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Coopération franco-péruvienne

Coopération franco-péruvienne | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le ministère de l’Europe et des Affaires étrangères et le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche financent la mobilité de chercheurs français dans le cadre de coopérations avec le Pérou.

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FOCUS PLATEFORME : La Plateforme d’histologie – anatomocytopathologie de Genopole renforce son catalogue de prestations

FOCUS PLATEFORME : La Plateforme d’histologie – anatomocytopathologie de Genopole renforce son catalogue de prestations | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Créée en 2017, la plateforme d’histologie – anatomocytopathologie de Genopole propose les équipements, le savoir-faire et l’expertise nécessaire pour répondre aux besoins croissants des entités du biocluster Genopole dont l’activité est liée au domaine de la Santé. Les prestations de service proposées par cette plateforme sont tout naturellement la préparation des tissus (cryoconservation, inclusion en paraffine ou en résine), leur section (cryosection, microtomie ou ultra-microtomie), leurs colorations histologiques dites classiques ou bien la réalisation de marquages immunohistochimiques (DAB ou fluorescents) via des automates et enfin leur exploration en microscopie en vue d’une analyse morphométrique précise des tissus observés.

 

Pour y arriver, des technologies et des compétences complémentaires sont requises à chacune de ces étapes. D’autre part, l’expertise sur lames par les médecins pathologistes du service anatomie et cytologie pathologiques (dit Service ACP) du Centre Hospitalier Sud Francilien (CHSF, Corbeil-Essonnes) peut, dans certains cas, constituer l’étape finale de cette chaine de préparation des tissus, étape qui nécessite un savoir-faire et une technicité certaine afin de préserver la structure des tissus parfois très fragiles et précieux.

 

L’intégralité des étapes de préparation des tissus sont réalisées par les membres de la plateforme d’histologie, certifiée ISO 9001:2015 et dirigée par Nathalie DANIELE en sa qualité de Responsable du département d’évaluation préclinique de Généthon qui compte 4 équipes dont celle dédiée à l’histologie-immunomarquage. Nathalie DANIELE nous indique qu’en 2023 « l’équipe a développé trois nouvelles colorations qui viennent s’ajouter au catalogue des colorations dites de routine que nous proposons déjà : la coloration au trichrome de Gomori pour les cryosections de muscle, le trichrome de Masson pour les tissus inclus en paraffine, et le bleu au luxol rapide ou LFB pour Luxol fast blue pour une mise en évidence de la myéline présente dans le système nerveux » avant d’ajouter que « en 2024, il y aura un double défi à relever pour toute l’équipe de la plateforme d’histologie à savoir, le développement de la transcriptomique spatiale déjà initiée en 2023 d’une part et, d’autre part, la mise en place d’une formation exhaustive en histologie couvrant les bases histologiques des tissus et s’étendant jusqu’à l’analyse et l’interprétation des lames qui sera ouverte à toute personne souhaitant se former à ces techniques qui requièrent un réel savoir-faire et beaucoup de patience ! ».

 

Vous l’aurez également compris, la singularité de la plateforme d’histologie – anatomocytopathologie est qu’elle s’appuie sur l’expertise des membres du service ACP du CHSF dont l’effectif a augmenté significativement au moment du regroupement avec le service du même nom du Groupe Hospitalier Nord Essonne (Juvisy-sur-Orge/Longjumeau/Orsay) comme nous l’indique le Dr. Virginie CAHN, Cheffe du Service ACP du CHSF : « En effet, trois médecins pathologistes, cinq techniciens, une aide de laboratoire et une secrétaire médicale sont venus renforcer l’équipe déjà présente. Nous sommes tous ravis de cette nouvelle dynamique de groupe mais également de pouvoir collaborer avec les entités génopolitaines qui nous en font la demande », avant d’ajouter « c’est un réel plaisir pour nous de pouvoir diversifier notre activité et de mettre à disposition notre savoir-faire et nos compétences au service de projets aussi intéressants qu’ambitieux ».

 

Si vous avez des besoins en préparation de tissus, en coloration ou en expertise sur lames, n’hésitez pas, contactez-nous !

 

Contact : Julien Picot (julien.picot@genopole.fr)

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI

 

Aussi, le 3 mai 2021, la plateforme publiait son premier FOCUS PLATEFORME. Le relire ?

 

GENOPOLE / Plateforme d'histologie-anatomocytopathologie. La plateforme d'histologie-anatomocytopathologie offre des équipements et le savoir-faire associé nécessaires à la préparation des tissus, leurs colorations histologiques et/ou immunohistochimiques en vue de leur exploration par imagerie photonique ou électronique. Cette plateforme s'appuie sur l'expertise de médecins anatomocytopathologistes du Centre Hospitalier Sud-Francilien pour la bonne réalisation de projets précliniques et cliniques.

 

A propos de Genopole. Premier biocluster français dédié à la recherche en génomique et aux biotechnologies appliquées à la santé et à la bioéconomie, Genopole réunit 65 entreprises, 17 laboratoires de recherche, 24 plateformes technologiques et plateaux techniques mutualisés, ainsi que des formations universitaires (université d’Évry, Paris-Saclay). Son objectif : favoriser l’émergence et la croissance de sociétés de biotechnologie, le transfert d’innovations vers le secteur industriel, le développement de la recherche et l’enseignement supérieur en sciences de la vie. Dirigé par Gilles Trystram, Genopole est un Groupement d’intérêt public principalement soutenu par l’État, la Région Ile-de-France, le Département de l’Essonne, l’agglomération Grand Paris Sud, la Ville d’Évry-Courcouronnes et l’AFM-Téléthon.

 

Pour obtenir plus de renseignements sur les plateformes technologiques labellisées par Genopole, ainsi que sur les équipements mutualisés accessibles à la communauté scientifique francilienne, contactez Julien Picot (julien.picot@genopole.fr).

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Analyse de réseau des symptômes évocateurs de la dépression : différences dans l'expérience des symptômes impliqués dans l’auto-reconnaissance et le processus diagnostic selon le genre

Analyse de réseau des symptômes évocateurs de la dépression : différences dans l'expérience des symptômes impliqués dans l’auto-reconnaissance et le processus diagnostic selon le genre | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans Journal of Affective Disorders des chercheurs du Centre de recherche en Epidémiologie et Santé des Populations – CESP (UMR-S 1018 Inserm/UPSaclay) ont étudié les symptômes évocateurs de la dépression selon le sexe à partir des données de 200 000 volontaires de la cohorte CONSTANCE à l’inclusion. En mobilisant une approche innovante en psychométrie, l’analyse des réseaux, les chercheurs avaient comme objectifs de décrire et comparer les réseaux dépressifs selon le sexe, ainsi que d’examiner les connexions des symptômes avec un éventuel diagnostic de dépression clinique et les limitations fonctionnelles comme proxy d’auto-reconnaissance d'un épisode dépressif.

 

Si le « gender gap » dans la dépression est un phénomène bien connu, l’expérience au niveau des symptômes selon le sexe reste moins étudiée. Or, la manière dont on exprime son mal-être et son acceptation, pourrait reposer en partie sur des normes genrées. De plus, les médecins pourraient s’appuyer sur des représentations genrées de la dépression au moment du diagnostic.

 

Les résultats de cette étude ont montré que les hommes et les femmes différeraient dans leurs structures des réseaux, indiquant des mécanismes d’activation de symptômes différents. Certaines connexions entre symptômes et le diagnostic de dépression présentaient des différences selon le sexe qui ne s’expliquaient pas par un report plus fréquent dans un groupe ou dans l’autre. Ainsi, chez les hommes, la « crise de larmes » pourrait être un red flag au moment du diagnostic, et chez les femmes, les problèmes de sommeil. Une lecture des résultats au prisme du genre est proposée pour comprendre les implications cliniques. 

