Infos Lab' mars 2024
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ICP science - A Perspective on the Prospective Use of AI in Protein Structure Prediction

ICP science - A Perspective on the Prospective Use of AI in Protein Structure Prediction | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

Marie Erard, Sana Aimeur et Oliver Nüsse et leur collaborateur ont publié récemment un article dans Journal of Chemical Information and Modeling:
"A Perspective on the Prospective Use of AI in Protein Structure Prediction"

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Abstract
AlphaFold2 (AF2) and RoseTTaFold (RF) have revolutionized structural biology, serving as highly reliable and effective methods for predicting protein structures. This article explores their impact and limitations, focusing on their integration into experimental pipelines and their application in diverse protein classes, including membrane proteins, intrinsically disordered proteins (IDPs), and oligomers. In experimental pipelines, AF2 models help X-ray crystallography in resolving the phase problem, while complementarity with mass spectrometry and NMR data enhances structure determination and protein flexibility prediction. Predicting the structure of membrane proteins remains challenging for both AF2 and RF due to difficulties in capturing conformational ensembles and interactions with the membrane. Improvements in incorporating membrane-specific features and predicting the structural effect of mutations are crucial. For intrinsically disordered proteins, AF2’s confidence score (pLDDT) serves as a competitive disorder predictor, but integrative approaches including molecular dynamics (MD) simulations or hydrophobic cluster analyses are advocated for accurate dynamics representation. AF2 and RF show promising results for oligomeric models, outperforming traditional docking methods, with AlphaFold-Multimer showing improved performance. However, some caveats remain in particular for membrane proteins. Real-life examples demonstrate AF2’s predictive capabilities in unknown protein structures, but models should be evaluated for their agreement with experimental data. Furthermore, AF2 models can be used complementarily with MD simulations. In this Perspective, we propose a “wish list” for improving deep-learning-based protein folding prediction models, including using experimental data as constraints and modifying models with binding partners or post-translational modifications. Additionally, a meta-tool for ranking and suggesting composite models is suggested, driving future advancements in this rapidly evolving field.

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ICP science - Quantifying hydroxyl radicals generated by a low-temperature plasma using coumarin: methodology and precautions

ICP science - Quantifying hydroxyl radicals generated by a low-temperature plasma using coumarin: methodology and precautions | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

Cécile Sicard-Roselli et ses collaborateurs ont publié récemment un article dans Physical Chemistry Chemical Physics

"Quantifying hydroxyl radicals generated by a low-temperature plasma using coumarin: methodology and precautions"

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Abstract
The detection and quantification of hydroxyl radicals (HO˙) generated by low-temperature plasmas (LTPs) are crucial for understanding their role in diverse applications of plasma radiation. In this study, the formation of HO˙ in the irradiated aqueous phase is investigated at various plasma parameters, by probing them indirectly using the coumarin molecule. We propose a quantification methodology for these radicals, combining spectrophotometry to study the coumarin reaction with hydroxyl radicals and fluorimetry to evaluate the formation yield of the hydroxylated product, 7-hydroxycoumarin. Additionally, we thoroughly examine and discuss the impact of pH on this quantification process. This approach enhances our comprehension of HO˙ formation during LTP irradiation, adding valuable insights to plasma's biological applications.

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ICP science - Analysis of VOCs in Liquids through Vaporization in a Tubular Oven Monitored by Chemical Ionization Mass Spectrometry

ICP science - Analysis of VOCs in Liquids through Vaporization in a Tubular Oven Monitored by Chemical Ionization Mass Spectrometry | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it
Taous Abar, Hélène Mestdagh, Michel Heninger et Joël Lemaire ont publié récemment un article dans Sensors:
"Analysis of VOCs in Liquids through Vaporization in a Tubular Oven Monitored by Chemical Ionization Mass Spectrometry"
 
Abstract
The analysis of chemical compounds present at trace levels in liquids is important not only for environmental measurements but also, for example, in the health sector. The reference technique for the analysis of Volatile Organic Compounds (VOCs) in liquids is GC, which is difficult to use with an aqueous matrix. In this work, we present an alternative technique to GC to analyze VOCs in water. A tubular oven is used to completely vaporize the liquid sample deposited on a gauze. The oven is heated in the presence of a dinitrogen flow, and the gas is analyzed at the exit of the oven by a chemical ionization mass spectrometer developed in our laboratory. It is a low magnetic field Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance (FT-ICR) optimized for real-time analysis. The Proton Transfer Reaction (PTR) used during the Chemical Ionization event results in the selective ionization of the VOCs present in the gas phase. The optimization of the desorption conditions is described for the main operating parameters: temperature ramp, liquid quantity, and nitrogen flow. Their influence is studied using a 100 ppmv aqueous toluene solution. The analytical method is then tested on a mixture of seven VOCs.
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ICP actualité - Marie Le Pivert remporte le prix du poster de la journée PSiNano Université Paris-Saclay

ICP actualité - Marie Le Pivert remporte le prix du poster de la journée PSiNano Université Paris-Saclay | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

Félicitations à Marie Le Pivert, post-doctorante dans le groupe TEMiC, qui a remporté le prix du meilleur poster à la journée annuelle de PSiNano, le 8 février dernier.

