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Portrait Jeune Chercheur – Kevin Lachin, Maître de Conférences en Génie des Procédés

Portrait Jeune Chercheur – Kevin Lachin, Maître de Conférences en Génie des Procédés | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Kevin Lachin est Maître de Conférences en Génie des Procédés à AgroParisTech. Son activité de recherche prend place dans l’équipe ProBioSSep (Procédés microBiologiques, Stabilisation, Séparation) de l’UMR SayFood (Paris-Saclay Food and Bioproduct Engineering, INRAE/AgroParisTech/UPsaclay, Palaiseau).

 

Ses études d’ingénieur en Génie Chimique l’ont notamment sensibilisé à la nécessité d’apporter de la connaissance physique et mathématique fine aux procédés pour mieux les concevoir et les optimiser. Ce cursus lui a aussi permis de découvrir l’univers de la fluidique à échelle réduite, et les vastes perspectives scientifiques que cette thématique offrait. Il a ainsi poursuivi son cursus par un doctorat au Laboratoire de Génie Chimique (LGC), ayant débuté fin 2013 et portant sur la coagulation de latex en milliréacteur. A l’interface entre la physico-chimie, la mécanique des fluides et l’application technologique, cette expérience de thèse a été l’opportunité de mettre en œuvre différentes stratégies (théoriques et expérimentales) de compréhension des phénomènes physiques en jeu, dans l’objectif de mieux maitriser les procédés de coagulation. Il a été amené à conduire son étude sur plusieurs échelles : du nanomètre (modélisation mécanistique de l’agrégation de particules de latex) au millimètre (modélisation par CFD de l’hydrodynamique du procédé à l’échelle millimétrique et étude expérimentale de coagulation), en passant par le micromètre (bilans de population permettant de prédire les cinétiques d’évolution de taille des agrégats).

 

Fin 2017, Kevin a intégré AgroParisTech en qualité de Maître de Conférences Contractuel en Génie des Procédés. Cette expérience, d’une durée de trois ans, lui a permis de mieux appréhender les différentes facettes du métier d’enseignant-chercheur. Il a ainsi dispensé des enseignements en lien avec le Génie des Procédés dans diverses formations portées par l’établissement (Ingénieur et Master). Son activité de recherche au sein de l’équipe GéPro (ancienne UMR GENIAL) portait alors sur des problématiques de modélisation de procédés alimentaires et bioprocédés, notamment par analyse adimensionnelle.

 

Il a ensuite été recruté en Septembre 2020 dans le même établissement, en tant que Maître de Conférences non contractuel. Son activité d’enseignement est dans la continuité de celle développée auparavant. La thématique de recherche qu’il porte actuellement, de concert avec les préoccupations scientifiques de sa nouvelle équipe d’accueil (ProBioSSep), concerne l’intensification de procédés de séparation couplés à des bioprocédés. Ces procédés séparatifs sont notamment nécessaires à la récupération de molécules biosourcées d’intérêt. Il s’intéresse plus précisément à l’apport de la fluidique à échelle réduite pour la compréhension physique des phénomènes au sein de ces procédés, ainsi que leur intensification par réduction d’échelle. L’objectif est de pouvoir y minimiser la résistance au transfert de matière pour in fine aboutir à des procédés couplés bioconversion-séparation plus sobres que les options actuellement en vigueur, tout en développant des modèles robustes au changement d’échelle, et permettant ainsi une conception maîtrisée de ces procédés.

 

Contact : kevin.lachin@agroparistech.fr

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FOCUS PLATEFORME : Expérimentation à haut débit : accélérer l’innovation en découverte et optimisation de réactions chimiques !

FOCUS PLATEFORME : Expérimentation à haut débit : accélérer l’innovation en découverte et optimisation de réactions chimiques ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La plateforme d’expérimentation à haut débit (HTE – High-Throughput Experimentation) du CEA Paris Saclay (Institut Joliot, département médicaments et technologies pour la santé, Service de Chimie Bioorganique et de Marquage (SCBM)), créée en 2021, est la toute première de ce type dans le paysage académique français. Spécifiquement dédiée au développement accéléré et miniaturisé de nouvelles réactions chimiques, cette toute nouvelle plateforme a su convaincre le monde académique, comme industriel, chez qui la demande d’expertise en HTE est très forte.

 

Au-delà des projets de recherche internes, la plateforme d’expérimentation à haut débit collabore avec les laboratoires de recherche Servier notamment au travers d’une première thèse CIFRE dont le démarrage est prévu début 2023. La plateforme collabore également avec des chercheurs de l’écosystème académique français, dans le périmètre de l’Université Paris-Saclay, comme l’ICSN et l’ICMMO (financement Labex Charmmmat), mais également au-delà de la région parisienne, comme au travers d’une collaboration avec l’équipe de Marc Mauduit à l’Institut des Sciences Chimiques de Rennes (ISCR) où des expérimentations en métathèses d’oléfines asymétriques sont actuellement en cours. Nous espérons ainsi accélérer drastiquement les processus d’optimisation et pouvoir ainsi identifier le meilleur catalyseur chiral pour les transformations ciblées.

 

De plus, de par l’utilisation de réacteurs au format microplaque 96 puits, l’expérimentation à haut débit est également le moyen le plus efficace de générer de grandes quantités de résultats (positifs et négatifs) de manière standardisée, non dépendant du manipulateur. Ces données de qualité représentent une formidable source pour l’élaboration d’algorithmes prédictifs de haute qualité par Machine Learning. Le laboratoire s’est donc allié à l’autres acteurs européens comme IBM, Janssen ou encore ICIQ afin de proposer des actions permettant la généralisation du développement d’algorithmes prédictifs comme puissants outils pour l’élaboration de nouvelles méthodologies de synthèse.

 

La plateforme d’expérimentation à haut débit, est ouverte à la collaboration comme à la prestation, et souhaite se positionner en avant-garde de l’innovation en Synthèse Organique et Catalyse, et venir ainsi en soutien aux laboratoires des écosystèmes académiques et industriels français et européens.

 

Eugénie Romero-Laboureur (eugenie.romero@cea.fr)

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI

 

Aussi, le 25 avril dernier, la plateforme publiait son premier FOCUS PLATEFORME ! Accélérer l'innovation en découverte et l'optimisation de réactions chimiques … découvrez la toute nouvelle plateforme d'expérimentation à haut débit ! Le relire ?

 

MTS / Plateforme d’expérimentation à haut débit (HTE). L’expérimentation à haut débit (High-Throughput Experimentation - HTE) consiste en la miniaturisation et la parallelisation de réactions chimiques à une échelle standard de 10 micromoles pour la découverte ou l’optimisation de réactions, permettant un gain de temps et d’argent considérables, tout en augmentant drastiquement le nombre de combinaisons possibles (format standard : plaque 96 puits). Inspiré de la plateforme HTE de l’Université de Pennsylvanie (Philadelphie), le CEA s’est récemment doté de l’expertise et de l’instrumentation nécessaires pour permettre le développement de nouvelles méthodologies de synthèse ainsi que la résolution de transformations chimiques difficiles. La plateforme d’expérimentation à haut débit, créée en 2021, est accessible aux utilisateurs du monde académique comme industriel.

