Lucia Clarotto est maîtresse de conférences à AgroParisTech au sein de l’Unité Mathématiques et Informatique Appliquées - MIA-Paris-Saclay (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Palaiseau), dans l’équipe de statistique SOLsTIS depuis septembre 2023.

Enthousiasmée de mathématiques depuis son enfance en Italie, Lucia poursuit une carrière académique passionnante. Après un bac scientifique, elle obtient une licence en Ingénierie Mathématique au Politecnico di Milano, puis un double diplôme à l’École Centrale de Lyon. Elle retourne ensuite à Milan pour un master en Ingénierie Mathématique, spécialisé en statistiques appliquées. Lors d’un stage de recherche au sein de l’unité BioSP d’INRAE à Avignon, elle découvre la statistique spatiale, ce qui la conduit à entreprendre une thèse de doctorat aux Mines Paris en géostatistique spatio-temporelle. Dans ses travaux doctoraux, elle développe une méthode statistique basée sur les Équations aux Dérivées Partielles Stochastiques pour la prédiction spatio-temporelle de données environnementales. Cette méthode, permettant d'intégrer la physique des processus étudiés dans les modèles statistiques tout en étant computationnellement efficace, est appliquée aux données de rayonnement solaire et de vitesse du vent pour des prévisions à court terme. Elle passe également un mois et demi à l'université KAUST en Arabie Saoudite, collaborant avec des chercheurs internationaux, ce qui lui ouvre les portes d'une communauté de recherche ouverte et enthousiaste.

Après sa thèse, Lucia rejoint AgroParisTech en tant que maîtresse de conférences en statistique et intègre l’UMR MIA Paris-Saclay pour poursuivre ses recherches. Ses projets actuels incluent la généralisation des réseaux de neurones informés par la physique (PINNs) aux modèles génératifs spatiaux, l’extension des modèles développés durant sa thèse à des contextes plus complexes (modèles non-stationnaires, surfaces non-euclidiennes, etc.) et le développement d’approches efficaces pour la prédiction de champs aléatoires spatio-temporels. Ses applications touchent des processus environnementaux et climatiques, tels que les inondations de rivières et la concentration de CO2 dans l’atmosphère. Elle est également active au sein du réseau de recherche français RESSTE (Risques, Extrêmes et Statistique Spatio-Temporelle) et de la chaire Geolearning.

Lucia enseigne la statistique inférentielle, la statistique Bayésienne et le machine learning dans le tronc commun d’AgroParisTech et dans des masters de l’Université Paris-Saclay, notamment le master BEE (Biodiversité, Écologie et Évolution) et Ecotrop (Écologie des Forêts Tropicales). Ce dernier lui permet de passer deux semaines par an en Guyane, au campus de recherche inter-établissements EcoFoG de Kourou, où elle collabore avec des écologues et des botanistes, envisageant des projets de recherche interdisciplinaires.

Consciente du faible intérêt des jeunes femmes pour les mathématiques, Lucia considère l'enseignement dans une école d'ingénieurs majoritairement féminine comme une opportunité de changer cette perception. Elle s'engage à promouvoir une vision de la recherche en mathématiques où les mérites scientifiques de chacun et chacune peuvent et doivent être reconnus indépendamment du genre.

Lucia s’épanouit dans son travail quotidien, partageant sa passion avec ses collègues, ses élèves et la communauté scientifique, et restant toujours ouverte à de nouvelles aventures.

“Although this may seem a paradox, all exact science is dominated by the idea of approximation. When a man tells you that he knows the exact truth about anything, you are safe in inferring that he is an inexact man.” -  Bertrand Russel

Contact : lucia.clarotto@agroparistech.fr

Cet appel à projets vise à stimuler des recherches permettant de mieux comprendre et de limiter les séquelles dues au cancer et à ses traitements. Les projets soumis pourront suivre les objectifs suivants : 

• Comprendre : Développer une compréhension approfondie des mécanismes physiopathologiques, psychologiques et sociaux associés à l’apparition et à l’évolution des séquelles afin de concevoir des interventions ciblées et efficaces. 
• Prévenir : Elaborer et mettre en œuvre des stratégies visant à détecter précocement ou empêcher l’apparition et l’évolution des séquelles dès les premières phases du traitement.
• Mesurer / Évaluer : Mettre en place des outils et développer des recherches prospectives et rétrospectives pour mesurer l’ampleur et pour évaluer l’impact des séquelles sur la qualité de vie des patients. 
• Intervenir : Mettre en œuvre des recherches pour limiter les séquelles et améliorer la qualité de vie des patients. 

