Life Sciences Université Paris-Saclay

Les points de contact nationaux du Conseil de la recherche de Lituanie et de France organisent une rencontre entre chercheurs lituaniens et français le 25 septembre 2024 à Paris. L'événement s'adresse prioritairement aux scientifiques qui envisagent de participer aux appels à projets collaboratifs du Cluster Santé d'Horizon Europe et de la Mission Cancer.

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La fondation Recherche endométriose finance des projets de recherches à hauteur de 40 000 € et propose des bourses de mobilité à l'étranger d'un montant de 5 000 € maximum. Ces bourses s'adressent aux doctorants, post-doctorants et cliniciens-chercheurs.

• Date limite de candidature : 24 octobre 2024.
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Le Cancéropôle IDF lance son premier appel à projet 2025 Emergence visant à financer des projets de recherche innovants et émergents dans le domaine de la recherche sur le cancer, sur la thématique « Nouveaux modèles précliniques et organoïdes ».

Contexte

Ces appels à projets doivent permettre la détection et le financement de projets de recherche « émergents » innovants :

• projets de rupture scientifique et/ou technologique, pour lesquels une consolidation des résultats préliminaires avant dépôt aux appels à projets nationaux/internationaux est nécessaire ; les projets ne devront pas avoir été soumis auparavant à un autre appel d’offres
• projets préférentiellement issus de jeunes équipes émergentes

L’Appel à projets Emergence 2025 est exclusivement dédié à la thématique: « Nouveaux modèles précliniques et organoïdes »,

Si des projets nécessitent des autorisations réglementaires, ces dernières doivent avoir été obtenues avant la soumission.

Le financement des projets retenus sera d’un montant maximal de 40 000 € par projet, pour une durée de 1 an. Seules les équipes localisées en Région Île-de-France sont éligibles

• Date limite de réponse : 15 octobre 2025 midi.
• Texte de l’appel
• Liste des questions présentes dans le formulaire
• Soumission en ligne via ce lien

Les Programmes et Equipements Prioritaires de Recherche (PEPR) ont été mis en place dans le cadre de France 2030. Ils ont pour objectif de construire ou de consolider un leadership français dans des domaines scientifiques considérés prioritaires aux niveaux national ou européen, et qui sont susceptibles d’amener une transformation de grande ampleur, qu’elle soit technologique, économique, sociétale, sanitaire, environnementale.

Actuellement, 8 PEPR sont pilotés ou co-pilotés par l’Inserm. Ils bénéficient d'une enveloppe allant de 25 à 80 millions d’euros sur 5-7 ans. Leur structuration est légèrement différente d’un programme à un autre ; ils peuvent être composés de projets ciblés structurants pour la communauté et/ou d’appels à projets pilotés par l’ANR et ouverts à l’ensemble des chercheurs.

• PEPR Maladies infectieuses émergentes (MIE), piloté par l’Inserm à travers l’ANRS|Maladies infectieuses émergentes
• PEPR Santé Numérique, copiloté avec l'Inria
• PEPR Biothérapies et Bioproduction de Thérapies Innovantes (BBTI), copiloté avec le CEA
• PEPR Systèmes Alimentaires, Microbiome et Santé (SAMS), copiloté avec l'Inrae
• PEPR Santé des femmes, santé des couples (SAFE)
• PEPR Santé mentale (PROPSY), copiloté avec le CNRS et en partenariat avec la fondation FondaMental
• PEPR Organes et organoïdes sur puces (MED-OOC), copiloté avec le CEA et le CNRS
• PEPR Identité et destins cellulaires (Cell-ID), copiloté avec le CNRS

A noter que seuls les 4 premiers PEPR disposent déjà d'un site web dédié. Cependant tous les PEPR listés (sauf Cell-ID, en construction) bénéficient d'une page descriptive sur le site de l'ANR.

Des appels sont en cours ou à venir :

• PEPR SAMS : un appel Chaires Juniors (clôture le 24 septembre 2024). A venir un appel à cohorte Microbiome (lancement 2nd semestre 2024)
• PEPR BBTI : un appel à projets innovants (clôture le 5 septembre 2024)
• PEPR MED-OOC : 1er appel fin 2024
• PEPR PROPSY : 1er appel en 2025

Pour être tenu informé des appels en cours, nous vous invitons à vous abonner à la Newsletter mensuelle de l'ANR.

