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NeuroSpin combine IRM et Intelligence Artificielle pour développer un outil de biopsie virtuelle non invasif

NeuroSpin combine IRM et Intelligence Artificielle pour développer un outil de biopsie virtuelle non invasif | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’utilisation des très hauts champs magnétiques améliore sensiblement la résolution spatiale des données d’imagerie par résonance magnétique (IRM) sans toutefois permettre d’atteindre l’échelle microscopique qui permet de visualiser les cellules individuelles. Dans le cadre du flagship européen Human Brain Project, Cyril Poupon & Kévin Ginsburger de NeuroSpin (Institut des Sciences du Vivant Frédéric Joliot, CEA de Saclay) et leurs collaborateurs du Research Centre Juelich (Institute of Neuroscience and Medicine INM1, Juelich, Germany) développent une approche originale qui repose sur l’utilisation de simulations numériques à large échelle pour entraîner des algorithmes de machine learning afin de procéder au décodage in vivo de l’organisation cellulaire des tissus cérébraux de volontaires sains ou patients à partir de simples acquisitions d’IRM pondérées en diffusion, sensibles au mouvement microscopique de l’eau à l’intérieur des tissus.

 

L’outil de décodage repose sur plusieurs étapes de simulations nécessitant l’utilisation d’infrastructures de calcul à haute performance (HPC), parmi lesquelles une étape de simulation numérique d’une grande collection d’échantillons virtuels ultra-réalistes du tissu cérébral qui a nécessité le développement d’une nouvelle méthode que l’équipe de NeuroSpin vient de publier dans un article de la revue Neuroimage.

 

Dans cet article, l’équipe détaille le principe de ce nouvel algorithme appelé MEDUSA (pour Microstructure Environment Designer with Unified Sphere Atoms) et démontre qu’il permet de synthétiser la géométrie des membranes de populations de cellules correspondant à n’importe quelle région cérébrale. Reposant sur la prescription d’un jeu de quelques dizaines de paramètres, il permet de créer des échantillons virtuels de tissu avec un degré de réalisme encore jamais atteint in silico.

 

Ce nouvel outil permet désormais de simuler le signal IRM attendu pour toute configuration de populations de cellules à même de peupler le tissu cérébral, et donc d’apprendre la signature IRM propre à chacune de ces configurations en entraînant une méthode d’apprentissage machine. Une fois entraînée, la méthode peut alors être utilisée pour décoder l’organisation cellulaire à partir d’un jeu réduit de signaux IRM, constituant ainsi un véritable outil permettant de réaliser des biopsies virtuelles.

 

Cet outil, fondé sur l’utilisation conjointe de méthodes d’IRM et de méthodes d’intelligence artificielle (IA), vise non seulement à répondre au besoin de la recherche fondamentale sur le cerveau humain, en particulier du décodage in vivo de la cytoarchitecture du cortex cérébral, mais aussi au besoin de la recherche clinique afin de mettre à disposition des cliniciens un substitut à la biopsie qui reste un acte chirurgical très invasif.

 

L’outil développé fait d’ores-et-déjà l’objet de premières campagnes de simulation au sein du Très Grand Centre de Calcul du CEA (CCRT, Bruyères-le-Châtel), afin de démontrer qu’il était possible de quantifier précisément le gonflement des axones qui survient lors d’un accident vasculaire cérébral, et une campagne de plus grande ampleur pour simuler une dizaine de milliards d’échantillons virtuels fait actuellement l’objet d’une demande de ressources auprès du GENCI afin de permettre la cartographie in vivo de la microstructure de la substance blanche cérébrale.

 

Légende de la figure: synthèse d’un échantillon cubique de 100 micromètres de côté, représentatif de la substance blanche cérébrale, et généré à partir du simulateur MEDUSA, incluant près de 200 axones myélinisés, ainsi que de nombreux astrocytes et oligodendrocytes

 

Contact : cyril.poupon@gmail.com ou kginsburger@gmail.com

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FOCUS PLATEFORME : Où est Charlie ? Les microbes débusqués grâce à des radiotraceurs originaux et par l’imagerie par tomographie par émissions de positons (TEP)

FOCUS PLATEFORME : Où est Charlie ? Les microbes débusqués grâce à des radiotraceurs originaux et par l’imagerie par tomographie par émissions de positons (TEP) | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les microbes (virus, bactéries) aiment jouer à cache-cache pour que les médicaments ne les voient pas. Ils trouvent des petits recoins dans notre corps et savent se faire tout petits pour s’incruster et résister aux traitements. C’est le cas notamment du virus du VIH dont les réservoirs résistent encore et toujours aux thérapies que les patients doivent prendre à vie. C’est aussi le cas de la coqueluche dont une résurgence est observée depuis 20 ans suite à un changement de vaccin. Débusquer ces réservoirs, comprendre les résistances et améliorer les traitements, voilà les enjeux majeurs de la recherche contre les maladies infectieuses !

 

La plateforme de radiochimie du Service Hospitalier Frédéric Joliot (Institut Joliot, CEA Paris-Saclay) fabrique des radiotraceurs originaux marqués avec des émetteurs de positons tels que le fluor-18 (t1/2 = 109,8 minutes) ou le zirconium-89 (t1/2 = 78,4 heures) pour cibler ces réservoirs infectieux. Pour le projet RHIVIERA (financement l’ANRS) en collaboration avec le laboratoire IDMIT (Institut Jacob, CEA Paris-Saclay, site de Fontenay-aux-Roses) et le consortium industriel ViiV, la plateforme de radiochimie a radiomarqué au fluor-18 et de façon isotopique (sans modification de structure) le dolutégravir, un antirétroviral utilisé en trithérapie. Les premières images par tomographie par émissions de positons (TEP) ont été réalisées, sur l’animal, pour étudier la distribution de ce médicament dans les réservoirs et comprendre les résistances. Toujours pour RHIVIERA, la plateforme a également marqué au zirconium-89 un anticorps spécifique du VIH pour cibler ces mêmes réservoirs avec précision.

 

Autre pathogène, autre projet : CoqTEL (financement France Life Imaging) également en collaboration avec le laboratoire IDMIT, s’est intéressé au radiomarquage de deux anticorps au zirconium-89 ciblant la bactérie B. pertussis, responsable de la maladie de la coqueluche. Leur biodistribution a été étudiée par imagerie TEP avant le passage dans des modèles précliniques d’infection. Enfin, la plateforme de radiochimie fabrique du 2-fluoro-2-désoxysorbitol marqué au fluor-18. Synthétisé très facilement à partir du 2-[18F]fluoro-2-désoxy-D-glucose ou [18F]FDG, le « gold strandard » des traceurs pour l’imagerie TEP, ce sucre très apprécié des bactéries Gram négatives permettra leur détection dans de nombreuses applications où les antibiotiques ne sont pas efficaces.

