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Portrait Jeune Chercheuse – Laetitia Lê, Maitre de Conférence en chimie analytique

Portrait Jeune Chercheuse – Laetitia Lê, Maitre de Conférence en chimie analytique | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Laetitia Lê est Maître de Conférences des Universités – Praticien Hospitalier au sein de la faculté de Pharmacie de l’Université Paris-Saclay depuis septembre 2019. Elle a été recrutée pour faire partie du Groupe de Recherche Lip(Sys)² Chimie Analytique et Pharmaceutique, dirigé par le Professeur Pierre Chaminade. Au sein de l’équipe « innovations analytiques pour le développement et le contrôle de molécules à visée thérapeutique », ses travaux s’inscrivent spécifiquement dans le contrôle des produits de santé et leur devenir dans l’environnement. Ses travaux exploitent des techniques d’analyses spectrales notamment en spectrométrie Raman et plus récemment diffusion Raman exaltée de surface (appelée SERS) couplées à la chimiométrie.

 

Après des études de pharmacie et un internat en pharmacie industrielle et biomédicale, son parcours hospitalier l’a conduit à développer deux axes complémentaires de recherche issus de problématiques hospitalières visant à sécuriser le circuit des médicaments tant pour le personnel que pour les patients. La plupart des médicaments anticancéreux sont des substances à marge thérapeutique étroite, les erreurs médicamenteuses peuvent avoir des conséquences majeures pour les patients. Il est de la responsabilité pharmaceutique de garantir le bon médicament à la bonne dose par la mise en place d’un contrôle qualité des préparations avant administration. Ces molécules potentiellement cancérogènes, mutagènes et reprotoxiques présentent également un risque pour le personnel de santé exposé à des résidus cytotoxiques tout au long du circuit de prise en charge des patients.

 

De 2010 à 2012, Laetitia Lê a mené une thèse d’université sur l’exploitation des données spectrales dans la sécurisation du circuit des médicaments anticancéreux sous la direction des Professeurs Arlette Baillet-Guffroy et Patrice Prognon. Ce travail a conduit au développement de différents modèles de prédiction qualitative et quantitative permettant l’analyse de molécules à visée thérapeutique par spectroscopie Raman et proche infrarouge, avec notamment une étude montrant le potentiel d’une analyse par mesure directe au travers des conditionnements.

 

Après un poste d’attaché temporaire et de recherche, elle a été recrutée en tant qu’assistante hospitalo-universitaire au sein de Lip(Sys)². En 2018, elle est lauréate d’une bourse AP-HP et réalise une mobilité au sein de l’Equipe X-pop, équipe mixte INRIA et Ecole Polytechnique, dirigée par le Dr Marc Lavielle. Elle travaille sur le développement de modèles statistiques pour l’analyse de données spectrales en diffusion Raman exaltée de surface pour la quantification de médicaments anticancéreux, travail qui donnera lieu à une publication dans Talanta.

 

Aujourd’hui avec son équipe, elle travaille sur la reproductibilité de synthèse des nanoparticules et la maîtrise des paramètres expérimentaux permettant d’exalter le signal SERS de molécules thérapeutiques et ainsi proposer des modèles de prédiction plus sensibles qui pourraient à terme répondre à des problématiques de terrain pour optimiser la prise en charge des patients.

 

Contact : laetitia.le@universite-paris-saclay.frê

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Portrait Jeune Chercheur – Guillaume Postic, Maître de Conférences en bioinformatique

Portrait Jeune Chercheur – Guillaume Postic, Maître de Conférences en bioinformatique | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le parcours dans la recherche de Guillaume Postic a débuté en 2008, à l’Institut Pasteur, avec un stage de seconde année de Master, qui avait pour sujet l’étude d’ARN non codants dans les génomes minimaux des bactéries du genre Mycoplasma. Il a poursuivi cette thématique durant son doctorat à la Faculté de Médecine Necker, où il a étudié les ARN non codants de Francisella tularensis, une bactérie pathogène utilisée comme arme bactériologique.

 

En 2012, il a débuté un premier post-doctorat en bioinformatique, à l’Université Paris Diderot. Ses recherches portaient sur l’étude des structures moléculaires de protéines. Il a ainsi travaillé sur des fonctions objectives dédiées au problème difficile du repliement des protéines. Par ailleurs, il a développé une méthode de classification pour positionner les protéines transmembranaires dans la bicouche lipidique, ainsi qu’un algorithme de partitionnement hiérarchique des structures de protéines globulaires.

 

En 2017-2018, lors d’un deuxième post-doctorat à Sorbonne Université, Guillaume Postic a publié des travaux portant également sur les fonctions objectives et sur l’étude de la nature hiérarchique des structures protéiques.

 

Il a ensuite effectué un troisième et dernier post-doctorat (un an, suivi de deux ans en tant qu’attaché temporaire d'enseignement et de recherche) à l’Université de Paris. Il y a trouvé l’opportunité de poursuivre ses travaux sur les fonctions objectives en bioinformatique structurale des protéines. Il a aussi produit un pipeline de biologie intégrative, permettant de prédire les réseaux d’interactions entres protéines, à partir de différentes sources de données.

 

Depuis son recrutement comme Maître de Conférences au Département Informatique de l’Université d’Évry Paris-Saclay, il enseigne la programmation dans différents langages, ainsi que les statistiques et la bioinformatique. Il mène ses recherches au laboratoire Informatique, BioInformatique, Systèmes Complexes  - IBISC. Il s’agit essentiellement de développements en théorie de l’information et en apprentissage automatique pour comprendre le repliement tridimensionnel des structures d’ARN non codants. Sur ce sujet, il encadre actuellement un stagiaire de M2, qui est financé par la Graduate School Informatique et Sciences du Numérique de Paris-Saclay, puis co-encadrera un doctorant à la rentrée prochaine.

 

« A key idea behind the view I support is that beside the four currencies constituting our world (matter, energy, space and time) we must add a fifth one, information, taken as an authentic physical currency.  » -  Antoine Danchin

 

Contact : guillaume.postic@univ-evry.fr

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Portrait Jeune Chercheuse - Yasamine El Ahmadi, chercheuse en infectiologie

Portrait Jeune Chercheuse - Yasamine El Ahmadi, chercheuse en infectiologie | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Yasamine El Ahmadi est chercheuse/post-doc au CEA au sein de la structure IDMIT « Infectious Diseases Models for Innovative Therapies » du CEA (CEA-Jacob, Fontenay- aux-Roses) et de l’unité mixte de recherche ImVA-HB « Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes » (UMR-S 1184 UP Saclay/INSERM/CEA, Fontenay-aux-Roses) depuis juillet 2021.

 

Son intérêt pour les mécanismes de défenses de l’organisme a rapidement guidé ses choix durant son cursus universitaire. Yasamine a pu confirmer sa passion et son intérêt pour l’étude des interactions hôte-pathogène et la compréhension de l’échappement à la réponse immunitaire dans le cadre pathologique par de nombreuses expériences au sein de laboratoires de recherche de référence dans ce domaine. Ceci lui a permis d’acquérir de nombreuses compétences techniques et scientifiques dans le domaine de l’immunologie.

 

Yasamine a effectué une thèse en immunologie à l’université de Montpellier, soutenue en décembre 2020, dont l’objectif était de caractériser, sur le plan phénotypique et fonctionnel, les lymphocytes T régulateurs (Treg) dans le contexte pathologique de la polyarthrite rhumatoïde (PR). Par ce travail, Yasamine a caractérisé des sous populations de Treg et les cellules Thelper provenant du sang et du liquide synovial de patients PR. Au cours de ce projet de recherche translationnelle, réalisé en collaboration avec l’équipe clinique du service de rhumatologie de Montpellier, Yasamine a su relever les défis techniques, scientifiques et organisationnels liés au travail sur les échantillons frais provenant de patients en phase aigüe de la maladie.

 

En juillet 2021, elle rejoint la structure IDMIT, en tant que post doctorante sous la direction du Docteur Roger Legrand, afin d’étudier les effets de la vaccination dans le cadre de l’infection par le SARS-CoV2. Ce projet d’étude constitue pour elle une opportunité précieuse de perfectionner ses compétences techniques et scientifiques, en s’ouvrant à un nouveau domaine, celui des maladies virales. Au-delà, de ses qualités de chercheuse, Yasamine est une jeune femme dynamique et souriante qui s’épanouit énormément à travers les échanges scientifiques et humains réalisés dans le cadre de son travail. Ainsi, elle apprécie fortement la particularité d’IDMIT, qui offre la possibilité de travailler en cohésion continue avec ses différentes équipes et plateformes transdisciplinaires.

 

« On marche dans la vie à petits pas pour que l’empreinte devienne un grand pas. » -  Sonia Lahsaini

 

Contact : yasamine.el-ahmadi@cea.fr

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Portrait Jeune Chercheuse – Emilie Elvira-Matelot, chercheuse en oncologie

Portrait Jeune Chercheuse – Emilie Elvira-Matelot, chercheuse en oncologie | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Emilie Elvira-Matelot est chargée de recherche INSERM à l’institut Gustave Roussy (Villejuif) dans l’unité « Cellules souches hematopoïétiques et développement des hémopathies myéloïdes » dirigée par Françoise Porteu (UMR-S 1287 Inserm/UPSaclay/Gustave Roussy) depuis octobre 2017.