Vous pouvez aussi consulter régulièrement le portail commun des appels à projets.

Le programme « OncoEntrepreneur » forme depuis 2014 des porteurs de projets innovants de la Healthtech (Biotechs, Medtechs, e-santé). Le Paris Saclay Cancer Cluster pilote ce programme pour encourager et accompagner l’entreprenariat en oncologie.

L’appel à candidatures (AAC) au programme « OncoEntrepreneur » 2024 est lancé. Comme les années précédentes, le programme s’adresse aux projets ante creation et aux jeunes start-ups de moins de deux ans, dans le domaine du cancer.

Voici le calendrier :

• 15 juillet 2024 : lancement de l'AAC « OncoEntrepreneur »
• 25 octobre à minuit : clôture de l'AAC « OncoEntrepreneur »
• 12 novembre 2024 : annonce des résultats aux candidat.e.s sélectionné.e.s

Pour rappel, le programme OncoEntrepreneur c'est :

• 25 Masterclass sur l’entrepreneuriat & spécificités des problématiques de l’oncologie (2h/semaine) animés par des experts de l’écosystème ;
• 7 mois d'accompagnement (décembre à juin, Jury en juillet) ;
• formation au pitch ;
• du networking et des opportunités de collaboration.

-> Programme pris en charge par le PSCC.

-> Pour toute information et pour postuler à ce programme, cliquer sur ce lien.

Dans une étude publiée dans Nucleic Acids Research, les scientifiques du laboratoire « Recombinaison, Réplication et Stabilité des génomes » de l’unité « Intégrité du génome, RNA et Cancer » (UMR3348 CNRS/Institut Curie/UPSaclay, Orsay) ont mis en évidence un rôle majeur des pores nucléaires dans la réactivation des fourches de réplication par la recombinaison homologue. De nombreuses études ont démontré que les sites souffrant d’accidents de la réplication de l’ADN sont délocalisés vers la périphérie du noyau, notamment pour s’associer avec les pores nucléaires, des structures macromoléculaires agissant comme des portes pour assurer la communication moléculaire entre le noyau et le cytoplasme.

En combinant des approches génétique et génomique chez la levure Schizosaccharomyces pombe, et en collaboration avec des équipes du CRCM de Marseille, de l’université de Wroclaw en Pologne, et de l’université du Sussex en Angleterre, les auteurs démontrent que deux activités enzymatiques, particulièrement enrichies dans l’environnement des pores nucléaires, sont nécessaires à la réactivation des fourches de réplication : la SUMO protéase Ulp1 qui facilite l’activation de la synthèse d’ADN réparatrice et le protéasome qui facilite la progression de cette synthèse d’ADN réparatrice. De plus, ces activités ne se compensent pas et sont contrôlées par des composants différents des pores nucléaires.

Ces travaux révèlent l’importance de mobiliser les accidents de la réplication d’un compartiment nucléaire vers l’environnement des pores nucléaires pour faciliter leur réparation, environnement cellulaire plus favorable à la duplication du génome en condition de stress.

Contact : sarah.lambert@curie.fr

Staphylococcus aureus, responsable d'infections nosocomiales et de septicémies, est la première cause de mortalité bactérienne dans la plupart des pays du monde. Sa pathogénicité repose sur son adaptation à une large gamme de biotopes.

La biodisponibilité du fer étant parfois un facteur limitant pour la croissance, les bactéries ont développé des stratégies pour récupérer le fer et réduire son utilisation dans des conditions de croissance appauvries en fer. L'une de ces stratégies implique la modulation des protéines utilisatrices de fer par l'action d'ARN régulateurs non codants (sRNA). Les recherches antérieures de l’équipe de Philippe Bouloc à l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) ont révélé l'importance d'IsrR, un sRNA staphylococcique nécessaire à une croissance optimale dans des milieux appauvris en fer et au maintien d'une virulence efficace (Coronel-Tellez et al., 2022). Induit par une carence en fer, IsrR coordonne la répression le l’expression de gènes codant pour les enzymes contenant des noyaux [Fe-S], dont l'aconitase.

