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Tout au long de leur vie, les plantes interagissent étroitement avec les microorganismes qui les entourent : ceux qui se trouvent dans la graine, puis ceux du sol et de l’air. Ainsi, au cours de leur développement, les plantes acquièrent un certain microbiote, comprenant bactéries, archées, champignons, et autres microorganismes. Ce microbiote peut varier avec les conditions de l’environnement et est spécifique à chaque organe végétal. La rhizosphère, interface entre la plante et son environnement souterrain, est définie comme la portion de sol qui entoure les racines et qui est sous une forte influence de la plante. Dans les sciences végétales et agronomiques, c’est un compartiment très étudié, du fait de son importance pour la nutrition de la plante : absorption des minéraux et de l’eau du sol, par exemple. La rhizosphère constitue également une zone d’interaction avec les microorganismes du sol.
