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FOCUS PLATEFORME : Entre RIO et IBiSA, la qualité sur les plateformes

FOCUS PLATEFORME : Entre RIO et IBiSA, la qualité sur les plateformes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Entre RIO et IBiSA, la qualité sur les plateformes. Tout autant dans l'exotisme, c’est RIO – la réunion inter-organismes – qui se trouve à l’origine du GIS IBiSA et de sa mission qualité. Depuis toujours, l’expertise est portée avec cœur et conviction par Marie-Pierre Dubrulle, docteur en biologie et qualiticienne. Depuis toujours car, au moment de la création du GIS, elle accompagnait déjà les plateformes RIO dans leurs démarches de certification.

 

Une nouvelle mission sur les INBS pour IBiSA. Le GIS IBiSA a été mandaté par ses tutelles pour mener une réflexion sur le périmètre actuel des infrastructures nationales en biologie-santé (INBS). L'objectif est de proposer une organisation adaptée aux besoins de chaque communauté de recherche.

 

La gouvernance de certaines INBS est certifiée ISO 9001. Propulsée par des responsables de plateformes certifiées, la « culture management qualité » a gagné la gouvernance de certaines INBS telles que PHENOMIN, France Génomique et IDMIT, qui a certifié l’ensemble de ses activités scientifiques. IBiSA prépare un article pour présenter France Génomique.

 

Nouvelle rubrique dans la newsletter du GIS IBiSA. Rencontre des plateformes de protéomique, ateliers IBiSA sur le plan de gestion des données (PGD), lancement de l’annuaire des centres de ressources biologiques (CRB) IBiSA, résultats de l’appel d’offres Plateformes IBiSA 2022... Les dates clés à venir sont maintenant annoncées dans une rubrique dédiée de la newsletter.

 

Vous souhaitez recevoir la newsletter publiée par IBiSA chaque trimestre ? Inscrivez-vous !

 

Vous souhaitez connaitre les plateformes de l’écosystème Paris-Saclay labélisées IBiSA ? Vous avez besoin d'un équipement de pointe ou des compétences d'une plateforme en sciences du vivant pour faire progresser vos travaux de recherche ? L'annuaire IBiSA vous aide à identifier les structures appropriées sur le territoire national.

 

Vous souhaitez découvrir le potentiel complet de Paris-Saclay en termes de plateformes ? L’interface Plug In Labs Université Paris-Saclay recense et rend visible plus de 200 plateformes du domaine Sciences de la vie - des plateaux techniques, des plateformes technologiques, des infrastructures d’expérimentation, mais aussi des collections - en d’autres termes, des espaces de laboratoires dotés d’équipements, souvent uniques, ou de banques de ressources, associés à un fort potentiel humain, les opérant et les maintenant au meilleur niveau technologique.

 

A propos d’IBISA. Le GIS IBiSA coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux infrastructures de biologie, santé et agronomie. Placé sous la tutelle du CEA, du CNRS, d'INRAE, de l'Inria, de l'Inserm, de l’INCa, de la CPU et du Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation (MESRI), il est l’unique instrument de financement commun à l’ensemble des établissements en sciences du vivant, Grâce à deux appels d’offres dédiés, les plateformes et centres de ressources biologiques (CRB) peuvent candidater à la labellisation IBiSA et accéder à des financements conséquents pour des investissements jugés nécessaires à leurs missions. Le GIS conditionne son soutien à une ouverture large à la communauté scientifique. Il encourage également la création de structures de pilotage, concertation et coopération, l'animation de réseaux thématiques, et accompagne les démarches qualité en vue de la structuration et certification des plateformes.

 

A propos de Plug In Labs Université Paris-Saclay. Plug In Labs Université Paris-Saclay ou PILUPS pour les intimes, est le portail numérique unique retenu par l’Université Paris-Saclay pour la mise en valeur et promotions des compétences, expertises et technologies des laboratoires et plateformes technologiques de son territoire ! Piloté par l’Université Paris-Saclay et la SATT Paris-Saclay, financé par l’IDEX et le Fonds national de valorisation, PILUPS est accessible à tous depuis 2017, partenaire académique comme entreprise, en particulier les PME. Un seul site web : https://www.pluginlabs-universiteparissaclay.fr. Et une seule adresse mail : pluginlabs@universite-paris-saclay.fr.

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FOCUS PLATEFORME : TechMab : une nouvelle plateforme sur le territoire Paris-Saclay, avec un mot-clé qui la caractérise : ANTICORPS !

FOCUS PLATEFORME : TechMab : une nouvelle plateforme sur le territoire Paris-Saclay, avec un mot-clé qui la caractérise : ANTICORPS ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Vous avez dit TechMab ? TechMab est en effet une plateforme relativement nouvelle sur le territoire Paris-Saclay. Créée courant 2020, labélisée IBiSA en 2021, cette plateforme originale est portée par le CEA / Institut des Sciences du Vivant Frédéric Joliot et plus particulièrement son département « médicaments et technologies pour la santé » (DMTS, UMR 0496, CEA/UPSaclay/INRAe, CEA Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette). Un mot-clé la caractérise : « anticorps », et les applications portées par TechMab pour ces macromolécules sont larges : anticorps pour le diagnostic, mais aussi anticorps pour la thérapie ! En savoir plus ?

 

L’été approche, mais TechMab fourmille de projets innovants ! Exemples choisis …

 

Initié en 2020, le projet franco-allemand PLANT associe principalement le Robert Koch Institute (RKI) de Berlin et les équipes du DMTS afin de développer des tests de diagnostic et des contremesures médicales vis-à-vis de toxines de plantes faisant partie de l’arsenal de la menace terroriste. Le projet s’appuie sur les plateaux techniques de TechMab pour générer de nouveaux anticorps, évaluer leur activité de liaison et leur propriétés neutralisantes, localiser leur épitope, faire l’ingénierie de leur séquence, les caractériser par spectrométrie de masse et évaluer la sensibilité des tests de diagnostic. Ce projet illustre parfaitement l’offre intégrée de TechMab.

 

Les agents infectieux sont également sous le coup des mandibules de TechMab. En effet, l’infection de SARS/COV2 perdurant, de nouveaux anticorps sont en développement aussi bien pour le diagnostic que pour le traitement des patients infectés. Dans ce cadre, le projet DIAGRAMIE, lauréat de l’AMI maladie infectieuse émergentes lancé par la BPI, a l’ambition de développer une filière de diagnostic au lit du patient pour des agents pathogènes. Ce projet est porté par la société NGBiotech et est une collaboration avec l’AP-HP (CHU Kremlin-Bicêtre).

 

Enfin, alors que les cigales chantent à tue-tête dans les pinèdes, les équipes TechMab localisées sur le site CEA de Marcoule (LI2D) s’intéressent à la récente infection par le Monkeypoxvirus et affutent leurs derniers anticorps pour la détection du virus et le diagnostic rapide de la variole du singe. La cuticule crisse en salle de culture pour évaluer l’immunogénicité des derniers anticorps thérapeutiques et bispécifiques de sociétés pharmaceutiques et de start-up.

 

La canicule s’emballe et c’est bientôt l’été mais les antennes des équipes TechMab sont à l’affut de nouveaux projets et les ocelles sont grandes ouvertes. N’hésitez pas à nous contacter !

 

Contact : bernard.maillere@cea.fr ; laurent.bellanger@cea.fr

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI

 

TechMab. La plateforme TechMab, labélisée IBiSA en 2021, offre un ensemble unique et intégré de technologies dédiées au développement d'anticorps pour le diagnostic, la détection et la thérapie. Ces technologies s’appuient sur les expertises de 9 laboratoires de recherche associés à la plateforme, et comprennent : i) la génération, la caractérisation et l'ingénierie d’anticorps, ii) le marquage radioactif et la modification chimique d’anticorps, iii) l’étude de la biodistribution d’anticorps, iv) le développement de tests de détection et de diagnostic à partir d’anticorps, et v) l’évaluation préclinique de l’immunogénicité d’anticorps. De plus, les services fournis par la plateforme mettent en jeu l’expertise et les équipements de plusieurs plateaux techniques hébergés au sein du Département Médicaments et Technologies pour la Santé (CEA / Joliot), comme les plateaux de production d’anticorps (ProdIg, eZYMAB) et d’ingénierie moléculaire des anticorps (Yeast Display), le plateau de marquage isotopique (tritium, carbone-14) et le plateau d’imagerie ex vivo (beta-imagerie), le plateau d’évaluation préclinique de l’immunogénicité, et enfin SMART-MS, plateau spécialisé dans le développement et la validation de méthodes de bioanalyse quantitative par LC-MS/MS.

 

A propos de l’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot : L’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot (CEA-Joliot) étudie les mécanismes du vivant pour, à la fois, produire des connaissances et répondre à des enjeux sociétaux au cœur de la stratégie du CEA : la santé et la médecine du futur, le numérique et la transition énergétique. Les travaux, fondamentaux ou appliqués, reposent sur des développements méthodologiques et technologiques. Les collaborateurs du CEA-Joliot sont pour moitié impliqués dans des unités mixtes de recherche (UMR), en partenariat avec le CNRS, l'INRAE, l’INRIA, l'Inserm, l’Université Paris-Saclay et l’Université de Paris. Le CEA-Joliot est implanté principalement sur le centre CEA-Paris-Saclay. Des équipes travaillent également à Orsay, Marcoule, Caen, Nice et Bordeaux.

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FOCUS PLATEFORME : Le Centre de Ressources biologiques Paris-Saclay (CRB-PS) : Une biobanque interface à part entière entre Patient et Chercheur !

FOCUS PLATEFORME : Le Centre de Ressources biologiques Paris-Saclay (CRB-PS) : Une biobanque interface à part entière entre Patient et Chercheur ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les biobanques (ou Centre de Ressources Biologiques - CRB) sont des plateformes incontournables pour la recherche clinique et fondamentale. Créée en 2006, celui de Paris-Saclay (Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay) compte environ 180  000 échantillons de plasma, sang total, ADN, ARN, PBMC et tissus en 2022. Ces échantillons sont recueillis dans les quatre hôpitaux du GHU Paris Saclay (CHU Paul Brousse, Bicêtre, Béclère et Raymond Poincaré) sur six sites de réceptions. Le Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay participe au « biobanking » qui est « le processus d’acquisition et de stockage, ainsi que tout ou partie des activités liées au prélèvement, à la préparation, à la préservation, aux tests, à l’analyse et à la distribution de matériels biologiques définis, y compris les informations et les données associées » d’après la norme ISO 20387.

 

L’objectif du Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay est de mettre à disposition pour la communauté scientifique des services et des ressources biologiques de haute qualité. C’est pourquoi elle s’appuie sur une démarche de qualité essentielle. Le contrôle de la qualité des échantillons est important pour la biobanque labélisée IBISA et certifiée AFNOR NF S 96-900 depuis 11 ans. Cette certification assure le respect du droit du patient et de l’éthique. Le Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay a pour objectif de répondre aux exigences de la nouvelle norme ISO 20387 des biobanques en 2023.

 

Le Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay s’assure aussi de l’enregistrement de données patients dans un système informatique sécurisé. En effet, les échantillons biologiques sont associés à des données clinico-biologiques et sont enregistrés dans le logiciel de gestion des ressources biologiques et des données associées du logiciel Tumorotek® déclaré à la CNIL qui permet la traçabilité des ressources biologiques. Les échantillons conservés obtenus sont soit issus du soin et requalifiés pour la recherche soit obtenus dans le cadre de protocole de recherche. Ces échantillons couvrent plusieurs thématiques de différentes spécialités médicales : Maladies Rares Adultes et Pédiatriques, Pneumologie, Néphrologie, Transplantation d’organe, Urologie, Rhumatologie, Médecine Interne, Psychiatrie, Hépatogastro-entérologie, Tumeurs du Foie de l’enfant et adultes et autres…

 

Enfin, le Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay réalise aussi des prestations de service pré et post-analytique : centralisation des collections, extraction de l’ADN et ARN avec un appareil QIAGEN QIAsymphony® (encart B), aliquotage automatique avec l’automate Beckman Biomek Nxp Span 8® (encart C) sur le site Bicêtre. Le CRB assure un stockage sécurisé au niveau des températures des enceintes de congélation sur différents sites grâce au logiciel Sirius. Ses principales activités sont la collecte de ressources biologiques associées aux données cliniques en garantissant l’anonymat des patients. Le traitement des ressources biologiques et l’enregistrement dans une base de données sécurisée. Le stockage des échantillons biologiques et la mise à disposition des ressources biologiques à la communauté scientifique sous le respect des lois bioéthiques et le règlement général sur la protection des données (RGPD). Le CRB Paris Saclay vous accompagne dans vos démarches réglementaires et projet de recherche. Les patients sont informés par des affiches au sein des services cliniques préleveurs.

