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Une étude transversale à grande échelle pour mieux comprendre le lien entre microbiote intestinal et les maladies cardiovasculaires

Une étude transversale à grande échelle pour mieux comprendre le lien entre microbiote intestinal et les maladies cardiovasculaires | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

De nombreuses études se sont intéressées au rôle du microbiote intestinal dans les maladies cardiovasculaires sans prendre en compte de manière rigoureuse les nombreux facteurs confondants de ces maladies, par exemple les comorbidités et la prise de médicaments à long terme. C’est pourquoi un élan de recherche Européen s’est créé avec la France, l’Angleterre, l’Allemagne, le Danemark et la Suède pour former le consortium Metacardis dont l’objectif est d’investiguer l'impact des modifications du microbiote intestinal dans le développement des maladies cardiovasculaires en prenant compte de l’effet des comorbidités et traitements associés.

 

Dans un article publié dans Nature Medicine, Sébastien Fromentin (MetaGenoPolis, INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Paris) et co-auteurs ont pu mettre en évidence dans une grande étude de 1250 sujets de la cohorte Metacardis une modification importante du microbiote intestinal et des métabolites lors de la phase de progression vers la cardiopathie ischémique en prenant en compte les traitements médicamenteux et le statut métabolique :

- une diminution de la diversité bactérienne,

- une modification d'espèces bactériennes et de la production d'acides gras à chaîne courte (AGCC),

- une diminution de métabolites protecteurs chez les patients, tel que l’alpha-tocophérol,

- une augmentation de métabolites dérivés du tryptophane et de la phénylalanine.

 

Les auteurs ont également pu montrer d’une part que l’apparition de la maladie s’accompagne de perturbations telles qu’un enrichissement des intermédiaires de la triméthylamine (TMA) ainsi que du 4-cresol ; et d’autre part que l’aggravation de la maladie, d’un syndrome aigu vers un syndrome chronique jusqu’à une insuffisance cardiaque, s’accompagne de nombreuses altérations métaboliques comme le métabolisme de la phénylalanine et de la tyrosine mais aussi d’une augmentation du potentiel microbien de production des acides aminés à chaîne ramifiée (BCAA).

 

Contact : anne-sophie.alvarez@inrae.fr

 

Voir aussi la vidéo vulgarisée

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RAPPEL ! Le Printemps du microbiote intestinal : série de conférences

RAPPEL ! Le Printemps du microbiote intestinal : série de conférences | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Nous vous rappelons que la série de conférences « Printemps du Microbiote intestinal » débutera à partir du lundi 14 mars 2022. Il s’agit d’une série de conférences qui auront lieu tous les lundis du 14 mars au 11 avril 2022 de 18h00 à 19h30 via zoom.

 

Cet évènement est à destination des professionnels de santé et des scientifiques. Dans ces conférences seront abordés des grandes généralités et nouvelles données scientifiques autour du microbiote intestinal.

 

Les conférences, avec plusieurs intervenants de MICALIS et MetaGenoPolis, se dérouleront via Zoom tous les lundis du 14 mars au 11 avril 2022,  de 18h à 19h30.

 

 

L'inscription est gratuite et OBLIGATOIRE à :  pacemm.sat@aphp.fr

 

Le lien de connexion sera envoyé quelques jours avant la première session aux inscrits.

 

Plus d'informations : www.fhu-pacemm.fr

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SAVE THE DATE - Colloque scientifique de la FHU PaCeMM sur le microbiote intestinal - Mars-Avril 2022

SAVE THE DATE - Colloque scientifique de la FHU PaCeMM sur le microbiote intestinal - Mars-Avril 2022 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

De 18h à 19h30 :
Lundi 14 mars : « Qu’est-ce que le microbiote intestinal : clinique, microbiologie, immunologie ? »
Philippe
Seksik (Hôpital Saint-Antoine (Paris)), Philippe Gérard (MICALIS, Jouy-en-Josas), Guy Gorochov (CIMI)
Lundi 21 mars : « Les analyses possibles du microbiote, notions de bio-informatiques et bio-statistique »
Edi
Prifti (UMMISCO), Magali Berland (MetaGenoPolis, Jouy-en-Josas)
Lundi 28 mars : « Les modèles animaux et microbiote d’intérêt »
Sylvie
Rabot (MICALIS, Jouy-en-Josas), Philippe Langella (MICALIS, Jouy-en-Josas)
Lundi 04 avril : « Montage d’un essai clinique de transplantation de microbiote fécal et analyse »
Laurence
Bérard (URC-Est), Anne-Christine Joly & Harry Sokol (Micalis, Jouy-en-Josas et Hôpital Saint-Antoine (Paris))
Lundi 11 avril : Session Questions & Réponses en présence de tous les intervenants et d’experts de la métabolomique et de la protéomique

 

Evènement gratuit - Via ZOOM

Inscription obligatoire : pacemm.sat@aphp.fr

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Vers des bithérapies pour le traitement de la rectocolite hémorragique

Vers des bithérapies pour le traitement de la rectocolite hémorragique | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La rectocolite hémorragique est une maladie inflammatoire chronique très handicapante qui peut conduire au développement d’un cancer du côlon. Ses causes sont mal connues et les traitements existants donnent des résultats variables pour une maladie qui reste aujourd’hui incurable. Une équipe de l'Institut Micalis (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) et de Metagenopolis (INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas) a analysé les données de 353 patients, montrant l’existence de quatre états différents du microbiote intestinal et quatre niveaux d’inflammation. En construisant un modèle à partir de ces données, les scientifiques prédisent qu’agir à la fois sur l’inflammation (traitement anti-inflammatoire) et sur l’état du microbiote (greffe de microbiote par exemple) augmenterait significativement les chances de rémission du patient. Ces résultats, publiés le 8 septembre dans la revue Gastroenterology, ouvrent de nouvelles perspectives pour le développement de stratégies de bithérapies personnalisées, combinant les deux types de traitement.

