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Le risque de rechute d’un cancer du sein triple négatif est plus faible si des cellules immunitaires sont présentes dans la tumeur

Le risque de rechute d’un cancer du sein triple négatif est plus faible si des cellules immunitaires sont présentes dans la tumeur | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Une nouvelle étude internationale et multicentrique démontre que les personnes opérées d’un cancer du sein triple négatif localisé dont les tumeurs sont fortement infiltrées en cellules immunitaires ont un risque plus faible de rechute et un taux plus élevé de survie même sans chimiothérapie après la chirurgie. Cette étude, menée par Gustave Roussy et la Mayo Clinic, (Rochester, États-Unis), en collaboration avec l’International immuno-Oncology Biomarker Working group et 11 partenaires, est publiée dans le Journal of American Medical Association (JAMA).

 

Lire la suite du communiqué de Gustave Roussy

 

Contact : stefan.michiels@gustaveroussy.fr

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Dérégulation d’une population de précurseurs de cellules dendritiques dès les stades précoces de l’infection au VIH

Dérégulation d’une population de précurseurs de cellules dendritiques dès les stades précoces de l’infection au VIH | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’infection au VIH induit une dérégulation des réponses immunitaires conduisant à une progression de la maladie. À ce titre, les cellules dendritiques (cDCs) jouent un rôle majeur dans la détection des virus et la régulation des réponses immunitaires. Des analyses transcriptomiques sur cellule unique ont récemment mis en évidence une population de précurseurs circulants de cDCs appelées « pré-DCs ». Des études in vitro montrent que les pré-DCs peuvent activer les réponses immunitaires et qu’elles présentent une susceptibilité accrue à l’infection par le VIH. Néanmoins l’impact de l’infection au VIH sur la dynamique et les fonctions des pré-DC reste à déterminer in vivo.

 

C’est dans ce contexte que les chercheurs d’IDMIT (UMR-S1184, ImVa-HB/UPSaclay/Inserm/CEA, Fontenay-aux-Roses) ont étudié ces cellules en utilisant un modèle préclinique d’infection par le virus de l'immunodéficience simienne (SIV) (équivalent simien du VIH).

Dans les résultats de cette étude publiée dans Cell Reports, les chercheurs présentent la caractérisation par cytométrie en flux dans ce modèle animal de pré-DCs équivalents à ceux retrouvés chez l’homme. Ils ont grâce à cette caractérisation, analysé la dynamique et la fonction de ces cellules au cours des différentes phases de l’infection par le SIV in vivo. Ils montrent que la quantité de pré-DC diminue fortement dans le sang dès les premiers jours de l’infection. Cette diminution s’accompagne d’une accumulation des pré-DCs dans les organes lymphoïdes secondaires reflétant une dérégulation de leur capacité à se différencier en cellules dendritiques matures. Cette dérégulation des pré-DCs qui s’accumulent dans les organes lymphoïdes secondaires est confirmée par des études montrant que leurs capacités à produire des réponses immunitaires sont atténuées.

 

Des analyses complémentaires à partir de cohortes de patients infectés par le VIH mais dont le système immunitaire contrôle naturellement la réplication du virus en l’absence de traitement (patients connus sous le nom d’élite contrôleurs) montrent un niveau d’activation élevé des pré-DCs. En outre, le niveau d’activation des pré-DCs est associé à l’efficacité des réponses immunitaires dirigées contre le VIH chez ces patients.

 

Ces travaux apportent une meilleure compréhension des mécanismes de dérégulation des cellules dendritiques par le VIH et ouvrent ainsi la voie vers le développement de nouvelles approches thérapeutiques ciblant cette population afin d’améliorer les réponses immunitaires contre le VIH.

 

Contact : benoit.favier@cea.fr

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Portrait Jeune Chercheur - Oscar Haigh, chercheur en virologie

Portrait Jeune Chercheur - Oscar Haigh, chercheur en virologie | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Oscar Haigh est in ingénieur de recherche formé en Australie travaillant au sein des équipes du Laboratoire sciences de l'animal et bien-être animal (ASW) dirigé par Francis Relouzat et du Laboratoire Immunité et Transmission (LIT) dirigé par Roger Le Grand, dans le cadre du projet « Modèles de maladies infectieuses pour les thérapies innovantes » (IDMIT) (UMR1184, ImVa-HB/UPSaclay/Inserm/CEA), à Fontenay aux-Roses (DRF/Jacob) depuis Février 2018.

 

Il est titulaire d'un doctorat en Immunologie depuis 2010 pour son projet de développement d'un vaccin à ADN synthétique pour protéger contre le développement de tumeurs à papillomavirus humain. Depuis, de nombreuses missions postdoctorales dans différents laboratoires de Brisbane en Australie lui ont fourni un portefeuille de recherche diversifié, impliquant des projets sur l'administration de siARN in vivo, le cancer, les venins, les récepteurs des lymphocytes T et la fonction des cellules dendritiques ; le tout avec pour thème principal l'exploitation des réponses immunitaires pour se protéger contre les maladies. Ce parcours professionnel apparemment décousu a renforcé les compétences d’Oscar pour adapter efficacement de nouvelles techniques et stratégies de recherche dans la résolution de nouveaux problèmes, ainsi que ses compétences en gestion du temps.

 

En arrivant à IDMIT, Oscar travaille avec le Pr Marc Labetoulle (ophtalmologiste) et Assoc. Professeur Antoine Rousseau (ophtalmologiste) pour démêler les interactions complexes hôte-virus permettant une protection contre la réactivation du virus latent de l'herpès simplex de type 1 (HSV1). Cet agent pathogène commun infecte presque tous les êtres humains et provoque une infection latente (dormante) à vie. La réactivation à partir d’un état latent est à l’origine de maladies et d’événements de transmission. Les maladies causées par le HSV1 comprennent la kératite herpétique rare mais aveuglante, les boutons de fièvre, l'encéphalite rare mais souvent mortelle, et les infections génitales douloureuses à HSV1 qui deviennent de plus en plus fréquentes dans la société. Plus récemment, le HSV1 a été associé à la progression de la maladie d'Alzheimer (MA). Il n’existe pas de vaccin efficace contre le HSV1, les médicaments antiviraux ne sont efficaces qu’à 50%, la résistance aux médicaments étant un problème émergent pour le traitement. L'équipe a récemment découvert comment l'infection HSV1 peut être exploitée pour bloquer les réactivations futures ; ce qui éliminera le développement de la maladie. Récemment, grâce à une collaboration via le programme Bottom-Up du CEA avec l'équipe de Marc Dhenain (MiRCEN), les deux groupes ont pu combiner leurs modèles murins de HSV1 et de MA afin d'étudier la progression de la pathologie de la MA dans le contexte d'une infection neuroinvasive à HSV1. Avec Benoit Delatour (UPMC) rejoignant le consortium, ce projet peut désormais s'étendre à l'Homme, pour identifier les mécanismes de protection et comment les exploiter pour éliminer les maladies médiées par la MA et le HSV1. Si cette recherche vous intéresse, n'hésitez pas à contacter les membres de l'équipe.