 

Emilie a effectué sa thèse en biologie au sein du laboratoire « Gènes et Pression Artérielle » dirigé par Xavier Jeunemaitre au Collège de France (INSERM U772) puis au PARCC (Paris Cardiovascular Research Center-INSERM U970). Elle y a caractérisé les mécanismes de régulation de l’expression du gène WNK1, impliqué dans la régulation de la pression artérielle. Elle a montré que l’expression de WNK1 est régulée par des mécanismes épigénétiques : méthylation de l’ADN et micro-ARN (miR).

 

Fascinée par l’impact de l’épigénétique dans la physiologie normale et pathologique, elle a souhaité, en 2011, approfondir son expertise dans ce domaine en réalisant un post-doctorat dans le laboratoire « Epigénétique et petits ARN » dirigé par Hervé Vaucheret à l’Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB) à l’INRAe de Versailles. Elle y a entre autre montré que la RNAse III RTL2 module, dans la plante Arabidopsis Thaliana, l’accumulation de silencing ARN (si-ARN), eux même impliqués dans le contrôle de l’expression des rétrotransposons via la méthylation de l’ADN.

 

Elle a ensuite rejoint l’équipe de Françoise Porteu fin 2015, au sein de l’Unité INSERM U1170 « Hématopoïèse normale et pathologique » à l’institut Gustave Roussy dans le cadre d'un deuxième post-doctorat. Elle a alors participé à une étude montrant l’impact de l’expression des rétrotransposons sur l’instabilité génomique des cellules souches hématopoïétique après un stress génotoxique tel que l’irradiation.

 

Depuis son recrutement au sein de l’équipe « Vieillissement du tissu hématopoïétique » dirigée par Françoise Porteu, elle développe différents projets visant à définir comment les modifications épigénétiques et la dérépression des rétrotransposons affectent la fonction des cellules souches hématopoïétiques et médient leur expansion clonale au cours de l’âge et en réponse à différents stress.

 

« Le succès n'est pas final, l'échec n'est pas fatal : c'est le courage de continuer qui compte. » - Winston Churchill

 

Contact : emilie.elvira-matelot@inserm.fr

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Portrait Jeune Chercheur – Ahmed Karoui, Maître de Conférences en physiologie

Portrait Jeune Chercheur – Ahmed Karoui, Maître de Conférences en physiologie | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Ahmed Karoui est Maître de Conférences en physiologie au sein de la faculté de Pharmacie de l’Université Paris-Saclay depuis Septembre 2021. Il a intégré le laboratoire UMR-S 1180 Signalisation et Physiopathologie Cardiovasculaire dirigé par Ana-Maria Gomez.

 

Diplômé en 2014 d’un master de recherche en Physiologie, Physiopathologie des grands systèmes à l’université de Rouen, Ahmed Karoui rejoint l’équipe de Christelle Monteil, professeur en toxicologie, à l’université de Pharmacie et de Médecine de Rouen, pour effectuer son stage de Master 2 (Laboratoire d’accueil ABTE/ToxEMAC). Cette collaboration lui a permis de réaliser une thèse de doctorat cofinancée par l’ADEME (Agence de l’Environnement et de la Maitrise de l’Energie) et la Région Normandie. Le projet de thèse avait comme objectif d’étudier les effets cardiovasculaires de polluants atmosphériques d’origine automobile et plus précisément le dioxyde d’Azote (NO2) : un gaz émis par les moteurs des véhicules types Diesel. Ahmed s’est focalisé lors de son étude en particulier sur la dysfonction mitochondriale et la mise en place du stress oxydant et nitrosant myocardique lors d’une longue exposition au NO2.

 

Après l’obtention de son doctorat en 2017, Ahmed karoui a expérimenté avec intérêt des missions d’enseignement dans le cadre d’un poste d’ATER (Attaché Temporaire d’Enseignement et de Recherche) à l’UFR Sciences et Techniques de Rouen-Normandie au service de la biochimie.

 

En parallèle, les expériences acquises dans le domaine de la recherche durant ces années lui ont permis de rejoindre l’équipe 1 de l’unité 1180 dirigée par Anne Garnier et Mathias Mericskay en 2018. Le projet post doctoral portait sur la régulation du métabolisme énergétique cardiaque par la supplémentation en nicotinamide riboside (NR), un précurseur de la vitamine B3, et la surexpression de la voie de NMRK2, une kinase qui catalyse la phosphorylation du NR dans un modèle de stress myocardique impliquant un stress du réticulum endoplasmique (RE), mécanisme pathogénique majeur associé à la dysfonction mitochondriale et impliqué dans diverses formes de pathologies cardiaques.

 

Aujourd’hui, Ahmed Karoui poursuit ces travaux de recherche et les dirige vers l’identification de nouvelle formes de délivrance du NR pour augmenter sa biodisponibilité et l’évaluation de son effet thérapeutique dans un modèle ischémique aigu. En effet, Ahmed s’intéresse à évaluer la cardioprotection du NR à la fois contre le stress RE et la dysfonction mitochondriale causée par la phase aigüe de l’infarctus du myocarde, limitant potentiellement le stress oxydant et stimulant à la fois la voie de biogenèse mitochondriale et la voie des sirtuines menant sur le long terme au rétablissement de la fonction cardiaque.

 

Ces approches innovantes permettront d’ouvrir de nouvelles perspectives thérapeutiques visant à réduire la mortalité et la morbidité associées à l’insuffisance cardiaque et à en réduire le coût économique.

 

Riche de ces activités de recherche et de collaborations scientifiques, Ahmed Karoui mobilise une partie de son énergie à l’enseignement de la physiologie et la physiopathologie des grands systèmes, dispensées à des étudiants en formation commune de base des études Pharmacologiques (DFGSP2 et DFGSP3).

 

« La marque distinctive du savant, c’est la capacité d’enseigner. » - Aristote

 

Contact : ahmed.karoui@universite-paris-saclay.fr

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Portrait Jeune Chercheuse – Margot Leclère, chercheuse en agronomie

Portrait Jeune Chercheuse – Margot Leclère, chercheuse en agronomie | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Ingénieure agronome de formation, et titulaire d'un doctorat en sciences agronomique, Margot Leclère est, depuis le 1er mars 2021, chargée de recherche au sein de l’UMR Agronomie (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Versailles-Grignon). Tout au long de son cursus d’ingénieur, elle a pu se familiariser avec le monde de la recherche par la réalisation de différents stages à l’INRA portant sur des thématiques variées et mobilisant tant des approches qualitatives (conduite et analyse d’entretiens d’agriculteurs) que quantitatives (analyses statistiques de données expérimentales, modélisation).

 

En 2013, lors de son année de césure elle a par exemple étudié les stratégies d’adaptation développées par des agriculteurs souhaitant se convertir à l’agriculture biologique au sein des bassins betteraviers du Nord de la France (travaux réalisés sous la supervision de Christine Aubry et Caroline Petit, UMR SADAPT). Puis, au cours de son stage de fin d’étude au sein de l’UMR Agronomie, elle a participé à un travail sur la conception d’idéotypes variétaux d’orge d’hiver brassicoles adaptés aux faibles niveaux de fertilisation azotée en croisant approches par expérimentation et par modélisation.

 

Après l’obtention de son diplôme d’ingénieur en 2015, Margot a occupé un poste d’ingénieure d’étude au LEPSE à Montpellier au cours duquel elle s’est intéressée à l’évaluation, par modélisation, de l’impact de l’adaptation des pratiques agricoles par les agriculteurs sur les rendements de maïs en Europe dans un contexte de changement climatique. C’est au cours de sa thèse, réalisée entre 2016 et 2019 au sein de l’UMR Agronomie sous la direction de Marie-Hélène Jeuffroy et Chantal Loyce, qu’elle a eu l’occasion de découvrir les approches de recherche participative et de co-conception qui sont aujourd’hui au cœur de ses activités de recherche. En effet, à partir de l’exemple de la cameline, sa thèse visait à proposer une démarche pour raisonner et accompagner l’introduction d’une nouvelle espèce dans les systèmes de culture d’un territoire, en s’intéressant plus particulièrement à la question de la production de connaissances indispensables à sa mise en culture. Avec cet objectif, elle a ainsi développé et mis en œuvre une démarche participative et multi-acteurs articulant activité de conception et différentes formes d’expérimentations en parcelles agricoles.

 

Après avoir été directement impliquée dans un projet multi-acteurs de diversification au cours de sa thèse (posture d’action), son contrat post-doctoral à l’Université de Wageningen au Pays-Bas dans le cadre du projet européen DiverIMPACTS lui a permis d’adopter une posture d’observation au travers de l’analyse croisée de 25 cas d’étude à travers l’Europe portant sur la diversification. Aujourd’hui, chargée de recherche sur la question des innovations couplées entre agriculture et alimentation, son objectif est d'outiller les acteurs des systèmes alimentaires (agriculteurs, transformateurs, collecteurs, consommateurs) pour une conception coordonnée d'innovations techniques et organisationnelles qui permettront une transition vers une agriculture et une alimentation plus durable.