 

Lire la suite du communiqué de presse de l'INRAE ICI.

Contact : maarten.van-de-guchte@inrae.fr ou joel.dore@inrae.fr

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Microbiothérapie : vers une standardisation des greffes de microbiote fécal

Microbiothérapie : vers une standardisation des greffes de microbiote fécal | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Avec les premiers essais de phase III réussis pour le traitement des infections à Clostridioides difficile, on peut raisonnablement s'attendre à ce que le nombre d'indications de microbiothérapie (transplantation de microbiote fécal) augmente considérablement, nécessitant en même temps des procédés standardisés pour utiliser des greffes stabilisées.

 

Dans un article paru dans Scientific Reports, des chercheuses et chercheurs de MetaGenoPolis et Micalis (INRAE, UPSaclay, Jouy-en-Josas), proposent une évaluation comparative de la performance de deux nouveaux cryoprotecteurs (produit qui protège les cellules vivantes contre les très basses températures) pour greffes fécales humaines congelées chez des souris sans germes.

 

Le séquençage métagénomique shotgun à haute résolution été utilisé pour évaluer l'effet de ces nouveaux cryoprotecteurs et de la durée de stockage sur la cinétique et l'efficacité de la greffe. Les principaux résultats mettent en évidence que ces cryoprotecteurs permettent d'obtenir les profils taxonomiques les plus proches de la référence. Ils favorisent notamment la survie et l’implantation d’espèces bactériennes importantes pour la santé, ainsi que la non-prolifération d’espèces indésirables. Les résultats attirent également l’attention sur la nécessité de poursuivre les efforts visant à améliorer encore la survie d’espèces très sensibles appartenant aux familles Lachnospiraceae et Ruminoccocaceae, dont la survie intégrale est à rechercher pour assurer le plein succès d’une greffe fécale.

 

Contact : magali.berland@inrae.fr

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FOCUS PLATEFORME : Le microbiote intestinal, un acteur insoupçonné dans l’infection COVID-19 ?

FOCUS PLATEFORME : Le microbiote intestinal, un acteur insoupçonné dans l’infection COVID-19 ? | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Depuis décembre 2019, le virus SARS-CoV-2, responsable de l’infection COVID-19, génère une pandémie sans précédent et a mis notre planète à l’arrêt. Les réactions qu’il provoque chez les individus sont différentes. Certaines personnes ne se rendront pas compte qu’elles ont été ou qu’elles sont infectées, certaines présenteront des symptômes légers, alors que d’autres seront victimes de complications sévères d’infections allant du syndrome respiratoire aigu sévère au dysfonctionnement d’organes multiples conduisant à la mort. La plupart des individus souffrant de cas sévères d’infections présenteraient des comorbidités dont l’âge et certaines maladies chroniques. Néanmoins, il a aussi été observé la survenue de formes graves chez des individus plus jeunes sans facteur de risque.

 

Le microbiote intestinal jouerait-il un rôle dans cette infection et la réaction immunitaire ? Pourrait-il, par exemple, être à l’origine de la différence de sévérité d’infections entre individus et les formes sévères chez des individus jeunes sans comorbidités ? Ou encore, serait-il possible de prédire les formes sévères de COVID-19 à partir du microbiote intestinal ?

 

Joël Doré, directeur de recherche à l’Institut Micalis (Microbiologie de l'Alimentation au Service de la Santé) et directeur scientifique de la plateforme MetaGenoPolis au centre Île-de-France – Jouy-en-Josas de l’INRAE, et Harry Sokol, Professeur hépato-gastro-entérologue à l’hôpital Saint Antoine de Paris nous partagent le fruit de leurs réflexions dans une courte synthèse sur le microbiote intestinal et son implication potentielle dans cette crise sanitaire liée au COVID-19.

 

S’il est en effet impossible de conclure à ce jour sur le rôle exact du microbiote intestinal dans le processus d’infection, une hypothèse serait qu’il pourrait être impliqué dans la différence de sévérité de l’infection COVID-19 entre individus et les formes sévères chez des individus jeunes sans comorbidités, notamment par la relation qu’il entretient avec son hôte en influençant l’homéostasie immunitaire. Le système immunitaire est en effet relié au microbiote intestinal. Lorsque celui-ci est équilibré, l’homéostasie immunitaire est favorisée. Dans le cas de l'obésité, hypertension et du diabète, qui sont des facteurs de risque reconnus pour les infections sévères COVID-19, cette relation symbiotique hôte-microbiote est altérée, engendrant une perte de la diversité bactérienne, une réduction de la perméabilité de la barrière intestinale, une augmentation de bactéries pathogènes et un état inflammatoire. Aussi, il est bien possible que certaines bactéries du microbiote intestinal jouent un rôle sur la susceptibilité à l'infection COVID-19, même si pour l'instant, aucune donnée solide n’existe pour incriminer une bactérie en particulier. Plusieurs initiatives nationales ont déjà vu le jour pour mieux comprendre l’implication du microbiote intestinal dans l’infection COVID-19. Elles devraient permettre prochainement d’apporter des éléments de réponses à ces questions. En savoir plus ?