 

Use the KISS principle: Keep It Simple, Stupid!” – “If it works, don’t try and reinvent the wheel!” –Prof. Robert Tindle, my PhD advisor (every meeting 2006-2010)

 

Contact: oscar.haigh@cea.fr

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GS HEADS / GS LSH - Professeur·euse attaché·e - Sensibilisation au développement durable

GS HEADS / GS LSH - Professeur·euse attaché·e - Sensibilisation au développement durable | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les GS LSH et HeaDS ont obtenu un poste de Professeur.e attaché.e de l'Université Paris-Saclay, dont la mission sera de proposer une sensibilisation au développement durable des étudiants de master des mentions "Biologie-Santé" et "Sciences du médicament et des produits de santé". Il s’agit d’amener les étudiants à avoir une réflexion, dans leur discipline, autour de l’articulation de celle-ci avec le développement soutenable.

 

-> Voir la fiche de poste

 

La date limite de candidature est fixée au 23 avril 2024.

 

Contacts :

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Les archées se sont adaptées plusieurs fois aux conditions extrêmes de salinité

Les archées se sont adaptées plusieurs fois aux conditions extrêmes de salinité | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans Nature Microbiology, des scientifiques du Laboratoire Écologie, Systématique et Évolution -ESE (CNRS/UPSaclay/AgroParisTech, Gif-sur-Yvette) ont reconstruit l’histoire évolutive de l’adaptation de plusieurs groupes d’archées à des concentrations de sel très élevées. Ces microorganismes halophiles extrêmes appartiennent à quatre lignées d’archées : les Halobacteria, les Nanohaloarchaeota, les Methanonatronarchaeia et les Halarchaeoplasmatales. Elles maintiennent leur équilibre osmotique en adoptant une stratégie de "sel intracellulaire", qui implique l'accumulation de concentrations molaires de potassium dans leurs cellules. Cette adaptation a conduit à une accumulation massive d'acides aminés acides dans leur protéome pour éviter l'agrégation des protéines.

 

L'histoire évolutive de ces adaptations demeure mal connue, notamment en raison des positions phylogénétiques instables observées pour certaines de ces lignées. Les auteurs de cette étude ont décrit deux nouvelles lignées, les Afararchaeaceae et les Asbonarchaeaceae, qui occupent des positions clés dans la phylogénie des archées. L’inclusion de ces lignées et l’application d’approches phylogénétiques adaptées aux biais compositionnels des protéomes ont conduit à l’obtention d’une phylogénie bien résolue des archées. Les analyses phylogénomiques montrent qu'au moins quatre adaptations indépendantes à l'halophilie extrême ont eu lieu au cours de l'évolution des archées.

 

Ces analyses ont aussi démontré que la duplication de gènes et le transfert horizontal de gènes, en particulier pour la propagation de gènes tels que ceux codant pour les transporteurs de potassium à travers les différentes lignées halophiles, ont joué un rôle très important dans l’adaptation de ces groupes d’archées à ces conditions physico-chimiques extrêmes.

 

Légende Figure : Arbre phylogénétique des archées montrant la position des différents groupes d’archées halophiles extrêmes (indiqués en couleur). Cette phylogénie montre au moins quatre adaptations indépendantes à l’halophilie extrême au sein des archées.

 

Contact : david.moreira@universite-paris-saclay.fr

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Essai international de phase II associant Radiothérapie Stéréotaxique (SBRT) et Immunothérapie pour des patients atteints de cancer colorectal avancé : résultats et profilage immunitaire

Essai international de phase II associant Radiothérapie Stéréotaxique (SBRT) et Immunothérapie pour des patients atteints de cancer colorectal avancé : résultats et profilage immunitaire | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude récente publiée dans Molecular Cancer, des chercheurs de l’unité « Radiothérapie Moléculaire et Innovations Thérapeutiques » (UMR-S 1030 INSERM/UPSaclay/Gustave Roussy, Villejuif) ont exploré l'efficacité potentielle d'une combinaison d'immunoradiothérapie pour améliorer les résultats chez les patients atteints de cancer colorectal (CCR) avancé.

 

Les patients ont reçu l'atezolizumab, un anticorps anti PD-L1, et une radiothérapie stéréotaxique corporelle (SBRT) administrée simultanément lors du deuxième cycle de traitement sur au moins une lésion tumorale. L'objectif principal de l'étude était d'évaluer le taux de survie sans progression (SSP) à un an. Pour cela, des biopsies tumorales séquentielles ont été réalisées afin d'effectuer un profilage immunitaire.

 

L'étude a inclus soixante patients prétraités atteints de CCR avancé, recrutés dans cinq centres entre novembre 2016 et avril 2019. Le traitement a été bien toléré par les patients, avec une SSP médiane de 1,4 mois. Notamment, cinq patients (soit 9% de l'échantillon) ont présenté une SSP supérieure à un an.

 

Les analyses tumorales, réalisées par immunohistochimie (IHC) et séquençage d'ARN (RNAseq), ont révélé que la SBRT redirigeait les cellules immunitaires vers les lésions tumorales, même en présence de lymphopénie induite par la radiothérapie. De plus, l'expression nucléaire initiale des protéines PD-L1 et IRF1 dans les cellules T CD3+ et les macrophages CD68+ était plus élevée chez les patients répondeurs.

 

L'étude a également révélé une régulation positive des gènes codant pour des protéines connues pour augmenter le trafic de cellules T et B vers les tumeurs (CCL19, CXCL9), favoriser la migration cellulaire (MACF1) et détruire les cellules tumorales (GZMB) chez les patients répondeurs.

 

Cette étude apporte de nouvelles données sur la faisabilité et l'efficacité de l'immunoradiothérapie, ainsi que sur le contexte immunitaire des tumeurs. Ces informations pourraient aider à identifier les patients atteints de CCR avancé les plus susceptibles de bénéficier de l'immunoradiothérapie.

 

Contact : eric.deutsch@gustaveroussy.fr

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Identification de sous-groupes distincts de la maladie de Sjögren par analyse de clusters basée sur les manifestations cliniques et biologiques

Identification de sous-groupes distincts de la maladie de Sjögren par analyse de clusters basée sur les manifestations cliniques et biologiques | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La maladie de Sjögren est une maladie auto-immune hétérogène avec divers symptômes subjectifs tels que la sécheresse (notamment oculaire et buccale), la fatigue et la douleur, ainsi que des manifestations systémiques et un risque accru de lymphome. Dans une étude parue dans The Lancet Rheumatology, les chercheurs du centre de recherche d’immunologie des infections virales et auto-immunes  - IMVA (UMR-S 1184 INSERM/UPSaclay/CEA, Fontenay-aux-Roses/Le Kremlin-Bicêtre) ont cherché à déterminer différents phénotypes de la maladie en utilisant une analyse de clusters basée sur les symptômes subjectifs, les manifestations cliniques et biologiques, et étudier si ces sous-groupes avaient des pronostics différents.

 

Pour cela, les auteurs ont utilisé deux cohortes de patients en France : la cohorte transversale Paris-Saclay et la cohorte ASSESS prospective. Ils ont d'abord identifié des clusters dans la cohorte Paris-Saclay à l'aide d'une analyse de correspondance multiple non supervisée, puis validé ces clusters avec la cohorte ASSESS. L’évolution des symptômes, des signes systémiques et l'incidence de lymphome ont été comparés entre les clusters.