 

Contact : Fabien Caillé (fabien.caille@cea.fr)

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI

 

La plateforme de radiochimie du CEA / Paris-Saclay (Institut Joliot, SHFJ, BioMaps, Orsay) a pour vocation de synthétiser des radiotraceurs pour la recherche biomédicale et préclinique, en particulier pour l’imagerie par tomographie d’émission de positons, à partir d’émetteurs de positons produits sur site (carbone-11, oxygène-15, fluor-18) ou importés (par exemple zirconium-89). L’imagerie TEP est réalisée sur site mais les radiotraceurs peuvent également être distribués à d’autres laboratoires équipés de caméras.

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Lou Barreau, lauréate du prix Louis Armand de l'Académie des Sciences

Lou Barreau, lauréate du prix Louis Armand de l'Académie des Sciences | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Lou Barreau, chimiste, maître de conférences à l’Université Paris-Saclay et chercheuse à l’Institut des Sciences Moléculaires d’Orsay  - ISMO (UPSaclay/CNRS, Orsay).


Elle étudie les dynamiques fondamentales des électrons et des atomes dans les molécules, se produisant à l’échelle de la femtoseconde (10-15 s) à l’attoseconde (10-18 s), grâce à des impulsions de rayons X ultra-brèves produites par laser. Ces expériences permettent d’élucider les tout premiers instants des réactions photochimiques ou de photo-ionisation.

 

Contact : lou.barreau@universite-paris-saclay.fr

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Identification grâce à une analyse en cluster d’un phénotype de spondyloarthrite axiale associé à un pronostic plus sévère

Identification grâce à une analyse en cluster d’un phénotype de spondyloarthrite axiale associé à un pronostic plus sévère | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La spondyloarthrite axiale est un rhumatisme inflammatoire chronique fréquent et invalidant. Son évolution au cours du temps est très hétérogène. L’identification précoce des patients ayant un mauvais pronostic est cependant importante pour permettre une prise en charge optimale. Une analyse en cluster réalisée dans la cohorte française multicentrique de spondyloarthrite axiale récente DESIR et publiée en 2016 (Costantino et al., 2016) avait permis de définir, à l’inclusion, deux phénotypes de patients, l’un caractérisé par une atteinte axiale isolée (cluster A), le second (cluster B) associant l’atteinte axiale à une fréquence élevée de manifestations articulaires périphériques. Les patients du cluster B avaient un niveau d’activité de la maladie plus élevée et une qualité de vie diminuée en comparaison aux patients du cluster A.

 

Une étude menée par Félice Costantino et coordonnée par Maria-Antonietta D’Agostino (UMR1173 Inserm/UVSQ/UPSaclay – AP-HP, Montigny-le-Bretonneux) et publiée récemment dans Rheumatology s’est intéressée à l’évolution de ces deux phénotypes au cours des cinq années de suivi de la cohorte. Les différences mises en évidence à l’inclusion persistent au cours du temps avec un niveau d’activité plus élevé, une qualité de vie plus altérée chez les patients du cluster B qui ont par ailleurs plus souvent recours à des traitements de 2e intention (biothérapie). Ces résultats ont été confirmés dans une cohorte indépendante belge (Be-Giant). Afin d’être applicable en pratique clinique quotidienne, un arbre décisionnel a été développé permettant de déterminer l’appartenance au cluster A plutôt que au cluster B à l’aide de trois variables cliniques (arthralgie périphérique, enthésite et dactylite).

 

Ces résultats ouvrent la voie à une médecine personnalisée en permettant d’identifier de façon précoce un sous-groupe de patients à risque d’évolution péjorative.

 

Contact : maria-antonietta.d-agostino@inserm.fr ou mariaantonietta.dagostino@unicatt.it

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Formation en ligne Intelligence Artificielle et Sciences du Médicament

Formation en ligne Intelligence Artificielle et Sciences du Médicament | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Formation interdisciplinaire pour mieux comprendre les applications de l’Intelligence Artificielle (IA) et des nouveaux outils d’analyses de données en support des sciences du médicament.

 

En lien avec ses 4 Graduate Schools piliers, Health and Drug Sciences (HeaDS), Life Sciences and Health (LSH), Chimie et Santé Publique, l'Action Interdisciplinaire HEALTHI organise une formation en ligne sur l'IA et Sciences du Médicaments du 11 mars au 24 juin 2022.

 

Cette formation sera assurée par des intervenants académiques et industriels à travers 5 modules. Elle est non diplômante, interdisciplinaire et propose sur 5 modules interdisciplinaires comprenant avec 20 cours (1h30/cours) pour mieux comprendre les applications de l’IA et des nouveaux outils d’analyses de données appliqués aux sciences du médicament.

  • Module 1: Introduction à l’IA et nouvelles technologies numériques: les grands concepts
  • Module 2: Applications de l’IA à la conception et au développement du médicament
  • Module 3: Applications de l’IA à la production, distribution et dispensation du médicament
  • Module 4: Impacts de l’IA sur les métiers du médicament
  • Module 5: Le patient du futur et la préoccupation de l’humain 

Les inscriptions seront ouvertes jusqu'au 04 mars 2022 ICI.

Programme complet disponible ICI.

HEALTHI promeut l'interdisciplinarité entre quatre Graduate Schools de l'Université Paris-Saclay, Health and Drug Sciences (HeaDS), Life Sciences and Health (LSH), Chimie et Santé Publique, avec la contribution de 56 laboratoires (136 équipes) de recherche dont les activités sont centrées sur la santé humaine, le traitement et la prévention des maladies et la prise en charge des patients.

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Journée Statistique et Informatique pour la Science des Données à Paris Saclay - 26 janvier 2022

Journée Statistique et Informatique pour la Science des Données à Paris Saclay - 26 janvier 2022 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it
We invite you to participate in the annual "Journée Statistique et Informatique pour la Science des Données à Paris Saclay", organized this year by Gilles Blanchard (LMO) and Charles Soussen (L2S) on January 26 2022, which will be held entirely online. 
 
Programme and registration : https://indico.math.cnrs.fr/event/7329/
 
The aim of this workshop is to bring together mathematicians and computer scientists around some talks on recent results from statistics, machine learning and more generally data science research. Various topics in machine learning, optimization, deep learning, optimal transport, inverse problems, statistics and problems of scientific reproducibility will be presented

Invited speakers:
  • Rémi Flamary (CMAP/Ecole polytechnique)
  • Isabelle Guyon (LISN/INRIA Tau)
  • Olga Klopp (CREST/ESSEC business school)
  • Thomas Moreau (INRIA Paris-Saclay)
  • Pablo Piantanida (L2S/CentraleSupélec)
  • Florence Tupin (LTCI/Télécom Paris)
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RAPPEL ! Prix tremplin Mariano Gago avec le Portugal

RAPPEL ! Prix tremplin Mariano Gago avec le Portugal | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

A l’occasion de la saison France-Portugal 2022, l’Académie des sciences et le Ministère français de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI) décerneront le « Prix tremplin Mariano Gago » de coopération bilatérale en recherche – Portugal.

