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Des technologies qui permettent de déterminer la succession des nucléotides, c’est-à-dire la séquence d’une molécule d’acide nucléique (ADN ou ARN) existent depuis les années 70. La méthode Sanger, la plus utilisée, a permis le séquençage de divers génomes dont celui de l’être humain, et a ainsi révolutionné la génomique et la biologie de manière générale. Toutefois, le séquençage du génome humain avec la technologie Sanger a été un immense effort qui a pris plus de dix ans et a coûté environ trois milliards de dollars [1]. Il est donc évident que cette méthode n’est pas adaptée au séquençage de grands génomes, et c’est pour cette raison que de nouvelles technologies ont été développées. Dans cet article nous discutons de ces méthodes dites « séquençage à haut débit » ou « de nouvelle génération » et qui ont révolutionné la génomique en permettant de séquencer un génome humain en quelques jours pour moins de 1000 dollars. Nous présenterons également les technologies de troisième génération, encore plus récentes, qui, depuis quelques années, constituent une nouvelle révolution.
Via Réseau Canopé
"La molécule d’ADN à séquencer est captée par une enzyme de déroulement qui extrude l’ADN simple brin à une vitesse réduite au travers du nanopore. Lors de son passage, l’ADN simple brin est ralenti par la constriction du nanopore. Cela permet la lecture des bases nucléotidiques par mesure de l’intensité du courant électrique traversant le nanopore à un instant donné." Vers un diagnostic itinérant et instantané des maladies virales Cirad, 09.01.2019 [Image] Illustration Crtédit : Kerstin Göpfrich
"Le colloque de Génomique Environnementale (GE) est une manifestation nationale permettant aux chercheurs français et internationaux travaillant sur l’écologie, l’évolution de la biodiversité ou le fonctionnement des écosystèmes d’échanger sur l’utilisation des nouvelles technologies de séquençages (NTS) et des développements récents en bio-informatique. Il s’agira de la troisième édition du colloque de Génomique Environnementale après Lyon (2011) et Rennes (2013) est organisé sous l'égide du GDR Génomique Environnementale."
[Image] Events | Labex Cemeb
http://www.labex-cemeb.org/3eme-colloque-de-genomique-environnementale
INRA. « i5k séquencer 5000 génomes d'insectes »
« Lancée en 2011, i5K est une initiative internationale qui vise à structurer une communauté de scientifiques (entomologistes, génomiciens, bioinformaticiens…) afin de séquencer 5000 génomes d’insectes d’intérêt. Les plus grands centres de recherches internationaux (USDA, BGI, NCBI, EBI, CSIRO, INRA…) ainsi que des universités participent à ce projet de grande ampleur. Le département Santé des Plantes et Environnement (SPE) collabore activement à cette initiative collective. Trois ans après son lancement, Denis Tagu, directeur de l’Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP) et membre du groupe de coordination d’i5K, revient au cours d’un entretien sur ce projet de séquençage de génomes d’insectes. »
Par Anne Debroise. La Recherche. « Adoubée par les organismes de santé internationaux au début des années 2000, l'artémisinine incarnait l'espoir de porter un coup fatal au paludisme. Cette molécule se montrait en effet très efficace contre le parasite responsable de la maladie, Plasmodium falciparum. En deux jours, elle l'éliminait du sang des malades. »
« Hélas, moins de cinq ans après les débuts de leur utilisation massive, les traitements à base d'artémisinine ont commencé à être moins performants en Asie, dans la région du grand Mékong. Signe de l'émergence d'une résistance chez Plasmodium falciparum. « Pour l'instant, on arrive encore à traiter les patients, indique Benoit Witkowski, de l'institut Pasteur de Phnom Penh, au Cambodge. La plupart des souches résistantes meurent en cinq jours au lieu de deux. Mais on craint que ce délai ne s'allonge au point que le traitement devienne totalement inefficace. »
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« Quant à repérer un gène associé à la résistance à l'artémisinine, cela s'était révélé impossible : les souches de Plasmodium circulant dans le bassin du Mékong présentent une telle variabilité génétique que les comparer entre elles ne donnait aucun résultat probant. »
« La souche toulousaine, elle, pouvait servir de référence ! Et effectivement, après séquençage et analyse du génome de toutes les souches résistantes, un point commun est mis en évidence. Il s'agit de mutations sur un gène du chromosome 13. Ce gène code une protéine, K13, à la structure chimique particulière (elle ressemble à une hélice à 6 pales). Sa fonction, en revanche, est toujours inconnue. »
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[Image] A molecular marker of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum malaria : Nature : Nature Publishing Group « Geographic distribution of K13-propeller alleles in Cambodia in 2011–2012. »
