Entrée libre au 63, rue Gabriel Péri - 94270 Le Kremlin-Bicêtre.
Contact : martine.de-sousa@inserm.fr
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Life Sciences UPSaclay
onto Life Sciences Université Paris-Saclay May 28, 2017 11:37 AM
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L’Institute of Plant Sciences Paris-Saclay ou IPS2 a pour mission de comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent la croissance de la plante et leurs régulations par les signaux endogènes et exogènes d’origine biotique (symbiotiques et pathogènes) et abiotique, notamment en relation avec le changement climatique. Cet institut héberge quatre plateformes (En savoir plus ?) regroupant ainsi différentes installations et différents savoir-faire dédiées aux plantes. Dans le présent FOCUS PLATEFORME … c’est au tour de la plateforme POPS (transcriptomique) de nous faire découvrir son expertise.
Les analyses omiques constituent aujourd’hui une première étape incontournable dans la recherche d'événements spécifiques à une condition donnée, et s'appuient souvent sur des diagrammes de Venn pour mettre en évidence les réponses uniques. Dans les expériences sur le stress, par exemple, la présence de gènes exprimés de manière différentielle exclusivement en cas de stress combinés est fréquemment interprétée comme la preuve d'effets non additifs : l'effet des stress combinés serait différent de la somme des effets des stress individuels. Pour tester la pertinence de ce raisonnement, la plateforme POPS avec l’aide de ses collaborateurs dont l’équipe GNet et la plateforme PAPPSO a généré un ensemble de données transcriptomiques et protéomiques sur une condition contrôle, deux stress simples et la combinaison des deux stress et ceci pour 22 réplicats biologiques. Les résultats viennent d’être publiés dans la revue Nature Plants (Ferraro et al. 2026). S'il est bien connu qu'une faible puissance statistique réduit la sensibilité, son impact néfaste sur la spécificité a été largement négligé. L’étude de ce jeu de données mais également de jeux de données publics démontrent que l’identification de réponses spécifiques en utilisant les diagrammes de Venn génère une très grande proportion de faux-positifs en raison de la faible puissance statistique inhérente à la plupart des études qui n'utilisent que peu de réplicats biologiques (souvent trois). De plus, cette faible puissance statistique a également un fort impact sur la reproductibilité et sur l’intégration des données omiques. De fait, nous avons montré que les listes de transcrits ou protéines détectées comme différentiellement accumulés dans une analyse omique avec peu de réplicats sont variables même entre 2 analyses utilisant des échantillons très similaires. Ainsi, il n’est pas possible d’interpréter une faible similarité entre les listes de plusieurs expériences ou de plusieurs analyses omiques sur les mêmes échantillons comme une preuve que les mécanismes moléculaires sous-jacents sont différents. Nous soulignons donc la nécessité d'interpréter avec prudence toute affirmation relative à la spécificité, quel que soit le nombre de réplicats, et plaidons en faveur d'une amélioration de la conception expérimentale et de la modélisation statistique afin d'éviter des interprétations biologiques trompeuses.
-> Contact : pops.ips2@universite-paris-saclay.fr et guillem.rigaill@inrae.fr
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Enfin, en février 2020, juin 2023, juillet 2024 et septembre 2025, POPS publiait ses premiers FOCUS PLATEFORME … Redécouvrez- les !
IPS2 / Plateforme de transcriptomique (POPS). La Plateforme de Transcriptomique des Plantes de Paris-Saclay (POPS) propose aux laboratoires académiques ou privés des outils d'analyse du transcriptome par séquençage à haut débit de l'ARN ou RNA-seq. Nous sommes spécialisés dans l'analyse des plantes qu'elles soient modèles ou de culture. Le service proposé inclue la génération des données de RNA-seq, les analyses bio-informatiques et statistiques ainsi que des conseils sur l'interprétation des résultats. Nous accompagnons donc nos collaborateurs depuis le design expérimental jusqu'à l'interprétation des données. La plateforme est certifiée pour l'ensemble de ses activités selon les exigences de la norme ISO 9001 depuis 2012. Afin d'offrir à chaque collaborateur l'analyse la plus adaptée à ses questions biologiques, nous disposons des équipements et des outils d'analyses bio-informatiques et statistiques permettant la construction de transcriptome de novo, l'analyse d'accumulation des ARNs poly-adenylés ou non, des petits ARNs (miRNAs, siRNAs, ribo-seq..) et des ARN poly-adénylés de très petite quantité de départ (jusqu'à 50pg). Pour les analyses d'expression tissu-spécifiques, nous offrons également des analyses de transcriptome après micro-dissection laser ou en cellule unique grâce à des protocoles maison. Par ailleurs, nous pouvons offrir à nos collaborateurs des sessions de formation sur une semaine à l'analyse statistique des données RNA-seq.
A propos de l’IPS2. L’Institute of Plant Sciences Paris-Saclay ou IPS2 a pour mission de comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent la croissance de la plante et leurs régulations par les signaux endogènes et exogènes d’origine biotique (symbiotiques et pathogènes) et abiotique, notamment en relation avec le changement climatique. L’analyse de ces mécanismes est effectuée de manière intégrée à l’échelle de la cellule, de l’organe jusqu’à la plante entière. L’IPS2 applique une approche multidisciplinaire en combinant la génomique/epigénomique, la biologie cellulaire, la bio-informatique, la biochimie, la génétique, et la physiologie, développe des outils de modélisation indispensables pour une biologie prédictive, et facilite la recherche translationnelle des espèces modèles aux espèces cultivées.
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Dans une étude publiée dans Cardiovascular Research, les scientifiques de l’équipe « Nucléotides Cycliques » du laboratoire de Signalisation et Physiopathologie Cardiovasculaire (CARPAT, UMR-S1180 INSERM/UPSaclay, Orsay), ont cherché à comprendre comment deux protéines de la famille des phosphodiestérases régulent le rythme cardiaque. Ces enzymes, nommées PDE4B et PDE4D, dégradent l’AMP cyclique, second messager essentiel à la régulation de la fonction cardiaque. Les chercheurs se sont particulièrement intéressés au nœud sinusal, la région du cœur responsable de la génération spontanée des impulsions électriques qui déclenchent les battements.