 

Ce prix est destiné à mettre en valeur et renforcer des coopérations bilatérales en recherche déjà engagées entre 2 équipes, l’une française et l’autre portugaise, en favorisant leur poursuite et leur amplification. Un montant global de 84 000 euros sera décerné à 3 ou 4 binômes lauréats.

 

Date limite de candidature le 31 janvier 2022.

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La Semaine du Cerveau 2022 à NeuroSpin

La Semaine du Cerveau 2022 à NeuroSpin | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Organisée chaque année en mars depuis plus de 20 ans, la Semaine du Cerveau a pour but de sensibiliser le grand public à l'importance des recherches en neurosciences.


Depuis 2013, NeuroSpin participe activement à la Semaine du Cerveau en proposant chaque année un programme attractif et diversifié couvrant un large panel de ses activités : des développements méthodologiques de pointe pour l'imagerie cérébrale aux recherches cognitives et cliniques.

Cette année, en invitant François Rouyer et Alain Destexhe, le rapprochement entre NeuroPSI (CNRS/UPSaclay) et NeuroSpin (CEA/Joliot) pour le futur pôle NeuroSaclay se concrétise.

Suite au succès de la conférence/débat de 2021, nous proposons une nouvelle table ronde avec des invités de prestige pour parler de neurosciences cognitives computationnelles.


Les conférences, libres d'accès dans la limite des places disponibles auront lieu dans l'amphithéâtre de NeuroSpin.

 

Programme et modalités détaillés ICI.

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Inflammation et dysimmunité dans l’hypertension artérielle pulmonaire

Inflammation et dysimmunité dans l’hypertension artérielle pulmonaire | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L'hypertension artérielle pulmonaire (HTAP) est une maladie rare dont l'évolution critique et l'issue fatale sont inévitables en l'absence de traitement. L’HTAP est caractérisée par une augmentation progressive des résistances vasculaires pulmonaires conduisant à une insuffisance ventriculaire droite. De nombreux arguments plaident en faveur d’un rôle de l’inflammation dans cette pathologie ; notamment la présence de cellules inflammatoires périvasculaires et de follicules lymphoïdes tertiaires générateurs d'auto-anticorps à proximité des artères pulmonaires remodelées, et l'augmentation des niveaux de cytokines et chimiokines pro-inflammatoires et des auto-anticorps circulants. De plus, les mutations les plus importantes associées à l'HTAP sont critiques pour les processus de régulation immunitaire, en plus de leur pertinence dans l'homéostasie de la fonction vasculaire. L'HTAP est également fréquemment associée à des troubles auto-immuns et immunitaires primaires, tels que l'HTAP associée aux connectivites ou l'HTAP associée au VIH, où l'hypertension pulmonaire se développe dans un contexte clairement pro-inflammatoire. Dans ces formes associées, l'augmentation des pressions artérielles pulmonaires peut être influencée positivement par un traitement anti-inflammatoire et/ou immuno-modulateur. Cependant, l'interprétation du rôle, le rang mécanistique et la pertinence physiopathologique de ces caractéristiques inflammatoires et dysimmunitaires font toujours l'objet de discussions controversées.

 

Dans un article de synthèse paru récemment dans European Respiratory Review, le Dr Frédéric Perros (UMR-S 999 INSERM/UPSaclay, Le Plessis-Robinson) fait le point sur les connaissances actuelles dans le domaine. Il apparait maintenant clairement que différents évènements inflammatoires ou auto-immuns intervenant chez des sujets sensibles ayant une prédisposition génétique peut entraîner une inflammation vasculaire pulmonaire non résolue et un remodelage vasculaire fixé. Cependant, les mécanismes précis par lesquels l'auto-immunité déclenche la dysfonction vasculaire restent à clarifier. De nombreux mécanismes liés à la maladie peuvent aussi entrainer une inflammation secondaire comme des flux perturbés et la rigidification vasculaire, l’hypoxie, la translocation bactérienne, ou l’implication de facteurs de transcription polyvalents.

 

Les approches thérapeutiques immunomodulatrices n'ont jusqu'à présent, en général, montré qu'une efficacité très limitée chez les patients atteints d'HTAP en ce qui concerne les paramètres hémodynamiques et cliniques. Les essais avec le rituximab (anti-CD20, déplète les lymphocytes B) et le tocilizumab (anti-IL6R, cible la voie de l’interleukine 6) nous ont appris qu'il pourrait y avoir un avantage potentiel à s'attaquer aux cellules plutôt qu'aux facteurs solubles et que les futures approches de stratification basées sur l'étiologie (auto-immune) sous-jacente et les biomarqueurs inflammatoires pourraient identifier les populations qui répondent à l'immunomodulation.

 

Légende Figure : Mécanismes inflammatoires impliqués dans la pathogenèse de l'hypertension artérielle pulmonaire (HTAP).

 

Contact : frederic.perros@inserm.fr

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Révéler et caractériser la diversité et la plasticité des métabolites spécialisés dans les graines de Camelina sativa

Révéler et caractériser la diversité et la plasticité des métabolites spécialisés dans les graines de Camelina sativa | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les Métabolites Spécialisés (MS) jouent un rôle clé dans les interactions des plantes avec leur environnement et interviennent dans leur résistance aux stress. Ces MS sont largement accumulés dans les plantes et les graines d’un grand nombre de Brassicacées comme la caméline (Camelina sativa L.). Cette plante de grande culture oléagineuse connaît un regain d’intérêt ces dernières années pour sa rusticité et sa production d’huile.

 

Dans le cadre d’une étude publiée dans The Plant Journal, des chercheurs de l’Institut Jean-Pierre Bourgin – IJPB (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Versailles) ont analysé les profils des MS des graines de six génotypes de caméline cultivés au champ et récoltés au cours de cinq cycles de culture. Ces analyses ont permis une annotation détaillée des MS des graines en combinant des analyses qui regroupent les MS en fonction de leurs structures chimiques et de leurs profils d’accumulation. Ces données ont montré que le métabolome des graines est extrêmement impacté par les facteurs environnementaux expérimentés durant la phase de développement sur la plante mère. Parmi les composés bien identifiés, les flavonols se caractérisent par la plasticité la plus élevée. Les chercheurs ont montré que des alcaloïdes et les glucosinolates présentaient également une plasticité phénotypique élevée et supérieure à celle de la plupart des métabolites primaires, y compris certains sucres et composés de réserve importants comme les acides gras, les protéines et la plupart des classes lipidiques, mais similaire à celle des acides aminés libres et des acides carboxyliques.

 

Ces travaux ont démontré que les graines présentent un métabolisme dynamique et plastique, avec un impact sur la qualité des semences.