Les recherches sur la réduction des séquelles pourront être explorées à travers les thématiques suivantes sans que cette liste ne soit exhaustive : 

• Séquelles neurologiques et atteintes cognitives ; 
• Séquelles psychologiques ; 
• Séquelles cardiovasculaires et métaboliques ; 
• Fertilité et sa préservation ; 
• Sexualité ;
• Séquelles chirurgicales ; 
• Douleur ; 
• Fatigue.

La date limite de soumission et d’envoi des dossiers à l’Institut national du cancer est fixée au 2 décembre 2024 à 16h00. 

Documents

• Appel à projets - PDF 2,71 Mo
• Descriptif du projet - WORD 90,49 ko
• Annexe financière - EXCEL 211,81 ko
• Engagements - WORD 67,35 ko
• Les 8 projets financés par le précédent (2021) appel Séquelles

Soumission en ligne via le Portail PROJETS

Seul le coordonnateur d’un projet peut déposer un dossier, après avoir créé ou activé un compte utilisateur – l’identifiant est votre adresse email de référence.

Au cours de ce webinaire, Alexandra Benchoua et Nassiba Bagdadi présenteront leurs approches respectives de criblage à haut-débit de molécules thérapeutiques pour les pathologies neurologiques et psychiatriques humaines :

Cellules souches pluripotentes humaines pour la recherche de molécules thérapeutiques en neuropsychiatrie.

L’équipe Neuroplasticité et Thérapeutique de l’institut francilien I-STEM (Institut des cellules souches pour le traitement et l’étude des maladies monogéniques, Evry) a développé ces dernières années un protocole de différenciation des iPSC en neurones du cortex cérébrales propres aux hominidés, les neurones des couches supérieures II et III. Ces cellules représentent des modèles in vitro les plus proches possible des cellules dysfonctionnelles dans des maladies du SNC spécifiques à l’homme tel que les troubles du spectre autistiques. Ces cultures de neurones humains ont ensuite été miniaturisées en plaque 384 puits et automatisées pour répondre spécifiquement aux contraintes techniques du criblage à haut débit de collections de composés chimiques contenant plusieurs milliers de molécules à la recherche de candidats thérapeutiques. L’étude systématique des désordres morphologiques et fonctionnels présents dans des neurones dérivés d’iPSC obtenues à partir de patients porteurs de mutations causales de troubles du spectre autistique (notamment le gène codant pour la protéine synaptique SHANK3) a été réalisé grâce à notre plateforme d’imagerie automatisée à haut débit et à haut contenu (HTS/HCS). Les imageurs HCS permettent l’étude multiparamétrique non biaisée des phénotypes cellulaires découlant des anomalies moléculaires. Ils nous ont permis d’identifier des critères objectifs permettant le criblage de l’efficacité des collections de composés chimiques, d’ARN antisens (ASO) ou d’ARN messager (ARNm). Une preuve de principe a été réalisée en criblant une collection de composés chimiques chefs de files des différents médicaments présent sur le marché et possédant une autorisation en pédiatrie, neurologie ou psychiatrie (molécules dites « repositionnable », environ 300 candidats). Le lithium a été identifié comme efficace pour corriger les anomalies fonctionnelles des neurones issus de patients autistes porteurs d’une mutation de SHANK3. Il a pu être prescrit directement à plusieurs patients pour une approche compassionnelle. Les résultats positifs chez ces patients, cumulés aux données obtenues sur les neurones dérivés d’iPSC a permis de démarrer à essai clinique de phase IIa sur 22 patients (essai Lisphem, ClinicalTrials.gov Identifier: NCT04623398, promoteur : APHP).

Bio Alexandra Benchoua

Directrice de recherche statutaire au Centre d’Etude des Cellules Souches (CECS), laboratoire faisant partie de l’Institut des cellules Souches pour le Traitement et l’Etude des maladies Monogéniques (ISTEM). Le CECS est un laboratoire de recherche ayant le statut privé d’association à but non lucratif dédiée à l’activité de recherche de traitements pour les maladies génétiques rares. Responsable des équipes « Neuroplasticité et Thérapeutique » et « Recherche et Innovation Technologique » d’ISTEM.