À l’aide de souris génétiquement modifiées et d’analyses électrophysiologiques, ils ont montré que l’absence de PDE4B ou de PDE4D augmente la fréquence cardiaque. L’étude des mécanismes impliqués a révélé que la PDE4B régule le courant « funny » If, un acteur important de la génération spontanée des potentiels d’action par les cellules pacemaker du nœud sinusal. En revanche, la PDE4D ne régule pas If mais intervient dans la régulation de l’homéostasie calcique intracellulaire de ces cellules, notamment lors d’une stimulation β-adrénergique, par l’intermédiaire des récepteurs à la ryanodine (RyR2).
Ces résultats mettent en évidence une régulation complémentaire de la fréquence cardiaque par les deux sous-familles de PDE4 : PDE4B agit principalement sur « l’horloge électrique » des cellules pacemaker cardiaques, tandis que PDE4D intervient dans « l’horloge calcique ». Cette meilleure compréhension des mécanismes moléculaires qui gouvernent la fréquence cardiaque pourrait contribuer à identifier de nouvelles pistes pour traiter certains troubles du rythme cardiaque.
-> Contact : delphine.mika@inserm.fr / gregoire.vandecasteele@inserm.fr
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À la naissance, les poumons doivent accomplir une transition majeure : évacuer le liquide qui les remplissait pendant la vie fœtale pour permettre la respiration aérienne. Cette adaptation est plus difficile chez les nouveau-nés prématurés, notamment lorsqu'ils naissent par césarienne avant le début du travail.
Dans une étude publiée dans American Journal of Obstetrics & Gynecology, des chercheurs de l'unité IMPROVE (UMR-S 1357 INSERM/UVSQ/UPSaclay, Montigny-le-Bretonneux), en collaboration avec les équipes de réanimation néonatale et d'obstétrique du Centre hospitalier de Poissy–Saint-Germain-en-Laye, ont exploré le rôle de l'ocytocine, une hormone centrale du travail, responsable des contractions utérines, dans cette adaptation respiratoire. À l'aide d'un modèle expérimental ovin de prématurité tardive, les scientifiques ont évalué les effets d'une exposition à l'ocytocine avant une naissance par césarienne avant mise en travail, seule ou associée à la dexaméthasone, connue pour accélérer la maturation pulmonaire fœtale. Les résultats suggèrent une amélioration de l'adaptation respiratoire après exposition anténatale à l'ocytocine, les résultats les plus favorables étant observés lorsque les deux traitements étaient associés.
Ces travaux apportent de nouveaux éléments sur le rôle des signaux hormonaux associés au travail dans l'adaptation respiratoire à la naissance. Ils ouvrent la voie à des recherches fondamentales visant à préciser les mécanismes moléculaires impliqués, notamment dans la résorption du liquide pulmonaire et la maturation de l'épithélium respiratoire. En parallèle, leur prolongement en recherche clinique permettra d'explorer, chez les nouveau-nés prématurés tardifs, les relations entre exposition au travail, profils hormonaux périnataux et adaptation respiratoire. À plus long terme, cette démarche translationnelle, du modèle expérimental au patient, pourrait contribuer au développement de nouvelles stratégies de prévention de la détresse respiratoire néonatale.
-> Contact : emmanuelle.motte-signoret2@uvsq.fr
Dans une étude publiée dans European Journal of Nutrition, des scientifiques de l’équipe Épidémiologie Clinique et Pharmaco-épidémiologie du CESP (UMR-S U1018, INSERM/UPSaclay/UVSQ, Villejuif) ont exploré, pour la première fois de manière prospective, l’association entre la qualité de l’alimentation végétale et le risque de deux maladies inflammatoires rares : l’artérite à cellules géantes (ACG) et la pseudo-polyarthrite rhizomélique (PPR). Ces affections, qui touchent principalement les personnes de plus de 50 ans, restent mal comprises sur le plan de leurs déterminants environnementaux.
En s’appuyant sur la cohorte E3N, qui suit depuis plus de 25 ans près de 99 000 femmes en France, les chercheurs ont évalué l’adhérence à trois indices d’alimentation végétale : un indice global (PDI), un indice valorisant les aliments végétaux de haute qualité nutritionnelle (hPDI : fruits, légumes, céréales complètes, légumineuses), et un indice valorisant les aliments végétaux peu nutritifs (uPDI : céréales raffinées, boissons sucrées). Sur plus de 17 ans de suivi, 142 cas d’ACG et 373 cas de PPR ont été identifiés et validés parmi 60 187 participantes.
Les résultats montrent qu’une meilleure adhérence à l’indice végétal de haute qualité (hPDI) est associée à une réduction significative du risque d’ACG (réduction de 38% pour le tertile le plus élevé), avec une relation dose-réponse. En revanche, aucune association n’est observée pour la PPR, ni pour les indices végétaux global ou défavorable. Ces résultats suggèrent que la qualité des apports végétaux, plus que leur quantité, pourrait moduler des voies biologiques spécifiques à l’inflammation vasculaire caractérisant l’ACG.
-> Contact : lucas.pacoureau@aphp.fr
Dans une étude publiée dans Theoretical and Applied Genetics, des scientifiques de l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal - IJPB (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Versailles), en collaboration avec Corteva Agriscience, ont développé de nouvelles lignées de soja à floraison précoce grâce à l’édition ciblée de plusieurs gènes par CRISPR-Cas9.
Le soja est une culture prometteuse pour l’agriculture européenne, mais sa sensibilité à la durée du jour limite sa culture dans les régions de latitude élevée, où une floraison précoce est nécessaire pour achever le cycle de développement avant l’automne. Les scientifiques ont ciblé simultanément plusieurs gènes impliqués dans la régulation de la floraison afin de générer une diversité de combinaisons génétiques et de phénotypes.
En conditions contrôlées, certaines lignées ont fleuri jusqu’à quatre semaines plus tôt que les lignées parentales. Lors d’essais au champ, l’avance de floraison atteignait environ une à deux semaines, accompagnée d’une maturation plus précoce. Pour certaines lignées, les rendements et les teneurs en huile et en protéines des graines sont restés comparables à ceux de variétés commerciales de groupes de maturité similaires.
