Des chercheurs explorent les milliards de micro-organismes qui peuplent notre intestin, révélant des informations clés sur la santé et le bien-être. À travers ce projet ambitieux, ils cherchent à cartographier le microbiote des Français et à mieux comprendre son rôle crucial dans notre organisme. Découvrez qui ils sont !
Depuis 2014, Clarivate Analytics, qui gère le Web of Science (une base de références de publications scientifiques), présente une liste de scientifiques sélectionnés pour la notoriété régulière de leurs publications de recherche au cours de la dernière décennie. Les articles de ces Highly cited researchers (scientifiques les plus cités au monde) figurent ainsi parmi les plus cités dans leur discipline, dans Web of Science. En 2024, l’Université Paris-Saclay compte 24 scientifiques identifiés, dont 19 dans le domaine des Sciences de la Vie.
Fabrice Barlesi : professeur de médecine à l’Université Paris-Saclay et directeur général de Gustave Roussy, il est spécialisé en cancer du poumon, en médecine de précision et en immunologie des cancers.
Franck Courchamp : écologue et directeur de recherche CNRS au laboratoire Écologie, systématique et évolution (ESE – Univ. Paris-Saclay, CNRS, AgroParisTech), Franck Courchamp est spécialiste de la dynamique des populations animales et de la biologie de la conservation. Il étudie notamment l’impact du changement climatique sur la biodiversité. Il fait partie des scientifiques les plus cités au monde dans la catégorie « Environnement et écologie ».
Stanislas Dehaene : Neuroscientifique spécialisé en psychologie cognitive, professeur au Collège de France, directeur de recherche au sein de l'Unité de recherche en Neuroimagerie Cognitive - UNICOG (Univ. Paris-Saclay/CEA), dont il est également responsable, Stanislas Dehaene fait partie des scientifiques les plus cités au monde dans la catégorie « Interdisciplinaire ».
Charles-Antoine Dutertre : Chercheur au sein de l’unité Immunologie des tumeurs et immunothérapie contre le cancer (ITIC – Univ. Paris-Saclay/Inserm/Gustave Roussy), Charles-Antoine Dutertre fait partie des scientifiques les plus cités au monde dans la catégorie « Interdisciplinaire ».
Stanislav Dusko Ehrlich : il a contribué à créer le centre MetaGenoPolis (MGP – Univ. Paris-Saclay, INRAE) en 2012 et est l’ancien responsable scientifique et technique de ce projet. Stanislav Dusko Ehrlich fait partie des scientifiques les plus cités au monde dans la catégorie « Interdisciplinaire ».
Karim Fizazi : oncologue médical spécialiste de la prise en charge du cancer de la prostate et professeur de cancérologie à l’Université Paris-Saclay, il a été chef du département de médecine oncologique de l’Institut Gustave Roussy et dirige actuellement le comité génito-urinaire de l'Institut. Il est également membre de l’équipe Résistance adaptative aux thérapies anti-cancéreuses au sein de l’unité Prédicteurs moléculaires et nouvelles cibles en oncologie (PMNCO – Univ. Paris-Saclay, Institut Gustave Roussy, Inserm). Karim Fizazi fait partie des scientifiques les plus cités au monde dans la catégorie « Médecine clinique »
Florent Ginhoux : directeur de laboratoire à l’Institut Gustave-Roussy, professeur adjoint invité ou associé dans de prestigieuses universités (Mount Sinai School of Medicine (MSSM) à New York, Institut d’immunologie de Shanghai, Institut d’immunologie translationnelle et Duke NUS à Singapour), et professeur associé à Gustave Roussy au sein de l’unité Immunologie des tumeurs et immunothérapie contre le cancer (ITIC – Univ. Paris-Saclay/Inserm/Gustave Roussy), Florent Ginhoux fait partie des scientifiques les plus cités au monde dans la catégorie « Immunologie ».
Marc Humbert : professeur de pneumologie à l’Université Paris-Saclay, il est chef du service de pneumologie et soins intensifs respiratoires de l’hôpital Bicêtre, où il est responsable du centre de référence de l’hypertension pulmonaire. Il dirige le laboratoire Hypertension pulmonaire : physiopathologie et innovation thérapeutique (HPPIT – Univ. Paris-Saclay, Inserm) et depuis 2023, il est le doyen de la Faculté de médecine de l’Université Paris-Saclay. Marc Humbert fait partie des scientifiques les plus cités au monde dans la catégorie « Médecine clinique ».
Caroline Robert : Cheffe du service de dermatologie à Gustave Roussy, professeure à l’Université Paris-Saclay et responsable de l’enseignement de la dermatologie au sein de la Faculté de médecine de l’Université Paris-Saclay, Caroline Robert dirige également l’équipe Résistance adaptative aux thérapies anti-cancéreuses au sein de l’unité Prédicteurs moléculaires et nouvelles cibles en oncologie (PMNCO – Univ. Paris-Saclay, Inserm, Institut Gustave Roussy). Elle fait partie des scientifiques les plus cités au monde dans la catégorie « Médecine clinique ».
Jean-Charles Soria : oncologue médical de renommée internationale, spécialiste de la médecine de précision, de l’immunothérapie et du cancer du poumon, et professeur de médecine et d’oncologie médicale à l’Université Paris-Saclay, Jean-Charles Soria a été directeur général de Gustave Roussy, premier centre de lutte contre le cancer en Europe, de janvier 2020 à fin juillet 2021. Il fait partie des scientifiques les plus cités au monde dans la catégorie « Médecine clinique ».
