.), numérisation des lames, analyse d’image en fond clair et en fluorescence avec gestion des lames virtuelles sur une plateforme de partage. Un anatomo-pathologiste apporte également son expertise en toxicologie, en neurologie, en oncologie et en biomarqueurs tissulaire. Excilone propose également une offre de service autour de trois grandes technologies : la microdissection laser, le tri et l’isolement de cellules avec la technologie DEParray, et la purification de vésicules extracellulaire et exosomes à partir de tout type de fluide biologique. Excilone a développé un réel savoir-faire sur l’analyse et traitement de microquantité d’échantillons biologiques pour les rendre exploitables en Micro-Nanogénomique (extraction et analyse d’ADN, ARN, protéines). La partie R&D et la plateforme d’histologie sont localisés sur le campus INRAE de Jouy-en-Josas (78).

 

A propos du Laboratoire Partenarial Associé (LPA) GABI-EXCILONE. Le LPA définit un cadre partenarial entre une entreprise et une unité de recherche, sur la base d’un programme de travail commun pour lequel différents projets de recherche sont mis en œuvre. Le LPA GABI-EXCILONE concerne le domaine de la nanogénomique et a pour objectifs de développer des technologies d’analyse moléculaire multi-omiques, à l’échelle cellulaire et infra-cellulaire, pour comprendre l’élaboration des phénotypes normaux ou pathologiques. Ce LPA valorise la complémentarité des partenaires, sans condition d’exclusivité, et permet une utilisation optimale des compétences et moyens matériels, dans la mesure où les activités R&D de la société Excilone sont maintenant hébergées par le centre INRAE Ile-de-France-Jouy-en-Josas-Antony.

Imaginez-vous en train d’écouter une mélodie composée de deux types de sons : A et B, par exemple ABABABABABABABAB. Pour mémoriser cette mélodie, votre cerveau ne va pas mémoriser les 16 sons séparément. Il va identifier les régularités présentes (ici, les alternances) pour ne mémoriser qu’une représentation compressée de la mélodie. Les mélodies peuvent présenter des structures et des complexités différentes. Ainsi, AABBABABAABBABAB est plus complexe mais toujours mémorisable.

 

Pour comprendre comment le cerveau humain encode ces séquences auditives, des chercheurs de l’Unité de recherche en Neuroimagerie Cognitive (UNICOG, NeuroSpin, CEA / Institut des Sciences du Vivant Frédéric Joliot, CEA Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette) font l’hypothèse que l'humain utilise un langage de l’esprit, similaire à un langage de programmation. Celui-ci est constitué d’opérations élémentaires (répétition et alternance) qui, composées de façon récursive, forment les programmes mentaux décrivant les séquences sous leur forme compressée. Une étude a été menée pour tester cette hypothèse et décoder la représentation mentale de ces séquences grâce à la magnétoencéphalographie (MEG), méthode de neuroimagerie alliant grande résolution temporelle et spatiale. Cette étude a été menée principalement sur la plateforme NEUROSPIN / Imagerie chez l’homme en MEG.

 

Les participants écoutaient des séquences plus ou moins complexes pendant que les champs magnétiques issus de l’activité du cerveau étaient enregistrés avec la MEG (Planton et al., PLOS 2021). Parfois, un son déviant était introduit. Les méthodes récentes de machine learning, permettant de décoder les représentations mentales, montrent que le cerveau humain utilise bien un tel langage (Planton, Al Roumi et al. Neural evidence for mental compression of binary sequences using a language of thought, submitted). Ce résultat confirme ainsi ceux obtenus en 2021 par cette même équipe (Al Roumi et al., Neuron 2021) dans le cadre de séquences de positions spatiales présentant des régularités géométriques.

 

Reste à comprendre si la capacité à utiliser un tel langage abstrait est propre à l’espèce humaine ou est partagée avec d'autres espèces. Histoire à suivre !

 

Contact : fosca.alroumi@cea.fr

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NEUROSPIN / Imagerie chez l’homme en MEG. La magnétoencéphalographie (MEG) est une technique d’imagerie cérébrale non invasive permettant de mesurer les champs magnétiques générés par les neurones du cerveau humain avec une haute résolution temporelle et une bonne résolution spatiale. En effet, lorsqu’elle est combinée à l'IRM anatomique du participant, la MEG permet de reconstruire l'activité cérébrale dans le cortex et certaines zones sous-corticales avec une résolution spatiale de quelques millimètres. Elle constitue donc une méthode particulièrement adaptée à l’étude des bases neurales des grandes fonctions cognitives humaines telles que le langage, l’attention, la perception et la prise de décision. Dans une perspective clinique, la MEG peut également être utilisée dans le dépistage des foyers épileptiques. Le centre MEG de NeuroSpin est ouvert aux collaborations avec la communauté des neurosciences de l’Ile-de-France, en particulier l’Université Paris Saclay, mais également au niveau national et international. Elle assure le développement, la mise en place et la gestion des protocoles expérimentaux et propose des formations à l’acquisition et l’analyse des données.

 

A propos de l’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot : L’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot (CEA-Joliot) étudie les mécanismes du vivant pour, à la fois, produire des connaissances et répondre à des enjeux sociétaux au cœur de la stratégie du CEA : la santé et la médecine du futur, le numérique et la transition énergétique. Les travaux, fondamentaux ou appliqués, reposent sur des développements méthodologiques et technologiques. Les collaborateurs du CEA-Joliot sont pour moitié impliqués dans des unités mixtes de recherche (UMR), en partenariat avec le CNRS, l'INRAE, l’INRIA, l'Inserm, l’Université Paris-Saclay et l’Université de Paris. Le CEA-Joliot est implanté principalement sur le centre CEA-Paris-Saclay. Des équipes travaillent également à Orsay, Marcoule, Caen, Nice et Bordeaux.

Pour étudier les mécanismes à l’origine de l’efficacité ou de la toxicité des médicaments, il est judicieux de mesurer leur cinétique directement dans les tissus et à l’échelle de l’organisme entier. Dans ce cadre, l’imagerie dynamique corps-entier en tomographie par émission de positons (TEP) utilisant des analogues radiomarqués de médicaments apparaît comme une technique innovante. Elle permet de révéler le devenir des médicaments dans l’organisme et ainsi d’explorer les mécanismes moléculaires contrôlant leur pharmacocinétique au niveau du corps-entier. Associée à la TEP dans le contexte de l’imagerie hybride TEP-IRM, l’imagerie par résonance magnétique (IRM) corps-entier présente un excellent contraste dans les tissus mous et ses possibilités fonctionnelles permettent d’obtenir un outil idéal pour la pharmacologie (plus d’informations : voir Marie et al. Neurology 2019). Cette approche corps-entier est nouvelle en pharmacologie et a valu à Solène Marie (ex-doctorante de notre laboratoire) le prix national L'Oréal-UNESCO Pour les femmes et la science "Jeunes Talents France".

 

Réaliser un examen dynamique corps-entier sur un imageur hybride TEP-IRM relève toutefois du défi en raison de son champ de vue limité à 25 cm selon l’axe longitudinal. Il n’est donc pas possible de mesurer simultanément la distribution du médicament radiomarqué en tout point de l’organisme et en tout instant. Il est alors nécessaire de réaliser de nombreux déplacements longitudinaux du support patient, au détriment de la sensibilité et de la résolution cinétique. Afin de pallier cette perte de sensibilité et de résolution, un outil numérique dédié de reconstruction d’images TEP corps-entier dynamiques a été développé et mis en œuvre sur la plateforme d’imagerie TEP-IRM du SHFJ (plus d’informations : voir Chalampalakis et al. Phys. Med. Biol. 2021). Ce travail a été réalisé par Zacharias Chalampalakis (également ex-doctorant de notre laboratoire) dans le cadre d’une action Marie Skłodowska-Curie du programme Horizon 2020 de l’Union Européenne. L’outil numérique est basé sur la plateforme logicielle ouverte CASToR, développée par un consortium de partenaires académiques français soutenu par le réseau France Life Imaging et auquel appartient le laboratoire BioMaps (Institut Joliot, Service Hospitalier Frédéric Joliot, Orsay).

 

Contacts : Claude Comtat (claude.comtat@cea.fr)

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SHFJ / Imagerie préclinique et clinique, in vivo, TEP/IRM : La plateforme d'imagerie TEP-IRM du SHFJ permet de réaliser des acquisitions simultanées TEP (tomographie par émission de positons) et IRM (imagerie par résonance magnétique, 3 Tesla) cliniques et précliniques, corps entier, synchronisées ou non à la respiration, statiques ou dynamiques. L'imagerie TEP se fait au moyen de radiotraceurs extérieurs ou produits sur site. Les compétences sont disponibles pour l'analyse et l'interprétation des données pharmacocinétiques en regard de données d'imagerie multimodale acquises au SHFJ ou dans d'autres centres.

 

A propos de l’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot : L’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot (CEA-Joliot) étudie les mécanismes du vivant pour, à la fois, produire des connaissances et répondre à des enjeux sociétaux au cœur de la stratégie du CEA : la santé et la médecine du futur, le numérique et la transition énergétique. Les travaux, fondamentaux ou appliqués, reposent sur des développements méthodologiques et technologiques. Les collaborateurs du CEA-Joliot sont pour moitié impliqués dans des unités mixtes de recherche (UMR), en partenariat avec le CNRS, l'INRAE, l’INRIA, l'Inserm, l’Université Paris-Saclay et l’Université de Paris. Le CEA-Joliot est implanté principalement sur le centre CEA-Paris-Saclay. Des équipes travaillent également à Orsay, Marcoule, Caen, Nice et Bordeaux.

PASREL-imagerie interface les plateaux techniques en imagerie des centres de recherche du CEA Paris-Saclay : IDMIT et MIRCen d’une part (Institut de biologie François Jacob, CEA de Fontenay-aux-Roses), NeuroSpin et SHFJ (Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot, Saclay), d’autre part. L’ensemble regroupe aujourd’hui 33 plateaux techniques (tous référencés sur Plug In Labs Université Paris-Saclay) et 10 laboratoires ou unités mixtes de recherche qui collaborent autour de projets ambitieux depuis de nombreuses années et ont atteint maintenant la maturité nécessaire pour s’ouvrir plus largement aux partenaires industriels.

 

En lien avec l’objet interdisciplinaire Hub-PASREL, PASREL-imagerie vise à connecter la Recherche, l’Hôpital et l’Industrie en se concentrant sur les filières franciliennes du médicament et de l’imagerie médicale. À ce titre, PASREL-imagerie organise le 21 octobre 2022 la première édition de sa journée-rencontre "Accélérer le développement de médicaments à l'aide de biomarqueurs d'imagerie biomédicale". Cet événement, qui se tiendra à la Cité internationale universitaire de Paris, vise à rassembler tous les acteurs du secteur biomédical et à mettre en lumière le rôle significatif de l'imagerie préclinique et clinique in vivo dans le développement de médicaments.

 

Au programme : i) des présentations de projets innovants par des partenaires industriels et académiques ; ii) l'intervention d'experts en imagerie moléculaire, sur des thématiques innovantes et amont comme la phase 0 / microdosage pour dé-risquer les innovations médicales ; et iii) des rendez-vous B2B virtuels et en personne organisés les 20 et 21 octobre pour permettre aux participants de développer leur réseau et renforcer leurs collaborations académiques et industrielles.

 

En savoir plus et s’inscrire ? (inscription gratuite mais obligatoire)

 

Contact : pasrel@cea.fr ou pasrel-imagerie@pasrel-imagerie.fr

 

Retrouver toutes les plateformes de PASREL-Imagerie sur Plug In Labs Université Paris-Saclay

 

A propos de l’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot. L’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot (CEA-Joliot) étudie les mécanismes du vivant pour, à la fois, produire des connaissances et répondre à des enjeux sociétaux au cœur de la stratégie du CEA : la santé et la médecine du futur, le numérique et la transition énergétique. Les travaux, fondamentaux ou appliqués, reposent sur des développements méthodologiques et technologiques. Les collaborateurs du CEA-Joliot sont pour moitié impliqués dans des unités mixtes de recherche (UMR), en partenariat avec le CNRS, l'INRAE, l’INRIA, l'Inserm, l’Université Paris-Saclay et l’Université de Paris. Le CEA-Joliot est implanté principalement sur le centre CEA-Paris-Saclay. Des équipes travaillent également à Orsay, Marcoule, Caen, Nice et Bordeaux.

 

A propos de l’Institut de biologie François Jacob. l’Institut de biologie François Jacob (CEA-Jacob), situé principalement sur les sites CEA/Paris-Saclay de Fontenay-aux-Roses et d’Evry, a pour mission de renforcer la recherche fondamentale et de développer les recherches translationnelles et technologiques dans trois domaines : la radiobiologie et la radiotoxicologie, la santé humaine (affections neurodégénératives, infectieuses et immuno-hématologiques) et la génomique médicale et environnementale. Au sein de l’institut, le CEA partage la co-tutelle de plusieurs unités mixtes de recherche avec d’autres établissements publics : le CNRS, l’Inserm et les universités Paris-Saclay (Paris-Sud, Evry-val-d’Essonne), Paris-Cité (Paris-Diderot), et Paris-Est Créteil Val de Marne.

Entre RIO et IBiSA, la qualité sur les plateformes. Tout autant dans l'exotisme, c’est RIO – la réunion inter-organismes – qui se trouve à l’origine du GIS IBiSA et de sa mission qualité. Depuis toujours, l’expertise est portée avec cœur et conviction par Marie-Pierre Dubrulle, docteur en biologie et qualiticienne. Depuis toujours car, au moment de la création du GIS, elle accompagnait déjà les plateformes RIO dans leurs démarches de certification.