Ces résultats montrent le potentiel de l’édition génomique multiplex pour diversifier rapidement les ressources génétiques du soja et contribuer à son adaptation aux conditions de culture européennes. Des évaluations complémentaires dans différents environnements sont en cours pour identifier les combinaisons génétiques les plus adaptées.
Légende Figure : Position, dans le génome du soja, des différents gènes impliqués dans la régulation du temps de floraison et ciblés par la technologie CRISPR-Cas9 afin de créer de la diversité allélique et d’avancer la floraison. Les gènes cibles ne sont pas systématiquement édités simultanément, permettant ainsi de générer différentes combinaisons alléliques au sein de la cascade de régulation de la floraison. Temps de floraison obtenu pour différentes lignées T2 éditées, issues du génotype 93Y21 (groupe de maturité III). Chaque boîte à moustaches correspond à la descendance T2 d’une plante T1. Les mutants sont représentés en rouge, les plantes de type sauvage en bleu et les témoins commerciaux externes en gris. Les nombres entre parenthèses correspondent au groupe de maturité des témoins commerciaux.
-> Contact : fabien.nogue@inrae.fr
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Dans une revue publiée dans Trends in Genetics, Clément Gilbert du laboratoire Evolution, Génomes, Comportement et Ecologie – EGCE (CNRS/IRD/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) et ses collaborateurs américains font le point sur les estimations directes des taux de mutations générées par les éléments transposables (ET) disponibles dans la littérature. Ceci permet de quantifier le pouvoir mutagène de ces éléments.
Globalement, sur la base d’un sous-ensemble d’études comparables, le taux moyen de gain est de 1,6 × 10⁻³ éléments par copie et par génération, soit un ordre de grandeur supérieur au taux moyen de perte (1,9 × 10⁻⁴). Les auteurs discutent des défis liés à la comparaison des taux entre les études et exposons les principales conséquences génétiques et phénotypiques des mouvements des ET. Ils proposent que le rôle des ET en tant qu’agents mutagènes endogènes exige qu’ils occupent une place plus centrale dans la recherche sur les mutations.
Légende Figure : L’activité des éléments transposables (ET) peut être évaluée à l’aide de diverses méthodes. (A) l’utilisation de données de séquençage du génome entier, (B) tests rapporteurs pour calculer les taux de transposition, (C) expériences d’accumulation de mutations, (D) mesures du polymorphisme des sites d’insertion, (E) exploitation de bases de données de séquences publiquement disponibles pour déterminer la fréquence des transferts horizontaux d’ET.
-> Contact : clement.gilbert1@universite-paris-saclay.fr
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EMBO est une organisation regroupant plus de 2 200 chercheuses et chercheurs de renom qui promeut l’excellence en sciences de la vie en Europe et au-delà. Ses principaux objectifs sont de soutenir les chercheurs talentueux à toutes les étapes de leur carrière, de stimuler les échanges scientifiques et de contribuer à créer un environnement de recherche propice à l’épanouissement professionnel des scientifiques.
L’EMBO soutient des chercheurs de talent, sélectionnés par des processus d’évaluation impartiaux, afin de leur permettre de mener des recherches scientifiques d’excellence.
Domaines d'études
Les programmes et activités de l'EMBO portent sur la recherche des mécanismes de la vie à tous les niveaux, de la molécule unique à l'organisme et aux écosystèmes.
Afin de regrouper et de retrouver facilement les informations relatives à un domaine particulier, nous appliquons un système de 20 grandes catégories non exclusives à nos projets, communautés et événements. De brèves descriptions et des listes de mots-clés définissent le périmètre de ces thématiques :
https://www.embo.org/about-embo/programmes-and-activities/subject-areas/
Les bourses postdoctorales EMBO sont attribuées pour une durée de deux ans, bien que des durées plus courtes puissent être demandées.
EMBO octroie des subventions à l'établissement d'accueil dans le seul but de couvrir les frais liés au contrat de travail établi par ce dernier en faveur du boursier.
-> Contact : fellowships@embo.org / Programme Head : karin.dumstrei@embo.org
Dans une étude publiée dans eLife, les chercheurs de l’équipe "Calcium Signaling and Microbial Infections" de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) ont mis en évidence un mécanisme jusqu’ici inconnu par lequel la bactérie Escherichia coli entéropathogène (EPEC), responsable de diarrhées infectieuses, modifie les réponses des cellules intestinales.
Grâce à des techniques d’imagerie très rapides et à des modèles mathématiques, les chercheurs ont découvert un nouveau type de signal calcique, appelé CCRIC (Coordinated Ca2+ Responses from IP3R Clusters). Contrairement aux signaux calciques habituellement observés, qui sont soit localisés, soit de grande amplitude et relativement lents, ces signaux sont à la fois très rapides, de faible intensité et coordonnés dans une grande partie de la cellule.
Les chercheurs montrent que ce phénomène est déclenché par de faibles quantités d’ATP libérées lors de l’infection bactérienne. Ces signaux reposent sur la propagation rapide du calcium entre différents groupes de canaux intracellulaires, remettant ainsi en question les connaissances établies sur la diffusion du calcium dans les cellules.
L’étude révèle également une conséquence fonctionnelle importante : ces signaux calciques sont accompagnés d’une diminution de l’activation du facteur de transcription pro-inflammatoire NF-κB, associée à une réduction de sa modification par O-GlcNAc, dépendante du Ca2+ suggérant que les bactéries pourraient moduler indirectement la réponse inflammatoire de la cellule hôte. Ces résultats ouvrent de nouvelles pistes pour comprendre les interactions entre bactéries et cellules intestinales et, à terme, explorer de nouvelles approches thérapeutiques.
-> Contact : laurent.combettes@i2bc.paris-saclay.fr / guy.tranvannhieu@i2bc.paris-saclay.fr
Dans une étude publiée dans Science Advances, des scientifiques de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), en collaboration avec des équipes de la Humboldt-Universität zu Berlin et de l’Université de Münster, ont élucidé le mécanisme catalytique responsable de la maturation N-terminale de RbcL, la sous-unité catalytique de la Rubisco.
