Life Sciences Université Paris-Saclay

Morgan Gaïa est chercheur CEA au Genoscope (UMR 8030 CEA/CNRS/UEVE-UPSaclay, Evry) au sein du LAGE (Laboratoire d’Analyses Génomiques des Eucaryotes) depuis décembre 2021. Ses sujets de recherche portent sur les interactions évolutives et fonctionnelles entre les eucaryotes et leurs virus, à partir de grandes ressources de données environnementales, telles que celles générées dans le cadre des expéditions Tara. Il s’intéresse en particulier aux rôles que les virus géants ont pu jouer dans l’émergence et l’évolution précoce des eucaryotes. Ces virus sont en effet non seulement étonnant pour les dimensions de leur particule et de leur génome, mais aussi pour leur contenu en gènes qui évoque de nombreux liens co-évolutifs avec leurs hôtes.

Après des études en microbiologie, spécialisées en maladies infectieuses, il défend en 2013 sa thèse sous la direction du Pr. Bernard La Scola à l’Université Aix-Marseille, sur l’isolement et la caractérisation de nouveaux virus géants et de leurs virophages. Il poursuit sa carrière par un postdoc dans l’équipe du Pr. Patrick Forterre à l’Institut Pasteur jusqu’en 2019. Il y développe ses compétences en phylogénomique et phylogénétique, en travaillant notamment sur la topologie de l’arbre du vivant et en co-supervisant un projet sur la co-évolution entre virus géants et eucaryotes.

Il rejoint ensuite le LAGE du Dr. Patrick Wincker en tant que postdoc afin d’étudier la biogéographie et l’évolution des eucaryotes et des virus géants à l’échelle de la génomique océanique, au travers des données produites à partir des expéditions Tara. Il est ensuite recruté par le CEA en tant que chercheur au sein de la même équipe afin d’y développer sa thématique de recherche actuelle.

“When you’ve got’em by the curiosity, their hearts and minds will follow.” -  Terry Pratchett, Small Gods.

Contact : mgaia@genoscope.cns.fr

Chargée de recherche au CNRS, Ambre Sala a rejoint le département de biologie cellulaire de l’I2BC en février 2023, ou elle dirige l’équipe « Homéostasie des protéines dans le développement et le vieillissement ». Elle s’intéresse aux mécanismes qui régulent l'homéostasie des protéines (protéostasie), qui sont essentiels pour maintenir un protéome correctement replié et fonctionnel dans toutes les cellules. Ses recherches dans ce domaine se concentrent sur les chaperons moléculaires, qui assistent le repliement et le trafic des protéines et empêchent leur agrégation, ainsi que les voies de réponse au stress qui régulent le niveau d’expression des chaperons pour rétablir la protéostasie lors de de l’accumulation de protéines mal repliées.

Pendant son doctorat dans le laboratoire de Pierre Genevaux à l'Université de Toulouse, elle a étudié l'évolution du chaperon bactérien SecB depuis son rôle canonique dans l'exportation des protéines via le translocon Sec vers le contrôle spécifique de systèmes toxine-antitoxine (TA) qui régulent la croissance bactérienne. Ces travaux ont apporté des connaissances fondamentales sur la remarquable plasticité du système chaperon SecB, et le processus d’évolution d’un chaperon générique vers le contrôle spécifique d'un système TA pour coupler la protéostasie à la croissance bactérienne.

Pour ses études postdoctorales, Ambre a rejoint le laboratoire de Richard Morimoto à Northwestern University pour se concentrer sur la protéostasie et la réponse au stress dans le contexte du vieillissement. En utilisant le modèle Caenorhabditis elegans, elle a développé des approches de génétique, d'imagerie et de transcriptomique pour identifier et caractériser une nouvelle voie transcellulaire qui relie l'intégrité de l'embryon dans l'utérus à la protéostasie maternelle et à la résilience au stress. Ces travaux ont éclairé des stratégies systémiques qui coordonnent la reproduction, la protéostasie et le métabolisme pour déterminer la robustesse de l'organisme pendant le vieillissement.

Ambre a rejoint l’I2BC après avoir obtenu une position de chercheur CNRS ainsi qu’un financement ATIP-Avenir en 2022 pour étudier les mécanismes qui protègent le protéome des cellules de la lignée germinale pour assurer la reproduction. L’équipe développe des approches génétiques, biochimiques et d'imagerie qui exploitent les avantages du modèle C. elegans, pour identifier les rôles cellulaires et la composition des réseaux de chaperons qui soutiennent la fonction des cellules germinales et leur résilience face au stress protéotoxique.

« You can‘t always get what you want, but if you try sometimes, you just might find, you get what you need. » - Linda Randall, quoting the Rolling stones to describe chaperones overlapping functions.

Contact : ambre.sala@i2bc.paris-saclay.fr

En poste depuis novembre 2021, Céline Aubry est chercheuse CEA dans l’équipe d’Enzymologie et Biosynthèse des Peptides non Ribosomiques au sein de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule - I2BC (UMR9198 CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette). Elle se focalise sur l’étude des métabolites spécialisés produits par les bactéries. Ces métabolites sont des composés à la structure et au rôle biologique extrêmement variés, qui sont souvent produits par seulement quelques souches bactériennes auxquelles ils confèrent un avantage évolutif. De par leurs propriétés physico-chimiques, ces molécules ont un fort potentiel d’application dans le domaine de la médecine, et ils sont une source d’inspiration pour produire de nouveaux anti-infectieux ou anti-cancéreux.

Après un Master en Biologie systémique et synthétique à AgroParisTech, Céline s’est engagée dans le domaine de la recherche fondamentale, appliquée aux produits naturels microbiens. Elle a entrepris un doctorat sous la direction de Sylvie Lautru, à l’I2BC, sur l’élucidation et la reconstruction de voies de biosynthèse de pyrrolamides, des petits peptides produits par une voie non ribosomique par des souches de Streptomyces. Elle a poursuivi son parcours avec un post doctorat au Muséum National d’Histoire Naturelle, dans l’équipe de Yanyan Li, au sein de l’Unité de Molécules de Communication et Adaptation des Microorganismes. Elle y a travaillé sur plusieurs projets portant sur des métabolites spécialisés peptidiques produits par des souches de Streptomyces ou de Pseudomonas. Ces études ont combiné des approches in vivo, dans lesquelles les bactéries sont modifiées génétiquement pour étudier les composés produits, et des approches in vitro, où les enzymes sont purifiées et utilisées directement pour catalyser des réactions chimiques.

Dans ses projets de recherche, Céline aime combiner la compréhension et la modification des systèmes vivants. Via des approches de biologie de synthèse, elle produit des constructions génétiques et étudie l’impact de l’insertion de ces constructions dans des bactéries hôtes. En modifiant ces gènes, en les réorganisant ou en ajoutant des gènes supplémentaires, elle peut ensuite étudier la fonction de ces gènes, mais également produire des composés modifiés, avec des activités biologiques impactées. De la même manière, elle purifie des protéines après avoir muté des résidus catalytiques pour évaluer leurs rôles dans la réaction catalysée, et obtenir de nouveaux produits. Dans son poste actuel, elle applique ces approches à l’étude de la biosynthèse des dicétopipérazines, qui sont des cyclodipeptides (soit deux acides aminés qui forment un cycle) complexifiés.

Les Streptomyces étant des producteurs prolifiques de dicétopipérazines, Céline continue à travailler sur ses bactéries préférées. Elle reste fascinée par leur cycle de vie complexe, leur imprévisibilité et leur petit caractère. Bactéries omniprésentes dans le sol, aux couleurs variées et aux odeurs de sous-bois, ces dernières sont loin d’avoir livré tous leurs secrets.

« On ne va jamais aussi loin que lorsqu'on ne sait pas où l'on va. » - Christophe Colomb

Contact : celine.aubry@i2bc.paris-saclay.fr

Emmanuelle Quemin est chargée de recherche (CRCN) au CNRS et cheffe de l’équipe "Réplication et assemblage des poxvirus" à l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule - I2BC (UMR 9198 CNRS/CEA/UPSaclay) à Gif-sur-Yvette depuis décembre 2021.

Après avoir suivi le magistère européen de Génétique conjointement à l’Université Paris Diderot et à l’Université Paris Descartes, c’est lors de sa thèse à l’Institut Pasteur (Paris) sous la direction de Mart Krupovic et de David Prangishvili, qu’Emmanuelle se spécialise en Virologie. Elle obtient sa thèse en 2015 intitulée "Viruses of hyperthermophilic archaea : entry into and egress from the host cell" à l’Université Pierre et Marie Curie. Elle s’intéresse depuis à la diversité des virus, à leur capacité à prendre le contrôle et à remodeler la cellule hôte. Lors de sa thèse, elle découvre aussi la microscopie électronique (ME) et l’intérêt de différentes techniques de ME en 3D et en cryo pour étudier les interactions virus-hôte au niveau cellulaire et moléculaire.