 

Contact : massimiliano.corso@inrae.fr

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Étudier les variants structuraux pour comprendre l’écologie et l’évolution des champignons pathogènes de plantes

Étudier les variants structuraux pour comprendre l’écologie et l’évolution des champignons pathogènes de plantes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Comprendre l’écologie et l’évolution des champignons pathogènes de plantes est nécessaire pour développer des méthodes de lutte et prévoir l’apparition de nouvelles maladies émergentes dans les agroécosystèmes et les écosystèmes forestiers ou naturels. Les variants structuraux désignent des variations entre séquences généralement de taille supérieure à 50 paires de bases et correspondant à des délétions, duplications, insertions, inversions ou translocations. Récemment des cartes très précises de la localisation génomique et l’importance des variants structuraux ont été établies chez plusieurs champignons pathogènes de plantes. Ces organismes ont des génomes relativement petits et compacts, ce qui facilite l’identification in silico de variants structuraux au sein des populations. Ces études ont montré notamment que les variants structuraux peuvent être impliqués dans des processus d’adaptation rapide et des traits d’histoire de vie, tels que la résistance aux fongicides, la reproduction ou la capacité d’infection de ces pathogènes sur une plante hôte.

 

L’apport de l’étude des variants structuraux pour comprendre l’écologie et l’évolution des champignons pathogènes de plantes est présenté et discuté par Fanny Hartmann du Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution - ESE (UPSaclay/CNRS/AgroParisTech, Orsay) dans une revue parue dans New Phytologist. Des approches novatrices réalisées chez les champignons impliquant nouvelles technologies de séquençage basées sur des lectures longues, outils de biologie moléculaire et de modélisation sont soulignées pour leur potentiel pour l’étude des variants structuraux.

 

Contact : fanny.hartmann@universite-paris-saclay.fr

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IMP2, une protéine de liaison à l’ARN, orchestre un circuit pro-inflammatoire dans l’encéphalite auto-immune

IMP2, une protéine de liaison à l’ARN, orchestre un circuit pro-inflammatoire dans l’encéphalite auto-immune | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les cellules stromales sont de plus en plus appréciées comme acteurs clés de l'auto-immunité, en partie en produisant des chimiokines qui orchestrent l'inflammation. L'expression des chimiokines est régulée de manière transcriptionnelle mais aussi par des mécanismes post-transcriptionnels qui sont encore incomplètement définis. CCL2 (MCP1) est une chimiokine multifonctionnelle qui induit le recrutement de cellules myéloïdes au site inflammatoire. Au cours de l’encéphalite expérimentale (EAE), modèle murin de la sclérose en plaques, CCL2 est produite par les cellules stromales des ganglions lymphatiques et est essentielle pour le développement des lymphocytes Th17.

 

Dans une étude qui vient d’être publiée dans Journal of Clinical Investigation Insight, Rami Bechara (UMR-S 1184, Inserm/UPSaclay/CEA-Jacob, Faculté de Médecine, Le Kremlin Bicêtre) et ses collaborateurs du laboratoire du Pr. Sarah Gaffen (Université de Pittsburgh, États-Unis) montrent que la régulation de l'ARNm de Ccl2 dans les cellules stromales humaines en réponse aux cytokines pro-inflammatoires nécessite la présence de la protéine de liaison à l'ARN : IMP2 (IGF2BP2). IMP2 se lie directement à l'ARNm de Ccl2, prolongeant considérablement sa demi-vie et augmente ainsi sa production. Conformément à cela, les souris déficientes en Imp2 présentent une diminution d’expression de Ccl2 dans les ganglions lymphatiques au cours de l'EAE, provoquant des altérations du recrutement des monocytes et du développement des Th17. Les souris Imp2-/- sont protégées contre l’EAE. De plus, la déplétion d'IMP2 après le déclenchement de l'EAE est suffisante pour atténuer la gravité de la maladie.

 

Ces données montrent que le contrôle post-transcriptionnel de Ccl2 dans les cellules stromales par IMP2 est impliqué dans le développement de l'EAE.

 

Contact : rami.bechara@universite-paris-saclay.fr

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dnaJ : une nouvelle approche pour identifier les espèces du genre Enterobacter

dnaJ : une nouvelle approche pour identifier les espèces du genre Enterobacter | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les bactéries du genre Enterobacter sont des pathogènes opportunistes émergeants impliqués dans les infections graves notamment les sepsis des nouveau-nés de réanimation néonatale. La taxonomie de ce genre d’Enterobacterales peut prêter à confusion et a été considérablement révisée ces dernières années. Dans cette étude, les chercheurs proposent une méthode d’identification basée sur l’amplification et le séquençage d’une partie du gène dnaJ codant une Heat shock protéine.

 

Le principe de cette méthode a été validé par analyse in silico en comparant les séquences des souches de référence de chaque espèce et des séquences obtenues à partir de la base de données GenBank. Leurs résultats ont montré que le polymorphisme de la séquence cible de dnaJ permet l'identification des 22 espèces du genre Enterobacter sans ambiguïté. Ils ont ensuite appliqué cette approche « PCR-sequençage dnaJ » sur une collection française multicentrique de 68 souches identifiées comme Enterobacter par MALDI-TOF isolées d’hémocultures de nouveau-nés prématurés. Neuf espèces différentes ont été identifiées avec une prévalence élevée des espèces Enterobacter bugandensis et Enterobacter xiangfangensis. E. bugandensis est une espèce souvent multirésistante et récemment décrite comme responsable de sepsis sévère néonatal.

 

Ce nouvel outil peut être mis en œuvre en complément de l'identification par MALDI-TOF. Il permet d’identifier correctement les différentes espèces du genre Enterobacter dont certaines sont connues pour acquérir des mécanismes de résistance aux antibiotiques et ainsi de mieux adapter le traitement antibiotique de ces infections sévères. De même, il permet de faciliter la gestion des épidémies nosocomiales notamment dans les services de réanimation néonatale.

 

Contact : nadege.bourgeois-nicolaos@i2bc.paris-saclay.fr

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La larve de Galleria mellonella est-elle capable de dégrader et de métaboliser le plastique ? Approche histologique par microspectroscopie infrarouge en utilisant du polyéthylène deutéré

La larve de Galleria mellonella est-elle capable de dégrader et de métaboliser le plastique ? Approche histologique par microspectroscopie infrarouge en utilisant du polyéthylène deutéré | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La pollution environnementale par le plastique est un problème majeur et la recherche d’organismes capables de biodégrader le polyéthylène, PE (plastique le plus produit au monde, considéré pratiquement non-biodégradable), pourrait permettre de se débarrasser de ce polluant.

 

La chenille de Galleria mellonella (Gm) (stade larvaire de la teigne des ruches) se nourrit de cire d’abeille. Or elle est aussi réputée pour sa capacité à manger du plastique et pourrait donc être un bon candidat pour la dégradation du PE, comme cela a été suggéré dans de récentes études.