 

A propos de l’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot : L’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot (CEA-Joliot) étudie les mécanismes du vivant pour, à la fois, produire des connaissances et répondre à des enjeux sociétaux au cœur de la stratégie du CEA : la santé et la médecine du futur, le numérique et la transition énergétique. Les travaux, fondamentaux ou appliqués, reposent sur des développements méthodologiques et technologiques. Les collaborateurs du CEA-Joliot sont pour moitié impliqués dans des unités mixtes de recherche (UMR), en partenariat avec le CNRS, l'INRAE, l’INRIA, l'Inserm, l’Université Paris-Saclay et l’Université de Paris. Le CEA-Joliot est implanté principalement sur le centre CEA-Paris-Saclay. Des équipes travaillent également à Orsay, Marcoule, Caen, Nice et Bordeaux.

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Alimentation pro-végétale saine et moins saine, évolution des symptômes d’asthme et médiation par l’indice de masse corporelle chez les femmes âgées de l’étude française Asthma-E3N

Alimentation pro-végétale saine et moins saine, évolution des symptômes d’asthme et médiation par l’indice de masse corporelle chez les femmes âgées de l’étude française Asthma-E3N | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans le contexte de réflexion sur l’alimentation « durable », les scores alimentaires « healthy Plant-Based Diet Index » (hPDI) et « unhealthy Plant-Based Diet Index » (uPDI) permettent d’évaluer les effets sur la santé d’une alimentation pro-végétale saine et moins saine. Alors que les protéines animales semblent avoir un effet délétère sur le risque d’asthme, et que les végétaux complets auraient plutôt un effet bénéfique, on ignore l’effet des produits raffinés issus des végétaux. De plus, l’obésité pourrait moduler les associations entre types d’alimentation et asthme.

 

Des chercheurs de l’Équipe d’Épidémiologie Respiratoire Intégrative du CESP (UMR-S 1018 INSERM/UVSQ/UPSaclay, Villejuif) ont étudié les relations entre ces deux scores alimentaires (hPDI et uPDI) et l’évolution des symptômes d’asthme, et l’effet médiateur potentiel de l’indice de masse corporelle (IMC).

 

Chez 5700 femmes (âge moyen 63 ans) de la cohorte E3N, une alimentation pro-végétale saine (hPDI ; riche en céréales complètes, fruits, légumes) était associée à une incidence plus faible de symptômes d'asthme, un tiers de cette association étant médié par l'IMC ; et une alimentation pro-végétale moins saine (uPDI ; riche en pain, pâtes, riz blancs) était également associée à une incidence plus faible de symptômes d'asthme mais l’association était presque entièrement médiée par l'IMC.

 

Ces résultats publiés dans Nutrients suggèrent un effet positif sur les symptômes d’asthme d’une alimentation pro-végétale par rapport à une alimentation riche en produits animaux. Cependant seule l’alimentation pro-végétale saine, riche en végétaux complets a un effet propre, celui d’un régime pro-végétal moins sain étant entièrement médié par son effet sur la réduction de l’IMC.

 

Contact : raphaelle.varraso@inserm.fr

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Lancement des appels à projets 2023 de la FRM

Lancement des appels à projets 2023 de la FRM | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La Fondation pour la Recherche Médicale a le plaisir de vous annoncer le lancement de l’édition 2023 de son appel à projets Amorçage de jeunes équipes et de ses deux appels à projets thématiques 2023 :

 

Amorçage de jeunes équipes

 

L'appel à projets Amorçage de jeunes équipes est destiné à soutenir l’installation de nouvelles équipes de recherche en France.
La notice explicative est à votre disposition pour compléter la demande.

  • Ouverture des demandes : 9/02/2023 à 15h, heure de Paris
  • Clôture des demandes : 13/04/2023 à 15h, heure de Paris
  • Sélection des demandes : mai 2023

 

Approches interdisciplinaires pour comprendre les mécanismes fondamentaux des maladies neurodégénératives

 

Les maladies neurodégénératives constituent un défi médical parmi les plus importants actuellement dans le monde. Il est indispensable d’élucider les mécanismes fondamentaux impliqués dans l’étiologie de ces maladies complexes.
Après deux appels à projets, en 2019 dédié à la maladie d’Alzheimer et aux maladies apparentées, et en 2020 élargi à l’ensemble des maladies neurodégénératives, la FRM poursuit en 2023 son action dans ce domaine et lance un nouvel appel à projets pour soutenir des approches interdisciplinaires destinées à comprendre les mécanismes fondamentaux des maladies neurodégénératives.
L’ambition de la FRM est de continuer à attirer de nouveaux acteurs dans le domaine de recherche sur les maladies neurodégénératives, à favoriser les recherches interdisciplinaires pour explorer de nouvelles hypothèses et faire émerger de nouveaux concepts.
La notice explicative est à votre disposition pour compléter la pré-demande.

  • Ouverture des demandes : 24/01/2023 à 15h, heure de Paris
  • Clôture des pré-demandes : 15/03/2023 à 16h, heure de Paris
  • Sélection des demandes : automne 2023

 

Environnement et Santé

 

L’exposition chronique à des agents environnementaux (pollution de l’air, des sols, des eaux par des agents physiques ou chimiques, infectieux, ou des contaminants alimentaires) et les conséquences du changement climatique peuvent avoir des impacts multiples sur la santé humaine.
Dans cet appel à projets, la construction d’un consortium interdisciplinaire sera encouragée avec le but de promouvoir à terme une politique de prévention des pathologies liées à l’exposition environnementale.
Ces projets doivent être portés par au moins deux équipes de recherche de disciplines différentes, dont une équipe travaillant dans le domaine des sciences humaines et sociales, contribuant ainsi au développement de recherches interdisciplinaires entre les sciences biologiques et médicales et les sciences humaines et sociales. 
La notice explicative est à votre disposition pour compléter la demande.

  • Ouverture des demandes : mi-février 2023
  • Clôture des demandes : mi-mars à 16h
  • Sélection des demandes : automne 2023

 

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Didier Samuel, un hépatologue à la tête de l’Inserm

Didier Samuel, un hépatologue à la tête de l’Inserm | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans les tout prochains jours, Didier Samuel sera nommé à la tête de l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm). La nomination de cet hépatologue a été approuvée, jeudi 26 janvier, par le Parlement (30 voix pour, 18 voix contre). Mais députés et sénateurs se sont opposés : les premiers ont voté pour, les seconds contre, dénonçant « un nouveau fait du prince venu de l’Elysée », Emmanuel Macron ayant refusé de reconduire Gilles Bloch pourtant candidat à un second mandat. Dans un tweet, le sénateur des Hauts-de-Seine Pierre Ouzoulias (Parti communiste) a tenu à préciser que « ni la personne de Didier Samuel ni ses compétences ne sont remises en cause » par ce vote. Sa nomination devrait être entérinée lors d’un prochain conseil des ministres.