Le microbiote intestinal se construit progressivement après la naissance chez les animaux et les humains. On considère souvent que l’environnement, notamment maternel, et l’alimentation sont les principaux facteurs influençant la composition du microbiote chez les jeunes. L’importance de la génétique de l’hôte sur son microbiote est encore débattue car mal évaluée.
En collaboration avec l’unité GenPhySE de Toulouse, des scientifiques INRAE des unités de Génétique Animale et Biologie Intégrative – GABI (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, équipe Génétique Microbiote Santé et plateforme @BRIDGe) et MetaGenoPolis de Jouy-en-Josas publient une étude dans Microbiome, qui prouve expérimentalement, chez le porc, que la formation du microbiote intestinal est en partie héritable. Ils ont mis en évidence que des porcelets âgés de 60 jours se répartissent en deux groupes selon leur type de microbiotes appelé entérotype, et produit deux lignées de porcs, chacune sélectionnée pour un entérotype. Les résultats montrent que, sur trois générations et pour un total d’environ 1000 porcs, la fréquence de chaque entérotype augmente de génération en génération dans chaque lignée. Les porcs issus des deux lignées diffèrent par leur vitesse de croissance mesurée jusqu’à 70 jours d’âge. Une analyse complémentaire a révélé que les deux entérotypes n’ont pas la même diversité microbienne et contiennent des bactéries ayant un potentiel métabolique différent.
Les travaux se poursuivent pour étudier la stabilité des entérotypes au cours de la vie et leur influence sur la production, la santé et le comportement des porcs. Ils confirment l’intérêt de prendre en compte les liens entre génétique de l’hôte et microbiote intestinal, en élevage comme en médecine.
Légende Figure : Répartition des porcs selon deux entérotypes appelés PM ou RT (A) et réponse à la sélection sur trois générations (B).
Des chercheurs veulent recueillir 100 000 échantillons fécaux d’ici 2027, pour mieux connaître le petit monde de micro-organismes peuplant les intestins des Français, et ses interactions avec notre santé.
C’est une campagne de science participative d’un genre inusité, qui est lancée ce lundi par des équipes de recherche françaises : les membres du projet « French Gut » recrutent à grande échelle des donneurs de... selles. Leur objectif : mieux connaître le microbiote intestinal des Français, et la façon dont ces millions de micro-organismes avec qui nous cohabitons influencent notre santé et sont influencés par ses évolutions.
Initié et porté par Inrae et son unité MetaGenoPolis (MGP – Univ. Paris-Saclay, INRAE), et mené en collaboration avec l’AP-HP, le projet « French Gut » (intestin français) espère recueillir 100 000 échantillons fécaux d’ici 2027, après une phase pilote lancée en septembre 2022 qui visait à en recueillir 3000. L’analyse des échantillons venant de personnes « en bonne santé ou malade, de tout âge et de toute région de France » permettra d’« identifier des profils de microbiotes de personnes en bonne santé pour définir des normes avec des seuils, à l'image des analyses de sang », espère le professeur Joël Doré, directeur de recherche Inrae et coordinateur du projet, interrogé par l’AFP. « Il sera alors possible deprévenir des maladies chroniquessi le microbiote intestinal n'est pas dans la norme. » Le coût du projet est estimé à 32 millions d'euros sur 5 ans, et il est mené en partenariat avec des institutions publiques et des acteurs privés du domaine du microbiote.
L’homme microbien
En pratique, une première vague de recrutement de 7000 volontaires démarre ce lundi, et sera suivie de deux autres, au printemps et à l’automne prochain. Les candidats sont invités à s’inscrire sur le site lefrenchgut.fr pour remplir un questionnaire sur leurs habitudes de vie, leur alimentation et leur état de santé, puis ils recevront «un kit de collecte à la maison (un tube avec une mini cuillère) à renvoyer à l'AP-HP qui regarde la conformité et anonymise les dons de matière fécale», explique Joël Doré. Les échantillons seront ensuite envoyés à MetaGenoPolis pour y être congelés, et stockés.
«On a pris conscience que l'humain est microbien et que cela a une incidence pour les diagnostics, la prévention et la thérapie. Notre tube digestif recèle quelque 50.000 milliards de bactéries et encore plus de microbes, levures, champignons, virus», explique Joël Doré. «On sait par exemple que le microbiote est altéré dans les maladies chroniques comme l'obésité, le diabète, le cancer, les maladies inflammatoires de l'intestin, les maladies du foie, des maladies neurologiques et neurodégénératives comme Parkinson. Dans le cadre d'une étude menée avec l'institut de lutte contre le cancer Gustave Roussy, nous avons constaté que le microbiote peut prédire la réponse ou non d'un patient à un traitement d'immunothérapie contre certains cancers.»
L’intérêt de la science pour ce microbiote n’est pas récent : dès le 20e siècle, à l’Institut Pasteur, le bactériologiste et immunologiste russe Élie Metchnikov a émis l’idée qu'un déséquilibre entre les différentes populations bactériennes peuplant nos intestins pouvait entraîner des conséquences sur notre santé. Mais c’est le séquençage haut débit, développé depuis une quinzaine d’années, qui a permis à la science du microbiote de faire des pas de géant en offrant de caractériser les gènes de ces micro-organismes comme on le fait pour le génome humain.
Les microbes intestinaux sont étroitement liés à la santé de leur hôte : de multiples liens entre le microbiote intestinal et certaines pathologies (maladies inflammatoires ou obésité par exemple) ont été identifiés. Les principaux nutriments des microbes intestinaux sont les fibres alimentaires ou les mucines sécrétées par les cellules épithéliales.