 

Une nouvelle mission sur les INBS pour IBiSA. Le GIS IBiSA a été mandaté par ses tutelles pour mener une réflexion sur le périmètre actuel des infrastructures nationales en biologie-santé (INBS). L'objectif est de proposer une organisation adaptée aux besoins de chaque communauté de recherche.

 

La gouvernance de certaines INBS est certifiée ISO 9001. Propulsée par des responsables de plateformes certifiées, la « culture management qualité » a gagné la gouvernance de certaines INBS telles que PHENOMIN, France Génomique et IDMIT, qui a certifié l’ensemble de ses activités scientifiques. IBiSA prépare un article pour présenter France Génomique.

 

Nouvelle rubrique dans la newsletter du GIS IBiSA. Rencontre des plateformes de protéomique, ateliers IBiSA sur le plan de gestion des données (PGD), lancement de l’annuaire des centres de ressources biologiques (CRB) IBiSA, résultats de l’appel d’offres Plateformes IBiSA 2022... Les dates clés à venir sont maintenant annoncées dans une rubrique dédiée de la newsletter.

 

Vous souhaitez recevoir la newsletter publiée par IBiSA chaque trimestre ? Inscrivez-vous !

 

Vous souhaitez connaitre les plateformes de l’écosystème Paris-Saclay labélisées IBiSA ? Vous avez besoin d'un équipement de pointe ou des compétences d'une plateforme en sciences du vivant pour faire progresser vos travaux de recherche ? L'annuaire IBiSA vous aide à identifier les structures appropriées sur le territoire national.

 

Vous souhaitez découvrir le potentiel complet de Paris-Saclay en termes de plateformes ? L’interface Plug In Labs Université Paris-Saclay recense et rend visible plus de 200 plateformes du domaine Sciences de la vie - des plateaux techniques, des plateformes technologiques, des infrastructures d’expérimentation, mais aussi des collections - en d’autres termes, des espaces de laboratoires dotés d’équipements, souvent uniques, ou de banques de ressources, associés à un fort potentiel humain, les opérant et les maintenant au meilleur niveau technologique.

 

A propos d’IBISA. Le GIS IBiSA coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux infrastructures de biologie, santé et agronomie. Placé sous la tutelle du CEA, du CNRS, d'INRAE, de l'Inria, de l'Inserm, de l’INCa, de la CPU et du Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation (MESRI), il est l’unique instrument de financement commun à l’ensemble des établissements en sciences du vivant, Grâce à deux appels d’offres dédiés, les plateformes et centres de ressources biologiques (CRB) peuvent candidater à la labellisation IBiSA et accéder à des financements conséquents pour des investissements jugés nécessaires à leurs missions. Le GIS conditionne son soutien à une ouverture large à la communauté scientifique. Il encourage également la création de structures de pilotage, concertation et coopération, l'animation de réseaux thématiques, et accompagne les démarches qualité en vue de la structuration et certification des plateformes.

 

A propos de Plug In Labs Université Paris-Saclay. Plug In Labs Université Paris-Saclay ou PILUPS pour les intimes, est le portail numérique unique retenu par l’Université Paris-Saclay pour la mise en valeur et promotions des compétences, expertises et technologies des laboratoires et plateformes technologiques de son territoire ! Piloté par l’Université Paris-Saclay et la SATT Paris-Saclay, financé par l’IDEX et le Fonds national de valorisation, PILUPS est accessible à tous depuis 2017, partenaire académique comme entreprise, en particulier les PME. Un seul site web : https://www.pluginlabs-universiteparissaclay.fr. Et une seule adresse mail : pluginlabs@universite-paris-saclay.fr.

Vous avez dit TechMab ? TechMab est en effet une plateforme relativement nouvelle sur le territoire Paris-Saclay. Créée courant 2020, labélisée IBiSA en 2021, cette plateforme originale est portée par le CEA / Institut des Sciences du Vivant Frédéric Joliot et plus particulièrement son département « médicaments et technologies pour la santé » (DMTS, UMR 0496, CEA/UPSaclay/INRAe, CEA Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette). Un mot-clé la caractérise : « anticorps », et les applications portées par TechMab pour ces macromolécules sont larges : anticorps pour le diagnostic, mais aussi anticorps pour la thérapie ! En savoir plus ?

 

L’été approche, mais TechMab fourmille de projets innovants ! Exemples choisis …

 

Initié en 2020, le projet franco-allemand PLANT associe principalement le Robert Koch Institute (RKI) de Berlin et les équipes du DMTS afin de développer des tests de diagnostic et des contremesures médicales vis-à-vis de toxines de plantes faisant partie de l’arsenal de la menace terroriste. Le projet s’appuie sur les plateaux techniques de TechMab pour générer de nouveaux anticorps, évaluer leur activité de liaison et leur propriétés neutralisantes, localiser leur épitope, faire l’ingénierie de leur séquence, les caractériser par spectrométrie de masse et évaluer la sensibilité des tests de diagnostic. Ce projet illustre parfaitement l’offre intégrée de TechMab.

 

Les agents infectieux sont également sous le coup des mandibules de TechMab. En effet, l’infection de SARS/COV2 perdurant, de nouveaux anticorps sont en développement aussi bien pour le diagnostic que pour le traitement des patients infectés. Dans ce cadre, le projet DIAGRAMIE, lauréat de l’AMI maladie infectieuse émergentes lancé par la BPI, a l’ambition de développer une filière de diagnostic au lit du patient pour des agents pathogènes. Ce projet est porté par la société NGBiotech et est une collaboration avec l’AP-HP (CHU Kremlin-Bicêtre).

 

Enfin, alors que les cigales chantent à tue-tête dans les pinèdes, les équipes TechMab localisées sur le site CEA de Marcoule (LI2D) s’intéressent à la récente infection par le Monkeypoxvirus et affutent leurs derniers anticorps pour la détection du virus et le diagnostic rapide de la variole du singe. La cuticule crisse en salle de culture pour évaluer l’immunogénicité des derniers anticorps thérapeutiques et bispécifiques de sociétés pharmaceutiques et de start-up.

 

La canicule s’emballe et c’est bientôt l’été mais les antennes des équipes TechMab sont à l’affut de nouveaux projets et les ocelles sont grandes ouvertes. N’hésitez pas à nous contacter !

 

Contact : bernard.maillere@cea.fr ; laurent.bellanger@cea.fr

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI

 

TechMab. La plateforme TechMab, labélisée IBiSA en 2021, offre un ensemble unique et intégré de technologies dédiées au développement d'anticorps pour le diagnostic, la détection et la thérapie. Ces technologies s’appuient sur les expertises de 9 laboratoires de recherche associés à la plateforme, et comprennent : i) la génération, la caractérisation et l'ingénierie d’anticorps, ii) le marquage radioactif et la modification chimique d’anticorps, iii) l’étude de la biodistribution d’anticorps, iv) le développement de tests de détection et de diagnostic à partir d’anticorps, et v) l’évaluation préclinique de l’immunogénicité d’anticorps. De plus, les services fournis par la plateforme mettent en jeu l’expertise et les équipements de plusieurs plateaux techniques hébergés au sein du Département Médicaments et Technologies pour la Santé (CEA / Joliot), comme les plateaux de production d’anticorps (ProdIg, eZYMAB) et d’ingénierie moléculaire des anticorps (Yeast Display), le plateau de marquage isotopique (tritium, carbone-14) et le plateau d’imagerie ex vivo (beta-imagerie), le plateau d’évaluation préclinique de l’immunogénicité, et enfin SMART-MS, plateau spécialisé dans le développement et la validation de méthodes de bioanalyse quantitative par LC-MS/MS.

 

A propos de l’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot : L’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot (CEA-Joliot) étudie les mécanismes du vivant pour, à la fois, produire des connaissances et répondre à des enjeux sociétaux au cœur de la stratégie du CEA : la santé et la médecine du futur, le numérique et la transition énergétique. Les travaux, fondamentaux ou appliqués, reposent sur des développements méthodologiques et technologiques. Les collaborateurs du CEA-Joliot sont pour moitié impliqués dans des unités mixtes de recherche (UMR), en partenariat avec le CNRS, l'INRAE, l’INRIA, l'Inserm, l’Université Paris-Saclay et l’Université de Paris. Le CEA-Joliot est implanté principalement sur le centre CEA-Paris-Saclay. Des équipes travaillent également à Orsay, Marcoule, Caen, Nice et Bordeaux.

Les biobanques (ou Centre de Ressources Biologiques - CRB) sont des plateformes incontournables pour la recherche clinique et fondamentale. Créée en 2006, celui de Paris-Saclay (Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay) compte environ 180  000 échantillons de plasma, sang total, ADN, ARN, PBMC et tissus en 2022. Ces échantillons sont recueillis dans les quatre hôpitaux du GHU Paris Saclay (CHU Paul Brousse, Bicêtre, Béclère et Raymond Poincaré) sur six sites de réceptions. Le Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay participe au « biobanking » qui est « le processus d’acquisition et de stockage, ainsi que tout ou partie des activités liées au prélèvement, à la préparation, à la préservation, aux tests, à l’analyse et à la distribution de matériels biologiques définis, y compris les informations et les données associées » d’après la norme ISO 20387.

 

L’objectif du Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay est de mettre à disposition pour la communauté scientifique des services et des ressources biologiques de haute qualité. C’est pourquoi elle s’appuie sur une démarche de qualité essentielle. Le contrôle de la qualité des échantillons est important pour la biobanque labélisée IBISA et certifiée AFNOR NF S 96-900 depuis 11 ans. Cette certification assure le respect du droit du patient et de l’éthique. Le Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay a pour objectif de répondre aux exigences de la nouvelle norme ISO 20387 des biobanques en 2023.

 

Le Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay s’assure aussi de l’enregistrement de données patients dans un système informatique sécurisé. En effet, les échantillons biologiques sont associés à des données clinico-biologiques et sont enregistrés dans le logiciel de gestion des ressources biologiques et des données associées du logiciel Tumorotek® déclaré à la CNIL qui permet la traçabilité des ressources biologiques. Les échantillons conservés obtenus sont soit issus du soin et requalifiés pour la recherche soit obtenus dans le cadre de protocole de recherche. Ces échantillons couvrent plusieurs thématiques de différentes spécialités médicales : Maladies Rares Adultes et Pédiatriques, Pneumologie, Néphrologie, Transplantation d’organe, Urologie, Rhumatologie, Médecine Interne, Psychiatrie, Hépatogastro-entérologie, Tumeurs du Foie de l’enfant et adultes et autres…

 

Enfin, le Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay réalise aussi des prestations de service pré et post-analytique : centralisation des collections, extraction de l’ADN et ARN avec un appareil QIAGEN QIAsymphony® (encart B), aliquotage automatique avec l’automate Beckman Biomek Nxp Span 8® (encart C) sur le site Bicêtre. Le CRB assure un stockage sécurisé au niveau des températures des enceintes de congélation sur différents sites grâce au logiciel Sirius. Ses principales activités sont la collecte de ressources biologiques associées aux données cliniques en garantissant l’anonymat des patients. Le traitement des ressources biologiques et l’enregistrement dans une base de données sécurisée. Le stockage des échantillons biologiques et la mise à disposition des ressources biologiques à la communauté scientifique sous le respect des lois bioéthiques et le règlement général sur la protection des données (RGPD). Le CRB Paris Saclay vous accompagne dans vos démarches réglementaires et projet de recherche. Les patients sont informés par des affiches au sein des services cliniques préleveurs.

 

Les échantillons biologiques et données associées sont primordiales pour la recherche. Pour ce faire il faut des ressources biologiques de hauts qualité répondant aux exigences de la recherche. C’est pourquoi un des objectifs du Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay est la valorisation des échantillons biologiques et données associées. La collecte d’échantillons biologiques et de données cliniques associées permettent de mener des recherches innovantes.

 

Plus d’information ? Consulter le site internet du CRB Paris Saclay. Le CRB Paris Saclay dispose aussi d’un catalogue Biobanque APHP.

 

Contacts : Julie Tisserand (julie.tisserand@aphp.fr), ingénieure opérationelle, Nisrine Soltani (nisrine.soltani@aphp.fr) , ingénieure valorisation ou crb.paris-saclay@aphp.fr; Responsables scientifiques : Pr Céline Verstuyft, Pr Catherine Guettier.

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Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay. Les Centres de Ressources biologiques sont des plateformes qui conservent des échantillons biologiques à visée de recherche fondamentale et clinique. Notre but est de fournir des échantillons de qualité (Plasma, Sang total, ADN, ARN, Tissus, PBMC). Le CRB Paris-Saclay conserve plus de 180 000 échantillons avec des caractéristiques biologiques et cliniques.

Les applications des molécules organiques incorporant des isotopes de l’hydrogène (le deutérium stable, ou le tritium radioactif) sont toujours plus nombreuses ! Les applications traditionnelles dans le domaine de la santé restent l’étude du métabolisme de principes actifs via la préparation d’analogues radiomarqués (tritium) ou l’utilisation de molécules deutérées en tant que standards internes pour la quantification dans le domaine de la métabolomique. Mais l’incorporation d’atomes de deutérium au sein d’une molécule peut également permettre de ralentir la métabolisation de principes actifs, de limiter la formation de métabolites toxiques, ou de fabriquer des dispositifs électroluminescents plus durables et performants ou encore de préparer de nouvelles sondes pour étudier le métabolisme de substrats énergétiques. Le tritium, quant à lui, reste un des isotopes radioactifs de choix pour étudier l’interaction d’une molécule avec le vivant. Dans le domaine de la recherche pharmaceutique, les candidats médicaments tritiés sont notamment utilisés pour caractériser les récepteurs à l'aide de tests de liaison (radioligands), mais aussi pour fournir des informations qualitatives et quantitatives sur la distribution et la pharmacocinétique de ces futurs médicaments ex vivo.