 

« Choisissez un travail que vous aimez et vous n’aurez pas à travailler un seul jour de votre vie » - Confucius

 

Contact : margot.leclere@inrae.fr

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Portrait Jeune Chercheuse – Charline Quiclet, Maître de Conférences en physiologie de l’exercice physique

Portrait Jeune Chercheuse – Charline Quiclet, Maître de Conférences en physiologie de l’exercice physique | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Charline Quiclet est maître de conférences en physiologie de l’exercice physique au sein du département Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives (STAPS) de l’Université d’Évry – Paris Saclay depuis 2018. Elle effectue ses recherches au sein du Laboratoire de Biologie de l'Exercice pour la Performance et la Santé – LBEPS (UEVE/IRBA/UPSaclay, Évry) dirigé par Claire Thomas-Junius.

 

Elle a effectué son parcours universitaire à l’Université Grenoble-Alpes (UGA) où elle a obtenu sa Licence STAPS en 2011, puis son Master Recherche « Mouvement, Performance, Santé, Ingénierie » en 2013. Lors de sa thèse de doctorat au Laboratoire de Bioénergétique Fondamentale et Appliquée de l’UGA sous la direction de Karine Couturier, elle s’est intéressée aux effets de l'exercice physique maternel périnatal sur la santé future de la descendance, en portant une attention particulière à sa composition corporelle, sa fonction pancréatique et à l'homéostasie glucidique et lipidique. Elle a obtenu son Doctorat en Mouvement et Comportement pour la Santé et l’Autonomie de l’UGA en 2016.

 

A l’issue de ces trois années de thèse, elle a intégré en 2017 l’équipe Diabétologie Expérimentale dirigée par Annette Schürmann, au sein de l’Institut Allemand de Nutrition Humaine (DIfE) situé à Potsdam. Lors de son post-doctorat, elle s’est intéressée à l’impact de l’accumulation de graisses dans le pancréas sur le fonctionnement et la survie des îlots pancréatiques. Ces travaux avaient pour objectif de définir l’effet de nouvelles stratégies thérapeutiques, telles que le régime intermittent ou l’exercice physique, en vue de la prévention voire de la réduction du développement de la stéatose pancréatique non-alcoolique.

 

Depuis son intégration à l’Université d’Évry, Charline Quiclet mène notamment ses recherches en collaboration avec le Centre d'Étude et de Recherche sur l'Intensification du Traitement du Diabète dans l’optique de créer un test prédictif de l’efficacité d’un programme d’exercice physique en alternative à l’insuline, chez des patients atteints de diabète de type 2. Elle s’intéresse également à la réponse thermorégulatrice et l’acclimatation au froid dans le cadre de travaux menés avec l’Institut de Recherche Biomédicale des Armées. Pour ces deux projets, elle cherche à déterminer le rôle potentiel de certains biomarqueurs circulants (cytokines, microARNs, etc.) dans la modulation de la réponse physiologique à l’exercice physique ou au froid.

 

Au sein de l’UPSaclay, Charline Quiclet assure essentiellement des enseignements de nutrition et de physiologie dans le cadre de pathologies chroniques et/ou invalidantes (cancer, diabète, maladies cardio-vasculaires, obésité, etc.), au niveau Licence et Master. Elle est également, depuis 2019, directrice-adjointe du département STAPS de l’Université d’Évry et responsable de la mention Licence STAPS ainsi que de la troisième année de Licence STAPS mention Activité Physique Adaptée et Santé.

 

"La vie n'est pas un problème à résoudre mais une réalité à expérimenter." – Bouddha

 

Contact : charline.quiclet@univ-evry.fr

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Portrait Jeune Chercheur – Timothée Flutre, chercheur en génétique végétale

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Timothée Flutre est chargé de recherche INRAE dans l’unité Génétique Quantitative et Evolution – Le Moulon (INRAE/CNRS/AgroParisTech/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) au sein de l’IDEEV depuis 2019. Il s’intéresse aux mélanges intra- et inter-spécifiques de plantes cultivées, adaptés aux pratiques agroécologiques, par une approche de génétique quantitative.

 

Peu au fait du monde académique, il a cependant eu la chance d’assister en 2004 à AgroParisTech à un cours sur l’évolution du taux de mutation. Intéressé par cette « évolution de second ordre », il a discuté avec l’intervenant (F. Taddéi) qui lui a parlé du Centre de Recherches Interdisciplinaires (CRI). Il est ensuite parti en césure, notamment pour faire six mois de génétique humaine à UCL London. A son retour, il a fini ses études dans le master « Approches Interdisciplinaires du Vivant » (AIV), où il a pu effectuer trois stages, un de bioinformatique, un de modélisation et le dernier expérimental. A partir de 2007, il a poursuivi en thèse de bioinformatique à INRAE avec Hadi Quesneville (URGI, INRAE/UPSaclay, Versailles) sur l’annotation des éléments transposables dans les génomes, notamment en prévision du séquençage de celui du blé sur lequel travaillait sa co-encadrante Catherine Feuillet (GDEC, Clermont-Ferrand).

 

Désirant étudier la relation génotype-phénotype au cœur de la génétique quantitative, Timothée a fait un détour par la génétique humaine et les biostatistiques pendant un postdoc de 2011 à 2013 à l’Université de Chicago. Il a eu la chance de travailler avec des modèles hiérarchiques bayésiens appliqués à des données hétérogènes et multivariées, avec Matthew Stephens et les groupes de Molly Przeworski et Jonathan Pritchard.

 

En 2014 il rejoint INRAE comme chargé de recherche (AGAP, Montpellier) pour développer chez la vigne la génétique d’association, la prédiction génomique et le génotypage par séquençage, en lien avec des collègues appliquant les mêmes méthodes sur d’autres espèces pérennes fruitières. Il initie à cette occasion des collaborations fructueuses avec des statisticiens et des écophysiologistes. Il profite également de sa proximité avec l’Institut Agro pour créer, avec l’un de ses enseignants (J. David), un jeu sérieux de génétique quantitative mettant les étudiants dans la position d’un sélectionneur.

 

En 2018 il entame une mobilité pour raisons personnelles vers l’Ile-de-France et c’est tout naturellement qu’il va rencontrer les membres de l’unité « Génétique Quantitative et Evolution » (GQE) au Moulon. Il y discute notamment avec l’équipe DEAP (J. Enjalbert et I. Goldringer) de la diversification intra-parcelle comme objet d’étude, et de leurs méthodes de travail combinant expérimentation au champ, modélisation et approche participative, et il les rejoint en 2019. Depuis, il a construit son projet de recherche sur la génétique quantitative des interactions plante-plante au sein des mélanges intra- et inter-spécifiques, et cours après le temps pour suivre toutes les pistes à explorer !

 

« Comprendre, c’est unifier » - Albert Camus

 

Contact : timothee.flutre@inrae.fr

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Portrait Jeune Chercheur – Raphaël Paut, chercheur en agronomie

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Raphaël Paut est chargé de recherche INRAE à l’UMR Agronomie – Paris Grignon depuis 2021. Il a pour mission de co-concevoir des méthodes innovantes de gestion de l’azote dans les systèmes agricoles.

 

Raphaël découvre la recherche à travers une première expérience d’ingénieur d’étude à l’UR ASTRO (INRAE Guadeloupe). Il développe une démarche de recherche-action impliquant les agriculteurs afin de reconcevoir des systèmes de cultures pour mobiliser les mycorhizes par les pratiques agricoles. Il y acquiert des compétences et une appétence certaine pour les démarches de recherche participatives (conception innovante, modélisation d'accompagnement).

 

À partir de 2017, il effectue sa thèse à l’UR Ecodéveloppement (INRAE Avignon) sur une forme particulière d’agroforesterie associant arbres fruitiers et légumes : le verger-maraicher. Sous la direction de Marc Tchamitchian et Rodolphe Sabatier, il acquiert des compétences en modélisation et analyse statistique, et mène en parallèle une approche plus proche du terrain par le biais d’enquêtes semi-directives et d’ateliers collectifs d’élicitation de connaissances expertes.

 

En 2020, Raphaël effectue un post-doctorat à l’UMR Agronomie (Paris-Grignon). Il mène une démarche de co-conception d’un outil d’aide au choix de mélanges d’espèces capables de fournir un panel de services écosystémiques. Il mobilise pour cela l’agronomie systémique l’écologie fonctionnelle.

 

En 2021, il est finalement recruté en tant que Chargé de Recherche à l’UMR Agronomie. Sa mission principale est de concevoir des outils de gestion de l’azote qui permettent de répondre aux enjeux agronomiques, économiques et environnementaux, enjeux parfois antagonistes.

 

« La science va sans cesse se raturant elle-même. Ratures fécondes » - Victor Hugo

 

Contact : raphael.paut@inrae.fr

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Portrait Jeune Chercheur – Renaud Rincent, chercheur en génétique végétale

Portrait Jeune Chercheur – Renaud Rincent, chercheur en génétique végétale | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Renaud Rincent est chargé de recherche INRAE dans l’unité Génétique Quantitative et Evolution – Le Moulon au sein de l’IDEEV depuis 2021. Il s’intéresse à la génétique quantitative et aux méthodologies de sélection en amélioration des plantes.