 

Légende Figure : Connexions entre les symptômes dépressifs et la dépression clinique en tant que facteur externe (nœud 21). (a) femmes (n~108,391). (b) hommes (n~93 561). Les largeurs des liens ont été mises à l'échelle de la valeur supérieure la plus proche de tout poids absolu de lien afin de faciliter les comparaisons entre les sexes. Les bords ont été courbés pour éviter les chevauchements. Les nœuds ont été colorés par dimensions (facteurs) ; vert : affect dépressif, violet : affect positif, orange : somatique, jaune : interpersonnel.

 

Contact : eugenia.alcalde@inserm.fr

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Rôles respectifs du microbiote intestinal et de la génétique de l’hôte dans la susceptibilité des souris Card9-/- à la colite

Rôles respectifs du microbiote intestinal et de la génétique de l’hôte dans la susceptibilité des souris Card9-/- à la colite | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans Microbiome, les scientifiques du laboratoire « Microbiote, Intestin et Inflammation », en étroite collaboration avec l’équipe « Probihôte » à l’Institut MICALIS (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) ont étudié les rôles respectifs du microbiote intestinal et de la génétique de l’hôte dans la susceptibilité des souris Card9-/- à la colite.

 

Cette équipe avait précédemment montré que CARD9, un gène de susceptibilité aux maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), joue un rôle clé dans l’inflammation intestinale (Sokol et al., 2013). En effet, CARD9 module l’activité métabolique du microbiote, et notamment la production de ligands AhR (Lamas et al., 2016); mais aussi l’activité métabolique des neutrophiles (Danne et al., 2023). Ici, ils montrent que même sans microbiote, les souris Card9-/- sont plus sensibles à la colite que les sauvages (WT). De plus, alors que le transfert d’un microbiote Card9-/- chez des souris adultes WT augmente leur susceptibilité à la colite, le transfert d’un microbiote WT chez des souris adultes Card9-/- n’améliore pas leur phénotype. En effet, chez les souris Card9-/-, le microbiote WT transféré est modifié, altérant sa capacité à produire des ligands AhR et à induire une réponse immunitaire protectrice.

 

Puisque chez l’adulte, le génotype Card9-/- domine le microbiote en le refaçonnant, l’équipe a testé l’effet d’une modulation pré-sevrage par une expérience d’adoption croisée (cross-fostering, Figure). Ils montrent que cinq semaines post-sevrage, le microbiote de la descendance est davantage déterminé par le génotype de la mère allaitante (et donc, du microbiote transmis), que par son propre génotype. La réaction de sevrage entre système immunitaire et microbiote est donc cruciale pour la santé à long terme.

 

Mieux comprendre l'impact de la génétique sur le métabolisme du microbiote est essentiel pour améliorer la prise en charge des troubles inflammatoires complexes.

 

Contact : camille.danne@inserm.fr

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L’échographie pulmonaire permet de personnaliser l’assistance respiratoire des nouveau-nés en état critique

L’échographie pulmonaire permet de personnaliser l’assistance respiratoire des nouveau-nés en état critique | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude de 157 nouveau-nés, les chercheurs de 5 centres coordonnés par le Pr. Daniele De Luca, Chef du Service de Pédiatrie, Transport et Réanimation Néonatale de l’hôpital Antoine Béclère et chercheur dans l’UMR-S 999 « Hypertension pulmonaire : physiopathologie et innovation thérapeutique » (INSERM/UPSaclay, Le Plessis-Robinson et Le Kremlin-Bicêtre), en mission à Stanford University dans le cadre d’une collaboration entre nos deux Universités, ont démontré que l’échographie pulmonaire quantitative décrit de façon précise l’aération pulmonaire, c’est-à-dire le volume disponible pour l’exchange gazeux, chez les nouveau-nés avec insuffisance respiratoire à terme ou près du terme. Cette découverte est importante parce que l’insuffisance respiratoire de ces enfants correspond à une physiopathologie beaucoup plus hétérogène que celle des prématurés, et elle est souvent plus sévère et difficile à phénotyper.

 

En l’absence d’échographie, les patients étaient traités de façon inadaptée. L’échographie permet d’identifier les patients dont l’état va s’aggraver et nécessiter une intubation et l’administration d’un surfactant et ceux qui en revanche pourront rester avec un simple soutien non-invasif. Outre le fait d’éviter des complications liées à des traitements tardifs, cette nouvelle approche a aussi un impact en terme de santé publique. En effet, ces enfants souvent naissent dans des centres dépourvus de réanimation néonatale et nécessitent donc d’être transférés si leur état s’aggrave. Les places de réanimation néonatale sont généralement insuffisantes, surtout en hiver, et ces transferts sont onéreux, dangereux et séparent les enfants de leur mère. L’échographie permet donc d’éviter des transferts inutiles chez bon nombre de ces enfants.

 

L’étude a été publiée dans la revue JAMA Network Open.

 

Contact : daniele.deluca@aphp.fr

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Cartographie des réponses sensorielles dépendant de l'état du cerveau dans le cortex de souris

Cartographie des réponses sensorielles dépendant de l'état du cerveau dans le cortex de souris | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les corrélats neuronaux de la conscience ont été étudiés chez la souris dans une étude récente publiée dan iScience à laquelle a participé Alain Destexhe de l’Institut des Neurosciences Paris-Saclay - NeuroPSI (CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette). Cette étude a exploré les réponses sensorielles dans le cerveau de souris en utilisant une combinaison d'expériences d'imagerie calcique et de modèles computationnels. Les expériences ont utilisé la technique d'imagerie calcique "wide-field" pour mesurer l'activité dans l'ensemble du cerveau de souris, soit spontanément, soit en réponse à une stimulation sensorielle, chez des souris éveillées et anesthésiées.

 

Il a été constaté que la complexité de la réponse et son invasion à travers le cerveau sont maximales pendant l’éveil et diminuent progressivement avec la profondeur de l’anesthésie. En utilisant un modèle de cerveau entier de souris, avec des signaux calciques simulés, il a été possible de reproduire ces résultats. Le modèle consistait en des champs moyens AdEx qui pouvaient simuler les états asynchrones (de type éveil) ou à ondes lentes (de type anesthésie). Suite à une stimulation externe, le modèle peut reproduire la perturbation de la propagation de l'information sous anesthésie. Chez les humains, il a également été constaté que l'anesthésie perturbe la propagation de l'information dans le cerveau, et cette propriété a pu également être simulée par un modèle de cerveau entier humain (Goldman et al., 2023).

 

Collectivement, ces expériences et modèles suggèrent que l’un des corrélats des états de conscience est une diffusion optimale des informations dans le cerveau.

 

Contact : alain.destexhe@cnrs.fr

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Altérations épigénétiques dans le déficit du transporteur de la créatine : mise en évidence d’un nouveau marqueur pour le suivi de l'efficacité thérapeutique de l'ester dodécylique de créatine

Altérations épigénétiques dans le déficit du transporteur de la créatine : mise en évidence d’un nouveau marqueur pour le suivi de l'efficacité thérapeutique de l'ester dodécylique de créatine | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans Frontiers in Neuroscience, les scientifiques du Laboratoire d’Étude de l’unité Neurovasculaire et Innovation Thérapeutique (LENIT) du SPI/DMTS (CEA Joliot/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), de CERES BRAIN THERAPEUTICS et de l’université de Sharjah ont étudié les altérations épigénétiques dans le déficit en transporteur de la créatine (CTD), une maladie infantile rare due à une mutation sur le gène Slc6a8, qui entraîne des retards de développement et une déficience intellectuelle.