 

MetaGenoPolis (MGP) est un centre INRAE expert en recherche sur le microbiome intestinal appliquée à la santé et à la nutrition de l’homme et de l’animal. En collaboration avec les industries, les universités et les cliniques, MGP conçoit et met en œuvre des projets adaptés aux besoins de ses partenaires. Certifiés ISO 9001, les protocoles et procédures mis en œuvre sont constamment maintenus à la pointe de la technologie. MGP propose de la métagénomique quantitative et fonctionnelle pour explorer le lien entre le microbiome, nutrition et santé. MGP offre des services d’analyse du microbiome de bout en bout, y compris des recommandations personnalisées sur la collecte d’échantillons, la mise en banque d’échantillons, l’extraction d’ADN, la métagénomique quantitative et fonctionnelle, les grandes installations de stockage de données et de calcul, la bioinformatique, l’analyse statistique et l’interprétation des données. Une des ambitions de MGP est de constituer via un projet de science citoyenne une base de données publique regroupant les microbiomes de 100 000 individus français dont un des objectifs sera de mieux comprendre l’hétérogénéité des microbiomes intestinaux de français sains.

 

Contact : Alexandre Cavezza, Florence Haimet (contact@mgps.eu)

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ici

Richard Haddad Zen Pharma's curator insight, December 18, 2021 6:08 PM

@EcolePratiqueduMicrobiote  Hier nous avons vu l'intérêt des Vitamines, des prébiotiques, des post biotiques et de bien d'autres choses . J'essaye de comprendre pourquoi tant de millions d'Euros dépensés , des années perdues dans cette recherche,  vers quoi court on ? Pour moi c'est une utopie, Tous ces chercheurs avec une obsession en tête : trouver le Graal !!  Les circonstances atténuantes  que je leur donne c'est qu'ils sont manipulés par un lobbying intense ( que je vous laisse découvrir) et l'etre humain est faible . Mais quand meme tant de diabétiques , d'obèses, et bien d'autres maladies que l'on aurait pu prendre en charge, tant de morts que l'on aurait pu sauver ou au moins augmenter leur espérance de vie !!   Pourtant l'EFSA  avait donné ses recommandations confirmées par l'ISAPP et cela en 2016 . 

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Colloque Scientifique International 10ème Anniversaire de l'Institut Micalis - 23 - 24 avril 2020, Jouy-en-Josas

Colloque Scientifique International 10ème Anniversaire de l'Institut Micalis - 23 - 24 avril 2020, Jouy-en-Josas | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’Institut Micalis a été créé en janvier 2010 par la fusion de 8 laboratoires de Microbiologie de la région parisienne et associant l’INRA avec pour mission de développer des recherches innovantes dans le domaine de la Microbiologie de l’Alimentation pour la Santé. Micalis accueille aujourd'hui plus de 350 personnes organisées en 21 équipes de recherche, 4 plateformes technologiques et est associé au démonstrateur pré-industriel MétaGénoPolis. L’Institut Micalis est aujourd’hui sous la triple tutelle INRAE, AgroParisTech et Université Paris-Saclay.

Pour commémorer une décennie de recherche de pointe sur le champ Aliments-Microorganismes-Homme, nous organisons un symposium international qui réunira des scientifiques appartenant aux meilleures institutions européennes : P. Cotter (APC, Cork), M. Swietering (Wageningen U.), S. Foster (Manchester U.), P. Jay (CNRS, Montpellier), V. Masson-Delmotte (CEA, Gif/Yvette), P. Cani (U C Louvain), B. Stecher (TU Braunschweig), M Herrgard (DTU, Copenhagen), T. Barends (MPI, Heidelberg), K. Coyte (U Oxford), V. de Lorenzo (CSIC, Madrid), A. Becker (U Marburg). Il se tiendra les 23 et 24 avril 2020 au centre de recherche INRA de Jouy-en-Josas (programme complet ICI).

A cette occasion, nous souhaitons partager et questionner avec nos invités notre vision prospective scientifique en matière de microbiologie alimentaire, intestinale et de synthèse. Nous serions honorés et heureux que vous puissiez partager ce moment avec nous !

Pour la bonne organisation du colloque, merci de nous indiquer votre participation d'ici au 4 avril 2020. Si la pandémie de Covid-19 nous contraignait malheureusement à reporter cet évènement, nous vous en informerions avant cette date.

Bien cordialement,

Stéphane Aymerich, PhD, Directeur de l’Institut Micalis, pour le comité d’organisation : stephane.aymerich@inrae.fr

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Vers une caractérisation plus fine du microbiote intestinal grâce à la métagénomique et la bioinformatique

Vers une caractérisation plus fine du microbiote intestinal grâce à la métagénomique et la bioinformatique | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le tractus intestinal abrite une communauté microbienne complexe (bactéries, archées, virus…) appelée microbiote. Impliqué dans la digestion, l’immunité et le développement de l’hôte, le microbiote intestinal joue un rôle clef dans la santé humaine. Cependant, ces microorganismes sont difficilement caractérisables par culture en laboratoire car ils sont majoritairement représentés par des espèces intolérantes au dioxygène dites anaérobies.

 

L’avènement récent du séquençage métagénomique a révolutionné la microbiologie en permettant de lire directement l’ADN microbien contenu dans un échantillon de fèces sans isolement et culture préalable. Concrètement, cette technologie détermine la composition en nucléotides de millions de courts fragments d’ADN provenant de centaines espèces différentes. Cependant, du fait de leur complexité et de leur volume, l’analyse de telles données n’est pas triviale. Ainsi, des traitements informatiques puissants sont nécessaires pour recenser et quantifier les microorganismes constituant un échantillon métagénomique.