Durant ses années de post-doc, Emmanuelle développe son expertise en virologie et en microscopie électronique en travaillant dans les laboratoires de Jacomine Krijnse-Locker à l’Institut Pasteur (Paris, France) et de Kay Grünewald au Centre for Structural Systems Biology (Hambourg, Allemagne). Dans le cadre de l’appel pour de nouveaux chefs d’équipe en 2021, Emmanuelle a été recrutée à l’I2BC dans le Département de Virologie. Elle a obtenu un financement ATIP-Avenir en Janvier 2023 pour développer une nouvelle thématique de recherche sur un modèle d’étude d’actualité : les poxvirus. Son équipe combine une expertise en virologie, en biologie moléculaire et en biochimie avec des approches innovantes d’imagerie intégrative et corrélative. Notamment la cryo tomographie aux électrons et des approches d’imagerie corrélative de pointe appliquées à l’étude des mécanismes moléculaires régulant les étapes clés de l’infection virale. L’équipe s’intègre parfaitement aux recherches menées dans le département de Virologie qui s’intéressent de manière globale aux mécanismes d’infection, à la formation d’usines virales ainsi qu’aux défenses antivirales. De plus, elle contribue au développement de la biologie cellulaire et structurale in situ à l’I2BC de par des interactions fortes avec les plateformes d’Imagerie-Gif et d’autres équipes de l’I2BC dans plusieurs programmes internes de recherche transverse. Plus largement, l’équipe participe à de nombreuses collaborations au niveau local, national et international.

« Les folies sont les seules choses qu’on ne regrette jamais. » - Oscar Wilde

Contact : emmanuelle.quemin@i2bc.paris-saclay.fr

Tài Pham est chercheur dans l’équipe d’épidémiologie respiratoire intégrative de Rachel Nadif au sein du Centre de recherche en Epidémiologie et Santé des Populations - CESP (UMR-S 1018 INSERM/UVSQ/UPSaclay, Villejuif). Son poste de MCU-PH de l’Université Paris-Saclay lui confère une activité d’enseignant-chercheur cumulée à celle de médecin dans le service de Médecine Intensive-Réanimation de l’hôpital de Bicêtre, APHP (Pr Monnet).

En parallèle de son internat d’ anesthésie-réanimation associé à une spécialisation en réanimation médicale, Tài Pham a suivi une formation en épidémiologie et biostatistiques aboutissant à un Master 2 (Méthodologie et Statistiques en Recherche Biomédicale, Pr Falissard, Université Paris-Sud, 2011) et un Doctorat d’Université en Santé Publique (Epidémiologie et Sciences de l’Information Biomédicale, Ecole Doctorale Pierre Louis de Santé Publique, Université Paris Diderot) co-supervisés par le Pr Laurent Brochard (University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada) et la Pr Sylvie Chevret (Université de Paris) sur le thème de l’utilisation des données observationnelles en réanimation.

A l’issue de son clinicat dans le service de réanimation du Pr Fartoukh à l’hôpital Tenon (2013-2015), il a effectué un post-doctorat de 2016 à 2019 dans le laboratoire du Pr Brochard (St Michael’ Hospital et University of Toronto, Toronto, Canada) sur les thèmes de la physiologie respiratoire, la ventilation artificielle et l’épidémiologie avec des études observationnelles sur de grandes cohortes internationales (LUNG SAFE et WEAN SAFE). Cette expérience canadienne lui a permis de tisser des liens solides avec de nombreux chercheurs formés dans les 5 continents et passés dans le laboratoire du Pr Brochard au même moment.

A son retour en France en 2019, Tài a intégré le service de Médecine Intensive - Réanimation (MIR) de l’hôpital Bicêtre d’abord en tant que Praticien Hospitalier Contractuel puis depuis 2021 en tant que MCU-PH. Il a été bien entendu très actif au cours de la pandémie COVID où le service de MIR s’est rapidement transformé pour passer de 15 à 25 lits de réanimation lourde prenant en charge les patients présentant les formes les plus graves de pneumonies COVID-19. Au cours de cette crise, il a été l’un des membres initiateurs d’une recherche prospective observationnelle nationale ayant inclus plus de 4000 patients de réanimation atteints de cette pathologie (étude COVID-ICU) et d’un programme multi-spécialité de suivi au long terme de tous les patients ayant survécu au COVID après une hospitalisation à Bicêtre (étude COMEBAC). Additionnellement à son activité clinique et celle de recherche, Tài Pham est impliqué dans l’équipe pédagogique de l’UFR de médecine de l’Université Paris-Saclay et enseigne au sein de différents modules ayant trait aux détresses vitales, la réanimation et l’analyse critique d’article. Il est aussi membre du comité de pilotage du programme d’aide aux étudiants en médecine de l’université Paris-Saclay (PAMPS).

Au-delà de la recherche en épidémiologie, il est impliqué dans des études de physiologie clinique hémodynamique et respiratoire, et d’un projet de détection et prise en charge du « syndrome post-réanimation » au sein du service de MIR de l’hôpital de Bicêtre et est co-auteur de plus de 100 articles indexés dans Pubmed. Son activité de recherche comprend une participation active à de nombreux réseau de recherche internationaux ayant trait à la ventilation artificielle, la circulation extra-corporelle, la physiologie respiratoire et le Toronto Center of Excellence in Mechanical Ventilation.

« Every generation imagines itself to be more intelligent than the one that went before it, and wiser than the one that comes after it » - Georges Orwell, 1984

Contact : tai.pham@aphp.fr

Rodrigue Allodji est Chargé de Recherche de Classe Normale (CRCN) à l’INSERM dans l’équipe Epidémiologie des Radiations du Centre de recherche en Epidémiologie et Santé des Populations – CESP (UMR-S 1018 Inserm/UVSQ/UPSaclay) depuis Octobre 2022.

Spécialisé en Modélisation et Épidémiologie des effets sanitaires radio-induits et ceux après la radiothérapie, ses travaux visent au développement de modèles de prédiction directement utilisables en clinique pour mieux dépister, traiter et prévenir les complications iatrogènes après cancer par des actions de prévention personnalisées.

Né à Duékoué (Cote d’Ivoire), Rodrigue a pu bénéficier tout au long de sa scolarité des bourses d’état pour les élèves les plus méritants. Passionné de sciences et titulaire d’un diplôme d’ingénieur en imagerie médicale (2003) de l’école polytechnique de l’université d’Abomey Calavi (EPAC) au Bénin, il s’oriente vers les statistiques en santé et obtient deux Diplômes d’Université en statistiques avec l’Institut de santé publique d’épidémiologie et de développement de l’université de Bordeaux. Il obtient ensuite (2007), le master de Méthodologie Statistique en Recherche Biomédicale à l’université Paris-Sud. Son stage dans l’équipe Epidémiologie des Radiations du CESP l’a encouragé à poursuivre une carrière de chercheur sur l’évaluation des effets sur la santé humaine des expositions aux rayonnements ionisants.

Rodrigue a obtenu une bourse de l’Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN) pour une thèse sur la « prise en compte des erreurs de mesure associées à l’exposition au radon chez les mineurs d’uranium » au sein du laboratoire d’épidémiologie des rayonnements ionisants (LEPID), sous la direction de D. Laurier chef du LEPID et de J. Bénichou chef de l’unité de Biostatistique et méthodologie du CHU de Rouen.

Revenu en post-doctorat dans l’équipe Epidémiologie des Radiations en 2012, il a ensuite aussi rejoint comme chercheur visiteur le Centre for Childhood Cancer Survivor Studies à l’Université de Birmingham de 2016 à 2020 et depuis 2016 le Centre d'épidémiologie et de santé publique des armées (CESPA) comme officier-scientifique dans la réserve militaire de l’Armée Française (au grade de Lieutenant-Colonel). En 2020, il obtient à l’Université Paris-Saclay son Habilitation à Diriger des Recherches (HDR) avec un mémoire sur l‘Épidémiologie des effets sanitaires radio-induits : Modélisation du risque iatrogène à long terme après un cancer pédiatrique.

Rodrigue a contribué à l’enrichissement de la cohorte CANTO-RT de 3875 femmes traitées par radiothérapie pour un cancer du sein, a également contribué à la mise en place et à la valorisation de la plus grande cohorte européenne des anciens patients de cancer de l’enfant (Pancaresurfup ~100 000 sujets de 12 pays européens) et à l’enrichissement et à la valorisation de la cohorte française « FCCSS : French childhood cancer survivor study » de 7670 enfants (données de dose au voxel) dans le cadre d’une collaboration avec l’unité de Mathématiques et Informatique pour la Complexité et les Systèmes (MICS) de l’école CentraleSupélec pour l’analyse des données dosimétriques voxelisées massives pour la prédiction des complications après la radiothérapie. Il co-coordonne le projet Horus, dont l’objectif est d’analyser les données en vie réelle en termes de morbidité et de mortalité des enfants et jeunes adultes traités par des thérapies innovantes avec le soutien d’Unicancer et le Health Data Hub.

Rodrigue et ses collègues de l’équipe Epidémiologie des Radiations ont étudié à la fois les effets iatrogènes cancéreux (seconds cancers : leucémie, thyroïde, rénal, digestifs, seins,…) et non cancéreux (cataracte, pathologies cardio-cérébro-vasculaires, problèmes de fertilité, petite taille,…) et les séquelles psychologiques, sociales ou les comportements à risque pour la santé dans cette population. Ses recherches actuelles ont pour but de développer des outils directement utilisables en clinique i) pour une aide à la décision pour les choix thérapeutiques personnalisés en radiothérapie moderne et ii) pour mieux dépister les complications iatrogènes des traitements anticancéreux, traiter et prévenir par des actions de prévention personnalisées.