 

"HKUST-1/TiO2 immobilization into chitosan beads for H2 generation by photocatalysis"

Marie Le Pivert, Alisha Khan, Mireille Benoît, Johnny Deschamps, Hynd Remita

 

Informations sur cette journée

 

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ICP actualité - EFNS Tech Day 2024 Bruker

ICP actualité - EFNS Tech Day 2024 Bruker | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

L'ICP a accueilli le workshop Bruker "EFNS Tech photothermal AFM-IR technology" le mardi 12 mars avec une conférence introductive donnée par Alexandre Dazzi:

"AFM-IR: Fundamental Principles and Applications"

 

Ce workshop a précédé la conférence "1st European IR Nanospectro-Imaging Meeting 2024" organisée par l'équipe AFMIR à l'IJCLab du 13 au 15 mars.

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ICP actualité - EuNanoSpec 2024: Thanks to all

ICP actualité - EuNanoSpec 2024: Thanks to all | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

The EuNanoSpec conference was held last week.

Upcoming events:

- The first EuNanoSpec summer school in 2025 will be organised by Dr. Natalia Piergies at the Institute of nuclear Physics PAN in Krakow, Poland.

- The second EuNanoSpec 2026 will be organised by Dr. Valeria Giliberti, in the group of Nanotechnologies for Neurosciences, Istituto italiano di tecnologia, in Roma, Italy.

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UPSaclay - Forum de la Communauté Ultrarapide de Saclay - 26 mars 2024

UPSaclay - Forum de la Communauté Ultrarapide de Saclay - 26 mars 2024 | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

 FOCUS#3 se tiendra le mardi 26 mars 2024 à l'ENS Paris-Saclay

L'objectif de FOCUS est de fédérer la communauté du plateau de Saclay (IP-Paris et Université Paris-Saclay) travaillant sur des thématiques scientifiques abordant les dynamiques ultrarapides (ou presque).

Programme du forum

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UPSaclay - Journée Initiatives Pédagogiques : JIP 2024 - 27 mars 2024

UPSaclay - Journée Initiatives Pédagogiques : JIP 2024 - 27 mars 2024 | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

La journée Initiatives Pédagogiques JIP 2024 organisée par l’Université Paris-Saclay se déroule le mercredi 27 mars 2024. Le thème cette année est "Intégrer la diversité des apprenants dans le design des enseignements. Pourquoi ? Comment ?"

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UPSaclay - Journée BrainstormNano 2024 - vendredi 29 mars

UPSaclay - Journée BrainstormNano 2024 - vendredi 29 mars | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

L’Institut des Nanosciences PSiNano organise le vendredi 29 mars 2024 une journée BrainstormNano intitulée : "Le désordre à l'échelle nanométrique en tant que ressource".

A partir de présentations d’orateurs issus de disciplines différentes, l’objectif sera d’échanger et de confronter expériences et points de vue quant à l’intérêt du désordre et son exploitation en vue d’améliorer les propriétés de différents systèmes physiques, chimiques, biologiques...

Programme et inscription

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UPSaclay - On Role Models in Science - A Conference by Catherine Goldstein and Clémence Perronnet on April 4th 2024 at IHES

UPSaclay - On Role Models in Science - A Conference by Catherine Goldstein and Clémence Perronnet on April 4th 2024 at IHES | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

For the Inaugural Event of the 'Just Do Maths!' exhibition at IHES, Catherine Goldstein and Clémence Perronnet will discuss the significance of role models in promoting gender equity in mathematics.

*The event will be entirely held in English.*

The program of the event (tbc) is the following:

  • 5:45 pm Words of Welcome by Emmanuel Ullmo, Director of IHES, and Pierre Pansu, Director of Paris-Saclay's Graduate School in Mathematics
  • 6:00 pm Conference by Catherine Goldstein and Clémence Perronnet
  • 6:50 pm Q&A
  • 7:10 pm Cocktail

 

The event is free, but please register here: https://indico.math.cnrs.fr/event/11529/

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UPSaclay - Appel à projets Poc in labs 2024

UPSaclay - Appel à projets Poc in labs 2024 | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

Ouverture de l'AAP prématuration "POC IN LABS 2024" du lundi 4 mars 2024 à 9h au vendredi 5 avril 2024 à 17h.