 

Les échantillons biologiques et données associées sont primordiales pour la recherche. Pour ce faire il faut des ressources biologiques de hauts qualité répondant aux exigences de la recherche. C’est pourquoi un des objectifs du Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay est la valorisation des échantillons biologiques et données associées. La collecte d’échantillons biologiques et de données cliniques associées permettent de mener des recherches innovantes.

 

Plus d’information ? Consulter le site internet du CRB Paris Saclay. Le CRB Paris Saclay dispose aussi d’un catalogue Biobanque APHP.

 

Contacts : Julie Tisserand (julie.tisserand@aphp.fr), ingénieure opérationelle, Nisrine Soltani (nisrine.soltani@aphp.fr) , ingénieure valorisation ou crb.paris-saclay@aphp.fr; Responsables scientifiques : Pr Céline Verstuyft, Pr Catherine Guettier.

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI

 

Centre de Ressources Biologiques Paris-Saclay. Les Centres de Ressources biologiques sont des plateformes qui conservent des échantillons biologiques à visée de recherche fondamentale et clinique. Notre but est de fournir des échantillons de qualité (Plasma, Sang total, ADN, ARN, Tissus, PBMC). Le CRB Paris-Saclay conserve plus de 180 000 échantillons avec des caractéristiques biologiques et cliniques.

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FOCUS PLATEFORME : Un nouveau procédé de synthèse disponible pour la préparation de molécules deutérées et tritiées

FOCUS PLATEFORME : Un nouveau procédé de synthèse disponible pour la préparation de molécules deutérées et tritiées | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les applications des molécules organiques incorporant des isotopes de l’hydrogène (le deutérium stable, ou le tritium radioactif) sont toujours plus nombreuses ! Les applications traditionnelles dans le domaine de la santé restent l’étude du métabolisme de principes actifs via la préparation d’analogues radiomarqués (tritium) ou l’utilisation de molécules deutérées en tant que standards internes pour la quantification dans le domaine de la métabolomique. Mais l’incorporation d’atomes de deutérium au sein d’une molécule peut également permettre de ralentir la métabolisation de principes actifs, de limiter la formation de métabolites toxiques, ou de fabriquer des dispositifs électroluminescents plus durables et performants ou encore de préparer de nouvelles sondes pour étudier le métabolisme de substrats énergétiques. Le tritium, quant à lui, reste un des isotopes radioactifs de choix pour étudier l’interaction d’une molécule avec le vivant. Dans le domaine de la recherche pharmaceutique, les candidats médicaments tritiés sont notamment utilisés pour caractériser les récepteurs à l'aide de tests de liaison (radioligands), mais aussi pour fournir des informations qualitatives et quantitatives sur la distribution et la pharmacocinétique de ces futurs médicaments ex vivo.

 

Or disposer de la molécule marquée ne suffit pas toujours, encore faut-il que son activité molaire (la quantité de radioactivité par molécule) soit élevée : typiquement supérieure à 15 Curies par millimole. De même, un fort taux d’incorporation d’atomes de deutérium reste un challenge !

 

Les méthodes permettant d'incorporer des atomes de deutérium ou de tritium dans une molécule d’intérêt sont certes nombreuses, mais parmi elles, l'échange d'isotopes de l'hydrogène est clairement la plus intéressante : on parle alors d‘échange isotopique, et concrètement le procédé consiste à substituer des atomes d’hydrogène de la molécule visée par des atomes de deutérium ou de tritium, réduisant ainsi les coûts et le temps consacrés à la synthèse des composés marqués, mais aussi limitant la génération de déchets radioactifs lorsque le tritium est concerné.

 

Dans ce contexte, les recherches menées au sein du service de chimie bioorganique et de marquage (Institut Joliot, département médicaments et technologies pour la santé, CEA Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette) et plus particulièrement sa plateforme de marquage isotopique ont permis de développer une nouvelle méthode de marquage qui se distingue par sa simplicité de mise en œuvre, son efficacité et son champ d’application vaste. Conceptuellement, cette nouvelle méthode est basée sur la formation de nanocatalyseurs de Rhodium in-situ par décomposition d’un précatalyseur disponible commercialement et stable à l’air sous atmosphère de deutérium (ou tritium) gaz en présence de la molécule d’intérêt à marquer. Ici, les nanoparticules métalliques formées vont être capable d’activer (ou de rompre) une ou des liaison(s) carbone-hydrogène afin de les remplacer par des liaisons carbone-deutérium ou carbone-tritium avec une très grande efficacité. Les nanoparticules de Rhodium ainsi générées vont permettre d’incorporer du deutérium ou du tritium sur des hétérocycles couramment rencontrés dans la structure de produits d’intérêt, à la fois dans le domaine du médicament mais aussi en science des matériaux (OLED, fluorophores pour l’imagerie médicale). La méthodologie développée permet aussi d’incorporer ces isotopes sur des carbones aliphatiques, ce qui est généralement plus difficile à réaliser. Ainsi, la méthode décrite permet la synthèse en une étape, à partir de la molécule d’intérêt, de principes actifs deutérés avec une incorporation de deutérium pouvant atteindre les 100%, mais aussi des analogues tritiés, avec de très hautes activités molaires (jusqu’à 120 Ci/mmol). Ces travaux ont été réalisés dans le cadre du projet Européen FLIX (FET-OPEN Grant Agreement No. 862179, https://flix-h2020.eu/).

 

En savoir plus sur ce procédé particulier ? Levernier et al., JACS Au 2022. Un besoin identifié en molécule deutérée ou tritiée ? contactez-nous !

 

Contacts: Gregory Pieters (gregory.pieters@cea.fr); Sophie Feuillastre (sophie.feuillastre@cea.fr)

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La plateforme de marquage isotopique du CEA / Paris-Saclay (Institut Joliot, Département Médicaments et Technologies pour la Santé, Service de Chimie Bioorganique et de Marquage, Gif-sur-Yvette) est unique sur le territoire Paris-Saclay. Forte de son expertise dans la préparation (synthèse, contrôle de qualité) et formulation de molécules marqués, elle assure régulièrement des prestations et collaborations, académiques comme industrielles, dans le domaine du (radio)marquage moléculaire. Elle offre également à la demande, son expertise et environnement unique de travail (laboratoires « chauds », équipements dédiés) pour l’analyse et la caractérisation d’échantillons radioactifs : mesure de puretés chimique et radiochimique par HPLC, détermination d'enrichissements isotopiques et d'activités spécifiques par SM, analyse et détermination structurale par RMN liquide comme solide, mesure d’activités radioactives par comptage à scintillation.

 

A propos de l’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot : L’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot (CEA-Joliot) étudie les mécanismes du vivant pour, à la fois, produire des connaissances et répondre à des enjeux sociétaux au cœur de la stratégie du CEA : la santé et la médecine du futur, le numérique et la transition énergétique. Les travaux, fondamentaux ou appliqués, reposent sur des développements méthodologiques et technologiques. Les collaborateurs du CEA-Joliot sont pour moitié impliqués dans des unités mixtes de recherche (UMR), en partenariat avec le CNRS, l'INRAE, l’INRIA, l'Inserm, l’Université Paris-Saclay et l’Université de Paris. Le CEA-Joliot est implanté principalement sur le centre CEA-Paris-Saclay. Des équipes travaillent également à Orsay, Marcoule, Caen, Nice et Bordeaux.

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FOCUS PLATEFORME : La radio-imagerie au service de l’évaluation pharmacologique et toxicologique de composés d’intérêt chez le petit animal

FOCUS PLATEFORME : La radio-imagerie au service de l’évaluation pharmacologique et toxicologique de composés d’intérêt chez le petit animal | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’étude in vivo d’une molécule passe souvent par son (radio)marquage afin de vérifier si elle atteint bien sa cible pharmacologique. Les études réalisées sur la plateforme imagerie ex-vivo (beta-imagerie) du Service d’Ingénierie Moléculaire pour la Santé (Institut Joliot, département médicaments et technologies pour la santé, CEA/UPSaclay, Gif-sur-Yvette) permettent, dans le contexte d’études précliniques, d’évaluer les paramètres pharmacocinétiques (demi-vie, élimination, biodisponibilité…) et la répartition au sein de l’organisme entier jusqu’aux organes isolés de nombreux composés radiomarqués (petites molécules, protéines, anticorps…). En effet, la plateforme possède deux équipements uniques de radio-imagerie (µ- et β-imager 2000 de chez Biospace Lab) capables de détecter des isotopes radioactifs (3H, 14C et 99mTc) avec une très grande sensibilité, de l’ordre de la femtomole, et une résolution adaptée aux isotopes de faibles énergies (3H et 99mTc, 10-100 µm). Les échantillons analysés sur ces appareils sont divers, comprenant des gels SDS-PAGE transférés sur membranes PVDF, des coupes d’organes, ou encore des coupes de corps entier obtenues après l’administration in vivo des composés radiomarqués chez le petit animal. Ainsi, pour un composé radiomarqué donné, il est possible i) d’évaluer l’impact de la voie d’administration (intraveineuse, intrapéritonéale, sous-cutanée, intranasale, intra-trachéale, intracérébroventriculaire) sur sa pharmacocinétique et sa biodistribution, ii) d’observer son éventuel passage des barrières biologiques (air-sang, hémato-encéphalique, materno-fœtale) et même iii) de repérer les zones tissulaires précises, telle que les zones cérébrales, dans lesquelles il rencontre ses cibles privilégiées d’interaction.

 

Exemples choisis d’application : La plateforme imagerie ex-vivo (beta-imagerie) a récemment permis, dans le cadre d’une étude de toxicité d’une neurotoxine marine présente dans les coquillages et crustacés, de démontrer la capacité de cette toxine, suite à son administration, à traverser les barrières physiologiques intestinale, cérébrale et placentaire chez le rat, représentant ainsi un potentiel impact sur la santé des consommateurs (Servent et al., Science of The Total Environment 2021). La plateforme de radio-imagerie a également montré son originalité dans la validation préclinique de conjugués anticorps-médicament doublement radiomarqués (anticorps radiomarqué 14C et médicament radiomarqué 3H), en permettant de suivre les deux entités simultanément pendant leur phase de circulation, évaluant ainsi la stabilité sanguine des conjugués, mais aussi de quantifier avec une haute précision et une haute sensibilité le médicament et son vecteur distribués dans les différents tissus (Cahuzac et al., J. Med. Chem. 2022).

 

Besoin d’une expertise sur ces sujets, ou envie d’une collaboration ? N’hésitez pas à nous contacter !

Contacts : Fabrice Beau (fabrice.beau@cea.fr) et Mathilde Keck (mathilde.keck@cea.fr)

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI

 

Plateforme imagerie ex-vivo (beta-imagerie). Le marquage de biomolécules avec des isotopes tels que le tritium ou le carbone-14 permet d'établir de manière préliminaire les propriétés pharmacocinétiques ainsi que la biodistribution tissulaire de différents types de molécules que ce soit dans un contexte d'études de toxicité (nanotoxicologie, neurotoxicité) ou de développement pré-clinique de molécules potentiellement thérapeutiques. Ce dernier objectif peut être atteint en utilisant des radio imageurs numériques, tels que ceux développés par la société Biospacelab (BetaIMAGER® TRACER). Le bêta-imageur permet d'acquérir des images en temps réel, avec une sensibilité de comptage extrême (0,007 cpm/mm2 pour le tritium et 0,01 cpm/mm2 pour le carbone-14) et une quantification absolue du signal. Ces études de biodistribution sont typiquement effectuées sur des modèles rongeurs et permettent d'adresser des questions concernant par exemple la capacité des molécules étudiées à passer les barrières physiologiques (intestinales, hémato-encéphaliques ou materno-fétale) ou à transloquer d'un compartiment tissulaire vers un autre.

 

A propos de l’Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot : L’Institut des sciences du vivant Frédéric-Joliot étudie les mécanismes du vivant pour, à la fois, produire des connaissances et répondre à des enjeux sociétaux au cœur de la stratégie du CEA : la santé et la médecine du futur, le numérique et la transition énergétique. Les travaux, fondamentaux ou appliqués, reposent sur des développements méthodologiques et technologiques. Ces derniers sont conduits sur des plateformes techniques de premier plan, pour la plupart labélisées IBiSA ou intégrées dans des Infrastructures Nationales en Biologie et Santé (INBS) : France Life Imaging (imagerie biomédicale), FRISBI (biologie structurale intégrée), MétaboHUB (métabolomique) et NeurATRIS (recherche translationnelle en neurosciences). Joliot est implanté principalement sur le centre CEA-Paris-Saclay, mais aussi Orsay et Gif-sur-Yvette en ce qui concerne le territoire Paris-Saclay.

