Dans l’aquaculture classique, l’eau se charge en éléments riches en azote issus des déjections et finit par devenir toxique pour les poissons. Elle doit donc être régulièrement renouvelée alors qu’en aquaponie, les plantes vont jouer le rôle de filtre et purifier cette eau ce qui permet de l’économiser.
Le choix des poissons élevés est guidé par les températures de la région et peut varier selon les saisons. Les espèces communément élevées en France sont la truite arc-en-ciel, le saumon, le sandre, l’esturgeon et l’anguille. D’autres productions existent comme la crevette d’eau douce. Le tilapia n’est pas autorisé en France mais est largement élevé dans d’autres pays.