Ses activités de recherches sont tournées vers la modélisation et l’étude des maladies neurodéveloppementales d’origines génétiques en utilisant exclusivement les cellules souches pluripotentes humaines ainsi que la recherche de traitements pharmacologiques à haut débit et la médecine personnalisée. Ses équipes mettent au point des protocoles de différenciation des cellules souches en différents types de neurones, en s’attachant à reconstituer in vitro les étapes clés du développement humain et de la plasticité cérébrale. Ces modèles cellulaires, en 2 ou 3 dimensions, sont ensuite utilisés pour étudier l’influence de mutations génétiques causales de maladies dites neurodéveloppementales, qui se caractérisent par des atteintes neurologiques et psychiatriques sévères chez l’enfant. Les techniques de criblage à haut débit et à haut contenu sont utilisées pour identifier des composés pharmaceutiques susceptibles de corriger les anomalies provoquées par ces différentes mutations.

Contact : abenchoua@istem.fr

La cellule Europe de l’Inserm organise un webinaire le 1er octobre 2024 de 12h00 à 13h30 pour présenter les appels à projets européens collaboratifs du Cluster Santé dans le cadre d’Horizon Europe.

En savoir plus

La nouvelle édition du programme Inserm-CNRS, destiné à permettre à de jeunes chercheurs de constituer leur propre équipe, aura lieu du 9 octobre au 13 novembre 2024. Ce programme s'adresse aux chercheurs dans les domaines des sciences de la vie et de la santé.

Les documents sont disponibles sur Inserm pro.

L’efficacité vaccinale a été démontrée après primo-vaccination anti-COVID-19, mais il restait chez ces personnes vaccinées un risque résiduel d’hospitalisation pour COVID-19 pour les plus âgées ou présentant des comorbidités. Dans une étude publiée dans Journal of Infection and Public Health, les chercheurs du Groupement d’Intérêt Scientifique EPI-PHARE, du Centre de recherche en Epidémiologie et Santé des Populations – CESP (UMR-S 1018 Inserm/UVSQ/UPSaclay, Montigny-le-Bretonneux) et de la faculté de pharmacie UPSaclay ont analysé les facteurs associés à ce risque résiduel après une vaccination de rappel pendant la période Omicron en France.

En utilisant les données de la base nationale française des vaccinations COVID-19 (VAC-SI) couplées au Système National des Données de Santé (SNDS), plus de 35 millions de sujets ayant reçu au moins une dose de rappel ont été identifiés, parmi lesquels on dénombre 73 989 hospitalisations pour COVID-19. Les associations entre les caractéristiques sociodémographiques et cliniques et le risque d’hospitalisation après une dose de rappel en période de circulation prédominante Omicron, du 1er janvier au 10 novembre 2022, ont été évaluées à partir de modèles de Cox.

Parmi les caractéristiques sociodémographiques, l’âge avancé, le fait d’être un homme et l’appartenance à une catégorie sociale moins favorisée étaient associés à un risque accru d’hospitalisation pour COVID-19. Et les pathologies les plus fortement associées étaient : la mucoviscidose, le cancer du poumon, la dialyse chronique, les maladies psychologiques et neurodégénératives, la transplantation d’organes, la prise d’immunosuppresseurs et de corticostéroïdes oraux.

Les coauteurs de cette étude ont pu montrer que malgré une efficacité du rappel vaccinal et une circulation généralement moins virulente du variant Omicron, un risque résiduel existait toujours, en particulier pour les populations plus vulnérables.

Légende Figure : A) Hazard ratio et intervalles de confiance à 95% entre l'âge et l'hospitalisation pour COVID-19 pendant toute la période Omicron, estimés à partir d'un modèle de Cox entièrement ajusté, du 1er janvier 2022 au 10 novembre 2022, en France. B) Hazard ratio et intervalles de confiance à 95% entre toutes les caractéristiques sociodémographiques et cliniques (sauf l'âge) et l'hospitalisation pour COVID-19 pendant toute la période Omicron, estimés à partir d'un modèle de Cox entièrement ajusté du 1er janvier 2022 au 10 novembre 2022, en France.

Contact : jeremie.botton@ansm.sante.fr

Dans une étude publiée dans Laboratory Investigation, les chercheurs et cliniciens du Centre Hépatobiliaire (UMR-S 1193 INSERM/UPSaclay, FHU Hepatinov, Villejuif) ont démontré sur une série de greffons l’intérêt de la spectroscopie infrarouge pour estimer rapidement la teneur en lipides dans le contexte de la transplantation hépatique et évaluer son impact sur la survie.