La Rubisco est l’enzyme centrale de l’assimilation du CO₂ par les plantes et constitue la protéine la plus abondante sur Terre. Sa grande sous-unité catalytique, RbcL, subit une maturation hautement conservée conduisant à l’acétylation de sa proline N-terminale, une modification jusqu’alors sans équivalent connu dans d’autres systèmes biologiques. L’étude révèle une machinerie spécialisée du chloroplaste, composée de deux aminopeptidases et d’une acétyltransférase N-terminale, qui assure spécifiquement cette maturation.
La maturation correcte de RbcL est étroitement couplée à l’assemblage de l’holoenzyme, favorise son activation par la Rubisco activase et protège le complexe contre une dégradation prématurée au cours de la sénescence. Toute perturbation de cette voie compromet ainsi l’activité et l’accumulation de la Rubisco.
Ces résultats mettent en évidence un mécanisme spécialisé contribuant à l’abondance et à la stabilité exceptionnelles de la Rubisco et ouvrent des perspectives pour améliorer la photosynthèse, les rendements agricoles et la capture biologique du carbone.
-> Contact : thierry.meinnel@i2bc.paris-saclay.fr
Dans une étude publiée dans Cell, les scientifiques du laboratoire “Biologie des cellules myéloïdes” dirigé par le Dr. Florent Ginhoux à Gustave Roussy (UMR-S 1356 INSERM/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif), en collaboration avec des chercheurs de l’Université Jiao Tong et l’hopital Ruijin de Shanghai, ont révélé un mécanisme inattendu permettant aux cellules du cancer du pancréas de résister à une forme particulière de mort cellulaire appelée ferroptose et donc de proliférer.
Dans ce mécanisme de ferroptose, les cellules accumulent des lipides oxydés, une réaction catalysée par la présence de fer libre dans la cellule, qui finissent par dépasser les systèmes de défense antioxydants de la cellule et causer sa mort. Les chercheurs ont découvert que les macrophages résidents du tissu pancréatique, des cellules immunitaires normalement impliquées dans la surveillance et l’entretien des tissus, contribuent à la protection des cellules tumorales. Ils ont montré que ces macrophages transfèrent aux cellules cancéreuses une protéine impliquée dans le transport et l’utilisation du sélénium, un oligoélément essentiel au fonctionnement de plusieurs enzymes antioxydantes. Ce transfert permet aux cellules tumorales de renforcer leurs défenses contre le stress oxydatif, d’échapper à la ferroptose et favorise ainsi la dissémination de métastases.
Ces résultats mettent en lumière un nouveau mode de communication entre les cellules immunitaires et les cellules cancéreuses, dans lequel les macrophages fournissent directement aux tumeurs des ressources nécessaires à leur survie. À terme, mieux comprendre ces échanges entre macrophages et cellules tumorales pourrait ouvrir de nouvelles pistes pour fragiliser les cellules cancéreuses et améliorer l’efficacité des traitements ciblant leur métabolisme et leurs mécanismes de survie.
-> Contact : florent.ginhoux@gustaveroussy.fr
L'intestin est l'un des plus grands organes internes des animaux et joue un rôle central dans la nutrition. Sa fonction d'absorption des aliments implique qu'il soit ouvert aux deux extrémités, exposant sa lumière au monde extérieur et à la colonisation par les communautés microbiennes ingérées. Principal site d'accueil du microbiote associé à l'hôte, l'intestin a, au cours de l'évolution, favorisé des associations stables avec des microbes spécifiques, auxquels l'hôte a délégué des fonctions biologiques clés. Le microbiote intestinal des insectes présente un double intérêt : son impact sur ce groupe animal écologiquement important, et son rôle de modèle simplifié pour comprendre les caractéristiques fondamentales des interactions hôte-microbiote.
Dans une revue publiée dans Current Opinion in Insect Science, Peter Mergaert de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) et ses collègues de l'AIST et du NARO, au Japon, se concentrent sur l'intestin moyen, très particulier, des punaises phytophages (Heteroptera : Pentatomomorpha) et sur son microbiote. Sa caractéristique la plus remarquable est une région postérieure munie de cryptes, qui constitue un organe symbiotique abritant une population unique d'un symbiote bactérien spécifique. L'intestin antérieur héberge une communauté microbienne plus diversifiée.
Chez de nombreuses espèces, les nouveau-nés dépourvus de microbes ingèrent des bactéries en sondant le sol, puis les filtrent progressivement le long de l'axe antéro-postérieur de l'intestin. Ce processus enrichit les Burkholderia sensu lato jusqu'à l'établissement d'une souche unique de Caballeronia dans la région des cryptes. Les auteurs décrivent les conditions sélectives de l'intestin et les caractéristiques réciproques des symbiotes qui façonnent avec précision et reproductibilité le microbiote intestinal à partir d'une communauté de sol variable. Bien que précis, ce processus n'est pas sans failles : il enrichit des Burkholderia, parmi lesquelles figurent de nombreuses souches pathogènes. Les symbiotes des cryptes (Caballeronia) et certaines souches pathogènes peuvent être exploités par l'hôte pour renforcer son immunité, tandis que d'autres souches provoquent des infections mortelles.
Ainsi, malgré sa sophistication, le système symbiotique des punaises reste vulnérable : les pathogènes peuvent contourner entièrement ses mécanismes de filtrage. Cela met en évidence à la fois les pressions évolutives qui favorisent un choix rigoureux des partenaires et la fragilité, même des mutualismes les plus élaborés.
-> Contact: peter.mergaert@i2bc.paris-saclay.fr
Les crossing-overs méiotiques brassent les allèles parentaux et déterminent quels caractères sont transmis ensemble. Dans une étude publiée dans Nature Communications, Benoît Madec et ses collègues de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) montrent que, chez Arabidopsis thaliana, le polymorphisme de séquence entre chromosomes homologues constitue lui-même un déterminant majeur de la localisation des crossing-overs.