 

Dans un article paru dans la revue Bioinformatics, l’unité MetaGenoPolis (INRA/AgroParisTech, Jouy-en-Josas) et la société Enterome proposent une nouvelle méthode bioinformatique nommée MSPminer, qui en combinant l’information de centaines d’échantillons métagénomiques, a permis de reconstituer le répertoire de gènes de plus de 1600 espèces du microbiote intestinal dont plus de 70% étaient jusqu’alors inconnues. Ainsi, ce travail fournit une carte bien plus détaillée de la composition du microbiote intestinal et de sa variabilité inter-individus. Ceci ouvre la voie à une meilleure compréhension du lien entre le microbiote et des maladies telles que l’obésité, la stéatohépatite non alcoolique ou la maladie de Crohn.

 

Légende l’image : Arbre phylogénétique des espèces du microbiote intestinal reconstituées par MSPminer.

 

Contact : florian.plaza-onate@inra.fr

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Joël Doré invité de l'émission de France Inter "la tête au carré"

Joël Doré invité de l'émission de France Inter "la tête au carré" | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Joël Doré, (directeur de recherche à l’unité Micalis et directeur scientifique de l’unité MétaGénoPolis au centre Inra Île-de-France – Jouy-en-Josas) a été l'invité ce 4 décembre de l'émission de France Inter "La tête au carré" de Mathieu Vidart sur le thème : Microbiote intestinal : vers une nouvelle médecine ?

 

D’après les recherches récentes, les altérations de notre microbiote sont associées à de nombreuses maladies chroniques dont l’incidence ne cesse d’augmenter : obésité, diabète, allergies voire même anxiété, dépression, autisme. C’est pour cela qu’on parle d’une véritable révolution.

 

Anciennement dénommé flore intestinale, le microbiote est composé de 100 000 milliards de micro-organismes présents dans nos intestins. Chacun possède son propre microbiote, véritable marqueur personnel en constante évolution à l’instar des empreintes digitales. Les études scientifiques explorant notre flore intestinale se sont en effet multipliées ces dernières années, imposant l’idée du ventre comme « second cerveau ». Le système digestif est en effet doté de son propre système nerveux et interagit avec l’organisme au cours de la digestion.

 

Les milliards de bactéries qui logent dans l’intestin ne sont donc pas qu’impliquées dans la digestion. On a en effet découvert que les microbes de notre flore intestinale jouent un rôle crucial dans la formation et le fonctionnement de notre système immunitaire. Le microbiote assure l’équilibre du corps et communique avec le système immunitaire, le cerveau et le système nerveux.

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Joël Doré, Lauréat de l'ERC Advanced Grant 2017

Joël Doré, Lauréat de l'ERC Advanced Grant 2017 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Joël Doré (directeur de recherche à l’unité Micalis et directeur scientifique de l’unité MétaGénoPolis au centre Inra Île-de-France – Jouy-en-Josas) est lauréat de l'ERC AdvG 2017 pour son projet Homo.symbiosus “Assessing, preserving and restoring man-microbes symbiosis”.

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Lauriers de l'INRA 2017, des Saclaysiens récompensés pour leurs travaux : Joël Doré (Laurier d’Excellence) et  Florian Maumus (Laurier Espoir scientifique)

Lauriers de l'INRA 2017, des Saclaysiens récompensés pour leurs travaux : Joël Doré (Laurier d’Excellence) et  Florian Maumus (Laurier Espoir scientifique) | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it
Joël Doré, quand la science rencontre l’innovation. Un chercheur passionné fait tomber les idées reçues sur les microbes de notre corps. Projecteur sur le lauréat du Laurier d’excellence 2017, Joël Doré, directeur de recherche à l’unité Micalis et directeur scientifique de l’unité MétaGénoPolis au centre Inra Île-de-France – Jouy-en-Josas.

Florian Maumus, du jardin au laboratoire. À la découverte du jardin extraordinaire de Florian Maumus, bioinformaticien passionné de plantes et de génomique. Chercheur dans l’unité Génomique-Info au centre Inra Île-de-France – Versailles-Grignon, il reçoit le Laurier Espoir scientifique 2017.
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Améliorer sa santé et son microbiote intestinal : mise au point d’un pain spécial riche en fibres diversifiées

Améliorer sa santé et son microbiote intestinal : mise au point d’un pain spécial riche en fibres diversifiées | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La santé de notre microbiote passe notamment par notre alimentation, en partie grâce aux fibres. Mais serait-il possible de moduler la composition du microbiote pour améliorer sa santé ? Des scientifiques d’INRAE (Metagenopolis et Institut Micalis, INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) et du Centre de Recherche en Nutrition Humaine (CRNH) Rhône-Alpes, en collaboration avec Bridor, ont développé un pain spécial, enrichi en différentes fibres, et ont étudié son effet sur le microbiote de patients en ayant consommé pendant huit semaines. Les résultats permettent de conclure à une amélioration des taux de cholestérol et de la sensibilité à l'insuline, avec en parallèle une modulation de la composition du microbiote. Un outil nutritionnel simple et abordable, dont les résultats sont parus dans Gut Microbes.

 

Lire la suite du Communiqué de Presse de l'INRAE ICI.

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Le Printemps du microbiote intestinal : série de conférences

Le Printemps du microbiote intestinal : série de conférences | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Cet évènement est à destination des professionnels de santé et des scientifiques. Dans ces conférences seront abordés des grandes généralités et nouvelles données scientifiques autour du microbiote intestinal.

 

Les conférences, avec plusieurs intervenants de MICALIS et MetaGenoPolis, se dérouleront via Zoom tous les lundis du 14 mars au 11 avril 2022,  de 18h à 19h30.

 

 

L'inscription est gratuite et OBLIGATOIRE à :  pacemm.sat@aphp.fr

 

Le lien de connexion sera envoyé quelques jours avant la première session aux inscrits.