L'aconitase convertit le citrate en isocitrate. Son gène est régulé positivement par CcpE, un régulateur transcriptionnel activé par le citrate. Dans une nouvelle étude publiée dans Nucleic Acids Research, en collaboration avec Claire Toffano-Nioche de l’équipe RNA Sequence, Structure & Function, l’équipe montre que IsrR inhibe non seulement la traduction de l'ARNm de l'aconitase, mais cible également l'ARNm de ccpE, établissant ainsi une boucle de régulation cohérente (feed-forward). Ce double mécanisme de répression assure un contrôle efficace de la production d'aconitase par l'IsrR. L'aconitase est une protéine connue pour avoir une seconde (moonlighting) activité en l'absence de son cluster [Fe-S] ; elle devient une protéine de liaison à l'ARN (RBP) dotée d'une capacité de régulation. Cette caractéristique est conservée des procaryotes aux eucaryotes. Les auteurs montrent ici que l'activité RBP de l’aconitase de S. aureus permet une diminution de la quantité aconitase et influence l'expression des gènes codant pour des enzymes métaboliques lors de carences en fer.

Cette étude révèle le réseau complexe de régulations post-transcriptionnelles gouvernant la production d'aconitase qui permet au Staphylocoque doré de proliférer dans des conditions de carence en fer. A noter que ces conditions sont rencontrées par les bactéries dans l'hôte du fait d'une réaction de défense connu sous le nom d'immunité nutritionnelle, dans laquelle le fer et d'autres nutriments essentiels sont séquestrés pour prévenir les infections.

Contact : philippe.bouloc@i2bc.paris-saclay.fr

Bienvenue à la nouvelle équipe de direction de la GS SMFH

• Alexandra PERROT, Directrice - Adjointe Formation
• Thomas DEROCHE, Directeur de la GS SMFH
• Arnaud BOUTIN, Directeur - Adjoint Recherche
• Claire THOMAS - JUNIUS, Directrice - Adjointe Déléguée Valorisation
• Caroline TEULIER, Directrice - Adjointe Déléguée Relations Internationales

L'équipe prend ses fonctions le 1er septembre 2024

Ce projet de sciences participatives a pour ambition d’accélérer la recherche du microbiote en France pour mieux prévenir et soigner les maladies chroniques. Le projet est porté par INRAE, réalisé avec l’AP-HP et un consortium de partenaires dont AgroParisTech, INSERM, CEA et Institut Pasteur. Après une phase pilote de 3000 participants réussie en septembre 2022, le projet a été lancé à grande échelle le 4 décembre 2023 et compte à ce jour 14 000 participants.

-> Lire notre précédente info

-> Participer au projet

We are pleased to organize the Thursday’s PSCC #13, which will take place on September 12th between 4:30 to 6:00 pm followed by an informal get together for the attendees. This event will be held on site & on line: reception from 4pm onwards at the PSCC premises (79 avenue de Fontainebleau, 94270 Le Kremlin-Bicêtre - metro station 7) and videoconferencing available (starting at 4:30pm).

We are honoured to welcome 3 experts :

• Pr. Laurence Zitvogel (MD, PhD) is an oncologist, a scientific Director of the Clinicobiome program at Gustave Roussy and professor at the “Université Paris Saclay”. She has actively contributed to the field of cancer immunology and immunotherapy, and pioneered the concepts of immunogenic cell death and gut microbiota in cancer immunosurveillance and therapy. She is coordinator of various programs including RHU5 IMMUNOLIFE, H2020 ONCOBIOME and PREVALUNG-EU.

•  Dr. Nathalie Corvaïa is Chief Scientific Officer at Maat Pharma. She brings more than 20 years of experience leading drug discovery and development programs in oncology and guiding the advancement of product candidates into the clinic. She oversees MaaT Pharma’s non-clinical R&D strategies as well as the Company’s proprietary, AI-based MET drug design and development platform, gutPrint®.