Dans une étude publiée dans Microbiome, des chercheurs des laboratoires MaIAGE, MetaGenoPolis, et Micalis (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas), Biogeco (INRAE Bordeaux), MIAT (INRAE Toulouse) et des équipes Inria-Inrae Pléiade et Musca ont mis en œuvre une méthode d'analyse de données métagénomiques shotgun basée sur une modélisation simplifiée du métabolisme microbien couplée à de l'apprentissage statistique. Ils ont pu identifier 4 profils fonctionnels universels impliqués dans la dégradation des fibres sur un grand jeu de données d'apprentissage, et les valider sur un autre jeu de 2500 échantillons.
L'équilibre entre les profils 1 et 2 est caractéristique du microbiote d'individus sains. Cet équilibre est rompu chez des individus obèses, alors qu'il est favorisé par un régime riche en fibre. Chez des malades souffrant de maladie inflammatoire chronique de l'intestin, le profil 3 prend le pas sur le profil 2, ce qui traduit des changements dans le fonctionnement du microbiote. Le profil 4 est impliqué dans des fonctions plus rares, comme la méthanogénèse.
Ces 4 profils permettent de mieux interpréter les changements du fonctionnement du microbiote intestinal, tout en identifiant les fonctions principalement impactées. La restauration de ces fonctions pourrait fournir des pistes pour la conception de nouveaux pré- ou probiotiques.
De nombreuses études reportent la détection importante de microorganismes oraux dans les échantillons de selles d’individus dysbiotiques, pouvant être la cause ou la conséquence de maladies telles que la cirrhose hépatique ou le cancer colorectal. Du fait de la difficulté d’étudier in vivo les mécanismes d’invasion du microbiote oral sur le microbiote intestinal, il est nécessaire de développer des alternatives performantes. Parmi ces alternatives, les fermenteurs sont de plus en plus utilisés car ils permettent de reproduire les conditions physiologiques de l’hôte (pH, acides biliaires, …), tout en évitant l’utilisation de modèles animaux pour une approche plus éthique de la recherche.
Dans un travail publié dans Microbiology Spectrum, Dr. Mathieu Almeida de MetaGenoPolis (INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas) et Pr. Stéphanie Blanquet-Diot (unité MEDIS, Université Clermont Auvergne et INRAE, Clermont-Ferrand) ont codirigé une étude pilote sur un nouveau modèle in vitro d’invasion du microbiote oral sur le microbiote intestinal. Ce modèle repose sur (i) l’inoculation d’échantillons fécaux provenant de donneurs sains dans des fermenteurs M-ARCOL (Mucosal ARtificial COLon), (ii) l’ajout de salive enrichie dans le M-ARCOL provenant des mêmes donneurs, (iii) l’utilisation de la métagénomique shotgun afin de finement caractériser les différents microbiotes fécaux et salivaires.
Cette étude a révélé l’importance du compartiment mucosal en modèles in vitro, qui retient une plus forte richesse microbienne au cours de la fermentation et suggère une préférence des microorganismes oraux invasifs pour la ressource mucosale. A terme, ce nouveau modèle permettra une meilleure compréhension des interactions microbe-microbe et microbe-mucus et mieux caractériser le potentiel d’invasion de survie des microorganismes oraux dans le microbiote intestinal.
Légende Figure : Pipeline expérimental pour le modèle in vitro d’invasion orale. Les échantillons fécaux frais de donneurs sains sont utilisés pour inoculer deux fermenteurs M-ARCOL. Chaque fermentation est réalisée sur 11 jours, comportant une phase de stabilisation. Au jour 8, l’invasion orale est simulée par l’injection de salive (préalablement enrichie pendant 9 heures) deux fois par jour pendant 2 jours. Un échantillonnage du compartiment luminal est effectué tous les jours (mucosal tous les 2 jours) puis le microbiote associé analysé par métagénomique shotgun.
L’ensemble des médias revient sur le lancement, jeudi 15 septembre 2022, du projet French Gut, porté par l’Inrae avec les hôpitaux de Paris (AP-HP) et l’Inserm, qui vise à scruter les selles de 100 000 volontaires pour mieux connaître le microbiote intestinal. « Pour le moment, nous disposons d’échantillons récoltés uniquement chez des personnes malades. Nous avons beaucoup à apprendre en caractérisant les microbiotes des personnes en bonne santé », a expliqué Joël Doré, directeur de recherche spécialiste du microbiote intestinal à l’Inrae, chercheur en écologie microbienne intestinale à l’institut Micalis (Inrae/AgroParisTech/UPSaclay) et directeur scientifique du centre d’excellence en analyse du microbiome MetaGenoPolis, lors du lancement du projet. L’objectif est de comprendre l’hétérogénéité des microbiotes intestinaux français, les facteurs qui les impactent comme l’âge ou l’alimentation, ou encore comment les microbiotes dévient dans les maladies chroniques. Ce projet durera cinq ans.
De nombreuses études se sont intéressées au rôle du microbiote intestinal dans les maladies cardiovasculaires sans prendre en compte de manière rigoureuse les nombreux facteurs confondants de ces maladies, par exemple les comorbidités et la prise de médicaments à long terme. C’est pourquoi un élan de recherche Européen s’est créé avec la France, l’Angleterre, l’Allemagne, le Danemark et la Suède pour former le consortium Metacardis dont l’objectif est d’investiguer l'impact des modifications du microbiote intestinal dans le développement des maladies cardiovasculaires en prenant compte de l’effet des comorbidités et traitements associés.