 

Renaud découvre la recherche pendant une année de césure lors de son cursus à AgroParisTech, d’abord en écophysiologie animale au Canada puis en amélioration des plantes en Allemagne. Il se spécialise en génétique quantitative en réalisant une thèse à l’INRAE (UMR GQE – Le Moulon) sous la direction d’A. Charcosset et L. Moreau sur des questions méthodologiques autour de la génétique d’association et de la prédiction génomique, deux approches qui servent à mettre en relation des variations au niveau de l’ADN avec le phénotype.

 

Suite à sa thèse, il est recruté en 2014 en tant que chargé de recherche à l’INRAE de Clermont-Ferrand (UMR GDEC) où il travaille sur l’adaptation du blé au changement climatique dans l’équipe de J. Le Gouis. En 2016 il réalise un séjour d’un an à l’université de Wageningen aux Pays-Bas en génétiques statistiques. Il travaille en collaboration avec des généticiens, des écophysiologistes et des statisticiens pour développer des méthodes permettant de générer du matériel génétique adapté aux contraintes climatiques. Il travaille également sur la caractérisation génétique de l’architecture racinaire pour développer des idéotypes adaptés à différents environnements pédoclimatiques.

 

Il rejoint l’UMR GQE – Le Moulon en 2021 pour travailler sur l’intégration de données multi-omiques pour mieux modéliser et prédire la relation génotype/phénotype. Il travaille notamment sur des données de génomique, transcriptomique, protéomique et métabolomique collectées sur la plante modèle maïs et issues du programme Amaizing.

 

Son intérêt pour la recherche vient de sa curiosité et de son envie de découvrir de nouvelles idées, de nouveaux concepts, et de sa volonté de contribuer à la transition agroécologique.

 

Renaud participe avec enthousiasme au programme de mentorat Femmes & Sciences de l’Université.

 

« Tout vrai regard que nous portons sur le monde est un échange, un partage, un dialogue. Tout vrai regard que nous portons sur le monde est un départ. » - Jean-Claude Ameisen

 

Contact : renaud.rincent@inrae.fr

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Portrait Jeune Chercheur - Nicolas Martelli, Maître de Conférences – Praticien Hospitalier en économie de la santé

Portrait Jeune Chercheur - Nicolas Martelli, Maître de Conférences – Praticien Hospitalier en économie de la santé | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Nicolas Martelli est Maître de Conférences des Universités – Praticien Hospitalier au sein de la faculté de Pharmacie de l’Université Paris-Saclay depuis septembre 2018. Il a été recruté pour faire partie du Groupe de Recherche et d’Accueil en Droit et Economie de la Santé (GRADES) dirigé par le Professeur Eric Fouassier.

 

Après des études de pharmacie et un internat en pharmacie hospitalière, son intérêt pour les dispositifs médicaux (DM) l’a poussé à approfondir la question de leur évaluation médico-économique, plus particulièrement dans le cadre de la démarche de l’évaluation des technologies de santé (ETS). L’ETS est une branche de l’économie de la santé qui permet d’aborder les implications médicales, sociales, éthiques et économiques du développement, de la diffusion et de l’utilisation des technologies de santé. De 2012 à 2015, il a mené une thèse d’université sur l’évaluation des DM innovants dans les centres hospitalo-universitaires (CHU) sous la direction du Professeur Hélène van den Brink. Ce travail a permis de comprendre comment l’ETS en milieu hospitalier, appliquée aux DM à usage individuel innovants, s’est organisée en France comparativement aux autres pays et d’en tirer des enseignements pouvant concourir à l’amélioration et l’harmonisation des pratiques d’évaluation dans les CHU français. Cette thèse a notamment donné lieu à la création d'un outil d'aide multicritères à la décision en collaboration avec une équipe néo-zélandaise (Université d'Otago), publié dans Journal of Biomedical Informatics.

 

En 2015, Nicolas a été recruté en tant qu’assistant hospitalo-universitaire au sein du GRADES. Il a co-encadré une thèse d'université sur l'évaluation médico-économique de l'impression 3D appliquée aux dispositifs médicaux chirurgicaux (soutenue en 2020 par Carole Serrano). Parmi les travaux issus de cette thèse, une revue systématique portant sur les avantages et les inconvénients des dispositifs médicaux chirurgicaux obtenus par impression 3D a été publiée dans Surgery.

 

Les travaux de Nicolas s’orientent à présent sur l’évaluation médico-économique et la mesure de l’impact organisationnel des solutions digitales. Il co-encadre depuis 2020 une thèse d’université portant sur les modalités d’évaluation des DM incluant de l’intelligence artificielle (Line Farah). Depuis son recrutement, Nicolas enseigne l’économie de la santé et la réglementation applicable aux DM aux étudiants de 4ème et 5ème année de pharmacie ainsi qu’au sein du Master 2 « Market Access et évaluation médico-économique » de l’Université Paris-Saclay.

 

« When you can measure what you are speaking about and express it in numbers, you know something about it » - Lord Kelvin

 

Contact : nicolas.martelli@universite-paris-saclay.fr

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Portrait Jeune Chercheuse – Karla Perez Toralla, chercheuse en microfluidique

Portrait Jeune Chercheuse – Karla Perez Toralla, chercheuse en microfluidique | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Karla Perez Toralla est Chercheuse au CEA de Saclay, dans le Service de Pharmacologie et d’Immunoanalyse - SPI (UMR 0496 CEA/INRAE/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), au sein du département Médicaments et technologies pour la santé - DMTS, depuis février 2019. Elle travaille dans le Laboratoire d'Etudes et de Recherches en Immunoanalyse (LERI) dirigé par Stéphanie Simon.

 

Karla a obtenu son doctorat en microfluidique à l’Institut Curie en 2013, sous la direction de Jean Louis Viovy. Pendant sa thèse, elle a développé un microsystème fluidique pour l’analyse de cellules tumorales circulantes à partir d’échantillons sanguins, en collaboration avec des cliniciens. En intégrant des protocoles biologiques en puce, elle a travaillé sur l’identification de potentielles cibles thérapeutiques chez les patientes atteintes d’un cancer du sein, ouvrant ainsi la voie à des nouvelles stratégies de diagnostic non invasif.

 

Convaincue de l’intérêt de la microfluidique pour la recherche biomédicale, Karla a continué d’approfondir cette thématique lors de son post-doctorat à l’université Paris Descartes. Dans un contexte interdisciplinaire, elle a monté et mené à bien plusieurs projets centrés sur la microfluidique de gouttes pour la compartimentation de molécules uniques pour l’analyse et la détection sensible de mutations rares par dPCR. Pour intégrer la chimie des matériaux dans le développement de microdispositifs, Karla a ensuite rejoint l’université de Nebraska-Lincoln aux Etats-Unis en 2016. Elle y a développé des méthodes innovantes de fonctionnalisation de surfaces afin de mettre en place des biosensors souples pour l’étude d’interactions intracellulaires en mécanobiologie.

 

Depuis son arrivée au CEA, Karla a eu l’opportunité de constituer une équipe pour initier les recherches du LERI en microfluidique et d’équiper tout un laboratoire du matériel nécessaire à cette nouvelle activité. Cette plateforme de microfluidique a permis au LERI de poursuivre ses efforts dans le développement de tests de diagnostic et de détection, rapides, de faible coût et d’utilisation facile, en intégrant de nouveaux développements technologiques. Actuellement, Karla coordonne plusieurs projets de recherche, en particulier autour de l’identification de mécanismes de résistances chez les bactéries. La microfluidique permettra ainsi d’aller vers des tests de type « point-of-care » sensibles, quantitatifs et multiplexés pour améliorer la prise en charge des patients et limiter la propagation de maladies infectieuses.

 

« Dans la vie, rien n'est à craindre, tout est à comprendre » - Marie Skłodowska-Curie

 

Contact : karla.pereztoralla@cea.fr

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Portrait Jeune Chercheuse - Caroline Manet, chercheuse en virologie

Portrait Jeune Chercheuse - Caroline Manet, chercheuse en virologie | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Caroline Manet est vétérinaire et chercheuse au sein de la structure IDMIT « Infectious Diseases Models for Innovative Therapies » du CEA (CEA-Jacob, Fontenay-aux-Roses) et de l’unité mixte de recherche ImVA-HB « Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes » (UMR-S 1184 UPSaclay/INSERM/CEA, Fontenay-aux-Roses) depuis décembre 2021.

 

Caroline Manet est diplômée de l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort depuis 2012. Après ses études vétérinaires, elle a effectué sa thèse de doctorat entre 2016 et 2019 à l’Institut Pasteur (Paris) sous la direction du Dr. Xavier Montagutelli. Pendant son doctorat, elle a centré ses recherches sur l’immunogénétique en étudiant, à l’aide de modèles murins, l’influence des facteurs génétiques de l’hôte sur sa sensibilité à l’infection par le virus Zika, un Flavivirus émergent transmis à l’Homme par piqûre de moustique.