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Quel est le rôle des naturalistes dans la défense de la biodiversité ? Faut-il connaître la nature pour la protéger ? Quelles contraintes pèsent sur les ONG environnementalistes ? Pierre Rigaux, dans cet entretien, explique pourquoi il a quitté la Ligue de protection des oiseaux pour s’engager publiquement, notamment contre la chasse et les tirs de loups. Par Lorène Lavocat et Émilie Massemin pour Reporterre, 26.04.2019 (...) Quand on pense naturaliste, on imagine un explorateur découvrant de nouvelles espèces. Aujourd’hui, qu’est-ce que les naturalistes peuvent encore nous apprendre ? Dans certaines zones du globe, il reste plein de choses à découvrir. En Europe, la liste des espèces ne s’allonge plus trop, les seules nouvelles découvertes sont le fruit de la génétique. Par exemple, à la suite d’un séquençage du génome, on a « découvert » qu’il existait deux espèces de taupes différentes dans le Sud-Ouest… pourtant visuellement les mêmes ! Notre rôle n’est plus tant de découvrir que de préserver. Les naturalistes et les ONG font un énorme travail de recueil de données quantitatives, ce qui permet de voir les tendances. En recomptant les oiseaux, les mammifères, les insectes avec les mêmes protocoles année après année, on constate concrètement la baisse des animaux. Informer, alerter, c’est essentiel. (...) Crédit Photos : Mathieu Genon/Hans Lucas
La signature d’articles dans des revues scientifiques est un critère important pour l’évaluation des chercheurs. Mais comment s’y retrouver quand un article comporte des dizaines, des centaines, voire des milliers de signataires ? Le sociologue David Pontille nous livre son éclairage sur cette pratique très variable d’une discipline à l’autre. lejournal.cnrs.fr, 27.09.2016 "En mai 2015, deux articles parus dans des revues scientifiques de renom repoussaient le record de signatures dans leur domaine respectif. Le premier, consacré à un segment du génome de la mouche drosophile, était publié avec une liste de 1 014 noms. Les réactions ont été immédiates : quand certains spécialistes en génomique considéraient qu’autant de noms minaient le sens de la signature, d’autres s’interrogeaient sur la contribution réelle de chaque signataire. Le second article proposait l’estimation la plus précise du boson de Higgs établie jusqu’alors ; il comportait pas moins de… 5 154 signataires. Cette liste impressionnante, bien que cinq fois plus longue, n’a pourtant suscité aucune indignation particulière de la part des physiciens. Comment comprendre de telles différences ?" (...)
Le séquençage du génome d'un insecte vivant en Antarctique illustre l'évolution des extrêmophiles.
Par Agnès Vernet, Biofutur, 12.08.2014
" Alors que les insectes constituent la forme de vie la plus répandue sur la planète, ils ne sont représentés que par une seule espèce sur le continent Antarctique : le moucheron Belgica antarctica. Adapté à un milieu très froid, desséché, avec un fort taux de salinité et soumis à des vents violents ainsi qu’à des rayonnements ultraviolets intenses, ce diptère a été choisi pour devenir un modèle de génome eucaryote extrêmophile par un groupe de chercheurs issus de plusieurs universités américaines, dont la prestigieuse université californienne Stanford, et l’Institut des sciences de l’évolution de Montpellier (1). Au vu de ces conditions de vie hostiles, les populations de cet insecte sont de faible taille. La rencontre avec des congénères est donc un événement rare." (...)
[Image] Belgica antarctica mâle (à droite) et femelle (à gauche) (Richard E. Lee Jr)
Le camp de l’Inselberg, l’un des deux sites de la station de recherche internationale des Nouragues (Guyane Française) gérée par le CNRS, compte une dizaine de "carbets" ou cabanons. Ici,...
[Image] « Jérôme Chave, le directeur scientifique, expose à la secrétaire d’Etat chargée de la Recherche Geneviève Fioraso (de dos) - qui a visité le site lundi - l’enjeu de ses recherches. Au coeur de la jungle, ses équipes utilisent des technologies de pointe (séquençage ADN, capteurs connectés...). L’objectif : recenser toutes les espèces présentes avec un "code-barre" génétique, et mesurer l’impact du climat sur la biodiversité.»
Via Bourdoncle
L'Orient-Le Jour. « La trypanosomiase humaine africaine (THA) – ou la maladie du sommeil – représente depuis une longue date un fléau pour les populations africaines subsahariennes. Si elle n'est pas soignée, cette maladie parasitaire est souvent mortelle. Mais le traitement est complexe, son administration nécessitant un personnel médical jouissant de compétences bien particulières. Un personnel qui fait défaut dans les régions infectées. Le parasite vecteur de l'infection – Trypanosoma brucei gambiense en Afrique centrale et en Afrique de l'Ouest, et T. b. rhodiense en Afrique de l'Est – est transmis par la piqûre de la mouche tsé-tsé (Glossina morsitans morsitans). »
[Image] « Serap Aksoy, professeure d’épidémiologie à la Yale School of Public School, est coéditrice en chef de la revue en ligne "PloS Neglected Tropical Diseases". »
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![[Colloque] Le vivant à l’ère des nouvelles technologies de séquençage des génomes | EntomoScience | Scoop.it](https://img.scoop.it/BwM57Gj1XXcPVmHLLO9aZDl72eJkfbmt4t8yenImKBVvK0kTmF0xjctABnaLJIm9)
'séquençage' in EntomoScience | Scoop.it
https://www.scoop.it/topic/membracides/?&tag=s%C3%A9quen%C3%A7age
(10 scoops)