 

Or disposer de la molécule marquée ne suffit pas toujours, encore faut-il que son activité molaire (la quantité de radioactivité par molécule) soit élevée : typiquement supérieure à 15 Curies par millimole. De même, un fort taux d’incorporation d’atomes de deutérium reste un challenge !

 

Les méthodes permettant d'incorporer des atomes de deutérium ou de tritium dans une molécule d’intérêt sont certes nombreuses, mais parmi elles, l'échange d'isotopes de l'hydrogène est clairement la plus intéressante : on parle alors d‘échange isotopique, et concrètement le procédé consiste à substituer des atomes d’hydrogène de la molécule visée par des atomes de deutérium ou de tritium, réduisant ainsi les coûts et le temps consacrés à la synthèse des composés marqués, mais aussi limitant la génération de déchets radioactifs lorsque le tritium est concerné.

 

Dans ce contexte, les recherches menées au sein du service de chimie bioorganique et de marquage (Institut Joliot, département médicaments et technologies pour la santé, CEA Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette) et plus particulièrement sa plateforme de marquage isotopique ont permis de développer une nouvelle méthode de marquage qui se distingue par sa simplicité de mise en œuvre, son efficacité et son champ d’application vaste. Conceptuellement, cette nouvelle méthode est basée sur la formation de nanocatalyseurs de Rhodium in-situ par décomposition d’un précatalyseur disponible commercialement et stable à l’air sous atmosphère de deutérium (ou tritium) gaz en présence de la molécule d’intérêt à marquer. Ici, les nanoparticules métalliques formées vont être capable d’activer (ou de rompre) une ou des liaison(s) carbone-hydrogène afin de les remplacer par des liaisons carbone-deutérium ou carbone-tritium avec une très grande efficacité. Les nanoparticules de Rhodium ainsi générées vont permettre d’incorporer du deutérium ou du tritium sur des hétérocycles couramment rencontrés dans la structure de produits d’intérêt, à la fois dans le domaine du médicament mais aussi en science des matériaux (OLED, fluorophores pour l’imagerie médicale). La méthodologie développée permet aussi d’incorporer ces isotopes sur des carbones aliphatiques, ce qui est généralement plus difficile à réaliser. Ainsi, la méthode décrite permet la synthèse en une étape, à partir de la molécule d’intérêt, de principes actifs deutérés avec une incorporation de deutérium pouvant atteindre les 100%, mais aussi des analogues tritiés, avec de très hautes activités molaires (jusqu’à 120 Ci/mmol). Ces travaux ont été réalisés dans le cadre du projet Européen FLIX (FET-OPEN Grant Agreement No. 862179, https://flix-h2020.eu/).

 

En savoir plus sur ce procédé particulier ? Levernier et al., JACS Au 2022. Un besoin identifié en molécule deutérée ou tritiée ? contactez-nous !

 

Contacts: Gregory Pieters (gregory.pieters@cea.fr); Sophie Feuillastre (sophie.feuillastre@cea.fr)

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La plateforme de marquage isotopique du CEA / Paris-Saclay (Institut Joliot, Département Médicaments et Technologies pour la Santé, Service de Chimie Bioorganique et de Marquage, Gif-sur-Yvette) est unique sur le territoire Paris-Saclay. Forte de son expertise dans la préparation (synthèse, contrôle de qualité) et formulation de molécules marqués, elle assure régulièrement des prestations et collaborations, académiques comme industrielles, dans le domaine du (radio)marquage moléculaire. Elle offre également à la demande, son expertise et environnement unique de travail (laboratoires « chauds », équipements dédiés) pour l’analyse et la caractérisation d’échantillons radioactifs : mesure de puretés chimique et radiochimique par HPLC, détermination d'enrichissements isotopiques et d'activités spécifiques par SM, analyse et détermination structurale par RMN liquide comme solide, mesure d’activités radioactives par comptage à scintillation.

 

A propos de l’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot : L’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot (CEA-Joliot) étudie les mécanismes du vivant pour, à la fois, produire des connaissances et répondre à des enjeux sociétaux au cœur de la stratégie du CEA : la santé et la médecine du futur, le numérique et la transition énergétique. Les travaux, fondamentaux ou appliqués, reposent sur des développements méthodologiques et technologiques. Les collaborateurs du CEA-Joliot sont pour moitié impliqués dans des unités mixtes de recherche (UMR), en partenariat avec le CNRS, l'INRAE, l’INRIA, l'Inserm, l’Université Paris-Saclay et l’Université de Paris. Le CEA-Joliot est implanté principalement sur le centre CEA-Paris-Saclay. Des équipes travaillent également à Orsay, Marcoule, Caen, Nice et Bordeaux.

L’étude in vivo d’une molécule passe souvent par son (radio)marquage afin de vérifier si elle atteint bien sa cible pharmacologique. Les études réalisées sur la plateforme imagerie ex-vivo (beta-imagerie) du Service d’Ingénierie Moléculaire pour la Santé (Institut Joliot, département médicaments et technologies pour la santé, CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) permettent, dans le contexte d’études précliniques, d’évaluer les paramètres pharmacocinétiques (demi-vie, élimination, biodisponibilité…) et la répartition au sein de l’organisme entier jusqu’aux organes isolés de nombreux composés radiomarqués (petites molécules, protéines, anticorps…). En effet, la plateforme possède deux équipements uniques de radio-imagerie (µ- et β-imager 2000 de chez Biospace Lab) capables de détecter des isotopes radioactifs (3H, 14C et 99mTc) avec une très grande sensibilité, de l’ordre de la femtomole, et une résolution adaptée aux isotopes de faibles énergies (3H et 99mTc, 10-100 µm). Les échantillons analysés sur ces appareils sont divers, comprenant des gels SDS-PAGE transférés sur membranes PVDF, des coupes d’organes, ou encore des coupes de corps entier obtenues après l’administration in vivo des composés radiomarqués chez le petit animal. Ainsi, pour un composé radiomarqué donné, il est possible i) d’évaluer l’impact de la voie d’administration (intraveineuse, intrapéritonéale, sous-cutanée, intranasale, intra-trachéale, intracérébroventriculaire) sur sa pharmacocinétique et sa biodistribution, ii) d’observer son éventuel passage des barrières biologiques (air-sang, hémato-encéphalique, materno-fœtale) et même iii) de repérer les zones tissulaires précises, telle que les zones cérébrales, dans lesquelles il rencontre ses cibles privilégiées d’interaction.

 

Exemples choisis d’application : La plateforme imagerie ex-vivo (beta-imagerie) a récemment permis, dans le cadre d’une étude de toxicité d’une neurotoxine marine présente dans les coquillages et crustacés, de démontrer la capacité de cette toxine, suite à son administration, à traverser les barrières physiologiques intestinale, cérébrale et placentaire chez le rat, représentant ainsi un potentiel impact sur la santé des consommateurs (Servent et al., Science of The Total Environment 2021). La plateforme de radio-imagerie a également montré son originalité dans la validation préclinique de conjugués anticorps-médicament doublement radiomarqués (anticorps radiomarqué 14C et médicament radiomarqué 3H), en permettant de suivre les deux entités simultanément pendant leur phase de circulation, évaluant ainsi la stabilité sanguine des conjugués, mais aussi de quantifier avec une haute précision et une haute sensibilité le médicament et son vecteur distribués dans les différents tissus (Cahuzac et al., J. Med. Chem. 2022).

 

Besoin d’une expertise sur ces sujets, ou envie d’une collaboration ? N’hésitez pas à nous contacter !

Contacts : Fabrice Beau (fabrice.beau@cea.fr) et Mathilde Keck (mathilde.keck@cea.fr)

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Plateforme imagerie ex-vivo (beta-imagerie). Le marquage de biomolécules avec des isotopes tels que le tritium ou le carbone-14 permet d'établir de manière préliminaire les propriétés pharmacocinétiques ainsi que la biodistribution tissulaire de différents types de molécules que ce soit dans un contexte d'études de toxicité (nanotoxicologie, neurotoxicité) ou de développement pré-clinique de molécules potentiellement thérapeutiques. Ce dernier objectif peut être atteint en utilisant des radio imageurs numériques, tels que ceux développés par la société Biospacelab (BetaIMAGER® TRACER). Le bêta-imageur permet d'acquérir des images en temps réel, avec une sensibilité de comptage extrême (0,007 cpm/mm2 pour le tritium et 0,01 cpm/mm2 pour le carbone-14) et une quantification absolue du signal. Ces études de biodistribution sont typiquement effectuées sur des modèles rongeurs et permettent d'adresser des questions concernant par exemple la capacité des molécules étudiées à passer les barrières physiologiques (intestinales, hémato-encéphaliques ou materno-fétale) ou à transloquer d'un compartiment tissulaire vers un autre.

 

A propos de l’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot : L’Institut des sciences du vivant Frédéric-Joliot étudie les mécanismes du vivant pour, à la fois, produire des connaissances et répondre à des enjeux sociétaux au cœur de la stratégie du CEA : la santé et la médecine du futur, le numérique et la transition énergétique. Les travaux, fondamentaux ou appliqués, reposent sur des développements méthodologiques et technologiques. Ces derniers sont conduits sur des plateformes techniques de premier plan, pour la plupart labélisées IBiSA ou intégrées dans des Infrastructures Nationales en Biologie et Santé (INBS) : France Life Imaging (imagerie biomédicale), FRISBI (biologie structurale intégrée), MétaboHUB (métabolomique) et NeurATRIS (recherche translationnelle en neurosciences). Joliot est implanté principalement sur le centre CEA-Paris-Saclay, mais aussi Orsay et Gif-sur-Yvette en ce qui concerne le territoire Paris-Saclay.

Résultats de l’appel à projets CRB IBiSA 2021. Au cours de cette dernière édition, le GIS IBiSA a décerné 5 labels et 358 700 € à des centres de ressources biologiques (CRB) et réseaux de CRB en sciences du vivant. Ouverts à la communauté scientifique et tous certifiés, ces centres collectent et mettent à disposition des projets de recherche des ressources biologiques, cliniques et agronomiques, des plus classiques aux plus atypiques. En savoir plus.

 

Le réseau des CRB des centres hospitalo-universitaires (CHU). Les CRB des centres hospitalo-universitaires (CHU) de France sont structurés en réseau. Si celui-ci n’a pas obtenu de label au cours de l’appel à projets CRB 2021, le GIS IBiSA reconnait pleinement son importance stratégique pour le développement de la recherche biomédicale. Il espère retrouver sa candidature lors de la prochaine édition de l’appel à projets qui aura lieu en 2023. En savoir plus.

 

Les CRB des établissements de santé en première ligne dans la lutte contre la Covid-19. Ils opèrent discrètement, mais leur rôle n’en est pas pour le moins essentiel. Les CRB des CHU sont mobilisés par la recherche depuis le début de la pandémie. Ils fournissent avec réactivité, souvent dans l’urgence mais toujours dans les règles de l’art, des panels d’échantillons biologiques indispensables au développement de connaissances biomédicales, d’outils de diagnostic et de nouvelles thérapies. En savoir plus.

 

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Vous souhaitez connaitre les plateformes de l’écosystème Paris-Saclay labélisées IBiSA ? Vous avez besoin d'un équipement de pointe ou des compétences d'une plateforme en sciences du vivant pour faire progresser vos travaux de recherche ? L'annuaire IBiSA vous aide à identifier les structures appropriées sur le territoire national.

 

Vous souhaitez découvrir le potentiel complet de Paris-Saclay en termes de plateformes ? L’interface Plug In Labs Université Paris-Saclay recense et rend visible plus de 200 plateformes du domaine Sciences de la vie - des plateaux techniques, des plateformes technologiques, des infrastructures d’expérimentation, mais aussi des collections - en d’autres termes, des espaces de laboratoires dotés d’équipements, souvent uniques, ou de banques de ressources, associés à un fort potentiel humain, les opérant et les maintenant au meilleur niveau technologique.

 

A propos d’IBISA. Le GIS IBiSA coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux infrastructures de biologie, santé et agronomie. Placé sous la tutelle du CEA, du CNRS, d'INRAE, de l'Inria, de l'Inserm, de l’INCa, de la CPU et du Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation (MESRI), il est l’unique instrument de financement commun à l’ensemble des établissements en sciences du vivant, Grâce à deux appels d’offres dédiés, les plateformes et centres de ressources biologiques (CRB) peuvent candidater à la labellisation IBiSA et accéder à des financements conséquents pour des investissements jugés nécessaires à leurs missions. Le GIS conditionne son soutien à une ouverture large à la communauté scientifique. Il encourage également la création de structures de pilotage, concertation et coopération, l'animation de réseaux thématiques, et accompagne les démarches qualité en vue de la structuration et certification des plateformes.

 

A propos de Plug In Labs Université Paris-Saclay. Plug In Labs Université Paris-Saclay ou PILUPS pour les intimes, est le portail numérique unique retenu par l’Université Paris-Saclay pour la mise en valeur et promotions des compétences, expertises et technologies des laboratoires et plateformes technologiques de son territoire ! Piloté par l’Université Paris-Saclay et la SATT Paris-Saclay, financé par l’IDEX et le Fonds national de valorisation, PILUPS est accessible à tous depuis 2017, partenaire académique comme entreprise, en particulier les PME. Un seul site web : https://www.pluginlabs-universiteparissaclay.fr. Et une seule adresse mail : pluginlabs@universite-paris-saclay.fr.