 

Lire la suite de l'article paru dans Le Monde.

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Les "Lundis de l'IPSIT" - Lundi 6 mars 2023 à 9h15

Les "Lundis de l'IPSIT" - Lundi 6 mars 2023 à 9h15 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it
Séminaire des Lundis de l'IPSIT le
Lundi 6 mars 2023, de 9h15 à 12h15,
Université Paris-Saclay - Bâtiment Henri Moissan - 17, avenue des Sciences, 91400 ORSAY
(Salle 4000 - HM1 recherche - 4e étage) 
Thème : CARDIO-ONCOLOGY

Pour vous inscrire, envoyer un mail à :  nadine.belzic@inserm.fr

Organisatrice : Véronique Leblais (Université Paris-Saclay, UMR-S 1180, Orsay)
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Fonds Marion Elizabeth Brancher - AAP 2023 Cellules Souches Adultes

Fonds Marion Elizabeth Brancher - AAP 2023 Cellules Souches Adultes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le Fonds Marion Elizabeth Brancher soutient la recherche sur les cellules souches adultes à travers un prix annuel de 5 000 € et des bourses doctorales et postdoctorales.

 

Date limite de candidature : 31 mars 2023.

 

En savoir plus

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SAVE THE DATE ! "Breaking Barriers in Chemical Science" - mardi 14 février 2023 9h30 à Henri Moissan

SAVE THE DATE ! "Breaking Barriers in Chemical Science" - mardi 14 février 2023 9h30 à Henri Moissan | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it
La Graduate School Chimie et la Graduate School Health and Drug Sciences vous invitent à partager un petit-déjeuner sur le thème "Breaking Barriers in Chemical Science". 
 
Dans le cadre de la journée mondiale organisée par IUPAC "Global Women's Breakfast", nous vous donnons RDV le mardi 14 février 2023 à partir de 9h30 en amphithéâtre A2 - bâtiment Henri Moissan - 17 avenue des Sciences - 91400 - Orsay. 
 
Cette matinée est ouverte à toutes et tous et l'inscription est obligatoire.
 
Date limite d'inscription : 11 février 2023

 

Plus d'information ICI.

 

La Graduate School Chimie et la Graduate School Health and Drug Sciences
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Cytokines inflammatoires : Biomarqueurs pronostiques dans l’hypertension artérielle pulmonaire (HTAP)

Cytokines inflammatoires : Biomarqueurs pronostiques dans l’hypertension artérielle pulmonaire (HTAP) | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La recherche de biomarqueurs pronostiques constitue un enjeu majeur dans la plupart des maladies graves, qu’elles soient aigues ou chroniques. Dans l’hypertension artérielle pulmonaire (HTAP), les biomarqueurs pronostiques utilisés en routine (BNP et NT-proBNP) sont le témoin d’une forme déjà avancée d’insuffisance cardiaque. L’identification de marqueurs pronostiques plus précoces permettrait d’anticiper une aggravation et d’améliorer la stratification du risque afin d’adapter la prise en charge thérapeutique de nos patients. L’inflammation étant impliquée dans le développement et la progression de l’HTAP, ce travail prospectif réalisé par l'UMR-S 999 (INSERM/UPSaclay, Le Plessis Robinson et Le Kremlin Bicêtre) et publié dans European Respiratory Journal, s’est intéressé au rôle pronostique des cytokines inflammatoires dans l’HTAP.

 

Cette étude est une étude ancillaire du PHRC EFORT (Evaluation of prognostic FactORs and Treatment goals in PAH) mené par le Pr Olivier Sitbon. Un panel de 20 cytokines a été dosé dans le sérum des patients, par un système automatisé d’immunoanalyses (ELLA), au moment du diagnostic de l’HTAP (avant toute intervention thérapeutique) puis au cours de la première réévaluation (3-4 mois après l’initiation du traitement de l’HTAP). Quatre-vingts patients étaient inclus dans l’étude (71% femmes, 66% HTAP idiopathiques, 20% HTAP héritables, 14% HTAP liées aux anorexigènes).

 

Trois cytokines (CXCL9, β-NGF et TRAIL) étaient indépendamment associées au pronostic (survie ou transplantation pulmonaire), à la fois lors du diagnostic et lors de la réévaluation ultérieure. Des niveaux élevés de CXCL9 et β-NGF prédisaient le décès ou la transplantation, alors qu’un niveau élevé de TRAIL était associé à un meilleur pronostic. La valeur pronostique de ces cytokines était plus puissante que les variables habituellement utilisées dans l’HTAP (classe fonctionnelle NYHA, distance parcourue au test de marche de 6 minutes et BNP/NT-proBNP).

 

Ces résultats ont été validés dans une cohorte de validation anglaise comprenant 125 patients.

 

Ces résultats suggèrent que le dosage sérique de CXCL9, β-NGF et TRAIL pourrait être utile pour identifier les patients atteints d’HTAP à risque élevé de décès afin d’adapter au mieux leur traitement et leur prise en charge.

 

Contact : athenais.boucly@gmail.com

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La protonthérapie en débit de dose ultra élevé (pFLASH) capable d’augmenter une réponse antitumorale dans un modèle préclinique de glioblastome

La protonthérapie en débit de dose ultra élevé (pFLASH) capable d’augmenter une réponse antitumorale dans un modèle préclinique de glioblastome | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La radiothérapie en débit de dose ultra élevé, nommée radiothérapie FLASH, est une des techniques les plus prometteuses dans le domaine de la radiobiologie. Cette approche est basée sur un dépôt de dose à une vitesse bien plus élevée que la radiothérapie normale, et permet ainsi d’irradier la tumeur avec une dose élevée en quelques millisecondes. La radiothérapie FLASH est associée à une réduction de la toxicité liée aux effets nocifs de la radiothérapie.

 

Dans une étude récemment publiée dans International Journal of Radiation Oncology Biology Physics, les chercheurs de l’équipe de Yolanda Prezado (UMR3347 / U1021, CNRS/INSERM/UPSaclay/Institut Curie, Orsay) et le Centre de Protonthérapie d’Orsay (CPO, Institut Curie, Orsay) ont utilisé un faisceau de protons a fort débit de dose généré par le cyclotron du centre de protonthérapie d'Orsay. Ils ont ensuite vérifié si l'effet FLASH était observé à ce débit en utilisant un faisceau de protons et, enfin, si la réponse immunitaire générée par cette technique était affectée.

 

Grâce à l'utilisation de tests du comportement, ils ont montré que la technique pFLASH diminue la perte cognitive de la mémoire sur des rats après avoir reçu une dose élevée de protons pendant le traitement. Ils ont également mis en évidence une forte infiltration de cellules immunitaires antitumorales dans le microenvironnement tumoral du glioblastome suite au traitement, notamment des lymphocytes T, B et Natural Killers (NK).

