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La pollution de l’eau par les nitrates a diminué en Europe au cours des deux dernières décennies, mais la pression exercée par le secteur agricole met toujours en danger les ressources en eau. Le dernier rapport sur la mise en œuvre de la directive «Nitrates» révèle que les concentrations de nitrates sont en légère diminution tant dans les eaux de surface que dans les eaux souterraines, et que les pratiques agricoles durables sont plus répandues. Bien que la tendance générale soit positive, la pollution par les nitrates et l’eutrophisation ‑ croissance excessive des mauvaises herbes et des algues qui étouffe la vie dans les cours d’eau et les mers ‑ posent encore problème dans de nombreux États membres, et d'autres actions supplémentaires seront nécessaires pour parvenir à un bon état des eaux de l'Union dans des délais raisonnables.
Dans certains domaines, le secteur agricole exerce une pression toujours plus importante sur la qualité de l’eau, certaines pratiques agricoles intensives étant lourdement dépendantes des engrais, ce qui a pour effet de détériorer localement la qualité de l'eau. Le pourcentage des eaux polluées par les nitrates et des eaux eutrophes est toujours très élevé dans certains États membres et dans certaines régions. En ce qui concerne les eaux souterraines, c'est en Allemagne et à Malte que les problèmes sont les plus graves, tandis que pour les eaux de surface, c'est à Malte, au Royaume-Uni et en Belgique que la situation est la plus critique. En Europe, près de quatre lacs sur dix souffrent d’eutrophisation, les eaux douces des Pays-Bas étant les plus fortement touchées, avec un taux atteignant 100 %.