« La science n'a pas de patrie, parce que le savoir est le patrimoine de l'humanité, le flambeau qui éclaire le monde. » - Louis Pasteur

Contact : rodrigue.allodji@gustaveroussy.fr

Chloé Michaudel a rejoint le laboratoire d’Immuno-Allergie Alimentaire (LIAA) au sein de l’unité MTS/SPI (CEA/INRAE/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) en novembre 2022 en tant que chargée de recherche à l’INRAe. Après l’obtention de sa thèse en 2017, qu’elle a réalisée sur les allergies pulmonaires et la pollution à l’ozone (CNRS, Université d’Orléans), Chloé Michaudel a effectué son post-doctorat à l’INRAe de Jouy en Josas dans l’institut MICALIS. Ses recherches se sont concentrées sur l’intestin et le microbiote. Elle a étudié l’influence du métabolisme du tryptophane sur le développement des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), mais également le potentiel de certaines bactéries humaines en santé. Ces travaux ont permis de mettre en lumière des molécules et bactéries à haut potentiel thérapeutique, qui ont été brevetées et de proposer de nouvelles pistes thérapeutiques aux patients.

Aujourd’hui, ses connaissances acquises sur l’allergie, pendant sa thèse, et sur la physiologie intestinale, pendant son post-doctorat, sont mises au service de son nouveau sujet d’étude, à la croisée de ces deux sujets : l’influence de l’exposome périnatal sur le développement des allergies alimentaires. A l’aide de modèle in vivo, ex vivo et in vitro, Chloé Michaudel se propose tout d’abord de mettre en évidence des molécules délétères et/ou protectrices (issues de l’exposome) dans l’apparition des allergies alimentaires. Une fois cette mise en évidence réalisée, elle souhaite décortiquer leurs mécanismes d’action afin de proposer de solutions thérapeutiques dans le but, à terme, de réduire l’incidence des allergies alimentaires.

Contact : chloe.michaudel@inrae.fr

Chargé de recherche au CNRS depuis 2020, Frédéric Frottin est biochimiste cellulaire. Ses travaux de recherche se déroulent à l'I2BC (Institut de Biologie Intégrative de la Cellule, UMR 9198 CEA/CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) au sein de l’équipe Maturation, Destinée cellulaire des protéines et Thérapeutiques. Frédéric s’intéresse aux mécanismes cellulaires assurant l’homéostasie des protéines et leur contrôle qualité. En particulier, il étudie d’une part le rôle des modifications protéiques sur ces aspects ainsi que celui des organites sans membrane. Ses travaux ont des implications pour de nombreuses maladies notamment des maladies neurodégénératives telles que les maladies d’Alzheimer et de Parkinson.

Frédéric a obtenu son doctorat en 2011 après un travail qui déjà portait sur les modifications protéiques. En particulier, il a amélioré notre compréhension des bases moléculaires de l’excision de la méthionine N-terminale, qui est un mécanisme essentiel à la survie de tout organismes. De plus, il a révélé son rôle dans le maintien de l’homéostasie du glutathion et des protéines. Ces travaux ont été réalisé avec de nombreux organismes incluant la plante modèle Arabidopsis thaliana, des cellules humaines cultivées, la levure ainsi que des archéobactéries.

Ayant développé un intérêt pour l’homéostasie des protéines durant sa thèse, fin 2011 Frédéric rejoint le département du Prof. F.U. Hartl à l’Institut Max Planck de biochimie à Munich. Durant son postdoc, il a étudié les mécanismes de secours qui sont engagés lorsque le protéome subit des dommages. En 2012, il obtient une bourse EMBO pour mener ses recherches. Notamment, il a travaillé sur des voies cellulaires importantes pour le contrôle de l’homéostasie des protéines qui aide à notre compréhension des mécanismes associés aux maladies neurodégénératives. Il a participé à l’amélioration de notre compréhension de la toxicité induite par les agrégats. Ces agrégats, qui sont des espèces protéiques aberrantes, sont retrouvés dans ces maladies mais aussi dans certains cancers. Ses travaux ont montré que les agrégats endommageaient des fonctions essentielles telles que la dégradation, la synthèse, et le transport des protéines. De plus, il a découvert un nouveau mécanisme de contrôle qualité des protéines dans le noyau cellulaire. Ce mécanisme est l’accumulation transitoire d’espèces protéiques aberrantes au sein du nucléole lors d’un stress. Le nucléole est un sous compartiment du noyau. Ce compartiment est sans membrane et de type liquide. Dans le nucléole, ces protéines aberrantes sont moins toxiques et ne forment pas d’agrégats irréversibles. En 2020, il est recruté au CNRS pour poursuivre ces recherches sur cette voie nouvellement découverte.

“If you are not part of the solution, you are part of the precipitate” – Chemistry joke, attribué à Scott Trahan.

Contact : frederic.frottin@i2bc.paris-saclay.fr

Annabel Quinet a été recrutée à l’INSERM en 2022 et dirige l’équipe ATIP-Avenir « Réplication de l’ADN et Stabilité du Génome » depuis 2023 au sein de l’unité Stabilité Génétique, Cellules Souches et Radiation - SGCSR (UMR 1274 INSERM/CEA/UParis Cité/UPSaclay, Fontenay-aux-Roses). Elle s’intéresse à la prise en charge de la réplication de l’ADN endommagé et son impact sur la stabilité du génome et la viabilité cellulaire. D’une part, ces études permettent de mieux comprendre les processus d’initiation et de développent tumoral. D’autre part, elles mettent en lumière les mécanismes moléculaires de réponse aux traitements antitumoraux endommageant l’ADN et ouvrent la voie pour l’identification de nouvelles cibles potentielles pour améliorer les thérapies actuelles.

Annabel a fait sa thèse en cotutelle internationale sous la direction du Prof. Carlos Menck à l’Université de São Paulo au Brésil et du Dr. Anne Stary au sein du labo du Dr. Alain Sarasin à Institut Gustave Roussy (CNRS/UPSaclay). Elle a étudié les mécanismes de réponse aux dommages de l’ADN causés par les rayonnements UV induisant un stress réplicatif suite au bloquage de la progression de la machinerie de réplication. Annabel a développé des approches innovantes de microscopie fluorescente à molécule unique qui lui ont permis de montrer que les cellules humaines prennent en charge des lésions au niveau de brèches simple brin de l’ADN formées après redémarrage des fourches par réamorçage (en anglais repriming).

En 2016, Annabel a rejoint le laboratoire du Prof. Alessandro Vindigni à Washington University in Saint Louis (USA) pour développer ses travaux postdoctoraux. En combinant ses nouvelles techniques avec la microscopie électronique, Annabel et ses collègues ont montré que le mécanisme de repriming est souvent la voie de réponse à un stress réplicatif induit par des drogues chimio-thérapeutiques dans des cellules cancéreuses. Ils ont aussi montré que cibler les facteurs impliqués dans la réparation des brèches formées lors du repriming sensibilise davantage les cellules cancéreuses aux agents anticancéreux.

Annabel a été recrutée dans l’unité SGCSR en Mai 2022 pour monter son groupe à l’aide d’un financement de son institut d’accueil. Depuis, elle a été recrutée à l’INSERM et obtenu des financements ATIP-Avenir et EDF. Dans son laboratoire, Annabel cherche à définir les étapes moléculaires du mécanisme repriming, notamment dans le contexte de la chromatine, ainsi que leur impact sur la stabilité du génome et de l’épigénome et sur la réponse aux traitements antitumoraux.

« Travaille bien et amuse-toi bien ! » - Betch Cleinman (ma mère)

Contact : annabel.quinet@inserm.fr

Pierre Levasseur est chargé de recherche en économie de la santé et de l’alimentation à l’INRAE depuis 2019, et travaille au sein de l’UMR SADAPT (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay). Il a obtenu sont Doctorat en 2017 à l’Université de Bordeaux et l’Universidad de Granada (cotutelle internationale) et est titulaire d’une HDR depuis cette année.

De 2018à 2019, il effectue un postdoctorat à IRSTEA (UMR G-EAU). Ses travaux s’intéressent aux enjeux culturels, socioéconomiques et environnementaux que soulèvent les principaux problèmes de santé publique auxquels doivent faire face nos sociétés (comme les maladies liées à l’alimentation, l’obésité, la pollution, la pauvreté, les inégalités, l’exclusion sociale, etc.). Son approche analytique est empirique et tente de combiner la profondeur des études de terrain avec le pouvoir de généralisation des méthodes d’analyse quantitatives. Il maitrise les méthodes de collecte de données quantitatives (par questionnaire) et qualitatives (par entretiens), un large panel de techniques d’analyses statistiques et économétriques, et les différentes procédures d’évaluation d’impact. Ses résultats aboutissent systématiquement à des recommandations de politiques publiques.