La stéatose, c’est-à-dire l’accumulation de lipides dans le foie, est un facteur de risque important de non-fonctionnement du greffon. L'évaluation de la stéatose est basée sur l'examen de coupes congelées pour estimer le pourcentage d'hépatocytes contenant des vésicules lipidiques. Cette évaluation visuelle est mal corrélée avec la teneur réelle en lipides. De plus, la stéatose peut se présenter sous forme de petites vésicules (stéatose microvésiculaire) ou sous forme de vacuole envahissant tout le volume de l’hépatocyte (stéatose macrovacuolaire). La stéatose microvésiculaire est encore plus difficile à évaluer et a longtemps été considérée comme ayant une faible incidence sur la reprise de la fonction hépatique.

L’étude confirme que la spectroscopie infrarouge permet de quantifier le taux de lipides sur coupes de tissus et démontre que tous les patients présentant une insuffisance hépatique post-transplantation avaient subi une transplantation avec des greffons au contenu lipidique élevé. L’étude révèle que ces greffons présentaient une stéatose microvésiculaire importante. Enfin, l’étude a établi un seuil de concentration en lipides au-delà duquel le risque d'échec après transplantation augmentait significativement, affectant 35% des patients. Les auteurs suggèrent que la mesure du taux de lipides devrait devenir un critère objectif de contrôle de la qualité des greffons.

Contact : francois.le-naour@inserm.fr ou catherine.guettier@aphp.fr

Dans une étude publiée dans Nucleic Acids Research, des scientifiques du laboratoire Evolution, Génomes, Comportement, Ecologie - EGCE (CNRS/UPSaclay/IRD, Gif-sur-Yvette) ont développé une méthode intégrée d’annotation d’éléments génétiques mobiles de type Hélitron.

Les éléments de type Hélitron (HLE) sont des transposons d'ADN eucaryotes très répandus qui utilisent un mécanisme de transposition en cercle roulant. Malgré leur prévalence dans les génomes des champignons, des animaux et des plantes, l'identification et l’annotation des Hélitrons est longtemps restée un challenge. C’est pourquoi l’équipe du pôle Evolution et Génomes du laboratoire EGCE a développé un nouveau logiciel intitulé HELIANO, permettant d'annoter et de classer les séquences HLE autonomes et non autonomes à partir de génomes entiers.

HELIANO surmonte plusieurs limitations des outils existants en termes de vitesse et de précision, comme le démontrent l'analyse comparative et son application aux génomes complexes des grenouilles (Xenopus tropicalis et Xenopus laevis) et du riz (Oryza sativa), où il a permis de découvrir de nombreux HLE non identifiés jusqu'à présent.

Dans une analyse de 404 génomes d'eucaryotes, une abondante variété d’HLEs a été trouvée parmi de nombreux phylums, avec des exceptions dans des taxons spécifiques. L’utilisation d'HELIANO a permis ainsi de découvrir de nombreux nouveaux HLE chez les plantes terrestres et d'identifier 20 domaines protéiques intégrés dans certaines familles de transposons HLE autonomes. L'utilisation future d'HELIANO promet d'améliorer l'analyse globale des transposons à travers les génomes, faisant ainsi progresser de manière significative notre compréhension de cette fascinante superfamille de transposons.

Contact : nicolas.pollet@universite-paris-saclay.fr

Dans une étude publiée dans Scientific Reports le laboratoire du Pr. Dawei Xin (Northeast Agricultural University, Harbin, Chine), en collaboration avec Pascal Ratet (équipe SYMUNITY, Institut des Sciences des Plantes Paris-Saclay - IPS2, CNRS/INRAE/UEVE/UParis/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), a montré que les graines de soja cachées sous terre pendant l'hiver par Tscherskia triton et Apodemus agrarius possèdent une concentration plus élevée de composés organiques volatils (VOCs) que celles qui restent exposées dans les champs. Cela suggère que les rongeurs sélectionnent les graines produisant les VOCs tels que le 3-FurAldehyde (Fur) et le (E)-2-Heptenal (eHep) qui inhibent la croissance de pathogènes végétaux comme Aspergillus flavus, Alternaria alternata, Fusarium solani et Pseudomonas syringae. En outre, des composés tels que le camphène (Cam), le 3-FurAldehyde et le (E)-2-Heptenal suppriment la germination des graines dans des cultures telles que le soja, le riz, le maïs et le blé. De plus, certains de ces VOCs empêchent également la germination des graines de riz avant la récolte.