 

Grâce à l’utilisation conjointe d’un modèle d’organoïdes cérébraux humains et un modèle de souris CTD, les auteurs ont pu montrer une diminution des niveaux de méthylation des acides nucléiques dans les cellules cérébrales CTD. Cette hypo-méthylation tend à être corrigée lors d’un traitement in vivo avec l’ester dodécylique de créatine (DCE), un candidat médicament prometteur qui augmente les réserves cérébrales de créatine associée à une amélioration des fonctions cognitive dans les modèles de souris CTD. Cette étude a ainsi permis de mettre en évidence la méthylation de l’ADN comme un marqueur potentiel pour évaluer l’efficacité du candidat médicament (DCE ou CBT101) en développement par CERES BRAIN THERAPEUTICS.

 

Dans une revue publié dans Cellular and Molecular Life Sciences, Aloise Mabondzo et deux de ses collègues, expertes dans le déficit en transporteur de la créatine (Dr Jiddeke van deKamp, département de génétique humaine, Amsterdam & Dr Saadet Mercimek‑Andrews, Université d’Alberta Neurosciences and Mental Health Institute, Canada), résument les avancées majeures et significatives du DCE (ou CBT101) comme candidat médicament pour le traitement du déficit en transporteur de la créatine.

 

Légende Figure : Physiopathologie du déficit en transporteur de la créatine et principales cibles thérapeutiques corrigées par le DCE (ou CBT101).

 

Contact : aloise.mabondzo@cea.fr

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Portrait Jeune Chercheur - Kévin Renault, chercheur en chemical biology

Portrait Jeune Chercheur - Kévin Renault, chercheur en chemical biology | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Kévin Renault a obtenu une thèse de doctorat en chimie organique en 2018 à l'université de Normandie à Rouen (France) sous la codirection du Dr. Cyrille Sabot et du Pr. Pierre-Yves Renard au laboratoire COBRA. Cette thèse s'intitule « Développement de ligations chimiosélectives « clic » – application à la synthèse de sondes fluorescentes ». Ces travaux avaient pour but le développement de nouvelle réaction de bioconjuguaison chimiosélectives permettant de réaliser le marquage par fluorescence de biomolécules tel que des protéines ou des peptides.

 

De 2019 à 2021, il a réalisé un premier stage postdoctoral au laboratoire ICMUB de l'université de Bourgogne, Dijon (France), sous la direction du Pr. Anthony Romieu. Il a travaillé sur le développement de nouvelles sondes fluorogéniques basées sur le principe d'assemblage covalent pour de la détection enzymatique. Il a ainsi travaillé sur plusieurs familles de molécules non-fluorescente qui par l’action d’une enzyme dont elle est substrat, va conduire à la formation in situ d’une molécule fluorescente.

 

De 2021 à 2023, Kévin a réalisé un second stage postdoctoral au laboratoire de Chimie Bio-Organique (CBO) sous la direction du Pr. Stéphane Vincent à l'Université de Namur, en Belgique. Son projet portait sur l’optimisation de la synthèse de radiotraceurs marqué au Fluor-18. Ainsi, il a travaillé au développement d’une nouvelle méthode de fluoration de radiotraceur de l’hypoxie tumorale comportant un noyau 2-nitroimidazole.

 

En novembre 2023, il rejoint le laboratoire Chimie et Modélisation pour la Biologie du Cancer - CMBC (UMR9187/U1196 INSERM/CNRS/UPSaclay/Institut Curie, Orsay) dirigé par le Dr. Florence Mahuteau-Betzer à l'Institut Curie en tant que Chargé de recherche CNRS. Il s’intéresse au développement de nouvelle sondes pro-fluorescente (OFF-ON) dans le but d’améliorer l’efficacité de l’imagerie des cancers et particulièrement dans le cadre de chirurgie des tumeurs assistée par la fluorescence. Ainsi, ses travaux portent sur le développement de sondes OFF-ON compatibles avec le vivant et présentant une absorption à 1 ou 2 photons dans des propriétés spectrales dans le proche Infra-rouge.

 

« Il y a toujours au moins deux solutions à un problème » - Bruno Fontaine

 

Contact : kevin.renault@curie.fr

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Faible activité des canaux calciques Orai1 dans le cœur : mystère résolu

Faible activité des canaux calciques Orai1 dans le cœur : mystère résolu | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’entrée de calcium (Ca2+) activée par la vidange des stocks intracellulaires de Ca2+ appelée SOCE pour store-operated Ca2+ entry joue un rôle important dans l’homéostasie calcique de nombreux types cellulaires, y compris les cellules cardiaques. Malgré une expression de la machinerie SOCE conservée au cours de l’évolution dans le cœur, son activité reste limitée à l’âge adulte. Cette entrée SOCE est permise par les canaux Orai1 et leurs régulateurs, les protéines STIM (stromal interaction molecule) qui sont les senseurs calciques des stocks intracellulaires. La famille STIM comprend deux membres STIM1 et STIM2, mais le rôle de STIM2 reste méconnu dans le cœur.

 

Dans une étude publiée dans Cell Calcium, les scientifiques du Laboratoire de signalisation et physiopathologie cardiovasculaire (UMR-S 1180 Inserm/UPSaclay, Orsay) ont révélé la présence d’un variant d’épissage, STIM2.1 dans les cellules cardiaques qui agirait en tant qu’inhibiteur d’Orai1, altérant la dynamique calcique mitochondriale essentielle pour la fonction cardiaque. Ainsi, la présence de STIM2.1 pourrait expliquer la faible activité SOCE dans les cellules cardiaques adultes en conditions normales. Dans des conditions pathologiques, l’expression de STIM2.1 est diminuée dans les tissus ventriculaires de patients atteints d’insuffisance cardiaque gauche sévère, pouvant expliquer l’exacerbation de l’entrée SOCE observée dans de nombreux modèles expérimentaux d’insuffisance cardiaque.

 

STIM2.1 pourrait donc être une cible thérapeutique potentielle pour lutter contre les altérations de la signalisation calcique participant au développement de l’insuffisance cardiaque, syndrome qui reste un problème de santé majeur dans le monde malgré les avancées thérapeutiques récentes.

 

Contact : jessica.sabourin@universite-paris-saclay.fr

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Le glutathion : régulateur clé du métabolisme et de la défense des plantes

Le glutathion : régulateur clé du métabolisme et de la défense des plantes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Peu de petites molécules possèdent une plus grande diversité fonctionnelle que le glutathion. Connu depuis longue date pour ses rôles antioxydants et détoxifiants chez la quasi-totalité des organismes, ce tripeptide soufré intervient également dans bien d’autres processus chez les plantes, tels que la nutrition et la synthèse de molécules de défense, notamment contre les organismes pathogènes ou encore les métaux lourds (voir Figure). 

 

Dans un article de synthèse paru dans Journal of Experimental Botany, Graham Noctor et Mathias Cohen, de l’Institute of Plant Sciences Paris-Saclay - IPS2 (CNRS/INRAE/UEVE/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), et leurs co-auteurs ont tenté de réaliser un bilan intégré de nos dernières connaissances de la biologie du glutathion chez les plantes, organismes sessiles contraints de faire face à de multiples agresseurs et stress pouvant significativement affecter leurs croissance et rendement.  

 

L’article est issu d’une collaboration entre l’équipe CCARS de l’IPS2 et des chercheurs du VIB-UGent Center for Plant Systems Biology, Belgique. C’est dans ce cadre international que le co-premier auteur, Mathias Cohen, réalise une thèse en co-encadrement dont la partie française est financée par une bourse de l’ADI, UP-Saclay.

 

L’article discute entre autres de la biosynthèse, du transport, et de la dégradation du glutathion, ainsi que les mécanismes par lesquels cette molécule, sous ses différentes formes, peut intervenir dans la régulation de la fonction protéique et de l’expression génique. Il inclut une méta-analyse approfondie, effectuée par M. Cohen, de l’expression des gènes associés au glutathion lors des réponses aux stress biotiques.