 

Au total, sur plus de 900 patients, trois sous-groupes distincts de patients ont été identifiés dans les deux cohortes : les patients avec peu de signes subjectifs mais une activité lymphocytaire B élevée ; et ceux avec le plus de manifestations systémiques ; et les patients très symptomatiques mais une faible activité systémique.

 

Au cours du suivi, l'activité de la maladie et l'état symptomatique se sont aggravés pour les patients du premier groupe. Des lymphomes sont survenus chez certains patients des deux premiers groupes. Tous les patients de la cohorte Paris-Saclay ayant un antécédent de lymphome étaient dans les deux premiers groupes.

 

En conclusion, cette étude identifie trois sous-groupes distincts de patients atteints de la maladie de Sjögren avec des pronostics différents, suggérant des mécanismes pathophysiologiques hétérogènes. Ces résultats pourraient être utiles pour la stratification des patients dans les futurs essais thérapeutiques.

 

Contact : raphaele.seror@aphp.fr

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Révélations sur la conscience : Étude des effets de l'anesthésie et de la stimulation cérébrale profonde dans l'organisation fonctionnelle du cerveau

Révélations sur la conscience : Étude des effets de l'anesthésie et de la stimulation cérébrale profonde dans l'organisation fonctionnelle du cerveau | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans un monde où les mystères de la conscience continuent d'être un défi scientifique, une étude récente dirigée par Rodrigo Cofre et Alain Destexhe de l’Institut des Neurosciences Paris-Saclay - NeuroPSI (CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), et Bechir Jarraya de l’unité neuroimagerie cognitive - UNICOG (CEA/INSERM/CNRS/UPSaclay, NeuroSpin, Gif-sur-Yvette), apporte des éclaircissements significatifs. Dans une étude publiée dans Nature Communications, des chercheurs, s'attaquant à l'un des défis centraux de la neuroscience, ont uni leurs efforts pour comprendre comment la fonction cérébrale soutient la conscience.

 

Cette étude novatrice, menée sur des primates non humains, combine la spécificité de la stimulation cérébrale profonde avec l'IRM fonctionnelle, tant chez les primates éveillés qu'anesthésiés. Les chercheurs ont exploré, par une analyse computationnelle, les effets de divers anesthésiques tels que le propofol, le sévoflurane et la kétamine sur les schémas d'organisation fonctionnelle et structurelle du cerveau.

 

L'étude révèle que l'activité cérébrale distribuée sous anesthésie est de plus en plus contrainte par la structure des connections cérébrales, et elle coïncide avec un effondrement induit par l'anesthésique de plusieurs dimensions de l'organisation corticale hiérarchique. De plus, ces signatures distribuées sont observées indépendamment de l'anesthésique utilisé et peuvent être inversées par la stimulation électrique du thalamus central, s'alignant ainsi avec la récupération des marqueurs comportementaux de l’éveil.

 

Cette étude souligne également la spécificité de ces effets, qui ne sont pas observés lors de la stimulation du thalamus ventral latéral (où la stimulation électrique du cerveau ne réveille pas l'animal anesthésié). Dans l'ensemble, les chercheurs identifient des signatures distribuées cohérentes de la conscience, orchestrées par le noyau centro-médian du thalamus. Ces découvertes promettent de bouleverser notre compréhension de la conscience et ouvrent de nouvelles voies de recherche pour explorer les mécanismes sous-jacents de la cognition humaine.

 

Contact : rodrigo.cofre@universite-paris-saclay.fr

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Augmentation de la consommation de fibres alimentaires et alimentation durale : une place à prendre pour les légumineuses

Augmentation de la consommation de fibres alimentaires et alimentation durale : une place à prendre pour les légumineuses | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Une revue publiée dans Trends in Food Science & Technology par l’équipe ProbiHôte (Institut Micalis, INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) fait le point sur l’intérêt des légumineuses pour augmenter la consommation de fibres alimentaires dans un contexte d’alimentation durable. Les fibres alimentaires sont des sucres complexes, indigestibles par l’homme, et qui représentent les substrats principaux du microbiote intestinal. Dans les pays occidentaux, l'écart entre la consommation recommandée et réelle de fibres alimentaires ne cesse de s’aggraver. De nombreuses études montrent qu’un apport insuffisant en fibres alimentaires nuit au microbiote intestinal, ce qui peut affecter la santé de l’individu.

 

Cette revue examine le potentiel des légumineuses pour combler le décalage entre la consommation de fibres alimentaires et les recommandations dans un contexte d’alimentation durable. En plus d’être une source de protéines végétales, avec des vertus écologiques, les légumineuses sont en effet très riches en fibres alimentaires, avec des effets bénéfiques vis-à-vis du microbiote intestinal. L'impact des différentes méthodes de transformation des légumineuses sur les fibres est présenté et la diversité des produits industriels à base de légumineuses est discutée.

 

Cette revue met en lumière que les légumineuses apparaissent comme une stratégie intéressante, mais sous-exploitée, pour atteindre les recommandations. La diversification de l'offre de produits à base de légumineuses peut représenter une voie prometteuse pour encourager leur consommation.

 

Légende Figure : Interaction entre microbiote intestinal, consommation de légumineuses et santé. La figure résume des modifications de composition et d’activité du microbiote intestinal par la consommation de légumineuses, se traduisant par une production accrue d'acides gras à chaîne courte. Les effets bénéfiques de la consommation de légumineuses sur la santé sont présentés en parallèle.

 

Contact : claire.cherbuy@inrae.fr

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Epidémiologie de la maladie de Sjögren

Epidémiologie de la maladie de Sjögren | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une revue publiée dans Nature Reviews Rheumatology, les chercheurs du centre de recherche d’immunologie des infections virales et auto-immunes  - IMVA (UMR-S 1184 INSERM/UPSaclay/CEA, Fontenay-aux-Roses/Le Kremlin-Bicêtre) font le point sur la maladie de Sjögren.

 

Le syndrome de Sjögren est une maladie auto-immune phénotypiquement variée qui peut se manifester seule, sous la forme d'un syndrome de Sjögren primaire, ou en association avec d'autres maladies du tissu conjonctif, notamment la polyarthrite rhumatoïde, le lupus érythémateux disséminé (LED) et la sclérose systémique (SSc). L'estimation de la prévalence et de l'incidence du syndrome de Sjögren varie en fonction des critères de diagnostic et de la conception des études, ce qui rend difficile l'estimation des tendances géographiques et temporelles. Dans cette revue, les auteurs estiment que la prévalence se situe entre 0.01 et 0.05% de la population, ce qui fait de la maladie de Sjögren une maladie rare.

 

Parmi les facteurs influençant le phénotype de la maladie, l'origine géographique et notamment une origine africaine sub-saharienne est un facteur de risque d’activité systémique. Les facteurs de risque de survenue de la maladie sont peu connus, les pistes actuelles sont la participation de facteurs hormonaux et génétiques.

 

Il est difficile de conclure si la mortalité globale au cours de la maladie de Sjögren est augmentée ou non, il est cependant établi que les manifestations extra-glandulaires et en particulier les lymphomes sont prédicteurs d’une mortalité accrue. Enfin la maladie de Sjögren s’associe très fréquemment à d’autres connectivites telles que le lupus, la sclérodermie et la polyarthrite rhumatoïde et semble modifier le phénotype de celles-ci.

