Ces observatoires de la biodiversité sont regroupés au sein d’un réseau qui favorise le partage d’expériences et la mise en place de méthodologies communes notamment pour la création d’indicateurs de biodiversité. Chaque observatoire décide sur quels sujets ils vont porter leur attention, en fonction de la situation et des besoins de leur territoire, des demandes des acteurs locaux. Au niveau national, l'OFB gère l'Observatoire national de la biodiversité qui produit des indicateurs nationaux.