 

Les résultats de cette étude démontrent la capacité de pFLASH à étendre la fenêtre thérapeutique de la radiothérapie et sont très prometteurs pour une combinaison avec des techniques d'immunothérapie pour la guérison de cancers agressifs tels que le glioblastome.

 

Légende figure : Effets de l'irradiation du cerveau avec pFLASH chez un modèle de rat.

 

Contact : lorea.iturri@curie.fr ou yolanda.prezado@curie.fr

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La bonne surprise de Surprise !

La bonne surprise de Surprise ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Malgré son éloignement, l’île Surprise est étudiée depuis des décennies par des chercheurs en écologie. À deux journées de bateau de Nouméa, Nouvelle-Calédonie, cet îlot inhabité abritait une riche biodiversité d’oiseaux marins, mais les rongeurs introduits (rats et souris) avaient sévèrement impacté leurs populations. En 2000, les chercheurs ont décidé d’éradiquer les rongeurs envahissants tout en étudiant l’écosystème de manière approfondie. Avec des expéditions régulières 10 ans avant et jusqu’à 15 ans après l’éradication des prédateurs envahissants, les chercheurs ont été capables de suivre la cinétique de rétablissement de sept espèces d’oiseaux marins sur ce petit atoll. Quatre de ces espèces ont réagi très vite à l’élimination des prédateurs de leurs œufs et poussins, reconstituant rapidement la taille de leurs populations. Les trois autres espèces n’ont pas montré de signe de rétablissement, jusqu’à plus récemment, où une a fini par rapidement croître en nombre.

 

Cette étude, menée par les chercheurs du laboratoire Ecologie Systématique et Evolution - ESE (CNRS/AgroParisTech/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) et publiée dans Conservation Biology, est basée sur des expéditions répétées par de nombreux chercheurs et bénévoles. Elle montre d’une part, que certaines espèces peuvent mettre très peu de temps mais d’autres assez longtemps à se remettre d’une menace qui les affectait. Et d’autre part, que les études à long terme, à la fois avant et après éradication des espèces invasives, sont essentielles à cette démonstration.

 

Les écosystèmes et la biodiversité en général sont très résilients : ils se remettent généralement des pressions qui sont exercées sur eux lorsqu’on les relâche même si les populations de certaines espèces plus sensibles peuvent mettre de longues années à se reconstituer.

 

Contact : martin.philippe@universite-paris-saclay.fr

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Déterminants précoces de l’état de santé à l’âge adulte : une étude menée en population générale sur les données de la cohorte française Constances

Déterminants précoces de l’état de santé à l’âge adulte : une étude menée en population générale sur les données de la cohorte française Constances | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les conséquences à long terme d’une exposition à un environnement intra-utérin délétère ont déjà été démontrées. Afin de les explorer en population générale française, une analyse « outcome-wide » a été menée balayant un large spectre de pathologies ou états de santé de santé du jeune adulte. Cette étude, réalisée au service d'endocrino-diabétologie du Centre Hospitalier Sud Francilien (Corbeil-Essonnes), à l’UMS 011 (INSERM/UVSQ/UPCité/UPSaclay) et au CRESS (Paris), a inclus 73 315 participants de la cohorte française Constances, âgés de moins de 60 ans, et disposant d’une information fiable sur leur poids de naissance. Les chercheurs ont pris en compte l’âge des participants, les origines géographiques et catégories socioprofessionnelles de leurs parents, ainsi que les antécédents de santé de leur mère, qui peuvent être des facteurs de confusion.

 

Le poids de naissance moyen (10ème - 90ème percentiles) était de 3 390 g (2 800 g-4 000 g) chez les hommes et 3 247g (2 680 g-3 820 g) chez les femmes. Chez les hommes, un petit poids de naissance (<2 800 g) était associé à 1,33 fois plus de risque d’hyperglycémie ou de diabète, 1,27 fois plus de risque d’hypertriglycéridémie, 1,15 fois plus de risque d’hypertension artérielle, 1,13 fois plus de risque de stéatose hépatique, 1,12 fois plus de risque d’avoir un LDL-cholestérol élevé, 1,12 fois plus de risque d’anxiété, et 1,09 plus de risque de dépression. Un gros poids de naissance (> 4 000 g) était associé à 1,21 fois plus de risqué d’obésité. Chez les femmes, un petit poids de naissance (<2 680 g) était associé à 1,31 fois plus de risque d’hyperglycémie ou de diabète, 1,27 fois plus de risque d’hypertension artérielle, 1,20 fois plus de risque d’hypertriglycéridémie, 1,10 fois plus de risque d’anxiété, et 1,09 fois plus de risque d’asthme. Un gros poids de naissance (>3 820g) était associé à 1,24 fois plus de risque d’obésité, et 1,20 fois plus de risque de stéatose hépatique. Un petit et un gros poids de naissance étaient tous les deux associés à une probabilité plus faible d’avoir réalisé des études supérieures, chez les hommes comme chez les femmes.

 

Ces résultats, publiés dans Diabetes & Metabolism, confirment l’hypothèse selon laquelle l’état de santé d’une population adulte serait en partie déterminée par des expositions précoces. Des actions de prévention et peut-être de dépistage de certaines pathologies devraient s’envisager chez les individus concernés.

 

Légende Figure : risques relatifs de chaque état de santé étudié pour un petit ou gros poids de naissance par rapport à un poids de naissance normal.

 

Contact : coralie.amadou@universite-paris-saclay.fr

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Effet de la dysfonction thyroïdienne sur le risque de cancer du sein : une méta-analyse

Effet de la dysfonction thyroïdienne sur le risque de cancer du sein : une méta-analyse | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’hyperthyroïdie et l’hypothyroïdie sont des pathologies endocriniennes fréquentes qui pourraient être des facteurs de risque de cancer du sein chez la femme. Le rôle des hormones thyroïdiennes sur l’incidence du cancer du sein n’est cependant pas élucidé.

 

Dans une publication parue dans Endocrine-Related Cancer, les scientifiques de de l’équipe Epidémiologie des radiations du CESP (UMR-S 1018 INSERM/Gustave Roussy/UPSaclay, Villejuif) ont synthétisé de manière exhaustive les résultats de 21 études publiés sur MEDLINE, COCHRANE, Embase et Web of Science jusqu'au décembre 2021 dans le cadre d’une méta-analyse sur données agrégées.