Ces résultats proposent des approches simples pour la protection des semences, la réduction de la germination avant récolte ainsi que la perte de nourriture après la récolte. Ces résultats suggèrent aussi de nouvelles voies de sélection pour la réduction de l'utilisation de pesticides en agriculture.

Légende Figure : Inhibition de la croissance de champignons pathogènes par des composés organiques volatils (VOCs) présents dans les graines de Soja. (a) Test Halo montrant l’activité antifongique de six composés organiques volatils. (b) Pourcentage d'inhibition du développement de Aspergillus flavus, Alternaria alternata et Fusarium solani par les six VOCs. Les colonnes portant des lettres différentes sont significativement différentes. Phtalate de diméthyle (DP) ; Camphène (Cam); 3-FurAldéhyde (fur); (E)-2-Hepténal (eHep); Butyrate d'isobutyle (BuA); 1-Acétylimidazole (Ace).

Contact: pascal.ratet@cnrs.fr

Camille Coron est chercheuse en probabilités appliquées à l’évolution et l’environnement. Après 4 ans d’études à l’Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay et une thèse en probabilités appliquées réalisée à l’Ecole Polytechnique, elle a été lectrice Hadamard puis maîtresse de conférences au Laboratoire de Mathématiques d’Orsay et à l’IUT de Sceaux. Elle a ensuite rejoint l’Unité Mathématiques et Informatique Appliquées - MIA-Paris-Saclay (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Palaiseau), en septembre 2024.

Passionnée par la modélisation probabiliste pour les sciences du vivant, elle s’est notamment spécialisée dans l’étude de l’évolution génétique des populations biparentales d’une part, et la combinaison de jeux de données de différentes qualités avec des applications à l’écologie et l’environnement d’autre part. Elle co-encadre en particulier la thèse d’Emma Thulliez, à l’INSA de Rouen, qui porte sur la réalisation de cartes de pollution, à partir de combinaison de sorties de modèles physico-chimiques et de mesures de concentration de différentes qualités. Ses travaux récents ont déterminé la loi de la probabilité qu’un gène soit issu d’un ancêtre donné, dans une population biparentale, et l’impact d’un environnement périodique sur l’équilibre entre mutations et sélection.

Son projet de recherche à l’INRAE porte sur la modélisation probabiliste du contrôle de populations d’insectes par lâchers de mâles stériles, avec des applications en santé et en agronomie, et l’étude de l’impact des modes de reproduction sur la composition et l’évolution génétique des populations. Elle collabore avec des généticiens des populations, des biologistes de la conservation, des statisticiens, des analystes et des probabilistes, qui travaillent à Paris, Toulouse, Lyon, Grenoble.

Elle enseigne par ailleurs les probabilités dans le Master 1 Mathématiques fondamentales, les modèles mathématiques en écologie et évolution dans le M2 Biodiversité Ecologie et Evolution, et est responsable du Master 2 Mathématiques pour les sciences du vivant.

« N'ayez pas peur de faire des maths ! »

Contact : camille.coron@inrae.fr

Dans une étude publiée dans Microbial Genomics, un consortium emmené par l’équipe « Effectors of Cellular Communication at the fungal-Plant interface  - ECCP » et le plateau de bioinformatique de l’unité BIOGER (INRAE/UPSaclay, Campus Agro Paris-Saclay, INRAE Palaiseau) décrit un génome de référence pour l’espèce Colletotrichum destructivum, un champignon pathogène de plantes incluant les légumineuses Medicago truncatula et Medicago sativa. Outre le séquençage complet des chromosomes, cette étude a révélé la présence d’une région de 1,2 Mb ayant toutes les caractéristiques d’un mini-chromosome (peu de gènes, riche en éléments transposables, fréquences d’usage des codons différentes) au sein d’un chromosome essentiel (core chromosome). L’étude a également mis en évidence la présence de nombreuses duplications segmentales intra-chromosomiques au niveau de cette région.

Chez les champignons pathogènes, les mini-chromosomes sont souvent porteurs de gènes associés au pouvoir pathogène, peuvent être dispensables et sont facilement transférés de façon horizontal (entre individus sans impliquer de reproduction sexuelle). La genèse de cette région typique des mini-chromosomes n’a pu être déterminée, il n’a donc pas été possible de déterminer avec certitude si nous assistions à la naissance d’un mini-chromosome au sein d’un core chromosome ou si un mini-chromosome, éventuellement acquis par transfert horizontal, avait fusionné avec un core chromosome.

