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Glutamate receptors are well characterized channels that mediate cell-to-cell communication during neurotransmission in animals. Nevertheless, information regarding their functional role in organisms without nervous systems is still limited. In plants, Glutamate Receptor-like (GLR) genes have been implicated in defence against pathogens, reproduction, control of stomata aperture and light signal transduction1–5. However, the numerous GLR genes present in angiosperm genomes (20 to 70)6 has prevented the observation of strong phenotypes in loss-of-function mutants. Here, we show that in the moss Physcomitrella patens, a basal land plant, mutation of GLR genes cause sperm failure in targeting the female reproductive organs. In addition, we show that GLR genes encode non-selective Ca2+ permeable channels that can regulate cytoplasmic Ca2+ and are needed to induce the expression of a BELL1-like transcription factor essential for zygote development. Our work reveals novel functions for GLRs in sperm chemotaxis and transcriptional regulation. Sperm chemotaxis is essential for fertilization in both animals and early land plants like bryophytes and pteridophytes. Therefore, our results are suggestive that ionotropic glutamate receptors may have been conserved throughout plant evolution to mediate cell-to-cell communication during sexual reproduction.
Via Loïc Lepiniec
Scientists genetically engineer the world’s first blue chrysanthemum
By Elizabeth PennisiJul. 26, 2017 , 2:00 PM
True blue flowers are a rarity in nature—they occur only in select species like morning glories and delphiniums. Now, researchers have created a genuinely blue chrysanthemum by adding two genes to the normally pink or reddish flower. The advance could be applied to other species—and it may mean that florists wanting to hawk blooms of blue will no longer have to dye them.
“This [advance] is of great impact,” says Toru Nakayama, a plant biochemist at Tohoku University in Sendai, Japan, who was not involved with the work. There are several popular commercial species for which no true blue varieties exist, he notes.
Via Saclay Plant Sciences
Trees take up a lot of CO2, so one approach to reducing the rate of increase in atmospheric CO2 levels is to reduce the cutting down of trees. Jayachandran et al. evaluated a program in which forest owners in Uganda were paid to not cut down their trees. Encouragingly, payments did reduce deforestation, and owners did not compensate by cutting down trees in neighboring forests. Furthermore, even in a scenario where cutting resumed after payments ceased, the beneficial delay in CO2 release from cut trees, as quantified by the social cost of carbon, outweighed the monetary cost.
Science , this issue p. [267][1]
[1]: /lookup/doi/10.1126/science.aan0568
Via Saclay Plant Sciences
Researchers have demonstrated they can efficiently "improve" (!?) the DNA of human embryos.
Via Loïc Lepiniec
Vaccin contre le sida : l'éternelle quête
Le site Lepoint.fr rapporte que la Conférence internationale sur le sida, qui se déroule actuellement à Paris, est l’occasion de revenir sur l’importance de trouver un vaccin capable de protéger les individus du virus du sida. « Parvenir à mettre au point un vaccin efficace, qui protège durant toute la vie, serait la meilleure solution pour enrayer l’épidémie à l’échelle de l’humanité », selon Anne-Sophie Beignon, spécialiste des vaccins au CNRS dans l’unité 1184 CEA/Inserm/Université Paris-Saclay.
Contact : anne-sophie.Beignon@cea.fr
Second appel d’offre lancé par le DIM 1Health. Il s’agit d’un appel d’offre pour de l’équipement moyen (entre 5 et 100 k€).
Date limite de candidature : 15 septembre 2017 à minuit.
IPS2 on the top ! INRA, UPSud, UPSaclay visiting IPS2 and SPS
from the left, L. Hemidy (INRA Versailles-Grignon), C. Caranta (INRA division of Plant Breeding and Biology), C. Paulin (UPSud Faculty of Sciences), M. Crespi (IPS2), P. Mauguin (INRA CEO), G. Bloch (Head University Paris-Saclay) and L. Lepiniec (SPS Labex) on the top of IPS2!