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FOCUS PLATEFORME : IBiSA fait la part belle aux centres de ressources biologiques (CRB) : résultats de l’appel à projets CRB 2021, mise en réseau des CRB des établissements de santé et intervention...

FOCUS PLATEFORME : IBiSA fait la part belle aux centres de ressources biologiques (CRB) : résultats de l’appel à projets CRB 2021, mise en réseau des CRB des établissements de santé et intervention... | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Résultats de l’appel à projets CRB IBiSA 2021. Au cours de cette dernière édition, le GIS IBiSA a décerné 5 labels et 358 700 € à des centres de ressources biologiques (CRB) et réseaux de CRB en sciences du vivant. Ouverts à la communauté scientifique et tous certifiés, ces centres collectent et mettent à disposition des projets de recherche des ressources biologiques, cliniques et agronomiques, des plus classiques aux plus atypiques. En savoir plus.

 

Le réseau des CRB des centres hospitalo-universitaires (CHU). Les CRB des centres hospitalo-universitaires (CHU) de France sont structurés en réseau. Si celui-ci n’a pas obtenu de label au cours de l’appel à projets CRB 2021, le GIS IBiSA reconnait pleinement son importance stratégique pour le développement de la recherche biomédicale. Il espère retrouver sa candidature lors de la prochaine édition de l’appel à projets qui aura lieu en 2023. En savoir plus.

 

Les CRB des établissements de santé en première ligne dans la lutte contre la Covid-19. Ils opèrent discrètement, mais leur rôle n’en est pas pour le moins essentiel. Les CRB des CHU sont mobilisés par la recherche depuis le début de la pandémie. Ils fournissent avec réactivité, souvent dans l’urgence mais toujours dans les règles de l’art, des panels d’échantillons biologiques indispensables au développement de connaissances biomédicales, d’outils de diagnostic et de nouvelles thérapies. En savoir plus.

 

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Vous souhaitez connaitre les plateformes de l’écosystème Paris-Saclay labélisées IBiSA ? Vous avez besoin d'un équipement de pointe ou des compétences d'une plateforme en sciences du vivant pour faire progresser vos travaux de recherche ? L'annuaire IBiSA vous aide à identifier les structures appropriées sur le territoire national.

 

Vous souhaitez découvrir le potentiel complet de Paris-Saclay en termes de plateformes ? L’interface Plug In Labs Université Paris-Saclay recense et rend visible plus de 200 plateformes du domaine Sciences de la vie - des plateaux techniques, des plateformes technologiques, des infrastructures d’expérimentation, mais aussi des collections - en d’autres termes, des espaces de laboratoires dotés d’équipements, souvent uniques, ou de banques de ressources, associés à un fort potentiel humain, les opérant et les maintenant au meilleur niveau technologique.

 

A propos d’IBISA. Le GIS IBiSA coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux infrastructures de biologie, santé et agronomie. Placé sous la tutelle du CEA, du CNRS, d'INRAE, de l'Inria, de l'Inserm, de l’INCa, de la CPU et du Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation (MESRI), il est l’unique instrument de financement commun à l’ensemble des établissements en sciences du vivant, Grâce à deux appels d’offres dédiés, les plateformes et centres de ressources biologiques (CRB) peuvent candidater à la labellisation IBiSA et accéder à des financements conséquents pour des investissements jugés nécessaires à leurs missions. Le GIS conditionne son soutien à une ouverture large à la communauté scientifique. Il encourage également la création de structures de pilotage, concertation et coopération, l'animation de réseaux thématiques, et accompagne les démarches qualité en vue de la structuration et certification des plateformes.

 

A propos de Plug In Labs Université Paris-Saclay. Plug In Labs Université Paris-Saclay ou PILUPS pour les intimes, est le portail numérique unique retenu par l’Université Paris-Saclay pour la mise en valeur et promotions des compétences, expertises et technologies des laboratoires et plateformes technologiques de son territoire ! Piloté par l’Université Paris-Saclay et la SATT Paris-Saclay, financé par l’IDEX et le Fonds national de valorisation, PILUPS est accessible à tous depuis 2017, partenaire académique comme entreprise, en particulier les PME. Un seul site web : https://www.pluginlabs-universiteparissaclay.fr. Et une seule adresse mail : pluginlabs@universite-paris-saclay.fr.

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FOCUS PLATEFORME : Accélérer l’innovation en découverte et l’optimisation de réactions chimiques … découvrez la toute nouvelle plateforme d’expérimentation à haut débit !

FOCUS PLATEFORME : Accélérer l’innovation en découverte et l’optimisation de réactions chimiques … découvrez la toute nouvelle plateforme d’expérimentation à haut débit ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La plateforme d’expérimentation à haut débit (HTE – High-Throughput Experimentation), objet de ce FOCUS PLATEFORME, a été créée en 2021, au CEA (Institut Joliot, département médicaments et technologies pour la santé, CEA Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette), au sein du Service de Chimie Bioorganique et de Marquage (SCBM).

 

Cette nouvelle plateforme de l’écosystème Paris-Saclay est aussi la toute première plateforme académique française spécifiquement dédiée au développement accéléré et miniaturisé de nouvelles réactions chimiques. Cette technologie permettra aux chercheurs académiques comme industriels d’optimiser des réactions de synthèse organique en des temps drastiquement réduits, et de manière plus approfondie. En effet, l’utilisation de réacteurs pouvant accueillir 96 réactions miniaturisées et parallélisées (format microplaque 96 puits) permet d’explorer de manière bien plus aboutie les conditions optimales ainsi que l’espace chimique d’une réaction en des temps très courts. La découverte de nouvelles réactions chimiques pourra également bénéficier de cette technologie, ouvrant ainsi la voie sur de nouvelles innovations en méthodologie de synthèse. Parmi les possibles conditions de réaction accessibles sur la plateforme, on retrouve les réactions en température élevée (jusqu’à 200°C), en chimie photoredox (irradiation en bleu/violet/rouge), sous atmosphère de gaz spécifique ou encore sous pression de gaz. Ainsi, un large panel de méthodologies de synthèse pourra bénéficier des services de la plateforme. Par la miniaturisation et parallélisation de réactions chimiques, cet outil s’inscrit également dans une démarche HSE (Hygiène Sécurité Environnement), permettant l’utilisation de très faibles quantités de matières premières ou additifs onéreux ou toxiques comme les catalyseurs métalliques ou certains ligands chiraux pour ne citer qu’eux.

 

La plateforme d’expérimentation à haut débit est ouverte à la collaboration comme à la prestation, et a pour but de se positionner comme un outil de choix en soutien aux projets innovants des chercheurs chimistes des écosystèmes académiques et industriels français, en particulier celui de Paris-Saclay.

 

Contact : Eugénie Romero-Laboureur (eugenie.romero@cea.fr)

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Plateforme d’expérimentation à haut débit (HTE). L’expérimentation à haut débit (High-Throughput Experimentation - HTE) consiste en la miniaturisation et la parallélisation de réactions chimiques à une échelle standard de 10 micromoles pour la découverte ou l’optimisation de réactions, permettant un gain de temps et d’argent considérables, tout en augmentant drastiquement le nombre de combinaisons possibles (format standard : plaque 96 puits). Inspiré de la plateforme HTE de l’Université de Pennsylvanie (Philadelphie), le CEA s’est récemment doté de l’expertise et de l’instrumentation nécessaires pour permettre le développement de nouvelles méthodologies de synthèse ainsi que la résolution de transformations chimiques difficiles. La plateforme d’expérimentation à haut débit, créée en 2021, est accessible aux utilisateurs du monde académique comme industriel.

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FOCUS PLATEFORME : Le Centre d’Exploration et de Recherche Fonctionnelle Expérimentale (CERFE), une plateforme « in vivo » originale !

FOCUS PLATEFORME : Le Centre d’Exploration et de Recherche Fonctionnelle Expérimentale (CERFE), une plateforme « in vivo » originale ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Vous avez dit CERFE ? Le CERFE ou Centre d’Exploration et de Recherche Fonctionnelle Expérimentale s’est révélé, dès l’origine de Genopole, une infrastructure commune essentielle à son développement. Premier bioparc français dédié à la génétique et aux biotechnologies pour la santé et l’environnement, Genopole devait proposer aux acteurs du site une offre de services dédiés à la production et l’évaluation in vivo de modèles murins conforme aux standards de l’industrie pharmaceutique. Établissement utilisateur de petits animaux à des fins exclusivement scientifiques (espèce : rongeur), le CERFE emploie 15 personnes. Il est fréquenté quotidiennement par 80 chercheurs, ingénieurs et techniciens. Certifié ISO 9001 depuis 2012, le CERFE accueille de nombreux projets liés au développement de biothérapies innovantes, l’un des trois axes stratégiques de Genopole. Parmi ces projets, la mise au point de vecteurs de thérapie génique pour les maladies rares, l’évaluation du potentiel de cellules souches dans le traitement de maladies monogéniques, la stimulation du système immunitaire pour la prophylaxie ou le traitement de maladies génétiques, de pathologies inflammatoires ou du cancer, la recherche de biomarqueurs et de cibles thérapeutiques... Grâce à la qualité des locaux du CERFE, à ses zones d’activité classées ISO 8 et à sa politique de biosécurité, cette plateforme présente depuis son ouverture un statut sanitaire Specific Pathogen Free (SPF) en cages individuelles ventilées et un statut Specific and opportunistic pathogen free (SOPF) sous isolateur. La zone d’élevage du CERFE héberge plus d’une centaine de lignées murines en reproduction et ses deux unités expérimentales sont équipées d’instruments d’exploration fonctionnelle mutualisés financés par le GIP Genopole. Elles ont toutes trois servi aux 49 clients, 29 laboratoires académiques et 20 sociétés (start-up, biotech, consortiums industriels), accueillis en 15 années d’exploitation.

 

Le CERFE, unité pilote de l’innovation managériale ! Dès son ouverture en 2005, le CERFE a choisi d’innover en confiant la gestion quotidienne de la partie animalerie à un contract research services de renommée mondiale : Charles River Laboratories. Cette facilité qui n’existait en France que depuis 1998 à petite échelle à la pépinière Genopole Entreprises, a permis au CERFE d’assurer une mise en route optimisée avec un personnel spécialisé. Cette innovation dite d’in sourcing s’est ensuite répandue dans le milieu des animaleries puisqu’aujourd’hui, la France comporte 33 sites en mode in sourcing, voire même 45 en comptant les surveillances des animaux les week-end et jours fériés devenues obligatoires depuis février 2013. A ce jour, seul le CERFE a mis en place un système de management de la qualité conjoint avec celui de son sous-traitant à l’appui d’un partage de responsabilité formalisé. C’est ainsi que le CERFE est certifié ISO 9001 depuis 2012 pour les activités d’« Élevage et d’exploration fonctionnelle du petit animal de laboratoire. Location de laboratoires équipés ».

 

Le CERFE, une plateforme qui a su rapidement s’adapter à la première vague d’épidémie Covid-19 ! Dès l’approche de la pandémie Covid-19 aux portes du pays en janvier 2020, le CERFE et son service qualité-sécurité-environnement (QSE) ont travaillé d’arrache-pied pour réactiver et adapter le plan de continuité d’activité (PCA) élaboré en 2008 dans le cadre de l’épidémie de grippe aviaire au virus H5N1. En février, alors que la pénurie en équipements de protection individuelle s’abat sur le pays, le CERFE est parvenu à constituer un stock de 6500 masques dont 2500 ont été livrés pour venir en aide au Centre hospitalier sud francilien. Dès le 15 mars, veille du confinement annoncé par le Président de la République, le CERFE a pris des mesures pour que sa barrière sanitaire des zones d’élevage et d’expérimentation s’étende à l’ensemble de ses services généraux et bureaux. Le CERFE est devenu ainsi un quasi « sanctuaire » pour les expérimentateurs. Alors que la primauté donnée aux projets d’études du SARS-CoV-2 a plongé certaines animaleries dans le black-out, le PCA du CERFE a permis de maintenir à flot 80% de ses activités et aucun projet ni aucune procédure expérimentale ne sont arrêtés. Le PCA du CERFE est devenu un document référent auprès de la Direction départementale de la protection des personnes de l’Essonne puis de l’ensemble du pays par le canal de l’OPAL. Il a aussi donné lieu à des publications dans des revues spécialisées, dont Gonin et al., plan de préparation à une pandémie mondiale dans les animaleries de laboratoire : l’exemple du Covid-19, Bull Acad Vét France, 2020 173-1:92-97 et Lerat et al., Pandemic preparedness in animal facilities, J Am Assoc Lab Anim Sci 2021 60:1-5.