 

Contact : raphaele.seror@aphp.fr

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Vers une compréhension approfondie des interactions entre fibres alimentaires et bactéries du microbiote intestinal : mise en évidence des métabolites produits et des voies métaboliques mobilisées

Vers une compréhension approfondie des interactions entre fibres alimentaires et bactéries du microbiote intestinal : mise en évidence des métabolites produits et des voies métaboliques mobilisées | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Une étude entre l’équipe ProbiHôte (Institut Micalis, INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas), les Unités MaIAGE (INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas) et(SPI/DMTS (CEA-Joliot/INRAE/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) et la société General Mills a permis de mieux comprendre les interactions entre fibres alimentaires et bactéries du microbiote intestinal. Les fibres alimentaires sont des sucres complexes présents dans les végétaux que nous consommons et carburant principal des bactéries du microbiote intestinal. Ces composants suscitent un intérêt croissant, à travers un nombre important d’études qui rapportent des bénéfices santé de la consommation de fibres via la métabolisation par le microbiote intestinal.

 

L’étude publiée dans mSystems a tout d’abord décrit l’effet de 4 fibres alimentaires (inuline, fibre de maïs, pectine, polydextrose) sur la croissance et l’activité fermentaire in vitro de 17 bactéries appartenant aux 3 phyla majoritaires (Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria) du microbiote intestinal. Les résultats ont montré que l’utilisation des fibres est principalement guidée par l’appartenance phylogénétiques des bactéries, qui disposent de systèmes enzymatiques distincts. Des études approfondies ont été réalisées par métabolomique (LC-MS Haute résolution) et transcriptomique (RNASeq, Plateforme de séquençage I2BC, CNRS, Gif-sur-Yvette). Les données ont montré que le métabolisme des fibres par des bactéries du microbiote stimulent la production de métabolites d’intérêt santé, au-delà de la production des acides gras à chaine courte. L’identité de nombreux analytes obtenus reste encore à explorer. Ce travail a aussi mis en évidence des voies de métabolisation spécifiques à chacune des fibres alimentaires étudiées et différentes en fonction des phyla bactériens.

 

Légende Figure : A : Schéma de la stratégie expérimentale pour l’analyse métabolomique sans à priori (LC-MS haute résolution) de surnageant bactérien après culture en présence de sucre d’intérêt ; :  Profil métabolomique obtenu en présence d’inuline pour 3 souches de Bacteroidetes  [B. xylanisolvens (B. xyla), B. thetaiotaomicron (B. theta), B. intestinalis (B. int)] et 3 souches de Firmicutes [S. variabile (S. var), R. intestinalis (R. int), E. rectale (E. rect)]. Ces données mettent en évidence : 1/ la production de métabolites d’intérêt santé en présence de fibre alimentaire et 2/ des profils métabolomiques différents en fonction de l’appartenance phylogénétique des bactéries. Le profil présenté est obtenu avec les variables annotées par la base de données de l’Unité SPI (CEA, Gif-sur-Yvette).

 

Contact : claire.cherbuy@inrae.fr

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Une voie de synthèse des acides gras à très longue chaine dans des cellules spécialisées du métabolisme lipidique est nécessaire à l’activation ovocytaire chez la Drosophile

Une voie de synthèse des acides gras à très longue chaine dans des cellules spécialisées du métabolisme lipidique est nécessaire à l’activation ovocytaire chez la Drosophile | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans PLoS genetics, des scientifiques de l'I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) montrent que chez Drosophile melanogaster, des acides gras à très longue chaine synthétisés dans les oenocytes, cellules spécialisées du métabolisme lipidique, sont nécessaires à l’activation ovocytaire.

 

En fin d’ovogenèse, l’ovocyte est bloqué à un stade méiotique spécifique, l’activation permettant la reprise de la méiose et le déclenchement de l’embryogenèse. Cette activation est provoquée par l’entrée du spermatozoïde pour de très nombreuses espèces animales, mais pas chez les insectes. Chez la Drosophile, elle se produit lorsque l’ovocyte transite dans les voies génitales. Jusqu’à maintenant, on pensait que les contraintes mécaniques dans les oviductes et l’utérus constituaient le seul mécanisme inducteur. Cette étude montre donc pour la première fois que l’activation ovocytaire dépend d’un contrôle physiologique non-génital.

 

Les oenocytes sont également le siège de la synthèse des hydrocarbures cuticulaires dont les phéromones sexuelles. Cette synthèse utilise une voie métabolique parallèle dont certaines enzymes sont communes aux deux voies. Sachant que les femelles Drosophile melanogaster dépourvues de phéromones deviennent attractives pour les males d’autres espèces, les auteurs de cette étude proposent que ces voies auraient co-évolué pour éviter l’émergence de mouches hybrides compétitrices.

 

Légende Figure : Section transversale d’abdomen de drosophile montrant que les oenocytes ventraux postérieurs (marqués à la Green fluorescence protein) sont apposés à l’utérus ce qui pourrait permettre le control de l’activation ; la coupe est orientée postérieur à droite, dorsal en haut.

 

Contact : jacques.montagne@i2bc.paris-saclay.fr

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Jeux de guerre chez les bactéries environnementales

Jeux de guerre chez les bactéries environnementales | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les virus et les bactéries sont essentiels à la vie sur Terre. Depuis près de 4 milliards d'années, les bactéries ont co-évolué et fait face à des menaces incessantes de virus spécifiques connus sous le nom de phages. Bien qu'inoffensifs pour les humains, les phages existent uniquement pour injecter leurs gènes dans les bactéries, où ils peuvent soit se tapir indéfiniment soit produire de nouveaux virus entraînant la mort de l'hôte bactérien. Les phages sont les entités biologiques les plus abondantes sur Terre, leur nombre étant estimé à un trillion pour chaque grain de sable sur la planète. Étant largement surpassées en nombre, les bactéries repoussent les attaques des phages en déployant une multitude de mécanismes de défense, tout comme une armée fortifie son arsenal pour repousser les attaquants.

 

Dans une étude publiée dans Nature Communications, dirigée par Pedro H. Oliveira (UMR 8030 Génomique Métabolique, Genoscope, CEA/CNRS/UEVE/UPSaclay, Évry), et dont Angelina Beavogui est l'auteure principale, les auteurs ont réalisé pour la première fois une analyse à grande échelle des mécanismes de défense bactériens à travers plusieurs environnements terrestres, des profondeurs des océans au sol sous nos pieds en passant par l'intestin humain. Ils ont découvert que dans cette course aux armements contre les virus, les bactéries s'adaptent et innovent constamment, mais surtout, elles choisissent différentes stratégies de défense en fonction de l'environnement dans lequel elles vivent. Cette stratégie est analogue aux techniques de guerre modernes, où les armées utilisent différentes armes en fonction du théâtre de guerre dans lequel elles opèrent.

 

Ces découvertes sont également pertinentes d'un point de vue clinique. Comprendre les subtilités de ces barrières de défense chez les bactéries permettra de développer des thérapies plus efficaces capables de les surmonter, et ainsi de cibler spécifiquement des agents pathogènes humains et environnementaux.