 

Dans cette méta-analyse, les femmes diagnostiquées avec une hyperthyroïdie avait une augmentation significative de risque de cancer du sein (risque relatif (RR)=1,12, IC95% : 1,06-1,18, 3829 cas de cancer du sein chez les femmes hyperthyroïdiennes) comparativement aux femmes sans diagnostic de dysfonction thyroïdienne. A l’inverse, l’hypothyroïdie était associée à un risque plus faible de cancer du sein (RR = 0,93, IC95% : 0,86-1,00, 5576 cas de cancer du sein chez les femmes hypothyroïdiennes). Parmi de nombreux facteurs d’interaction potentiels qui étaient étudiés, les auteurs ont uniquement trouvé un effet de la ménopause. L'augmentation du risque associée à l’hyperthyroïdie était alors plus importante après ménopause (RR=1,19, IC95% 1,09-1,30), et la diminution du risque associée à l’hypothyroïdie était plus prononcée avant ménopause (RR=0,69, IC95% 0,53-0,89). Chez les femmes sans antécédent de maladie thyroïdienne, une augmentation de 1 mIU/L du taux sanguin de TSH était associée à une diminution de 0,8% (IC95% >0 à 1,5%) du risque de cancer du sein.

 

Cette méta-analyse est en faveur d’une association positive entre les niveaux d'hormones thyroïdiennes et le risque de cancer du sein chez la femme, qui dépend du statut ménopausique. Ces résultats pourraient aider à identifier les femmes présentant un risque plus élevé de cancer du sein et à mieux comprendre les mécanismes hormonaux à l’œuvre dans le développement des cancers du sein.

 

Contact : thi-van-trinh.tran@nih.gov ou neige.journy@gustaveroussy.fr

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Catherine Berrier : de la construction à la transmission des savoirs

Catherine Berrier : de la construction à la transmission des savoirs | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Catherine Berrier est professeure de biologie à l’Université Paris-Saclay et responsable du master 1 Métiers de l’enseignement, de l’éducation et de la formation (MEEF), parcours sciences de vie et de la terre à la Faculté des sciences d’Orsay. Elle assure également la responsabilité de ce parcours pour toute l’académie de Versailles. Après presque trente années partagées entre un enseignement orienté préparation aux concours de l’enseignement et une activité de recherche l’ayant menée de la bactérie au cerveau, elle se consacre aujourd’hui à des missions transverses dédiées aux métiers de l’enseignement : elle est désormais responsable du service de formation des enseignants de la Faculté des sciences d’Orsay et occupe le poste de directrice-adjointe Formation de la Graduate School Éducation, Formation, Enseignement de l’Université.

 

Lire la suite du portrait ICI.

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Portrait Jeune Chercheur - Pierre-Antoine Précigout, chercheur en agroécologie

Portrait Jeune Chercheur - Pierre-Antoine Précigout, chercheur en agroécologie | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Pierre-Antoine Précigout est chargé de recherche INRAE dans l’équipe « Écophysiologie et physico-chimie des interactions biosphère-atmosphère » (Eco&Phy) de l’UMR Écologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes – ECOSYS (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay) depuis Septembre 2021.

 

Pierre-Antoine Précigout a suivi une formation de biologie générale à l’École Normale Supérieure de Paris, à l’issue de laquelle il a passé l’agrégation de Sciences de la Vie et de la Terre à l’Université Paris-Sud, devenue Paris-Saclay. Il s’est ensuite spécialisé en écologie puis en écologie évolutive appliquée à l’agroécologie. Son travail de doctorat, encadré par Corinne Robert (INRAE ECOSYS) et David Claessen (ENS Ulm) a porté sur les possibles réponses épidémiologiques et évolutives de la rouille brune à des variations de niveau de fertilisation du blé qu’elle attaque. Il montre que si une baisse du niveau de fertilisation permet de limiter les épidémies de rouille, ce bénéfice pourrait n’être que ponctuel car le pathogène pourrait s’adapter à ce nouvel environnement nutritif, notamment en changeant la durée de son cycle infectieux.

 

A l’issue de son doctorat en 2018, Pierre-Antoine Précigout a souhaité poursuivre son travail de recherche en écologie théorique et continuer de s’intéresser aux interactions entre les plantes cultivées et les champignons pathogènes qui les attaquent, vus comme des systèmes ressource-consommateur. Lors d’un premier post-doc en continuité de sa thèse, réalisé au Rothamsted Research Centre en Angleterre, il a montré qu’à l’échelle d’un paysage, l’hétérogénéité spatiale de niveau de fertilisation pouvait conduire à l’apparition de variants du pathogène, chacun plus adapté à un niveau de fertilisation donné. 

 

Après s’être concentré sur un pathogène, la rouille brune, et une pratique agricole, la fertilisation des cultures, il a souhaité élargir la gamme des processus pris en compte dans ses modèles. Dans un second post-doc en collaboration avec le Centre d’Écologie Fonctionnelle et Évolutive de Montpellier, il a comparé l’impact de différentes pratiques de diversification des cultures (mélanges de variétés, mosaïques de cultures, rotation de cultures) sur deux espèces de pathogènes aux cycles de vie contrastés et dans différents contextes climatiques. Dans un troisième post-doc au sein de l’UMR ECOSYS, il s’est intéressé également à la diversification des paysages agricoles, et plus spécifiquement aux services écosystémiques de régulation que peuvent fournir certains éléments semi-naturels tels que les haies. L’ensemble des résultats obtenus souligne l’importance de prendre en compte les interactions entre les caractéristiques des organismes étudiés, les conditions météorologiques et les échelles spatiales et temporelles des pratiques pour réfléchir à la diversification agroécologique de nos paysages agricoles.

 

La recherche de Pierre-Antoine Précigout au sein de l’UMR ECOSYS vise à comprendre et prédire comment, à l’échelle du paysage, la diversification des cultures et des pratiques agricoles peuvent permettre de réguler durablement les pathogènes des cultures. En combinant approches de modélisation mathématique, analyse de données, observations de terrain et expérimentation, il cherche à mieux connaître les dynamiques épidémiologiques et évolutives des pathogènes des cultures dans des contextes ou des scénarios agroécologiques diversifiés zéro-pesticides. Étudier les capacités d’adaptation des pathogènes aux pratiques agroécologiques est fondamental pour s’assurer de leur durabilité.

 

« Observer la nature est à la fois source d’émerveillement toujours renouvelé et d’inspiration pour la recherche. »

 

Contact : pierre-antoine.precigout@inrae.fr

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La protéine P du virus de la rage se lie à la kinase TBK1 et interfère avec la formation de condensats liquides liés à l'immunité innée

La protéine P du virus de la rage se lie à la kinase TBK1 et interfère avec la formation de condensats liquides liés à l'immunité innée | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les virus doivent surmonter la réponse antivirale médiée par l'interféron (IFN) pour se répliquer et se propager dans leur hôte. Ainsi, la phosphoprotéine P du virus de la rage (RABV) est connue pour inhiber l'induction de l'interféron en bloquant la phosphorylation du facteur de transcription IRF3.

 

Dans un article publié dans Cell Reports, les chercheurs de l’équipe Rhabdovirus de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) et de la plateforme Imagerie Gif ont étudié les bases moléculaires de cette inhibition. Pour cela, ils ont profité du phénotype distinct de deux souches de RABV (SAD et CVS) par rapport à leur capacité à inhiber l'induction d'IFN. Ils ont démontré que P-SAD, mais pas P-CVS, inhibe l'induction de l'IFN. Une seule substitution de résidu d'acide aminé en position 179 est responsable de la différence de phénotype observée entre les deux souches. Par conséquent, un virus recombinant SAD-S179P (dans lequel P-SAD est remplacée par sa version S179P non inhibitrice) présente un défaut de croissance dans des cellules productrices d'IFN.