 

Globalement, l’article souligne l’importance du glutathion dans de multiples processus chez les plantes, notamment lors des interactions de ces dernières avec d’autres organismes, et discute des perspectives pour les recherches futures dans ce domaine.

 

Contact : graham.noctor@universite-paris-saclay.fr

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Le processus de mort pollinique dans la stérilité mâle cytoplasmique d'Arabidopsis thaliana mieux compris grâce à des approches cytologiques innovantes

Le processus de mort pollinique dans la stérilité mâle cytoplasmique d'Arabidopsis thaliana mieux compris grâce à des approches cytologiques innovantes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Chez les plantes à fleurs, les stérilités mâles cytoplasmiques (CMS) sont des incapacités à produire du pollen viable induites par des gènes mitochondriaux spécifiques. Elles induisent des polymorphismes sexuels dans les populations naturelles et sont largement utilisées pour la production au champ de semences hybrides chez les plantes cultivées. Les gènes inducteurs de stérilité ont été identifiés pour plusieurs CMS chez diverses espèces, mais les mécanismes par lesquels ces gènes, exprimés de façon ubiquitaire, conduisent à l'avortement du pollen sans affecter les autres organes restent très mal compris, bien que dans plusieurs cas un déficit de production d'ATP ait été documenté et soupçonné d'être la cause première de la stérilité.

 

Dans une étude publiée dans Journal of Experimental Botany, les scientifiques de l’Institut Jean-Pierre Bourgin – IJPB (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Versailles) en collaboration avec leurs collègues des Universités de Münster (Allemagne) et de Tokyo (Japon) ont utilisé des approches cytologiques pour mieux comprendre le processus d'avortement du pollen dans la CMS d'Arabidopsis thaliana.

 

Ils ont ainsi pu montrer que le développement des grains de pollen est désynchronisé dans les anthères des plantes stériles, la mort des grains survenant à des stades de développement variables. En utilisant une sonde ratiométrique fluorescente, ils ont établi que cette mort n'est pas déclenchée par un déficit en ATP. Ils ont également observé que le volume moyen des mitochondries augmente au cours du processus.

 

Cette étude souligne l'intérêt des nouveaux outils cytologiques permettant des approches centrées sur le pollen pour la compréhension des mécanismes mis en jeu par les mitochondries pour déclencher la mort pollinique.

 

Contact : francoise.budar@inrae.fr

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La triade catalytique de NARROW LEAF1 (NAL1) du riz implique H234

La triade catalytique de NARROW LEAF1 (NAL1) du riz implique H234 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La population mondiale devrait dépasser 9 milliards en 2050 (http://esa.un.org/unpd/ppp/index.htm). La plupart de cette augmentation se produira dans les pays en développement d'Asie et d'Afrique. D'ici 2035, une augmentation de 26% de la production de riz sera essentielle pour nourrir la population croissante. Le riz (Oryza sativa L.) est un aliment de base pour plus de 3 milliards de personnes, principalement en Asie. Principalement, les variétés indica sont cultivées dans le sud de la Chine, en Asie du Sud-Est et en Asie du Sud, occupant environ 70% de la superficie rizicole mondiale, tandis que les variétés japonica sont principalement cultivées en Asie de l'Est. En raison de l'urbanisation et de l'industrialisation, une augmentation du rendement des variétés indica est un besoin pressant en Asie du Sud-Est et en Asie du Sud. De plus, une bonne qualité des grains (influant sur la valeur marchande) et un rendement élevé sont essentiels pour l'adoption de nouvelles variétés dans les zones locales.

 

Une amélioration significative du rendement dans les variétés modernes de riz a été réalisée par l'identification d'un gène, SPIKELET NUMBER (SPIKE), dans une variété de riz indonésienne. Le SPIKE a augmenté le rendement en grains d'une variété indica, IR64, largement cultivée sous les tropiques, sur quatre saisons au niveau des champs et a amélioré l'architecture des plantes sans changer la qualité des grains ni la période de croissance, ce qui est important pour l'adaptabilité régionale.

 

NARROW LEAF1 (NAL1) exerce une influence multifacette sur la morphologie des feuilles et le rendement des cultures. Une étude cristallographique récente a proposé que l'histidine 233 (H233) fasse partie de la triade catalytique. En collaboration avec un laboratoire chinois, le groupe de recherche au LBPA-Laboratoire de Biologie et Pharmacologie Appliquée (ENS Paris-Saclay/CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) rapporte que contrairement à ce qui a été suggéré précédemment, H234 au lieu de H233 est un composant de la triade catalytique aux côtés des résidus D291 et S385 dans NAL1. De manière remarquable, le résidu 233 joue un rôle pivot dans la régulation de l'activité protéolytique de NAL1.

 

Cette étude, publiée dans Nature Plants, établit une base solide pour l'utilisation de NAL1 dans les programmes de sélection visant à améliorer le rendement des cultures. Elle montre que l'activité protéolytique de NAL1 peut être auto-régulée en fonction de la nature du résidu en position 233. Ces résultats élucident la nature unique de la triade catalytique de NAL1 et révèlent le mécanisme moléculaire responsable de l'augmentation de la production de grains dans les variétés de riz indica. En outre, ils introduisent une méthode immédiate et rationnelle pour améliorer le rendement en manipulant le résidu conservé 233 dans d'autres cultures.

 

Légende Figure : Une représentation en ruban du protomère NAL1SPIKE(31–458) (PDB 8PMM), mettant en évidence une vue détaillée du trou oxyanionique (à gauche) et de la triade catalytique (à droite), chacun étant encadré dans des boîtes désignées.

 

Contact : xxi01@ens-paris-saclay.fr

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Repenser le temps passé devant un écran : qualité plutôt que quantité

Repenser le temps passé devant un écran : qualité plutôt que quantité | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Notre utilisation constante d’appareils numériques peut affecter notre santé physique, notre bien-être social et potentiellement même notre cerveau. Ivan Jarić, chercheur au Laboratoire Écologie, Systématique et Évolution -ESE (CNRS/UPSaclay/AgroParisTech, Gif-sur-Yvette), a participé à une étude publiée dans World Psychiatry qui révèle que c’est peut-être davantage la façon dont nous passons notre temps en ligne, plutôt que le temps que nous passons, qui influence notre santé et notre bien-être.

 

En effet, une personne qui passerait quatre heures par jour en ligne, en interagissant constamment avec des notifications distrayantes puis en faisant défiler des flux infinis de médias courts qui peuvent être orientés algorithmiquement vers ses faiblesses, verrait sa concentration et son estime de soi diminuer. Une autre personne qui passerait le même temps mais utiliserait ce temps pour nouer de nouvelles relations sociales et engager son esprit avec un contenu éducatif stimulant, verrait augmenter son bien-être et son fonctionnement cérébral.

 

En rassemblant des études en neurosciences, en épidémiologie et en psychologie, cet article décrit comment les effets positifs ou négatifs de l'utilisation d'Internet pour un l’individu peuvent être influencés par des éléments simples comme l’âge, le genre et le statut sociodémographique, ainsi que par des facteurs complexes liés à la nature réelle de la « vie en ligne » des individus.

 

Il existe un corpus vaste et en croissance rapide de données numériques en ligne provenant des moteurs de recherche, des réseaux sociaux, des informations en ligne et des plateformes de partage de médias, qui vont grandement améliorer notre compréhension des effets de l'utilisation d'Internet à long terme.