La plateforme d’expérimentation à haut débit (HTE – High-Throughput Experimentation), objet de ce FOCUS PLATEFORME, a été créée en 2021, au CEA (Institut Joliot, département médicaments et technologies pour la santé, CEA Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette), au sein du Service de Chimie Bioorganique et de Marquage (SCBM).

 

Cette nouvelle plateforme de l’écosystème Paris-Saclay est aussi la toute première plateforme académique française spécifiquement dédiée au développement accéléré et miniaturisé de nouvelles réactions chimiques. Cette technologie permettra aux chercheurs académiques comme industriels d’optimiser des réactions de synthèse organique en des temps drastiquement réduits, et de manière plus approfondie. En effet, l’utilisation de réacteurs pouvant accueillir 96 réactions miniaturisées et parallélisées (format microplaque 96 puits) permet d’explorer de manière bien plus aboutie les conditions optimales ainsi que l’espace chimique d’une réaction en des temps très courts. La découverte de nouvelles réactions chimiques pourra également bénéficier de cette technologie, ouvrant ainsi la voie sur de nouvelles innovations en méthodologie de synthèse. Parmi les possibles conditions de réaction accessibles sur la plateforme, on retrouve les réactions en température élevée (jusqu’à 200°C), en chimie photoredox (irradiation en bleu/violet/rouge), sous atmosphère de gaz spécifique ou encore sous pression de gaz. Ainsi, un large panel de méthodologies de synthèse pourra bénéficier des services de la plateforme. Par la miniaturisation et parallélisation de réactions chimiques, cet outil s’inscrit également dans une démarche HSE (Hygiène Sécurité Environnement), permettant l’utilisation de très faibles quantités de matières premières ou additifs onéreux ou toxiques comme les catalyseurs métalliques ou certains ligands chiraux pour ne citer qu’eux.

 

La plateforme d’expérimentation à haut débit est ouverte à la collaboration comme à la prestation, et a pour but de se positionner comme un outil de choix en soutien aux projets innovants des chercheurs chimistes des écosystèmes académiques et industriels français, en particulier celui de Paris-Saclay.

 

Contact : Eugénie Romero-Laboureur (eugenie.romero@cea.fr)

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Plateforme d’expérimentation à haut débit (HTE). L’expérimentation à haut débit (High-Throughput Experimentation - HTE) consiste en la miniaturisation et la parallélisation de réactions chimiques à une échelle standard de 10 micromoles pour la découverte ou l’optimisation de réactions, permettant un gain de temps et d’argent considérables, tout en augmentant drastiquement le nombre de combinaisons possibles (format standard : plaque 96 puits). Inspiré de la plateforme HTE de l’Université de Pennsylvanie (Philadelphie), le CEA s’est récemment doté de l’expertise et de l’instrumentation nécessaires pour permettre le développement de nouvelles méthodologies de synthèse ainsi que la résolution de transformations chimiques difficiles. La plateforme d’expérimentation à haut débit, créée en 2021, est accessible aux utilisateurs du monde académique comme industriel.

Vous avez dit CERFE ? Le CERFE ou Centre d’Exploration et de Recherche Fonctionnelle Expérimentale s’est révélé, dès l’origine de Genopole, une infrastructure commune essentielle à son développement. Premier bioparc français dédié à la génétique et aux biotechnologies pour la santé et l’environnement, Genopole devait proposer aux acteurs du site une offre de services dédiés à la production et l’évaluation in vivo de modèles murins conforme aux standards de l’industrie pharmaceutique. Établissement utilisateur de petits animaux à des fins exclusivement scientifiques (espèce : rongeur), le CERFE emploie 15 personnes. Il est fréquenté quotidiennement par 80 chercheurs, ingénieurs et techniciens. Certifié ISO 9001 depuis 2012, le CERFE accueille de nombreux projets liés au développement de biothérapies innovantes, l’un des trois axes stratégiques de Genopole. Parmi ces projets, la mise au point de vecteurs de thérapie génique pour les maladies rares, l’évaluation du potentiel de cellules souches dans le traitement de maladies monogéniques, la stimulation du système immunitaire pour la prophylaxie ou le traitement de maladies génétiques, de pathologies inflammatoires ou du cancer, la recherche de biomarqueurs et de cibles thérapeutiques... Grâce à la qualité des locaux du CERFE, à ses zones d’activité classées ISO 8 et à sa politique de biosécurité, cette plateforme présente depuis son ouverture un statut sanitaire Specific Pathogen Free (SPF) en cages individuelles ventilées et un statut Specific and opportunistic pathogen free (SOPF) sous isolateur. La zone d’élevage du CERFE héberge plus d’une centaine de lignées murines en reproduction et ses deux unités expérimentales sont équipées d’instruments d’exploration fonctionnelle mutualisés financés par le GIP Genopole. Elles ont toutes trois servi aux 49 clients, 29 laboratoires académiques et 20 sociétés (start-up, biotech, consortiums industriels), accueillis en 15 années d’exploitation.

 

Le CERFE, unité pilote de l’innovation managériale ! Dès son ouverture en 2005, le CERFE a choisi d’innover en confiant la gestion quotidienne de la partie animalerie à un contract research services de renommée mondiale : Charles River Laboratories. Cette facilité qui n’existait en France que depuis 1998 à petite échelle à la pépinière Genopole Entreprises, a permis au CERFE d’assurer une mise en route optimisée avec un personnel spécialisé. Cette innovation dite d’in sourcing s’est ensuite répandue dans le milieu des animaleries puisqu’aujourd’hui, la France comporte 33 sites en mode in sourcing, voire même 45 en comptant les surveillances des animaux les week-end et jours fériés devenues obligatoires depuis février 2013. A ce jour, seul le CERFE a mis en place un système de management de la qualité conjoint avec celui de son sous-traitant à l’appui d’un partage de responsabilité formalisé. C’est ainsi que le CERFE est certifié ISO 9001 depuis 2012 pour les activités d’« Élevage et d’exploration fonctionnelle du petit animal de laboratoire. Location de laboratoires équipés ».

 

Le CERFE, une plateforme qui a su rapidement s’adapter à la première vague d’épidémie Covid-19 ! Dès l’approche de la pandémie Covid-19 aux portes du pays en janvier 2020, le CERFE et son service qualité-sécurité-environnement (QSE) ont travaillé d’arrache-pied pour réactiver et adapter le plan de continuité d’activité (PCA) élaboré en 2008 dans le cadre de l’épidémie de grippe aviaire au virus H5N1. En février, alors que la pénurie en équipements de protection individuelle s’abat sur le pays, le CERFE est parvenu à constituer un stock de 6500 masques dont 2500 ont été livrés pour venir en aide au Centre hospitalier sud francilien. Dès le 15 mars, veille du confinement annoncé par le Président de la République, le CERFE a pris des mesures pour que sa barrière sanitaire des zones d’élevage et d’expérimentation s’étende à l’ensemble de ses services généraux et bureaux. Le CERFE est devenu ainsi un quasi « sanctuaire » pour les expérimentateurs. Alors que la primauté donnée aux projets d’études du SARS-CoV-2 a plongé certaines animaleries dans le black-out, le PCA du CERFE a permis de maintenir à flot 80% de ses activités et aucun projet ni aucune procédure expérimentale ne sont arrêtés. Le PCA du CERFE est devenu un document référent auprès de la Direction départementale de la protection des personnes de l’Essonne puis de l’ensemble du pays par le canal de l’OPAL. Il a aussi donné lieu à des publications dans des revues spécialisées, dont Gonin et al., plan de préparation à une pandémie mondiale dans les animaleries de laboratoire : l’exemple du Covid-19, Bull Acad Vét France, 2020 173-1:92-97 et Lerat et al., Pandemic preparedness in animal facilities, J Am Assoc Lab Anim Sci 2021 60:1-5.

 

Pour connaitre les modalités d’accès au CERFE, n’hésitez pas, contactez-nous !

Contact : cerfe@genopole.fr

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GENOPOLE / Centre d’Exploration et de Recherche Fonctionnelle Expérimentale. Le Centre d'exploration et de recherche fonctionnelle expérimentale (CERFE) a pour missions (1) l'élevage et l'exploration fonctionnelle du petit animal de laboratoire (rongeurs) avec la production de modèles génétiques murins et l'évaluation in vivo des phénotypes ; (2) la mise à disposition de laboratoires équipés (confinements L1A1, L2A1, L2A2) et (3) la création de modèles expérimentaux. Le CERFE dispose également d'équipements scientifiques tels qu'un générateur de rayons X pour la réalisation d'aplasies médullaires, un micro-endoscope confocal fibré, deux stations d'imagerie à luminescence et fluorescence, un échographe, etc. Le CERFE est accessible après autorisation du Ministère de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation (MESRI) sur avis favorable du Comité d'éthique de Genopole en expérimentation animale (CEEA-51).

 

A propos de Genopole. Premier biocluster français dédié à la recherche en génomique et aux biotechnologies appliquées à la santé et à l’environnement, Genopole rassemble 77 entreprises de biotechnologies, 18 laboratoires de recherche, 25 plateformes technologiques, ainsi que des formations universitaires (université d’Évry, Paris-Saclay). Son objectif : créer et soutenir des entreprises de biotechnologies et le transfert de technologies vers le secteur industriel, favoriser le développement de la recherche dans les sciences de la vie, développer des enseignements de haut niveau dans ces domaines. Situé à Évry-Courcouronnes, Genopole, est principalement soutenu par l’État, la Région Ile-de-France, le Département de l’Essonne, l’agglomération Grand Paris Sud, la Ville d’Évry-Courcouronnes et l’AFM-Téléthon.

 

Pour obtenir plus de renseignements sur les plateformes labellisées par Genopole, ainsi que sur les équipements mutualisés accessibles à la communauté scientifique francilienne, vous pouvez aussi contacter Julien Picot (Julien.Picot@genopole.fr).

L'Institut de biologie intégrative de la cellule (I2BC, UMR 9198, CEA/CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette, Institut Joliot, CEA, Saclay) est une unité mixte de recherche soutenue par l'Université Paris-Saclay, le CNRS et le CEA. L'Institut accueille 63 équipes de recherche et héberge 15 plateformes technologiques et 2 plateaux techniques, répartis en 6 pôles. Cet institut est dédié à l'étude des mécanismes moléculaires de la cellule en suivant une approche de biologie intégrative. L'unité bénéficie de plateaux techniques performants, dont la plupart s'appuient sur des équipes de recherche de premier plan, ainsi que de plateformes technologiques, proposant des approches de pointe en génomique, protéomique, microscopie, biophysique et biologie structurale.

 

Ces plateformes sont certifiées par IBISA (Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie), ce qui assure un haut niveau de prestation, une ouverture nationale aux laboratoires de recherche académiques ou industriels, une démarche de R&D de qualité et un engagement dans les formations nationales. La grande majorité des plateformes de l’I2BC font aussi partie d'infrastructures nationales (FRISBI, FranceBioimaging, France Génomique et Institut Français de Bioinformatique). Les plateformes de l’I2BC travaillent en connexion étroite avec les autres plateformes de l’Université Paris-Saclay afin de proposer un ensemble complet d’instruments de pointe sur le campus.

 

Toutes ces plateformes ont aussi régulièrement pris RDV avec vous au travers de FOCUS PLATEFORME. Profitez de cette brève pour découvrir à nouveau un éclairage sur certaines de leurs expertises, des équipements et offres proposées !

 

1. i) Pôle BIOIMAGING (IMAGERIE-GIF)

 

Plateforme de cytométrie : La puissance statistique de la cytométrie au service de l’étude de flux ioniques intracellulaires en temps réel ; Une expertise rare sur Paris-Saclay : La purification de cellules et d’organites par la technique de tri par cytométrie en flux ; Le tri cellulaire et le séquençage de cellule unique, une synergie pour mieux explorer la diversité cellulaire !

 

Plateforme d’imagerie photonique : Combiner la microscopie photonique spectrale automatisée et le machine learning au service d’un protocole d'imagerie quantitative 3D de grands volumes

 

Plateforme de microscopie électronique : La 3D à l’honneur sur la plateforme de microscopie électronique d’Imagerie-Gif !

 

1. ii) Pôle SEQUENCING

 

Plateforme de séquençage à haut débit : La technologie de séquençage Nanopore permet de déchiffrer un génome mitochondrial servant de modèle pour des études de pathologies respiratoires

 

iii) Pôle PROTEOMICS

 

Protéomique-Gif (Service d'identification et de caractérisation des protéines par spectrométrie de masse, SICaPS) : SICaPS : Une plateforme dédiée à l’exploration des protéomes et de leurs modifications

 

1. iv) Pôle BIOPHYSICS

 

Plateforme de résonance paramagnétique électronique (RPE) : La spectroscopie par résonance paramagnétique à basse température ? Un outil de choix pour les l’étude de la structure et des propriétés magnétiques de cytochromes !

 

Plateforme de spectroscopies électroniques : Un montage spectroscopique optique unique pour mesurer des mécanismes enzymatiques photo-induits ultra-rapides ; Quand la spectroscopie électronique contribue à la compréhension des mécanismes réactionnels impliqués dans la photoréparation de l’ADN !

 

Plateforme de spectroscopie RAMAN de résonance : Comment les ponts hydrogène modulent les transferts d’énergies photosynthétiques ? Éléments de réponse via la spectroscopie vibrationnelle !