 

Contact : pcoutool@genoscope.cns.fr

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Le vaccin inactivé VLA2001 efficace contre une infection par le SARS-CoV-2 chez le primate non-humain

Le vaccin inactivé VLA2001 efficace contre une infection par le SARS-CoV-2 chez le primate non-humain | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La recrudescence continue des cas d’infection par le SARS-CoV-2 malgré la vaccination de masse et l’émergence de nouveaux variants soulignent l’importance de l’apport de stratégies vaccinales alternatives. Dans une étude publiée dans le journal Communications Medicine par les équipes du département IDMIT (UMR-S1184, ImVa-HB/UPSaclay/Inserm/CEA, Fontenay-aux-Roses) en collaboration avec Oncodesign Services et Valneva, les réponses immunitaires induites par le vaccin VLA2001 de Valneva, ainsi que l’efficacité contre une infection par le SARS-CoV-2 ont été décrites à l’aide de modèles précliniques. Cette approche vaccinale conventionnelle consiste à administrer un virus entier, purifié et inactivé.

 

Les auteurs ont montré que le vaccin VLA2001 déclenche une réponse immunitaire robuste et fonctionnelle. Plus spécifiquement, ils ont observé l’induction d’une réponse humorale neutralisante et d’une réponse cellulaire de type Th1, médiée par les lymphocytes T CD4+. Ceci permet une protection efficace contre les infections virales, en empêchant l’entrée du virus dans les cellules hôtes et en favorisant la destruction des cellules infectées.

 

Enfin, ils ont démontré l'efficacité du vaccin VLA2001 dans la prévention de l'infection par le SARS-CoV-2 et dans la réduction des lésions pulmonaires associées à la COVID-19 chez le primate non-humain.

 

Le vaccin VLA2001 a été le premier vaccin inactivé à recevoir l'autorisation de mise sur le marché de l'Agence européenne des médicaments (EMA). Cette approbation a été permise par la publication de données de sécurité et d’immunogénicité lors des essais cliniques de phase I, II et III.

 

Contact : roger.le-grand@cea.fr

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La mutation de SOCS2 induit des modifications structurales et fonctionnelles du développement de la glande mammaire

La mutation de SOCS2 induit des modifications structurales et fonctionnelles du développement de la glande mammaire | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La lactation est un processus essentiel pour les mammifères. Chez les ovins, la mutation R96C de la protéine SOCS2 (Suppressor Of Cytokine Signaling 2) est associée à une plus grande production de lait et à une sensibilité accrue à la mammite. Pour comprendre l’implication de la mutation R96C dans le développement et la lactation de la glande mammaire, les scientifiques des unités de Génétique Animale et Biologie Intégrative – GABI (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Jouy-en-Josas) et de Biologie de la Reproduction, Environnement, Epigénétique et Développement - BREED (INRAE/UPSaclay, Jouy-en-Josas) ont développé un modèle murin porteur de cette mutation (SOCS2KI/KI).

 

Les glandes mammaires de ces souris vierges présentent un défaut de ramification du tissu épithélial. Ce phénotype n’est pas compensé aux stades ultérieurs du développement mammaire (gestation, puis lactation). Les sous-populations de cellules épithéliales mammaires ont été modifiées, les souris mutées ayant trois fois plus de cellules basales et une diminution des cellules luminales. La glande mammaire de ces souris reste fonctionnelle ; cependant, les cellules épithéliales mammaires contiennent plus de gouttelettes lipidiques et la composition en lipides du lait est modifiée. De plus, le suivi de l’expression des gènes de la glande mammaire chez des femelles vierges puis gestantes a permis d’identifier environ 3 000 gènes exprimés de manière différentielle. L’analyse des gènes différentiellement exprimés a montré que de multiples processus biologiques et voies de signalisation liés à la fonction mitochondriale, et donc à l’oxydation des acides gras, sont impactés. Cela suggère un dérèglement mitochondrial et un stress oxydatif élevé dans les glandes mammaires.

 

Ces résultats publiés dans Development ont permis d’affiner les connaissances sur le rôle de SOCS2 et plus spécifiquement la mutation R96C sur le développement de la glande mammaire et la production de lait.

 

Contact : fabienne.le-provost@inrae.fr

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Relations entre immunité et sénescence dans les nodosités de légumineuses

Relations entre immunité et sénescence dans les nodosités de légumineuses | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les légumineuses ont la capacité d’établir une symbiose avec des bactéries du sol fixatrices d’azote, les rhizobia. Cette interaction conduit à la formation d’organes symbiotiques appelés nodosités racinaires permettant une infection intracellulaire massive et chronique des rhizobia. Le succès de cette infection nécessaire au bon fonctionnement de la symbiose est contrôlé par deux processus fondamentaux, l’immunité et la sénescence. La dérégulation de l’un d’eux conduit à la destruction de l’endosymbionte (le rhizobium) et à l'arrêt de la symbiose.

 

Dans une revue publiée dans Plant Communication, les scientifiques de l’équipe SYMUNITY (Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay – IPS2, CNRS/INRAE/UEVE/UPCité/UPSaclay, Gif-sur-Yvette), en collaboration avec le Dr Fathi Berrabah (Université Amar Telidji, Algérie), discutent de la relation entre l’immunité et la sénescence au sein des nodosités fixatrices d’azote au regard des nouvelles avancées liées à la compréhension de ces deux processus fondamentaux. Dans cet revue, les auteurs proposent un modèle dit « modèle des équilibres » décrivant l’équilibre entre l’activation de l’immunité (réactions de défense) et/ou de la sénescence au cours du développement de la nodosité, favorisant l’un ou l’autre des processus, puis s’harmonisant lorsque la nodosité devient fonctionnelle. Les auteurs discutent également les mécanismes moléculaires associés à ces processus.

 

Légende Figure : Balance entre Immunité et sénescence dans la nodosité symbiotique.

 

Contact : fa.berrabah@lagh-univ.dz ou veronique.gruber@u-paris.fr ou pascal.ratet@universite-paris-saclay.fr

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L’AMH, un régulateur de l’autophagie dans l’ovaire ?

L’AMH, un régulateur de l’autophagie dans l’ovaire ? | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Chez les femmes, le stock de follicules primordiaux (PMF) se forme au cours de la vie intra-utérine puis ne cesse de diminuer jusqu'à la ménopause. Cette réserve de PMF est finement régulée par des molécules impliquées dans la croissance folliculaire ou la survie des PMF. L'hormone anti-Müllérienne (AMH), produite par les cellules de la granulosa des follicules en croissance, est connue pour son rôle inhibiteur dans l'initiation de la croissance des PMF. Dans une étude in vivo (Sonigo et al., 2019), l'équipe du Dr Isabelle Beau (UMR-S 1185 INSERM/UPSaclay, Le Kremlin-Bicêtre) avait observé que l'injection d'AMH chez la souris semblait stimuler l'autophagie et activer le facteur de transcription FOXO3A, également connu pour son rôle dans la régulation de ce processus. De nombreuses études ont mis en évidence le rôle clé de l'autophagie dans l'ovaire à différents stades de la folliculogenèse et particulièrement dans la survie des PMF.