 

Contact : ivan.jaric@universite-paris-saclay.fr

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Claire Magnon, interviewée dans Pour la Science - Cancer : « une tumeur est un simili organe connecté au système nerveux »

Il ne fait plus aucun doute que les tumeurs cancéreuses, qu’elles se développent dans le cerveau ou ailleurs dans l’organisme, entretiennent des liens complexes avec le système nerveux. Cette découverte a modifié en profondeur notre compréhension globale du cancer. L’éclairage de Claire Magnon, dont les travaux pionniers dans ce domaine ont lancé une nouvelle discipline : la neuroscience du cancer.

 

Claire Magnon est directrice de recherche de l’Inserm. Elle dirige le laboratoire Cancer et microenvironnement dans l’UMR 1274 (ex-UMR967, INSERM/CEA/UParis Cité/UPSaclay) à l’institut de biologie François-Jacob, au CEA, à Fontenay-aux-Roses. Docteur en pharmacie, ancienne interne de l’Assistance publique – hôpitaux de Paris, elle a été assistant professor au Albert Einstein College of Medicine, à l’université de New York.

 

Lire la suite de l’article dans Pour la Science

 

Contact : claire.magnon@inserm.fr

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Événements autour de l'innovation en oncologie - A NE PAS MANQUER

Événements autour de l'innovation en oncologie - A NE PAS MANQUER | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Vous êtes un porteur de projet ou travaillez dans une entreprise dans le domaine de l’oncologie ?

 

Vous souhaitez développez votre réseau ou parfaire votre business model ?

 

Les deux événements ci-dessous coorganisés par le consortium OncoSTART sont susceptibles de vous intéresser !

 

1) 13 juin 2024 (Paris)3ème Onco STARTUP Summit hébergé par les IFODS (Congrès national d’oncologie) au Rive Montpartnasse.

 

Cette journée 100% consacrée aux start-ups de l'oncologie rassemblera sur la journée l’ensemble des acteurs de l’écosystème de l’innovation en oncologie afin d’aider les entrepreneurs à faire avancer leurs projets ! De nombreux échanges avec + de 24 orateurs auront lieu sur les thèmes d’actualité de l’écosystème avec la présence des différents acteurs (entrepreneurs, industriels, investisseurs, structures d’accompagnement, etc…) et bien sûr la mise en valeur de nombreuses start-ups de l’oncologie au travers de sessions de pitchs (10 entreprises sélectionnées pour pitcher) ! Une journée à ne pas manquer coorganisée par Angels Santé, OncoSTART, Gustave Roussy Transfert, MATWIN, et le Paris Saclay Cancer Cluster !

 

Programme de la journée

Inscription (GRATUITE mais OBLIGATOIRE, places limitées)

 

2) 23 au 27 septembre 2024 (Kremlin-Bicêtre) 2ème OncoSTART Entrepreneurship School organisée par le consortium OncoSTART dans les locaux du Paris Saclay Cancer Cluster au Kremlin-Bicêtre. 

 

Cette formation accélérée dédiée à l’entrepreneuriat en oncologie permet à une quinzaine de participants de préciser et d’accélérer le business model de leur projet entrepreneurial. Prioritairement destinée aux porteurs de projet candidats à l’entrepreneuriat autour de la lutte contre le cancer au sens large, toutes technologies deeptech (thérapie, diagnostic, dispositif médical, numérique/IA…), cette formation intensive a pour but d’aider les entrepreneurs à mieux définir / optimiser leur business model. Ils s’appuieront sur les interventions de près de 40 intervenants experts (cliniciens, entrepreneurs, investisseurs, experts thématiques PI, RH, développement préclinique et clinique, représentants de patients, etc.) qui leur fourniront à la fois les bases théoriques et l’opportunité de mise en pratique au travers de cas concrets leur permettant de réussir à mener à bien leur projet entrepreneurial. Les participants (étudiants, chercheurs, entrepreneurs) peuvent avoir créé leur start-up récemment ou bien simplement avoir un projet entrepreneurial dans le domaine.

 

➡ Plus d’info (programme, modalités)

➡ Pré-inscription (sans engagement)

 

A propos de OncoSTART : Le consortium OncoSTART rassemble et mutualise aujourd’hui au niveau national les expertises, savoir-faire et réseaux spécifiques de 14 organisations engagées dans la recherche et l’innovation contre le cancer (cancéropôles, instituts Carnot, centres de lutte contre le cancer, cluster, accélérateur…). Coordonné par la plateforme MATWIN, ce collectif vise à dynamiser la création de start-ups à forte valeur ajoutée dans le secteur de l’oncologie et à soutenir le développement d’une filière plus visible à l’échelle internationale pour mieux répondre aux besoins des patients. Plus d’info sur : www.oncostart.fr 

 

Liste des membres : Canceropôle EstCancéropôle Grand OuestCancéropôle CLARACancéropôle Nord-OuestCancéropôle SudGustave RoussyInstitut Carnot AP-HPCarnot Curie CancerCarnot CALYMCarnot OPALELS LEADMATWINPSCCUnicancer.

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Éclairage sur le processus d’activation des hélicases MCM8-MCM9

Éclairage sur le processus d’activation des hélicases MCM8-MCM9 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les protéines MCM8 et MCM9 ont récemment été découvertes comme impliquées dans de multiples processus normaux et pathologiques liés à la réplication de l'ADN, la méiose, la recombinaison homologue et la réparation des mésappariements. Ce sont des hélicases : elles ont la capacité de se déplacer le long de l'ADN et de séparer les deux brins de l'ADN.

 

Les variants de ces protéines peuvent prédisposer les porteurs à des troubles tels que l'infertilité et le cancer. En 2019, un troisième partenaire, HROB, a été identifié comme associé à ces deux hélicases sans que ses mécanismes d'action ne soient compris. HROB étant capable d'interagir avec l'ADN, trois hypothèses fonctionnelles peuvent être envisagées :

  1. HROB participe au recrutement des hélicases sur l'ADN ;
  2. HROB stabilise l'assemblage de MCM8 et MCM9 sur l'ADN ;
  3. HROB promeut l'activité catalytique des hélicases pré-assemblées.

 

Dans une étude publiée dans Nature Communications, les chercheurs de l'équipe AMIG de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) ont collaboré avec une équipe de l'Institut de Recherche en Biomédecine (IRB) en Suisse pour établir différents modèles structuraux du complexe MCM8-MCM9-HROB. Guidés par ces modèles, un ensemble de mutations simples et compensatrices ont permis de disséquer le rôle fonctionnel d'HROB. Les équipes ont montré que seule la troisième hypothèse était correcte et qu'HROB est un facteur essentiel pour activer l'hélicase MCM8-MCM9 mais pas pour son recrutement, ni pour sa stabilité. Le modèle structural suggère qu'en altérant transitoirement la conformation d'une sous-unité MCM9, HROB stimule la translocation de l'hélicase le long de l'ADN. Grâce à ce modèle, il a été possible de concevoir des mutations qui augmentent l'efficacité de l'hélicase en présence de HROB.

 

Contact : raphael.guerois@i2bc.paris-saclay.fr

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L'étude de la crête neurale à l'échelle de la cellule unique éclaire les mécanismes de diversification précoce des cellules multipotentes embryonnaires

L'étude de la crête neurale à l'échelle de la cellule unique éclaire les mécanismes de diversification précoce des cellules multipotentes embryonnaires | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Au cours du développement embryonnaire, une séquence complexe de signaux et de régulations épigénétiques, transcriptionnelles ou post-transcriptionnelles orchestre rigoureusement l’expression du génome des premières cellules pluripotentes, créant la diversité cellulaire de l’organisme et l'organisation en tissus et organes. 

 

Une population cellulaire spécifique des vertébrés, les cellules de la crête neurale, constitue le paradigme parfait d’une large diversification à partir de progéniteurs multipotents. Ces cellules donnent en effet naissance à plus de trente types cellulaires différenciés, notamment neurones, glie, cellules pigmentées, cartilage, os, ou certaines cellules endocrines. Notre compréhension des mécanismes de cette extraordinaire diversification, surtout à ses étapes précoces, reste incomplète et limitée à l’échelle tissulaire.