 

Pour connaitre les modalités d’accès au CERFE, n’hésitez pas, contactez-nous !

Contact : cerfe@genopole.fr

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GENOPOLE / Centre d’Exploration et de Recherche Fonctionnelle Expérimentale. Le Centre d'exploration et de recherche fonctionnelle expérimentale (CERFE) a pour missions (1) l'élevage et l'exploration fonctionnelle du petit animal de laboratoire (rongeurs) avec la production de modèles génétiques murins et l'évaluation in vivo des phénotypes ; (2) la mise à disposition de laboratoires équipés (confinements L1A1, L2A1, L2A2) et (3) la création de modèles expérimentaux. Le CERFE dispose également d'équipements scientifiques tels qu'un générateur de rayons X pour la réalisation d'aplasies médullaires, un micro-endoscope confocal fibré, deux stations d'imagerie à luminescence et fluorescence, un échographe, etc. Le CERFE est accessible après autorisation du Ministère de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation (MESRI) sur avis favorable du Comité d'éthique de Genopole en expérimentation animale (CEEA-51).

 

A propos de Genopole. Premier biocluster français dédié à la recherche en génomique et aux biotechnologies appliquées à la santé et à l’environnement, Genopole rassemble 77 entreprises de biotechnologies, 18 laboratoires de recherche, 25 plateformes technologiques, ainsi que des formations universitaires (université d’Évry, Paris-Saclay). Son objectif : créer et soutenir des entreprises de biotechnologies et le transfert de technologies vers le secteur industriel, favoriser le développement de la recherche dans les sciences de la vie, développer des enseignements de haut niveau dans ces domaines. Situé à Évry-Courcouronnes, Genopole, est principalement soutenu par l’État, la Région Ile-de-France, le Département de l’Essonne, l’agglomération Grand Paris Sud, la Ville d’Évry-Courcouronnes et l’AFM-Téléthon.

 

Pour obtenir plus de renseignements sur les plateformes labellisées par Genopole, ainsi que sur les équipements mutualisés accessibles à la communauté scientifique francilienne, vous pouvez aussi contacter Julien Picot (Julien.Picot@genopole.fr).

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FOCUS PLATEFORME : L’Institut de Biologie Intégrative de la cellule (I2BC) : une UMR avec une offre exceptionnelle de plateformes et plateaux techniques à votre service !

FOCUS PLATEFORME : L’Institut de Biologie Intégrative de la cellule (I2BC) : une UMR avec une offre exceptionnelle de plateformes et plateaux techniques à votre service ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L'Institut de biologie intégrative de la cellule (I2BC, UMR 9198, CEA/CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette, Institut Joliot, CEA, Saclay) est une unité mixte de recherche soutenue par l'Université Paris-Saclay, le CNRS et le CEA. L'Institut accueille 63 équipes de recherche et héberge 15 plateformes technologiques et 2 plateaux techniques, répartis en 6 pôles. Cet institut est dédié à l'étude des mécanismes moléculaires de la cellule en suivant une approche de biologie intégrative. L'unité bénéficie de plateaux techniques performants, dont la plupart s'appuient sur des équipes de recherche de premier plan, ainsi que de plateformes technologiques, proposant des approches de pointe en génomique, protéomique, microscopie, biophysique et biologie structurale.

 

Ces plateformes sont certifiées par IBISA (Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie), ce qui assure un haut niveau de prestation, une ouverture nationale aux laboratoires de recherche académiques ou industriels, une démarche de R&D de qualité et un engagement dans les formations nationales. La grande majorité des plateformes de l’I2BC font aussi partie d'infrastructures nationales (FRISBI, FranceBioimaging, France Génomique et Institut Français de Bioinformatique). Les plateformes de l’I2BC travaillent en connexion étroite avec les autres plateformes de l’Université Paris-Saclay afin de proposer un ensemble complet d’instruments de pointe sur le campus.

 

Toutes ces plateformes ont aussi régulièrement pris RDV avec vous au travers de FOCUS PLATEFORME. Profitez de cette brève pour découvrir à nouveau un éclairage sur certaines de leurs expertises, des équipements et offres proposées !

 

  1. i) Pôle BIOIMAGING (IMAGERIE-GIF)

 

Plateforme de cytométrie : La puissance statistique de la cytométrie au service de l’étude de flux ioniques intracellulaires en temps réel ; Une expertise rare sur Paris-Saclay : La purification de cellules et d’organites par la technique de tri par cytométrie en flux ; Le tri cellulaire et le séquençage de cellule unique, une synergie pour mieux explorer la diversité cellulaire !

 

Plateforme d’imagerie photonique : Combiner la microscopie photonique spectrale automatisée et le machine learning au service d’un protocole d'imagerie quantitative 3D de grands volumes

 

Plateforme de microscopie électronique : La 3D à l’honneur sur la plateforme de microscopie électronique d’Imagerie-Gif !

 

  1. ii) Pôle SEQUENCING

 

Plateforme de séquençage à haut débit : La technologie de séquençage Nanopore permet de déchiffrer un génome mitochondrial servant de modèle pour des études de pathologies respiratoires

 

iii) Pôle PROTEOMICS

 

Protéomique-Gif (Service d'identification et de caractérisation des protéines par spectrométrie de masse, SICaPS) : SICaPS : Une plateforme dédiée à l’exploration des protéomes et de leurs modifications

 

  1. iv) Pôle BIOPHYSICS

 

Plateforme de résonance paramagnétique électronique (RPE) : La spectroscopie par résonance paramagnétique à basse température ? Un outil de choix pour les l’étude de la structure et des propriétés magnétiques de cytochromes !

 

Plateforme de spectroscopies électroniques : Un montage spectroscopique optique unique pour mesurer des mécanismes enzymatiques photo-induits ultra-rapides ; Quand la spectroscopie électronique contribue à la compréhension des mécanismes réactionnels impliqués dans la photoréparation de l’ADN !

 

Plateforme de spectroscopie RAMAN de résonance : Comment les ponts hydrogène modulent les transferts d’énergies photosynthétiques ? Éléments de réponse via la spectroscopie vibrationnelle !

 

Plateforme de microscopie de fluorescence à super-résolution : Vous avez dit « Microscopie de fluorescence à balayage laser à super-résolution pour échantillons biologiques fluorescents » ?

 

Plateforme de spectroscopie IRTF : La spectroscopie IRTF différentielle, un outil déterminant pour l’étude des mécanismes mis en jeu dans les réactions de photocatalyse

 

  1. v) Pôle BIOINFORMATICS

 

Plateforme de bioinformatique intégrative : La modélisation structurale pour la prédiction des interactions protéine-protéine: Comment les cellules humaines évitent les conflits entre réplication et transcription ?

 

  1. vi) Pôle STRUCTURAL BIOLOGY

 

Plateforme de cristallisation : La cristallisation de protéines ou de complexes protéine-ligand : Une étape incontournable pour la détermination de leurs structures 3D par diffraction des rayons-X

 

Plateforme de mesures d'Interactions Macromoléculaires (PIM) : La microcalorimétrie au service de l’étude des interactions moléculaires : un nouveau mode de fixation du fer par son transporteur chez la bactérie Pseudomonas aeruginosa

 

Plateforme de cryo-microscopie électronique (Cryo-EM) : Des analyses par cryo-microscopie électronique révèlent les mécanismes d’auto-assemblage de l’α-synucléine, une protéine impliquée notamment dans la maladie de Parkinson

 

Plateforme de spectroscopie RMN : La spectroscopie RMN, le couteau suisse de l’analyse des protéines et sa nouvelle lame : activités enzymatiques et modifications post-traductionnelles à l’échelle atomique

 

Plateau technique expression des protéines en cellules d'insectes : Expression de protéines et systèmes protéiques complexes : Quand les insectes volent au secours de la production de machinerie cellulaire !

 

Plateau technique Expression de protéines solubles ou membranaires en levures : L’expression et la purification d’un complexe de deux protéines transmembranaires permettent d’obtenir les premières structures à haute résolution de flippases !

 

D’autre part, l’I2BC héberge également une plateforme en dehors des 6 pôles précédents, la plateforme d'expérimentation végétale. Retrouver leur premier FOCUS PLATEFORME : Du premier phytotron français aux infrastructures d’expérimentations et de productions végétales à Gif-sur-Yvette

 

Contacts : Jean-Baptiste Charbonnier (JB.CHARBONNIER@cea.fr), Sandrine Lecart (sandrine.lecart@universite-paris-saclay.fr)

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FOCUS PLATEFORME : Plateforme de biologie structurale (Genopole) ou la combinaison d’une expertise propriétaire avec l’utilisation d’un équipement de pointe !

FOCUS PLATEFORME : Plateforme de biologie structurale (Genopole) ou la combinaison d’une expertise propriétaire avec l’utilisation d’un équipement de pointe ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Retour sur 3 publications récentes toutes issues du laboratoire Structure et Activité des Biomolécules Normales et Pathologiques (SABNP, Inserm U 1204 – Université d’Évry-Val-d’Essonne - Université Paris-Saclay) qui héberge la plateforme de biologie structurale de Genopole et qui, grâce à cette dernière, élucide trois mécanismes clés associés à des cancers et des maladies neurodégénératives, et identifie un composé aux potentielles propriétés anticancéreuses.

 

Ce triplet en terme de publications simultanées (septembre 2021 !) est le fruit d’une expertise pointue du laboratoire (MicroTubule Bench, technologie propriétaire pour l’étude de protéines se liant à l’ARN) associée à l’utilisation d’un nouvel imageur HCS (high content screening, Opera Phenix+, Perkin Elmer) de haute-résolution, cofinancé par Genopole et l’Université d’Évry-Val-d’Essonne - Université Paris-Saclay. En savoir plus sur cet équipement mutualisé ? Lisez leur précédent FOCUS PLATEFORME !). Cette technologie brevetée permet en particulier des études à grande échelle d’interactions protéines-protéines et protéines-ARN d’intérêt majeur en santé humaine. Créée par le laboratoire SABNP, elle est aujourd’hui utilisée par Synsight qui a acquis les droits de licence pour les applications industrielles.

 

Parue dans eLife (Rengifo-Gonzalez et al, eLife 2021), une étude pilotée par le Dr Ahmed Bouhss s’intéresse à la protéine TDP-43 dont des mutations sont responsables de maladies neurodégénératives comme la sclérose latérale amyotrophique et la dégénérescence lobaire frontotemporale. La protéine mutée forme des agrégats dans les cellules neuronales. Les chercheurs de SABNP ont révélé que la liaison de TDP-43 à l’ARN messager empêche son agrégation et son maintien dans un état soluble. La découverte de ce mécanisme de coopération entre la protéine TDP-43 et l’ARNm pourrait fournir des pistes pour éviter l’assemblage des agrégats ou corriger les défauts d'épissage dans les neurones de patients atteints de maladies neurodégénératives.

 

Une autre étude, parue dans Nucleic Acids Research (Budkina et al, Nucleic Acids Research 2021), fait écho à la découverte en 2019 par le laboratoire de la capacité inédite du facteur YB-1 de déroulement des ARN messagers (ARNm) en de longs filaments linéaires. Les chercheurs ont aujourd’hui démontré que cette association entre les ARNm, porteurs du message génétique, et YB-1 facilite leur lecture par la machinerie cellulaire et la traduction du message en protéines. Ce mécanisme participerait notamment à la résistance des cellules cancéreuses en favorisant la synthèse protéique dans ces cellules malgré les conditions de stress (stress oxydatif, hypoxie, chimiothérapie).

 

Enfin, dans une étude publiée par le laboratoire dans The FEBS Journal (Kobayashi et al, FEBS 2021), l’équipe d’Alexandre Maucuer (lauréat 2014 du programme ATIGE de Genopole) s’intéresse à une piste thérapeutique pour des cancers du sang et certaines tumeurs solides, dus à des phénomènes aberrants d’épissage. En conditions normales, les facteurs dits « d’épissage » opèrent des coupures de l’ARN en des sites spécifiques, afin de produire un ARN messager fonctionnel. Des mutations de ces facteurs peuvent dérégler le mécanisme et conduire à la cancérogenèse. L’équipe du laboratoire SABNP a mis au point un test in vitro de criblage des composés ciblant l’épissage dans les cellules cancéreuses. Les chercheurs ont ainsi identifié une molécule aux propriétés anticancéreuses potentielles, ciblant un domaine dit « UHM ».