Dans un article publié dans Nature Medicine, Sébastien Fromentin (MetaGenoPolis, INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Paris) et co-auteurs ont pu mettre en évidence dans une grande étude de 1250 sujets de la cohorte Metacardis une modification importante du microbiote intestinal et des métabolites lors de la phase de progression vers la cardiopathie ischémique en prenant en compte les traitements médicamenteux et le statut métabolique :
- une diminution de la diversité bactérienne,
- une modification d'espèces bactériennes et de la production d'acides gras à chaîne courte (AGCC),
- une diminution de métabolites protecteurs chez les patients, tel que l’alpha-tocophérol,
- une augmentation de métabolites dérivés du tryptophane et de la phénylalanine.
Les auteurs ont également pu montrer d’une part que l’apparition de la maladie s’accompagne de perturbations telles qu’un enrichissement des intermédiaires de la triméthylamine (TMA) ainsi que du 4-cresol ; et d’autre part que l’aggravation de la maladie, d’un syndrome aigu vers un syndrome chronique jusqu’à une insuffisance cardiaque, s’accompagne de nombreuses altérations métaboliques comme le métabolisme de la phénylalanine et de la tyrosine mais aussi d’une augmentation du potentiel microbien de production des acides aminés à chaîne ramifiée (BCAA).
Nous vous rappelons que la série de conférences « Printemps du Microbiote intestinal » débutera à partir du lundi 14 mars 2022. Il s’agit d’une série de conférences qui auront lieu tous les lundis du 14 mars au 11 avril 2022 de 18h00 à 19h30 via zoom.
Cet évènement est à destination des professionnels de santé et des scientifiques. Dans ces conférences seront abordés des grandes généralités et nouvelles données scientifiques autour du microbiote intestinal.
Les conférences, avec plusieurs intervenants de MICALIS et MetaGenoPolis, se dérouleront via Zoom tous les lundis du 14 mars au 11 avril 2022, de 18h à 19h30.
La rectocolite hémorragique est une maladie inflammatoire chronique très handicapante qui peut conduire au développement d’un cancer du côlon. Ses causes sont mal connues et les traitements existants donnent des résultats variables pour une maladie qui reste aujourd’hui incurable. Une équipe de l'Institut Micalis (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) et de Metagenopolis (INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas) a analysé les données de 353 patients, montrant l’existence de quatre états différents du microbiote intestinal et quatre niveaux d’inflammation. En construisant un modèle à partir de ces données, les scientifiques prédisent qu’agir à la fois sur l’inflammation (traitement anti-inflammatoire) et sur l’état du microbiote (greffe de microbiote par exemple) augmenterait significativement les chances de rémission du patient. Ces résultats, publiés le 8 septembre dans la revue Gastroenterology, ouvrent de nouvelles perspectives pour le développement de stratégies de bithérapies personnalisées, combinant les deux types de traitement.
Lire la suite du communiqué de presse de l'INRAE ICI.
Avec les premiers essais de phase III réussis pour le traitement des infections à Clostridioides difficile, on peut raisonnablement s'attendre à ce que le nombre d'indications de microbiothérapie (transplantation de microbiote fécal) augmente considérablement, nécessitant en même temps des procédés standardisés pour utiliser des greffes stabilisées.
Dans un article paru dans Scientific Reports, des chercheuses et chercheurs de MetaGenoPolis et Micalis (INRAE, UPSaclay, Jouy-en-Josas), proposent une évaluation comparative de la performance de deux nouveaux cryoprotecteurs (produit qui protège les cellules vivantes contre les très basses températures) pour greffes fécales humaines congelées chez des souris sans germes.
Le séquençage métagénomique shotgun à haute résolution été utilisé pour évaluer l'effet de ces nouveaux cryoprotecteurs et de la durée de stockage sur la cinétique et l'efficacité de la greffe. Les principaux résultats mettent en évidence que ces cryoprotecteurs permettent d'obtenir les profils taxonomiques les plus proches de la référence. Ils favorisent notamment la survie et l’implantation d’espèces bactériennes importantes pour la santé, ainsi que la non-prolifération d’espèces indésirables. Les résultats attirent également l’attention sur la nécessité de poursuivre les efforts visant à améliorer encore la survie d’espèces très sensibles appartenant aux familles Lachnospiraceae et Ruminoccocaceae, dont la survie intégrale est à rechercher pour assurer le plein succès d’une greffe fécale.
Depuis décembre 2019, le virus SARS-CoV-2, responsable de l’infection COVID-19, génère une pandémie sans précédent et a mis notre planète à l’arrêt. Les réactions qu’il provoque chez les individus sont différentes. Certaines personnes ne se rendront pas compte qu’elles ont été ou qu’elles sont infectées, certaines présenteront des symptômes légers, alors que d’autres seront victimes de complications sévères d’infections allant du syndrome respiratoire aigu sévère au dysfonctionnement d’organes multiples conduisant à la mort. La plupart des individus souffrant de cas sévères d’infections présenteraient des comorbidités dont l’âge et certaines maladies chroniques. Néanmoins, il a aussi été observé la survenue de formes graves chez des individus plus jeunes sans facteur de risque.
Le microbiote intestinal jouerait-il un rôle dans cette infection et la réaction immunitaire ? Pourrait-il, par exemple, être à l’origine de la différence de sévérité d’infections entre individus et les formes sévères chez des individus jeunes sans comorbidités ? Ou encore, serait-il possible de prédire les formes sévères de COVID-19 à partir du microbiote intestinal ?
Joël Doré, directeur de recherche à l’Institut Micalis (Microbiologie de l'Alimentation au Service de la Santé) et directeur scientifique de la plateforme MetaGenoPolis au centre Île-de-France – Jouy-en-Josas de l’INRAE, et Harry Sokol, Professeur hépato-gastro-entérologue à l’hôpital Saint Antoine de Paris nous partagent le fruit de leurs réflexions dans une courte synthèse sur le microbiote intestinal et son implication potentielle dans cette crise sanitaire liée au COVID-19.