Grâce à la création d'un matériel génétique original, les auteurs ont pu comparer les mêmes régions du génome sous leur état polymorphe ou non polymorphe. Les régions polymorphes recombinent plus fréquemment à l’échelle du génome et peuvent transformer des extrémités chromosomiques habituellement froides en régions riches en crossing-overs, au détriment d’autres régions. Cette redistribution dépend de MSH2, une protéine de la réparation des mésappariements : en son absence, les crossing-overs ne sont plus préférentiellement dirigés vers les régions polymorphes.
Cette étude identifie la réparation des mésappariements comme une voie pro-crossing-over chez Arabidopsis et montre comment la divergence locale de séquence peut profondément remodeler le paysage de recombinaison.
-> Contact : chloe.girard@i2bc.paris-saclay.fr
Jamais la science n'a semblé aussi contestée, aussi menacée. Une remise en question à grande échelle qui, paradoxalement, arrive au moment où nous commençons à toucher du doigt les avancées incroyables que vont nous apporter les dernières décennies de recherches en biologie, mais aussi en physique et en informatique. Grâce à la curiosité insatiable des scientifiques un peu partout dans le monde, les progrès thérapeutiques avancent désormais à une vitesse folle. C'est cette histoire qu'a eu envie de raconter le Pr Eric Vivier, président du Paris Saclay Cancer Cluster, dans "Ces nouvelles découvertes qui nous guérissent", publié ces jours-ci aux éditions Odile Jacob.
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Catherine Llorens-Cortes, Présidente du conseil scientifique de la Fondation Recherche Cardio-Vasculaire, membre du LPEM (CEA-Joliot/UPSaclay SIMoS/DMTS), est la lauréate du Prix d’Honneur 2026 de l’Académie nationale de Pharmacie. Elle devient ainsi la deuxième femme à recevoir cette distinction depuis sa création, une reconnaissance qui vient saluer plus de quarante ans de recherche au plus haut niveau.
Neuropharmacologue et neuroendocrinologue française reconnue internationalement, Catherine Llorens-Cortes a consacré sa carrière à l’interface des neurosciences et des maladies cardiovasculaires. Elle a dirigé pendant plus de vingt ans, au Collège de France, le laboratoire « Neuropeptides centraux et régulations hydriques et cardiovasculaires » (Inserm U691), avant de poursuivre ses recherches, depuis 2022, comme directrice de recherche émérite Inserm au CEA de Saclay.
-> Contact : catherine.llorenscortes@cea.fr
Dans une étude publiée dans International Journal of Pharmaceutics, des chercheurs de l’Institut Galien Paris-Saclay – IGPS (CNRS/UPSaclay, Orsay) en collaboration avec l’université de Rome « la Sapienza » ont développé des nanohydrogels (NHs) à base d’acide hyaluronique (AH) et de cholestérol conçus pour optimiser la délivrance ciblée de la dexaméthasone (DEX) et réduire la toxicité systémique des corticoïdes.
Le cholestérol permet l'autoassemblage des NHs et l'encapsulation efficace de la DEX, tandis que l’AH cible spécifiquement les récepteurs CD44 surexprimés à la surface des cellules inflammatoires activées, ce qui favorise leur internalisation sélective. La DEX vectorisée conserve pleinement sa capacité à réduire la production de cytokines pro-inflammatoires induites par l’activation.
Ce système biocompatible, simple à fabriquer et doté d'un ciblage actif HA-CD44 constitue ainsi une stratégie prometteuse pour le traitement des pathologies inflammatoires.
-> Contact : elias.fattal@universite-paris-saclay.fr
Dans une étude publiée dans Annals of Oncology, les scientifiques de l’UMR-S 981 (INSERM/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) ont mené une collaboration avec le Dana-Farber Cancer Institute (Boston) et l’Hôpital de Parme (Italie).
Les scientifiques ont analysé les biopsies tissulaires et liquides (ADN tumorale circulant) des malades atteints des cancer bronchiques à la progression aux thérapies ciblées. La première cohorte était représentée par 312 malades avec mutations activatrices de EGFR, en progression à une première ligne par osimertinib. A la résistance, les altérations moléculaires des gènes RAS étaient présentes en 35/312 patients (11%), avec un enrichissement dans les mutations KRAS G12D (n=10) et une seule mutation KRAS G12C (la mutation de KRAS la plus fréquente au diagnostic). Chez les malades en progression aux inhibiteurs de ALK, MET, ROS1, RET (n=278), les altérations de RAS ont été retrouvées dans 10% des cas.
Les auteurs de l’étude ont établi des modèles dérivés des patients avec cancers bronchiques drivés par une mutation de EGFR, avec KRAS G12D et KRAS G12R comme mécanismes de résistance à osimertinib. Dans les lignées cellulaires et les xénogreffes murines des deux modèles, la combinaison de l’osimertinib avec un inhibiteur sélectif de KRAS G12D (zoldonrasib) ou un inhibiteur pas-RAS (daraxonrasib) était efficace pour vaincre la résistance.
Les nouveaux inhibiteurs de RAS sont en train de révolutionner la prise en charge des cancers avec altérations moléculaires de RAS au diagnostic. Cette étude démontre qu’elles sont une cible thérapeutique quand elles émergent comme mécanismes de résistance aux thérapies ciblées.
-> Contact : francesco.facchinetti@gustaveroussy.fr
L’hypertension artérielle pulmonaire (HTAP) est une maladie dans laquelle les vaisseaux pulmonaires, principalement les petites artères, se remodèlent et se rétrécissent. Le cœur droit doit alors pomper contre une pression excessive et peut progressivement s’épuiser. Les traitements cherchent à faciliter la circulation sanguine et à préserver son fonctionnement. Le sotatercept est un nouveau traitement piégeant notamment les activines, des protéines impliquées dans la prolifération des cellules de la paroi des artères pulmonaires.
Une étude publiée dans The Journal of Heart and Lung Transplantation, dirigée par le Pr David Montani (Service de Pneumologie, Hôpital Bicêtre, AP-HP, et laboratoire HPPIT UMR-S 1358 UPSaclay/Inserm, Le Kremlin-Bicêtre), a étudié les effets hémodynamiques des traitements standards de l’HTAP et du sotatercept. À partir des données de l’accès précoce au sotatercept en France, l’équipe a évalué 62 adultes atteints d’HTAP sévère ayant reçu des prostacyclines en perfusion, associées ou non à des traitements standards oraux, puis du sotatercept ajouté aux traitements existants.