 

Ces résultats démontrent que l’approche développée par le laboratoire SABNP, alliée à sa technologie MicroTubule Bench et l’imagerie de haute résolution, apporte des réponses sur des mécanismes clés de la cellule impliqués dans des pathologies majeures.

 

Pour connaitre les modalités d’accès à la plateforme de Biologie structurale, n’hésitez pas, contactez-nous !

 

Contact : Julien Picot (Julien.Picot@genopole.fr)

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GENOPOLE / Plateforme de biologie structurale. La plateforme de biologie structurale offre des équipements de pointe et l’expertise associée en spectroscopie RMN et en microscopie à force atomique. Concernant la spectroscopie RMN, les domaines d’activités sont d’une part l’analyse de la structure de protéines en solution, leur repliement, leur stabilité et leur dynamique en solution, d’autre part l’analyse des interactions ligand-protéine, protéine-protéine et protéine-acides nucléiques. Concernant la microscopie à force atomique, les domaines d’activités sont la caractérisation d’objets biologiques à l’échelle nanométrique, l’observation à l’air ou en milieu liquide de molécules uniques (ADN ou protéines), et l’étude de la formation de complexes ADN-ligands, protéine-protéine et microtubules-partenaires. Enfin, une partie de l’activité de la plate-forme concerne la modélisation de la dynamique moléculaire. La plate-forme de Biologie structurale fait partie de l’infrastructure nationale FRISBI.

 

A propos de Genopole. Premier biocluster français dédié à la recherche en génomique et aux biotechnologies appliquées à la santé et à l’environnement, Genopole rassemble 77 entreprises de biotechnologies, 18 laboratoires de recherche, 26 plateformes technologiques, ainsi que des formations universitaires (université d’Évry, Paris-Saclay). Son objectif : créer et soutenir des entreprises de biotechnologies et le transfert de technologies vers le secteur industriel, favoriser le développement de la recherche dans les sciences de la vie, développer des enseignements de haut niveau dans ces domaines. Situé à Évry-Courcouronnes, Genopole, est principalement soutenu par l’État, la Région Ile-de-France, le Département de l’Essonne, l’agglomération Grand Paris Sud, la Ville d’Évry-Courcouronnes et l’AFM-Téléthon.

 

Pour obtenir plus de renseignements sur les plateformes labellisées par Genopole, ainsi que sur les équipements mutualisés accessibles à la communauté scientifique francilienne, vous pouvez aussi contacter Julien Picot (Julien.Picot@genopole.fr).

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FOCUS PLATEFORME : IBiSA : Résultats de l’appel d’offres « Plateforme 2021 » et lancement de l’édition 2022 : deadline courte !

FOCUS PLATEFORME : IBiSA : Résultats de l’appel d’offres « Plateforme 2021 » et lancement de l’édition 2022 : deadline courte ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Lancement de l’appel d’offres « Plateformes » IBiSA 2022. Ce nouvel appel d’offre s’adresse d’une part à toutes les plateformes répertoriées dans l’annuaire IBiSA à jour sur leurs précédents contrats IBISA (financements dépensés ou engagés à la date de la tenue du comité directeur). Les plateformes ayant obtenu un financement à l’appel d’offres 2021 ne sont pas éligibles. Il s’adresse aussi à toute plateforme souhaitant obtenir une labélisation IBiSA !

 

Bilan de l’appel d’offres « Plateformes » IBiSA 2021. 74 structures se sont portées candidates à la dernière édition de l’appel d’offre Plateformes. Pour répondre à de très nombreuses demandes de financement, le GIS a reçu une subvention exceptionnelle du Ministère. Il a finalement attribué 15 labels IBiSA, 11 labels à 2 ans et 3 463 000 € à des plateformes labellisées dans 12 domaines en sciences du vivant.

 

Vous souhaitez recevoir la newsletter publiée par IBiSA chaque trimestre ? Inscrivez-vous !

 

Vous souhaitez connaitre les plateformes de l’écosystème Paris-Saclay labélisées IBiSA ? Vous avez besoin d'un équipement de pointe ou des compétences d'une plateforme en sciences du vivant pour faire progresser vos travaux de recherche ? L'annuaire IBiSA vous aide à identifier les structures appropriées sur le territoire national !

 

Vous souhaitez découvrir le potentiel complet de Paris-Saclay en terme de plateformes ? l’interface Plug In Labs Université Paris-Saclay recense et rend visible plus de 200 plateformes du domaine Sciences de la Vie - des plateaux techniques, des plateformes technologiques, des infrastructures d’expérimentation, mais aussi des collections - en d’autres termes, des espaces de laboratoires dotés d’équipements – souvent uniques – ou de banques de ressources, associés à un fort potentiel humain, les opérant et les maintenant au meilleur niveau technologique.

 

A propos d’IBISA. Le GIS IBiSA coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux infrastructures de biologie, santé et agronomie. Placé sous la tutelle du CEA, du CNRS, de l'INRAE, de l'Inria, de l'Inserm, de l’INCa, de la CPU et du Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation (MESRI), il est l’unique instrument de financement commun à l’ensemble des établissements en sciences du vivant, Grâce à deux appels d’offres dédiés, les plateformes et centres de ressources biologiques (CRB) peuvent candidater à la labellisation IBiSA et accéder à des financements conséquents pour des investissements jugés nécessaires à leurs missions. Le GIS conditionne son soutien à une ouverture large à la communauté scientifique. Il encourage également la création de structures de pilotage, concertation et coopération, l'animation de réseaux thématiques, et accompagne les démarches qualité en vue de la structuration et certification des plateformes.

 

A propos de Plug In Labs Université Paris-Saclay. Plug In Labs Université Paris-Saclay ou PILUPS pour les intimes, est le portail numérique unique retenu par l’Université Paris-Saclay pour la mise en valeur et promotions des compétences, expertises et technologies des laboratoires et plateformes technologiques de son territoire ! Piloté par l’Université Paris-Saclay et la SATT Paris-Saclay, financé par l’IDEX et le Fonds national de valorisation, PILUPS est accessible à tous depuis 2017, partenaire académique comme entreprise, en particulier les PME. Un seul site web : https://www.pluginlabs-universiteparissaclay.fr.

 

Et une seule adresse mail : pluginlabs@universite-paris-saclay.fr.

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FOCUS PLATEFORME : La spectroscopie par résonance paramagnétique à basse température ? Un outil de choix pour l’étude de la structure et des propriétés magnétiques de cytochromes !

FOCUS PLATEFORME : La spectroscopie par résonance paramagnétique à basse température ? Un outil de choix pour l’étude de la structure et des propriétés magnétiques de cytochromes ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La plateforme de résonance paramagnétique électronique (RPE) collabore avec plusieurs équipes de recherche académiques au niveau national et à l’international et fait partie du pôle des plateformes de Biophysique de l’Institut de Biologie intégrative de la Cellule (I2BC CEA/CNRS/UPSaclay, Gif-sur-Yvette). La plateforme comprend quatre spectromètres RPE type X-band, adaptés aux mesures à température basse (4-50 K) comme à température ambiante. Cette plateforme RPE est dédiée à l’étude, la détection et à l’identification des centres paramagnétiques (qui possèdent un électron de valence non apparié) dans des protéines isolées, des mélanges d'échantillons complexes ainsi que dans des cellules entières. On peut étudier la cinétique de formation des radicaux transitoires (pour des t1/2>1ms) et étudier la structure électronique des cofacteurs métalliques dans les protéines. De plus, la plateforme dispose d'un set-up unique, le couplage d’un laser avec le spectromètre, qui permet d’étudier les changements induits par la lumière dans des systèmes photo-inductibles.

 

Un exemple d’étude marquant, les protéines à hème : Les hémoprotéines constituent une très grande classe de métalloprotéines qui abritent un ou plusieurs hèmes (Suga et al., 2013, Chen et al., 2019). Les hémoprotéines ont d’importantes fonctions physiologiques dans le monde du vivant : la plus connue est le transporteur d’oxygène (hémoglobine), mais elles sont aussi impliquées dans des transferts d’électrons dans plusieurs métabolismes énergétiques au niveau cellulaire. Le groupe hémique est constitué d'un cation, Fe2+ ou Fe3+, lié au centre d'un cycle de porphyrine par l’intermédiaire des quatre atomes d'azote de la porphyrine, laissant deux positions de coordination axiale du fer disponibles pour la liaison avec la protéine ou des petites molécules. La spectroscopie RPE permet de déterminer la nature et la géométrie des ligands axiaux qui peut expliquer la fonction physiologique de la protéine. Un hème de type b (cyt b-559) et 2 hèmes de type c (cyt c-550 et PsbV2) sont présents dans le Photosystème II (PSII) des cyanobactéries. Le PSII est une enzyme de la chaine de transport des électrons photosynthétiques et il est le seul catalyseur qui utilise l’énergie solaire pour une oxydation efficace de l’eau.

 

Une application choisie : La plateforme de résonance paramagnétique électronique (RPE) en collaboration avec le groupe du Professeur Shen (Université de Okayama, Japon), a montré que PsbV2 possède une rare ligation axiale de l'hème qui est de type His/Cys (Cheryl et al., 2003, Suga et al., 2013). Celle-ci est en contraste avec les plus communes ligations axiales des hèmes qui sont His/His et His/Met. La figure ci-dessus montre comme le spectre RPE de PsbV2 est différent de celui du cyt c-550 qui possède une ligation axiale de l’hème commune de type His/His.

 

L’histoire ne s’arrête pas là… car récemment, une autre protéine avec la ligation His-Cys a été trouvée associée au PSII des cyanobactéries nommée Tll0287 (Motomura et al., 2017). Actuellement, nous continuons l’étude structurale et fonctionnelle de cette nouvelle hémoprotéine associée au processus photosynthétique.

 

La Plateforme de résonance paramagnétique électronique (RPE) a fourni une contribution fondamentale dans la description et l’indentification de ces hémoprotéines et continuera à nous en apprendre davantage sur leur fonction qui reste essentiellement inconnue.

 

Contacts : Tania Tibiletti (tania.tibiletti@cea.fr), Alain Boussac (alain.boussac@cea.fr)

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I2BC / Plateforme de résonance paramagnétique électronique (RPE). La Résonance Paramagnétique Electronique (RPE) est la seule méthode de détection directe d'espèces paramagnétiques. Les applications de la spectroscopie RPE sont diverses comme le contrôle qualité ou la recherche moléculaire dans la biologie structurale, les matériaux et la physique quantique. La RPE permet la détection, l'identification et la quantification des métaux de transitions dans les états redox paramagnétiques (Mn, Fe, Cu, Co, Ni, etc), des espèces radicalaires et des états triplets. Elle est applicable à des mesures sur cellules entières et par des techniques de spin-trap elle permet la détection de ROS. A titre d'exemples, les expériences RPE ont produit des résultats très intéressants dans le domaine des structures des métalloprotéines, de leur fonctionnement par identification d'intermédiaires réactionnels comme par exemple pour les complexes photosynthétiques, les catalases/peroxydases, les protéines fer-soufre, les NO-synthases, les hémoprotéines, etc. Le parc des spectromètres RPE comprend 4 appareils en bande X dont un en mode pulsé. Les mesures se font en général à la température de l'hélium liquide mais un spectromètre est dédié aux mesures à températures ambiantes. Les mesures photo-cinétiques (t1/2 > à 1 ms) sont possibles grâce à la possibilité d'éclairer les échantillons par un laser Nd:YAG à 532 nm. La plateforme comprend également deux spectromètres fonctionnant dans la bande W permettant une très haute résolution spectrale et des mesures d'ENDOR pulsée, entre autres, permettant d'accéder à l'environnement des espèces paramagnétiques. Cette plateforme fait partie du pôle des plateformes de Biophysique de l'I2BC qui comprend les plateformes de RPE, FTIR, Résonance Raman, Spectroscopies Electroniques et Microscopie de fluorescence à super-résolution.

 

A propos de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC - UMR 9198). L’I2BC est une Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay), constituée de 70 équipes de recherches et 15 plateformes technologiques, provenant de 8 unités de recherches (CGM, IBBMC, IGM, ISV, LEBS, VMS, SB2SM, SBiGeM). L’institut est réparti sur 3 sites de recherche (Campus d’Orsay Vallée de l’Université Paris-Saclay, Campus du CNRS de Gif sur Yvette et Campus du CEA / Centre de Saclay) au sein de 14 bâtiments jusqu’au rassemblement programmé fin 2021 sur le campus du CNRS de Gif-sur-Yvette.

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FOCUS PLATEFORME : Le tri cellulaire et le séquençage de cellule unique, une synergie pour mieux explorer la diversité cellulaire !