 

Dans une nouvelle étude publiée dans FASEB Journal, Isabelle Beau et son équipe ont exploré le lien entre l'AMH, l'autophagie et le facteur de transcription FOXO3A en utilisant une approche in vitro avec des cultures organotypiques d'ovaires de souris, traitées ou non avec de l'AMH. Il a ainsi été montré que l’AMH induisait une déphosphorylation de FOXO3a et activait l’autophagie. De plus, la transcription de gènes cibles de FOXO3A impliqués dans l’autophagie (Becn1, Atg2b, Atg16l1, Wipi2,…) était significativement augmentée dans les ovaires traités par l’AMH.

 

Cette approche in vitro montre que l’AMH protège la réserve ovarienne en inhibant la croissance des PMF, mais aussi en permettant leur survie par l'activation de l'autophagie probablement par l’intermédiaire du facteur de transcription FOXO3a. Il s’agit d’un nouveau rôle pour cette hormone, acteur important de la folliculogenèse et du maintien du pool de PMF.

 

Légende Figure : L'AMH protège le pool de réserve en inhibant la croissance folliculaire mais aussi en induisant l'autophagie, un rôle qui était inconnu jusqu'à présent.

 

Contact : isabelle.beau@universite-paris-saclay.fr

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Epigénétique : combiner des régions flexibles et rigides dans une seule structure pour garantir la réplication et la stabilité du génome

Epigénétique : combiner des régions flexibles et rigides dans une seule structure pour garantir la réplication et la stabilité du génome | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L'information génétique est codée par les quelques 3 milliards de paires de bases de notre ADN. Elle est protégée dans une structure complexe appelée chromatine, qui comprend de multiples échelles d'organisation. L'unité de base de la chromatine est constituée de protéines appelées histones, autour desquelles s'enroulent 146 paires de bases d'ADN. La chromatine, non seulement protège l'ADN contre les dommages et les stress environnementaux, mais elle joue également un rôle crucial dans la régulation de la duplication de l'ADN lors de la division cellulaire et dans la régulation de l'expression génique. Elle porte des marques épigénétiques, qui peuvent être ajoutées ou enlevées et qui contrôlent l'expression de nombreux gènes, y compris ceux impliqués dans le développement de cancers.

 

Les chaperons d'histones sont des protéines conservées dans tous les organismes eucaryotes qui facilitent l'assemblage et le désassemblage des histones sur l'ADN pour former la chromatine. Ils sont essentiels pour maintenir les marques épigénétiques au bon endroit au bon moment afin de maintenir l'identité des cellules et éviter la tumorigénèse. Le chaperon d'histones CAF-1 (Chromatin assembly factor 1) a été identifié il y a plus de 35 années pour sa capacité à agir de façon concertée avec la synthèse d'ADN (lors de la division cellulaire ou la réparation de l'ADN), mais son mode d'action est longtemps resté très mystérieux. Par une étude structure-fonction centrée sur la levure Schizosaccharomyces Pombe qui nous offre un modèle simplifié de ce processus très complexe, l'équipe « Assemblages Moléculaires et Intégrité du Génome » de l’I2BC (UPSaclay/CNRS/CEA, Gif-sur-Yvette), en collaboration avec les équipes « Dynamique de la chromatine » de l'UMR3664 et « Recombinaison de l'ADN, réplication et stabilité du génome » de l’UMR 3348/INSERM U1278 (CNRS/INSERM/UPSaclay/Institut Curie, Orsay) de l'institut Curie et du Synchrotron Soleil, a mis en évidence l'organisation spatiale de CAF-1, avec à la fois des régions flexibles et des modules rigides, et comment celle-ci permet d'assurer une dynamique fine de multiples interactions de CAF-1 avec ses partenaires pour favoriser le dépôt d'histones couplé à la synthèse d'ADN. Cette organisation participe ainsi à garantir la réplication correcte de l'ADN, la stabilité du génome ainsi que le maintien de régions non exprimées du génome au cours des divisions cellulaires.

 

Ces travaux sont publiés dans eLife.

 

Contact : francoise.ochsenbein@cea.fr

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Une PCR Ultra-rapide comme outil de lutte contre l’antibiorésistance

Une PCR Ultra-rapide comme outil de lutte contre l’antibiorésistance | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans Journal of Antimicrobial Chemotherapy les scientifiques de l’équipe RESIST de l’UMR-S 1184 (INSERM/UPSaclay/CEA et CHU de Bicêtre, Laboratoire de Bactériologie-Hygiène, AP-HP, Le Kremlin-Bicêtre) et de la société BforCure (Montreuil, France) ont combiné leurs efforts pour adapter une nouvelle plateforme de PCR ultra rapide, Chronos Dx développée par BforCure, au diagnostic de l’antibiorésistance.

 

Les chercheurs ont développé un kit de PCR (Bfast [VRE Panel]) universel pour la détection des entérocoques résistants aux glycopeptides (ERG), utilisable sur Chronos Dx, mais aussi des plateformes de qPCR traditionnelles telles que la CFX96 Touch (Bio-Rad). Les ERG constituent un problème de santé publique, du fait de leurs descriptions de plus en plus fréquentes dans le monde, d’épidémies difficiles à contrôler en milieu hospitalier et du risque important de transfert de la résistance vers les staphylocoques. Ainsi le dépistage des patients hospitalisés à risque de portage des ERG est obligatoire pour contrôler leur dissémination. 

Le kit PCR Bfast [VRE Panel], un test quantitatif rapide et fiable pour la détection des 4 principaux gènes responsable de la résistance aux glycopeptides, vanA, vanB, vanD et vanM, présente des performances analytiques similaires (sensibilité et spécificité) au meilleur test commercialisé avec cependant une capacité de multiplexage augmenté (détection de 4 gènes versus 2 gènes), et un gain de temps important (16 min sur Chronos versus 45 min sur CFX96 Touch).

 

La robustesse, la simplicité d’utilisation et la rapidité du kit Bfast [VRE Panel] sur Chronos Dx, semblent inégalées par rapport aux autres outils de dépistage des ERG, et en font un véritable outil de diagnostic au point de soin.

 

Légende Figure : La plateforme Chronos DX. A) Thermocycleur Chronos DX (BforCure). B) Chambre d’amplification. C) Exemple de courbe d’amplification. Chronos DX enregistre la fluorescence en continu. Courbe bleue : vanA ; Courbe noire : vanB ; Courbe verte : vanD ; Courbe rouge : contrôle d'interne amplification (utile en cas de résultat négatif).

 

Contact : thierry.naas@aphp.fr

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Portrait Jeune Chercheur - Guy Bouvier, chercheur en neurosciences

Portrait Jeune Chercheur - Guy Bouvier, chercheur en neurosciences | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Guy Bouvier est chargé de recherche au CNRS et chef de l’équipe SensoMotion à l'Institut des neurosciences Paris-Saclay (NeuroPSI) (UPSaclay/CNRS, Gif-sur-Yvette). Créé pendant l’été 2023, l’équipe de Guy s’intéresse aux circuits neuronaux permettant de construire une représentation à la fois stable et plastique de notre environnement. La compréhension de ces mécanismes, essentiels à plusieurs fonctions cérébrales, représente un défi en neuroscience.