 

Suite à son doctorat, elle a continué ses recherches en infectiologie et s’est intéressée plus particulièrement aux réponses immunitaires déclenchées par une infection virale ou par la vaccination. En 2020, elle a démarré un stage post-doctoral dans l’équipe du Dr. Roger Le Grand (CEA/IDMIT) pour étudier plus spécifiquement les mécanismes impliqués dans l’établissement et le maintien de la mémoire immunitaire induite par le vaccin contre la Fièvre Jaune, un autre Flavivirus, dans un modèle expérimental chez le macaque.

 

Caroline Manet a particulièrement à cœur de mieux comprendre les mécanismes immunitaires qui contrôlent la physiopathologie des infections virales d’une part, et les réponses vaccinales d’autre part. Ses projets de recherche se focalisent principalement sur l’étude des arbovirus, c’est-à-dire les virus transmis par piqûre d’insecte, tels que les virus de la Fièvre Jaune ou du Chikungunya. Ses travaux utilisent une combinaison d’approches cliniques, immunologiques (cytométrie de masse) et bio-informatiques (analyses computationnelles). Les objectifs sont d’améliorer notre compréhension de ces infections mais également de développer de nouveaux modèles précliniques pour évaluer l’efficacité de nouveaux traitements ou vaccins pour lutter contre ces maladies humaines.

 

“Perhaps arising from a fascination with animals, biology seemed the most interesting of sciences to me as a child.” Elizabeth Blackburn

 

Contact: caroline.manet@cea.fr

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Portrait Jeune Chercheur - Guillaume Beauclair, Maître de Conférences en virologie

Portrait Jeune Chercheur - Guillaume Beauclair, Maître de Conférences en virologie | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Guillaume Beauclair est Maître de Conférences en Virologie à l’UFR de Pharmacie de l'Université Paris-Saclay depuis septembre 2020 et fait partie de l’équipe « Autophagie et immunité antivirale » de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule – I2BC (Département de Virologie, Gif-sur-Yvette).

 

Virologue et scientifique de formation, il a obtenu son doctorat en Biothérapies et biotechnologies - Spécialité Virologie en 2013 (Université Paris 7- Diderot) dont le sujet portait sur le rôle d’une modification post-traductionnelle, la SUMOylation, dans le cycle réplicatif du VIH-1.

 

Il a continué d’étudier les relations hôte/virus en réalisant un post-doctorat au sein du MHH, à Hanovre en Allemagne, dans l'équipe du Pr T. F. Schulz. Sa thématique de recherche portait sur la fonction d’une thymidine/tyrosine kinase du virus du sarcome de Kaposi et l’évaluation de l’activité antivirale de petites molécules approuvées par la FDA.

 

De retour en France, Guillaume a rejoint le groupe de N. Jouvenet à l'Institut Pasteur à Paris. Son projet a principalement porté sur l'étude de la modulation de l’immunité innée suite à l'infection par des Flavivirus et notamment le rôle des granules de stress dans l'infection par le virus de la fièvre jaune. En parallèle, il a aussi été impliqué dans divers projets nécessitant des analyses bioinformatiques, ce qui lui a permis de diversifier ses compétences, de créer des outils et de réaliser plusieurs collaborations. Il a ainsi eu l’opportunité de travailler sur de nombreux virus au cours de sa carrière (virus de la Dengue, du Chikungunya, de la rougeole, de l'herpès simplex, du VIH) et leurs interactions avec différents hôtes (humain et moustique).

 

Guillaume a de plus été impliqué dans de nombreux enseignements en virologie, biologie moléculaire et bioinformatique.

 

Actuellement, il partage son temps entre enseignement, principalement en Virologie au sein de l'UFR de Pharmacie (étudiants en pharmacie, Master international D2HP…) et recherche. Ses nouveaux projets portent sur une meilleure compréhension des relations entre immunité innée, autophagie et virus et plus particulièrement le virus Epstein-Barr. A travers l’utilisation de microscopies à haute résolution et d’approches protéomiques, Guillaume étudie des nouvelles fonctions d'une protéine de l’EBV impliquée dans des cancers (lymphomes et carcinomes). En se focalisant sur la dynamique mitochondriale et la mitophagie, il cherche à mieux caractériser les mécanismes permettant à ce virus de contrecarrer les défenses de l’hôte et d’induire une résistance à l’apoptose.

 

« En essayant continuellement, on finit par réussir… Donc plus ça rate, plus on a de chances que ça marche » - Les Shadocks

 

Contact : guillaume.beauclair@universite-paris-saclay.fr

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Portrait Jeune Chercheur – Simon Glatigny, Maître de Conférences en immunologie

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Simon Glatigny a été recruté en tant que maître de conférences en immunologie à l’UFR Simone Veil - Santé de l’UVSQ en septembre 2019. Il a intégré l’équipe « Inflammation rhumatismale et système immunitaire » dirigée par le professeur Maxime Breban au sein du laboratoire 2I « Infection et Inflammation » (UMR-S 1173 INSERM/UVSQ, Montigny-le-Bretonneux) dirigé par le professeur Jean-Louis Herrmann.

 

Il a réalisé sa thèse en biologie de l’os et des articulations et biomatériaux des tissus calcifiés à l’Université Paris 7 « Nouvelles voies de différenciation des lymphocytes T CD4+ et spondylarthrite expérimentale », Paris Diderot, sous la codirection du Pr Maxime Breban et du Dr Gilles Chiocchia. Ses travaux ont porté sur la caractérisation fonctionnelle des sous-populations de LT CD4+ en particulier des Th17 lors et leur induction par les cellules dendritiques lors de la spondylarthrite.

 

Au cours d’un premier long post-doctorat de 8 années aux Etats-Unis dans l’équipe du Dr Estelle Bettelli au Benaroya Research Insitute (Seattle, WA, USA), il s’est focalisé sur les mécanismes de migration et de contrôle de ces cellules Th17 lors de la sclérose en plaques et son modèle expérimental de l’encéphalomyélite auto-immune expérimentale.

 

En mars 2018, il a rejoint pour son second post-doctorat l’équipe « Inflammation rhumatismale et système immunitaire » dirigée par le professeur Maxime Breban au sein du laboratoire 2I. Il s’est alors intéressé aux rôles des sous-populations de cellules dendritiques et leurs dialogues avec les LT CD4+ lors de la spondylarthrite.

 

Nommé maître de conférences depuis septembre 2019 avec une chaire d’excellence INSERM dans cette équipe, il étudie les mécanismes de pathogénicité des sous-populations de LT CD4+ et leur contrôle lors de la spondylarthrite et son modèle expérimental du rat transgénique pour le HLA-B27. Il s’intéresse également au rôle du microbiote intestinal et son interaction avec les cellules du système immunitaire lors de la spondylarthrite.

 

Depuis son recrutement, Simon Glatigny enseigne l’immunologie aux étudiants de Master de l’UVSQ.

 

« Science is wonderfully equipped to answer the question “how?” but it gets terribly confused when you ask the question “why?” » - Erwin Chargaff

 

Contact: simon.glatigny@uvsq.fr

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Portrait Jeune Chercheuse – Eloísa Berbel Manaia, Maitre de conférences en biopharmacie

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Eloísa Berbel Manaia est Maître de Conférences en Biopharmacie à la Faculté de Pharmacie de l'Université Paris-Saclay depuis septembre 2019 et elle travaille au sein de l’équipe 6 « Amélioration du passage des barrières par les molécules biologiquement actives » (Institut Galien Paris Saclay - IGPS UMR 8612 CNRS/UPSaclay, Châtenay-Malabry).

 

Pharmacien de formation, elle a obtenu un diplôme de Pharmacie avec habilitation Pharmacien-industriel à l'Université d'État de Londrina, Brésil (2008), un master en Sciences Pharmaceutiques à l'Université d'État de São Paulo, Brésil (2012) et une thèse de doctorat en Pharmacotechnie et Biopharmacie en co-tutelle entre l'Université d'État de São Paulo, Brésil et l’Université Paris-Saclay (2016), son premier contact avec l’IGPS.

 

Bien que son parcours scientifique après sa thèse ait été pluridisciplinaire, un postdoc en sciences des matériaux à l'Institut de Chimie de l'Université d'État de São Paulo, Brésil (2016), un second postdoc en Pharmacotechnie et Biopharmacie à l’IGPS/UMR 8612 CNRS/UPSaclay, Châtenay-Malabry (2017) et un troisième postdoc en parasitologie au laboratoire BioCIS (UMR 8076 CNRS/UPSaclay, Châtenay-Malabry) (2018), ses thématiques de recherche sont axées principalement sur la pharmacotechnie et l’étude des relations structure-propriétés des formulations innovantes, reposant sur leur caractérisation physico-chimique approfondie.

 

Ses récents travaux sur les nanoparticules théranostiques qui combinent une fonction de diagnostic, s’appuyant notamment sur des techniques d’imagerie (de fluorescence ou par résonance magnétique), et une fonction thérapeutique grâce à la vectorisation d’un principe actif ont conduit au développement des Quantum dots pour l’application biomédicale.