 

Dans une étude publiée dans Environmental Science & Technology, les chercheurs de l’Institut Micalis (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas), du Synchrotron Soleil (SMIS beamline) et de l’Institut de Chimie Physique (UMR 8000 UPSaclay/CNRS, Orsay) ont a voulu vérifier cette hypothèse. Pour cela, une méthodologie a été choisie , utilisant la microspectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (μFTIR) pour analyser des cryocoupes de larves nourries avec du PE marqué isotopiquement par du deutérium, le rendant détectable dans le tissu larvaire. Cette étude a permis de mettre en évidence que le polyéthylène seul ne favorisait pas la croissance des larves de Gm, néanmoins qu’il pouvait exister une activité oxydative du microbiote intestinal larvaire sur le plastique (première étape de la dégradation du plastique) mais que le polyéthylène ingéré ne se retrouvait pas dans les tissus larvaires bien qu’il soit ingéré et ait parcouru le tube digestif dans sa totalité.

 

Cette étude a donc permis de montrer la biodégradation du plastique mais pas sa bio-assimilation par Galleria mellonella.

 

Contact : agnes.rejasse@inrae.fr

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Les "Lundis de l'IPSIT" - 7 février 2022 à 9h15

Les "Lundis de l'IPSIT" - 7 février 2022 à 9h15 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

INSCRIPTION GRATUITE MAIS OBLIGATOIRE

en envoyant un mail à : nadine.belzic@inserm.fr


• 9h15 - 9h30 Accueil des participants

 

• 9h30 - 10h10 Pascal BOIREAU (Directeur du Laboratoire de santé animale ANSES et coordinateur du DIM1HEALTH pour la Région Île-de-France)
« Quel impact en infectiologie du mot d’ordre épistémique une seule santé ? »


• 10h15 - 11h00 Meriadeg LE GOUIL (MCU-PH/Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne - UMR INSERM 1311 DYNAMICURE - Université de Caen Normandie -EA 2656 UNICAEN/UNIROUEN - Normandie Université)
« Evolution et emergence des coronavirus : exemple des Sarbecovirus de chiroptères »


11h00 - 11h45 Frédéric FREZARD (Invited Professor - Chaire d’Excellence DIM1Health - BioCis, UMR 8076 CNRS - Université Paris-Saclay, Full Professor - Dept. Physiology and Biophysics - Institute of Biological Sciences - Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG) - Belo Horizonte, Brazil)
« Dogs with visceral leishmaniasis as an experimental model for drug discovery and a target for disease control »

 

• 11h45 - 12h15 Discussions


Via Life Sciences UPSaclay
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Stéphanie Simon, nommée Cheffe du Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI)

Stéphanie Simon, nommée Cheffe du Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI) | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Stéphanie Simon a été nommée le 1er Janvier 2022 Cheffe du Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), en remplacement de Christophe Junot.

 

Stéphanie Simon est directrice de recherche CEA et cheffe du Service de Pharmacologie et Immunoanalyse -SPI au sein duquel elle dirige également le laboratoire d’études et de recherches en immunoanalyse (LERI). Ses travaux de recherche sont basés sur la conception et l’utilisation d’anticorps monoclonaux à des fins diagnostiques et thérapeutiques, notamment dans le domaine des maladies infectieuses. Elle mène également une activité d’expertise au sein de l’Institut Thématique Multi-Organismes Technologies pour la Santé (AVIESAN) depuis 2015 ; et elle est coordinatrice de la biologie du programme inter-ministériel de lutte contre les risques nucléaires, radiologiques, chimiques, biologiques et explosifs (NRBC-E).

 

Le SPI est un des trois services du Département Médicaments et Technologies pour la Santé - DMTS (UMR 0496 MTS, UPSaclay/CEA/INRAE, Gif-sur-Yvette). Les activités du SPI se déclinent en 4 axes de recherche: (i) la détection immunologique et moléculaire pour produire des tests rapides de détection et de diagnostic, principalement dans les domaines des maladies infectieuses et de la lutte contre le bioterrorisme, (ii) les analyses omiques et la spectrométrie de masse pour la découverte de biomarqueurs dans les domaines de la santé et l’environnement, (iii) le développement de stratégies de délivrance de molécules thérapeutiques dans le système nerveux central en s’appuyant sur des modèles cellulaires de la barrière hémato-encéphalique et d’organoïdes cérébraux, et (iv) l’étude des  allergies alimentaires, de la recherche fondamentale au développement de tests de détection et de diagnostic.

 

Contact : stephanie.simon@cea.fr

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Réactivité chimique des nouveaux ingrédients à base de légumineuse : de la farine aux cakes

Réactivité chimique des nouveaux ingrédients à base de légumineuse : de la farine aux cakes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La transition alimentaire en cours incite à rechercher des nouveaux ingrédients d’origine végétale, durables et sains. Parmi les matières premières potentielles, les légumineuses ont une importance considérable en tant que sources de protéines de qualité et pourraient rentrer dans les aliments de demain sous forme d’ingrédients plus ou moins raffinés. Cependant, leur utilisation en tant qu'alternative aux ingrédients traditionnels reste une tâche compliquée en raison de leur composition chimique spécifique, susceptible de modifier la réactivité au cours de la fabrication des produits et affecter certains critères essentiels de qualité tels que le goût et la bioaccessibilité des nutriments.

 

Une étude publiée dans Food Chemistry et cordonnée par Barbara Rega et Catherine Bonazzi (UMR SayFood AgroParisTech/INRAE/UPSaclay, Massy), s’est intéressée aux changements de réactivité au cours des différentes étapes de fabrication d’un produit de type cake lors de la substitution de la farine de blé par différentes farines de légumineuses (lentille, pois chiche, lupin, pois vert, pois jaune). Ceci a permis de mieux comprendre leur utilisation potentielle dans des produits formulés complexes, et donc d’orienter des choix pour la conception d'aliments durables, nutritifs et de haute qualité.

 

Il est apparu que les farines de légumineuses ont un fort potentiel pour induire des modifications, via des réactions oxydatives et thermiques, conduisant à un profil en composés volatils odorants plus complexe que le blé. L'ampleur de l'oxydation lipidique étant due à l'activité de la lipoxygénase et celle de la réaction de Maillard à la présence de précurseurs réactifs dans les farines.

 

Ce travail a été mené dans le cadre du projet H2020 Marie Skłodowska-Curie ITN FOODENGINE.

 

Contact : barbara.rega@agroparistech.fr

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SAVE THE DATE - Reducing chemical input in agriculture - 3 & 4 février 2022

SAVE THE DATE - Reducing chemical input in agriculture - 3 & 4 février 2022 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

The CLAND Convergence Institute is pleased to organize from 3 to 4 February 2022 a workshop dedicated on barriers & solutions to reduce chemical inputs in agriculture.