• Isabelle de Crémoux is CEO and Managing Partner and she leads the Life Sciences investment team at Seventure Partners, one of the European leaders in venture capital investor investing broadly in life sciences with a specific focus on the microbiome. She led the fund raising of the two first funds worldwide with a main focus on the microbiome, called Health for Life CapitalTM (I and II respectively in 2014 and 2019) as well as a fund dedicated to blue economy BlueForwardFundTM in 2022. 

If you wish to participate, please register here (limited number of seats).

We hope to see many of you at this event !

The Paris Saclay Cancer Cluster

Le second appel à projets du PEPR Santé numérique, financé par l'ANR à hauteur de 24,5 millions d'euros, et piloté par l'Inserm et l'Inria dans le cadre du plan France 2030, finance des projets de recherche en lien avec cette thématique. Environ 15 projets seront retenus et financés à hauteur de 1,2 à 1,6 million d'euros sur 4 ans.

• Date limite de remise des lettres d'intention : 15 octobre 2024.
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L'Académie des sciences décernera, en 2024, le Grand prix Sicard – Académie des sciences dans le domaine de la neurologie.

Grand Prix Sicard – Académie des sciences d’un montant de 100.000 euros. Ce prix honorera et récompensera une chercheuse ou un chercheur en France et contribuera à financer sa recherche. Un montant de 15.000 € sera destiné à la lauréate ou au lauréat et les 85.000 € restants à l’équipe pour le fonctionnement, investissement ou salaire (postdoc), nécessaire à la réalisation des travaux à mener.

Cette année, le prix annuel concernera la biologie des réseaux de neurones.

Il couvrira les approches qui étudient la mise en place et le fonctionnement des ensembles neuronaux et gliaux, tant du point de vue normal que pathologique, en se limitant aux aspects moléculaires et cellulaires et à leur modélisation.

Vous pouvez consulter sur le site Internet de l’Académie des sciences l’appel à candidature pour le Grand Prix Sicard – Académie des sciences  à l’adresse suivante : Appel à candidature

Date limite de dépôt des dossiers de candidatures pour ce Grand prix est à nous retourner au plus tard le  mardi 10 septembre 2024.

Les dossiers de candidatures devront être adressés directement par courrier électronique en un fichier unique (format PDF) à l’adresse suivante : prix@academie-sciences.fr

L'appel à projets "ERM - Équipements de Recherche Mutualisés" 2025 est ouvert.

Cet appel sera financé au titre du budget de la recherche 2025 de l'Université Paris-Saclay au périmètre "employeur". Il a pour objectif de permettre l'acquisition d'équipements de recherche partagés par plusieurs unités de recherche ou de service. Ces acquisitions peuvent concerner la mise en place de nouveaux équipements ou la jouvence d'équipements déjà existant.

Les demandes devront être portées par une unité de recherche ou de service du périmètre "employeur", donc rattachée à une composante de l'Université Paris-Saclay. Les autres unités partageant l'équipement pourront être des unités du périmètre "employeur" de l'Université Paris-Saclay et/ou des unités du périmètre global de l'Université Paris-Saclay.

• Document de cadrage de l'AAP ERM 2025
• Dossier descriptif du projet à déposer

Chaque demande devra être déposée au plus tard le jeudi 3 octobre 2024 à 12h via un formulaire en ligne. La demande inclut un descriptif du projet d'acquisition, à déposer sous la forme d'un fichier PDF à renseigner à partir du modèle joint.

Les demandes seront évaluées et classées par les composantes de rattachement des unités qui les portent. Un avis d'opportunité sera demandé aux Graduate Schools concernées. La décision d'attribution sera prise par la Commission de la Recherche en décembre 2024. Les crédits seront mis à disposition des unités bénéficiaires à l'ouverture de l'exercice financier 2025.

Contact : admin.direv@universite-paris-saclay.fr

Depuis sa création, le Genoscope – Centre National de Séquençage participe à des projets collaboratifs à fort impact scientifique en fournissant à la communauté scientifique toute l’expertise et les capacités de production et d’analyse de données indispensables à ces projets. Depuis sa contribution majeure, il y a près de 20 ans, au projet Human Genome en publiant la séquence complète du chromosome 14 (Heilig et al., Nature 2003), la plateforme de séquençage située au cœur du biocluster Genopole installé à Évry-Courcouronnes a réalisé le séquençage de nombreuses plantes (vigne, riz, blé…), d’animaux (tétraodon, anophèle…), de champignons (truffe, champignons pathogènes du colza et de la vigne) et de plus d’une centaine de procaryotes. Grâce à sa collaboration avec le Très Grand Centre de Calculs du CEA, situé lui-aussi en Essonne, le Genoscope - CNS a permis de traiter de très grands ensembles de données en utilisant l’informatique haute performance de pointe. Ainsi, depuis sa création, le Genoscope-CNS a contribué à plus de 750 publications et ceci grâce à sa plateforme de séquençage.