 

En utilisant la spectrométrie de masse, les chercheurs ont identifié TBK1 comme une protéine qui interagit préférentiellement avec les formes inhibitrices de P. TBK1 est la kinase qui phosphoryle IRF3, elle se situe au carrefour de nombreuses voies d'induction d'interféron. Les mutations des sites de phosphorylation de TBK1 abolissent sa liaison à la protéine P.

 

Plus important encore, ils démontrent que lors d'une infection par RABV ou d'une détection d'ARNdb par les senseurs de l'immunité innée, TBK1 et ses protéines adaptatrices NAP1 et SINTBAD forment des condensats cytoplasmiques dynamiques qui ont des propriétés liquides. Ces condensats peuvent former des agrégats plus grands ayant des structures annulaires dans lesquelles NAP1 et TBK1 présentent un mouvement localement restreint. La liaison de P à TBK1 interfère avec la formation de ces structures.

 

Ce travail démontre que les protéines de la voie de signalisation induisant l’IFN forment de façon transitoire des condensats liquides pouvant être ciblés par des virus.

 

Contact : yves.gaudin@i2bc.paris-saclay.fr ou cecile.lagaudriere@i2bc.paris-saclay.fr

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Conférence "Négociations internationales sur le climat et la biodiversité, de quelle agriculture parle-t-on ?" - 6 février 2023 à 18h - Campus Agro Paris-Saclay & VISIO

Conférence "Négociations internationales sur le climat et la biodiversité, de quelle agriculture parle-t-on ?" - 6 février 2023 à 18h - Campus Agro Paris-Saclay & VISIO | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La délégation COP climat d'AgroParisTech et Marius Ruchon (jeune délégué biodiversité au Ministère de la Transition Ecologique) vous invitent à parler agriculture et négociations internationales sur le climat et la biodiversité avec des expert.e.s de divers horizons

le lundi 6 février de 18h à 19h30

à Saclay (Amphi B1-01) ou en direct sur Youtube (chaîne Les Agros à la COP & AgroParisTech Alumni)

 

Négociations internationales sur le climat et la biodiversité, de quelle agriculture parle-t-on ?

 

avec

 

Introduction par Laurent Buisson

 

Philip Roche, Directeur de recherche à l'INRAE et chargé de mission biodiversité au Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Innovation

 

Morgan Ody, Coordinatrice générale de la Confédération paysanne

 

Patricia Larbouret, cheffe du bureau changement climatique et biodiversité au Ministère de l’agriculture et de l’alimentation

 

La COP15 sur la biodiversité s’est terminée à Montréal en décembre dernier après la COP27 sur le climat à Sharm-el-Sheik en novembre. Avec des expert.e.s du sujet, nous allons nous questionner sur la place du secteur agricole dans ces discussions, les connexions entre les enjeux environnementaux et l'agriculture et enfin le type d’agriculture vers lequel les pays s’engagent au travers de leurs accords internationaux.

 

Si vous souhaitez assister à la conférence sur place, inscrivez-vous sur ce lien,

 

À très bientôt !

 

Auriane Meiller, Anna Antraygues (délégations AgroParisTech COP climat) et Marius Ruchon (jeune délégué biodiversité MTE)

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Les "Lundis de l'IPSIT" - Lundi 13 mars 2023 à 9h15

Les "Lundis de l'IPSIT" - Lundi 13 mars 2023 à 9h15 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Séminaire des Lundis de l'IPSIT le :

Lundi 13 mars 2023, de 9h15 à 12h15,
Université Paris-Saclay - Bâtiment Henri Moissan - 17, avenue des Sciences, 91400 ORSAY
(Salle 4000 - HM1 recherche - 4e étage) 

Thème : Photochimie, composés «cagés»


Pour vous inscrire : envoyer un mail à  : nadine.belzic@inserm.fr


Organisatrice : Christine Tran (MCU, Laboratoire BioCIS, Equipe CoSMIT, UMR 8076, ORSAY - 91)

 

Intervenants :

  • Alexandre SPECHT (Directeur de recherche au CNRS, Laboratoire de Conception et Application de Molécules Bioactives, Équipe CNM, UMR 7199 CNRS/Unistra, ILLKIRCH - 67)
  • Ludovic JULLIEN (PASTEUR, Département de chimie, École normale supérieure, PSL University, Sorbonne Université, CNRS, Paris 5e - 75)
  • Laetitia MONY(Chargée de Recherche, INSERM, Institute of Biology, École Normale Supérieure, INSERM U 1024, CNRS UMR 8197, Paris 5e - 75)
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GS Biosphera  - "Scientific publishing: publication models, scientific integrity & Open Science" - 27 mars 2023

GS Biosphera  - "Scientific publishing: publication models, scientific integrity & Open Science" - 27 mars 2023 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

The GS Biosphera invites the PhD fellows of Université Paris-Saclay to participate in the seminar "Scientific publishing: publication models, scientific integrity & Open Science".


The seminar will take place on 27 March 2023 from 9am to 1pm on the AgroParisTech campus Agro Paris-Saclay (amphitheater A-1).


The participants will be sensitized on Open Science practices and motivated to engage on the Open Science movement. The seminar is intended first to PhD candidates of the GS Biosphera but is open to the entire community of the GS Biosphera and UPSaclay (i.e., researchers, professors), provided that places are available.


The information of the program is in the following ADUM link.

 

PhD fellows can use the ADUM link for registration. UPSaclay colleagues who are not PhD candidates can register HERE.

 

In addition, other training sessions dealing with various aspects of open science are organised during 2023 Spring: further information here (the courses are already on ADUM and polls will be sent in due time for colleagues).

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Appel à projets 2023 - Fondation pour la Recherche sur les AVC

Appel à projets 2023 - Fondation pour la Recherche sur les AVC | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La Fondation pour la recherche sur les AVC finance des projets portant sur la perte d'autonomie (50 000 €) et sur la douleur post-AVC (30 000 €).

 

Date limite de candidature : 19 mars 2023.

 

En savoir plus (pdf)

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Comment instruire un gène où et quand il doit être actif ?

Comment instruire un gène où et quand il doit être actif ? | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La formation de l'embryon, de l'homme à la mouche, nécessite une orchestration précise de l'activité des gènes : les gènes doivent être activés au bon moment, au bon endroit et au bon niveau. Cette régulation de l'activité intègre différents niveaux, y compris l'activation des éléments régulateurs par la liaison du facteur de transcription, la séparation entre les régions régulatrices du génome par la liaison de la protéine isolante aux frontières, les modifications épigénétiques de grandes étendues d'ADN et la conformation tridimensionnelle des chromosomes. La façon dont ces niveaux de régulation interagissent entre eux, et en particulier comment ils peuvent s'instruire, reste mal comprise.