 

Pour sa thèse, Guy a rejoint le laboratoire de Boris Barbour (IBENS) pour travailler avec Mariano Casado sur les mécanismes de la plasticité synaptique en utilisant comme modèle expérimental la synapse entre les fibres parallèles-cellules de Purkinje (FP-PC) du cervelet. En combinant des approches d’électrophysiologie et d’imagerie avec des modèles mathématiques, Guy et ses collègues ont montré l'implication de différents récepteurs dans la plasticité synaptique (FP-PC) et l'apprentissage moteur. Ce travail a révélé de nouvelles perspectives mécanistiques liées à la plasticité synaptique, offrant ainsi de nouveaux candidats thérapeutiques potentiels pour des patients atteints de troubles cérébelleux. Récemment, Guy a piloté deux études innovantes en exploitant ce modèle expérimental, visant notamment à élucider les répercussions de la mutation SCN2A, associée à l'autisme, sur le réflexe vestibulo-oculaire chez les patients et le modèle murin.

 

Pour son stage postdoctoral, Guy a décidé de tester comment ce circuit vestibulo-cérébelleux module l'activité du cortex cérébral. C’est pourquoi, il a rejoint le laboratoire de Massimo Scanziani (UCSF/HHMI), un expert mondial du cortex visuel. Plusieurs évidences chez les primates indiquent que le mouvement module l'activité du cortex visuel leur permettant de construire une représentation stable de l'environnement. Afin d’obtenir une compréhension fine des circuits impliqués dans cette modulation, Guy a tiré avantage du modèle murin et de ses nombreux outils génétiques. En raison de défis techniques majeurs dus à l’enregistrement et la manipulation de l’activité des neurones chez l’animal en mouvement, cette question n’avait toujours pas été abordée. Ainsi, Guy a initié et mené une étude pionnière visant à élucider comment les mouvements de la tête impactent l'activité du cortex visuel primaire chez les souris. Ces résultats sont très intéressants, car cela signifie que nos mouvements peuvent impacter les toutes premières étapes du processus de perception.

 

Pour débuter son équipe, Guy a été sélectionné via un appel international par le NeuroPSI. Grâce au financement de l'ERC-Starting et l’obtention d’un poste de chargé de recherche CNRS en 2022, Guy a proposé un projet ambitieux visant à comprendre comment nos mouvements impactent le traitement sensoriel et le comportement.

« Data is like garbage. You’d better know what you are going to do with it before you collect it. » - Mark Twain

Contact : guy.bouvier@cnrs.fr

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Auto-assemblage de la partie C-terminale et transmembranaire d’une protéine du SARS-CoV-2 essentielle au remodelage membranaire intracellulaire et à la réplication virale

Auto-assemblage de la partie C-terminale et transmembranaire d’une protéine du SARS-CoV-2 essentielle au remodelage membranaire intracellulaire et à la réplication virale | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les virus ne peuvent pas se répliquer de manière autonome. Une fois entrés dans la cellule hôte, ils doivent utiliser les ressources et les mécanismes de la cellule pour se répliquer. Chaque type de virus élabore sa propre stratégie. Ainsi certains virus dont le génome est constitué d’ARN mobilisent et modifient les membranes de la cellule hôte pour abriter leur complexe de réplication. Dans le cas du SARS-CoV-2, responsable de la pandémie COVID-19, le processus de remodelage membranaire conduit à la formation de vésicules à double membrane (DMVs). L’ARN viral nouvellement synthétisé est expulsé des DMVs grâce à la présence de canaux ou pores moléculaires en forme de couronne. Une des protéines du virus essentielle à la réplication et au cycle viral et dénommée nsp3 (pour « non-structural protein 3 ») est un composant majoritaire des pores moléculaires. Elle représente ainsi une cible thérapeutique prometteuse. Mais la complexité de cette protéine membranaire avec ses multiples domaines et fonctions rend son étude structurale difficile.

 

Les travaux réalisés dans l’équipe IMAPP à l’Institut de la Biologie Intégrative de la cellule - I2BC (UMR 9198, UPSaclay/CEA/CNRS, Gif-sur-Yvette) ont permis de mieux comprendre l’organisation de la partie C-terminale et transmembranaire de nsp3. Pour obtenir des quantités suffisantes de matériel, cette partie de la protéine (notée nsp3C) a d’abord été exprimée dans un système acellulaire en utilisant des extraits de germe de blé avant d’être reconstituée dans des nanodisques de lipides (POPC) pour une observation par microscopie électronique. Ces données expérimentales combinées aux prédictions structurales obtenues grâce au logiciel d’intelligence artificielle AlphAFold ont permis de mettre en évidence les capacités d’auto-association de la protéine et de la positionner dans les pores moléculaires (Figure).

 

Ces résultats ont été récemment publiés dans Journal of Virology.

 

Légende Figure : Schéma illustrant la présence de vésicules à double membrane (DMVs) qui sont associées aux membranes du réticulum endoplasmique (RE). Ces vésicules présentent à leur surface des pores moléculaires en forme de couronne. Une reconstruction 3D a été réalisée à partir de l’analyse d’images de microscopie électronique. Deux perspectives sont présentées : une vue latérale et une vue de face de l’enveloppe de nsp3C reconstituée en nanodisques lipidiques (couleur jaune). L’enveloppe (vue latérale) est positionnée sur le pore moléculaire (représenté en violet, comme observé dans une coupe de microscopie électronique). Un modèle 3D obtenu avec AlphaFold (vue de face) est également présenté pour nsp3C.

 

Contact : virginie.gervais@i2bc.paris-saclay.fr ou marion.babot@universite-paris-saclay.fr

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L'analyse des profiles emergents des positionnement des nucléosomes chez la levure

L'analyse des profiles emergents des positionnement des nucléosomes chez la levure | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans les cellules eucaryotes, le génome est fortement condensé et confiné dans le noyau. L'unité de base de cette forte compaction est le nucléosome. La disposition des nucléosomes régule d’autres processus nucléaires, tels que la transcription et la réparation de l’ADN. Malgré de gros efforts pour étudier le positionnement des nucléosomes à l’aide des données de séquençage de nouvelle génération (NGS), le mécanisme de leur positionnement collective le long des gènes reste mal compris.

 

Dans une étude publiée dans PLoS Computational Biology, des scientifiques de l’équipe Régulation transcriptionnelle des génomes de l’I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) ont classé les profils des positionnements de nucléosomes le long des gènes de Saccharomyces cerevisiae en fonction de leur similarité et analysé leurs différences à l'aide de l'analyse fonctionnelle en composantes principales.

 

En décomposant les signaux NGS en leurs fonctions descriptives principales, les auteurs ont comparé les souches de type sauvage et celles déficientes en remodeleur de chromatine, tout en conservant les détails spécifiques à la position et considérant l'arrangement des nucléosomes dans leur ensemble. Une analyse de corrélation avec d'autres propriétés génomiques, telles que la taille des gènes et la longueur de la région appauvrie en nucléosomes (NDR), a permis d’identifier des facteurs clés influençant la distribution des nucléosomes. Les auteurs montrent que le remodeleur de la chromatine RSC, responsable du maintien du NDR, est indispensable pour découpler l'arrangement des nucléosomes au sein des gènes du positionnement à l'extérieur, qui interfère dans des conditions d'appauvrissement en rsc8. De plus, les profils de nucléosomes dans les souches chd1Δ présentaient une nette corrélation avec la présence de l'ARN polymérase II, alors que les cellules de type sauvage n'indiquaient pas d'interdépendance notable.