S’il est en effet impossible de conclure à ce jour sur le rôle exact du microbiote intestinal dans le processus d’infection, une hypothèse serait qu’il pourrait être impliqué dans la différence de sévérité de l’infection COVID-19 entre individus et les formes sévères chez des individus jeunes sans comorbidités, notamment par la relation qu’il entretient avec son hôte en influençant l’homéostasie immunitaire. Le système immunitaire est en effet relié au microbiote intestinal. Lorsque celui-ci est équilibré, l’homéostasie immunitaire est favorisée. Dans le cas de l'obésité, hypertension et du diabète, qui sont des facteurs de risque reconnus pour les infections sévères COVID-19, cette relation symbiotique hôte-microbiote est altérée, engendrant une perte de la diversité bactérienne, une réduction de la perméabilité de la barrière intestinale, une augmentation de bactéries pathogènes et un état inflammatoire. Aussi, il est bien possible que certaines bactéries du microbiote intestinal jouent un rôle sur la susceptibilité à l'infection COVID-19, même si pour l'instant, aucune donnée solide n’existe pour incriminer une bactérie en particulier. Plusieurs initiatives nationales ont déjà vu le jour pour mieux comprendre l’implication du microbiote intestinal dans l’infection COVID-19. Elles devraient permettre prochainement d’apporter des éléments de réponses à ces questions. En savoir plus ?
MetaGenoPolis (MGP) est un centre INRAE expert en recherche sur le microbiome intestinal appliquée à la santé et à la nutrition de l’homme et de l’animal. En collaboration avec les industries, les universités et les cliniques, MGP conçoit et met en œuvre des projets adaptés aux besoins de ses partenaires. Certifiés ISO 9001, les protocoles et procédures mis en œuvre sont constamment maintenus à la pointe de la technologie. MGP propose de la métagénomique quantitative et fonctionnelle pour explorer le lien entre le microbiome, nutrition et santé. MGP offre des services d’analyse du microbiome de bout en bout, y compris des recommandations personnalisées sur la collecte d’échantillons, la mise en banque d’échantillons, l’extraction d’ADN, la métagénomique quantitative et fonctionnelle, les grandes installations de stockage de données et de calcul, la bioinformatique, l’analyse statistique et l’interprétation des données. Une des ambitions de MGP est de constituer via un projet de science citoyenne une base de données publique regroupant les microbiomes de 100 000 individus français dont un des objectifs sera de mieux comprendre l’hétérogénéité des microbiomes intestinaux de français sains.
@EcolePratiqueduMicrobiote Hier nous avons vu l'intérêt des Vitamines, des prébiotiques, des post biotiques et de bien d'autres choses . J'essaye de comprendre pourquoi tant de millions d'Euros dépensés , des années perdues dans cette recherche, vers quoi court on ? Pour moi c'est une utopie, Tous ces chercheurs avec une obsession en tête : trouver le Graal !! Les circonstances atténuantes que je leur donne c'est qu'ils sont manipulés par un lobbying intense ( que je vous laisse découvrir) et l'etre humain est faible . Mais quand meme tant de diabétiques , d'obèses, et bien d'autres maladies que l'on aurait pu prendre en charge, tant de morts que l'on aurait pu sauver ou au moins augmenter leur espérance de vie !! Pourtant l'EFSA avait donné ses recommandations confirmées par l'ISAPP et cela en 2016 .
REPORTAGE - Cette unité de recherche de l’INRAE veut récolter 100.000 échantillons de selles venant de toute la France pour faire progresser les connaissances sur le microbiote intestinal. Un appel aux dons est lancé.
« Pour une fois, c’est un don qui ne coûte absolument rien », sourit Vincent en remplissant sur internet le questionnaire « French Gut », sur sa santé et ses habitudes de vie. Dans quelques jours, le trentenaire recevra à son domicile un kit de collecte qui lui permettra de participer à ce projet scientifique inédit (French Gut). L’objectif ? Recueillir et analyser, d’ici 2028, 100.000 échantillons d’excréments provenant d’adultes résidant en France métropolitaine. Une initiative qui s’inscrit dans un programme plus large, visant à réunir 1 million d’échantillons à travers le monde, en collaboration avec d’autres laboratoires. «Pour le moment, nous en avons reçu 16.800 en deux ans. L’idée est de faire une cartographie du microbiote intestinal de la population française», explique Anne-Sophie Alvarez, docteure en biologie et chargée de communication du projet, en nous ouvrant les portes de MetaGenoPolis (INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas) en ce matin ensoleillé de décembre.
Guillaume Gautreau est un jeune chercheur en microbiologie computationnelle, spécialisé dans l’analyse à grande échelle des (méta)génomes microbiens à travers des graphes de pangénome. Son parcours académique débute par un DUT spécialisé en génie logiciel, suivi d’une Licence en biologie moléculaire et d’un Master en bioinformatique. Cette formation bi-disciplinaire lui a permis de combiner des compétences techniques et des connaissances fondamentales en biologie. Des bases essentielles pour ses futures recherches !
Logiciels, génomes et alinéas, il casse les codes !
Guillaume fait ses premières armes en analyse cytométrique de haute dimension avec la méthode SPADEVizR qu’il a développée au sein de l'infrastructure IDMIT (CEA/UPSaclay, Fontenay-aux-Roses). Par la suite, il a entrepris un doctorat au LABGeM/Genoscope (CEA, Evry) introduisant des graphes de pangénome partitionnés pour représenter la biodiversité génomique des procaryotes. Cette recherche a abouti à la création de PPanGGOLiN, un outil internationalement reconnu et récompensé en 2023 par le prix Science Ouverte du Ministère de la Recherche (catégorie espoir en sciences et techniques).