 

Dans une étude longitudinale au cours du développement précoce, de la gastrulation à la neurulation, publiée dans PNAS, les chercheurs de l'équipe "Signalisation et Développement de la crête neurale" de l’unité Signalisation, Radiobiologie et Cancer (UMR3347/U1021 CNRS/INSERM/Institut Curie/UPSaclay, Orsay) ont analysé plus de 23 000 transcriptomes de cellules individuelles, pour caractériser chaque étape de la diversification précoce des progéniteurs de la crête neurale, les modéliser avec des outils de “machine learning", pour prédire des facteurs de transcription contrôlant chaque branchement vers des états cellulaires distincts.

 

Cette étude identifie un arbre d’états transcriptomiques complexe et des états cellulaires rares nouveaux. De plus, par une série de validations expérimentales in vivo, utilisant les approches d’embryologie moléculaire combinées à des analyses multiOmiques (ChIPseq, RNAseq) chez l'embryon du vertébré tétrapode Xenopus lavis, les auteurs valident plusieurs de ces modèles, fournissant ainsi une stratégie, des outils et un "benchmarking" pour analyser le développement à l'échelle de la cellule unique.

 

Légende Figure : (a) Les transcriptomes de 23 000 cellules de l'ectoderme et de la crête neurale ont été examinés et regroupés. (b) Divers outils de machine learning automatique, tels que SC Fates, ont été utilisés pour modéliser chaque passage d'un état à l'autre, prédisant, par exemple, que TFAP2E pourrait contrôler l'émergence d'un groupe migratoire de cellules de la crête neurale (NCC). (c-d) In vivo, la perte de TFAP2e bloque en effet la migration des NCC (c, les NCC, colorés en bleu, restent localisés dorsalement) tandis que la réactivation expérimentale de TFAP2E dans le contexte de perte de fonction (d) restaure la migration des NCC dans les embryons de X. laevis. La perte de TFAP2E dans les NCC, suivie par RNAseq et TFAP2E ChIPseq, a permis de valider un réseau de 1456 cibles centré sur TFAP2e et spécifique aux NCC. Les facteurs de transcription TFAP2e, SOX9 et PAX3 ont été les principaux exemples utilisés pour la validation in vivo dans cette étude.

 

Contact : anne.monsoro-burq@universite-paris-saclay.fr

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L'altération de la voie de signalisation du Bone Morphogenetic Protein 9 nuit à l'intégrité du lit vasculaire pulmonaire dans le syndrome hépatopulmonaire

L'altération de la voie de signalisation du Bone Morphogenetic Protein 9 nuit à l'intégrité du lit vasculaire pulmonaire dans le syndrome hépatopulmonaire | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les complications pulmonaires associées aux maladies hépatiques réduisent considérablement l'espérance de vie des patients concernés et constituent un important défi thérapeutique. Le syndrome hépatopulmonaire (SHP) se caractérise plus précisément par une prolifération et une dilatation des capillaires pulmonaires responsables de l’installation progressive d’une altération des échanges gazeux. Aucune thérapie pharmacologique efficace n'est actuellement disponible, la transplantation hépatique restant la seule option thérapeutique.

 

Une étude réalisée par le Dr Fabien Robert et dirigée par le Pr Laurent Savale, de l’UMR-S 999 « Hypertension pulmonaire : physiopathologie et innovation thérapeutique » (INSERM/UPSaclay, Le Plessis-Robinson et Le Kremlin-Bicêtre) et du Service de Pneumologie, Centre de Référence de l’Hypertension Pulmonaire (AP-HP, Hôpital Bicêtre), s’est intéressée au rôle du Bone Morphogenetic Protein 9 (BMP-9) dans la physiopathologie du SHP. Produit par le foie, le BMP-9 joue un rôle essentiel dans le maintien de l'homéostasie de la circulation pulmonaire et la protection de l'endothélium vasculaire.

 

Publiée dans American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, cette étude a pu montrer que le SHP était associé à des taux circulants abaissés de BMP-9 chez les patients cirrhotiques. Dans les modèles expérimentaux d’hypertension portale avec ou sans cirrhose associée, la diminution de l'activité de BMP-9 est liée au développement du SHP, avec une altération notable de sa voie de signalisation intra-pulmonaire et une réduction de la phosphorylation des protéines Smad1/5/8. Des rats transgéniques déficients en BMP-9 ont été développés, et présentent spontanément des dilatations pulmonaires ainsi qu’une baisse de l’oxygénation du sang, reproduisant ainsi les caractéristiques du SHP. De manière prometteuse, une approche pharmacologique visant à augmenter la signalisation pulmonaire du BMP-9 par le tacrolimus, un puissant activateur de la cascade de signalisation BMP9-Smad1/5/8, a permis de réduire considérablement les dilatations pulmonaires et d’améliorer les échanges gazeux.

 

Ces découvertes confirment l'importance de BMP-9 et de sa voie de signalisation dans les désordres de l'homéostasie vasculaire pulmonaire provoqués par la cirrhose. Elles ouvrent la voie à de nouvelles stratégies thérapeutiques prometteuses pour traiter les patients souffrants de SHP.

 

Contact : laurent.savale@aphp.fr

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La perte d’expression de la cytidine désaminase comme entrave potentielle au processus de cancérogenèse par réduction de l’activité basale de PARP-1 et augmentation du niveau d’expression de Tau

La perte d’expression de la cytidine désaminase comme entrave potentielle au processus de cancérogenèse par réduction de l’activité basale de PARP-1 et augmentation du niveau d’expression de Tau | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La cytidine désaminase (CDA) est une enzyme de la voie de « sauvetage » des pyrimidines qui catalyse la désamination hydrolytique de la cytidine ou de la désoxycytidine en uridine ou désoxyuridine. L'équipe "Instabilité génétique et cancérogenèse" de l'UMR3348 (Institut Curie/CNRS/UPSaclay, Orsay) avait découvert que la déficience en CDA est associée à plusieurs aspects de l'instabilité génétique tels que l'augmentation de la fréquence des échanges entre chromatides sœurs et des ponts anaphasiques ultrafins. Par des approches ex vivo, in vitro et in vivo l’équipe a cherché à (1) déterminer comment la déficience en CDA contribue à l'instabilité génétique, (2) explorer les relations possibles entre la déficience en CDA et la cancérogenèse, et (3) développer un nouveau traitement ciblant les tumeurs déficientes en CDA.

 

Une revue synthétisant les résultats révélant des relations jusque-là inconnues entre CDA, PARP-1 et Tau, et indiquant que la déficience en CDA n’augmente pas le risque de cancer, a été publiée dans Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. Ainsi, malgré l’instabilité génétique, la déficience en CDA non seulement ne confère pas de prédisposition au développement de cancers spontanés, mais limite le développement de tumeurs induites chimiquement.

 

A la lumière de ces résultats qui ouvrent des perspectives scientifiques et cliniques intéressantes, et de données de la littérature, une nouvelle hypothèse est proposée selon laquelle la perte d’expression de CDA, en entraînant une réduction de l'activité basale de PARP-1 et une augmentation de l’expression de Tau, pourrait refléter un mécanisme visant à prévenir, ralentir ou inverser le processus de cancérogenèse.

 

Légende Figure : La perte d’expression de CDA, en réduisant l’activité basale de PARP-1 et augmentant l'expression de Tau (ou MAPT, Microtubule-associated protéines Tau), pourrait être le reflet d’un mécanisme visant à prévenir ou ralentir le processus de cancérogenèse dans les cellules non tumorales, ou à inverser ou ralentir le processus de cancérogenèse dans les cellules tumorales.