 

Depuis son recrutement à l’IGPS au sein de l’équipe 6 dirigé par le Pr Gilles Ponchel, elle travaille avec ces nanoparticules théranostiques pour comprendre les facteurs physico-chimiques, physiologiques et biologiques qui gouvernent l’absorption, la distribution, la métabolisation et l’excrétion des nanomédecines après leur administration en utilisant des modèles du type PBPK (Physiologically Based PharmacoKinetic models). De plus, elle travaille dans le développement des modèles de type « gut on chip » pour l’étude in vitro de l’absorption des molécules associées aux nanomatériaux par l’intestin.

 

« On ne voit bien qu'avec le cœur. L'essentiel est invisible pour les yeux. » - Antoine de Saint-Exupéry

 

Contact : eloisa.berbel-manaia@universite-paris-saclay.fr

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Portrait Jeune Chercheuse – Hélène Letscher, chercheuse et cheffe de projet en maladies infectieuses

Portrait Jeune Chercheuse – Hélène Letscher, chercheuse et cheffe de projet en maladies infectieuses | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Hélène Letscher est chercheuse CEA et cheffe de projet au sein de la structure IDMIT « Infectious Diseases Models for Innovative Therapies » du CEA (CEA-Jacob, Fontenay-aux-Roses) et de l’unité mixte de recherche ImVA-HB « Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes » (UMR-S 1184 UPSaclay/INSERM/CEA, Fontenay-aux-Roses) depuis avril 2021.

 

Elle a commencé ses études à Nancy où elle s’est passionnée pour l’immunologie, ce qui l’a conduite à venir à l’Université Paris VI en 2011 pour y poursuivre des études débouchant sur le master d’Immunologie Approfondie. Elle a ensuite fait sa thèse dans l’unité U1151 à Necker sur plusieurs sujets en parallèle. Le projet principal s’attachait à caractériser les capacités régulatrices d’une population de précurseurs de cellules dendritiques plasmacytoïdes issus de la moelle et stimulées avec des quantités non physiologiques de CpG dans le cadre de deux modèles murins : l’Encéphalomyélite Auto-immune Expérimentale (EAE, un modèle de sclérose en plaque) et un modèle semi-allogénique de maladie du greffon contre l’hôte (GVHD). En parallèle, elle a cherché à décrire le pendant humain de ces cellules in vitro. Un dernier sujet s’attachait à définir les propriétés régulatrices d’une population de progéniteurs de lymphocytes B dans un modèle murin de diabète de type 1. Elle a obtenu sa thèse d’immunologie en 2019.

 

De cette expérience, Hélène Letscher a retiré deux conclusions : elle aimait aborder en parallèles des thématiques scientifiques différentes mais n’aimait pas la paillasse. De fait, elle choisit de ne pas s’engager dans la voie post-doctorale. Elle a travaillé pendant deux ans dans une entreprise d’affaires réglementaires spécialisée dans les dispositifs médicaux où elle s’est occupée de la mise en place, du suivi et des rapports d’essais cliniques sur des sujets assez différents. Toutefois, pendant toute cette période, elle a continué de chercher à rejoindre le monde de la recherche qui lui manquait.

 

Elle a eu l’opportunité d’intégrer le CEA à IDMIT en 2021 dans un type de poste qui lui convient bien : une double casquette chef de projet et chercheur. Elle s’occupe en parallèle de projets variés allant de la vaccination, au traitement médicamenteux à la mise en place de modèles de maladies infectieuses chez le primate non-humain. Dans les faits, elle s’occupe de la conception et de la supervision de l’étude, de l’interprétation des données ainsi que de la rédaction scientifique qui en découle. Elle a la chance de pouvoir travailler avec des équipes transdisciplinaires exceptionnelles tant sur le plan scientifique qu’humain, ce qui est une des grandes richesses d’IDMIT.

 

« The most exciting phrase to hear in Science, the one that heralds the most discoveries, is not “Eureka”, but “that’s funny…» - Isaac Asimov

 

Contact : helene.letscher@cea.fr

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Portrait Jeune Chercheur - Kevin Morel, chercheur en agronomie

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Kevin Morel est chargé de recherche en agronomie dans l’équipe Agricultures Urbaines, de l’UMR SADAPT (INRAE/AgroParisTech) depuis 2019. Il est passionné par l’analyse, la conception et l’évaluation de la durabilité de systèmes agroécologiques. Actuellement, ses recherches portent sur les systèmes de production de légumes dans les régions urbaines. Il explore leur capacité à concilier réponses aux attentes citoyennes (écologie, proximité) et viabilité socio-économique.

 

Ingénieur agronome diplômé d’AgroParisTech (avec un passage de 6 mois à l’ITESM au Mexique), son intérêt pour les systèmes agroécologiques s’est éveillé au cours de stages dans des contextes variés : élevage herbager en France, café en agroforesterie au Pérou, maraîchage biologique diversifié en Irlande. Ses premières recherches en 2012 ont mobilisé l’analyse de cycle de vie de systèmes d’élevage bovin viande avec des stratégies fourragères et zootechniques contrastées (Institut de l’Elevage/INRA). De 2014 à 2016, il a réalisé sa thèse de doctorat à l’UMR SADAPT (INRAE) sur la viabilité des microfermes maraîchères biologiques. De 2017 à l’automne 2019, il a effectué un post-doctorat à UCL (Belgique) dans le cadre du projet européen DiverIMPACTS où il a analysé les verrouillages socio-techniques à la diversification des systèmes de cultures dans différents contextes européens et participé à des démarches de co-innovation avec les acteurs.

 

Actuellement, il s’implique sur plusieurs thématiques. Il analyse dans quelle mesure et à quelles conditions la durabilité des systèmes de production de légumes des régions urbaines peut être favorisée par, ou compatible avec, des démarches de reterritorialisation de l’agriculture : diversification et commercialisation dans des circuits de proximité, valorisation des déchets organiques des villes. Il contribue en particulier au développement participatif d’un outil numérique de conception et d’évaluation de systèmes maraîchers, pour soutenir les apprentissages dans la formation et l’accompagnement agricole. Un des objectifs de cet outil est d’aider à articuler planification de la production pour répondre aux débouchés commerciaux, mise en place de pratiques agroécologiques, rentabilité et temps de travail acceptable.

 

Il analyse le fonctionnement et la durabilité de systèmes maraîchers biologiques mettant en place des stratégies agroécologiques, en particulier en termes de gestion de la fertilité des sols.

 

Il encadre un projet visant à stimuler une réflexion collective autour de l’adaptation au changement climatique des producteurs de légumes d’Ile-de-France en « traduisant » des projections climatiques à horizon 2040-2060 avec des indicateurs parlants pour les agriculteurs.

 

Dans la plupart de ses recherches, il mène son travail dans une perspective interdisciplinaire et de recherche-action.

 

« Enivrez-vous sans cesse ! De vin, de poésie ou de vertu, à votre guise. » - Baudelaire

 

Contact : kevin.morel@inrae.fr

Mes publications : https://cv.archives-ouvertes.fr/kevin-morel

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Portrait Jeune Chercheur – Arnaud Ferré, chercheur en intelligence artificielle appliquée aux sciences du vivant

Portrait Jeune Chercheur – Arnaud Ferré, chercheur en intelligence artificielle appliquée aux sciences du vivant | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Arnaud Ferré est chargé de recherche dans l’unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (INRAE/UPSaclay) depuis 2021. Il s’intéresse à l’extraction et à l’organisation automatique des connaissances en sciences du vivant grâce à l’intelligence artificielle (IA).

 

Loin de la carrière de chercheur, il est ingénieur diplômé en 2011 de l’ENSTA Bretagne spécialisé en gestion des entreprises. Peu motivé par les postes que son diplôme lui ouvre dans l’industrie, il est attiré par un poste d’ingénieur de soutien à la recherche à l’INRIA de Paris-Rocquencourt en biomathématiques. De son interaction avec les membres de son équipe, il se passionne pour la recherche en mathématiques et informatique appliquées au domaine biologique. Il décide alors de s’y spécialiser et de se rapprocher du monde académique en s’inscrivant au master de bio-informatique et génomique de l’université de Rennes 1.

 

Diplômé en 2014, il devient ingénieur de recherche au LRI, en modélisation systémique de bactérie grâce à des outils de représentation des connaissances, un domaine de l’IA symbolique. Mais c’est un autre pan de l’IA qui va définitivement l’amener vers le métier de chercheur : on lui propose une thèse en apprentissage automatique pour l’extraction d’information biologique de textes dans la toute nouvelle université Paris-Saclay. C’est aussi pour lui l’occasion de faire un pont entre IA symbolique et IA statistique, qui reste encore aujourd’hui un important enjeu de la recherche en IA. La thèse lui offre également l’opportunité de s’initier à la vulgarisation scientifique à travers différentes initiatives, comme le festival Pint of Science, le concours MT180 ou la BD Sciences en Bulles. Ses activités lui permettent d’être appelé à faire partie des ambassadeurs pour la Fête de la Science 2019.

 

Il effectue un postdoctorat à l’international à Montréal, un des principaux centres mondiaux de la recherche en IA, au sein du RALI de l’Université de Montréal. Il y travaille à questionner la performance réelle des approches par apprentissage profond (alias « deep learning »), tout particulièrement pour le domaine de l’extraction d’information.