 

Les auteurs de l’étude proposent que RSC joue un rôle essentiel dans l'organisation globale des nucléosomes, tandis que Chd1 joue un rôle clé dans le maintien de l'arrangement local.

 

Contact : arach.goldar@i2bc.paris-saclay.fr

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La manipulation par le mâle interfère avec l’effet du contexte social sur la croissance tumorale chez les femelles Drosophile melanogaster

La manipulation par le mâle interfère avec l’effet du contexte social sur la croissance tumorale chez les femelles Drosophile melanogaster | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une étude publiée dans Scientific Reports, des scientifiques de l'I2BC (CNRS/CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) montrent que chez des Drosophile tumorales, l’expression de gènes associés aux fonctions neurologiques et au comportement sexuel est modifiée selon l’environnement social. Cette étude fait suite à une précédente ayant montré que le contexte social impacte la croissance de tumeurs intestinales (Dawson et al., 2018) ; en effet, cette croissance est ralentie lorsque des Drosophile tumorales sont élevées avec d’autres mouches tumorales, par rapport à des Drosophile tumorales élevées seules en isolation ou avec des mouches saines.

 

Les auteurs de cette nouvelle étude montrent que cet effet ne dépend ni du microbiote, ni de molécules persistantes du type phéromones. Ils proposent donc que les mouches tumorales ont une perception de leur environnement social de type cognitif, ce qui déclencherait un relais neurologique induisant une réponse physiologique antitumorale. Ils montrent ensuite que cet effet se manifeste si les Drosophile sont vierges mais pas si elles sont fertilisées. Il est connu que l’éjaculat contient des peptides qui modifient de nombreux paramètres physiologiques et comportementaux chez les femelles accouplées, phénomène appelé manipulation par le mâle. Les auteurs montrent finalement que ces peptides sont responsables de la perte de l’impact social sur la croissance tumorale. Ainsi, ils postulent que la manipulation par le mâle interfère avec le ralentissement de la croissance tumorale dépendant du contexte social.

 

Légende Figure : Les Drosophile tumorales femelles se reconnaissent entre elles et modifient leur comportement, ce qui déclenche un relais neuronal qui va induire une réponse physiologique antitumorale. Les peptides transférés avec l’éjaculat lors de l’accouplement inhibent cette réponse antitumorale.

 

Contact : Jacques.montagne@i2bc.paris-saclay.fr

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AsiDNA, une molécule mimant une cassure double-brin, protège les tissus normaux de la toxicité des radiations en induisant un arrêt G1/S du cycle cellulaire dépendant de l’axe DNA-PK/p53/p21

AsiDNA, une molécule mimant une cassure double-brin, protège les tissus normaux de la toxicité des radiations en induisant un arrêt G1/S du cycle cellulaire dépendant de l’axe DNA-PK/p53/p21 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Une étude publiée dans NAR Cancer, réalisée dans le cadre de la thèse d’Anouk Sesink, sous la direction de Pierre-Marie Girard au sein du Laboratoire signalisation, radiobiologie et cancer (UMR 3347 CNRS/UMR-S 1021 INSERM/Institut Curie/UPSaclay, Orsay), a permis de montrer qu’une molécule, AsiDNA, qui sensibilise les cellules cancéreuses à l’effet toxique des radiations et des chimiothérapies, s’avère également être radio-protectrice vis-à-vis du tissu sain.

 

AsiDNA est une molécule d’ADN double brin de 32 paires de base possédant à une extrémité un groupement cholestérol pour faciliter son internalisation dans les cellules. L’originalité de son mode d’action vient de ce que cette molécule n’est ni un inhibiteur d’une activité enzymatique ni un agent endommageant l’ADN (génotoxique), mais un agoniste. En effet, en mimant une cassure double brin, AsiDNA va fixer et activer, entre autres, les protéines PARP et DNA-PK, acteurs essentiels de la réparation des cassures simples (SSBs) et doubles brins (DSBs) de l’ADN, respectivement. Leurs activations conduisent à une perturbation de la machinerie de réparation des DSBs, perturbation qui est mise à profit pour sensibiliser les cellules tumorales à l’effet des radiations et des génotoxiques. De façon remarquable, AsiDNA est extrêmement bien toléré chez l’animal (essais pré-cliniques) et chez l’homme (essais cliniques) sans effets indésirables supplémentaires lorsqu’elle est associée à une radiothérapie ou une chimiothérapie.

 

Dans cette étude, les chercheurs ont étudié le mécanisme d’action d’AsiDNA dans les cellules normales. Ils ont ainsi montré qu’AsiDNA, via l’activation de la protéine DNA-PK, induit un arrêt du cycle cellulaire en G1/S dépendant des protéines p53 et p21. Cet arrêt du cycle, qui est absent dans les cellules tumorales quelque soit le statut de p53, confère aux cellules normales une radioprotection in vitro. En utilisant un modèle de toxicité radio-induite tardive (la fibrose pulmonaire) et précoce (la survie des cryptes intestinales) chez la souris, les chercheurs ont montré qu’AsiDNA protégeait partiellement ces organes de la toxicité des radiations via un mécanisme comparable à celui identifié in vitro.

 

AsiDNA, en sensibilisant les cellules tumorales tout en protégeant les cellules normales de l’effet des radiations, présente ainsi des perspectives thérapeutiques intéressantes dans le traitement des cancers.

 

Contact : pierre-marie.girard@curie.fr

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L'édition du génome peut-elle aider la transition agroécologique?

L'édition du génome peut-elle aider la transition agroécologique? | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans une revue publiée dans iScience des chercheurs de différentes unités d'INRAE, dont l’Institut Jean-Pierre Bourgin – IJPB (INRAE/AgroParisTech/UPSaclay, Versailles), font le point sur l'intérêt potentiel des technologies d'édition du génome pour la transition agroécologique.

 

Pour relever les défis de la transition agroécologique dans un contexte de changement climatique, il est nécessaire d'utiliser diverses stratégies telles que les régulations biologiques, les génotypes animaux et végétaux adaptés, les systèmes de production diversifiés et les technologies numériques. Les semences et les plantes, par le biais de la sélection végétale, jouent un rôle crucial dans la conduite de ces changements. L'émergence de l'édition du génome présente une nouvelle opportunité dans les pratiques de sélection végétale. Cependant, comme toute révolution technologique impliquant des organismes vivants, il est essentiel d'évaluer ses contributions potentielles, ses limites, ses risques, ses implications socio-économiques et les controverses associées.

 

Cet article vise à fournir une revue complète des connaissances scientifiques sur l'édition du génome pour la transition agroécologique, en s'appuyant sur des approches multidisciplinaires englobant les sciences biologiques, agronomiques, économiques et sociales.

 

Contact : fabien.nogue@inrae.fr

Julio Retamales's comment, March 21, 12:05 PM
Very relevant article. Congrats!