Très récemment, le Genoscope - CNS a choisi de s’aligner sur la stratégie et les engagements de l'Union Européenne en matière de biodiversité pour 2030 tels que la lutte contre le déclin des pollinisateurs, l'amélioration de l'état de conservation des espèces et des habitats clés, la promotion de la restauration écologique des systèmes forestiers et des rivières, et la minimisation des impacts des espèces invasives. Accompagné d’autres partenaires européens, le Genoscope – CNS participe activement à la recherche en génomique de la biodiversité en Europe visant à étayer la conservation de celle-ci et sa biosurveillance basée sur l'ADN par la génération de génomes de référence de haute qualité provenant de toutes les formes de vie afin d’établir un Atlas européen des génomes de référence (ERGA). L’initiative ERGA est une réponse scientifique paneuropéenne aux menaces actuelles qui pèsent sur la biodiversité. Les génomes de référence fournissent l’aperçu le plus complet des bases génétiques qui constituent chaque espèce et représentent une ressource puissante pour comprendre le fonctionnement de la biodiversité. Alors qu’environ un cinquième des quelques 200 000 espèces européennes sont menacées d’extinction, nous devons agir rapidement et ensemble pour générer à grande échelle des ressources génomiques complètes de haute qualité.

Parallèlement à cet important programme européen, le Genoscope - CNS a récemment lancé ATLASea, l’un des projets et équipements prioritaires de recherche (PEPR) exploratoires sélectionnés dans le cadre de France 2030. Copiloté par le CNRS et le CEA et financé à hauteur de 41,3 millions d’euros sur 8 ans, le programme national ATLASea a pour objectif de séquencer le génome de 4500 espèces marines contenant, par conséquent, des millions de gènes encore inconnus à ce jour en visant spécifiquement l’analyse des génomes d'un large éventail d'espèces marines dans tous les groupes eucaryotes présents au sein du littoral français, plus précisément dans sa zone économique exclusive qui s’étend sur plus de 11 millions de Km2, et qui en fait la plus grande du monde, devant celle des Etats-Unis et de l’Australie.

Autre actualité importante de la plateforme de séquençage : l’arrivée, courant 2023, d’un séquenceur Revio (PacBio) (en photo) dédié au séquençage des longs fragments et capable de séquencer 1300 génomes humains par an en profondeur 30X, venu renforcer le parc de séquenceurs de la plateforme déjà composé d’un NovaSeq 6000 (Illumina) acquis en 2018, deux MiSeq (Illumina), un PromethION (Oxford Nanopore Technologies), un GridION (Oxford Nanopore Technologies), un MinION Mk1C (Oxford Nanopore Technologies) et un DNBSEQ-G400 (MGI Tech).

Pour obtenir des renseignements sur les modalités d’accès de la plateforme de séquençage, n’hésitez pas à contacter Pedro Oliveira ! Aussi, le 24 mai 2021 (déjà !), la plateforme publiait son premier FOCUS PLATEFORME. Le relire ?

Contact : Pedro OLIVEIRA (pcoutool@genoscope.cns.fr)

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI

GENOSCOPE / Plateforme de Séquençage - Genopole. Le Genoscope s’est orienté vers l’étude de la biodiversité, à travers le séquençage de novo de grands génomes complets, de métagénomes complexes et plus généralement de collections d’ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle. L’équipe du laboratoire de séquençage s’implique dans la prise en main des projets à partir de la réception des échantillons jusqu’à la validation des séquences brutes. Le séquençage est assuré par des séquenceurs très haut débit de deuxième et troisième génération. Ces équipements high-techs permettent d’atteindre un débit autorisant le séquençage de génomes entiers dans un intervalle de temps limité.