Pendant la pandémie, Guillaume a mobilisé en urgence ses compétences pour contribuer au projet international COVIDiSTRESS, visant à évaluer les impacts psychologiques de la crise sanitaire. En 2020, il a intégré l'unité MetaGenoPolis (INRAE) en tant que chercheur post-doctorant pour explorer les liens entre le microbiome et la spondylarthrite ankylosante avec l’équipe du Pr. Breban (UVSQ) à travers les projets MIRIAD (Fondation Arthritis) et MicroSPA (ANR). En parallèle de ces projets, il coordonne des recherches méthodologiques, notamment sur la détection automatique des contaminations métagénomiques (méthode CroCoDeEL), crucial pour les projets de grande envergure comme "Le French Gut". Enfin, il participe à la plateforme ABRomics, visant à surveiller la résistance aux antibiotiques, et enseigne pour l'école EBAii de l'Institut Français de Bioinformatique.
Passionné depuis longtemps par le droit, Guillaume a obtenu sa Capacité et une Maîtrise en droit de la santé en suivant des études à distance (Universités Paris 1 et Paris 8). Depuis 2023, il associe ces connaissances à ses travaux scientifiques sur la délicate question de l'équilibre entre la protection des données personnelles et les objectifs de science ouverte, notamment dans le contexte de la recherche sur les microbiotes humains (projet Cloud4SAMS du PEPR SAMS).
Admis au concours des CR INRAE 2023, il a rejoint l’unité MaIAGE (INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas), où il imagine de nouvelles méthodologies en pangénomique, notamment basées sur l'IA. Il coordonne aussi des projets novateurs, tels que FermenTwin, portant sur le pilotage de la fermentation d’aliments à travers des jumeaux numériques, ou TEPOM, explorant l’épigénétique des microbiomes.
"All rising to great place is by a winding stair" - Francis Bacon (De la sagesse des anciens)
Séminaire vidéo "Le transfert de microbiote fécal comme innovation thérapeutique" par Joël Doré, directeur de recherche spécialiste du microbiote intestinal à l’Inrae, chercheur en écologie microbienne intestinale à l’institut Micalis (Inrae/AgroParisTech/UPSaclay) et directeur scientifique du centre d’excellence en analyse du microbiome MetaGenoPolis.
Depuis 2014, Clarivate Analytics, qui gère le Web of Science (une base de références de publications scientifiques), présente une liste de scientifiques sélectionnés pour la notoriété régulière de leurs publications de recherche au cours de la dernière décennie. Les articles de ces Highly cited researchers (scientifiques les plus cités au monde) figurent ainsi parmi les plus cités dans leur discipline, dans Web of Science. En 2023, l’Université Paris-Saclay figure dans le Top 50 des établissements comprenant le plus grand nombre de chercheuses et chercheurs les plus cités au monde, avec 26 scientifiques identifiés, dont 21 dans le domaine des Sciences de la Vie.
Fabrice Barlesi : professeur de médecine à l’Université Paris-Saclay et directeur général de Gustave Roussy, il est spécialisé en cancer du poumon, en médecine de précision et en immunologie des cancers.
Patrick Couvreur : professeur émérite à l’Institut Galien Paris-Saclay (IGPS – Univ. Paris-Saclay, CNRS), il est un pionnier du nanomédicament, une approche qui permet aux molécules thérapeutiques de cibler directement les tissus et les cellules de patientes et patients atteints de maladies graves (cancers, maladies du système nerveux).
Karim Fizazi : oncologue médical spécialiste de la prise en charge du cancer de la prostate et professeur de cancérologie à l’Université Paris-Saclay, il a été chef du département de médecine oncologique de l’Institut Gustave Roussy et dirige actuellement le comité génito-urinaire de l'Institut. Il est également membre de l’équipe Résistance adaptative aux thérapies anti-cancéreuses au sein de l’unité Prédicteurs moléculaires et nouvelles cibles en oncologie (PMNCO – Univ. Paris-Saclay, Institut Gustave Roussy, Inserm).
Jean-Charles Soria : oncologue médical et professeur de médecine et d’oncologie médicale à l’Université Paris-Saclay, il a été directeur général de Gustave Roussy, premier centre de lutte contre le cancer en Europe, de janvier 2020 à fin juillet 2021.
Adriana Karembeu et Michel Cymes partent à la découverte des pouvoirs extraordinaires du microbiote. Parmi les invités Harry Sokol et Joël Doré, directeur de recherche spécialiste du microbiote intestinal à l’Inrae, chercheur en écologie microbienne intestinale à l’institut Micalis (Inrae/AgroParisTech/UPSaclay) et directeur scientifique du centre d’excellence en analyse du microbiome MetaGenoPolis.
La caractérisation des communautés microbiennes a été révolutionnée par l’avènement des méthodes de métagénomique, via le séquençage à haut débit d’ADN directement extraits à partir des échantillons microbiens complexes et le développement de méthodes bioinformatiques & biostatistiques. Pour valider et évaluer la performance de ces méthodes (séquençage, pipeline bioinformatique, outils biostatistiques), des échantillons de composition connue et parfois complexes sont nécessaires. Jusqu’à présent, des échantillons de compositions connues mais peu complexes étaient disponibles.