Pour la 11ème édition de l’appel à projets, Poc in labs s’associe aux Graduate Schools "Chimie" ; "Géosciences, Climat, Environnement, Planètes" (GCEP) ; "Health and Drug Sciences" (HeaDS) ; "Life Sciences and Health" (LSH) et "Sciences de l'Ingénierie et des Systèmes" (SIS) afin de soutenir l’émergence de projets à fort potentiel socio-économique.

L’appel à projets Poc in labs vise à mettre en lumière tout projet d’innovation qu’il soit technologique ou sociétal, social et solidaire, issu des laboratoires du périmètre de l’Université Paris-Saclay. 

Page dédiée à l'AAP

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UPSaclay - Programme « Jean d'Alembert » de l’Université Paris-Saclay 2024-2026

UPSaclay - Programme « Jean d'Alembert » de l’Université Paris-Saclay 2024-2026 | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

L’Université Paris-Saclay souhaite permettre à des scientifiques étrangers hautement qualifiés d’effectuer des séjours de longue durée (de six à douze mois) dans un des laboratoires de son périmètre. Les scientifiques de toutes les disciplines et tous les pays sont admissibles.

Date limite de candidature: 23 avril 2024 à minuit

Deux programmes différents sont proposés :

  • Le programme « jeune chercheur », pour des candidats ayant obtenu leur diplôme de docteur depuis moins de dix ans ;
  • Le programme « chercheur confirmé », pour des candidats ayant obtenu leur diplôme de docteur depuis dix ans ou plus.

Lien vers la description détaillée des modalités

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UPSaclay - GS MRES : congrès junior -  jeudi 23 mai 2024

UPSaclay - GS MRES : congrès junior -  jeudi 23 mai 2024 | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

Vous êtes en L3, M1, M2, en cycle ingénieur ou cycle normalien à l'Université Paris-Saclay, c'est pour vous !!!

La Graduate School Métiers de la Recherche et de l'Enseignement Supérieur (MRES) organise sa troisième édition du Congrès Junior Pluridisciplinaire de l'Université Paris-Saclay le jeudi 23 mai 2024 après-midi.

  • Date limite des soumissions : 25 mars 2024
  • Fin des inscriptions des spectateurs au congrès : 26 avril 2024

Détails et inscription

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UPSaclay - Journée scientifique de la GS Chimie « le design, la synthèse et la caractérisation de matériaux fonctionnels » - Jeudi 30 mai 2024

UPSaclay - Journée scientifique de la GS Chimie « le design, la synthèse et la caractérisation de matériaux fonctionnels » - Jeudi 30 mai 2024 | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

La GS Chimie organise une journée scientifique sur le site de Versailles le jeudi 30 mai prochain, avec pour thème « le design, la synthèse et la caractérisation de matériaux fonctionnels ».
En plus de la participation active des objets interdisciplinaires 2IM et PSIA2 qui interviendront l’après-midi, des conférences invitées sont prévues en matinée (les noms des intervenants seront communiqués prochainement), ainsi qu’une séance de posters lors de la pause déjeuner.

Inscription gratuite mais obligatoire

Programme et inscription

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CNRS - “Le patrimoine scientifique : héritage du passé, enjeu pour l’avenir ?” - 3 avril 2024 à 17h

CNRS - “Le patrimoine scientifique : héritage du passé, enjeu pour l’avenir ?” - 3 avril 2024 à 17h | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

Le Comité pour l’histoire du CNRS vous invite à la présentation du numéro PATSTEC paru dans la revue Histoire de la recherche contemporaine, le mercredi 3 avril 2024 à 17h au Musée Science ACO, Université Paris-Saclay, campus Orsay.

“Le patrimoine scientifique : héritage du passé, enjeu pour l’avenir ?”

Inscription

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CNRS Chimie - Webinaire MCSA Doctoral Networks 2024

CNRS Chimie - Webinaire MCSA Doctoral Networks 2024 | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

La Cellule Europe de CNRS Chimie organise, le 11 juin à 14h, un webinaire MCSA Doctoral Networks 2024.

Ce webinaire est destiné aux chercheurs et enseignants-chercheurs qui déposent leur projet en tant que coordinateur ou bénéficiaire pour l’appel de l’année 2024 (deadline 27/11/2024) mais aussi au plus large public.