 

Il est chargé de recherche à l’INRAE depuis 2021 où il espère pouvoir librement continuer ses recherches en hybridation entre IA statistique et symbolique, autour des possibilités de se passer de données d’entraînement pour l’extraction d’information et pourquoi pas un jour réussir à modéliser automatiquement des connaissances en sciences du vivant grâce aux informations dispersées dans les océans textuels à disposition.

 

« Je n’ai pas peur des ordinateurs. J’ai peur qu’ils viennent à nous manquer. » - Isaac Asimov

 

Contact : arnaud.ferre@inrae.fr

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Portrait Jeune Chercheur – Manuel J. Llansola-Portoles, chercheur en biophysique moléculaire

Portrait Jeune Chercheur – Manuel J. Llansola-Portoles, chercheur en biophysique moléculaire | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Manuel J. Llansola-Portoles est chargé de recherche CNRS à l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule – I2BC au sein du Département B3S (Biophysique, Biochimie et Biologie Structurale) dans le groupe de Bruno Robert depuis octobre 2018.

 

Il a toujours été fasciné par les processus fondamentaux qui rendent la vie possible sur terre, et plus particulièrement par l’interaction entre la lumière et la matière. Cet intérêt a été un élément moteur dans son parcours professionnel.

 

Il a fait ses études de génie chimique à l'université Jaume I en Espagne. Après ses études, il a travaillé dans une entreprise privé. Cette expérience lui a permis confirmer son appétence pour les aspects fondamentaux de la chimie et photochimie. Il a donc commencé en 2007 sa carrière scientifique dans le laboratoire du professeur Monica Gonzales en poursuivant un doctorat à l’Université Nationale de la Plata (Universidad Nacional de la Plata) (Argentine). Au sein de ce groupe, il a étudié la photo physique et la photochimie des nanomatériaux de Silicium, leurs effets quantiques et leurs applications thérapeutiques avec l’utilisation des rayons X.

 

A la fin de son doctorat, il s’est intéressé aux processus de transfert d'électrons et d'énergie photo-initiés et à leur application dans le domaine des énergies renouvelables. Il a effectué un stage postdoctoral à l’Université d’Etat d’Arizona (Arizona State University), aux États-Unis (2011-2014) dans le groupe des Professeurs Ana L. Moore et Thomas Moore. Ce groupe est mondialement reconnu pour sa contribution au domaine de la photosynthèse artificielle. Il est ensuite revenu en Europe pour poursuivre sa carrière et étudier de manière plus approfondie le processus naturel de photosynthèse. Il a effectué un stage postdoctoral au CEA Saclay (2015-2018) dans le Laboratoire de Bioénergétique, Métalloprotéines et Stress dirigé par le Professeur Bruno Robert. Il a travaillé sur la caractérisation de complexes de récolte de lumière et le démêlage des mécanismes photosynthétiques pour la captation d'énergie ainsi que la photo-protection. Il s’est également intéressé aux propriétés des pigments naturels et à la façon dont ces propriétés sont utilisées dans la nature pour la récolte de la lumière et la dissipation de l'énergie.

 

Manuel s'intéresse désormais à l’étude des processus permettant d’améliorer l’efficacité de la conversion de l'énergie solaire. Il se concentre plus particulièrement sur l'appareil photosynthétique et les premiers mécanismes ultrarapides qui contrôlent le transfert d'énergie et de charge. Il mène également des projets de photosynthèse artificielle bio-inspirée, dans lesquels il étudie les possibilités de réaliser une photo catalyse couplée à des processus de génération d'excitons multiples.

 

"Scientific research is one of the most exciting and rewarding of occupations." - Frederick Sanger.

 

Contact : manuel.llansola@i2bc.paris-saclay.fr

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Portrait Jeune Chercheur – Felipe Buendia, chercheur en génie des procédés

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Felipe Buendia est chargé de recherche INRAE en génie de procédés au sein de l’UMR SayFood (Paris-Saclay Food and Bioproduct Engineering, INRAE/AgroParisTech/UPsaclay, Thiverval-Grignon). Il a fait partie d'un programme de double diplôme qui lui a valu un diplôme d'ingénieur de procédés à la fois de l'Université Nationale de la Colombie et de l’Ecole Nationale des Industries Chimiques (ENSIC) obtenu en 2014. Ensuite, il a effectué un master recherche et une thèse doctorale au sein du Laboratoire Réactions Génie de Procédés (LRGP), financé par un contrat doctoral du CNRS.

 

Sa thèse était intitulée « Valorisation de la cellulose dans une bioraffinerie : synergies entre les procédés thermochimiques et biologiques ». Ses travaux scientifiques appartenaient à trois domaines différents : 1) Les procédés mécaniques, thermiques et chimiques pour la conversion des matériaux végétaux, 2) la fermentation des mélanges de sucres complexes issus de la conversion thermo-mécanochimique des matériaux végétaux et 3) la modélisation du procédé de bioraffinerie assisté par des logiciels spécialisés du génie de procédés. L’outil de simulation spécialisé en procédés Aspen Plus® a été a été choisi grâce à sa bonne capacité pour modéliser des solides non conventionnels comme les bio-macromolécules. Dans ce but, l’ensemble des données expérimentales a été intégré pour la construction d’un modèle incluant des procédés de conversion thermomécanique, thermochimique et biologique. Le modèle a permis d’établir le bilan atomique, massique et énergétique de l’ensemble du procédé. Il a aussi modélisé les opérations unitaires proposées dans Aspen Plus® avec des sous-programmes/routines codés sur Fortran afin de calculer l’ensemble des rendements, cinétiques, conversions, débits, etc.

 

En 2016, Felipe a travaillé à « Institute for Chemicals and Fuels from Alternative Resources » (ICFAR – Western University) au Canada dans le cadre d'une collaboration scientifique pendant sa thèse, menant à des résultats fructueux dans le domaine de la pyrolyse rapide. Ensuite, il a réalisé un post-doctorat (2018-2019) au sein d’AgroParisTech dans le cadre du projet SATAN pour la modélisation de la filière bois-énergie. Il a aussi effectué la modélisation de différents scenarios pour la valorisation de la lignine résiduelle dans l’industrie papetière en collaboration avec le centre technique du papier (CTP) et une industrie papetière dans le cadre du programme ANR « Phénoliq ». En 2019, il a effectué un autre post-doctorat en collaboration avec la SATT-SAYENS, pour la maturation d’une nouvelle technologie et un séjour à Curtin University en Australie, pour conduire des expériences de liquéfaction hydrothermale.

 

Il occupe son poste de chargé de recherche INRAE depuis octobre 2020. Ses travaux de recherche portent sur la conception de procédés pour des systèmes alimentaires durables et territorialisés. Il mobilise une approche expérimentale avec une forte composante en modélisation et optimisation de procédés.

 

„La ilusión no se come – dijo ella -No se come, pero alimenta – replicó el coronel“ - Gabriel García Márquez

(« L’illusion ne se mange pas – dit-elle - Elle ne se mange pas, mais elle nourrit – répond le colonel »)

 

Contact : felipe.buendiakandia@agroparistech.fr

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Portrait Jeune Chercheuse – Angéline Nemeth, Maître de Conférences en imagerie biomédicale

Portrait Jeune Chercheuse – Angéline Nemeth, Maître de Conférences en imagerie biomédicale | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Angéline Nemeth a intégré l’UFR de médecine de l’université Paris-Saclay en septembre 2020 en tant que Maître de Conférences des Universités. Elle mène actuellement ses recherches sur le développement de nouveaux biomarqueurs d’imagerie par résonance magnétique (IRM) au laboratoire BioMaps (laboratoire d'Imagerie biomédicale multimodale Paris Saclay CNRS UMR9011 – Inserm UMR1281 – Université Paris-Saclay – CEA, Orsay) dirigé par le Professeur Vincent Lebon.

 

Son parcours professionnel a débuté au laboratoire CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé, Unité CNRS UMR 5220 – INSERM U1294 – Université Lyon 1 – INSA Lyon - Université Jean Monnet Saint-Etienne, Lyon) où elle a mené sa thèse après des études à l’école d’ingénieur Polytech Lyon. Ses travaux portaient sur le développement et la validation de stratégies de quantification des lipides par IRM et spectroscopie RMN pour étudier le stockage des graisses lors d'une suralimentation de 31 jours. Elle a soutenu sa thèse en novembre 2018. Au cours de son post-doctorat au Centre Léon Bérard (oncologie et recherche à Lyon) de 2019 à 2020, elle a développé des analyses radiomiques sur le cancer du sein et un nouveau protocole d'IRM multiparamétrique dans le but d'explorer les hétérogénéités tumorales. Le fil conducteur de sa recherche est l’utilisation de l’IRM multiparamétrique et quantitative pour caractériser de façon non invasive des phénomènes physiopathologiques.

 

Les études qu’elle a menées avaient une forte implication clinique (collaboration avec les Hospices Civils de Lyon, Centre de recherche en nutrition humaine du Rhône-Alpes ainsi que le centre de cancérologie Léon Bérard) et lui ont permis de s’intéresser à plusieurs pathologies (détérioration du cartilage de la hanche, dérèglement du fonctionnement des tissus adipeux, cancer du sein).