Via Saclay Plant Sciences
Des travaux publiés le 13 juillet 2017 dans la revue Lancet Neurology montrent les résultats d’un essai de thérapie génique réalisé chez quatre enfants atteints de la maladie de Sanfilippo de type B (appelé aussi MPS IIIB). Aboutissement de deux décennies de partenariat et de soutien financier de l’AFM-Téléthon, et avec le soutien de l’association Vaincre les Maladies Lysosomales (VML), le Professeur Marc Tardieu du département de Neurologie Pédiatrique de l'Hôpital de Bicêtre (Université Paris Sud et AP-HP) et ses collègues des Universités Paris-Sud, Paris Descartes et de l'Institut Pasteur ont constaté, après 30 mois de suivi, une bonne tolérance au traitement et un bénéfice neurocognitif pour les patients. Lien article: http://www.thelancet.com/journals/laneur/article/PIIS1474-4422(17)30169-2/fulltext Contact: marc.tardieu@aphp.fr
Dans une étude publiée le 5 juillet 2017 dans Nature Communications, une équipe de chercheurs de l’Institut de biologie intégrative de la cellule (I2BC - CNRS/Université Paris-Sud/CEA/UPSaclay) montre que les corps de Negri, qui constituent les usines virales du virus de la rage, se forment par séparation de phases liquides. Dans des expériences alliant biologie cellulaire et biophysique, l’équipe a découvert la nature physico-chimique de ces structures qui hébergent la synthèse des acides nucléiques viraux. Ces compartiments sphériques, dépourvus de membrane, se comportent comme des gouttes d’huile dans l’eau et sont, par exemple, capables de fusionner entre eux. Néanmoins, ce ne sont pas les propriétés hydrophobes des molécules qui permettent la séparation de phases, mais des régions spécifiques des protéines virales. Ce sont les interactions entre ces dernières qui confèrent aux corps de Negri leur nature liquide. Cette séparation de phase permet au virus de se définir une identité en distinguant ce qui le constitue (l’usine virale) de ce qui lui est extérieur (le reste du cytoplasme). Ces compartiments liquides ne seraient d’ailleurs pas spécifiques du virus de la rage mais pourraient être étendus à d’autres virus comme celui d’Ebola ou de la rougeole. Ils constituent donc une signature de l’infection cellulaire par ces virus, soulevant la question de la reconnaissance des constituants viraux par l’immunité innée. En dévoilant la nature physico-chimique des usines virales, les chercheurs ouvrent de nouveaux champs pour la recherche appliquée : une molécule capable de disperser les phases liquides de ces compartiments aurait certainement un effet sur l’infection.
Légende figure : Cellules en culture infectées par le virus de la rage et observée en microscopie optique à fluorescence. Le noyau de la cellule est en bleu. Les usines virales sont constituées par les moyennes et grosses inclusions circulaires en rouge. Le réseau de microtubules est en vert. C’est le long de ce réseau que sont transportées les nucléocapsides virales (petits points rouges) lorsqu’elles quittent l’usine virale. © Yves Gaudin.
Contacts :
yves.gaudin@i2bc.paris-saclay.fr
danielle.blondel@i2bc.paris-saclay.fr
jovan.nikolic@curie.fr
The Institut Pascal (IPa) runs thematic programs to have scientific communities meet, explore pioneering ideas and establish new collaborations. The spirit of the IPa initiative is to have programs with long time spans (typically from 3 weeks to 4 months), allowing researchers to devote the necessary time and energy to particularly important challenges. These programs should favor brainstorming that leads to innovative advances. Hence, the IPa encourages programs that dedicate large slots of time to interactions of small to medium-size groups of researchers. The IPa provides this facilitating platform, welcoming all Université Paris-Saclay’s laboratories and partners. The institute supports programs attracting scientists and students from all over the world and can host up to 60 (inter)national visitors in excellent conditions, having 30 offices dedicated to this end and multiple lecture rooms for plenary meetings.
The thematic programs may fall within any of the scientific fields covered by the Université Paris-Saclay, be they theoretical or experimental. They include for instance astronomy, biology, chemistry, climate science, computer science, earth science, engineering, mathematics, and physics.
DEADLINE IS OCTOBER 15TH 2017. But the organizers are strongly recommended to hand in a first draft of their proposal before September 15th. The IPa-board will then offer feedback in an early stage to improve the proposed program and increase its chance of being selected.
Le programme de recherche 3D_CHROME, dédié à l'étude du chromosome, organise de septembre à octobre 2017, à Gif-sur-Yvette, trois ateliers intitulés :
1.- "Imagerie multi-échelle de la cellule et des structures moléculaire" ,
2.- "Modélisation de la structure 3D du génome – Apport de la génomique et de la microscopie",
3.- "Les développements récents du séquençage Nanopore" .