Sélection de travaux de recherche actuels :

1. La pauvreté comme contrainte à l’adoption d’une alimentation durable : le cas de la consommation de viande en France. Analyses empiriques des effets différentiés de la consommation de viande sur la santé nutritionnelle en fonction du statut socioéconomique d’appartenance des individus. Les premiers résultats montrent que pour les plus pauvres, la réduction de la consommation de viande est associée avec une alimentation à risque et à l’obésité, tandis que pour les plus riches le contraire semble opérer (projet ANR et Ile de France – SubMeat).
2. Effets de la pauvreté et des inégalités sur la montée de l’obésité dans les pays en développement. Analyses économétriques des liens de causalité dans la relation entre le statut socioéconomique et le risque de prendre du poids au Mexique, en Inde, en Chine, et dans plusieurs pays d’Afrique sub-saharienne. Collectes de données qualitatives par entretien sur le terrain. Les résultats tendent à montrer un renversement social du surpoids et de l’obésité au cours du processus de développement économique des pays, le fardeau du surpoids passant des plus riches vers les plus pauvres au rythme où un pays se développe et s’urbanise (projet Metaprogramme INRAE Global Food Security – Poverty and obesity).
3. L’injustice environnementale en Europe : le cas de la pollution des sols par l’industrie. Mise en place d’une enquête quantitative par questionnaire multi-site en France, en Espagne et au Portugal (n=1200 ménages). Les résultats du projet montrent notamment le caractère ambivalent des zones polluées en Europe, ces dernières constituant aussi bien un piège pour les plus pauvres qu’un refuge pour les familles à revenu modeste dans la mesure où elles donnent accès à des biens immobiliers et infrastructures relativement abordables. Toutefois, le projet montre aussi que l’exposition à la pollution n’est pas sans risques sanitaires et que des programmes de prévention et de réhabilitation des zones polluées sont nécessaires (projet SUDOE INTERREG, SoilTakeCare).

« L'action politique véritable consiste à se servir de la connaissance du probable pour renforcer les chances du possible. » - Pierre Bourdieu, Questions de sociologie, 2002.

Contact : pierre.levasseur@inrae.fr

Miguel Iniesto est maître de conférences en écologie microbienne à l’Université Paris-Saclay depuis septembre 2022. Ses travaux de recherche se déroulent au Laboratoire Ecologie Systématique et Evolution - ESE (CNRS/AgroParisTech/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), au bâtiment IDEEV à Gif-sur-Yvette, au sein de l’équipe Diversité, Ecologie et Evolution Microbiennes - DEEM. Son intérêt se porte sur la diversité microbienne d’environnements naturels en tant qu’acteur majeur des environnements et des cycles biogéochimiques, notamment dans des systèmes extrêmes ou poly-extrêmes, ainsi que l’étude des interactions entre microorganismes.

Pendant sa thèse, obtenue en 2016, Miguel a étudié le rôle des microorganimes dans la formation de fossiles exceptionnels. Au sein du laboratoire d’Ecologie microbienne à l’Universidad Autonoma de Madrid, sous la direction de MariCarmen Guerrero et Anabel López, il a pu établir, grâce à une série d’expériences de longue durée et une combinaison de techniques analytiques interdisciplinaires, combinant la minéralogie, la paléontologie et la microbiologie, que les tapis microbiens, communautés complexes de microorganismes, ralentissaient la décomposition des cadavres et plantes pour ensuite favoriser leur minéralisation et, par conséquent, leur préservation dans le long terme. Ensuite il intégrera le laboratoire de Biogéosciences à l’Université de Bourgogne pour continuer à étudier les processus de fossilisation, cette fois pour comprendre la formation du gisement exceptionnel de la Faune de Paris (Trias inf., Idaho, Etats-Unis), un assemblage de fossiles extrêmement divers qui montre que la biodiversité peut se récupérer très rapidement après une grande extinction comme celle de la fin de la période Permien (~252Ma).

En 2018 il intègre l’équipe DEEM du laboratoire ESE pour travailler sur la formation des microbialites. Ces structures organosédimentaires sont analogues des premières traces de vie sur terre et malgré leur intérêt leur processus de biominéralisation reste méconnu. En utilisant des approches génomiques et expérimentales, il vise à identifier au sein de la communauté les populations et les activités métaboliques qui pourraient être essentielles pour la formation de ces roches vivantes. Pour cela, il analyse et compare la diversité microbienne d’échantillons de lacs du Mexique, Ethiopie, Italie ou France, afin de trouver des potentiels éléments communs.

En parallèle de ses recherches, il assure des enseignements en écologie, microbiologie et biologie moléculaire de la licence à la licence pro ou au master. De plus, dans l’objectif de développer davantage les thématiques liées à la microbiologie environnementale au sein de l’Université, il participe à la création d’une future UE « Ecologie Microbienne » au sein du master Biodiversité, Ecologie et Evolution.

“The scientific man does not aim at an immediate result. He does not expect that his advanced ideas will be readily taken up. His work is like that of the planter - for the future. His duty is to lay the foundation for those who are to come, and point the way.” - Nikola Tesla

Contact : miguel.iniesto@universite-paris-saclay.fr

Joudi Bakar est diplômée en pharmacie de l'Université d'Alep en Syrie. Durant ses études de pharmacie, Joudi a bénéficié de trois prix d’excellence grâce à son classement en tant que majore de sa promotion. Par la suite, elle a réussi à obtenir une bourse dans le cadre du programme des bourses internationales de master, projet IDEX Paris-Saclay 2014-2016. Cette opportunité lui a permis de poursuivre ses études supérieures en France et d’effectuer un Master mention « Sciences des médicaments » spécialité Dispositifs Médicaux à l’UFR de Pharmacie de l’Université Paris-Sud.

Afin de renforcer ses connaissances en biologie expérimentale, elle a suivi un diplôme universitaire en cellules souches et médecine régénératrice à l’Université Paris-Sud, UFR de médecine. En 2017, Joudi a obtenu un contrat doctoral MESRI afin de réaliser son projet de la thèse au sein de l’unité Paris-Saclay dans l’Unité Lipides : systèmes analytiques et biologiques – Lip(Sys)² (Faculté de Pharmacie, Châtenay-Malabry, maintenant à Orsay). Son sujet de recherche était intitulé : Etude de la biosynthèse des lipides au cours de la différentiation des kératinocytes en lien avec l’intégrité de la fonction barrière cutanée.  Ce projet était basé sur un aspect multidisciplinaire, qui lui a offert la possibilité à la fois d’améliorer son expertise en lien avec les lipides cutanés et d’approfondir ses connaissances dans les méthodes d’analyses de pointe (LC/HR-MSn, Microspectroscopie Raman).

Le centre d’intérêt de sa thèse a été principalement de mettre en place des outils analytiques afin de suivre les modifications lipidiques survenues au cours de la différenciation kératinocytaire et d’illustrer leur pertinence dans ce domaine biologique. Les méthodes analytiques développées lui ont permis de caractériser pour la première fois dans la littérature deux nouvelles sous classes des céramides épidermiques dans le modèle de l’Épiderme Reconstruit Humain (RHE) et également dans le Stratum corneum humain. Cette thèse lui a permis d’obtenir 3 prix.

A la fin de son doctorat en 2021, Joudi a continué ses recherches sur l’analyse des lipides cutanés grâce à un contrat post-doctoral en collaboration entre Lip(Sys)2 et l’entreprise Silab, financé par un projet ANR-France Relance. En 2022, Joudi a commencé obtenu un poste d’enseignante-chercheuse en Chimie Analytique au sein de l’unité (Lip(Sys)2), à l’université Paris Saclay. Son projet de recherche est d’utiliser des approches vibrationnelles et séparatives pour une meilleure compréhension et caractérisation des cancers cutanés. Joudi aimerait vivement s'impliquer dans l'intégration des outils de l'innovation pédagogique dans les enseignements en chimie analytique.

« Take every chance you get in life… because some things only happen once! » - Karen Gibbs

Contact : joudi.bakar@universite-paris-saclay.fr

Aline Voxeur est chargée de recherche INRAE à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - IJPB (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Versailles) au sein de l’équipe Glycanes et Signalisation - GAS depuis 2020. Elle travaille sur la caractérisation structurale et le rôle des oligosaccharides dans la régulation des mécanismes de croissance et de défense chez les plantes. Ces oligosaccharides sont issus du remodelage et/ou de la dégradation du continuum paroi végétale/membrane plasmique et certains possèdent une activité biologique. Ces derniers sont reconnus par des récepteurs membranaires et activent différentes voies de signalisation.

Depuis toute petite, Aline Voxeur aime la vie au grand air et voulait créer sa propre ferme. Mais au cours de ses études universitaires, elle s’est passionnée pour la recherche. Par la suite, son ambition de devenir agricultrice a été revue à la baisse. Aujourd'hui, elle se contente de cultiver un potager et elle ne regrette en rien de s'être engagée dans une carrière dans les sciences de la vie.

