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Al igual que Simon, otros científicos del Goddard Space Flight Center trabajan para desvelar el misterio de la Gran Mancha Roja. Los científicos del Goddard Mark Loeffler y Reggie Hudson han estado desarrollando estudios de laboratorio para investigar como los rayos cósmicos, un tipo de radiación que golpea las nubes de Júpiter, pueden alterar químicamente el hidrogenosulfuro de amonio para producir nuevos compuestos que puedan explicar el color de la mancha.
El hidrogenosulfuro de amonio es inestable en las condiciones atmosféricas terrestres, por ello Loeffler hace las pruebas calentando ácido sulfhídrico y amoniaco juntos. Entonces los bombardea con partículas cargadas, en modo similar a como impactan los rayos cósmicos en las nubes de Júpiter. Según Loeffler "Nuestro primer paso es intentar identificar que se forma cuando el hidrogenosulfuro de amonio es irradiado. Recientemente hemos terminado de identificar estos nuevos productos, y ahora estamos intentando correlacionar lo que hemos aprendido con los colores vistos en Júpiter".
Otros expertos están de acuerdo con la principal teoría, consistente en que en las profundidades bajo las nubes de Júpiter, una capa de hidrogenosulfuro de amonio sin color reacciona con los rayos cósmicos o la radiación ultravioleta procedente del Sol. Pero según Simon muchos productos químicos se vuelven rojos bajo diferentes circunstancias: "Este el es problema. ¿Es el causante del color rojo?". Bajo las condiciones adecuadas, el hidrogenosulfuro de amonio podría serlo.