Cette étude a été réalisée en collaboration avec l’Université Friedrich-Alexander d’Erlangen (Allemagne) et l’URGI de l’INRAE de Versailles.

Contact : richard.oconnell@inrae.fr ou jean-felix.dallery@inrae.fr

MATWIN, plateforme française d’open-innovation en oncologie (filiale d’Unicancer), a le plaisir de vous inviter à un webinaire exclusif qui se tiendra le 2 octobre 2024 à 17h. Ce webinaire synthétique (30 mn) sera l’occasion de découvrir le programme accélérateur MATWIN destiné à soutenir l’innovation dans le domaine de l'oncologie. Toutes les infos en ligne ICI.

Pourquoi participer au webinaire ?

• Comprendre le fonctionnement et les bénéfices du programme accélérateur MATWIN
• Découvrir les modalités d’accompagnement personnalisées que nous proposons pour maximiser le potentiel de votre projet
• Bénéficier du retour d’expérience de candidats ayant récemment bénéficié du programme :

• Eric Chevet, DR Inserm, U1242 « Oncogenèse, Stress, Signalisation (Université de Rennes/Centre Eugène-Marquis)
• Fanny Jaulin, médecin-chercheur, responsable équipe « Invasion collective » (Gustave Roussy/UPSaclay, Villejuif), CEO & CSO Orakl Oncology

Quel est l’objectif du programme accélérateur MATWIN ?

• Faire expertiser et optimiser le potentiel de valorisation et d’investissement de votre projet, sa structuration industrielle (robustesse du dataset préclinique, positionnement clinique, aspects réglementaires)
• Présenter (si retenu) votre projet au Board International de MATWIN
• Accéder à un réseau de partenaires potentiels (pharmas/biotechs/investisseurs), etc.

Le programme s’adresse aux chercheurs, cliniciens et jeunes entreprises basés en Europe développant un asset ou technologie innovant(e) appliqué(e) à l’oncologie (stade préclinique ou clinique précoce) dans les domaines thérapeutique, diagnostique, dispositif médical, outil data.

Comment participer ?

Pour vous inscrire au webinaire (OBLIGATOIRE), cliquez simplement sur le lien suivant : Inscription au webinaire

Dans le cadre des journées du patrimoine, la Faculté de Médecine Paris-Saclay organise la conférence historique "Histoire de Bicêtre : d'une prison à un hôpital universitaire moderne", donnée par le Dr Patrice Bourrée.

Passionné d'histoire, Patrice Bourée est médecin généraliste et ancien chef du département des maladies infectieuses et tropicales à l'Hôpital Bicêtre AP-HP.

Les inscriptions sont ouvertes via ce lien.

L’autophagie est un processus de dégradation et recyclage lysosomal des constituants intracellulaires. Elle joue un rôle déterminant dans l’adaptation et la survie des cellules lors des carences nutritionnelles. Dans une étude publiée dans Nature Communications, des scientifiques de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) ont identifié un nouveau mécanisme d’induction de l’autophagie lors de la carence en soufre. Les auteurs ont découvert qu’une carence totale en nutriments soufrés chez la levure modèle S. cerevisiae entraine une induction rapide de la transcription des gènes de l’autophagie (appelés ATG). Ils montrent que cette réponse dépend principalement de l’activateur transcriptionel Met4, connu pour son rôle dans la régulation des gènes du métabolisme soufré. L’inactivation de Met4 entraine un défaut majeur d’autophagie lors d’une carence en soufre, soulignant l’importance de cette régulation transcriptionnelle.

En utilisant des mutants métaboliques touchés dans différentes étapes du métabolisme soufré, les auteurs ont observé que des carences en cystéine, méthionine et S-adénosylméthionine (SAM) induisent chacune individuellement l’autophagie. Cependant, seule la carence en SAM conduit à une forte activation transcriptionnelle des gènes ATG associée à une réponse autophagique pleinement fonctionnelle.

Ces résultats mettent donc en évidence une nouvelle voie de régulation de la réponse autophagique impliquant l’activateur Met4 et utilisant la SAM comme métabolite de signalisation. La double inactivation de Met4 et de l’autophagie entraine une chute de viabilité cellulaire dans des conditions de carence en soufre, soulignant la nécessité d’une coopération entre le métabolisme soufré et l’autophagie pour assurer la survie cellulaire en absence de nutriments soufrés.