 

Plateforme de microscopie de fluorescence à super-résolution : Vous avez dit « Microscopie de fluorescence à balayage laser à super-résolution pour échantillons biologiques fluorescents » ?

 

Plateforme de spectroscopie IRTF : La spectroscopie IRTF différentielle, un outil déterminant pour l’étude des mécanismes mis en jeu dans les réactions de photocatalyse

 

1. v) Pôle BIOINFORMATICS

 

Plateforme de bioinformatique intégrative : La modélisation structurale pour la prédiction des interactions protéine-protéine: Comment les cellules humaines évitent les conflits entre réplication et transcription ?

 

1. vi) Pôle STRUCTURAL BIOLOGY

 

Plateforme de cristallisation : La cristallisation de protéines ou de complexes protéine-ligand : Une étape incontournable pour la détermination de leurs structures 3D par diffraction des rayons-X

 

Plateforme de mesures d'Interactions Macromoléculaires (PIM) : La microcalorimétrie au service de l’étude des interactions moléculaires : un nouveau mode de fixation du fer par son transporteur chez la bactérie Pseudomonas aeruginosa

 

Plateforme de cryo-microscopie électronique (Cryo-EM) : Des analyses par cryo-microscopie électronique révèlent les mécanismes d’auto-assemblage de l’α-synucléine, une protéine impliquée notamment dans la maladie de Parkinson

 

Plateforme de spectroscopie RMN : La spectroscopie RMN, le couteau suisse de l’analyse des protéines et sa nouvelle lame : activités enzymatiques et modifications post-traductionnelles à l’échelle atomique

 

Plateau technique expression des protéines en cellules d'insectes : Expression de protéines et systèmes protéiques complexes : Quand les insectes volent au secours de la production de machinerie cellulaire !

 

Plateau technique Expression de protéines solubles ou membranaires en levures : L’expression et la purification d’un complexe de deux protéines transmembranaires permettent d’obtenir les premières structures à haute résolution de flippases !

 

D’autre part, l’I2BC héberge également une plateforme en dehors des 6 pôles précédents, la plateforme d'expérimentation végétale. Retrouver leur premier FOCUS PLATEFORME : Du premier phytotron français aux infrastructures d’expérimentations et de productions végétales à Gif-sur-Yvette

 

Contacts : Jean-Baptiste Charbonnier (JB.CHARBONNIER@cea.fr), Sandrine Lecart (sandrine.lecart@universite-paris-saclay.fr)

Un nouvel annuaire IBiSA pour identifier les CRB labellisés. Microorganismes, plantes, forêts, animal, environnement, santé... Retrouvez les centres de ressources biologiques (CRB) labellisés IBiSA dans un nouvel annuaire inspiré de celui des plateformes. Les structures peuvent être identifiées par mots clés, thématiques, tutelles et régions. L'annuaire s'enrichira progressivement jusqu'à représenter les 84 CRB et réseaux de CRB IBiSA. En savoir plus.

 

Ouverture des appels d'offres IBiSA le 2 janvier 2023. Vous souhaitez obtenir la labellisation IBiSA ou être soutenu par un financement du GIS ? IBiSA lancera l'appel à projets CRB 2023 en même temps que l'appels d'offres Plateformes le 2 janvier 2023. Les candidatures se feront en ligne sur le site d’IBiSA. En savoir plus.

 

La qualité, une condition propre à la labellisation des CRB. Au cours des appels à projets, le GIS IBiSA s'attache à vérifier que les CRB et réseaux de CRB candidats sont labellisés ou engagés dans une démarche de certification qualité. Ce critère essentiel est inscrit dans la Charte des CRB IBiSA. En savoir plus.

 

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Vous souhaitez découvrir le potentiel complet de Paris-Saclay en termes de plateformes ? L’interface Plug In Labs Université Paris-Saclay recense et rend visible plus de 200 plateformes du domaine Sciences de la vie - des plateaux techniques, des plateformes technologiques, des infrastructures d’expérimentation, mais aussi des collections - en d’autres termes, des espaces de laboratoires dotés d’équipements, souvent uniques, ou de banques de ressources, associés à un fort potentiel humain, les opérant et les maintenant au meilleur niveau technologique.

 

A propos d’IBISA. Le GIS IBiSA coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux infrastructures de biologie, santé et agronomie. Placé sous la tutelle du CEA, du CNRS, d'INRAE, de l'Inria, de l'Inserm, de l’INCa, de la CPU et du Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation (MESRI), il est l’unique instrument de financement commun à l’ensemble des établissements en sciences du vivant, Grâce à deux appels d’offres dédiés, les plateformes et centres de ressources biologiques (CRB) peuvent candidater à la labellisation IBiSA et accéder à des financements conséquents pour des investissements jugés nécessaires à leurs missions. Le GIS conditionne son soutien à une ouverture large à la communauté scientifique. Il encourage également la création de structures de pilotage, concertation et coopération, l'animation de réseaux thématiques, et accompagne les démarches qualité en vue de la structuration et certification des plateformes.

 

A propos de Plug In Labs Université Paris-Saclay. Plug In Labs Université Paris-Saclay ou PILUPS pour les intimes, est le portail numérique unique retenu par l’Université Paris-Saclay pour la mise en valeur et promotions des compétences, expertises et technologies des laboratoires et plateformes technologiques de son territoire ! Piloté par l’Université Paris-Saclay et la SATT Paris-Saclay, financé par l’IDEX et le Fonds national de valorisation, PILUPS est accessible à tous depuis 2017, partenaire académique comme entreprise, en particulier les PME. Un seul site web : https://www.pluginlabs-universiteparissaclay.fr. Et une seule adresse mail : pluginlabs@universite-paris-saclay.fr.

L’Observatoire du Végétal (OV) est un cluster important et unique de plateformes dédiées au phénotypage multi-niveaux des plantes, et fait partie intégrante de l'Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB, INRAE Centre IdF de Versailles-Grignon, Versailles). Il couvre, au travers de 6 plateformes, une large gamme de technologies et d’analyses : de la culture et du phénotypage des plantes à leur caractérisation biochimique, chimique, métabolique et visuelle. Il comprend en particulier le centre de ressources biologiques (CRB) d’Arabidopsis thaliana, qui met à disposition de la communauté scientifique internationale des ressources génétiques innovantes ainsi que les données associées, qui sont utilisées pour répondre à des enjeux majeurs de la recherche.

 

Le CRB Arabidopsis thaliana a créé d’importantes collections de mutants qui permettent d’explorer la fonction des gènes. Il propose aussi de nombreux variants naturels collectés dans le monde entier, ainsi que des plantes issues de croisements entre ces variants, pour analyser l’impact de la diversité naturelle sur des caractères complexes de la vie de la plante tels que la croissance, le développement, la reproduction ou la tolérance aux stress. Les cribles génétiques sont cruciaux pour déchiffrer de nombreux processus biologiques importants, dont la méiose. Chez A. thaliana, les précédents cribles directs ont probablement identifié presque tous les gènes méiotiques qui, lorsqu'ils sont mutés, entraînent une diminution marquée de la fertilité. Cependant, un nombre croissant de gènes qui jouent un rôle dans la méiose sans provoquer de phénotypes forts quand ils sont mutés sont identifiés par génétique inverse, ce qui suggère qu'il reste encore beaucoup de gènes ayant une fonction méiotique à découvrir.

 

Avec l’équipe Meiose (IJPB, pôle GENOMES), le CRB a produit près de 900 lignées de mutants homozygotes, composées chacune de plantes identiques ou quasi-identiques. Chaque lignée contient 100 à 500 mutations homozygotes qui affectent la séquence d'un gène (changement d'acide aminé, codon stop, perte de site d'épissage). Cette collection peut être utilisée pour des cribles génétiques directs, en examinant soit une seule plante par lignée, soit plusieurs plantes pour observer un phénotype plus quantitatif. Dans cette collection, 43 lignées présentant des défauts méiotiques ont été identifiées, parmi lesquelles 21 lignées avaient une mutation dans un gène dont le rôle dans la méiose a déjà été démontré. C'est la première fois que six de ces gènes ont été identifiés dans un crible direct chez Arabidopsis. En savoir plus ? Capilla-Perez et al., Plant Science 2018

 

Ces résultats illustrent le potentiel de cette population de mutants pour le dépistage de tout phénotype qualitatif ou quantitatif. Cette ressource est actuellement la plus distribuée par le CRB.

 

Contacts : Christine.Camilleri (christine.camilleri@inrae.fr); Christian Meyer (christian.meyer@inrae.fr)

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IJPB / Observatoire du Végétal - Centre de ressources biologiques Arabidopsis. Le centre de ressources biologiques dédié à Arabidopsis offre une grande diversité de matériels génétiques. Les stocks de graines disponibles pour la distribution comprennent: 54915 lignées d’insertion d’ADN-T caractérisées (dans le fonds génétique Ws), plus de 600 accessions naturelles mondiales et 800 familles d’accessions naturelles françaises, 262 populations  de cartographie F2, 16 populations de lignées recombinantes (RIL), 3 populations de lignées quasi-isogéniques (HIF), un panel de lignées recombinantes épigénétiques (epiRIL), 56 cytolignées, et une collection de lignées mutantes EMS homozygotes (HEM).

 

A propos de l’Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB). L'Institut Jean-Pierre Bourgin est un des plus grands centres de recherche européens dans le domaine de la biologie des plantes. Il regroupe un ensemble de ressources et de compétences pluridisciplinaires en biologie, chimie et mathématiques uniques en France. L'IJPB est une unité mixte de recherche (UMR1318) sous la tutelle conjointe INRAE et AgroParisTech et appartenant à l’Université Paris-Saclay. L'IJPB est également membre fondateur de l’Ecole Universitaire de Recherche (EUR) Saclay Plant Sciences (SPS). Son but : Développer une recherche pluridisciplinaire sur le végétal pour produire des connaissances fondamentales en biologie, les inscrire dans un processus d’innovation et répondre ainsi aux défis scientifiques et sociétaux à venir. L'IJPB s'intéresse notamment à : i) l'évolution et le fonctionnement des génomes végétaux ; ii) la réponse des plantes aux contraintes de leur environnement et la biodiversité associée ; iii) les mécanismes régissant le développement, la signalisation et la communication des plantes à différentes échelles, de la cellule à la plante entière jusqu’à la graine ; iv) la modélisation des phénomènes biologiques complexes dans un but prédictif et v) la caractérisation du métabolisme végétal et de ses produits (celluloses, lignines, lipides et métabolites spécialisés) pour l’agroécologie et une bioéconomie durable.

ACTAGen (activités d’analyse transcriptomique et génomique) est le nouveau nom de la plateforme de transcriptomique et génomique de l’UMS-IPSIT (Ingénierie et Plateformes au Service de l’Innovation Thérapeutique), anciennement connu sous l’acronyme TRANS-PROT. Elle est située avec les autres plateformes de l’UMS-IPSIT dans le tout nouveau bâtiment Henri Moissan sur le plateau de Saclay (Orsay). Active principalement dans le domaine de la mesure d’expression de gènes, ACTAGen peut également contribuer à caractériser des variants de séquence ADN voire même des protéines.

 

ACTAGen offre aujourd’hui à la communauté Paris-Saclay les techniques de mesure d’expression de gènes, qu’elle met en œuvre en partenariat avec des plateformes du réseau GENOPS : séquençage RNAseq (avec l’I2BC / Plateforme de séquençage à haut débit) ; microarrays Agilent (avec @BRIDGe) ; PCR en temps réel (thermocycleurs 96 et 384 puits et automate de pipetage acquis grâce à l’UPSaclay) ; et bien sûr la préparation/qualification d’acides nucléiques. De plus, à différent niveaux, ACTAGen poursuit son évolution.

 

ACTAGen élargit son offre technologique ! La plateforme va se doter cette année encore et grâce au soutien financier de l’UPSaclay et du CNRS, d’une technologie innovante : la PCR digitale. Celle-ci est attendue pour contribuer à répondre aux questions scientifiques de nombreux projets émanant du campus de Pharmacie, du réseau GENOPS et du secteur privé. Reposant sur un partitionnement de la PCR en quelques dizaines de milliers de nano-réactions, la technique permettra une titration directe de la séquence cible en nombre de copies. Sa robustesse et sa précision en font un complément indispensable à la PCR en temps réel pour l’analyse d’événements rares, qu’ils soient des produits d’expression de gènes (transcrits peu abondants, très petits échantillons) ou des variants de séquence (mutants rares).

 

ACTAGen renforce son potentiel humain ! Grâce à un partenariat avec une entreprise privée et au soutien de ses tutelles (UPSaclay et Inserm) la plateforme poursuit ses recrutements pour appuyer ses activités : depuis 2016, ce sont successivement 3 alternants qui ont rejoint l’équipe plateforme (L3PRO et DEUST Bioindustries et Biotechnologies, UPSaclay), puis 2 CDD sur ressources propres (T puis AI). Aujourd’hui Emy Ponsardin (Master 2 de génomique) accompagne le développement d’ACTAGen en lui apportant ses compétences et son expérience en analyse de données. Avec Emy, une nouvelle synergie entre les plateformes IPSIT / BIOINFO (Florent Dumont) et ACTAGen permet de construire au sein du pôle OMICS de l’UMS la nouvelle offre de prestations dont les chercheurs ont besoin, en mettant l’accent sur l’analyse de données, qui représente souvent le goulot d’étranglement des analyses omiques, une fois les données brutes produites.