FOCUS PLATEFORME : Le tri cellulaire et le séquençage de cellule unique, une synergie pour mieux explorer la diversité cellulaire ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

… ou comment des plateformes  - plateforme de cytométrie et plateforme de séquençage à haut débit de l’I2BC (Institut de Biologie Intégrative de la Cellule, UMR 9198) - peuvent conjuguer leur expertises …

 

Le séquençage de cellule unique donne la possibilité d’étudier le transcriptome, c.à.d. le niveau d’expression des gènes à l’échelle d’une seule cellule. Cette technologie appliquée à l’ensemble des cellules d’un tissu permet d’identifier les différents types cellulaires qui le composent et ainsi d’en étudier l’hétérogénéité, les différentes sous-populations, leur stade et leur dynamique de différenciation, et éventuellement de découvrir de nouveaux types cellulaires.

 

La méthode développée par la société 10X Genomics et utilisée par la plateforme de séquençage à haut débit de l’I2BC permet d’étudier simultanément de 500 à 10 000 cellules lors d’une même expérience. Une des limitations de la méthode est la disponibilité du matériel dans le cas d’étude de population de cellules rares. Combiner le tri cellulaire par cytométrie, tel que pratiqué sur la plateforme de cytométrie de l’I2BC, au séquençage de cellule unique pourrait permettre de répondre à cette problématique ! C’est ce que nous démontre la récente collaboration entre plateformes de l’I2BC (Yan Jaszczyszyn, Mickael Bourge), TEFOR Paris-Saclay (Jean-Stéphane Joly) et l’unité INRAe VIM (Pierre Boudinot, Luc Jouneau), visant à identifier et séquencer le transcriptome de cellules rares impliquées dans la régénération de tissus.

 

Une lignée transgénique stable chez le poisson-zèbre présente une population de cellules exprimant la GFP sous le contrôle d’un promoteur spécifique (Pdgfrβ). Après une lésion localisée d’une région du cerveau au moyen d’un laser, cette lésion est colonisée par les cellules exprimant la GFP (Fig. A), qui vont participer à la régénération de la blessure. Dans le but de mieux caractériser ces cellules, nous avons mené une étude transcriptomique. La population de ces cellules exprimant la GFP étant rare (de l’ordre de 1% des cellules dans la zone du cerveau disséquée), nous avons procédé au tri cellulaire après dissociation des cellules (Fig. B). L’ajout d’un second marqueur (DAPI) a permis d’écarter les cellules mortes, et de ne trier que les cellules GFP vivantes (Fig. C). Après enrichissement par cytométrie (Fig. D, tri de 12 000 cellules avec ~45% de cellules GFP), les ADNc ont été directement préparés à partir de la suspension cellulaire ainsi obtenue, puis séquencés par la méthode Illumina (Fig. E). Après analyse du transcriptome, la proportion finale de cellules dans lesquelles la GFP est détectée s’élève à 25%, soit un enrichissement de 25 fois. Nous avons ainsi mis en évidence plusieurs sous-populations GFP (Fig. F) dont une en particulier, qui présente des marqueurs des cellules arachnoïdes conservés entre le poisson-zèbre, la souris et l’Homme, et qui pourront faire l’objet d’études plus approfondies.

 

Contact Plateforme de cytométrie : Mickael Bourge (mickael.bourge@i2bc.paris-saclay.fr)

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Aussi, le 20 septembre 2020, la plateforme de cytométrie publiait son premier un Scoop-it® / FOCUS PLATEFORME : La puissance statistique de la cytométrie au service de l’étude de flux ioniques intracellulaires en temps réel. Le lire à nouveau ? Le 5 juillet 2021, un deuxième un Scoop-it® / FOCUS PLATEFORME paraissait : Une expertise rare sur Paris-Saclay : La purification de cellules et d’organites par la technique de tri par cytométrie en flux. Le relire à nouveau ?

 

I2BC / Plateforme de cytométrie (I2BC - plateformes IMAGERIE-GIF). Plus de 25 ans de service ! la plateforme réalise environ 300 prestations par an pour des groupes de recherche appartenant à différents organismes académiques ou sociétés privées. Les publications du service traduisent les nombreuses collaborations développées avec les différents instituts de la communauté Paris-Saclay ainsi qu’avec d’autres partenaires tels que l’INRAe, l’INSERM, l’IRD, le CIRAD, des universités françaises et étrangères. Son expérience polyvalente et son expertise en sondes fluorescentes permettent d’adapter la cytométrie à des projets très divers. Son partenariat avec SPS (Labex Saclay Plant Sciences) contribue à une activité importante dans le domaine de la biologie végétale. La plateforme de cytométrie en flux propose la mesure de fluorescence d'un ou plusieurs (> 10) fluorochromes simultanément, cellule par cellule. Cette technologie permet d'étudier: i) le dosage de la quantité d’ADN nucléaire en vue de l’étude de cycles cellulaires et d’endoréplication, ii) le dosage d’ADN à des fins de recherche en écologie et systématique, et d’amélioration des variétés (analyse de ploïdies), iii) le suivi de l’activité génique par l’expression d’un ou plusieurs gènes rapporteurs (tels que celui de la "Green Fluorescent Protein"-GFP et autres protéines fluorescentes), iv) des mesures d’activités métaboliques de la cellule (biosenseurs): dosage de calcium, pH, potentiel membranaire, poussées oxydatives, glutathion..., v) des analyses immunologiques, vi) le tri de cellules animales, de levures, de bactéries, de protoplastes et d’organites cellulaires.

 

Contact Plateforme de séquençage à haut débit : (i2bc-sequencage@i2bc.paris-saclay.fr)

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Twitter Plateforme de Séquençage : https://twitter.com/PFNGS_I2BC

 

Aussi, le 07 juillet 2019, la plateforme de séquençage à haut débit publiait son premier un Scoop-it® / FOCUS PLATEFORME : La technologie de séquençage Nanopore permet de déchiffrer un génome mitochondrial servant de modèle pour des études de pathologies respiratoires. Le lire à nouveau ?

 

I2BC / Plateforme de séquençage à haut débit. Depuis sa création en 2010, la plateforme de séquençage à haut débit de l’I2BC a pour mission d’offrir à l’ensemble de la communauté scientifique des activités de service et de soutien à la recherche dans le domaine du séquençage à haut débit et de ses applications. La plateforme possède deux NextSeq 500/550 d’Illumina, utilisés en particulier pour le séquençage des projets en cellule unique réalisés sur le Chromium Controler de 10X Genomics. Elle possède également un séquenceur Oxford Nanopore Technologie (ONT) GridION permettant le séquençage direct de fragments d’ADN et d’ARN de plusieurs dizaines de kilobases. Ces instruments sont utilisés pour les activités de prestations aussi bien que pour les activités de R&D. La plateforme prend en charge l’intégralité des prestations de séquençage, de la préparation des librairies à l’analyse bioinformatique. Elle propose à ses utilisateurs une large gamme de techniques pour la préparation de banques ADN et ARN et leur séquençage sur des machines Illumina ou ONT. Les analyses bioinformatiques incluent entre autres l'assemblage hybride de génomes, les analyses différentielles, la détection de variants. D'autres protocoles et analyses à façon peuvent être définis en accord avec les utilisateurs au début de chaque projet. En 2020, la plateforme a réalisé près de 170 prestations, représentant plus de 1500 échantillons traités pour 81 équipes de recherche. La plateforme mène aussi des projets collaboratifs de R&D autour i) des protocoles spécialisés pour l’analyse des petits ARNs, ii) des lectures longues ONT et de la détection de modifications par séquençage direct de l’ARN et l’ADN et iii) des protocoles complexes en cellule unique par la technologie 10X Genomics.

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FOCUS PLATEFORME : Le soufflage de verre et la science, une histoire d’alchimie et une plateforme vraiment unique sur le territoire Paris-Saclay !

FOCUS PLATEFORME : Le soufflage de verre et la science, une histoire d’alchimie et une plateforme vraiment unique sur le territoire Paris-Saclay ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Vous avez dit soufflage de verre ? La verrerie scientifique soufflée au chalumeau est sans doute l’une des branches la plus méconnue de l’industrie du verre. Pourtant, le verre, la médecine et la science font bon ménage depuis plusieurs siècles. Les premières cornues de distillation ont été fabriquées par des alchimistes arabes en l’an 800. Depuis le 19ème siècle, les techniques de soufflage de verre ont alimenté l'économie de la technologie, contribué à l'amélioration de la santé humaine ainsi qu’à la recherche de pointe. Les radars, la radiographie, la radiodiffusion puis la télévision, les premiers calculateurs et les appareils de recherche scientifiques, la physique, la pétrochimie, les techniques du vide ont utilisé et utilisent encore des éléments fabriqués par des souffleurs de verre au chalumeau.

 

Une expertise unique sur le territoire Paris-Saclay, porté par une UMS ! La plateforme Verrerie Scientifique et Technique (VERRE SCIEN-TECH) est en effet l’une des 11 plateformes de l’UMS IPSIT (Ingénierie et Plateformes au Service de l’Innovation Thérapeutique) et propose dans son atelier l'étude, la conception et la réalisation d’appareils en verre et matériaux assimilés à usage scientifique et à destination de la recherche et de l’enseignement. Elle offre également une expertise dans le domaine des produits verriers. A sa tête, Stéphane Louis, double lauréat du concours des Meilleurs Ouvriers de France : Verrerie Scientifique en 2011, et Verrerie d’Art en 2015 !

 

Une activité rare et précieuse, de la conception à la fabrication sur mesure ! Au sein de cette plateforme technique sont produits des prototypes, des pièces uniques ou de petites séries de fabrication spéciale pour les unités de recherche qui utilisent le verre et ses dérivés dans leurs travaux. Cette proche collaboration avec les utilisateurs est appréciée et participe directement à la recherche et aux expérimentations nouvelles. La plateforme est pourvue de différents outils et machines spécifiques au travail du verre, des chalumeaux, un tour, des machines de travail à froid et des outils de mesure et de contrôle. La plateforme continue d'évoluer dans un groupe de professionnels hautement spécialisés, capables d'adaptation aux industries nouvelles et à la recherche.

 

Comme l’ont écrit Diderot et d’Alembert dans l’Encyclopédie ou Dictionnaire raisonné des sciences, des arts et des métiers : « Ce qu’il y a de certain, c’est que la chimie n’a point fait de découverte depuis celle des métaux, plus merveilleuse et plus utile que la découverte du verre ».

 

N’hésitez pas à nous contacter !

Contact : stephane.louis@universite-paris-saclay.fr

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IPSIT / Verre SCIEN-TECH. La plateforme Verre Scien-Tech est située sur le site de la Faculté de Pharmacie de Châtenay-Malabry. Ses principales missions sont la Conception, la Fabrication et la Réparation d'appareils en verre et matériaux assimilés à usage scientifique à destination de la recherche et de l'enseignement ainsi que l'Expertise dans le domaine des produits verriers.

 

A propos d’IPSIT. IPSIT (Ingénierie et Plateformes au Service de l’Innovation Thérapeutique) est une Unité Mixte de Service placée sous les tutelles conjointes de l’UPSaclay (UMS-IPSIT), l’Inserm (US31) et le CNRS (UAR3679). L’IPSIT regroupe 11 plateformes techniques, organisées en trois pôles technologiques (IMCELLF, OMICS et INTERACTIONS) et trois plateformes transverses. L’IPSIT se veut résolument à l’interface de la chimie, de la biologie et de la clinique en établissant le lien entre la cible pathologique et le médicament. L’IPSIT est adossée à une Structure Fédérative de Recherche (SFR) qui rassemble l’UMS-et 25 équipes de recherche. Enfin, IPSIT participe à l’animation scientifique et à la formation des étudiants et des personnels tout en contribuant au rapprochement d’équipes d’horizons différents et à la transdisciplinarité des collaborations.

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FOCUS PLATEFORME : Regarder par RMN les protéines membranaires et lipides sous pression ? Un excellent moyen pour comprendre leurs interactions réciproques dans une membrane!

FOCUS PLATEFORME : Regarder par RMN les protéines membranaires et lipides sous pression ? Un excellent moyen pour comprendre leurs interactions réciproques dans une membrane! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La pression hydrostatique est un paramètre thermodynamique extrêmement utile pour sonder les propriétés structurales des biomolécules. Indispensable pour évaluer le fonctionnement « normal » des biomolécules issues d’organismes vivant aux fonds des océans (jusqu’à 1200 bar aux fonds de la fosse des Mariannes), la pression permet aussi pour les biomolécules d’organismes vivant à pression atmosphérique, de mettre en évidence des états conformationnels trop faiblement peuplés pour être directement observables. En effet, des états structuraux peuvent être stabilisés sous pression, si tant est que leur volume global est plus faible.