 

Contact : mounira.amor@curie.fr

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Appel à projets 2024 - Immunologie et cancers pédiatriques

Appel à projets 2024 - Immunologie et cancers pédiatriques | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L'appel à projets "Immunologie et cancers pédiatriques" est ouvert à l’ensemble des disciplines, sans exception et a pour but de soutenir des projets particulièrement innovants en immuno-oncologie pédiatrique. 

 

Les projets déposés peuvent être des projets de recherche fondamentale ou translationnelle

 

Les équipes réalisant habituellement des travaux de recherche dans le champ de l’immuno-oncologie adulte sont fortement invitées à candidater à cet appel à projets. 

 

Les projets proposés pourront, par exemple (liste non limitative), être axés sur :

  • L’analyse de l’influence du système immunitaire sur le développement des tumeurs (ex : relations entre types de tumeurs et niveau de maturité de l’immunité) ; 
  • L’étude des interactions tumeur-microenvironnement (comprendre comment les cellules tumorales interagissent avec les cellules non malignes dans le microenvironnement et disséquer les mécanismes d’interactions entre les tumeurs et les cellules immunitaires) ; 
  • L’étude de l’immunogénicité des tumeurs et la réponse ou la résistance aux traitements ; 
  • La recherche et l’identification de nouvelles cibles immunothérapeutiques ; 
  • Le développement d’approches d’immunothérapie très innovantes (stade preuve de concept) ; 
  • L’analyse de l’évolution du système immunitaire en fonction de l’âge et les différences entre les systèmes immunitaires d’enfants atteints de cancers comparativement aux enfants non atteints ; 
  • etc. 

 

Informations

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Analyse simultanée de l'accessibilité de la chromatine et de la méthylation de l'ADN dans des génomes entiers de plantes grâce au séquençage à longue lecture

Analyse simultanée de l'accessibilité de la chromatine et de la méthylation de l'ADN dans des génomes entiers de plantes grâce au séquençage à longue lecture | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans Nucleic Acids Research, les scientifiques de l’Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay – IPS2 (CNRS/INRAE/UEVE/UPCité/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) et de l’unité Génétique Quantitative et Evolution – GQE-Le Moulon (UPSaclay/CNRS/INRAE/AgroParisTech, Gif-sur-Yvette) ont étudié plusieurs caractéristiques épigénétiques sur des séquences uniques et répétitives dans la chromatine des plantes.

 

Les régulations épigénétiques, telles que l'accessibilité de la chromatine, le positionnement des nucléosomes et la méthylation de l'ADN, jouent des rôles cruciaux dans la détermination de la fonction des gènes. Cependant, les méthodes actuelles d'étude de la chromatine, qui reposent sur des technologies de séquençage à courte lecture, peinent à analyser les régions répétitives du génome et ne peuvent pas examiner plusieurs caractéristiques de la chromatine à la fois. Les auteurs ont utilisé le séquençage par nanopores à longue lecture pour obtenir un profilage haute résolution de l'accessibilité de la chromatine marquée par m6A ainsi que de la méthylation endogène des cytosines dans Arabidopsis et le maïs.

 

Grâce à cette approche, ils ont révélé des interactions entre l'accessibilité et la méthylation de l'ADN au sein des gènes, des éléments transposables et des régions centromériques. Ils ont également montré que cette méthode peut être utilisée pour détecter les empreintes de l'ADN dans les régions régulatrices, indiquant où les facteurs de transcription se lient à la chromatine pour contrôler l'activité des gènes.

 

Dans l'ensemble, ce travail fournit une approche puissante pour étudier simultanément plusieurs caractéristiques épigénétiques, offrant ainsi de nouvelles perspectives sur les mécanismes complexes de la régulation des gènes chez les plantes.

 

Contact : leandro.quadrana@universite-paris-saclay.fr

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La grande évasion : quand le Staphylocoque doré échappe à l’inhibition par une classe d’antibiotiques

La grande évasion : quand le Staphylocoque doré échappe à l’inhibition par une classe d’antibiotiques | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’essentialité présumée de la voie de synthèse des acides gras (FASII) chez de nombreux pathogènes a conduit au développement d'une classe prometteuse d'antibiotiques, appelés ici « anti-FASII ». Le Staphylocoque doré, pathogène majeur de l’homme et du bétail, est sensible aux anti-FASII, qui atteignent leurs cibles ; cependant, les bactéries continuent à se multiplier en utilisant les acides gras environnementaux (eFA pour ‘environmental fatty acids’, tels que présent chez l’hôte animal) pour produire ses phospholipides membranaires.

 

Dans une étude publié dans iScience, Paprapach Wongdontree et collègues de l’Équipe MicrobAdapt (Institut MICALIS Inrae/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas), et en collaboration avec des équipes INSERM et CNRS, déchiffrent les conditions conduisant à l'adaptation des staphylocoques à l’arrêt de synthèse des acides gras, ici par un anti-FASII.

 

Des points clés de cette étude : 1- Le contournement de l’anti-FASII par l'incorporation d'acides gras provoque une reprogrammation massive des protéines du staphylocoque doré ; 2- L'adaptation aux anti-FASII entraîne une tolérance accrue au stress et une virulence réduite ; 3- Des stress oxydants, tel que le peroxyde, accélère l'incorporation d'acides gras et l'adaptation aux anti-FASII, impliquant le régulateur PerR.

 

Point essentiel à retenir : Les populations de bactéries pathogènes qui survivent au traitement anti-FASII subissent des changements durables et significatifs, qui peuvent exiger des moyens adaptés pour les détecter, et des traitements combinés pour les éradiquer.

 

Contact : alexandra.gruss@inrae.fr ou paprapach_w@kkumail.com

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Prédiction des phénotypes de cellules végétales grâce à la modélisation de l'allocation des ressources aux échelles cellulaires

Prédiction des phénotypes de cellules végétales grâce à la modélisation de l'allocation des ressources aux échelles cellulaires | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La compréhension et la prédiction de la réponse des cellules végétales dans des conditions environnementales complexes sont des défis majeurs en biologie végétale et en biologie prédictive. Dans une étude publiée dans Metabolic Engineering, les scientifiques de l’unité MaIAGE (INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas) et de l’Institut Jean-Pierre Bourgin – IJPB (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Versailles) ont développé un modèle d'allocation des ressources à l'échelle cellulaire et moléculaire pour la cellule photosynthétique de la feuille d'Arabidopsis thaliana, basé sur la méthode de modélisation sous contraintes appelée Resource Balance Analysis (RBA). Ce modèle contient le réseau métabolique et les principaux processus macromoléculaires impliqués dans la croissance et la survie des cellules végétales et localisés par compartiments cellulaires, et intègre ainsi des liens mécanistes explicites entre le génotype et le phénotype de la cellule végétale.

 

Les auteurs ont simulé le modèle dans des conditions environnementales variables de température, d’éclairement, de pression partielle de CO2 et d'O2, et ont comparé les simulations à des distributions de ressources connues et obtenues par protéomique ou fluxomique, à des traits phénotypiques quantitatifs tels que la vitesse relative de croissance, le rapport C/N, et enfin aux cinétiques de fixation de carbone données par le modèle empirique de Farquhar.

 

Le modèle a montré une bonne capacité de prédiction des échelles cellulaires. Il a donc le potentiel d’améliorer considérablement la prédiction des phénotypes des cellules végétales dans des conditions environnementales complexes, comme en limitation combinée d’apports hydriques, azotés ou de minéraux, et pour différents génotypes.