 

The massive use of chemical input in agriculture is at the origin of a cascade of environmental impacts. Initiatives to reduce or even eliminate the use of chemical input in agriculture are multiplying around the world, but face significant difficulties in their enforcement.

 

To facilitate their effective implementation, 3 questions need to be addressed:

  1. What are the options for reducing input consumption without reducing agricultural productivity?
  2. What is the economic performance of low-input systems?
  3. What is their environmental performance?

 

This workshop will shed light on these questions through an interdisciplinary approach involving economists and agronomists.

 

The workshop will take place remotely!

 

Already confirmed speakers:
  • Alain Carpentier  (INRAE, UMR SMART-LERECO, France)
  • Bruno Dorin  (CIRED, France)
  • David Kanter  (New York University, USA)
  • Luis Lassaleta  (Universidad Politecnica de Madrid, Spain)
  • Federico Maggi  (University of Sydney, Australia)
  • Niklas Möhring (CNRS, France)
  • Thomas Nesme  (Bordeaux Sciences Agro, INRAE, France)
  • Jutta Roosen (University of Munich, Germany)
  • Serge Savary (INRAE, France)
  • Fiona Tang  (University of Sydney, Australia)
 
Register now HERE.
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Appel à candidature programme jeunes talents France L'Oréal-Unesco pour les femmes et la science

Appel à candidature programme jeunes talents France L'Oréal-Unesco pour les femmes et la science | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La Fondation L'Oréal, en partenariat avec la Commission nationale française pour l'UNESCO et l'Académie des sciences, est heureuse de vous annoncer l'ouverture de l'appel à candidature de l'édition 2022 du programme Jeunes Talents France L'Oréal-UNESCO Pour les Femmes et la Science.

 

La date limite de dépôt des dossiers de candidature est le vendredi 11 mars 2022.

 

Candidature en ligne www.forwomeninscience.com

 

Règlement

Appel à candidature

 

Créé en 2007, ce programme a pour objet de révéler et récompenser de jeunes chercheuses talentueuses. Au total, 335 jeunes femmes ont bénéficié d’une dotation L’Oréal-UNESCO Pour les Femmes et la Science.

 

En 2022, la Fondation L’Oréal remettra 35 dotations en France. Au minimum, 5 de ces dotations seront dédiées à des chercheuses effectuant leurs travaux de recherche dans les Outre-mer.
-    d’un montant de 15 000 € chacune à des doctorantes,
-    d’un montant de 20 000 € chacune à des post-doctorantes.
 
A noter que cette année, la campagne sera uniquement digitale, donc aucun poster papier ne sera envoyé par courrier postal.

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Portrait Jeune Chercheuse - Lucia Espinosa Brisset, chercheuse en ingénierie sensorielle

Portrait Jeune Chercheuse - Lucia Espinosa Brisset, chercheuse en ingénierie sensorielle | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Tout au long de sa formation et de son expérience professionnelle, Lucia Espinosa Brisset a été en contact avec la recherche en science des aliments, avec une expérience approfondie dans le domaine de l’analyse sensorielle et de l’étude des consommateurs. Que ce soit dans le cadre de son master recherche, sa thèse ou de son expérience en R&D à l’étranger dans un groupe industriel international. 

 

Elle a effectué son Master 2 Recherche Aliments et Bioproduits, parcours Ingénierie des Produits et Procédés à AgroParisTech (2007-2008). Elle a fait son stage au sein du Laboratoire de Perception Sensorielle et Sensométrie sous l’encadrement des Maitres de Conférences Julien Delarue et Jean-Marc Sieffermann. L’objectif de son travail était d’étudier la sensibilité olfactive et la capacité de mémorisation des odeurs parmi différentes tranches d’âge de la population, pour étudier leur influence dans la perception des odeurs.

 

Elle a réalisé ensuite sa thèse de Doctorat (2009-2012) au sein de l’UMR 1145 AgroParisTech-CNAM-INRA Ingénierie Procédés Aliments et du laboratoire Grappe de l’ESA d’Angers. Dans le cadre du projet ANR «Tempantiox » et avec le partenaire industriel Conserves France en convention CIFRE, sous la direction scientifique de Gérard Cuvelier, Professeur à AgroParisTech, et le co-encadrement de Ronan Symoneaux, Ingénieur de Recherche à l’ESA d’Angers. L’intitulé de sa thèse était : « Texture de la purée de pomme : Influence de la structure sur les propriétés rhéologiques et la perception sensorielle – Effet du traitement mécanique ». Ces travaux de thèse lui ont permis d’acquérir des connaissances et compétences importantes quant à la structuration des aliments, la rhéologie des suspensions concentrées, l’analyse sensorielle, physicochimique et la formulation par une approche d’ingénierie sensorielle.

 

Suite à sa thèse, Lucia Espinosa Brisset a eu l’opportunité de travailler quatre ans et demi à l’étranger (Mexico City) pour le groupe industriel « Danone Dairy » filiale Mexique. Elle a intégré le service R&D en tant que « Sensory and Behaviour Science Manager ». Ces années au sein du groupe Danone et son contexte international d’entreprise lui ont permis de collaborer avec des collègues de différents pays, de découvrir différents modes de fonctionnement et de gestion de projets. Aussi de se rendre compte de la place que peuvent avoir l’analyse sensorielle et consommateur dans les processus d’innovation, de conception et développement des produits. Elle a pu connaitre ainsi une recherche appliquée, pour laquelle on a également besoin de se poser les bonnes questions sur la compréhension des systèmes étudiés, d’adapter la méthodologie la plus pertinente et d’obtenir des résultats permettant la mise au marché d’un produit, tout en respectant les temps et les budgets alloués à chaque projet.

 

Elle occupe maintenant le poste de Chargée de Recherche INRAE en Ingénierie sensorielle pour la conception d’aliments au sein du Département TRANSFORM et de l’UMR SayFood (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay), depuis octobre 2020. Son axe de recherche porte sur l’Ingénierie sensorielle au service de la conception et transformation des aliments dans une logique de production et de distribution des aliments plus sains, durables et territorialisés. Une des questions de recherche qu’elle se pose actuellement est de savoir comment intégrer les perceptions (de la matière première, la transformation, la consommation) des différents acteurs (agriculteur – consommateur) dans la conception d’aliments plus sains, durables et appréciés ?

 

« Fais ce que tu aimes et fais-le souvent… ! »

 

Contact : lucia.espinosa-brisset@inrae.fr

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Le traitement efficace de l’acromégalie s’accompagne de changements importants des paramètres de composition corporelle

Le traitement efficace de l’acromégalie s’accompagne de changements importants des paramètres de composition corporelle | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’acromégalie est une maladie rare liée à l’hypersécrétion d’hormone de croissance (GH) et d’IGF-I par un adénome hypophysaire. Cette pathologie est à la base de la survenue de plusieurs comorbidités, qui déterminent le pronostic et la qualité de vie des patients atteints. Les traitements disponibles visent à normaliser l’IGF-I et à prévenir ou limiter les conséquences délétères de la maladie. Toutefois, la GH et l’IGF-I sont des hormones anabolisantes qui favorisent l’acquisition de masse maigre et limitent l’apposition de masse grasse.