Elle a effectué ses études universitaires de Biochimie à l’Université de Rouen et a découvert le monde de la recherche en travaillant à l'interface entre la biologie végétale et la chimie structurale. Sa thèse portait sur l’étude de relation structure/fonction du rhamnogalacturonane II, le polysaccharide végétal le plus complexe connu à ce jour. Elle se passionne pour la glycobiologie, et persévèrera dans ce domaine. En 2012, elle a ensuite réalisé un premier postdoctorat dans le laboratoire de Stephen Fry, à l’Université d’Edimbourg, Royaume Uni. Elle y apprendra que pour être un bon scientifique, il est inutile de maîtriser des techniques de pointe si l’on ne sait pas d’abord poser les bonnes questions. Elle intègre l’IJPB en 2013 dans le cadre d’un premier postdoctorat, puis d’un second qui l’amènera à travailler avec Samantha Vernhettes sur la caractérisation fonctionnelle des oligogalacturonates et plus largement sur tous les fragments issus de la paroi cellulaire et de la membrane plasmique. Elle utilise des techniques de chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse pour identifier de nouvelles structures oligosaccharidiques endogènes. Elle y associe des approches de génétique, de physiologie végétale, de biologie moléculaire et de biochimie pour produire ces oligosaccharides in vitro et comprendre leur rôle en tant que molécules de signalisation, dans la régulation du continuum paroi cellulaire/membrane plasmique. L’identification de nouveaux oligosaccharides biologiquement actifs et leur production à partir de la biomasse pourraient être exploitées en agriculture afin de développer de nouvelles approches de biocontrôle.

« En essayant continuellement on finit par réussir. Donc : plus ça rate, plus on a de chance que ça marche. » - Jacques Rouxel / Les Shadoks

Contact : aline.voxeur@inrae.fr

Mathilde Galhaut est cheffe de projet au sein du département IDMIT « Infectious Diseases Models for Innovative Therapies » (UMR1184, ImVa-HB/UPSaclay/Inserm/CEA) au CEA de Fontenay aux-Roses (DRF/Jacob) depuis septembre 2019. Son rôle est d’assurer la coordination des projets et études ayant pour but de tester l’immunogénicité et l’efficacité de candidats vaccins contre les maladies infectieuses humaines chez le modèle primate non humain (PNH).

Mathilde a obtenu un Master Biologie intégrative et physiologie parcours Management de l’expérimentation préclinique à l’Université de Caen Normandie en 2019. Cette formation proposant une double compétence en management à l’Institut d’Administration des Entreprises (IAE), elle a acquis des connaissances théoriques, techniques et législatives liée à l’expérimentation préclinique et au bien-être animal, en plus du management de projet, d’équipe et stratégique.

Lors de ce Master, Mathilde a réalisé son stage de M1 au sein de la plateforme ESR3P « Experimental stroke research recovery resources platform » (GIP Cyceron) sous la direction de Cyrille Orset, pendant lequel elle a eu l’opportunité d’évaluer de nouvelles stratégies thérapeutiques contre l’AVC ischémique chez le modèle murin.

Au sein du département dirigé par Roger Le Grand, elle a réalisé son stage de M2 à IDMIT dans le but d’étudier la sécurité, l’immunogénicité et l’efficacité d’un nouveau candidat vaccin contre Chlamydia trachomatis chez le modèle PNH.

Recrutée à l’issue de ce stage, Mathilde poursuit une activité de gestion de projets qu’elle exerce encore actuellement. Dans le cadre de collaborations nationales et internationales, ses missions vont de la rédaction de documents réglementaires et de rapports en passant par la planification d’études et l’analyse de données. Dans cet environnement, elle a notamment l’occasion d’étudier différentes pathologies d’origine bactérienne et virale, comme le trachome, la coqueluche et la COVID-19. L’accès au modèle PNH lui permet de travailler au contact de différentes espèces tels que le macaque cynomolgus ou encore le babouin, et ce à différents stades de vie (adulte, juvénile et nouveau-né).

En parallèle de ses fonctions de cheffe de projet à IDMIT, elle a notamment réalisé un DIU Immunologie et Biothérapies dispensé par Sorbonne Université en 2023.

« Qui est le plus fou des deux ? Le fou, ou le fou qui le suit ? » – Obi-Wan Kenobi, Star Wars, épisode IV : Un nouvel espoir (1977)

Contact : mathilde.galhaut@cea.fr

Judith Abécassis est chargée de recherche (ISFP - Inria Starting Faculty Position) à Inria Saclay, au sein de l'équipe Soda depuis octobre 2022.

Judith a suivi jusqu'en Master 1 un cursus de Biologie Cellulaire et Moléculaire, avec une spécialisation en Génétique et en Bioinformatique à l'ENS Ulm, puis obtenu un Master 2 de Machine Learning à l'ENS Cachan. Elle a pu ensuite mettre à profit cette double formation lors d'un travail de doctorat en Bioinformatique sous la direction de Jean-Philippe Vert (Mines ParisTech) et Fabien Reyal (Institut Curie). Ses recherches portent sur le développement de méthodes statistiques visant à reconstruire l'hétérogénéité intra-tumorale à partir du séquençage global d'échantillons de tissus cancéreux. Son travail englobe des aspects méthodologiques et statistiques, explorant également les implications cliniques pour améliorer la prise en charge des patients. Cette expérience a constitué sa première incursion dans le domaine clinique, révélant une déconnexion entre les résultats prometteurs des publications scientifiques et leur impact réel sur la survie des patients. Elle identifie notamment la confusion fréquente entre corrélation et causalité comme l'une des raisons de cette disparité.

Judith décide donc d'approfondir ses connaissances en inférence causale, une branche relativement confidentielle des statistiques en postdoctorat, au sein de l'équipe Parietal (maintenant Mind) à Inria Saclay, en collaboration avec Bertrand Thirion et Julie Josse (Inria Montpellier, équipe PreMeDICaL). Elle applique des méthodes d'analyse de médiation causale à la base de données UK Biobank pour explorer le rôle de la structure cérébrale dans l'effet de plusieurs facteurs liés au mode de vie sur les capacités cognitives.

Au sein de l'équipe Soda, Judith se consacre à la conception d'algorithmes d'intelligence artificielle et de causalité pour exploiter les données médicales recueillies lors des soins, notamment dans l'Entrepôt de Données de Santé de l'APHP, ou pour leur remboursement par l'Assurance Maladie. L'objectif est de mieux comprendre l'impact des traitements médicaux dans des situations de vie réelle. En étroite collaboration avec des cliniciens, elle applique ces méthodes à diverses pathologies telles que le cancer, le diabète et la santé mentale.

Parallèlement à ses activités de recherche, Judith partage ses connaissances en enseignant l'inférence causale à différents publics, que ce soit à l'université ou dans le cadre de formations professionnelles en entreprise. Son ambition est de diffuser de manière étendue la nécessiter de rechercher et corriger systématiquement les biais lors de l'analyse de données, une étape cruciale à prendre en compte dans l'interprétation des modèles.

« La clef de toutes les sciences est sans contredit le point d'interrogation, nous devons la plupart des grandes découvertes au : comment ? Et la sagesse dans la vie consiste peut-être à se demander à tout propos : Pourquoi ? » - Honoré de Balzac

Contact : judith.abecassis@inria.fr

Amandine Bonnet a été recrutée au CEA au sein de de l’UMR Stabilité Génétique, Cellules souches et Radiations - SGCSR/iRCM (UMR 1274 UParis/UPSaclay/INSERM/CEA-Jacob, Fontenay-aux-Roses) pour travailler en tant qu’ingénieure-chercheuse CEA dans la Cellule d'Ingénierie Génétique et d'Expression (CIGEx).

En tant que normalienne de l’ENS Cachan, Amandine a suivi une solide formation en Biologie, en partenariat avec l’Université Paris-Saclay, dans les domaines allant de la biologie moléculaire à la physiologie animale en passant par la biochimie, la génétique, la microbiologie et la biologie cellulaire. Des domaines dans lesquels elle a largement approfondi ses connaissances lors de son année de préparation à l’Agrégation de Biochimie-Génie biologique, obtenue en 2008. Finalement, Amandine s’est spécialisée en virologie lors de son master 2 et de sa thèse réalisée dans l’équipe de Claudine Pique à l’Institut Cochin. Elle y a étudié un rétrovirus oncogène humain, HTLV (Human T-cell Leukemia Virus), et en particulier les modifications post-traductionnelles, ubiquitinylation et SUMOylation, de la protéine virale Tax qui induit la prolifération voire la transformation des cellules infectées. Son travail a notamment permis d’établir un nouveau modèle de l’activation de la voie NF-κB par ce rétrovirus oncogène.

En post-doctorat, Amandine a changé de thématique et de modèle d’étude en rejoignant en 2012 l’équipe de Benoit Palancade et Valérie Doye à l’Institut Jacques Monod pour étudier, cette fois-ci, chez la levure Saccharomyces cerevisiae, les liens entre biogenèse des ARNm et stabilité génétique. Son travail post-doctoral a notamment amené à identifier une nouvelle fonction des introns en démontrant qu’en présence d’un intron, le recrutement de la machinerie d’épissage sur l’ARN prévient la formation de R-loops, des structures formées par l’hybridation de l’ARNm naissant avec la matrice ADN, et prévient l’instabilité génétique qui peut être associée à ces structures.