 

Contact : anne.goelzer@inrae.fr

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Lumière sur les lymphocytes B, acteurs clefs de la réponse immunologique antitumorale

Lumière sur les lymphocytes B, acteurs clefs de la réponse immunologique antitumorale | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les inhibiteurs des points de contrôles immunitaires ont bouleversé le paysage des traitements antitumoraux, en conduisant à des réponses majeures et durables dans des cancers métastatiques longtemps considérés comme incurables. Ces succès majeurs dans des tumeurs telles que le mélanome, le cancer du poumon, de la vessie ou du rein, ne doivent pas faire oublier que seule une minorité de patients présente ces réponses exceptionnelles, et que les outils pour sélectionner les meilleurs candidats à ces traitements sont limités.

 

L’exploration des mécanismes d’action de ces immunothérapies s’est longtemps focalisée sur les lymphocytes T effecteurs, mais un nombre croissant de publications mettent désormais en lumière un rôle clef des lymphocytes B. L’équipe du laboratoire d’immunomonitoring en oncologie – LIO (CNRS UMS 3655 – INSERM US 23, UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) avait notamment montré que les sous-populations B mémoires étaient favorablement associées à la survie dans le cancer du rein traité par immunothérapie (Carril-Ajuria et al., 2022).

 

Dans une nouvelle revue publiée dans Journal for Immunotherapy of Cancer, cette équipe revient sur l’importance des lymphocytes B dans la coordination de la réponse immunologique antitumorale, recouvrant l’activation des lymphocytes T cytotoxiques, la phagocytose et cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps, ainsi que la mémoire immunologique. Ces effets peuvent s’exercer grâce à la constitution de structures lymphoïdes tertiaires au sein de la tumeur, relais de la réponse immune permettant la maturation et l’expansion des lymphocytes B, et favorisant leurs interactions avec les cellules T et les cellules présentatrices d’antigènes.

 

Ces mécanismes doivent désormais être explorés à l’échelle de chaque type tumoral, où le contexte immunologique peut varier : certaines sous-populations B peuvent ainsi, selon le contexte, avoir un rôle pro- ou anti-tumoral. Le rôle des lymphocytes B régulateurs, une population mal connue et difficilement identifiable phénotypiquement, peut également expliquer certaines résistances à l’immunothérapie. Enfin, de nouveaux points de contrôle spécifiques des lymphocytes B commencent à être découverts, tel que TIM-1 (Bod et al., 2023), nouvelles cibles potentielles pour améliorer nos stratégies thérapeutiques d’immunothérapie.

 

Contact : ronan.flippot@gustaveroussy.fr

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La dynamique de la chromatine et le métabolisme des acides nucléiques : des armes à double-tranchant pour le maintien de l’intégrité du génome

La dynamique de la chromatine et le métabolisme des acides nucléiques : des armes à double-tranchant pour le maintien de l’intégrité du génome | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans un article de synthèse publié dans Nature Plants, l’équipe Dynamique des chromosomes de l’Institut des Sciences des Plantes Paris-Saclay - IPS2 (CNRS/INRAE/UEVE/UParis/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) résume nos connaissances actuelles concernant l’influence du métabolisme des acides nucléiques et de la dynamique de la chromatine sur le maintien de l’intégrité du génome.

 

Les mécanismes impliqués dans la détection et la réparation des dommages de l’ADN chez les plantes suscitent un intérêt croissant, mais sont principalement étudiés en réponse aux traitements génotoxiques. Ainsi, la totalité des revues disponibles sur le sujet porte sur les processus enclenchés en réponse aux dommages de l’ADN, mais très peu sur leur origine dans des conditions physiologiques, ou sur l’impact des modifications de la chromatine sur leur réparation. Pourtant, la principale source de lésions de l'ADN est l'activité cellulaire elle-même, et notamment le métabolisme des acides nucléiques. De plus, l’organisation de la chromatine influence fortement aussi bien la formation des dommages de l’ADN que leur réparation, notamment en ciblant de manière préférentielle les activités de réparation sur les régions codantes du génome. Ces relations complexes façonnent la distribution des mutations le long du génome.

 

Légende Figure : Voies impliquées dans la dynamique de la chromatine ou le métabolisme de l'ARN ayant une influence sur la formation de dommages à l'ADN ou le maintien de l’intégrité du génome chez les plantes.

 

Contact : cecile.raynaud@universite-paris-saclay.fr

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Portrait Jeune Chercheur - Luigi Maione, médecin chercheur en endocrinologie et maladies de la reproduction

Portrait Jeune Chercheur - Luigi Maione, médecin chercheur en endocrinologie et maladies de la reproduction | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Luigi Maione est Maitre de Conférence des Universités - Praticien Hospitalier dans le Service d’Endocrinologie et des Maladies de la Reproduction de l’Hôpital Bicêtre, médecin enseignant chercheur affilié à l’unité mixte de recherche UMR-S 1185 (INSERM/UPSaclay) située au Kremlin-Bicêtre, depuis septembre 2015.

 

Après l’obtention de son Diplôme d’Etudes Médicales et celui d’Etudes Spécialisées en Endocrinologie en Italie (Univ Vanvitelli, Naples, en 2005 et 2011), il a continué son parcours académique par un Master 2 (Faculté de Médecine Paris-XI, stage à l’unité INSERM U693) et par une Thèse de Sciences (Univ Federico II, Naples) de 2012 à 2015. Il a connu le système français à l’occasion de deux stages Erasmus et il en a fait le sien.

 

Au cours de son parcours hospitalo-universitaire, il s’est occupé de plusieurs thématiques tant sur le plan clinique, de l’enseignement et de la recherche.

 

Son domaine d’expertise principal est représenté par la neuroendocrinologie de la reproduction, incluant ses études de structure et fonction des médiateurs intervenant, au niveau hypothalamique et hypophysaire, dans l’activation des cellules gonadotropes de l’hypophyse et dans la régulation endocrine et exocrine des gonades. Il a donc mené des travaux de biologie moléculaire sur la signalisation de la GnRH et de son récepteur sur des modèles cellulaires, et, plus récemment, sur des modèles murins, suivant une année de formation-mobilité à la Harvard Medical School, Brigham and Women’s Hospital, dans le laboratoire dirigé par le Pr. Ursula Kaiser (2019-2020). Au-delà de la recherche fondamentale, il porte et participe à plusieurs projets de recherche clinique impliquant des patients ayant des anomalies de l’axe gonadotrope (telles que l’hyogonadisme hypogonadotrope congénital et le syndrome de Kallmann). Il est régulièrement invité comme expert au niveau national et international, il anime des réunions multidisciplinaires au niveau français.

 

En parallèle de la neuroendocrinologie de la reproduction, il a pu profiter de la richesse des cohortes de patients du Centre de Référence des Maladies Rares de l’hypophyse (CRMR-Hypo), dont l’Hôpital de Bicêtre est site constitutif, pour gérer plusieurs projets de recherche clinique portant sur les patients porteurs de lésions hypophysaires. Courant 2024, il devient coordinateur du Centre constitutif CRMR-Hypo de Bicêtre.

 

Plus récemment, Luigi Maione a pu monter des projets innovants sur l’utilisation et l’exploitation des techniques d’imagerie couplées aux dosages in situ pour mieux caractériser les lésions cervicales antérieures (thyroïdiennes, ganglionnaires et parathyroïdiennes). Cette nouvelle expertise lui a permis d’obtenir une nouvelle casquette et une expertise reconnue par la création et participation à plusieurs évènements hospitaliers et académiques. Il a monté le projet Cyto-TRAIN, né pour l’apprentissage du geste de cytoponction cervicale, en collaboration du laboratoire de simulation LabForSIMS, de l’Université Paris Saclay, depuis 2022.

 

« Les grands esprits discutent des idées ; les esprits moyens discutent des événements ; les petits esprits discutent des gens » - Eleanor Roosevelt

 

Contact : luigi.maione@aphp.fr

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