Contact : laurent.kuras@i2bc.paris-saclay.fr ou renaud.legouis@i2bc.paris-saclay.fr

Les Polluants Organiques Persistants (POPs) sont une famille de substances chimiques qui se dégradent très lentement dans l’environnement, et peuvent se bioaccumuler dans les organismes humains et animaux. Malgré les réglementations mises en place, la population française y reste largement exposée. Dans une étude parue dans Environmental Research, les chercheus du Centre d’Epidémiologie et de Santé des Populations - CESP (UMR-S 1018 INSERM/UVSQ/UPSaclay, Villejuif) ont mesuré les biomarqueurs de différents POPs dans des échantillons sanguins prélevés entre 1994 et 1999, chez 468 femmes âgées de 45 à 73 ans et suivies dans la cohorte française E3N.

Au total, 28 substances per- et polyfluoroalkyles, 27 pesticides organochlorés, 14 polychlorobiphényles et 4 polybromodiphényléthers ont été mesurés. Parmi les 73 biomarqueurs mesurés, 41 ont été quantifiés dans plus de 75% des échantillons. Les taux sanguins de polluants ont été comparés à ceux mesurés dans deux études françaises plus récentes menées par Santé Publique France, les études ENNS et Esteban, conduites en 2006-2007 et 2014-2026, respectivement. Cette comparaison a montré que les niveaux de la plupart des polluants pour lesquels la comparaison était possible (c’est à dire, qui ont également été mesurés dans les études Esteban et/ou ENNS) ont diminué au fil du temps. Une analyse en composantes principales a été réalisée sur les 41 POPs qui étaient quantifiés dans au moins 75% des échantillons, afin d'identifier les principaux profils d'exposition. Six profils d'exposition aux POPs ont été mis en évidence, expliquant 62,1% de la variance totale. Les effets sur la santé des profils identifiés pourraient être évalués dans de futures études.

Contact : francesca.mancini@gustaveroussy.fr ou pauline.frenoy@inserm.fr

La reproduction sexuée repose sur l’alternance de phases où les chromosomes parentaux s’associent (fécondation) puis se séparent (méiose, formation des gamètes). Pour une séparation équilibrée des chromosomes lors de la méiose, il est essentiel que les chromosomes parentaux (homologues) se reconnaissent et s’associent en paires. Toute perturbation de cette association peut entraîner de graves problèmes de stérilité chez les parents ou des anomalies chromosomiques chez la descendance. La manière dont les chromosomes parentaux se reconnaissent dans un espace nucléaire encombré de chromosomes non homologues et s’associent sans provoquer d’enchevêtrements délétères reste un grand mystère.

Dans une étude publiée dans Nature Communications, des scientifiques des équipes « Mécanismes de la Méiose » et « Modélisation et Imagerie Numérique » de l’Institut Jean-Pierre Bourgin - IJPB (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Versailles) ont révélé, pour la première fois chez la plante Arabidopsis thaliana, que les chromosomes sont animés de mouvements extrêmement rapides lors de cette phase de recherche et d’association, comme s’ils étaient secoués violemment dans l’espace nucléaire. En testant l’impact de mutations affectant divers aspects de la machinerie cellulaire (recombinaison, structure des chromosomes, composants de l’enveloppe nucléaire), ces chercheurs ont découvert que les mouvements des chromosomes durant la prophase méiotique dépendent avant tout de l’accrochage des chromosomes par leurs extrémités (télomères) à l’enveloppe nucléaire.

Ces résultats démontrent la conservation de ces mouvements chromosomiques méiotiques chez les plantes et établissent A. thaliana comme une nouvelle espèce modèle pour leur étude fonctionnelle.

Contact : mathilde.grelon@inrae.fr

Les études épidémiologiques sur la relation entre l’indice de masse corporelle (IMC) et la maladie de Parkinson (MP) ont montré des résultats divergents. L’une des explications possibles est un biais de causalité inverse, lié à la perte de poids qui peut précéder la MP de nombreuses années avant le diagnostic.

La randomisation mendélienne (RM) est une approche d’inférence causale permettant de s’affranchir des biais de confusion non mesurée et de causalité inverse sous certaines hypothèses d’application. Elle consiste à utiliser des polymorphismes génétiques (ou SNP) fortement associés à une exposition (ici l’IMC), pour estimer l’association non biaisée entre cette exposition et une maladie (ici la MP). La pléiotropie représente l’une des principales limites de cette approche et des méthodes statistiques dites robustes ont été développées pour estimer des associations non biaisées par la pléiotropie. Il est aussi possible de réaliser une analyse permettant d’étudier la relation bidirectionnelle entre une exposition et une maladie (Figure).