Après l’introduction des prostacyclines, l’index cardiaque, qui correspond au débit sanguin rapporté à la surface corporelle, augmente fortement, tandis que la pression pulmonaire diminue. La puissance mécanique estimée du cœur droit augmente, car la hausse du débit dépasse proportionnellement la baisse de pression pulmonaire. La concentration d’hémoglobine tend à diminuer, réduisant la quantité d’oxygène transportée par unité de volume sanguin. Les résistances vasculaires pulmonaires et systémiques diminuent également, dans un contexte d’un effet vasodilatateur systémique bien connu.
Après l’ajout du sotatercept, la pression pulmonaire diminue sans augmentation de l’index cardiaque. La puissance mécanique estimée du cœur droit diminue donc en moyenne, ce qui pourrait traduire un allègement de son travail. L’augmentation de l’hémoglobine contribue à améliorer l’apport d’oxygène aux tissus. Contrairement à l’évolution observée sous prostacyclines, les résistances vasculaires systémiques estimées augmentent modestement, probablement lié en partie à un effet d’augmentation de la viscosité sanguine.
Ces résultats suggèrent que les différences de réponse du débit cardiaque pourraient refléter à la fois des mécanismes physiologiques distincts, notamment les effets sur l’hémoglobine et la circulation systémique, et des caractéristiques hémodynamiques différentes au moment de l’introduction des traitements. L’index cardiaque était initialement bas avant les prostacyclines et déjà proche de la normale avant le sotatercept. Cette étude observationnelle ne permet toutefois pas de déterminer la contribution respective de ces mécanismes.
Légende Figure : Effets physiologiques des traitements et évolution schématique de la circulation pulmonaire et du fonctionnement du cœur droit au cours de la maladie, puis après l’introduction des prostacyclines et du sotatercept. CI, index cardiaque ; mPAP, pression artérielle pulmonaire moyenne ; PVR, résistance vasculaire pulmonaire ; RV power, puissance mécanique estimée du ventricule droit.
-> Contact : david.montani@aphp.fr / leon.genecand@hug.ch
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Les solvants eutectiques profonds (DES) suscitent un intérêt croissant en tant qu’alternatives « vertes » aux solvants organiques conventionnels, notamment pour la solubilisation de principes actifs peu solubles dans l’eau. Cependant, leur innocuité biologique reste insuffisamment caractérisée.
Dans une étude publiée dans Green Chemistry et mise à l’honneur en couverture de la revue, des chercheurs de l’Institut Galien Paris-Saclay – IGPS (CNRS/UPSaclay, Orsay) et de l’unité Inflammation, Microbiome et Immunosurveillance UMR-S 996 (INSERM/UPSaclay, Orsay) l’unité (INSERM UMR 996) ont évalué la toxicité aiguë d’un DES à base de chlorure de choline et d’urée (1:2), après administration orale chez la souris (1 000 mg/kg).
Alors que les marqueurs conventionnels de toxicité hépatique et rénale demeuraient inchangés, plusieurs signes précoces de stress biologique ont été observés : augmentation des marqueurs de lésions musculaires, diminution des concentrations plasmatiques d’albumine et de choline, et modifications de l’expression de gènes impliqués dans l’inflammation hépatique, accompagnées d’une infiltration de macrophages.
Les chercheurs ont également mis en évidence des perturbations du métabolisme des acides biliaires, avec une augmentation de l’expression de Cyp7a1 et une diminution de l’expression intestinale du récepteur FXR, impliqué dans la communication entre l’intestin et le foie.
L’analyse du microbiote intestinal révèle une diminution de la diversité microbienne, une réduction des bactéries productrices de butyrate et un enrichissement en Bacteroidota, dont des Bacteroides, et Proteobacteria.
Ces résultats montrent que le caractère « vert » d’un solvant ne garantit pas son innocuité biologique et soulignent la nécessité d’intégrer des analyses moléculaires, métaboliques et microbiologiques aux évaluations toxicologiques classiques.
Légende Figure : Couverture de Green Chemistry (5 octobre 2026), consacrée à l’étude sur la toxicité orale d’un solvant eutectique profond et son impact sur le microbiote intestinal.
-> Contact : francois-xavier.legrand@universite-paris-saclay.fr / cassard.doulcier@universite-paris-saclay.fr
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Responsables des teintes jaunes et orangées des végétaux, les caroténoïdes remplissent deux fonctions dans la photosynthèse : ils collectent l'énergie solaire et dissipent celle qui, en excès, endommagerait la cellule. La photochimie de ces molécules, après l'absorption d'un photon reste pourtant mal décrite. Elle implique, en plus du niveau électronique responsable de leur absorption, d'autres niveaux, mais ceux-ci sont qualifiés de « sombres », car ils sont invisibles en absorption, et la communauté discute depuis des années de leur nombre et de leur identité. Connaitre les propriétés de ces niveaux est pourtant essentiel, pour comprendre comment les caroténoïdes assurent leurs fonctions au cours de la photosynthèse.
Dans une étude publiée dans Journal of the American Chemical Society, les scientifiques de l'équipe Light Energy Conversion de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) ont abordé la question avec une technologie originale, montée dans le cadre du PEPR LUMA (interactions LUmière MAtière), la spectroscopie de Raman stimulé de résonance résolue dans le temps... Cet instrument mesure la signature vibrationnelle d'une molécule excitée avec une résolution d'une centaine de femtosecondes (10-15 s), et ce avec une sélectivité chimique, fonction de l’absorption des molécules étudiées.
En jouant sur le fait que les différents états excités des caroténoïdes possèdent des propriétés d’absorption différentes, cette équipe a pu mettre en évidence et caractériser pas moins de quatre états excités différents après l’absorption d’un photon, qui possèdent des structures électroniques très différentes (par exemple, l’un possède un caractère de transfert de charge, et un autre est une paire d’états triplets corrélés). A partir de cette carte, l’équipe va maintenant déterminer lesquels de ces états interviennent au cour de la photosynthèse.