Dans une étude publiée dans Scientific Data, Mathieu Almeida et l’équipe de MetaGenoPolis (INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas) en collaboration avec Mircea Podar (Oak Ridge National Laboratory, USA) ont proposé de créer des communautés synthétiques microbiennes de composition connue et complexes en prenant en compte les problématiques typiques des écosystèmes microbiens complexes naturels : (i) une forte diversité microbienne, avec des représentants de 29 espèces microbiennes chez les bactéries et les archées, (ii) différents niveaux de complexité des communautés synthétiques (entre 64 et 87 espèces), et (iii) incluant des espèces phylogénétiquement proches.
Dans un contexte d’évaluation des performances des technologies de séquençage à haut débit pour l’analyse communautés microbiennes naturelles, les auteurs ont également catalogué une grande diversité de technologies de séquençage, incluant des plateformes de deuxième (séquences ADN courtes, inferieur à 300 nucléotides) et troisième génération (séquences ADN longues, supérieur à 1000 nucléotides). Les résultats montrent que les séquenceurs de troisième génération présentent des avantages prometteurs pour la caractérisation des communautés microbiennes naturelles complexes mais que des améliorations en terme de qualité d’ADN et des étapes préparatoires de l’ADN avant le séquençage sont requises.
Cette étude met à disposition les données de séquençage, les codes analytiques et la description des caractéristiques des échantillons comme une ressource pour l’amélioration des outils bioinformatiques.
Légende Figure : Les communautés synthétiques mock de cette étude sont constituées d’une grande richesse en espèces microbiennes, incluant 29 phyla dans les bactéries et archées. Après culture et extraction de l’ADN de chaque microorganisme, trois communautés synthétiques ont été construites. Ces mocks de composition connue ont été séquencés via une large gamme de technologies de séquençage à haut débit : 5 technologies produisant des séquences courtes et 2 technologies produisant des séquences longues.
Les 66 millions de Français sont tous différents, leur microbiote intestinal aussi. Ces millions de microorganismes avec qui nous vivons dévoilent un monde fascinant, mais encore mystérieux. Les recherches récentes à ce sujet montrent pourtant à quel point le microbiote influe sur la bonne santé d’un individu. L’objectif du projet Le French Gut : un appel à la contribution nationale pour cartographier et comprendre les microbiotes intestinaux français. Ce projet inédit de sciences participatives, porté par MetaGenoPolis/INRAE et l’AP-HP, s’inscrit dans une dynamique mondiale et ouvre des perspectives prometteuses pour le développement d’approches innovantes en santé.
Lire la suite du Dossier de Presse de l'INRAE ICI.
La santé de notre microbiote passe notamment par notre alimentation, en partie grâce aux fibres. Mais serait-il possible de moduler la composition du microbiote pour améliorer sa santé ? Des scientifiques d’INRAE (Metagenopolis et Institut Micalis, INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) et du Centre de Recherche en Nutrition Humaine (CRNH) Rhône-Alpes, en collaboration avec Bridor, ont développé un pain spécial, enrichi en différentes fibres, et ont étudié son effet sur le microbiote de patients en ayant consommé pendant huit semaines. Les résultats permettent de conclure à une amélioration des taux de cholestérol et de la sensibilité à l'insuline, avec en parallèle une modulation de la composition du microbiote. Un outil nutritionnel simple et abordable, dont les résultats sont parus dans Gut Microbes.
Lire la suite du Communiqué de Presse de l'INRAE ICI.
Cet évènement est à destination des professionnels de santé et des scientifiques. Dans ces conférences seront abordés des grandes généralités et nouvelles données scientifiques autour du microbiote intestinal.
Les conférences, avec plusieurs intervenants de MICALIS et MetaGenoPolis, se dérouleront via Zoom tous les lundis du 14 mars au 11 avril 2022, de 18h à 19h30.
L’écrivain Milan Kundera, dans son roman best-seller L’insoutenable légèreté de l’être, nous dit : " Il suffit d’aimer à la folie et d’entendre gargouiller ses intestins pour que l’unité de l’âme et du corps, illusion lyrique de l’ère scientifique, se dissipe aussitôt." Nous sommes ce que nos microbes intestinaux font avec ce que nous mangeons. Ces 100 000 milliards de microbes qui peuplent nos intestins jouent en effet un rôle important lors de la digestion ainsi que pour le système immunitaire. Au point que l’on dit souvent que l’intestin est notre deuxième cerveau.
Quel est le rôle de l’intestin ? Quels liens y a-t-il entre les maladies et le microbiote intestinal ? Qu’est-ce que le microbiote ? Comment rester en bonne santé ? L’intestin a un pouvoir ! Quel est ce pouvoir ?
Joël Doré est un « aventurier du microbiote », il est souvent appelé le "porte parole des microbes intestinaux". Chercheur en écologie microbienne intestinale à l'Institut Micalis (au sein de l’Université Paris-Saclay, Inrae, AgroParisTech), il est également directeur scientifique du centre d’excellence en analyse du microbiome MetaGenoPolis. Joël Doré a contribué à découvrir les liens entre le microbiote intestinal – l’ensemble des micro-organismes vivant dans le tube digestif - et les maladies chroniques, neurodégénératives ou neuropsychiatriques. Des découvertes qui sont valorisées dans des applications diagnostiques et thérapeutiques, à travers des start-ups notamment.
Dans cet épisode, Joël Doré nous parle du fabuleux pouvoir de l’intestin, de la bienveillance des microbes, du lien entre l’intestin et le cerveau, et des moyens pour faire du microbiote intestinal le meilleur ami de notre santé et de notre vitalité au quotidien. Mais également de ce que cela signifie pour lui qu’être le héros de sa propre vie ! Et bien plus encore...
Vous souhaitez prendre une dose d’inspiration et de conseils concrets et apprendre quels sont les comportements qui permettent de faire de l'intestin votre meilleur ami ? Ne ratez pas cette conversation inspirante avec Joël Doré ! C’est ici ! Mettez le son !