 

Dans cette étude parue dans European Journal of Endocrinology, Luigi Maione et ses collaborateurs (UMR-S 1185 INSERM/UPSaclay, AP-HP Hôpital de Bicêtre, Le Kremlin-Bicêtre) ont évalué les indices de composition corporelle chez 201 patients acromégales. Le marqueur IGF-I était corrélé positivement à la masse maigre (r=+0.383 ; p<0.001) et négativement à la masse grasse (r=-0.369 ; p<0.001). Chez un sous-groupe de patients ayant des mesures de ces indices avant et après un traitement anti-IGF-I efficace, ils ont pu évaluer les changements de la masse grasse et les ont comparés à une population acromégale contrôle (qui avaient la maladie contrôlée tout le long de l’observation), appariée sur âge, sexe et durée de maladie. Contrairement aux patients avec maladie stablement contrôlée, les patients passant d’une maladie active à une contrôlée mettaient significativement plus de masse grasse (+39±34% vs. +10±15%, p<0.001).

 

Les patients avec acromégalie devraient, pourtant, être prévenus qu’un traitement efficace de leur maladie s’accompagne de changements des paramètres de composition corporelle, avec une augmentation significative de la masse grasse.

                                                                                                                      

Légende Figure : (a) évolution de la masse corporelle chez une patiente non contrôlée (mai 2018) et 10 mois après contrôle efficace de la maladie (mars 2019) ; (b) corrélation entre l’IGF-I et la masse maigre (haut) et la masse grasse (bas) ; (c) delta (∆) masse grasse (différence de masse grasse entre la mesure finale et celle initiale) chez les patients passés de maladie active à contrôlée (gauche) et chez ceux ayant une maladie constamment contrôlée ;  évolution individuelle de la quantité de masse grasse (en kg) chez les patients passant d’une maladie active à une contrôlée ; (e) évolution individuelle de la quantité de masse grasse (en kg) chez les patients ayant une acromégalie stablement contrôlée, appariés par âge, sexe et durée de maladie.

 

Contact : luigi.maione@aphp.fr

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Le réseau international « Metaproteomics Initiative » fédère les expertises pour donner une plus-value fonctionnelle lors de l’analyse des microbiotes

Le réseau international « Metaproteomics Initiative » fédère les expertises pour donner une plus-value fonctionnelle lors de l’analyse des microbiotes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le microbiote désigne l’ensemble des microorganismes d’un écosystème donné. L’impact des microbiotes dans le domaine de la Santé est désormais très documenté, et notamment, il nous est rappelé que prendre soin de notre microbiote intestinal en privilégiant la qualité de notre alimentation est primordial. Comprendre le fonctionnement d’un microbiote, sa dynamique au cours du temps, et ses interactions avec l’hôte qui l’héberge ou son environnement, ne peut se limiter à simplement identifier les microorganimes, mais nécessite de comprendre comment ces microorganismes fonctionnent dans le contexte de l’hôte éventuel.

 

La métaprotéomique consiste à identifier et doser les protéines de ces microbiotes par spectrométrie de masse. La communauté internationale en métaprotéomique a initié en 2021 un réseau afin de fédérer les expertises pour donner une plus-value aux caractérisations des microbiotes. Les missions de ce réseau sont décrites dans une publication parue dans le journal Microbiome qui fait référence dans le domaine.

 

Œuvrer à rendre accessible les méthodologies les plus avancées en la matière pour l’ensemble des chercheurs explorant les microbiotes, comparer ces méthodologies et affiner leurs limites et champs d’application, standardiser ces méthodologies pour des analyses inter-plateformes de cohortes d’échantillon d’intérêt médical, exploiter ces données en intégrant l’ensemble des outils modernes du microbiologiste, et entreprendre des projets de grande ampleur sont autant d’enjeux enthousiasmants.

 

Voir la Vidéo et bienvenue sur https://metaproteomics.org/

 

Contact : jean.armengaud@cea.fr

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Appel à projets transnationaux sur nutrition et santé (JPI HDHL) - Lancement le 15 février

Appel à projets transnationaux sur nutrition et santé (JPI HDHL) - Lancement le 15 février | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans le cadre de l'Initiative de programmation conjointe « une alimentation saine pour une vie saine » (JPI HDHL), l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) lancera prochainement l'appel à projets transnationaux NUTRIMMUNE sur la réactivité du système immunitaire à la nutrition : interaction entre les maladies infectieuses et les maladies métaboliques liées à l'alimentation et potentiel de solutions basées sur l'alimentation.

 

Lancement prévu : 15 février 2022,
Soumission en 1 étape, date limite de dépôt : 21 avril 2022 à 15h00

 

Plus d'info sur le site de l'ANR

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Modifier des surfaces solides, le quotidien de bactéries !

Modifier des surfaces solides, le quotidien de bactéries ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dévoiler comment les bactéries modifient la surface des parois solides rencontrées dans leur environnement proche est fondamentale pour de nombreux domaines tels que les nanotechnologies, la bio-ingénierie, la géomicrobiologie, la chimie/physique fondamentale des surfaces.

 

Les bactéries ont évolué sur terre depuis des milliards d’années et ont réussi à coloniser toutes les niches écologiques. Leur diversité métabolique est si vaste qu’elles jouent un rôle majeur dans les cycles biogéochimiques de notre planète. Mettre en évidence les mécanismes d’interaction des bactéries avec les premières couches interfaciales de la matière solide qui les entourent constitue un enjeu important avec de nombreuses perspectives aussi bien fondamentales qu’appliquées.

 

Des films minces de fer, de surface centimétrique et d’épaisseur nanométrique ont été fabriqués. L’opacité du nanofilm étant reliée à son épaisseur, il est alors possible de mesurer à la fois la dégradation du nanofilm et de localiser et quantifier la dynamique des bactéries in situ et en temps réel par simples mesures optiques (Fond de l'image). Ce travail expérimental, réalisé par des chercheurs du laboratoire de Physique des Solides (CNRS/UPSaclay, Orsay) et de l’I2BC (CNRS/UPSaclay/CEA, Gif-sur-Yvette) et publié dans le journal ACS Central Science, indique une corrosion homogène des nanofilms de fer déclenchée soudainement par les bactéries. Les expériences révèlent notamment une forte agitation des bactéries Shewanella oneidensis MR1 lors de la dissolution du fer. Des mutants de S. oneidensis ainsi que d’autres espèces bactériennes telles que E. coli et L. plantarum sont également capables d’induire la corrosion.