We are pleased to announce the Coalition for Live Imaging Paris-Saclay (CLIPS) 2017 Symposium. CLIPS 2017 is dedicated to highlighting innovative technologies in live imaging, spanning multiple scales from architectural and molecular microscopy to the modeling of biological processes. By probing and predicting the cellular state in a living organism, the aim is to unravel the processes underlying the building of a normal or a pathological state (adaptability, pathogenesis, therapeutic). For its first edition, CLIPS 2017 also aims at gathering multidisciplinary scientists from the University Paris-Saclay and wider community to promote collaboration and innovation. Please join the round table (Tuesday September 12th, 5-6pm) just before the gala dinner! Target audience: multidisciplinary scientists in the fields of live imaging Registration is free for academic attendees but is mandatory by August 18th: https://symposium.inra.fr/mli2017/
Lancement des deux premières plateformes du plan France Médecine Génomique 2025
Sélectionnés par un jury international, deux projets ont été retenus parmi 10 qui impliquaient l’ensemble des CHU français. Il s'agit du projet SeQOIA en Ile-de-France. Cette plateforme est portée par le groupement de coopération sanitaire regroupant l’Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, l’Institut Curie, et l’Institut Gustave Roussy, et du projet AURAGEN en région Auvergne-Rhône Alpes porté par le Groupement de coopération sanitaire (GCS) regroupant les 4 CHU de la région, les deux centres de lutte contre le cancer régionaux et l’Institut de cancérologie de la Loire. Permettre la prise en charge de l’ensemble des patients pouvant bénéficier de l’apport du séquençage haut débit devient petit à petit une réalité. A terme, le plan prévoit de déployer dans les 4 ans à venir un réseau de douze plateformes de séquençage couvrant l’ensemble du territoire, et de mettre en place les outils pour exploiter les volumes de données générées avec l’installation d’un Collecteur analyseur de données (CAD), capable de traiter et d’exploiter le volume considérable de données générées en les appariant avec les données médicales et d’offrir les premiers services dans le cadre du parcours de soin.
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Deux physiciens, dont Martin Lenz du Laboratoire de Physique Théorique et Modèles Statistiques (Université Paris-Sud/CNRS), proposent un nouveau point de vue sur les fibres protéiques associées à la maladie d’Alzheimer : interpréter leur formation comme l’assemblage d’un puzzle aux pièces mal ajustées. Cette étude est publiée dans la revue Nature Physics.
A rare case in South Africa takes center stage at this year's international AIDS conference
Many theoretical models of community dynamics predict that species richness ( S ) and total abundance ( N ) are regulated in their temporal fluctuations. We present novel evidence for widespread regulation of biodiversity. For 59 plant and animal assemblages from around the globe monitored annually for a decade or more, the majority exhibited regulated fluctuations compared to the null hypothesis of an unconstrained random walk. However, there was little evidence for statistical artifacts, regulation driven by correlations with average annual temperature, or local-scale compensatory fluctuations in S or N . In the absence of major environmental perturbations, such as urbanization or cropland transformation, species richness and abundance may be buffered and exhibit some resilience in their temporal trajectories. These results suggest that regulatory processes are occurring despite unprecedented environmental change, highlighting the need for community-level assessment of biodiversity trends, as well as extensions of existing theory to address open source pools and shifting environmental conditions.
The Symposium CLIPS 2017 (Coalition for Live Imaging Paris-Saclay) on Multiscale Live Imaging in Human, Animal and Plant Health will take place on 12-13 September 2017 at Gif-sur-Yvette (Campus CNRS). This symposium is intended for multidisciplinary scientists in the fields of live imaging.
Chief's departure after management complaints might not solve National Research Agency's woes.
L’école d’été Genopole 2017 a réuni du 4 au 7 juillet au Chateauform’ de Seine-Port des participants, orateurs et instructeurs venus de divers universités et centres de recherche à travers le monde autour du thème “Bioinformatics and biostatistical tools in medical genomics”. Après une après-midi introductive de séminaires consacrés à la génomique et métagénomique d’intérêt médical, les participants se sont immergés dans l’analyse bio-informatique et biostatisique durant 3 journées de sessions pratiques. Ils ont ainsi pu acquérir ou perfectionner des méthodes d’analyse qu’ils pourront directement transposer à leurs travaux en génomique. Une table ronde conviviale a clôturé l’événement en abordant les questions d’éthique et de big data en santé.