A propos de Genopole. Premier biocluster français dédié à la recherche en génomique et aux biotechnologies appliquées à la santé et à l’environnement, Genopole rassemble 66 entreprises de biotechnologies, 17 laboratoires de recherche, 24 plateformes technologiques et plateaux techniques mutualisés, ainsi que des formations universitaires (université d’Évry, Paris-Saclay). Son objectif : soutenir les politiques nationales de réindustrialisation et de souveraineté sanitaire, créer et soutenir les entreprises de biotechnologies et le transfert de technologies vers le secteur industriel (notamment pour décarboner la production), favoriser le développement de la recherche dans les sciences de la vie, développer des enseignements de haut niveau dans ces domaines. Situé à Évry-Courcouronnes, Genopole est principalement soutenu par l’État, la Région Ile-de-France, le Département de l’Essonne, l’agglomération Grand Paris Sud, la Ville d’Évry-Courcouronnes et l’AFM-Téléthon.

Pour obtenir plus de renseignements sur les plateformes labellisées par Genopole, ainsi que sur les équipements mutualisés accessibles à la communauté scientifique francilienne, vous pouvez aussi contacter Julien Picot (Julien.Picot@genopole.fr).

Dans un contexte d’augmentation continu de la résistance aux antibiotiques, un travail coordonné à l’hôpital Raymond Poincaré (AP-HP/UVSQ/UPSaclay, Garches), en collaboration avec Vedanta BioSciences (Boston, USA) et la banque de fèces de Leiden (Pays-Bas), a cherché à étudier l’intérêt de la transplantation de microbiote fécale (TMF) dans la lutte contre l’antibiorésistance. En effet, la TMF ayant déjà démontré son efficacité dans le traitement des infections digestives à Clostrioides difficile, l’objectif principal était la décolonisation digestive de patients porteurs d’Entérobactéries Productrices de Carbapénémases (EPC) à 14 jours de greffe fécale. L’objectif secondaire était l’étude de son efficacité à 1 mois, 3 mois et analyse métagénomique de l’impact d’un donneur sélectionné sur l’efficacité de la TMF.

Ce travail publié dans Journal of Infection repose sur une étude multicentrique conduite de 2015 à 2019 en France ayant inclus 20 patients âgés de plus de 18 ans ayant bénéficié d’une TMF dans cette indication. Les patients étaient principalement porteurs de K. pneumoniae de type OXA-48 (75%), dont 15% avaient des antécédents d’infection à bactérie multi-résistante. Après greffe fécale, 20% des patients étaient décolonisés à J15 et jusqu’à 40% à M3. Comparativement au groupe contrôle (n=82) surveillé cliniquement et n’ayant pas bénéficié de greffe fécale, l’analyse des courbes de Kaplan-Meier n’a pas révélé de différence significative en termes de décolonisation (p=0.9). A noter que 2/2 patients colonisés et qui présentant des infections urinaires à répétitions à Entérobactéries de type BLSE ont été considérés indemnes de symptômes à plus de 12 mois.

De plus, l’étude métagénomique a mis en évidence que parmi les individus décolonisés après greffe fécale, la réponse n’était pas liée à un donneur particulier. De même les patients ayant répondu favorablement à la TMF avaient une quantité moins importante d’EPC à la base (effet inoculum), et présentaient une richesse et un score de diversité alpha significativement plus élevé à J14 (p<0.05). Enfin, cette étude a mis en évidence une signature bactérienne associée au succès de la greffe, à savoir les patients présentant en plus grande quantité à postériori 5 taxons : Faecalibacterium prausnitzii, Parabacteroides distasonis, Collinsella aerofaciens, Alistipes finegoldii et Blautia_A sp900066335 (q<0.01).

Bien que cette étude ne démontre pas d’effet significatif de la TMF en population « tout venante » colonisée à EPC, le transfert de bactéries sélectionnées au sein d’un consortium visant à traiter des patients non seulement porteurs mais infectés à des bactéries multi-résistantes reste une piste sérieuse à étudier.

Légende Figure: taxons bactériens associés à la décolonisation.

Contact : benjamin.davido@aphp.fr