Le syndrome de l'intestin irritable (SII) est le trouble gastro-intestinal le plus courant et est associé à une réduction importante de la qualité de vie liée à la santé. Le microbiote intestinal est associé à la gravité des symptômes du SII, mais on ignore encore comment la combinaison du régime alimentaire et du microbiote intestinal affecte les symptômes du SII (J. Tap et al.,Gastroenterology 2017).
Une nouvelle approche méthodologique combinant les données d'un journal alimentaire de 4 jours avec celles du microbiote intestinal obtenues par séquençage métagénomique pour des individus atteints de ce syndrome et des contrôles (individus sains) vient d’être publiée (J. Tap et al., Microbiome 2021). Cette étude est le fruit d’une collaboration entre Danone Nutricia Research (Palaiseau), l'Université de Göteborg (Suède) et la plateforme MetaGenoPolis (INRAE, Jouy-en-Josas).
Retour sur cette étude… Les individus souffrant d'un SII sévère se caractérisent par une consommation plus importante d'aliments de moindre qualité au cours de leurs principaux repas (mesurée par un indice utilisé pour le calcul du Nutri-Score). Les niveaux de gaz exhalés (dihydrogène et méthane) et la gravité des symptômes peuvent être prédits à partir des données métagénomiques et alimentaires. Cette étude rapporte également que la sévérité du SII est associée à une altération dans la composition des hydrogénases du microbiote intestinal en corrélation avec les enzymes du microbiote impliquées dans le métabolisme des glucides associés à une alimentation carnée. Enfin, cette étude fournit une résolution sans précédent des interactions régime alimentaire-microbiote-symptôme et oriente en définitive vers de nouvelles études interventionnelles visant à identifier des recommandations nutritionnelles basées sur le microbiote intestinal pour la gestion des symptômes gastro-intestinaux.
Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI
Lire à nouveau les précédents FOCUS PLATEFORME de MetaGenoPolis ? Celui de mai 2020 et celui de septembre 2020 !
MetaGenoPolis (MGP) est un centre INRAE expert en recherche sur le microbiome intestinal appliquée à la santé et à la nutrition de l’homme et de l’animal. En collaboration avec les industries, les universités et les cliniques, MGP conçoit et met en œuvre des projets adaptés aux besoins de ses partenaires. Certifiés ISO 9001, les protocoles et procédures mis en œuvre sont constamment maintenus à la pointe de la technologie. MGP propose de la métagénomique quantitative et fonctionnelle pour explorer le lien entre le microbiome, nutrition et santé. MGP offre des services d’analyse du microbiome de bout en bout, y compris des recommandations personnalisées sur la collecte d’échantillons, la mise en banque d’échantillons, l’extraction d’ADN, la métagénomique quantitative et fonctionnelle, les grandes installations de stockage de données et de calcul, la bioinformatique, l’analyse statistique et l’interprétation des données. Une des ambitions de MGP est de constituer via un projet de science citoyenne une base de données publique regroupant les microbiomes de 100 000 individus français dont un des objectifs sera de mieux comprendre l’hétérogénéité des microbiomes intestinaux de français sains.
A propos de Danone Nutricia Research. Entreprise multi-locale parmi les leaders de l’alimentation, Danone se développe sur des catégories tournées vers la santé et en forte croissance à travers ses 3 métiers : les Produits laitiers et d’origine végétale, les Eaux et la Nutrition spécialisée. Avec un cadre d’action unique, ‘One Planet. One Health’, qui affirme que la santé des personnes et de la planète sont intimement liées, Danone vise à inspirer des pratiques alimentaires plus saines et plus durables. Pour accélérer cette révolution de l’alimentation et créer de la valeur durable et rentable sur le long terme pour toutes ses parties prenantes, Danone a défini neuf Objectifs pour 2030 et est devenue la première société cotée à adopter le statut d'Entreprise à Mission en France. La R&I est au cœur de la mission du Groupe : « Apporter la santé par l’alimentation au plus grand nombre ». Danone Nutricia Research associe la recherche & l’innovation de Danone, avec 1800 chercheurs et développeurs, répartis dans 7 centres de recherche et dans 55 filiales locales. Grâce à son savoir scientifique et technologique et à sa compréhension des consommateurs, Danone Nutricia Research fournit des produits alimentaires bons et sains.
Joël Doré est chercheur en écologie microbienne intestinale à l’institut Micalis (Université Paris-Saclay, Inrae, AgroParisTech) et directeur scientifique du centre d’excellence en analyse du microbiome MetaGenoPolis. Leader mondial du microbiote humain et spécialiste en métagénomique, il a découvert les liens entre le microbiote intestinal – l’ensemble des micro-organismes vivant dans le tube digestif - et les maladies chroniques, neurodégénératives ou neuropsychiatriques. Des découvertes que le chercheur valorise dans des applications diagnostiques et thérapeutiques, co-fondant plusieurs start-up, dont les toutes récentes Gut Microbiome Testing et Novobiome.
Cela fait 35 ans que Joël Doré travaille sur le microbiote. Le chercheur, qui fait aujourd’hui partie des scientifiques les plus cités au monde (HiCiSci), a démarré ses recherches sur celui de l’animal. Diplômé d’Agro Rennes, il entre à l’Inra en 1983 à Clermont-Ferrand, puis effectue une thèse aux USA, qu’il soutient en 1989. Son passage au microbiote humain correspond à son arrivée au début des années 90 dans une des plus importantes unités de l’Inra (désormais Inrae) : MICALIS, à Jouy-en-Josas (91). Joël Doré en est le directeur-adjoint de 2010 à 2014.
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