Dans le cadre du consortium international Courage-PD et de sa thèse d’épidémiologie sous la direction de Alexis Elbaz (équipe Exposome, hérédité, cancer et santé, UMR-S 1018 CESP Inserm/UVSQ/UPSaclay, Villejuif), Cloé Domenighetti a réalisé une analyse par RM à deux échantillons pour étudier la relation bidirectionnelle entre l’IMC et la MP dont les résultats ont été publiés dans Neurology. Pour étudier l’effet de l’IMC génétiquement prédit sur la MP, les auteurs ont réalisé une RM à deux échantillons en utilisant 501 SNPs associés à l’IMC issus d’une étude pangénomique (N=806 834). L’association entre ces SNPs et la MP a été estimée à partir de 8919 cas et 7600 témoins du consortium Courage-PD. Pour étudier l’effet de la prédisposition génétique à la MP sur l’IMC, les auteurs ont réalisé une analyse de RM inversée grâce à 33 SNPs issus d’une étude pangénomique réalisée par le consortium iPDGC.

L’IMC génétiquement prédit était significativement et inversement associé à la MP (odds ratio pour 1 déviation standard [4,8 kg/m²]=0,82, intervalle de confiance à 95%=0,70-0,97, P=0,012) sans hétérogénéité significative entre les SNPs ni arguments en faveur d’une pléiotropie (P=0,20). Il existait une association inverse non significative entre la prédisposition génétique à la MP et l’IMC, mais l’instrument génétique présentait une grande hétérogénéité (p<0,001) suggérant ainsi un potentiel biais lié à la pléiotropie. Les méthodes permettant de corriger les effets de la pléiotropie horizontale ont toutes montré une association inverse et significative.

Ces résultats sont en faveur d’une association inverse causale entre l'IMC et la MP et sont cohérents avec des résultats récent obtenus dans la cohorte de femmes E3N montrant une diminution du risque de MP chez les femmes présentant une obésité (Portugal et al., 2023) ; les mécanismes à l’origine de cette association inverse demeurent inconnus à ce jour. De plus, ces résultats suggèrent également que la prédisposition génétique à la MP pourrait être associée à un IMC plus faible, ce qui pourrait contribuer à expliquer la perte de poids observée dans la MP.

Contact : alexis.elbaz@inserm.fr

En 2023, la Société Française de Radiologie, la Société Française d’Imagerie Abdominale et Digestive, ainsi que CentraleSupélec ont lancé leur 14ème data challenge pendant les Journées Francophones de Radiologie (JFRs), marquant une nouvelle avancée dans l'utilisation de l'intelligence artificielle (IA) en radiologie. Ce défi ambitieux avait pour objectif de détecter des nodules pancréatiques et de prédire leur malignité à partir de plus de 1000 scanners abdominaux anonymisés, provenant de 18 centres de santé français.

Le cancer du pancréas, troisième cause de décès par cancer, est l'un des plus meurtriers avec un taux de survie à cinq ans de seulement 7 à 8%. Souvent détecté tardivement en raison de symptômes discrets, la détection précoce de petites tumeurs, principalement par scanners abdominaux, est cruciale pour améliorer les chances de survie.

Les participants étaient réunis en équipes composées de radiologues, data scientists et ingénieurs. Les scanners ont été classés en trois catégories : absence de lésion, masse bénigne ou tumeur maligne. Malgré la difficulté particulière à différencier les lésions bénignes des tumeurs malignes, certaines équipes ont réussi à obtenir de très bons scores.

Ce défi confirme que l'intégration de l'IA dans la détection des lésions pancréatiques est non seulement possible mais aussi prometteuse. Cependant, des efforts supplémentaires seront nécessaires pour distinguer avec précision les différents types de lésions.

Photo : Nathalie Lassau, Professeure des universités-praticienne hospitalier de l'Université Paris-Saclay en radiologie à l’Institut Gustave Roussy et directrice adjointe du Laboratoire d'imagerie biomédicale multimodale Paris Saclay BioMaps (CEA/CNRS UMR9011/Inserm UMR1281/UPSaclay, Orsay), présentant les résultats de l’étude publiée dans Diagnostic and Interventional Imaging.

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