En 2016, Amandine a rejoint l’équipe de Pascale Lesage à l’Institut de Recherche Saint-Louis pour explorer, toujours chez la levure Saccharomyces cerevisiae, les liens entre pores nucléaires et la réplication du principal élément mobile du génome de cerevisiae qu’est le rétrotransposon Ty1. Elle a ainsi identifié une nouvelle fonction des pores nucléaires qui limitent spécifiquement la transcription des rétrotransposons Ty1 et a démontré qu’une dérépression transcriptionnelle, même modeste, de Ty1 avait des conséquences majeures sur le niveau global de rétrotransposition.

Amandine a été recrutée dans l’unité SGCSR en avril 2023 pour renforcer le pôle Biochimie – purification des protéines de la plateforme CIGEx. Ses expériences précédentes au sein de différents laboratoires et sur des thématiques de recherche diverses vont également lui permettre de développer et proposer de nouvelles stratégies expérimentales pour répondre à de nouveaux besoins des utilisateurs de la plateforme.

« En essayant continuellement on finit par réussir. Donc : plus ça rate, plus on a de chances que ça marche. » - Jacques Rouxel, Les Shadoks

Contact : amandine.bonnet@cea.fr

Née à Split, en Croatie, Tihana Jovanic commence son parcours en biologie par des études de biologie moléculaire à l’Université de Zagreb. Grâce à une bourse jointe des Ministère des affaires étrangères français et Ministère de recherche croate, elle poursuit ses études en France. Elle obtient une thèse en immunologie à l’Institut Pasteur dans le laboratoire du Dr. François Rougeon ou elle travaille sur les mécanismes d’hypermutation somatique.

Pour son stage postdoctoral, Tihana entamme des recherches en neurosciences dans le laboratoire de Marta Zlatic à Janelia Research Campus/Howard Hughes Medical Institute aux États-Unis où elle contribue à établir la larve de drosophile comme organisme modèle pour disséquer les circuits neuronaux avec une résolution cellulaire et synaptique. Elle y travaille plus précisément sur l’analyse des mécanismes neuronaux impliqués dans le choix comportemental et les séquences d’action, des thématiques de recherche qu’elle continue de développer depuis.

Elle est actuellement chercheuse CNRS et cheffe d’équipe à l’Institut des Neurosciences Paris-Saclay – NeuroPSI (CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) qu’elle a montée grâce à l’obtention d’un financement ANR JC/JC. Son équipe « Circuits neuronaux et comportement » s’intéresse à la flexibilité des circuits neuronaux sous-jacents à la prise de décisions sensorimotrices et des séquences comportementales et aux mécanismes qui permettent à ces processus d’être modulés par le contexte et l’état interne de l’organisme, plus particulièrement l’état alimentaire. Son équipe utilise une approche multidisciplinaire chez la larve de drosophile, qui combine la manipulation de l’activité neuronale ou de l’expression des gènes au niveau de cellules spécifiques avec l’analyse de comportement quantitative pour determiner les liens causaux entre les molécules, les neurones d’un côté et le comportement de l’autre ; la connectomique au niveau synaptique, la neurophysiologie et, en collaboration, la modélisation, afin de caractériser les mécanismes sous-jacents à la flexibilité des réseaux de neurones à plusieurs échelles : de la molécule aux circuits neuronaux et comportement. Pour ces projets de recherche, notamment sur la modulation des décisions par les états internes de l’organisme, Tihana a obtenu de nombreux financements, tels que ANR, FRC et FRM.

“I want to stand as close to the edge as I can without going over. Out on the edge you see all kinds of things you can’t see from the center.” - Kurt Vonnegut

Contact : tihana.jovanic@universite-paris-saclay.fr

Julie Boucquemont est maître de conférences à la faculté de médecine de l’Université Paris Saclay depuis septembre 2019. Responsable du DU Biostatistique et méthodes en santé publique et co-responsable du M1 Méthodes en santé publique, elle est affiliée à l’équipe Epidémiologie clinique du Centre de recherche en Epidémiologie et Santé des Population – CESP (UMR-S 1018 INSERM/UVSQ/UPSaclay, Villejuif) pour son activité de recherche.

Après une formation initiale en biologie, c’est lors de son M2 puis de sa thèse en biostatistique sous la direction de Karen Leffondré à l’université de Bordeaux que Julie commence à s’intéresser aux méthodes statistiques innovantes et à leur application dans le domaine de l’épidémiologie rénale. Les défis méthodologiques liés à l’étude de l’évolution de la fonction rénale représentaient un terrain d’application parfait pour les méthodes développées alors dans l’équipe de biostatistique, telles que le modèle linéaire mixte à classes latentes ou encore le modèle « illness-death » pour données censurées par intervalle.

Julie décroche ensuite un contrat postdoctoral de deux ans à l’Université McGill à Montréal. En collaboration avec Bethany Foster, épidémiologiste clinique et pédiatre spécialiste en transplantation, elle montre que chez l’adolescent et l’adulte jeune, les jeunes femmes semblent avoir une meilleure observance du traitement immunosuppresseur que les jeunes hommes après transplantation rénale.

A son retour en France en 2017, Julie est recrutée comme attachée temporaire d’enseignement et de recherche à l’université de Nantes au sein de l’unité mixte de recherche Inserm SPHERE. Elle y poursuit ses travaux sur la transplantation rénale, cette fois chez l’adulte, en étudiant la diversité des pratiques de prescription de traitement lors de la greffe entre les différents centres de transplantation. Cette expérience nantaise confirme son envie d’enseigner. « La santé publique est par définition pluridisciplinaire et dans une même formation, les étudiants peuvent venir d’horizons très variés. S’adapter à ce public est passionnant. L’enseignement, au-delà de la transmission de connaissances, me donne le sentiment de participer à la construction des étudiants, et j’en tire une grande satisfaction personnelle. »

En 2019, Julie rejoint l’équipe Epidémiologie Clinique du CESP dirigée par Bénédicte Stengel. Cette équipe coordonne l’étude CKD-REIN, la première large cohorte nationale menée en France sur la maladie rénale chronique et ses complications, financée par le Programme « Cohortes-Investissements d’avenir ». « L’expertise de Julie dans la modélisation et l’analyse des données longitudinales complexes, qu’il s’agisse d’évènements de santé ou de marqueurs biologiques, est très précieuse pour la cohorte » souligne Marie Metzger, responsable data de la cohorte CKD-REIN. « Compte tenu de la masse de données collectées, l’arrivée de Julie a été une vraie chance pour développer de nouveaux projets avec les étudiants qu’elle encadre en collaboration avec les cliniciens de l’équipe. » ajoute Natalia Alencar de Pinho, coordinatrice de l’étude. Dans un travail en cours, Julie cherche à identifier les facteurs associés à une meilleure planification du traitement de suppléance rénale chez les patients avec une maladie rénale chronique avancée.

Du point de vue de l’enseignement, Julie est très impliquée dans la Graduate School de Santé Publique. En s’appuyant sur les ressources pédagogiques existantes, elle souhaite notamment faire évoluer l’enseignement en biostatistique en y intégrant par exemple la création d’exercices interactifs. Chaque étudiant étant différent, il est en effet nécessaire de varier les modes d’apprentissage pour s’adapter à chacun et de nouvelles possibilités sont offertes par le développement des outils numériques de ces dernières années.

“If your Nerve, deny you—Go above your Nerve” - Emily Dickinson (& Cheryl Strayed)

Contact : julie.boucquemont@universite-paris-saclay.fr

Julien Sourimant est chargé de recherche INRAE dans l’équipe « Biologie Moléculaire des Pneumoviruses » (BMP) de l’UMR 0892 Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM) (INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas) depuis Mars 2023.

Suite à une une formation en biologie moléculaire et biochimie, spécialisée en virologie à l'université de Versailles Saint-Quentin (UVSQ, UPSaclay), Julien Sourimant entreprend un travail de thèse sur l'étude fonctionnelle et structurale du complexe de réplication du virus respiratoire syncytial (VRS), principale cause de bronchiolite chez les nourrissons et les bovins. Cette thèse, soutenue en 2015 sous la co-direction de Jean-François Éléouët (INRAE) et Elyanne Gault (UVSQ), le conduit à cartographier les domaines d'interaction de l’ARN-polymérase ARN-dépendante du VRS et de son cofacteur, la phosphoprotéine.

Souhaitant poursuivre l’étude de la réplication des virus à ARN, il rejoint pour 6 ans le laboratoire de Richard Plemper à l’université Georgia State à Atlanta (USA). Ses travaux lui ont notamment permis d’identifier une nouvelle interface entre les nucléoprotéines et phosphoprotéines de paramyxovirus (virus de rougeole et de maladie de Carré) qui module l’équilibre entre réplication et transcription. Il a également caractérisé les mécanismes d’action de plusieurs inhibiteurs allostériques d’ARN polymérase de pneumovirus et paramyxovirus, et participé à plusieurs projets de drug discovery, (criblage à haut débit, développement préclinique) de molécules antivirales ciblant les pneumovirus, paramyxovirus et coronavirus.