 

Dans une étude publiée dans Cell Reports, la doctorante Laura Moniot-Perron dans l’équipe Dynamique de la Chromatine de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), sous la direction de Daan Noordermeer et Sébastien Bloyer, a étudié cette question pour le gène Abd-B, gène prototype de l'embryogenèse. Le gène Abd-B code pour un facteur de transcription qui spécifie les identités segmentaires le long de l'axe corporel antéro-postérieur (tête-queue). À différentes positions le long de cet axe corporel, le gène est activé par différents éléments régulateurs qui sont situés de plus en plus près sur le chromosome à des positions plus postérieures. Jusqu'à présent, la question comment les différents niveaux de régulation sont impliqués dans l'activité différentielle le long de l'axe du corps est restée largement inconnue. La comparaison des cellules de différentes positions le long de l'axe antéro-postérieur a révélé l'importance de la frontière Fab-7 pour créer différents domaines de modifications épigénétiques et de conformation tridimensionnelle chromosomique. Les organisations spécifiques de type cellulaire qui en résultent activent de manière différentielle les différents promoteurs du gène Abd-B, révélant ainsi de nouvelles possibilités pour affiner précisément l'activité des gènes impliqués dans l'embryogenèse.

 

Contact : daan.noordermeer@i2bc.paris-saclay.fr

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Propriétés des biocondensats formés in vitro et in cellula par la phosphoprotéine et la nucléoprotéine du virus de la rage

Propriétés des biocondensats formés in vitro et in cellula par la phosphoprotéine et la nucléoprotéine du virus de la rage | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les usines virales du virus de la rage sont formées par séparation de phase liquide-liquide. Nevers et coll. ont développé et caractérisé deux système minimaux, l’un cellulaire, l’autre acellulaire qui conduisent à la formation de condensats qui ont les mêmes propriétés que les usines virales.  

Le virus de la rage cause une encéphalite mortelle chez les mammifères. Sa transcription et sa réplication ont lieu dans des usines virales, les corps de Negri (CN), formées par séparation de phase liquide-liquide (SPLL). Le décryptage des bases moléculaires à l’origine de ces processus nécessite la conception de systèmes minimaux faciles à manipuler récapitulant les caractéristiques de ces usines.

 

La co-expression de la nucléoprotéine (N, qui lie le génome viral) et de la phosphoprotéine (P, un cofacteur de la polymérase virale) dans les cellules induit la formation de condensats aux propriétés semblables à celles des CN. Ce système minimal cellulaire avait déjà permis d’identifier les domaines de P essentiels à la formation des condensats. Dans un article paru dans PLoS Pathogens, les chercheurs de l’équipe Rhabdovirus de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) et de la plateforme Imagerie Gif ont construit des versions fluorescentes de N et analysé leur dynamique dans les condensats par FRAP. N se comporte différemment de P : il n'y a pas de retour de fluorescence de N après photoblanchiment. Les chercheurs ont aussi identifié 3 arginines et 2 boucles de N impliquées dans la formation des condensats.

 

Ils ont ensuite démontré qu'in vitro, dans des environnements encombrés, P et le complexe N0-P (dans lequel N ne lie pas d’ARN) purifiés forment des condensats liquides. Les domaines de P requis pour la SPLL dans ce système acellulaire sont ceux requis dans le système minimal cellulaire. Les condensats de P lient les liposomes, concentrent l'ARN et subissent une transition liquide-gel au cours du temps. Enfin, les condensats de N0-P perdent leurs propriétés liquides en présence d’ARN.

 

Ces données soulignent le rôle de P dans ces processus et révèlent des caractéristiques des condensats de P et N0-P pertinentes pour expliquer les propriétés des CN telles que leur capacité à s’entourer de membranes aux stades tardifs de l'infection ou à éjecter des nucléocapsides. Ces systèmes minimaux serviront à caractériser les interactions entre les protéines impliquées dans la formation des CN par des techniques de biophysique.

 

Contact : yves.gaudin@i2bc.paris-saclay.fr

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Les patients déprimés qui répondent au traitement antidépresseur ont un risque accru de développer un syndrome métabolique ultérieur : résultats de la cohorte METADAP

Les patients déprimés qui répondent au traitement antidépresseur ont un risque accru de développer un syndrome métabolique ultérieur : résultats de la cohorte METADAP | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le trouble dépressif majeur a un impact important sur la morbi-mortalité des personnes qui en sont atteintes. Toutefois, sa physiopathologie reste mal comprise. Au cours des dernières années, l’hypothèse métabolique de la maladie dépressive a été proposée. C’est un des axes de travail de l’équipe MOODS (CESP UMR-S 1018 INSERM/UVSQ/UPSaclay,Faculté de Médecine Paris Saclay, Service de Psychiatrie de l’hôpital Bicêtre, AP-HP).

 

L'objectif d’une étude récente de l’équipe parue dans Psychological Medicine était d'évaluer de manière prospective l’impact de la réponse au traitement antidépresseur sur le développement d’un Syndrome Métabolique (SX) chez des patients hospitalisés pour une dépression sévère, dont le poids était normal avant l’introduction du traitement antidépresseur. Dans la cohorte prospective METADAP, les patients déprimés ont été évalués après 3 mois de traitement pour la réponse au traitement, et après 3 et 6 mois de traitement pour l'incidence du SX et de ses différents critères (périmètre ombilical augmenté, pression artérielle élevée, triglycéridémie élevée, faible taux de HDL-cholestérol, et taux élevé de glycémie à jeun).

 

Le résultat original de cette étude est que les patients déprimés qui ont répondu au traitement antidépresseur après 3 mois (58%) ont 8 fois plus de risque de développer un SX après 6 mois de traitement que les patients qui n’ont pas répondu au traitement (10/79 vs 1/38 ; OR = 8,58, 95%CI [3,89-18,93], p < 0,001).

 

Il est donc important que les médecins et les infirmières surveillent le profil métabolique des personnes souffrant d’une maladie dépressive traités par antidépresseurs, en particulier des patients qui répondent au traitement antidépresseur.

 

Contact : emmanuelle.corruble@aphp.fr

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Nouvelle annotation du génome de Podospora anserina grâce à la réexploitation de multiples données RNA-seq

Nouvelle annotation du génome de Podospora anserina grâce à la réexploitation de multiples données RNA-seq | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les données RNA-seq présentes dans les bases de données sont souvent sous-utilisées, bien qu’utiles pour améliorer l'annotation fonctionnelle des génomes eucaryotes. Ceci est particulièrement vrai pour les génomes de champignons filamenteux dont la structure diffère de la plupart des génomes de levure. Podospora anserina est un champignon filamenteux modèle dont le génome a été séquencé et annoté en 2008. Cependant, l'annotation actuelle manque d'informations sur les éléments cis-régulateurs, y compris les promoteurs, les sites de début de transcription et les terminateurs, qui sont essentiels pour intégrer les caractéristiques épigénomiques dans les stratégies de régulation globale des gènes.