 

ACTAGen initie et promeut une démarche qualité ! Cette démarche, initiée par la plateforme, est aujourd’hui étendue à l’échelle de toute l’UMS. De plus, l’UPSaclay soutient cette démarche par un financement MRM qui a permis à l’IPSIT de se doter d’un accompagnement par les experts « NVS Conseil » (Catherine Fihey et Julie Renard). Le système de management de la qualité de l’UMS est aujourd’hui animé par 4 pilotes de processus et 2 référents qualité (Claudine Deloménie et Séverine Domenichini) et une certification ISO 9001 sera envisagée prochainement.

 

Contact : Claudine Deloménie (claudine.delomenie@universite-paris-saclay.fr)

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IPSIT / Plateforme d’analyse transcriptomique et génomique (ACTAGen). La plateforme ACTAGen fait partie du réseau des Plateformes de GENOmique Paris-Saclay (GENOPS). Elle est l'une des 11 plateformes technologiques qui composent l'Unité Mixte de Service UMS-IPSIT (Ingénierie et Plateformes au Service de l'Innovation Thérapeutique). Nous offrons notre expertise aux différents acteurs de la recherche, de l'Université Paris-Saclay ou de laboratoires extérieurs, de statut public ou privé. Nous effectuons l'analyse qualitative et quantitative du transcriptome sur microarrays, et la mesure d'expression de gènes choisis par PCR quantitative en temps réel, à partir de cellules et tissus d'origine variée. Le traitement statistique et bioinformatique des données est réalisé avec la plateforme IPSIT/BIOINFO. Nos activités contribuent à la compréhension de mécanismes physio-pathologiques, à l'identification de cibles thérapeutiques et de biomarqueurs, ou encore à l'évaluation de l'activité biologique de formulations de principes actifs, intéressant les secteurs académique et industriel. Via le réseau GENOPS nous implémentons sur la plateforme les technologies suivantes : i) Le séquençage du transcriptome (RNAseq) et de régions génomiques (DNAseq), en partenariat avec la plateforme de séquençage NGS de l'I2BC (CNRS, Gif-sur-Yvette), ii) La quantification par PCR digitale (Droplet Digital PCR, ddPCR) de l'expression de gènes dans des échantillons extrêmes (faible quantité et/ou qualité), en partenariat avec la plateforme de microgénomique @BRIDGe (INRA, Jouy-en-Josas).

 

A propos de l’IPSIT. L’IPSIT (Ingénierie et Plateformes au Service de l’Innovation Thérapeutique) est une Unité Mixte de Service placée sous les tutelles conjointes de l’UPSaclay (UMS-IPSIT), l’Inserm (US31) et le CNRS (UAR3679). Installée dans le tout nouveau bâtiment Henri Moissan sur le plateau de Saclay (Orsay), l’IPSIT regroupe 11 plateformes techniques, organisées en trois pôles technologiques (IMCELLF, OMICS et INTERACTIONS) et trois plateformes transverses. L’IPSIT se veut résolument à l’interface de la chimie, de la biologie et de la clinique en établissant le lien entre la cible pathologique et le médicament. L’IPSIT est adossée à une Structure Fédérative de Recherche (SFR) qui rassemble l’UMS-et 25 équipes de recherche. Enfin, l’IPSIT participe à l’animation scientifique et à la formation des étudiants et des personnels tout en contribuant au rapprochement d’équipes d’horizons différents et à la transdisciplinarité des collaborations.

La plateforme d’irradiation expérimentale de l’IRCM (Institut de radiobiologie cellulaire et moléculaire, Institut de Biologie François Jacob, CEA, Centre de Paris-Saclay / Fontenay-aux-Roses – site d’Evry) est installée au cœur du Laboratoire de génomique et radiobiologie de la kératinopoïèse (LGRK), et dispose de l’infrastructure, des équipements et de l’expertise nécessaires à l’exposition aux rayonnements de matériel biologique et non-biologique. En effet, en plus de la salle d’irradiation équipée d’un générateur de rayons X Faxitron MultiRAD 350 (Edimex), financé par Genopole et le premier installé en France, la salle de préparation des échantillons attenante (environnement L2) est un réel atout !

 

Les thèmes de recherche du LGRK portent sur l’homéostasie, le potentiel régénératif et la radiosensibilité des cellules souches de l’épiderme humain adulte. La présence de cellules souches épithéliales a été mise en évidence dans la couche la plus profonde de l’épiderme, appelée couche basale. Ces cellules assurent le renouvellement de l’épiderme tout au long de la vie de l’individu dans un processus appelé kératinopoïèse. La descendance immédiate des cellules souches, appelée kératinocytes progéniteurs, assure le renouvellement à court terme de l’épiderme sur un cycle de 28 jours. Bien qu’utilisées depuis plus de 30 ans en clinique humaine pour traiter les grands brûlés, les cellules souches des kératinocytes sont particulièrement peu connues. Ainsi, les recherches menées au LGRK ont pour premier but de caractériser les propriétés des cellules souches de l’épiderme humain en condition d’homéostasie. Les déterminants de l’état souche et de l’auto-renouvellement des kératinocytes souches sont recherchés, notamment en lien avec les voies de régulation du TGF-ß1. Dans un deuxième axe, ces cellules souches sont étudiées dans des conditions pathologiques. Leur rôle dans la cancérisation cutanée est étudié, ainsi que dans les pathologies associées à certaines maladies dermatologiques rares, conduisant à une hypersensibilité aux agents génotoxiques, en particulier le syndrome de Gorlin.

 

Le générateur de rayons X Faxitron MultiRAD 350 (Edimex), qui permet des débits de dose jusqu’à 140 Gy/min, est par conséquent central et indispensable aux activités des membres du LGRK. Ce générateur de rayons X est accessible à la communauté scientifique et industrielle francilienne. Pour connaître les modalités d’accès à la plateforme d’irradiation expérimentale, n’hésitez pas, contactez-nous !

 

Contact : Julien Picot (Julien.Picot@genopole.fr)

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IRCM / Plateforme d’irradiation expérimentale. La plateforme d’irradiation expérimentale offre les compétences et le savoir-faire nécessaire à l’utilisation d’un générateur de rayons X de dernière génération pour l’irradiation de matériel biologique et non biologique. Les principales applications sont la préparation de sous-couches nourricières pour la culture de cellules souches, l’évaluation de l’utilisation des cellules souches en thérapie cellulaire, l’étude fondamentale des lésions occasionnées par le rayonnement X, l’identification des mécanismes de développement des cancers radio-induits, et la médecine personnalisée dans le cadre d’étude génomique de cohortes radiosensibles.

 

A propos de Genopole. Premier biocluster français dédié à la recherche en génomique et aux biotechnologies appliquées à la santé et à l’environnement, Genopole rassemble 77 entreprises de biotechnologies, 19 laboratoires de recherche, 25 plateformes technologiques, ainsi que des formations universitaires (université d’Évry, Paris-Saclay). Son objectif : créer et soutenir des entreprises de biotechnologies et le transfert de technologies vers le secteur industriel, favoriser le développement de la recherche dans les sciences de la vie, développer des enseignements de haut niveau dans ces domaines. Situé à Évry-Courcouronnes, Genopole est principalement soutenu par l’État, la Région Ile-de-France, le Département de l’Essonne, l’agglomération Grand Paris Sud, la Ville d’Évry-Courcouronnes et l’AFM-Téléthon.

 

Pour obtenir plus de renseignements sur les plateformes labellisées par Genopole, ainsi que sur les équipements mutualisés accessibles à la communauté scientifique francilienne, vous pouvez aussi contacter Julien Picot (Julien.Picot@genopole.fr).

Vous avez dit soufflage de verre ? La verrerie scientifique soufflée au chalumeau est sans doute l’une des branches la plus méconnue de l’industrie du verre. Pourtant, le verre, la médecine et la science font bon ménage depuis plusieurs siècles. Les premières cornues de distillation ont été fabriquées par des alchimistes arabes en l’an 800. Depuis le 19ème siècle, les techniques de soufflage de verre ont alimenté l'économie de la technologie, contribué à l'amélioration de la santé humaine ainsi qu’à la recherche de pointe. Les radars, la radiographie, la radiodiffusion puis la télévision, les premiers calculateurs et les appareils de recherche scientifiques, la physique, la pétrochimie, les techniques du vide ont utilisé et utilisent encore des éléments fabriqués par des souffleurs de verre au chalumeau.

 

Une expertise unique sur le territoire Paris-Saclay, porté par une UMS ! La plateforme Verrerie Scientifique et Technique (VERRE SCIEN-TECH) est en effet l’une des 11 plateformes de l’UMS IPSIT (Ingénierie et Plateformes au Service de l’Innovation Thérapeutique) et propose dans son atelier l'étude, la conception et la réalisation d’appareils en verre et matériaux assimilés à usage scientifique et à destination de la recherche et de l’enseignement. Elle offre également une expertise dans le domaine des produits verriers. A sa tête, Stéphane Louis, double lauréat du concours des Meilleurs Ouvriers de France : Verrerie Scientifique en 2011, et Verrerie d’Art en 2015 !

 

Une activité rare et précieuse, de la conception à la fabrication sur mesure ! Au sein de cette plateforme technique sont produits des prototypes, des pièces uniques ou de petites séries de fabrication spéciale pour les unités de recherche qui utilisent le verre et ses dérivés dans leurs travaux. Cette proche collaboration avec les utilisateurs est appréciée et participe directement à la recherche et aux expérimentations nouvelles. La plateforme est pourvue de différents outils et machines spécifiques au travail du verre, des chalumeaux, un tour, des machines de travail à froid et des outils de mesure et de contrôle. La plateforme continue d'évoluer dans un groupe de professionnels hautement spécialisés, capables d'adaptation aux industries nouvelles et à la recherche.

 

Comme l’ont écrit Diderot et d’Alembert dans l’Encyclopédie ou Dictionnaire raisonné des sciences, des arts et des métiers : « Ce qu’il y a de certain, c’est que la chimie n’a point fait de découverte depuis celle des métaux, plus merveilleuse et plus utile que la découverte du verre ».

 

N’hésitez pas à nous contacter !

Contact : stephane.louis@universite-paris-saclay.fr

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IPSIT / Verre SCIEN-TECH. La plateforme Verre Scien-Tech est située sur le site de la Faculté de Pharmacie de Châtenay-Malabry. Ses principales missions sont la Conception, la Fabrication et la Réparation d'appareils en verre et matériaux assimilés à usage scientifique à destination de la recherche et de l'enseignement ainsi que l'Expertise dans le domaine des produits verriers.

 

A propos d’IPSIT. IPSIT (Ingénierie et Plateformes au Service de l’Innovation Thérapeutique) est une Unité Mixte de Service placée sous les tutelles conjointes de l’UPSaclay (UMS-IPSIT), l’Inserm (US31) et le CNRS (UAR3679). L’IPSIT regroupe 11 plateformes techniques, organisées en trois pôles technologiques (IMCELLF, OMICS et INTERACTIONS) et trois plateformes transverses. L’IPSIT se veut résolument à l’interface de la chimie, de la biologie et de la clinique en établissant le lien entre la cible pathologique et le médicament. L’IPSIT est adossée à une Structure Fédérative de Recherche (SFR) qui rassemble l’UMS-et 25 équipes de recherche. Enfin, IPSIT participe à l’animation scientifique et à la formation des étudiants et des personnels tout en contribuant au rapprochement d’équipes d’horizons différents et à la transdisciplinarité des collaborations.

La pression hydrostatique est un paramètre thermodynamique extrêmement utile pour sonder les propriétés structurales des biomolécules. Indispensable pour évaluer le fonctionnement « normal » des biomolécules issues d’organismes vivant aux fonds des océans (jusqu’à 1200 bar aux fonds de la fosse des Mariannes), la pression permet aussi pour les biomolécules d’organismes vivant à pression atmosphérique, de mettre en évidence des états conformationnels trop faiblement peuplés pour être directement observables. En effet, des états structuraux peuvent être stabilisés sous pression, si tant est que leur volume global est plus faible.

 

La Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) donne accès à quantité d’informations structurales et dynamiques sur les biomolécules, au niveau atomique et sur une gamme de temps extrêmement large. Aussi le couplage RMN – haute pression (HP-RMN) permet classiquement de caractériser la dynamique et comprendre le mécanisme de repliement des protéines hydrosolubles. Compte tenu de son intérêt, le système HP-RMN a été installé en 2014 sur la plateforme RMN de l’ICSN (voir figure).

 

Le système HP-RMN a été utilisé pour développer une innovation majeure publiée dans Nature Communications (Pozza et al., Nature Comm 2022) et inaugurant le champ d’application de la pression aux protéines membranaires et aux lipides qui les entourent dans une bicouche membranaire. En effet, malgré les immenses progrès effectués sur la caractérisation de la structure 3D des protéines membranaires d’une part, et des bicouches lipidiques d’une autre part, les effets réciproques de l’une sur l’autre restent encore un grand mystère. Pourtant, ces interactions sont fondamentales pour comprendre le fonctionnement (patho)physiologique des membranes cellulaires. En considérant qu’une protéine n’aura d’effet que sur les lipides spatialement les plus proches, une difficulté technique majeure a été d’arriver à séparer les premières couronnes lipidiques entourant la protéine des lipides plus lointains.