 

Ses enseignements portent sur la biophysique appliquée à la médecine et au paramédical (filières PACES, IFMEM, DFGSM2, M2 d’imagerie biomédicale) plus particulièrement la physique de l’imagerie biomédicale et notamment l’IRM. Elle continue ses investigations en imagerie quantitative et multiparamétrique sur la caractérisation de l’infiltration graisseuse dans le muscle mais aussi en intégrant des projets de BioMaps sur l’évaluation du mouvement respiratoire tel que la spirométrie 3D.

 

« A la source de toute connaissance, il y a une idée, une pensée, puis l'expérience vient confirmer l'idée. » - Claude Bernard

 

Contact : angeline.nemeth@universite-paris-saclay.fr

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Portrait Jeune Chercheuse – Marcelina Cardoso Dos Santos, chercheuse en biophysique

Portrait Jeune Chercheuse – Marcelina Cardoso Dos Santos, chercheuse en biophysique | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Marcelina Cardoso Dos Santos est chercheuse au CEA depuis 2018 et met en place une nouvelle thématique, la biodétection dans des modèles cellulaires synthétiques au sein de l’équipe Dynamique du Cytosquelette et Motilité de l’I2BC. Elle s’intéresse aux mécanismes d’adhésion et de migration cellulaire.

 

A l’heure actuelle, le rôle et l’architecture dense des protéines impliquées dans le mouvement cellulaire est mal compris. Pour ceci l’approche sur laquelle travaille Marcelina repose sur la reconstitution des structures adhésives dans des modèles biomimétiques. Les modèles de cellules synthétiques ont pour objectif de permettre la compréhension de la dynamique d’assemblage moléculaire qui intervient dans l’adhésion. Il sera alors envisageable de perturber le processus, à l’aide des nouveaux antagonistes, afin d’empêcher l’agrégation de plaquettes lors d’une thrombose ou alors le développement des métastases.

 

Marcelina s’intéressait déjà à l’adhésion cellulaire lors de sa thèse en nanotechnologie et optique (UTT, Troyes). Elle a développé les outils de microscopie de fluorescence pour quantifier la topographie de cellules adhérentes à l’échelle nanoscopique. Lors de son postdoc (équipe Nanobiophotonique, I2BC) elle a développé la stratégie de mesure d’interaction entre plusieurs molécules simultanément en utilisant la détection multiplexée à l’aide de nouvelles sondes fluorescentes FRET dans les échantillons in vitro et in vivo (Cardoso Dos Santos et al. 2020).  

 

« Lepiej nie trafić z deszczu pod rynnę » - Proverbe polonais

 

Contact : marcelina.cardoso-dos-santos@i2bc.paris-saclay.fr

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Portrait Jeune Chercheur – Massimiliano Corso, chercheur en biologie végétale

Portrait Jeune Chercheur – Massimiliano Corso, chercheur en biologie végétale | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Massimiliano Corso est chargé de recherche INRAE dans l’unité Institut Jean Pierre Bourgin (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay) à Versailles, depuis septembre 2019. Il est rattaché au laboratoire « Développement et qualité de la graine », qui développe des thématiques de recherche sur la diversité et la plasticité des métabolites spécialisés (ou secondaires) des plantes.

 

Massimiliano a soutenu sa thèse en agro-biotechnologie à l’Université de Padoue (Italie) en 2014, où il a étudié l’impact des stress abiotiques sur la vigne en utilisant des techniques multiomiques. Il a notamment caractérisé des génotypes tolérants aux stress abiotiques, qui montrent une induction transcriptionelle et métabolique du resvératrol, un métabolite spécialisé ayant une activité antioxydante.

 

Après avoir obtenu son doctorat en 2014, Massimiliano a poursuivi ses travaux à l’Université Libre de Bruxelles (Belgique) comme post-doc, pour étudier les mécanismes moléculaires et métaboliques impliqués dans l’adaptation aux environnements contaminés par les métaux lourds dans l’espèce Arabidopsis halleri. En utilisant des approches multiomique et génétique, il a montré un rôle clé des flavonoïdes (métabolites spécialisés) dans les mécanismes d’accumulation et de tolérance aux métaux toxiques dans les plantes. Dans un deuxième projet, il a caractérisé le rôle d’un transporteur qui régule les flux de calcium entre le réticulum endoplasmique et le cytosol chez Arabidopsis.

 

En 2019, après un post-doc de courte durée au CNRS, Massimiliano a été recruté à l’INRAE de Versailles où il développe plusieurs projets de recherche visant à caractériser la diversité des métabolites spécialisés des graines et à étudier leur plasticité face aux changements climatiques. Les métabolites spécialisés jouent un rôle clé dans les interactions des plantes avec leur environnement, ils interviennent dans leur résistance aux stress abiotiques et biotiques et sont largement accumulés dans les plantes et les graines d’un grand nombre d’espèces. Le travail de Massimiliano a permis de démontrer que les graines présentent un métabolisme dynamique et plastique, avec un impact sur la qualité des semences (Boutet et al., 2022).

 

Les travaux actuellement développés par Massimiliano ont pour objectif d’obtenir une meilleure compréhension des mécanismes de régulation de la production et de l’accumulation des métabolites spécialisés des graines. Cette connaissance est requise pour mettre au point de nouveaux outils visant à modifier la production de ces métabolites à des fins appliquées comme le développement de plantes mieux adaptées aux changements climatiques et aux attaques de pathogènes, et ainsi contribuer au développement d’une agriculture utilisant moins d’intrants synthétiques et plus durable.

 

“Get in, get out. Don’t linger. Go on." Raymond Carver, “A Storyteller’s Shoptalk”, publié dans le The New York Times en 1981

 

Contact : massimiliano.corso@inrae.fr

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Portrait Jeune Chercheur : Philippe-Henri Secrétan, Maître de Conférences en sciences physico-chimiques appliquées à la santé

Portrait Jeune Chercheur : Philippe-Henri Secrétan, Maître de Conférences en sciences physico-chimiques appliquées à la santé | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Philippe-Henri Secrétan est Maître de Conférences en sciences physico-chimiques appliquées à la santé au sein de la faculté de Pharmacie de l’Université Paris-Saclay depuis septembre 2021. Il a intégré l’équipe de recherche « Matériaux et Santé » dirigée par le Professeur Najet Yagoubi.

 

Il a soutenu son Doctorat d’Université en 2018 (Université Paris-Saclay) et il est également titulaire du diplôme d’état de Docteur en Pharmacie ainsi que du diplôme d’études spécialisées en pharmacie hospitalière (2016, Université de Paris).

 

Ses travaux de recherche dans le cadre de son Doctorat (2014-2018) consistent en la caractérisation des processus de transformation de substances actives médicamenteuses. Ils ont été réalisés sous la direction du Professeur Bernard Do au sein du laboratoire Matériaux et Santé. L’approche repose sur l’élucidation structurale des produits de dégradation complétée par des études théoriques de réactivité moléculaire reposant sur la théorie de la fonctionnelle de la densité. L’objectif est, par une meilleure compréhension des mécanismes de transformation en jeu, d’améliorer la stabilité des molécules actives et de définir une stratégie de développement et de contrôle qualité du médicament en lien avec le risque qualité.

 

Les compétences que Philippe-Henri Secrétan a acquises ont pu être exploitées au cours de ses activités hospitalières de pharmacien en charge des préparations pédiatriques au sein de l’hôpital Necker-enfants malades (AP-HP, 2017-2020), en apportant un rationnel scientifique à la formulation des substances actives instables. Plus tard, dans le cadre de son année de post-doctorat, 2020-2021, réalisée dans le centre Cardiovascular Research, Inserm U970, équipe 7, sous la direction du Docteur Marie Antignac et du Professeur Xavier Jouven, il a contribué aux programmes d’études sur la qualité de médicaments présents en Afrique subsaharienne, en définissant une stratégie de contrôle fondée sur le profil de stabilité intrinsèque de leurs substances actives médicamenteuses.

 

Depuis qu’il a intégré l’Université Paris-Saclay (septembre 2021) en tant que Maître de conférences, il poursuit sa recherche pour anticiper la transformation des substances actives médicamenteuses en explorant leurs comportements au contact de matrices simulant les produits de santé (matériaux de dispositifs médicaux, excipients de médicaments). Ses études actuelles s’inscrivent notamment dans le cadre d’une contribution de l’équipe à un projet de développement de biomatériaux polymériques contenant des copolymères synthétiques antibactériens. Ces approches sur les matériaux actifs antibactériens auront à terme pour vocation d’être élargies vers le développement d’autres matériaux actifs ou de compositions susceptibles d’intéresser l’industrie du dispositif médical et du médicament.

 

Philippe-Henri Secrétan dispense également des enseignements en 1ère année du Master « Sciences du Médicament » et dans le Master 2 « Contrôle Qualité des Médicaments », en se fondant sur ses connaissances constamment mises à jour notamment grâce à son implication en tant qu’expert auprès de l’ANSM et de la Pharmacopée européenne.

 

« Pour ce qui est de l’avenir, il ne s’agit pas de le prévoir, mais de le rendre possible. » Antoine de Saint-Exupéry

 

Contact : philippe-henri.secretan@universite-paris-saclay.fr

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