-> Contact : manuel.llansola@cnrs.fr
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October 13, 4:37 PM
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Bacillus thuringiensis (Bt) est une bactérie sporulante de l’environnement qui produit des toxines insecticides (protéines Cry) formant un cristal parasporal. Les propriétés insecticides hautement efficaces des protéines Cry sont reconnues et Bt est largement utilisé comme biopesticide en alternative aux pesticides chimiques.
Depuis les années 1980, des études génétiques ont montré une étroite corrélation entre la production des protéines Cry et le processus de sporulation. Des facteurs sigma communs sont à la fois responsables de la formation de spores et de la synthèse des Cry.
Certaines souches de Bt, telle que le biopesticide commercial Dipel®, produisent aussi une autre toxine, Vip3, qui ne forme pas de cristal. La production de Vip3 est régulée par un régulateur distinct appelé VipR, sans lien avec la sporulation.
Dans une étude publiée dans mBio, les chercheurs de l’Institut MICALIS (Inrae/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) ont montré que VipR ne contrôle pas seulement la production de Vip3, mais active également la transcription des gènes cry dès le début de la phase stationnaire, indépendamment de la sporulation. Leur découverte remet donc en question le dogme établi depuis des décennies et montre également qu'une souche incapable de sporuler produit des protéines insecticides lorsque VipR est présent. Les chercheurs ont montré que ce mécanisme est présent principalement dans les sous-espèces de Bt actives contre les larves d’insectes lépidoptères.
Cette découverte révèle donc une voie de production des toxines insecticides, jusqu'ici insoupçonnée, élargit considérablement notre compréhension de la régulation des facteurs insecticides chez B. thuringiensis et ouvre des perspectives nouvelles pour améliorer les biopesticides actuellement utilisés en agriculture.
-> Contact : emilie.verplaetse@inrae.fr
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October 13, 5:07 PM
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Dans une étude publiée dans Small Science, l'équipe MASTER (responsable : Myriam Taverna) de l’Institut Galien Paris-Saclay – IGPS (CNRS/UPSaclay, Orsay) présente une nouvelle stratégie nanotechnologique contre l'agrégation de l'amyline humaine (hIAPP), un peptide dont l'assemblage en oligomères toxiques contribue à la mort des cellules β du pancréas dans le diabète de type 2.
Claire Smadja et Myriam Taverna ont évalué des nanobâtonnets polymères « Janus » (JNR), conçus avec l'Institut des Molécules et Matériaux du Mans et l'Institut Parisien de Chimie Moléculaire (Sorbonne Université). Larges de 10 nm, ces nanobâtonnets portent sur une face un ligand peptidomimétique inhibiteur de l'oligomérisation de hIAPP (LP2), développé au laboratoire BioCIS (Julia Kaffy, Sandrine Ongeri). L'autre face, laissée vierge, ouvre la voie à des fonctions complémentaires.
Grâce à l'électrophorèse capillaire, l'équipe MASTER a suivi en temps réel l'oligomérisation de hIAPP in vitro. À des concentrations sous-stœchiométriques, les JNR fonctionnalisés maintiennent l'amyline sous forme monomérique et suppriment les oligomères intermédiaires, bien plus efficacement que le ligand libre. Une méthode d'analyse frontale par électrophorèse capillaire, développée par l'équipe, a en outre permis d'estimer pour la première fois l'affinité entre une nanoparticule polymère et hIAPP (~10⁶ M⁻¹). Cette interaction est sélective : les JNR n'ont aucun effet sur la protéine Tau, elle aussi impliquée dans des pathologies liées à l'agrégation protéique. Enfin, sur des cellules β pancréatiques (INS-1), les JNR neutralisent la toxicité de l'amyline tout en restant biocompatibles.
Soutenus par l'ANR, ces travaux ouvrent des perspectives pour une nanomédecine de précision du diabète de type 2.
-> Contact : myriam.taverna@universite-paris-saclay
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October 14, 4:31 PM
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La peau constitue un modèle pionnier dans l’historique du domaine de la thérapie cellulaire. En effet, dès les années 1980, la possibilité de cultiver des kératinocytes a été démontrée, ainsi que celle de produire, à partir de kératinocytes amplifiés ex vivo, des feuillets épidermiques capables de restaurer une couverture cutanée durable sur de grandes surfaces lésées, chez des patients grands brûlés. Ce succès a ouvert la voie à un large éventail de substituts cutanés, allant des matrices acellulaires aux produits contenant un ou plusieurs lignages cellulaires. Les indications identifiées des greffes de substituts cutanés dépassent désormais les brûlures sévères. Elles concernent également les plaies chroniques et les ulcères, dont la fréquence augmente avec le vieillissement de la population et l’accroissement des maladies métaboliques telles que les diabètes.
Il n’existe cependant pas de substitut cutané universel. Les besoins thérapeutiques diffèrent selon qu’il s’agit d’assurer temporairement la protection d’une plaie, de stimuler sa cicatrisation, ou de reconstruire durablement une peau dotée de ses fonctions vitales.
Dans une revue publiée dans Advanced Healthcare Materials, des chercheurs du Laboratoire de Régénération et Radiopathologies Cutanées – LR2C, Évry (Département de Radiobiologie Cellulaire et Moléculaire – DRCM, CEA-Jacob/UPSaclay/INSERM Stabilité Génétique Cellules Souches et Radiations, Fontenay-aux-Roses), et leurs collaborateurs, dressent un état des lieux des stratégies actuelles de bio-ingénierie en culture de greffons de peau, et leurs évolutions envisagées pour répondre aux attentes du domaine.
Les auteurs analysent notamment les sources cellulaires disponibles, les procédés de culture utilisés, et ils synthétisent les réflexions menées sur les éléments nécessaires au développement de greffons plus sûrs, standardisés et compatibles avec une production à grande échelle. Cette publication souligne la nécessité d’une approche profondément multidisciplinaire et translationnelle, associant biologie des cellules souches, immunologie, ingénierie tissulaire, travail sur la composition des milieux de culture, et encadrement réglementaire, pour transformer les découvertes et innovations issues de la recherche en produits thérapeutiques répondant aux besoins spécifiques de tableaux cliniques distincts.