 

Grâce à l’expertise unique en biochimie de nos collaborateurs à l’IBPC à Paris (A. Pozza / L. Catoire, Laboratoire de Biologie Physico-Chimique des Protéines Membranaires, UMR 7099, CNRS/Université de Paris, Institut de Biologie Physico-Chimique (FRC 550), 75005 Paris), nous avons pu résoudre toutes ces difficultés en exploitant des nanoparticules lipidiques nanométriques (nanodisques de ~10 nm) reconstituées et de composition parfaitement contrôlée en lipide (DMPC, POPC, cholestérol) et en protéine (ici une porine bactérienne et un récepteur couplé aux protéine G (RCPG) humain) permettant ainsi de ne garder qu’un nombre limité de lipides (~100) autour de la protéine. Nous avons pu ainsi suivre simultanément, par RMN, le comportement dynamique des lipides et de la protéine en faisant varier la pression de 1 à 2500 bar. Il est apparu que la présence de la protéine empêche considérablement la rigidification de la bicouche induite par la pression. Cette observation pourrait révéler un mécanisme par lequel les protéines membranaires contribueraient à préserver la fluidité membranaire, propriété indispensable à son bon fonctionnement. Si la porine, de structure très rigide, est relativement peu sensible à l’application de pression, le RCPG, qui explore de multiples états conformationnels en lien direct avec son degré d’activation, est, quant à lui très sensible à la pression. Non seulement la conformation dite pré-active est déstabilisée mais une modification majeure du comportement dynamique global de la protéine a été observée sous pression, révélée par une augmentation considérable du signal RMN (x5).

 

S’il nous reste encore à caractériser finement la nouvelle dynamique et à définir le rôle des lipides dans cet effet, les verrous principaux ouvrant le champ des études sous pression de protéines membranaires à très hautes résolutions spatiale et temporelle ont été levés, ce qui va nous permettre de continuer à creuser le lien entre dynamique des lipides et des protéines dans les bicouches membranaires. En savoir plus ? Pozza et al., Nature Comm 2022

 

Contact : laurent.catoire@ibpc.fr ; ewen.lescop@cnrs.fr

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ICSN / Plateforme de RMN. L'Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN) possède une expertise unique en spectroscopie RMN pour des applications en chimie, en biologie et en biologie structurale en s'appuyant sur un parc d'instrumental unique de dix spectromètres RMN Bruker. Le service RMN est dédié aux petites molécules et aux produits naturels et possède une expérience de plus de 30 années pour la détermination de structure primaire et tertiaire, la caractérisation de la dynamique moléculaire, l'étude d'interaction et de complexes moléculaires et la caractérisation structurale à moyen débit sur passeur d'échantillons. Il est équipé de cinq spectromètres Avance Bruker : deux 300 MHz, deux 500 MHz et un 600 MHz. La plateforme RMN haut champ est dédiée en grande partie aux applications en biologie structurale et aux cas difficiles de chimie analytique en phase liquide et solide et est dotée de cinq spectromètres: deux 600 MHz, un 700 MHz, 800 MHz et 950 MHz. Un des spectromètres 600 MHz est équipé d'un passeur d'échantillon réfrigéré, d'une cryosonde TCI et d'une cryosonde QCI (19F, 1H, 13C, 15N). Le spectromètre 700MHz est équipé d'une cryosonde TXO optimisée pour la détection 13C. Les spectromètres 800 MHz et 950 MHz sont équipés de cryosonde TCI. Un équipement de mise en pression d'échantillon est aussi disponible. Labélisée IBiSA, la plateforme haut champ est notamment accessible au travers des infrastructures nationales Infranalytics et FRISBI.

CIAMS / plateforme Bernstein est l’une des cinq plateformes technologiques opérées par le laboratoire Complexité, Innovations, Activités Motrices et Sportives (CIAMS – Université Paris-Saclay et Université d’Orléans). Un de ses objectifs ? Améliorer nos connaissances sur l’interaction humain-exosquelette.

 

L’utilisation des exosquelettes est prometteuse dans les champs de l’ergonomie et de la santé, que ce soit pour prévenir les troubles musculo-squelettiques chez le travailleur ou pour compenser les déficits moteurs chez certains patients. En particulier, les exosquelettes actifs (c’est-à-dire motorisés) peuvent fournir un moyen d’assister les mouvements d’un utilisateur avec tous les avantages offerts par la robotique : répétabilité, précision et adaptabilité.

 

La plateforme héberge un robot exosquelette du membre supérieur nommé ABLE présentant un intérêt pour toutes les applications d’assistance liées à la manipulation d’objets et au port de charge, que ce soit dans un contexte clinique ou industriel. Au-delà des défis technologiques inhérents à ce type d’appareil (actionneurs, poids élevé, source d’énergie…), un problème fondamental qui limite encore l’usage des exosquelettes actifs sur le terrain est lié à notre manque de compréhension du contrôle moteur humain. En effet, être capable de mieux anticiper l’intention de l’utilisateur et de prédire son comportement moteur est nécessaire pour développer des lois de contrôle efficientes et génériques. Mieux comprendre comment et pourquoi l’humain adapte ses mouvements lorsqu’il porte un exosquelette actif de membre supérieur s’inscrit donc dans une boucle vertueuse qui débouchera à terme sur des exosquelettes plus utiles et plus intuitifs pour l’utilisateur.

 

Ces travaux sont actuellement développés au sein du projet EXOMAN, financé par l’ANR et coordonné par le professeur Bastien Berret. Ils ont déjà donné lieu à plusieurs publications qui traitent à la fois de questions fondamentales en sciences du mouvement humain et de questions appliquées à l’ergonomie et à la commande des exosquelettes. En savoir plus ? Verdel et al., Frontiers in Bioengineering and Biotechnology 2021, Verdel et al., Robotica 2021.

 

Contacts : Bastien Berret (bastien.berret@universite-paris-saclay.fr) ; Nicolas Vignais (nicolas.vignais@universite-paris-saclay.fr) ; Caroline Teulier (caroline.teulier@universite-paris-saclay.fr) ; Jean Jeuvrey (jean.jeuvrey@universite-paris-saclay.fr)

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CIAMS / plateforme Bernstein. La plateforme permet l’analyse du mouvement aux niveaux cinématique, dynamique et électromyographique (EMG). Les outils dédiés à cette plateforme sont : un exosquelette actif de membre supérieur (4 degrés de liberté : épaule et coude, Haption), un système optoélectronique (Qualisys) et des capteurs de force (3 axes et 6 axes). D'autres outils de mesure ambulatoire peuvent être utilisés : électrogoniomètres (Biometrics), centrales inertielles (XSens), systèmes EMG (Biometrics, Cometa, Delsys), plateforme de podométrie et posturographie (Fusyo), cellules optiques (Optogait), isocinétisme (Biodex), tapis à capteurs de pression (Tekscan), tapis roulant.

 

A propos du CIAMS. Le CIAMS est un laboratoire multidisciplinaire (SDV et SHS) en sciences du mouvement et facteurs humains. Il contribue notamment au réseau Neurosciences, Mouvement, Handicap des unités de recherche en Sciences de la Vie de l'Université Paris-Saclay. Le CIAMS est un membre fondateur de la Fédération Demenÿ-Vaucanson (FéDeV), une Structure Fédérative de Recherche impliquant une quinzaine d’unités de recherche, dont la mission est de structurer la communauté scientifique de Paris-Saclay dans le domaine des sciences du mouvement.

Le réseau de plateformes OCCIGEN (pour Organization of Cytometry and Cellular Imaging of GENopole) est le regroupement sous une identité unique de plusieurs plateformes d’imagerie et de cytométrie installées sur le biocluster Genopole. Ces plateformes dont les tutelles sont différentes se retrouvent autour de trois expertises principales : i) imagerie (microscopie de super-résolution, microscopie à feuillet de lumière, microscopie confocale, microscopie spectrale, microscopie time-lapse longue durée, scanner de lames, échographie morphologique et fonctionnelle, analyses morphométriques) ; ii) cytométrie en flux (analyses cellulaires et moléculaires, analyses spectrales, analyses d’images en flux) et iii) tri et clonage cellulaire à haute vitesse.

 

Le noyau principal d’OCCIGEN est sans nul doute la plateforme d’imagerie - cytométrie de Généthon (ImCy). Cette dernière, reconnue depuis plus de 15 ans pour son expertise dans l’évaluation des médicaments de thérapies innovantes (thérapies génique et cellulaire) sur des modèles murins de maladies génétiques rares (en particulier neuromusculaires) vient de décrocher sa labellisation auprès du GIS IBiSA. Pour rappel, ce GIS a pour mission de soutenir les plateformes en biologie, santé et agronomie, ouvertes à la communauté scientifique locale, régionale et nationale, et les accompagne également vers la certification de la qualité. Sur ce sujet, la plateforme d’imagerie – cytométrie de Généthon prévoit d’obtenir la certification ISO 9001 courant 2022, permettant ainsi de mieux répondre aux exigences de certaines sociétés clientes.

 

De plus, grâce à ses thématiques innovantes, à ses équipements à la pointe de la technologie et à son expertise dans le traitement des données, la plateforme d’imagerie - cytométrie de Généthon vient de rejoindre le nœud Ile-de-France Sud de l’infrastructure nationale France-BioImaging, infrastructure qui fédère maintenant 24 plateformes scientifiques et 30 équipes de recherches associées dans le but de faciliter l’accès aux technologies d’imagerie innovantes. Déjà investis dans plusieurs groupes de travail de France-BioImaging, les membres de la plateforme sont force de proposition sur l’analyse d’images par intelligence artificielle et sur l’imagerie et l’analyse en absence de marquages fluorescents, des applications qu’ils souhaitent approfondir dans les années à venir.

 

La labellisation IBiSA couplée à l’intégration de cette plateforme à l’Infrastructure nationale en biologie et santé (INBS) France-BioImaging seront des atouts indéniables pour OCCIGEN. Il est également évident que les contacts renforcés entre les plateformes de ces réseaux, en particulier en Ile-de-France Sud, permettront la naissance d’ambitieux projets collaboratifs et créeront une alchimie propice à l’innovation scientifique et technologique.

 

Pour connaître les modalités d’accès aux plateformes d’imagerie et de cytométrie génopolitaines, n’hésitez pas, contactez-nous !

Contact : Julien Picot (Julien.Picot@genopole.fr)

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A propos de la Plateforme d’imagerie – cytométrie de Généthon. La plateforme d’Imagerie-Cytométrie de Généthon (ImCy) est, avec plus de 15 ans d’expérience dans l’accompagnement des chercheurs en thérapie génique, non seulement experte dans l’acquisition de données de cytométrie et d’images de microscopie mais également dans l’analyse profonde et quantitative de ces données et images.

 

A propos de la Plateforme d’imagerie – cytométrie OCCIGEN. La plateforme d'imagerie - cytométrie OCCIGEN propose d'accéder à des équipements de pointe et à l'expertise associée pour l'exploration moléculaire et physiopathologique multi-échelle, de la cellule isolée jusqu'au petit animal (rongeur), par des techniques d'imagerie photonique et de cytométrie en flux en environnement L2. Concernant l'imagerie, de nombreux microscopes sont disponibles : nanoscope STED, confocal, feuillet de lumière, scanner de lames, phase quantitative, systèmes de time-lapses, etc. Concernant la cytométrie en flux, plusieurs trieurs-cloneurs à haute vitesse sont disponibles ainsi que des cytomètres-analyseurs multi-couleurs, un cytomètre spectral et un cytomètre d'images en flux. La plateforme d'imagerie - cytométrie dispose également de très nombreux logiciels d'analyses des données.

 

A propos de Genopole. Premier biocluster français dédié à la recherche en génomique et aux biotechnologies appliquées à la santé et à l’environnement, Genopole rassemble 77 entreprises de biotechnologies, 19 laboratoires de recherche, 25 plateformes technologiques, ainsi que des formations universitaires (université d’Évry, Paris-Saclay). Son objectif : créer et soutenir des entreprises de biotechnologies et le transfert de technologies vers le secteur industriel, favoriser le développement de la recherche dans les sciences de la vie, développer des enseignements de haut niveau dans ces domaines. Situé à Évry-Courcouronnes, Genopole est principalement soutenu par l’État, la Région Ile-de-France, le Département de l’Essonne, l’agglomération Grand Paris Sud, la Ville d’Évry-Courcouronnes et l’AFM-Téléthon.

 

Pour obtenir plus de renseignements sur les plateformes labellisées par Genopole, ainsi que sur les équipements mutualisés accessibles à la communauté scientifique francilienne, vous pouvez aussi contacter Julien Picot (Julien.Picot@genopole.fr).

L'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, Gif-sur-Yvette) est une unité mixte de recherche soutenue par l'Université Paris-Saclay, le CNRS et le CEA, accueillant une soixantaine d’équipes de recherche et hébergeant 15 plateformes technologiques et 2 plateaux techniques, répartis en 6 pôles.

 

Aujourd’hui, retour sur une contribution originale de sa plateforme de spectroscopies électroniques : la compréhension de l’activation de la photolyase (6-4), une photoenzyme qui répare les lésions de l’ADN dues à une exposition à la lumière ultraviolette, connues sous la dénomination ‘photoproduits (6-4)’!

 

Les photolyases sont des flavoprotéines (contenant un cofacteur flavin adénine dinucléotide, FAD) qui nécessitent de la lumière violette/bleue à la fois pour leur propre activation et pour la réparation réelle de l'ADN. La forme redox du cofacteur flavine active dans la réparation de l'ADN est la forme entièrement réduite (FADH–). Par conséquent, si le cofacteur est oxydé (FAD) ou semi-oxydé (FADH●), il doit être réduit afin d’activer l'enzyme. Cette (photo)activation est réalisée en transférant un ou deux électrons (2 vers FAD, ou 1 seul vers FADH●) à la flavine photoexcitée via une chaîne de résidus tryptophane (typiquement trois).