 

L’ensemble des expériences met en évidence plus généralement le rôle des protéines respiratoires électroactives et de molécules solubles secrétées dans la modification des propriétés de surface des nanofilms.

 

Contact : christophe.regeard@universite-paris-saclay.fr ou eric.raspaud@universite-paris-saclay.fr

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La vaccination contre le SARS-CoV-2 est sûre chez les patients atteints de rhumatismes inflammatoires et de maladies systémiques auto-immunes

La vaccination contre le SARS-CoV-2 est sûre chez les patients atteints de rhumatismes inflammatoires et de maladies systémiques auto-immunes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Voir le Communiqué de Presse AP-HP/UPSaclay ICI.

 

Pour étudier la tolérance des vaccins contre le SARS-CoV-2 chez les patients atteints de rhumatismes inflammatoires et de maladies systémiques auto-immunes, le centre de référence national et européen des maladies auto-immunes (MAI) systémiques rares situé à l’hôpital Bicêtre AP-HP a créé, avec l’EULAR, l’alliance européenne des associations de rhumatologie, un registre international de patients atteints de rhumatismes inflammatoires chroniques (RIC) ou de MAI systémiques vaccinés contre le SARS-CoV-2.

 

Cette étude montre que le profil de sécurité des vaccins contre le SARS-CoV-2 chez les patients atteints de RIC ou de MAI systémiques est très rassurant, et comparable à celui des patients atteints de pathologies rhumatologiques mécaniques et à celui de la population générale. Le risque de poussée sévère de RIC ou de MAI systémiques est très faible sans qu’il soit possible d’établir un lien avec la vaccination.

 

Ces travaux sur la tolérance des vaccins contre le SARS-CoV-2 chez les patients atteints de rhumatismes inflammatoires chroniques et de maladies auto-immunes systémiques, coordonnés par le Professeur Xavier Mariette (chef du service de rhumatologie à l’hôpital Bicêtre AP-HP, Université Paris-Saclay, Inserm) et le Professeur Pedro M. Machado (Consultant Rheumatologist at University College London and University College London Hospitals), ont fait l’objet d’une publication dans Annals of the Rheumatic Diseases.

 

Les patients atteints de rhumatismes inflammatoires chroniques (RIC) et de maladies auto-immunes (MAI) systémiques n’ont pas été inclus dans les études de tolérance des vaccins contre le SARS-CoV-2 et sont souvent inquiets quant à la tolérance de cette vaccination.

 

L'étude a inclus 5 121 participants de 30 pays, la majorité en France (40%), Italie (16%) et Portugal (14%), avec 4 604 patients atteints de RIC ou de MAI systémiques et 517 patients contrôles atteints de pathologies rhumatologiques mécaniques.

 

La polyarthrite rhumatoïde (33%), les connectivites (18 %), les spondyloarthrites (11%), le rhumatisme psoriasique (10%) et les vascularites (12 %) étaient les diagnostics les plus fréquents. La plupart des patients ont reçu les vaccins Pfizer/BioNTech (70%), AstraZeneca/Oxford (17%) et Moderna (8%).

 

Des poussées de RIC ou de MAI systémiques ont été signalées dans 4,4 % des cas dont 1,5 % ont entraîné des changements de médicaments. Et seulement 0,6 % de poussées sévères, dont le lien avec le vaccin ne peut pas être établi.

 

Des effets indésirables bénins ont été signalés chez 37% des patients atteints de RIC ou de MAI et chez 40% des patients contrôles, c’est-à-dire avec une fréquence identique à celle observée en population générale. Des effets indésirables sévères ont été observés chez 0,4% des patients atteints de RIC ou de MAI systémiques, très divers et avec une fréquence comparable et même inférieure à celle observée chez les patients contrôles atteints de pathologies rhumatologiques mécaniques (1,1 %).

 

Dans les essais cliniques de vaccins à ARN contre le SARS-CoV-2 dans la population générale, les taux d'effets indésirables graves étaient très semblables à ceux de cette étude, allant de 0,4 % à 0,6 % dans le groupe vacciné et de 0,5 % à 0,6 % dans le groupe témoin, ce qui suggère que ces effets indésirables graves ne sont probablement pas liés au vaccin.

 

En conclusion, le profil de sécurité des vaccins contre le SARS-CoV-2 chez les patients atteints de RIC ou de MAI systémiques est très rassurant, et comparable à celui des patients atteints de pathologies rhumatologiques mécaniques et à la population générale. Le risque de poussée sévère du RIC ou de MAI systémiques est très faible sans qu’il soit possible d’établir un lien avec la vaccination.

 

Ces résultats devraient rassurer les médecins et surtout les patients atteints de RIC ou de MAI systémiques, et favoriser la confiance de ces patients dans la sécurité des vaccins Covid-19.

 

Contact : xavier.mariette@aphp.fr

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Perte de la capacité à fixer l’azote chez Trichodesmium

Perte de la capacité à fixer l’azote chez Trichodesmium | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Nos océans abritent une grande diversité de microorganismes qui requièrent un apport en éléments chimiques constant pour se développer. Parmi elles, les espèces connues du genre Trichodesmium font partie du club très restreint des bactéries capables de fixer de grandes quantités de carbone et d’azote contenues dans l’atmosphère, grâce à des gènes relativement rares maintenus dans leurs génomes. De part ces apports clefs (l’azote étant un élément particulièrement limitant), le genre Trichodesmium est un des plus grands fertiliseurs des océans. Les espèces les plus connues sont activement étudiées en culture et dans leur milieu naturel depuis plusieurs décennies. Elles forment de larges colonies visibles à l’œil nu, et interagissent avec de nombreux microorganismes. Dans l’esprit de nombreux océanographes et autres écologistes microbiens étudiant le plancton, Trichodesmium est intrinsèquement lié à la fixation d’azote.

 

Dans un article paru dans PNAS, Tom O. Delmont, chercheur CNRS au Genoscope (CEA-Jacob/CNRS/UPSaclay, Evry) publie la découverte de deux espèces de Trichodesmium, abondantes dans de nombreuses régions des océans, qui ont pour particularité d’avoir perdu la capacité de fixer l’azote par un mécanisme de pertes de gènes. Ces nouvelles espèces ont été identifiées par des approches de reconstructions génomiques environnementales (sans passer par la culture) utilisant près de 300 milliards de séquences courtes d’ADN produites au Genoscope à partir des échantillons de l’expédition Tara Oceans.

 

Cette découverte est une surprise de taille pour les experts du plancton, et nous permet de mieux comprendre le fonctionnement et l’évolution génomique d’un des genres bactériens les plus connus habitant la surface des océans et mers.

 

Légende Figure : Détection par des approches de génomique environnementale du genre Trichodesmium (espèces fixatrices d’azote et celles nouvellement découvertes incapable de fixer cet élément) dans les échantillons de surface de l’expédition Tara Oceans.

 

Contact : tomodelmont@gmail.com

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