 

Dans un article publié dans BMC Genomics, les chercheurs de l’équipe Epigénomique et Développement chez les Champignons (EDC) de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) ont utilisé 37 RNA-seq qui ont été obtenus dans des conditions physiologiques contrastées pour compléter l'annotation fonctionnelle du génome de P. anserina. Sur les 10800 gènes précédemment annotés, les 5'UTR et 3'UTR ont été définis pour 7554 d'entre eux, parmi lesquels 3328 présentaient des signaux différentiels de début et/ou de fin de transcription. En outre, des événements d'épissage alternatif ont été détectés pour 2350 gènes et 1732 nouvelles régions transcriptionnellement actives (nTAR) dans des régions non annotées ont été identifiées. Leur étude fournit une annotation fonctionnelle complète du génome de P. anserina, y compris des caractéristiques de la chromatine, les éléments agissant en cis tels que les UTR, les événements d'épissage alternatif et la transcription des régions non codantes.

 

Ces nouveaux résultats amélioreront probablement notre compréhension des stratégies de régulation des gènes dans les génomes compacts, tels que ceux des champignons filamenteux. La caractérisation des transcrits alternatifs et des nTARs ouvre la voie à la découverte de nouveaux gènes putatifs, de peptides alternatifs ou d'ARN non codants régulateurs.

 

Contact : pierre.grognet@i2bc.paris-saclay.fr

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HIF1A identifié comme facteur clé de la reprogrammation métabolique des fibroblastes associés à la polyarthrite rhumatoïde

HIF1A identifié comme facteur clé de la reprogrammation métabolique des fibroblastes associés à la polyarthrite rhumatoïde | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le rôle clé des fibroblastes associés à la polyarthrite rhumatoïde (RASFs) dans la pathogenèse de la maladie s’illustre notamment par la destruction de la matrice extracellulaire, l'angiogenèse, la modulation du système immunitaire, la résistance à l’apoptose et la prolifération cellulaire. Leur activation semble être induite par des altérations métaboliques résultant d'un dérèglement des systèmes de signalisation et de régulation génique. 

 

En combinant des formalismes de modélisation qualitatifs et quantitatifs, des chercheurs du GenHotel (Genopole/UEVE/UPSaclay, Evry) et de l’équipe Lifeware (Inria Saclay) ont développé une framework permettant de générer des modèles hybrides couvrant plusieurs strates biologiques. Ce type de modèle permet de capturer le comportement émergent de diverses entités lorsque des voies complexes et interconnectées sont impliquées. Ce faisant, ils ont obtenu un modèle computationnel hybride couvrant la signalisation, la régulation génique et le métabolisme dans les RASFs. Les simulations de ce modèle reproduisent les observations expérimentales et permettent de formuler de nouvelles hypothèses dont celle d’un effet Warburg inversé dans la polyarthrite rhumatoïde. 

 

Les RASFs subiraient une reprogrammation métabolique, altérant leurs voies de production d’énergie, et deviendraient des “usines métaboliques” produisant des nutriments riches en énergie à l’intention des cellules avoisinantes (e.g., macrophages, cellules dendritiques, chondrocytes).

 

Cette étude, parue dans PLoS Computational Biology, identifie HIF1A, déjà connu en tant que facteur inflammatoire majeur, comme régulateur principal du switch métabolique. Les auteurs proposent donc le ciblage de la reprogrammation métabolique des RASFs, via HIF1A, comme voie thérapeutique innovante dans le traitement de la polyarthrite rhumatoïde.

 

Légende Figure : Visualisation des voies métaboliques optimales pour la production d’énergie sous forme d’ATP dans (A) un  fibroblaste sain et (B) associé à la polyarthrite rhumatoïde.

 

Contact : anna.niaraki@univ-evry.fr

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Portrait Jeune Chercheuse – Maud Fagny, chercheuse en biologie des systèmes et génétique des populations

Portrait Jeune Chercheuse – Maud Fagny, chercheuse en biologie des systèmes et génétique des populations | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Maud Fagny est chargée de recherche INRAE à l’IDEEV (Institut Diversité, Écologie et Évolution du Vivant, UMR 0320 Génétique Quantitative et Evolution - GQE, UPSaclay/CNRS/INRAE/AgroParisTech, Gif-sur-Yvette), au sein de l’équipe GEvAD (Génomique Evolutive et Adaptation des plantes Domestiquées).

 

Maud est diplomée de l’ENS de Lyon où elle a obtenu en 2011 son master en Biosciences. Elle a ensuite effectué son doctorat (2011-2015) en génétique et épigénétique des populations à l’Institut Pasteur (UMR 2000 – CNRS/Institut Pasteur) sous la direction de Lluis Quintana-Murci dans le l’équipe GEH (Génétique Évolutive Humaine). Son sujet portait sur l’étude de l’impact de l’environnement sur la diversité génétique et épigénétique des populations humaines. Elle a notamment montré pour la première fois que les différences d’environnement avaient un impact aussi important que les différences génétiques sur les profils épigénétiques de populations d’Afrique Centrale, et impactaient des phénotypes complexes comme l’immunité ou le développement.

 

Après sa thèse, Maud a décidé de s’intéresser aux bases moléculaires et à l’évolution des phénotypes complexes. Elle s’est pour cela tournée vers la biologie des systèmes. Après un premier postdoctorat à la Harvard School of Public Health dans le laboratoirre du Professeur John Quackenbush, où elle a montré que l’inférence de réseaux d’eQTLs pouvaient permettre de caractériser des mutations intergéniques associées au risque de développer un cancer, elle est rentrée en France. Elle s’est alors intéressée aux bases moléculaires de la régulation de l’expression génétique chez les plantes avec Clémentine Vitte (GQE). Elle a en parallèle obtenu une bourse Marie Skłodowska-Curie pour travailler sur un projet avec Frédéric Austerlitz dans l’équipe AGène (UMR 7206 Université Paris Cité/CNRS/Muséum National d’Histoire Naturelle), visant à détecter les signatures moléculaires laissées par la sélection de caractères complexes en combinant biologie des systèmes et génétique des populations.

 

A l’IDEEV, elle développe une nouvelle ligne de recherche qui explore le rôle de la régulation de l’expression des gènes dans l’adaptation des plantes cultivées à l’environnement, en combinant sa double expertise en biologie des systèmes et génétique des populations. En utilisant la réponse du maïs aux stress abiotiques (déficit hydrique et/ou azoté) comme modèle, elle explore la façon dont les réseaux de régulation de l’expression des gènes sont modifiés en réponse aux contraintes environnementales. Elle s’intéresse aussi au rôle du fond génétique dans ce processus, et à la façon dont ces informations pourraient aider à mieux prédire le rendement de différentes variétés en réponse à des contraintes environnementales (sècheresse, arrêt de l’utilisation d’intrants).

 

Contact : maud.fagny@inrae.fr

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