 

La Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) donne accès à quantité d’informations structurales et dynamiques sur les biomolécules, au niveau atomique et sur une gamme de temps extrêmement large. Aussi le couplage RMN – haute pression (HP-RMN) permet classiquement de caractériser la dynamique et comprendre le mécanisme de repliement des protéines hydrosolubles. Compte tenu de son intérêt, le système HP-RMN a été installé en 2014 sur la plateforme RMN de l’ICSN (voir figure).

 

Le système HP-RMN a été utilisé pour développer une innovation majeure publiée dans Nature Communications (Pozza et al., Nature Comm 2022) et inaugurant le champ d’application de la pression aux protéines membranaires et aux lipides qui les entourent dans une bicouche membranaire. En effet, malgré les immenses progrès effectués sur la caractérisation de la structure 3D des protéines membranaires d’une part, et des bicouches lipidiques d’une autre part, les effets réciproques de l’une sur l’autre restent encore un grand mystère. Pourtant, ces interactions sont fondamentales pour comprendre le fonctionnement (patho)physiologique des membranes cellulaires. En considérant qu’une protéine n’aura d’effet que sur les lipides spatialement les plus proches, une difficulté technique majeure a été d’arriver à séparer les premières couronnes lipidiques entourant la protéine des lipides plus lointains.

 

Grâce à l’expertise unique en biochimie de nos collaborateurs à l’IBPC à Paris (A. Pozza / L. Catoire, Laboratoire de Biologie Physico-Chimique des Protéines Membranaires, UMR 7099, CNRS/Université de Paris, Institut de Biologie Physico-Chimique (FRC 550), 75005 Paris), nous avons pu résoudre toutes ces difficultés en exploitant des nanoparticules lipidiques nanométriques (nanodisques de ~10 nm) reconstituées et de composition parfaitement contrôlée en lipide (DMPC, POPC, cholestérol) et en protéine (ici une porine bactérienne et un récepteur couplé aux protéine G (RCPG) humain) permettant ainsi de ne garder qu’un nombre limité de lipides (~100) autour de la protéine. Nous avons pu ainsi suivre simultanément, par RMN, le comportement dynamique des lipides et de la protéine en faisant varier la pression de 1 à 2500 bar. Il est apparu que la présence de la protéine empêche considérablement la rigidification de la bicouche induite par la pression. Cette observation pourrait révéler un mécanisme par lequel les protéines membranaires contribueraient à préserver la fluidité membranaire, propriété indispensable à son bon fonctionnement. Si la porine, de structure très rigide, est relativement peu sensible à l’application de pression, le RCPG, qui explore de multiples états conformationnels en lien direct avec son degré d’activation, est, quant à lui très sensible à la pression. Non seulement la conformation dite pré-active est déstabilisée mais une modification majeure du comportement dynamique global de la protéine a été observée sous pression, révélée par une augmentation considérable du signal RMN (x5).

 

S’il nous reste encore à caractériser finement la nouvelle dynamique et à définir le rôle des lipides dans cet effet, les verrous principaux ouvrant le champ des études sous pression de protéines membranaires à très hautes résolutions spatiale et temporelle ont été levés, ce qui va nous permettre de continuer à creuser le lien entre dynamique des lipides et des protéines dans les bicouches membranaires. En savoir plus ? Pozza et al., Nature Comm 2022

 

Contact : laurent.catoire@ibpc.fr ; ewen.lescop@cnrs.fr

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ICSN / Plateforme de RMN. L'Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN) possède une expertise unique en spectroscopie RMN pour des applications en chimie, en biologie et en biologie structurale en s'appuyant sur un parc d'instrumental unique de dix spectromètres RMN Bruker. Le service RMN est dédié aux petites molécules et aux produits naturels et possède une expérience de plus de 30 années pour la détermination de structure primaire et tertiaire, la caractérisation de la dynamique moléculaire, l'étude d'interaction et de complexes moléculaires et la caractérisation structurale à moyen débit sur passeur d'échantillons. Il est équipé de cinq spectromètres Avance Bruker : deux 300 MHz, deux 500 MHz et un 600 MHz. La plateforme RMN haut champ est dédiée en grande partie aux applications en biologie structurale et aux cas difficiles de chimie analytique en phase liquide et solide et est dotée de cinq spectromètres: deux 600 MHz, un 700 MHz, 800 MHz et 950 MHz. Un des spectromètres 600 MHz est équipé d'un passeur d'échantillon réfrigéré, d'une cryosonde TCI et d'une cryosonde QCI (19F, 1H, 13C, 15N). Le spectromètre 700MHz est équipé d'une cryosonde TXO optimisée pour la détection 13C. Les spectromètres 800 MHz et 950 MHz sont équipés de cryosonde TCI. Un équipement de mise en pression d'échantillon est aussi disponible. Labélisée IBiSA, la plateforme haut champ est notamment accessible au travers des infrastructures nationales Infranalytics et FRISBI.

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FOCUS PLATEFORME : Vers une symbiose entre exosquelette et humain : étude du contrôle moteur humain en interaction avec un exosquelette robotisé du membre supérieur

FOCUS PLATEFORME : Vers une symbiose entre exosquelette et humain : étude du contrôle moteur humain en interaction avec un exosquelette robotisé du membre supérieur | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

CIAMS / plateforme Bernstein est l’une des cinq plateformes technologiques opérées par le laboratoire Complexité, Innovations, Activités Motrices et Sportives (CIAMS – Université Paris-Saclay et Université d’Orléans). Un de ses objectifs ? Améliorer nos connaissances sur l’interaction humain-exosquelette.

 

L’utilisation des exosquelettes est prometteuse dans les champs de l’ergonomie et de la santé, que ce soit pour prévenir les troubles musculo-squelettiques chez le travailleur ou pour compenser les déficits moteurs chez certains patients. En particulier, les exosquelettes actifs (c’est-à-dire motorisés) peuvent fournir un moyen d’assister les mouvements d’un utilisateur avec tous les avantages offerts par la robotique : répétabilité, précision et adaptabilité.

 

La plateforme héberge un robot exosquelette du membre supérieur nommé ABLE présentant un intérêt pour toutes les applications d’assistance liées à la manipulation d’objets et au port de charge, que ce soit dans un contexte clinique ou industriel. Au-delà des défis technologiques inhérents à ce type d’appareil (actionneurs, poids élevé, source d’énergie…), un problème fondamental qui limite encore l’usage des exosquelettes actifs sur le terrain est lié à notre manque de compréhension du contrôle moteur humain. En effet, être capable de mieux anticiper l’intention de l’utilisateur et de prédire son comportement moteur est nécessaire pour développer des lois de contrôle efficientes et génériques. Mieux comprendre comment et pourquoi l’humain adapte ses mouvements lorsqu’il porte un exosquelette actif de membre supérieur s’inscrit donc dans une boucle vertueuse qui débouchera à terme sur des exosquelettes plus utiles et plus intuitifs pour l’utilisateur.

 

Ces travaux sont actuellement développés au sein du projet EXOMAN, financé par l’ANR et coordonné par le professeur Bastien Berret. Ils ont déjà donné lieu à plusieurs publications qui traitent à la fois de questions fondamentales en sciences du mouvement humain et de questions appliquées à l’ergonomie et à la commande des exosquelettes. En savoir plus ? Verdel et al., Frontiers in Bioengineering and Biotechnology 2021, Verdel et al., Robotica 2021.

 

Contacts : Bastien Berret (bastien.berret@universite-paris-saclay.fr) ; Nicolas Vignais (nicolas.vignais@universite-paris-saclay.fr) ; Caroline Teulier (caroline.teulier@universite-paris-saclay.fr) ; Jean Jeuvrey (jean.jeuvrey@universite-paris-saclay.fr)

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CIAMS / plateforme Bernstein. La plateforme permet l’analyse du mouvement aux niveaux cinématique, dynamique et électromyographique (EMG). Les outils dédiés à cette plateforme sont : un exosquelette actif de membre supérieur (4 degrés de liberté : épaule et coude, Haption), un système optoélectronique (Qualisys) et des capteurs de force (3 axes et 6 axes). D'autres outils de mesure ambulatoire peuvent être utilisés : électrogoniomètres (Biometrics), centrales inertielles (XSens), systèmes EMG (Biometrics, Cometa, Delsys), plateforme de podométrie et posturographie (Fusyo), cellules optiques (Optogait), isocinétisme (Biodex), tapis à capteurs de pression (Tekscan), tapis roulant.

 

A propos du CIAMS. Le CIAMS est un laboratoire multidisciplinaire (SDV et SHS) en sciences du mouvement et facteurs humains. Il contribue notamment au réseau Neurosciences, Mouvement, Handicap des unités de recherche en Sciences de la Vie de l'Université Paris-Saclay. Le CIAMS est un membre fondateur de la Fédération Demenÿ-Vaucanson (FéDeV), une Structure Fédérative de Recherche impliquant une quinzaine d’unités de recherche, dont la mission est de structurer la communauté scientifique de Paris-Saclay dans le domaine des sciences du mouvement.

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FOCUS PLATEFORME : Double victoire pour la plateforme d’imagerie - cytométrie de Généthon (réseau OCCIGEN) : obtention du label IBiSA et intégration dans France BioImaging !

FOCUS PLATEFORME : Double victoire pour la plateforme d’imagerie - cytométrie de Généthon (réseau OCCIGEN) : obtention du label IBiSA et intégration dans France BioImaging ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le réseau de plateformes OCCIGEN (pour Organization of Cytometry and Cellular Imaging of GENopole) est le regroupement sous une identité unique de plusieurs plateformes d’imagerie et de cytométrie installées sur le biocluster Genopole. Ces plateformes dont les tutelles sont différentes se retrouvent autour de trois expertises principales : i) imagerie (microscopie de super-résolution, microscopie à feuillet de lumière, microscopie confocale, microscopie spectrale, microscopie time-lapse longue durée, scanner de lames, échographie morphologique et fonctionnelle, analyses morphométriques) ; ii) cytométrie en flux (analyses cellulaires et moléculaires, analyses spectrales, analyses d’images en flux) et iii) tri et clonage cellulaire à haute vitesse.

 

Le noyau principal d’OCCIGEN est sans nul doute la plateforme d’imagerie - cytométrie de Généthon (ImCy). Cette dernière, reconnue depuis plus de 15 ans pour son expertise dans l’évaluation des médicaments de thérapies innovantes (thérapies génique et cellulaire) sur des modèles murins de maladies génétiques rares (en particulier neuromusculaires) vient de décrocher sa labellisation auprès du GIS IBiSA. Pour rappel, ce GIS a pour mission de soutenir les plateformes en biologie, santé et agronomie, ouvertes à la communauté scientifique locale, régionale et nationale, et les accompagne également vers la certification de la qualité. Sur ce sujet, la plateforme d’imagerie – cytométrie de Généthon prévoit d’obtenir la certification ISO 9001 courant 2022, permettant ainsi de mieux répondre aux exigences de certaines sociétés clientes.

 

De plus, grâce à ses thématiques innovantes, à ses équipements à la pointe de la technologie et à son expertise dans le traitement des données, la plateforme d’imagerie - cytométrie de Généthon vient de rejoindre le nœud Ile-de-France Sud de l’infrastructure nationale France-BioImaging, infrastructure qui fédère maintenant 24 plateformes scientifiques et 30 équipes de recherches associées dans le but de faciliter l’accès aux technologies d’imagerie innovantes. Déjà investis dans plusieurs groupes de travail de France-BioImaging, les membres de la plateforme sont force de proposition sur l’analyse d’images par intelligence artificielle et sur l’imagerie et l’analyse en absence de marquages fluorescents, des applications qu’ils souhaitent approfondir dans les années à venir.

 

La labellisation IBiSA couplée à l’intégration de cette plateforme à l’Infrastructure nationale en biologie et santé (INBS) France-BioImaging seront des atouts indéniables pour OCCIGEN. Il est également évident que les contacts renforcés entre les plateformes de ces réseaux, en particulier en Ile-de-France Sud, permettront la naissance d’ambitieux projets collaboratifs et créeront une alchimie propice à l’innovation scientifique et technologique.

 

Pour connaître les modalités d’accès aux plateformes d’imagerie et de cytométrie génopolitaines, n’hésitez pas, contactez-nous !

