1500-luvun suurimpia kysymyksiä oli uskonpuhdistus. Kustaa Vaasa havaitsi uskonpuhdistuksen tuomat hyödyt ja tuki Olaus Petriä, joka oli ollut Martti Lutherin oppilaana Saksassa. Västeråsin valtiopäivät 1527 vahvisti käytännössä sen, että suhteet paavin ja katolilaisuuden kanssa katkesivat. Heti valtiopäivien jälkeen alettiin purkaa luostarilaitosta. Suomessa ainoastaan Naantalin luostari jatkoi toimintansa vuoteen 1584 asti.
Uusi oppi ei kuitenkaan heti juurtunut pappien eikä kansan keskuuteen. Suomen uskonpuhdistaja Mikael Agricola osoitti sovinnollisuutta ja hienotunteisuutta katolista kirkkoa kohtaan.