 

Plus d'informations : www.fhu-pacemm.fr

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Joël Doré - Le fabuleux pouvoir de l'intestin !

Joël Doré - Le fabuleux pouvoir de l'intestin ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’écrivain Milan Kundera, dans son roman best-seller L’insoutenable légèreté de l’être, nous dit : " Il suffit d’aimer à la folie et d’entendre gargouiller ses intestins pour que l’unité de l’âme et du corps, illusion lyrique de l’ère scientifique, se dissipe aussitôt."
Nous sommes ce que nos microbes intestinaux font avec ce que nous mangeons. Ces 100 000 milliards de microbes qui peuplent nos intestins jouent en effet un rôle important lors de la digestion ainsi que pour le système immunitaire. Au point que l’on dit souvent que l’intestin est notre deuxième cerveau.


Quel est le rôle de l’intestin ? Quels liens y a-t-il entre les maladies et le microbiote intestinal ? Qu’est-ce que le microbiote ? Comment rester en bonne santé ? L’intestin a un pouvoir ! Quel est ce pouvoir ?


Joël Doré est un « aventurier du microbiote », il est souvent appelé le "porte parole des microbes intestinaux".  Chercheur en écologie microbienne intestinale à l'Institut Micalis (au sein de l’Université Paris-Saclay, Inrae, AgroParisTech), il est également directeur scientifique du centre d’excellence en analyse du microbiome MetaGenoPolisJoël Doré a contribué à découvrir les liens entre le microbiote intestinal – l’ensemble des micro-organismes vivant dans le tube digestif - et les maladies chroniques, neurodégénératives ou neuropsychiatriques. Des découvertes qui sont valorisées dans des applications diagnostiques et thérapeutiques, à travers des start-ups notamment.


Dans cet épisode, Joël Doré nous parle du fabuleux pouvoir de l’intestin, de la bienveillance des microbes, du lien entre l’intestin et le cerveau, et des moyens pour faire du microbiote intestinal le meilleur ami de notre santé et de notre vitalité au quotidien. Mais également de ce que cela signifie pour lui qu’être le héros de sa propre vie ! Et bien plus encore...


Vous souhaitez prendre une dose d’inspiration et de conseils concrets et apprendre quels sont les comportements qui permettent de faire de l'intestin votre meilleur ami ? Ne ratez pas cette conversation inspirante avec Joël Doré ! C’est ici ! Mettez le son !

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FOCUS PLATEFORME : Une collaboration fructueuse entre Danone Nutricia Research et la plateforme MetaGenoPolis : Vers des recommandations nutritionnelles basées sur l’analyse du microbiote intestinal ?

FOCUS PLATEFORME : Une collaboration fructueuse entre Danone Nutricia Research et la plateforme MetaGenoPolis : Vers des recommandations nutritionnelles basées sur l’analyse du microbiote intestinal ? | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le syndrome de l'intestin irritable (SII) est le trouble gastro-intestinal le plus courant et est associé à une réduction importante de la qualité de vie liée à la santé. Le microbiote intestinal est associé à la gravité des symptômes du SII, mais on ignore encore comment la combinaison du régime alimentaire et du microbiote intestinal affecte les symptômes du SII (J. Tap et al., Gastroenterology 2017).

 

Une nouvelle approche méthodologique combinant les données d'un journal alimentaire de 4 jours avec celles du microbiote intestinal obtenues par séquençage métagénomique pour des individus atteints de ce syndrome et des contrôles (individus sains) vient d’être publiée (J. Tap et al., Microbiome 2021). Cette étude est le fruit d’une collaboration entre Danone Nutricia Research (Palaiseau), l'Université de Göteborg (Suède) et la plateforme MetaGenoPolis (INRAE, Jouy-en-Josas).

 

Retour sur cette étude… Les individus souffrant d'un SII sévère se caractérisent par une consommation plus importante d'aliments de moindre qualité au cours de leurs principaux repas (mesurée par un indice utilisé pour le calcul du Nutri-Score). Les niveaux de gaz exhalés (dihydrogène et méthane) et la gravité des symptômes peuvent être prédits à partir des données métagénomiques et alimentaires. Cette étude rapporte également que la sévérité du SII est associée à une altération dans la composition des hydrogénases du microbiote intestinal en corrélation avec les enzymes du microbiote impliquées dans le métabolisme des glucides associés à une alimentation carnée. Enfin, cette étude fournit une résolution sans précédent des interactions régime alimentaire-microbiote-symptôme et oriente en définitive vers de nouvelles études interventionnelles visant à identifier des recommandations nutritionnelles basées sur le microbiote intestinal pour la gestion des symptômes gastro-intestinaux.

 

Contact : Julien Tap (julien.tap@danone.com) et Alexandre Cavezza, Florence Haimet (contact@mgps.eu)

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI

 

Lire à nouveau les précédents FOCUS PLATEFORME de MetaGenoPolis ? Celui de mai 2020 et celui de septembre 2020 !

 

MetaGenoPolis (MGP) est un centre INRAE expert en recherche sur le microbiome intestinal appliquée à la santé et à la nutrition de l’homme et de l’animal. En collaboration avec les industries, les universités et les cliniques, MGP conçoit et met en œuvre des projets adaptés aux besoins de ses partenaires. Certifiés ISO 9001, les protocoles et procédures mis en œuvre sont constamment maintenus à la pointe de la technologie. MGP propose de la métagénomique quantitative et fonctionnelle pour explorer le lien entre le microbiome, nutrition et santé. MGP offre des services d’analyse du microbiome de bout en bout, y compris des recommandations personnalisées sur la collecte d’échantillons, la mise en banque d’échantillons, l’extraction d’ADN, la métagénomique quantitative et fonctionnelle, les grandes installations de stockage de données et de calcul, la bioinformatique, l’analyse statistique et l’interprétation des données. Une des ambitions de MGP est de constituer via un projet de science citoyenne une base de données publique regroupant les microbiomes de 100 000 individus français dont un des objectifs sera de mieux comprendre l’hétérogénéité des microbiomes intestinaux de français sains.