Pour s’inscrire : inc.europe@cnrs.fr

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CNRS Chimie - Action nationale de formation pour les candidats ERC Starting 2025

CNRS Chimie - Action nationale de formation pour les candidats ERC Starting 2025 | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

La Cellule Europe de CNRS Chimie organise une Action nationale de formation (ANF) pour aider les candidats ERC - appel Starting 2025 - dans la rédaction de leur projet. Deux créneaux sont proposés : le 2 juillet 2024 après-midi et le 3 juillet 2024 après-midi.

Cette ANF est réservée aux candidats qui souhaitent répondre au prochain appel ERC Starting 2025.

Pour s'inscrire: inc.europe@cnrs.fr 

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SCF/SFP - Prix 2024 de la Division de Chimie Physique

SCF/SFP - Prix 2024 de la Division de Chimie Physique | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

La Division de Chimie-Physique lance un appel à candidatures pour les prix de Thèse, de Jeune Chercheur, de Chercheur Confirmé et Innovation de la DCP.

La date limite de dépôt des dossiers est le 6 mai 2024.

Toutes les informations ainsi que les templates de soumission se trouvent sur les pages suivantes :

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SCF - 3èmes Rencontres Rayonnement et Radiochimie - 18-20 juin 2024

SCF - 3èmes Rencontres Rayonnement et Radiochimie - 18-20 juin 2024 | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

L'Institut de Chimie Séparative de Marcoule et le CEA Marcoule organisent du 18 au 20 juin 2024, les troisièmes Rencontres Rayonnement Radio-Chimie (R3C) qui se dérouleront au musée de la Romanité à Nîmes.

DATES

  • 1 mars 2024 : clôture de l'appel aux résumés
  • 15 mai 2024 : clôture des inscriptions

Programme et inscription

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Ecole de Physique pour les Radiobiologistes (10-14 juin 2024)

Ecole de Physique pour les Radiobiologistes (10-14 juin 2024) | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

Le Groupement De Recherche MI2B (Outils et méthodes nucléaires pour la lutte contre le cancer), le réseau RadioTransNet, le LabEx PRIMES, et la société Française de Biologie des Radiations (SFBR), s'associent pour organiser une école d’été de physique pour les biologistes qui aura lieu du 10 au 14 Juin 2024 à Aussois (Savoie, France). Le public visé est un public de jeunes chercheurs et chercheuses (en thèse ou jeunes docteurs) et de personnels techniques dans le domaine de la biologie, souhaitant acquérir ou compléter une formation de base de la physique utilisée dans le contexte de la radiothérapie

Programme et détails

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Science@FELs 2024 - June 17-21, 2024

Science@FELs 2024 - June 17-21, 2024 | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

We have the pleasure of inviting you to Synchrotron SOLEIL and Sorbonne University (Paris) to join the Science at FELs conference, June 17-19, 2024 and the Forum on Advanced FEL Techniques which will be held on, June 20-21, 2024.

Program and other details

Deadline for oral communication and poster: March 25th, 2024

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CNRS Le Journal - Notre-Dame en réalité virtuelle

CNRS Le Journal - Notre-Dame en réalité virtuelle | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

Après l'incendie qui a ravagé la cathédrale en 2019, les vestiges de Notre-Dame de Paris ont été entièrement numérisés par des chercheurs du CNRS, qui peuvent désormais s’immerger dans le double virtuel de l'édifice. Ce reportage, diffusé avec LeMonde.fr, vous transporte au cœur de ce modèle en taille réelle grâce auquel les scientifiques peuvent notamment étudier des matériaux détruits ou des parties inaccessibles du monument.

Lien vers la video

https://www.youtube.com/watch?v=WW6xqi8kpb8

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Infos Lab' février 2024

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ICP science - Polycyclic aromatic hydrocarbons in samples of Ryugu formed in the interstellar medium

ICP science - Polycyclic aromatic hydrocarbons in samples of Ryugu formed in the interstellar medium | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

Roland Thissen et l'ensemble du consortium de l'analyse d'échantillons de Ryugu ont publié en décembre 2O23 un article dans Science

"Polycyclic aromatic hydrocarbons in samples of Ryugu formed in the interstellar medium"

Lien vers la publication

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ICP science - Direct and rapid profiling of triacylglycerols in extra virgin olive oil using UHPLC-MS/MS

ICP science - Direct and rapid profiling of triacylglycerols in extra virgin olive oil using UHPLC-MS/MS | Infos Lab' mars 2024 | Scoop.it

Marine de Person, Sylvie Heron, Kaouther Ben Arfa, Alain Tchapla, Fathi Moussa et leur collaborateur ont publié récemment un article dans Food Control

"Direct and rapid profiling of triacylglycerols in extra virgin olive oil using UHPLC-MS/MS"

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