Par un arrêt du 3 avril 2014, la Cour de justice de l'Union européenne (CJUE) a décidé que les Etats membres doivent réclamer le déclassement d'une zone du réseau Natura 2000 auprès de la Commission, si ce site est devenu "irrémédiablement impropre à remplir les objectifs de la directive habitats". Le déclassement peut intervenir à la demande du propriétaire d'un terrain situé dans la zone.
Toutefois, la seule allégation d'une dégradation environnementale d'un SIC ne suffit pas à obtenir le déclassement. De la même façon, le "manquement d'un Etat membre à l'obligation de protection du site ne justifie pas (…) son déclassement".