 

A propos de Danone Nutricia Research. Entreprise multi-locale parmi les leaders de l’alimentation, Danone se développe sur des catégories tournées vers la santé et en forte croissance à travers ses 3 métiers : les Produits laitiers et d’origine végétale, les Eaux et la Nutrition spécialisée. Avec un cadre d’action unique, ‘One Planet. One Health’, qui affirme que la santé des personnes et de la planète sont intimement liées, Danone vise à inspirer des pratiques alimentaires plus saines et plus durables. Pour accélérer cette révolution de l’alimentation et créer de la valeur durable et rentable sur le long terme pour toutes ses parties prenantes, Danone a défini neuf Objectifs pour 2030 et est devenue la première société cotée à adopter le statut d'Entreprise à Mission en France. La R&I est au cœur de la mission du Groupe : « Apporter la santé par l’alimentation au plus grand nombre ». Danone Nutricia Research associe la recherche & l’innovation de Danone, avec 1800 chercheurs et développeurs, répartis dans 7 centres de recherche et dans 55 filiales locales. Grâce à son savoir scientifique et technologique et à sa compréhension des consommateurs, Danone Nutricia Research fournit des produits alimentaires bons et sains.

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Joël Doré : L’aventurier du microbiote

Joël Doré : L’aventurier du microbiote | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Joël Doré est chercheur en écologie microbienne intestinale à l’institut Micalis (Université Paris-Saclay, Inrae, AgroParisTech) et directeur scientifique du centre d’excellence en analyse du microbiome MetaGenoPolis. Leader mondial du microbiote humain et spécialiste en métagénomique, il a découvert les liens entre le microbiote intestinal – l’ensemble des micro-organismes vivant dans le tube digestif - et les maladies chroniques, neurodégénératives ou neuropsychiatriques. Des découvertes que le chercheur valorise dans des applications diagnostiques et thérapeutiques, co-fondant plusieurs start-up, dont les toutes récentes Gut Microbiome Testing et Novobiome.

Cela fait 35 ans que Joël Doré travaille sur le microbiote. Le chercheur, qui fait aujourd’hui partie des scientifiques les plus cités au monde (HiCiSci), a démarré ses recherches sur celui de l’animal. Diplômé d’Agro Rennes, il entre à l’Inra en 1983 à Clermont-Ferrand, puis effectue une thèse aux USA, qu’il soutient en 1989. Son passage au microbiote humain correspond à son arrivée au début des années 90 dans une des plus importantes unités de l’Inra (désormais Inrae) : MICALIS, à Jouy-en-Josas (91). Joël Doré en est le directeur-adjoint de 2010 à 2014.

 

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FOCUS PLATEFORME : Du laboratoire au consommateur, ou comment le fruit d’une collaboration de recherche entre une plateforme et un industriel se retrouve dans nos assiettes !

FOCUS PLATEFORME : Du laboratoire au consommateur, ou comment le fruit d’une collaboration de recherche entre une plateforme et un industriel se retrouve dans nos assiettes ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Tout le monde en parle, études à l’appui : la consommation de fibres diverses est liée à une meilleure santé … Mais encore ? Il existe aujourd’hui un déficit en fibres dans notre alimentation aussi bien chez les adultes que les enfants, ce qui impacte négativement notre microbiote intestinal, pour qui ses fibres constituent un combustible important. La diversité bactérienne de notre microbiote diminue et nous sommes donc encourager à consommer plus de fibres et en plus grande variété.

 

Contacté par la société Bridor en 2016, Joël Doré, directeur de recherche à l’unité Micalis (Microbiologie de l'Alimentation au Service de la Santé) et directeur scientifique de la plateforme MetaGenoPolis au centre Île-de-France – Jouy-en-Josas de l’INRAE, a mené avec ses équipes plusieurs années de recherche pour élaborer un mélange de 7 fibres végétales bénéfiques pour le microbiote. Ces recherches ont conduit au développement et d’un nouveau produit, « Amibiote », une baguette permettant d’enrichir l’apport en fibres des consommateurs en qualité comme en quantité. Outre la diversité en fibres apportées, ce produit contient 11 grammes de fibres, pour 100 grammes de pain (dont plus de 50% sous forme soluble), contre 4 grammes pour une baguette traditionnelle. Cette baguette est disponible depuis le 7 octobre 2019 dans près de 1000 points de vente et supermarchés ! De plus, une étude clinique dirigée par le CRNH (Centre de Recherche en Nutrition Humaine) Rhône-Alpes, sur 40 volontaires a montré que cette baguette était capable d’améliorer la composition du microbiote, de diminuer le taux de cholestérol et d’agir sur l’insulino-résistance.

 

Un tel produit dont les effets sur la santé ont maintenant été prouvés permet d’espérer un réel impact sociétal ! Bonne dégustation !