Welcome to NanoSeq-2017
Over the last decade, next-generation sequencing technologies have opened a new era for genomic studies. These technologies are associated with increasing sequencing power but are also limited by short length of sequenced DNA fragments. This limitation has recently been considerably surpassed by technologies that allow sequencing single DNA molecules. This workshop is dedicated to studies using the MinION sequencer (Oxford Nanopore Technologies), a 3rd generation nanopore sequencer that can sequence DNA fragments up to hundreds of kb, as well as full length RNA molecules. This opens the road for unprecedented possibilities in genomics, metagenomics and epigenomics (de novo genome sequencing, genome variant sequencing, identification of messenger RNA isoforms, identification of DNA modifications, etc.). During NanoSeq-2017, internationally renown experts will present their work and share their expertise in these different fields integrating the possibilities provided by MinION sequencing.
The workshop is aimed at scientists working with genomics (DNA and RNA sequencing), metagenomics and epigenomics, including PhD students, engineers, young and senior scientists.
Registration is free but mandatory and is limited to 150 participants, on a first-come basis (see registration form on this website).
You can download the poster of this workshop as well as the program.
Les kinésines sont des moteurs moléculaires liés au cytosquelette des cellules eucaryotes. Leur fonction typique est de se déplacer le long des microtubules pour transporter des charges, telles que des vésicules ou des macromolécules. Une autre fonction assurée par certaines kinésines est de réguler la dynamique des microtubules. C’est le cas des kinésines-13 qui induisent leur désassemblage. De façon imagée, alors les kinésines motiles seraient des porteurs qui marchent le long d’un chemin pavé, ces kinésines particulières modifieraient le chemin, éventuellement en le cassant. Pour comprendre les mécanismes à la base de la fonction de désassemblage, Benoît Gigant et collègues de l’équipe MiKiCa de l’I2BC (CEA/ CNRS/ Université Paris-Sud/ Université Paris-Saclay), en collaboration avec l’équipe de Chunguang Wang de l’Université Tongji de Shanghai (Chine), ont déterminé la structure d’un complexe entre une kinésine-13 et la protéine formant les microtubules, appelée tubuline (« le pavé du chemin »). Ces résultats montrent que la kinésine stabilise la tubuline dans une conformation qui n’est pas compatible avec celle adoptée dans le microtubule. Ces travaux, qui ont bénéficié de financements de l’ANR et de la fondation ARC, sont parus dans la revue Nature Communications.
Contact : benoit.gigant@i2bc.paris-saclay.fr
Dans une étude d'une équipe de biologistes de Harvard, dirigée par George Church et publiée dans la revue Nature datée du 13 juillet 2017, les chercheurs ont réussi à incorporer les données d’une image et d’une courte vidéo dans le génome de bactéries vivantes. Une telle expérience suscite un véritable intérêt puisque, selon Christophe Dessimoz, responsable d’un laboratoire d’informatique et de génétique à l’université de Lausanne, « stockée dans de l’ADN, la totalité des données informatiques produites par l’humanité occuperait une pièce de quelques mètres cubes ». Si la technique nécessite encore de nettes améliorations pour parvenir à un stockage massif de données informatiques dans l’ADN, Jean-François Lutz, directeur de recherche au CNRS ( Institut Charles-Sadron, à Strasbourg), salue la simplicité de la méthode d’incorporation développée par lesdits biologistes.
You will find in this newsletter a lot of information about Research, Teaching and Training, Equipment, Innovation or Scientific animation in the SPS LabEx. You will see in particular the excellent results of the flagship projects during the first phase of the LabEx (2012-2016) and of partnership projects (SPS'Innov), as well as the results of the last call for research projects. Finally, do not forget to look at the agenda for the months to come and to note in particular the dates of the next SPS meeting (October 23-24, 2017, Versailles), the Saclay Plant'Innov' 2017 meeting (November 21, 2017, Orsay) and the second international SPS conference (July 4-6, 2018).
Via Saclay Plant Sciences
L'appel de la Fondation François Sommer vise à promouvoir la gestion durable de la nature en encourageant les secteurs d'intervention suivants : "L'amélioration de la connaissance du vivant", "Les actions de la conservation et l'expertise de terrain" et "La formation et l'éducation".
Date limite de candidature : 11 septembre 2017.
331 millions d’économies sont à l’ordre du jour dès 2017 sur les lignes budgétaires qui concernent l’enseignement supérieur, la vie étudiante et la recherche, d’après deux projets de décret du gouvernement, que Le Monde a pu consulter.
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