 

Dans un article tout récemment publié (Hosokawa et al., Sci. Rep. 2022), et via le système expérimental optique développé par la plateforme, un chercheur de l'équipe 3P (Photobiologie, Photosynthèse, Photocatalyse) et ses collaborateurs de l'Université d'Osaka ont mis en évidence les « astuces » utilisées par une photolyase (6-4) végétale (Arabidopsis thaliana) pour conduire à une photoactivation efficace. Cette photolyase contient un résidu histidine 'His382' à proximité du tryptophane terminal (Trp3H) de la chaîne de transfert d'électrons. Conservée dans presque toutes les photolyases (6-4) végétales mais absente dans leurs orthologues animaux, cette histidine empêche l'accès des molécules de solvant et donc la déprotonation du radical cationique tryptophane Trp3H●+ formé lors du transfert d'électron à la flavine. La présence de cette histidine entraîne donc une durée de vie prolongée du radical Trp3H●+ et augmente de ce fait ses chances d'être réduit par des réducteurs externes (alors que le transfert de protons nécessite un contact direct entre le donneur et l'accepteur, le transfert d'électrons peut se produire sur de plus longues distances). La réduction de Trp3H●+ par des réducteurs extrinsèques empêche sa recombinaison avec FAD●– (ou FADH–) et conduit ainsi à la stabilisation des formes réduites du cofacteur flavine. Une astuce supplémentaire utilisée par les photolyases (6-4) végétales pour stabiliser la charge positive sur le radical Trp3H●+ est l’empêchement de la recombinaison ultrarapide des charges via un équilibre dynamique de la paire FAD●–/Trp3H●+ avec des paires secondaires (FAD●–/Trp2H●+) et primaires (FAD●–/Trp1H●+), dans lesquelles les charges ne sont pas suffisamment séparées. Dans cet article, les auteurs proposent un rôle particulier pour un résidu arginine (là encore conservé dans les photolyases (6-4) végétales et absent dans leurs orthologues animaux) à proximité de Trp2H, qui pourrait empêcher le retour de la charge positive de Trp3H●+ à Trp2H et rendre donc le transfert d’électrons strictement unidirectionnel. Le rendement quantique de la paire FAD●–/Trp3H●+ atteint ainsi ~80 %, ce qui est nettement supérieur à celui observé dans d’autres types de photolyases.

 

Contact : pavel.muller@i2bc.paris-saclay.fr

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Aussi, le 26 août 2019, la plateforme de spectroscopies électroniques publiait son premier un Scoop-it® / FOCUS PLATEFORME : Un montage spectroscopique optique unique pour mesurer des mécanismes enzymatiques photo-induits ultra-rapides. Le lire à nouveau ? Enfin, le 7 mars dernier, un second FOCUS PLATEFORME a aussi été publié par le même auteur : Quand la spectroscopie électronique contribue à la compréhension des mécanismes réactionnels impliqués dans la photoréparation de l’ADN ! Le lire à nouveau ?

 

I2BC / Plateforme de spectroscopies électroniques. La plateforme de Spectroscopies Électroniques (Institut de Biologie Intégrative de la Cellule, I2BC) offre ses services appliqués aux biomolécules à des équipes de recherche françaises et internationales. Nous sommes capables de suivre des changements spectroscopiques au niveau de la protéine dans des cellules intactes. La plateforme est équipée de plusieurs spectromètres d'absorption et de fluorescence (y compris un certain nombre de spectromètres PAM spécialisés) ainsi que des spectromètres à thermoluminescence. Pour certaines configurations, des cryostats sont disponibles pour les études à basse température, jusqu'à 77K ou 4K. La plateforme a développé (et continue à améliorer) un montage unique de spectroscopie optique résolue dans le temps (ca. 300 ps), surpassant les montages conventionnels (commerciaux) en sensibilité et en résolution temporelle. Ce type de méthodologie est particulièrement déterminant pour l'élucidation de processus irréversibles et/ou de processus qui se produisent dans des fenêtres temporelles allant de quelques centaines de picosecondes à des dizaines de nanosecondes, où les montages conventionnels performent mal ou ne peuvent pas être utilisées du tout. Cette plateforme fait partie du pôle des plateformes de Biophysiques de l'I2BC qui comprend les plateformes de RPE, FTIR, Résonance Raman, Spectroscopies Electroniques et Microscopie de fluorescence à super-résolution.

La plateforme de transcriptomique et génomique (ACTAGEN) rattachée à l’UMS IPSIT (INSERM/CNRS/UPSaclay, Faculté de Pharmacie, Châtenay-Malabry) offre régulièrement ses services aux équipes de recherche académiques du territoire Paris-Saclay. Elle est aussi en mesure d’assurer des développements méthodologiques et technologiques, en particulier lorsque que le constructeur de l’un de ses équipement (chaine expérimentale de microarrays, Agilent), ne propose pas encore à son catalogue l’outil ad-hoc.

 

Retour sur une success-story : Contactée en 2012 par une équipe de l’Université Paris-Sud souhaitant explorer le transcriptome d’une espèce fongique (champignon), ACTAGEN a conçu, développé et validé en interne une puce, répondant aux besoins du projet. Le format choisi (8x15k) a permis l’analyse sur la même lame du comportement du transcriptome dans 8 échantillons simultanément. Ce développement original a nécessité le design de 1 à 2 sondes oligonucléotidiques associées aux annotations fonctionnelles les plus à jour pour chacun des 10.000 gènes codants, et le contrôle qualité de ces séquences, opérations réalisées avec les conseils du support technique du constructeur. Ce développement a fait l’objet d’une publication (Deloménie C et al. Current Genetics, 2016), dans laquelle l’expertise d’Agilent a été remerciée.

 

L’histoire ne s’arrête pas là : cette réalisation initialement purement méthodologique et technologique a ensuite eu un effet « carte de visite », permettant à ACTAGEN d’être approchée, sur recommandation du constructeur (!), par une start-up sud-francilienne intéressée par la valorisation industrielle de données de génomique et qui était à la recherche dans son périmètre d’un prestataire capable de produire pour elle sur des microarrays, des données transcriptomiques de qualité dans des délais courts. Ce défi d’une prestation de service par notre plateforme a été relevé (500 échantillons analysés sur 24 mois), permettant à ACTAGEN d’optimiser ses procédures expérimentales et de les inscrire dans un système de management de la qualité. De plus, une partie des données produites a pu être associée à une thèse de l’Université Paris-Saclay.

 

Mais notre satisfaction la plus grande est certainement, suite à la reconduction du contrat avec cette entreprise, d’avoir pu créer un emploi grâce aux recettes générées en recrutant un jeune technicien. Souhaitons que ce partenariat public-privé, gagnant-gagnant, se poursuive encore quelque temps !

 

La plateforme de Transcriptomique et Protéomique (ACTAGEN) se trouve sur le site de l’UFR de Pharmacie de l’Université Paris-Saclay à Châtenay-Malabry. Elle collabore avec les équipes de recherche en mettant à leur disposition les technologies d’analyse qualitative et quantitative du transcriptome et du protéome, à partir de cellules et tissus d’origine variée. La plateforme propose les technologies microarrays et PCR en temps réel pour l’analyse transcriptomique, l’électrophorèse bidimensionnelle et la spectrométrie de masse pour l’analyse des protéomes (identification ou quantification des variations des protéines). Elle est membre du Réseau des plateformes de génomique de Paris-Saclay (GENOPS).

 

Contact : claudine.delomenie@universite-paris-saclay.fr

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La Région Ile-de-France contribue régulièrement, et au travers de différents dispositifs, à renforcer les compétences scientifiques et technologiques de son écosystème. A ce titre, elle réédite cette année son AAP SESAME - SESAME 2022 - AAP visant à donner aux laboratoires de recherche de son territoire les moyens nécessaires pour développer de nouveaux projets et pour mettre en œuvre des dispositifs expérimentaux originaux de recherche (comprenez « équipements »).

 

Comme lors des précédentes éditions, ne sont éligibles à SESAME 2022, que des équipements dont le coût total est compris entre 0,2 M€ et 3 M€ HT ; D’autre part, pour rappel, l’aide prendra la forme d’une subvention dont le taux maximum d’intervention régionale pour l’acquisition de ces équipements s’élève à 66% du montant HT du coût total du projet. Ce taux d’intervention régionale pour les projets d’équipements en sciences humaines et sociales pourra néanmoins atteindre 100% du montant HT du coût total, à condition que 3 laboratoires franciliens distincts ou plus participent au projet.

 

Les critères d'éligibilité et de sélection sont disponibles dans le texte de l'appel à projet SESAME 2022.

 

D’autre part, le dossier de candidature est à compléter en ligne sur mesdemarches.iledefrance.fr, par le porteur du projet directement, après sélection par l’Université Paris-Saclay en ce qui nous concerne. Cette sélection se fera naturellement en prenant en compte, outre les critères de la Région mentionnés dans l'AAP, la plus-value collective pour l'Université Paris-Saclay. Attention également de bien prendre les critères d'exclusion mentionnées dans l’AAP, et si cela s'applique à votre projet, de tenir compte des remarques faites par le jury de la Région en cas de soumission les années précédentes.

 

Ci-dessous, le rappel du calendrier, intégrant les échéances propres à l’Université Paris-Saclay :

• le 6 mai 2022 au plus tard : les porteurs de projet transmettent aux écoles graduées/institut concernés leur projet dans l'état le plus avancé possible, avec copie à l'adresse vp.recherche@universite-paris-saclay.fr (et mention de l'institution qui porterait le projet) ;
• du 9 au 25 mai 2022: les GS/I évaluent les dossiers qui leur sont remontés et produisent un avis (classement en trois catégories A, B, C) et le cas échéant les priorisent au sein d'une catégorie s'il y a beaucoup de projets. Deux sessions d’auditions des projets sont à ce titre programmées pour les 5 GS rattachées au domaine Sciences de la Vie de l’Université Paris-Saclay, les 18 et 19 mai 2022, sessions pilotées par la VP-Recherche en charge du domaine ;
• le 1er juin 2022: le CoDiReV sélectionne les huit projets que l'UPSaclay est autorisée à faire remonter ;
• entre le 2 et le 10 juin 2022 s'effectuent les dépôts de projets auprès de la Région, par les institutions porteuses.

EUGLOHRIA est un projet européen piloté par UPSaclay, et dont les enjeux et thématiques scientifiques sont ceux liés aux pandémies au sens large et en particulier la COVID.

 

Dans ce cadre, se tiendra les 16 et 17 mai prochain une « seeding conference », 100% digitale, visant à mettre en relations des ingénieurs et chercheurs associés aux 5 universités constitutives de l’alliance EUGLOH, autour de quatre thématiques principales, avec un objectif fort : la constitution de consortium et le montage de projets communs. Ces quatre thématiques sont :

 

UNDERSTAND sous-entendu « comprendre le virus et l'hôte », avec des projets à venir ou en cours dont l'objectif principal est l’étude au sens large de l'agent pathogène (sa structure, ses fonctions) et la manière dont il provoque la maladie.

 

DETECT pour « détecter le virus », avec des projets dont l'objectif principal est de repérer / détecter et identifier le virus, mais aussi ses mécanismes de propagation chez les individus ou dans l'environnement.

 

ACT AGAINST pour « agir contre le virus et sa propagation », avec des projets dont l'objectif principal est de combattre la maladie (thérapies vaccinales et médicamenteuses bien sûr, mais aussi développement de dispositifs médicaux ou de dispositifs limitant les contagions et la dissémination du pathogène).

 

CONSEQUENCES pour « conséquences de la pandémie au sens large », avec des projets liés à l'étude des conséquences de la pandémie au niveau sociétal (non médical) mais aussi environnemental.

 

La date limite d’inscription vient d’être repoussée au 8 avril 2022, profitez-en et participez à cette première « seeding conference » ! N’hésitez pas mettez en valeurs vos expertises et savoir-faire, mais aussi vos équipements, que vous ayez déjà des projets sur ces thématiques ou non ! Les inscriptions sont gratuites, mais restent obligatoires.

 

A noter : A l'issue de la conférence, les personnes intéressées par un approfondissement des liens avec les partenaires identifié(e)s pourront se tourner vers le point de contact du projet (euglohria.upsaclay@universite-paris-saclay.fr) afin d'effectuer une demande de financement d'une mission (seed funding, ou early-stage funding), et ceci en vue de rencontrer un laboratoire potentiellement partenaire et d’échanger plus concrètement sur les suites à donner et le montage d’un projet commun. L'enveloppe financière à UPSaclay devrait permettre d'envisager le financement de 20 à 30 missions au total.

 

Contacts UPSaclay / EUGLOHRIA : Eric Cassan (eric.cassan@universite-paris-saclay.fr) et pour les WPs scientifiques associés à EUGLOHRIA, Agnès Linglart (agnes.linglart@aphp.fr), Frédéric Dollé (frederic.dolle@cea.fr)

 

A propos d’EUGLOHRIA. EUGLOHRIA est un projet H2020 d’une durée de trois ans, et obtenu en réponse à l’appel SwafS de la Commission Européenne (“Science with and for Society” (SwafS)-call “Support for the Research and Innovation Dimension of European Universities”). Accepté le 24 juillet 2020, EUGLOHRIA est doté d’un budget de 2M€, et s’inscrit dans la dynamique de l’alliance européenne EUGLOH coordonnée par l’Université Paris-Saclay et associant 4 autres universités en Europe : Lund University (LU), Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), Universidade do Porto (UPorto), University of Szeged (USZ).