Julien rejoint en 2022 un projet de reciblage thérapeutique de particules virales par la bioingénierie de la glycoprotéine du virus de la stomatite vésiculaire, sous la direction d’Aurélie Albertini et Yves Gaudin à l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yveyye). Cette expérience lui permet d’approfondir l’utilisation de la virologie appliquée aux biotechnologies, et d’étendre son réseau de collaborateurs à l’UPSaclay.

En rejoignant l’équipe BMP, Julien démarre un projet dont l’objectif est de mieux caractériser l’ARN polymérase du VRS qui reste une cible privilégiée pour le développement d’antiviraux. Ce pathogène, responsable d’infections respiratoires sévères chez l’homme et chez l’animal, est également un modèle pour mieux comprendre la réplication d’un groupe de virus à fort potentiel zoonotique regroupant également les virus de la rage, de la rougeole, ou les virus Ebola, Marburg et Nipah. Ce projet s’inscrit ainsi dans une orientation scientifique majeure de l’INRAE : Favoriser une approche globale de la santé.

« Dans les champs de l’observation le hasard ne favorise que les esprits préparés » - Louis Pasteur

Contact : julien.sourimant@inrae.fr

Chargée de Recherche au CNRS depuis 2020, Chloé Girard s’intéresse aux mécanismes moléculaires de la formation des crossovers méiotiques, ces échanges inter-chromosomaux qui participent à maintenir et à créer la diversité génétique.

La génétique l'a toujours attirée par sa logique implacable, la gymnastique mentale qu'elle demande, et son incroyable puissance déductive. En 2010, en stage de Master au sein d’AgroParisTech et de l’Université Paris-Saclay, elle engage ses recherches sur la méiose, un mécanisme cellulaire qui participe, avec la fécondation, à la reproduction sexuée des espèces. Les crossovers formés lors de la méiose nous rendent uniques : leur distribution le long des chromosomes permet de former de nouvelles combinaisons d'allèles à chaque méiose et à chaque génération.

Les mécanismes moléculaires régissant la formation des crossovers sont très largement conservés. Chloé a tout d'abord pu travailler chez les plantes, au sein d'une équipe nombreuse et dynamique à l'Institut National de la Recherche Agronomique (INRA de Versailles, France), avec le modèle Arabidopsis thaliana. Elle a ensuite réalisé son postdoctorat à l'Université de Stanford (Californie, USA) avec le modèle Caenorhabditis elegans, un ver de l'ordre des nématodes. Elle a ensuite eu la chance de décrocher un poste CNRS en 2019, avec un projet portant sur l’étude de la recombinaison chez Arabidopsis thaliana et a rejoint l’équipe Recombinaison et Appariement Méiotique de l’Institut de Biologie Intégrative - I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) qui étudie ces mêmes mécanismes chez le champignon filamenteux Sordaria macrospora.

Une observation intrigante émergeant de son travail est que la présence de polymorphismes, différences de séquences d’ADN entre les chromosomes homologues, peut avoir un impact sur la distribution des crossovers. Alors que la détection du polymorphisme est absolument essentielle pour prévenir la recombinaison illégitime entre chromosomes différents, des observations chez Arabidopsis suggèrent que le polymorphisme peut aussi attirer les crossovers vers les régions présentant un certain degré de polymorphisme. L'ampleur de cet effet et ses mécanismes sont inconnus, et ces questions sont au cœur des recherches du groupe de Chloé.

Une autre observation fascinante est le fait que les crossovers sont régulièrement espacés le long de chaque chromosome. Ce phénomène, appelé interférence des crossovers, a été découvert en 1914 chez la mouche et observé depuis chez un très grand nombre d’espèces. L'émergence d'une telle distribution nécessite une communication entre les potentiels sites de crossovers pour coordonner leur position les uns par rapport aux autres. Mais comment la machinerie de formation des crossing-over communique-t-elle avec les crossovers voisins situés à l’autre bout du chromosome ? Les recherches engagées par l’équipe de Chloé à l’I2BC et leurs collaborateurs tentent d’élucider ce mystère vieux de cent ans.  

« Le surnaturel baisse comme un lac qu'un canal épuise ; la science, de jour en jour, recule les limites du merveilleux. » Guy de Maupassant, Misti (1884)

Contact : chloe.girard@cnrs.fr

Edith Renaud-Gabardos est chercheuse à Généthon au sein de l’UMR-S 951 Integrare (UEVE/INSERM/UPSaclay, Evry) depuis mars 2020.

A la suite d’un cursus à l’école d‘ingénieur INSA (Institut National des Sciences Appliquées) de Toulouse, en génie biochimique et alimentaire, Edith effectue son stage de fin d’études à Généthon sur le développement d’une thérapie génique d’une maladie neuromusculaire. Elle poursuit en 2011 en tant qu’ingénieure dans une équipe de recherche de l’institut des maladies métaboliques et cardiovasculaires (I2MC, U1297, Toulouse), pour étudier le couplage des mécanismes de transcription et traduction de FGF1 (Fibroblast Growth Factor 1) en présence de deux ITAFs (IRES Trans-Acting Factors) au cours de la différenciation musculaire. Dans cette même équipe, elle débute en 2012 une thèse co-dirigée par le Dr. Anne-Catherine Prats et le Pr. Angelo Parini, sur le développement préclinique d’une thérapie génique pro-angiogénique combinée de l’ischémie cardiaque et du membre inférieur. Elle a notamment montré pour la première fois que l’association de molécules pro-angiogéniques et cardioprotectrices (FGF2, Cyr61, Apeline, SERCA2a), à partir de vecteurs AAV ou lentivecteurs bi- ou tri-cistroniques avec IRES, permettait un bénéfice thérapeutique pour ces deux types d’ischémie grâce à leur activité synergique.

En 2017, elle rejoint l’équipe du Dr. Ana Buj-Bello à Généthon en tant que post-doctorante, pour participer au développement des vecteurs AAV pour les maladies neuromusculaires, dans le cadre du projet européen MYOCURE financé par le programme Horizon 2020. Des vecteurs AAV chimériques ont été obtenus par recombinaison aléatoire d’ADN (DNA shuffling) et modifiés par ajout d’un peptide, puis sélectionnés in vivo chez la souris pour leur forte transduction et expression dans les muscles squelettiques, et leur faible présence dans des organes tels que le foie, non ciblé dans le contexte des maladies neuromusculaires. Ces vecteurs ont démontré leur forte efficacité et spécificité sur un modèle murin de la myopathie myotubulaire, permettant ainsi de réduire la dose thérapeutique.

Aujourd’hui, elle continue de s’intéresser au développement de vecteurs de type AAV, et à la conception de produits de thérapie génique pour traiter certaines maladies neuromusculaires congénitales rares pour lesquelles aucun traitement efficace n’est actuellement disponible.

“Biology is the study of complicated things that have the appearance of having been designed with a purpose.” - Richard Dawkins

Contact : erenaud@genethon.fr

Ana Karen Sanchez Castañeda est maître de conférences en génie microbiologique à AgroParisTech depuis septembre 2022. Ses activités d’enseignement et de recherche sont rattachées au département SPAB (Sciences et Procédés des Aliments et Bioproduits) et à l’UMR SayFood (Paris-Saclay Food and Bioproduct Engineering, INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Palaiseau), au sein de l’équipe ProBioSSép (Procédés microBiologiques, Stabilisation, Séparation).

Elle est diplômée d’un Master en recherche en Génie biochimique, spécialisée en biotechnologie microbienne à l’Institut Technologique de Durango, au Mexique. Grâce à un stage de recherche au sein de l’UMR GMPA (Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, actuellement SAYFOOD), elle a commencé à travailler sur l’intensification des bioprocédés microbiens, dans le but d'améliorer la production de molécules d’intérêt biosourcées en intégrant les procédés de transformation microbienne et de séparation en continu du produit. Elle a poursuivi cette thématique lors de sa thèse en génie des procédés, intitulée : "Bioconversion extractive d'acide 3-hydroxypropionique : mécanismes limitants et optimisation du procédé intégré". Grâce à la nature multidisciplinaire de son sujet de recherche, elle a développé des compétences en conception et en conduite des bioprocédés, en modélisation de la production microbienne et de l’extraction de molécules d’intérêt, ainsi qu'en différentes techniques permettant d'évaluer les performances et l'impact du bioprocédé intégré sur l'état physiologique des bactéries et des levures.

En 2021, elle a intégré le corps des enseignants chercheurs à AgroParisTech en tant que chargée d’enseignement contractuelle en génie microbiologique, et elle a mené des activités d’enseignement et de recherche en microbiologie, génie microbiologique et génie des procédés. Elle poursuit ces activités dans le cadre de son poste actuel de maître de conférences. Son intérêt actuel se porte sur la valorisation des co-produits agro-industriels par voie microbienne et l'intensification du procédé grâce au couplage avec des procédés de séparation. Dans son travail, elle cherche à contribuer à l'avancement des connaissances dans le domaine de la production durable de molécules d'intérêt à partir de ressources renouvelables. Elle est également passionnée par la formation et la motivation des futures ingénieures, les encourageant à s'investir dans cette thématique.

« ¡Hay que enseñar sabroso la ciencia! (La science doit être enseignée de manière savoureuse !) » - Julieta Fierro, physicienne, astronome et vulgarisatrice scientifique mexicaine.