Légende Figure : L’image de couverture du journal Advanced Healthcare Materials illustre le cheminement, partant de sources cellulaires et aboutissant à l’obtention de substituts cutanés par bioingénierie, reflétant le positionnement pionnier de la peau en médecine régénératrice. Elle met en lumière les approches autologues et allogéniques, en intégrant la biologie des cellules souches, l'immunologie, la culture cellulaire et l'ingénierie des biomatériaux pour développer des substituts sûrs, transposables à grande échelle et cliniquement pertinents.
-> Contact : nicolas.fortunel@cea.fr / gilles.lemaitre@cea.fr
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October 14, 4:52 PM
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Le staphylocoque doré est fréquemment rencontré en pathologie humaine et vétérinaire. Il doit son nom à un pigment jaune doré qu’il produit et qui est impliqué dans sa virulence et le protège du stress oxydatif. Il représente un défi clinique majeur en raison de sa robustesse face aux traitements antibiotiques. Afin de mieux comprendre les facteurs de cette résistance, les scientifiques de l’Institut MICALIS (Inrae/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) se sont intéressés au développement de la bactérie dans 2 milieux pertinents pour l’infection : le lait et le sérum.
Le lait, produit par les glandes mammaires, offre un environnement stable et riche en nutriments pour le staphylocoque qui peut provoquer des mammites (infections des glandes mammaires). Le sérum est l’environnement dans lequel le staphylocoque évolue lors d’une infection. Le staphylocoque doré possède des propriétés très différentes selon qu’il se développe dans le lait ou le sérum. Les scientifiques se sont notamment rendu compte que la composition en lipides de sa membrane est différente. Lorsqu’ils sont cultivés dans le lait, les staphylocoques dorés utilisent les lipides du lait dans la composition de sa membrane plutôt que de produire ses propres lipides. Ils développent ainsi une enveloppe environ 3 fois plus épaisse que ceux se développant dans le sérum ou dans les milieux de culture de laboratoire. De plus, les lipides du lait stimulent la production du pigment, ce qui rend le staphylocoque doré plus virulent et plus résistant au stress oxydant.
Les scientifiques ont également testé les différents types d’antibiotiques utilisés dans le traitement des mammites. Lorsque le staphylocoque doré s’est développé dans le lait, il devient beaucoup plus robuste et résistant aux différents antibiotiques testés. Cela s’explique par le fait que les antibiotiques s’attaquent à l’enveloppe2du staphylocoque doré qui est plus épaisse lorsqu’elle s’est développée dans le lait ou provoque un stress oxydatif dont il est mieux protégé grâce à une production plus élevée de pigment.
Ces résultats, publiés dans Communications Biology, suggèrent un lien unique entre les lipides présents dans le lait et la sévérité des infections dues au staphylocoque doré. La robustesse remarquable de la bactérie dans le lait pourrait indiquer la nécessité d’adapter les protocoles d’antibiothérapies dans le cadre du traitement des mammites où le lait est abondant, notamment chez l’être humain et les animaux domestiques. Des recherches sont en cours pour développer des bi-thérapies qui coupleraient l’usage d’un antibiotique et d’une molécule bloquant l’intégration des lipides du milieu par la bactérie.
Voir aussi le communiqué de presse de l’INRAE
-> Contact : jasmina.vidic@inrae.fr
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October 13, 4:28 PM
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Comprendre comment les mélanocytes contribuent à l’équilibre de la peau, pourquoi leur fonctionnement se dérègle dans certaines maladies et comment restaurer leurs fonctions : c’est le fil conducteur des recherches de Jennifer Allouche, chargée de recherche Inserm au sein de l’Institut des cellules souches pour le traitement et l’étude des maladies monogéniques – I-Stem (UMR-S 861 Inserm/AFM-Téléthon/Université Evry Paris-Saclay, Evry), unité dirigée par le Dr Cécile Martinat.
Après un master en Biothérapies tissulaires, cellulaires et géniques à l’Université Paris-Saclay, elle réalise sa thèse à I-Stem sous la direction de la Pr Christine Baldeschi. Elle s’intéresse alors à la neurofibromatose de type 1 (NF1) et développe, à partir de cellules souches pluripotentes humaines, un modèle reproduisant in vitro le phénotype hyperpigmentaire observé chez les patients. Ces travaux marquent le début de son intérêt pour la biologie du mélanocyte et son rôle dans les maladies de la peau.
En 2015, elle rejoint le laboratoire de David E. Fisher à la Harvard Medical School et au Massachusetts General Hospital, à Boston, où elle effectue un postdoctorat jusqu’en 2020. Elle y étudie les mécanismes fondamentaux régulant la pigmentation et le fonctionnement des mélanocytes. Ses travaux contribuent notamment à mettre en évidence le rôle du métabolisme redox dans la pigmentation ainsi que des mécanismes permettant aux mélanocytes de moduler leurs interactions avec le système immunitaire.
De retour en France en 2020, elle rejoint I-Stem et développe des recherches à l’interface entre biologie des mélanocytes, cellules souches pluripotentes, édition du génome et ingénierie tissulaire. Elle est recrutée comme chargée de recherche Inserm en 2023 et, depuis le 1er septembre 2026, codirige l’équipe Génodermatoses avec la Pr Christine Baldeschi.
Ses recherches portent aujourd’hui sur plusieurs maladies pigmentaires, notamment le vitiligo, le xeroderma pigmentosum et la neurofibromatose de type 1, utilisées comme modèles pour comprendre comment des facteurs génétiques, immunitaires ou environnementaux perturbent les mélanocytes, leurs interactions avec les autres cellules et, plus largement, l’homéostasie cutanée. Son équipe développe pour cela des modèles de peau 3D de complexité croissante, intégrant différents types cellulaires dérivés de cellules souches pluripotentes. Ces modèles permettent d’explorer les mécanismes pathologiques mais aussi de développer de nouvelles stratégies de biothérapie visant notamment à restaurer des fonctions cellulaires altérées ou à remplacer des cellules perdues.
« Pour moi, la recherche se nourrit des échanges, de la confrontation des idées et de la complémentarité des expertises. »
-> Contact : jallouche@istem.fr
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