 

MetaGenoPolis (MGP) est un centre INRAE expert en recherche sur le microbiome intestinal appliquée à la santé et à la nutrition de l’homme et de l’animal. En collaboration avec les industries, les universités et les cliniques, MGP conçoit et met en œuvre des projets adaptés aux besoins de ses partenaires. Certifiés ISO 9001, les protocoles et procédures mis en œuvre sont constamment maintenus à la pointe de la technologie. MGP propose de la métagénomique quantitative et fonctionnelle pour explorer le lien entre le microbiome, nutrition et santé. MGP offre des services d’analyse du microbiome de bout en bout, y compris des recommandations personnalisées sur la collecte d’échantillons, la mise en banque d’échantillons, l’extraction d’ADN, la métagénomique quantitative et fonctionnelle, les grandes installations de stockage de données et de calcul, la bioinformatique, l’analyse statistique et l’interprétation des données. Une des ambitions de MGP est de constituer via un projet de science citoyenne une base de données publique regroupant les microbiomes de 100 000 individus français dont un des objectifs sera de mieux comprendre l’hétérogénéité des microbiomes intestinaux de français sains.

 

Contact : contact@mgps.eu

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FOCUS PLATEFORME : Plateforme d’Analyses Protéomiques de Paris Sud-Ouest (PAPPSO) : de la Protéomique à la Métaprotéomique, à la recherche de biomarqueurs !

FOCUS PLATEFORME : Plateforme d’Analyses Protéomiques de Paris Sud-Ouest (PAPPSO) : de la Protéomique à la Métaprotéomique, à la recherche de biomarqueurs ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La plateforme PAPPSO (ou Plateforme d’Analyses Protéomiques de Paris Sud-Ouest) est une structure entièrement dédiée à la protéomique et qui a su relever les défis de la Métaprotéomique ! La métaprotéomique, ou protéomique des consortia microbiens, est une expertise analytique devenue indispensable dans un contexte d’émergence forte des études d’impact des communautés microbiennes sur l’environnement et la santé. A ce titre, PAPPSO collabore étroitement avec les unités Micalis, MaIAGE et MetaGenoPoliS de l’INRA/Jouy-en-Josas, mais aussi avec diverses équipes parisiennes de l’AP-HP (Hôpitaux Saint-Antoine (Harry Sokol) et Pitié-Salpêtrière (Karine Clément)) ou en province (IPHC, Strasbourg), et ceci sur des projets innovants orientés diagnostic et santé humaine, et dans des domaines aussi variés que les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), l’obésité et les interventions nutritionnelles ou chirurgicales associées, ou encore les facteurs de risque cardiovasculaire.

 

Exemple choisi : Dans le cadre du projet ProteoCardis (2015-2019, ANR, Catherine Juste), PAPPSO vient d’achever l’analyse du métaprotéome intestinal de la plus grosse cohorte jamais constituée dans son domaine : 138 patients souffrant de maladies coronariennes, 50 témoins (volontaires sains) et 30 sujets avant et après chirurgie bariatrique ! D’un point de vue technique, la préparation des échantillons a été poussée à l’extrême afin de révéler aussi bien les protéines du cytoplasme que les protéines d’enveloppes en interaction avec les protéines humaines du tractus digestif. L’acquisition des données de spectrométrie de masse a pris à lui seul plus de 4000 heure-machines (!) et l’interprétation de ces dernières a nécessité le développement de nouveaux outils bio-informatiques adaptés au traitement de données massives : X!TandemPipeline et MassChroQ (logiciels libres d’accès et disponibles sur le site de la plateforme PAPPSO sous licence GPLv3).

 

Résultats préliminaires : 560 000 peptides et 100 000 protéines représentant 4600 fonctions KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) mais aussi de 3000 espèces bactériennes identifiées. Inutile de préciser que la valorisation complète des données acquises est titanesque et se poursuivra donc encore sur plusieurs mois. Seront dans un premier temps identifiées les fonctions et consortia bactériens associés au risque cardiovasculaire avec pour objectif la découverte de marqueurs précoces utilisables pour le diagnostic et le suivi des patients. Dans un deuxième temps, les données générées viendront aussi alimenter d’autres projets génériques ou appliqués, et pris en charge par la plateforme.

 

PAPPSO, largement ouverte à la communauté scientifique Paris-Saclay, possède une expertise forte dans l’analyse des micro-organismes et animaux à Jouy-en-Josas mais aussi des plantes à la ferme du Moulon de Gif-sur-Yvette. PAPPSO est spécialisée dans le développement de méthodes analytiques, d’outils bio-informatiques (http://pappso.inra.fr/bioinfo/) et d’approches statistiques permettant de répondre au mieux aux attentes de ses partenaires. Sa carte de visite est aujourd’hui sa capacité unique à analyser de grandes cohortes et des échantillons très complexes. Sur les cinq dernières années, la plateforme a été et continue d’être partenaire de projets de prématuration de la SATT Paris-Saclay, et porteurs ou partenaires de projets financés par l’ANR mais aussi l’Europe. PAPPSO est aussi co-inventeur de plusieurs brevets dont un portant sur des peptides marqueurs de la maladie de Crohn (EP3234190A2, US20170349930A, priority date 2014-12-19).