Contact : ana.sanchezcastaneda@agroparistech.fr

Chargée de recherche au CNRS, Nataliya Petryk dirige une équipe ATIP-Avenir dans l’unité Intégrité du Génome et Cancers (UMR 9019 CNRS/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif). Par des approches génomiques et de microscopie, elle cherche à comprendre les divers aspects de la réplication des chromosomes, notamment le rôle de la chromatine et de l'architecture nucléaire dans l'intégrité du génome et de l'épigénome, ainsi que leurs implications pour la santé humaine. Les différentes cellules du corps contiennent une séquence d'ADN quasiment identique mais les mécanismes épigénétiques, dans lesquels les marques de chromatine, la méthylation de l’ADN et l’architecture des chromosomes jouent un rôle majeur, génèrent une multitude de types et de phénotypes cellulaires. Il est crucial que la réplication des chromosomes se fasse sans faute afin que les informations génétiques et les marques épigénétiques soient correctement transmises durant les divisionscellulaires.

Après ses études de génétique à l’université de Lviv en Ukraine, Nataliya Petryk a fait sa thèse de doctorat à l’université Paris-Sud dans le laboratoire de Monique Bolotin-Fukuhara. Elle s’est intéressée à l’évolution de la régulation d’expression des gènes chez les levures. Elle a montré que les régulateurs transcriptionnels des gènes de la respiration mitochondriale et de la réponse au stress oxydatif ont évolué à partir d’un facteur-ancêtre commun, vraisemblablement suite à diverses stratégies métaboliques et adaptations à diverses niches écologiques.

Par la suite, au cours de ses post-doctorats, elle a travaillé sur la réplication du génome et de l'épigénome. Dans le laboratoire d'Olivier Hyrien, à l’IBENS de Paris, elle a développé une nouvelle approche quantitative pour cartographier les fourches de réplication dans le génome humain. Cela lui a permis de comprendre de manière détaillée la logique du programme de réplication du génome humaine. Plus tard, au sein du laboratoire d'Anja Groth à l’Université de Copenhague, elle a découvert un des mécanismes de transmission des marques épigénétiques des histones lors de la réplication de l'ADN. A son retour en France, elle a rejoint le laboratoire de Pierre-Antoine Defossez à l’Université Paris-Cité, où elle a poursuivi ses recherches sur les mécanismes de recopiage de méthylation de l'ADN.

Recrutée au CNRS en 2021, elle a monté une équipe à Gustave Roussy en 2022, grâce aux financements de l’ATIP-Avenir et de Gustave Roussy.

« Chaque nouveau pas peut offrir une nouvelle perspective, parfois inattendue, perpétuant la curiosité. »

Contact : nataliya.petryk@gustaveroussy.fr

Myriam Edjlali-Goujon a été nommée Professeur de Médecine, en Radiologie CNU 43-02, spécialité Neuroradiologie diagnostique à la rentrée 2021, sur les hôpitaux de Garches, Ambroise Paré, Université de Versailles Saint Quentin. Elle est rattachée à l’équipe recherche Neuroimagerie au sein du laboratoire BioMaps (UMR CEA/CNRS/Inserm/Université Paris-Saclay, Service Hospitalier Frédéric Joliot - SHFJ, Directeur d’Unité : Vincent Lebon). Elle est passionnée par la compréhension du fonctionnement cérébral normal et des pathologies touchant le cerveau et la moelle. Elle a une double formation en médecine et en recherche (MD, PhD), ayant mené en parallèle les deux parcours. Ella a effectué un parcours médical en France avec un internat de Radiologie, un parcours recherche associant un master 2 ingénierie de la santé parcours bioImaging en 2011 en parallèle de son clinicat à l'hôpital Sainte-Anne conjointement avec l'Université de Paris-Cité, puis un PhD de neurosciences ED 158 - Cerveau, cognition, comportement (3C) à l’Université de Paris-Cité (diplôme obtenu en 2017). Elle a réalisé un parcours aux Etats-Unis au sein de l'Université du Wisconsin à Madison en 2017 avec une collaboration avec Patrick Turski, Kevin M Johnson et Oliver Wieben sur les techniques d'imageries avancées de flux et d’imagerie de la paroi vasculaire, appliquées à la compréhension des pathologies vasculaires intra-crâniennes ayant mené à plus de 10 publications scientifiques, et à un PHRC. Elle a obtenu en 2020 son Habilitation à Diriger les Recherches et encadre en 2023 notamment deux étudiants en PhD. Elle attribue une part majeure à la prise en compte de la dimension éthique au sein des parcours de santé (master 1 d'Éthique médicale obtenu en 2005 à l’Université Paris-Cité).

En tant qu'enseignante à l'Université de Versailles Saint Quentin et à l'école Européenne de Neuroradiologie, elle enseigne la biophysique médicale en première année de médecine, la neuroanatomie aux étudiants en médecine tout au long de leur parcours, ainsi que la neuroimagerie appliquée aux pathologies cérébrales et médullaires.

Myriam Edjlali-Goujon est également impliquée dans plusieurs organisations professionnelles, dont la société française de Radiologie, dont elle est membre élue du bureau en tant que responsable communication, la société d'angioIRM (SMRA) et l'école Européenne de Neuroradiologie. Construire en lien avec des équipes internationales est un de ses moteurs.

Ses deux grandes thématiques de recherche sont 1/ le développement et l'application de nouveaux biomarqueurs d'imagerie (IRM, TEP MR) pour caractériser les processus évolutifs des pathologies cérébrales et typer l'agressivité des maladies propres à chaque individu, et 2/ l'application de techniques basées sur l'intelligence artificielle pour détecter, comprendre et prédire l'évolution de la maladie et de la réponse au traitement chez un patient donné. Elle a installé deux start-ups dans le cadre de ses projets collaboratifs au sein de l'unité recherche et de la partie hospitalière pour améliorer la prise en charge des AVC et des pathologies neuro-inflammatoires.

Myriam Edjlali-Goujon est convaincue de l'importance de créer un environnement d'excellence pour la prise en charge des patients, qui implique un haut niveau de connaissance et de compétence, une association avec le dynamisme de développement des start-ups et des firmes développant l'intelligence artificielle, ainsi que l'importance du monde académique et des cliniciens dans cet environnement. Son objectif est de développer ces liens et d'agir comme un catalyseur de compréhension des mondes technologiques et de santé.

« Celui qui attend la Fortune est moins sûr de la rencontrer que celui qui va au-devant d’elle. » - Sagesse persane

Contact : myriam.edjlali@aphp.fr

Anaïs Cazals est Maître de Conférences à AgroParisTech depuis octobre 2022 dans l’UFR de Génétique, Elevage et Reproduction (GER). Elle effectue ses travaux de recherche dans l’UMR de Génétique Animale et Biologie Intégrative – GABI (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas).

Suite à l’obtention de son diplôme d’ingénieur agronome en spécialisation Filières Animales Durables à Bordeaux Sciences Agro, elle démarre une thèse sur l’impact de la génétique de l’hôte et de la composition du microbiote intestinal sur le portage de salmonelles chez la poule et la souris. Ce travail a été réalisé en collaboration entre deux équipes de recherche : la première à INRAE dans l’UMR GABI sous la direction de Fanny Calenge et la deuxième à l’Institut Pasteur dans le Laboratoire de génétique de la souris sous la direction de Jean Jaubert. Ces travaux ont permis d’identifier de nouveaux mécanismes associés à la réponse à une infection par Salmonella en utilisant des méthodes d’analyse de données « omiques » telles que la métagénomique, la transcriptomique et la génomique.

Après sa thèse, Anaïs a poursuivi ces recherches dans l’UMR GABI en collaboration avec l’UMR GenPhySE (Université de Toulouse/INRAE/ENVT, Castanet-Tolosan), où elle a étudié les relations entre la génétique de l’hôte, les fonctions du microbiote intestinal et l’efficacité alimentaire chez le porc.

Aujourd’hui, elle poursuit ces recherches dans l’équipe GiBBs (Génomique, Biodiversité, Bioinformatique, Statistique) sur le site INRAE de Jouy-en-Josas. Elle souhaite développer des projets exploitant l’intégration de données « omiques » et la diversité fonctionnelle pour répondre à diverses questions de recherche dans un contexte de transition agroécologique. Elle souhaite aborder par exemple les questions suivantes : quels sont les fonctions et les mécanismes biologiques expliquant des phénotypes d’adaptation à des variations environnementales, tels que la résistance à des périodes caniculaires, le maintien de l’efficacité alimentaire lors d’une diminution des qualités nutritives de l’alimentation ou bien la résilience face aux maladies infectieuses.

En parallèle, elle assure des enseignements en génétique et métagénomique animale dans plusieurs formations des niveaux Ingénieur et Master. Dès la rentrée 2023, elle prendra en charge, avec Pascal Croiseau et Gwendal Restoux, chercheurs à INRAE, la co-responsabilité du Master 2 « Predictive and Integrative Animal Biology », visant à former les étudiants aux sciences animales appliquées, par une approche intégrative de la biologie incluant notamment la génétique et la physiologie.

« Like what you do, and then you will do your best. » - Katherine Johnson

Contact : anais.cazals@agroparistech.fr