 

Contact : Céline Henry (celine.henry@inra.fr), Michel Zivy (michel.zivy@inra.fr) et Véronique Monnet (veronique.monnet@inra.fr)

 

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Prédiction des gènes de résistance aux antibiotiques du microbiote intestinal par une méthode de prédiction basée sur la structure tri-dimensionnelle

Prédiction des gènes de résistance aux antibiotiques du microbiote intestinal par une méthode de prédiction basée sur la structure tri-dimensionnelle | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Afin d’établir le recensement des gènes de résistance aux antibiotiques dans le microbiote intestinal, il n’était pas possible de se baser seulement sur la similarité de séquence de l’ADN. En effet, l’ADN des bactéries intestinales est bien différent de celui des bactéries connues, ce qui n’est pas sans poser des difficultés aux outils de prédiction des fonctions des gènes basés sur la similarité avec les séquences d’ADN connues (représentées par des lettres). Ainsi, des équipes des hôpitaux Beaujon et Bichat Claude-Bernard AP-HP, de l’Inra (MetaGenoPolis), de l’Institut Pasteur, de l’Inserm, des universités Paris Diderot et Paris-Saclay ont développé une nouvelle méthode bioinformatique de prédiction de fonction des gènes basée sur la structure tridimensionnelle des protéines qu’ils codent. Publiée dans la revue Nature Microbiology, cette méthode de prédiction originale a permis de prédire plus de 6000 gènes de résistance aux antibiotiques, avec une moyenne de plus de 1000 par individu. De plus, la composition en gènes de résistance était très liée à la composition en espèces bactériennes, et les chercheurs ont ainsi pu identifier six groupes d’individus en fonction de leurs gènes de résistance. Cependant, la majorité de ces gènes n’ont jamais été retrouvés ni sur des éléments génétiques mobiles, ni dans des bactéries pathogènes, soutenant que leur transfert vers ces dernières est un évènement rare. Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives quant au rôle des gènes de résistance du microbiote intestinal qui semblent, dans leur majorité, peu à risque d’être transférés vers des bactéries pathogènes, et qui pourraient être bénéfiques en protégeant leurs hôtes de l’impact des antibiotiques dans le microbiote intestinal puisque des bactéries non pathogènes seraient ainsi protégées.

 

Légende de la figure : structures tri-dimensionnelle des protéines codées par les gènes de résistance des 20 familles analysées dans l’article.

 

Contact : etienne.ruppe@gmail.com

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Plus de 6000 gènes de résistance aux antibiotiques découverts dans le microbiote intestinal

Plus de 6000 gènes de résistance aux antibiotiques découverts dans le microbiote intestinal | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Une étude européenne lève le voile sur la diversité des gènes de résistance aux antibiotiques présents dans les bactéries du microbiote intestinal. Des équipes des hôpitaux Beaujon et Bichat Claude-Bernard AP-HP, de l’Inra (MetaGenoPolis), de l’Institut Pasteur, de l’Inserm, des universités Paris Diderot et Paris-Saclay ont développé une nouvelle méthode bioinformatique de prédiction de fonction des gènes basée sur la structure tridimensionnelle des protéines qu’ils codent. Les chercheurs, en collaboration avec d’autres équipes européennes, l’ont ensuite appliquée à un catalogue de plusieurs millions de gènes du microbiote intestinal. Grâce à cette méthode, ils ont identifié plus de 6000 gènes de résistance aux antibiotiques très différents des gènes connus. Ces travaux, publiés dans la revue Nature Microbiology, illustrent la diversité des gènes de résistance des bactéries de notre microbiote intestinal.

Hicham AMARTI's curator insight, January 12, 2019 1:29 PM
De l’intérêt d'avoir un #microbiote en bonne santé.
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INRA - Joël Doré lauréat du prix Marcel Dassault 2017

INRA - Joël Doré lauréat du prix Marcel Dassault 2017 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Récemment distingué par le prix d’excellence des Lauriers de l’Inra 2017, Joël Doré (directeur de recherche à l’unité Micalis et directeur scientifique de l’unité MétaGénoPolis au centre Inra Île-de-France – Jouy-en-Josas) a reçu le prix Marcel Dassault 2017 pour la recherche sur les maladies mentales. Il est récompensé pour son projet MicrobiAutisme, dédié au lien entre les dysfonctionnements du microbiote intestinal et les troubles du spectre de l’autisme, pour lesquels il n’existe aucun traitement curatif.


Voir aussi:

http://www.bfmtv.com/sante/autisme-un-lien-entre-inflammation-et-troubles-digestifs-1327182.html


http://www.santemagazine.fr/actualite-le-microbiote-intestinal-joue-t-il-un-role-dans-l-autisme-79965.html


Toutes nos félicitations !

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Le microbiote intestinal en cause dans les spondyloarthrites

Le microbiote intestinal en cause dans les spondyloarthrites | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it
Une étude publiée dans la revue Annals of Rheumatic Diseases, coordonnée par Maxime Bréban et associant l’unité UMR-S 1173 Inserm/UVSQ à Montigny-le-Bretonneux, les Services de Rhumatologie et d'Immunologie de l'Hôpital Ambroise Paré de Boulogne, et les unités l'INRA/AgroParisTech Micalis et MetaGenoPolis de Jouy-en-Josas, confirme l’existence d’un lien entre la composition de la flore intestinale et la survenue de maladies articulaires inflammatoires, en particulier celle des spondyloarthrites. Le site TopSanté (https://www.topsante.com/medecine/rhumatismes/polyarthrite-rhumatoide/le-microbiote-intestinal-en-cause-dans-les-spondyloarthrites-620949) explique : « Les spondyloarthrites (SpA) rassemblent plusieurs maladies articulaires inflammatoires chroniques, caractérisées par une inflammation des articulations de la colonne vertébrale et du bassin ». Et d’ajouter : « Les résultats de l’étude révèlent un déséquilibre des populations bactériennes (dysbiose intestinale) chez les patients souffrant de SpA ou de PR [polyarthrite rhumatoïde], en comparaison avec les témoins sains. Les chercheurs ont aussi observé la présence d’une forte proportion de bactéries ‘Ruminococcus gnavus’ dans la flore intestinale des patients atteints de SpA, caractérisant la dysbiose associée à cette pathologie ».


Contact : maxime.breban@aphp.fr
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