Contact : Julien Picot (Julien.Picot@genopole.fr)

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A propos de la Plateforme d’imagerie – cytométrie de Généthon. La plateforme d’Imagerie-Cytométrie de Généthon (ImCy) est, avec plus de 15 ans d’expérience dans l’accompagnement des chercheurs en thérapie génique, non seulement experte dans l’acquisition de données de cytométrie et d’images de microscopie mais également dans l’analyse profonde et quantitative de ces données et images.

 

A propos de la Plateforme d’imagerie – cytométrie OCCIGEN. La plateforme d'imagerie - cytométrie OCCIGEN propose d'accéder à des équipements de pointe et à l'expertise associée pour l'exploration moléculaire et physiopathologique multi-échelle, de la cellule isolée jusqu'au petit animal (rongeur), par des techniques d'imagerie photonique et de cytométrie en flux en environnement L2. Concernant l'imagerie, de nombreux microscopes sont disponibles : nanoscope STED, confocal, feuillet de lumière, scanner de lames, phase quantitative, systèmes de time-lapses, etc. Concernant la cytométrie en flux, plusieurs trieurs-cloneurs à haute vitesse sont disponibles ainsi que des cytomètres-analyseurs multi-couleurs, un cytomètre spectral et un cytomètre d'images en flux. La plateforme d'imagerie - cytométrie dispose également de très nombreux logiciels d'analyses des données.

 

A propos de Genopole. Premier biocluster français dédié à la recherche en génomique et aux biotechnologies appliquées à la santé et à l’environnement, Genopole rassemble 77 entreprises de biotechnologies, 19 laboratoires de recherche, 25 plateformes technologiques, ainsi que des formations universitaires (université d’Évry, Paris-Saclay). Son objectif : créer et soutenir des entreprises de biotechnologies et le transfert de technologies vers le secteur industriel, favoriser le développement de la recherche dans les sciences de la vie, développer des enseignements de haut niveau dans ces domaines. Situé à Évry-Courcouronnes, Genopole est principalement soutenu par l’État, la Région Ile-de-France, le Département de l’Essonne, l’agglomération Grand Paris Sud, la Ville d’Évry-Courcouronnes et l’AFM-Téléthon.

 

Pour obtenir plus de renseignements sur les plateformes labellisées par Genopole, ainsi que sur les équipements mutualisés accessibles à la communauté scientifique francilienne, vous pouvez aussi contacter Julien Picot (Julien.Picot@genopole.fr).

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FOCUS PLATEFORME : Quand la spectroscopie d’absorption transitoire lève le voile sur la photoactivation d’une enzyme réparatrice de l’ADN !

FOCUS PLATEFORME : Quand la spectroscopie d’absorption transitoire lève le voile sur la photoactivation d’une enzyme réparatrice de l’ADN ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, Gif-sur-Yvette) est une unité mixte de recherche soutenue par l'Université Paris-Saclay, le CNRS et le CEA, accueillant une soixantaine d’équipes de recherche et hébergeant 15 plateformes technologiques et 2 plateaux techniques, répartis en 6 pôles.

 

Aujourd’hui, retour sur une contribution originale de sa plateforme de spectroscopies électroniques : la compréhension de l’activation de la photolyase (6-4), une photoenzyme qui répare les lésions de l’ADN dues à une exposition à la lumière ultraviolette, connues sous la dénomination ‘photoproduits (6-4)’!

 

Les photolyases sont des flavoprotéines (contenant un cofacteur flavin adénine dinucléotide, FAD) qui nécessitent de la lumière violette/bleue à la fois pour leur propre activation et pour la réparation réelle de l'ADN. La forme redox du cofacteur flavine active dans la réparation de l'ADN est la forme entièrement réduite (FADH–). Par conséquent, si le cofacteur est oxydé (FAD) ou semi-oxydé (FADH●), il doit être réduit afin d’activer l'enzyme. Cette (photo)activation est réalisée en transférant un ou deux électrons (2 vers FAD, ou 1 seul vers FADH●) à la flavine photoexcitée via une chaîne de résidus tryptophane (typiquement trois).

 

Dans un article tout récemment publié (Hosokawa et al., Sci. Rep. 2022), et via le système expérimental optique développé par la plateforme, un chercheur de l'équipe 3P (Photobiologie, Photosynthèse, Photocatalyse) et ses collaborateurs de l'Université d'Osaka ont mis en évidence les « astuces » utilisées par une photolyase (6-4) végétale (Arabidopsis thaliana) pour conduire à une photoactivation efficace. Cette photolyase contient un résidu histidine 'His382' à proximité du tryptophane terminal (Trp3H) de la chaîne de transfert d'électrons. Conservée dans presque toutes les photolyases (6-4) végétales mais absente dans leurs orthologues animaux, cette histidine empêche l'accès des molécules de solvant et donc la déprotonation du radical cationique tryptophane Trp3H●+ formé lors du transfert d'électron à la flavine. La présence de cette histidine entraîne donc une durée de vie prolongée du radical Trp3H●+ et augmente de ce fait ses chances d'être réduit par des réducteurs externes (alors que le transfert de protons nécessite un contact direct entre le donneur et l'accepteur, le transfert d'électrons peut se produire sur de plus longues distances). La réduction de Trp3H●+ par des réducteurs extrinsèques empêche sa recombinaison avec FAD●– (ou FADH–) et conduit ainsi à la stabilisation des formes réduites du cofacteur flavine. Une astuce supplémentaire utilisée par les photolyases (6-4) végétales pour stabiliser la charge positive sur le radical Trp3H●+ est l’empêchement de la recombinaison ultrarapide des charges via un équilibre dynamique de la paire FAD●–/Trp3H●+ avec des paires secondaires (FAD●–/Trp2H●+) et primaires (FAD●–/Trp1H●+), dans lesquelles les charges ne sont pas suffisamment séparées. Dans cet article, les auteurs proposent un rôle particulier pour un résidu arginine (là encore conservé dans les photolyases (6-4) végétales et absent dans leurs orthologues animaux) à proximité de Trp2H, qui pourrait empêcher le retour de la charge positive de Trp3H●+ à Trp2H et rendre donc le transfert d’électrons strictement unidirectionnel. Le rendement quantique de la paire FAD●–/Trp3H●+ atteint ainsi ~80 %, ce qui est nettement supérieur à celui observé dans d’autres types de photolyases.

 

Contact : pavel.muller@i2bc.paris-saclay.fr

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Aussi, le 26 août 2019, la plateforme de spectroscopies électroniques publiait son premier un Scoop-it® / FOCUS PLATEFORME : Un montage spectroscopique optique unique pour mesurer des mécanismes enzymatiques photo-induits ultra-rapides. Le lire à nouveau ? Enfin, le 7 mars dernier, un second FOCUS PLATEFORME a aussi été publié par le même auteur : Quand la spectroscopie électronique contribue à la compréhension des mécanismes réactionnels impliqués dans la photoréparation de l’ADN ! Le lire à nouveau ?

 

I2BC / Plateforme de spectroscopies électroniques. La plateforme de Spectroscopies Électroniques (Institut de Biologie Intégrative de la Cellule, I2BC) offre ses services appliqués aux biomolécules à des équipes de recherche françaises et internationales. Nous sommes capables de suivre des changements spectroscopiques au niveau de la protéine dans des cellules intactes. La plateforme est équipée de plusieurs spectromètres d'absorption et de fluorescence (y compris un certain nombre de spectromètres PAM spécialisés) ainsi que des spectromètres à thermoluminescence. Pour certaines configurations, des cryostats sont disponibles pour les études à basse température, jusqu'à 77K ou 4K. La plateforme a développé (et continue à améliorer) un montage unique de spectroscopie optique résolue dans le temps (ca. 300 ps), surpassant les montages conventionnels (commerciaux) en sensibilité et en résolution temporelle. Ce type de méthodologie est particulièrement déterminant pour l'élucidation de processus irréversibles et/ou de processus qui se produisent dans des fenêtres temporelles allant de quelques centaines de picosecondes à des dizaines de nanosecondes, où les montages conventionnels performent mal ou ne peuvent pas être utilisées du tout. Cette plateforme fait partie du pôle des plateformes de Biophysiques de l'I2BC qui comprend les plateformes de RPE, FTIR, Résonance Raman, Spectroscopies Electroniques et Microscopie de fluorescence à super-résolution.

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FOCUS PLATEFORME - Du développement technologique d’une puce dédiée à l’exploration du transcriptome d’un champignon, à un contrat industriel : retour sur une success story

FOCUS PLATEFORME - Du développement technologique d’une puce dédiée à l’exploration du transcriptome d’un champignon, à un contrat industriel : retour sur une success story | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La plateforme de transcriptomique et génomique (ACTAGEN) rattachée à l’UMS IPSIT (INSERM/CNRS/UPSaclay, Faculté de Pharmacie, Châtenay-Malabry) offre régulièrement ses services aux équipes de recherche académiques du territoire Paris-Saclay. Elle est aussi en mesure d’assurer des développements méthodologiques et technologiques, en particulier lorsque que le constructeur de l’un de ses équipement (chaine expérimentale de microarrays, Agilent), ne propose pas encore à son catalogue l’outil ad-hoc.

 

Retour sur une success-story : Contactée en 2012 par une équipe de l’Université Paris-Sud souhaitant explorer le transcriptome d’une espèce fongique (champignon), ACTAGEN a conçu, développé et validé en interne une puce, répondant aux besoins du projet. Le format choisi (8x15k) a permis l’analyse sur la même lame du comportement du transcriptome dans 8 échantillons simultanément. Ce développement original a nécessité le design de 1 à 2 sondes oligonucléotidiques associées aux annotations fonctionnelles les plus à jour pour chacun des 10.000 gènes codants, et le contrôle qualité de ces séquences, opérations réalisées avec les conseils du support technique du constructeur. Ce développement a fait l’objet d’une publication (Deloménie C et al. Current Genetics, 2016), dans laquelle l’expertise d’Agilent a été remerciée.

 

L’histoire ne s’arrête pas là : cette réalisation initialement purement méthodologique et technologique a ensuite eu un effet « carte de visite », permettant à ACTAGEN d’être approchée, sur recommandation du constructeur (!), par une start-up sud-francilienne intéressée par la valorisation industrielle de données de génomique et qui était à la recherche dans son périmètre d’un prestataire capable de produire pour elle sur des microarrays, des données transcriptomiques de qualité dans des délais courts. Ce défi d’une prestation de service par notre plateforme a été relevé (500 échantillons analysés sur 24 mois), permettant à ACTAGEN d’optimiser ses procédures expérimentales et de les inscrire dans un système de management de la qualité. De plus, une partie des données produites a pu être associée à une thèse de l’Université Paris-Saclay.

 

Mais notre satisfaction la plus grande est certainement, suite à la reconduction du contrat avec cette entreprise, d’avoir pu créer un emploi grâce aux recettes générées en recrutant un jeune technicien. Souhaitons que ce partenariat public-privé, gagnant-gagnant, se poursuive encore quelque temps !

 

La plateforme de Transcriptomique et Protéomique (ACTAGEN) se trouve sur le site de l’UFR de Pharmacie de l’Université Paris-Saclay à Châtenay-Malabry. Elle collabore avec les équipes de recherche en mettant à leur disposition les technologies d’analyse qualitative et quantitative du transcriptome et du protéome, à partir de cellules et tissus d’origine variée. La plateforme propose les technologies microarrays et PCR en temps réel pour l’analyse transcriptomique, l’électrophorèse bidimensionnelle et la spectrométrie de masse pour l’analyse des protéomes (identification ou quantification des variations des protéines). Elle est membre du Réseau des plateformes de génomique de Paris-Saclay (GENOPS).

 

Contact : claudine.delomenie@universite-paris-saclay.fr

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FOCUS PLATEFORME : Réseaux de plateformes et plateformes du domaine Sciences de la Vie: l’AAP SESAME IdF 2022 est pour vous !

FOCUS PLATEFORME : Réseaux de plateformes et plateformes du domaine Sciences de la Vie: l’AAP SESAME IdF 2022 est pour vous ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La Région Ile-de-France contribue régulièrement, et au travers de différents dispositifs, à renforcer les compétences scientifiques et technologiques de son écosystème. A ce titre, elle réédite cette année son AAP SESAME - SESAME 2022 - AAP visant à donner aux laboratoires de recherche de son territoire les moyens nécessaires pour développer de nouveaux projets et pour mettre en œuvre des dispositifs expérimentaux originaux de recherche (comprenez « équipements »).

 

Comme lors des précédentes éditions, ne sont éligibles à SESAME 2022, que des équipements dont le coût total est compris entre 0,2 M€ et 3 M€ HT ; D’autre part, pour rappel, l’aide prendra la forme d’une subvention dont le taux maximum d’intervention régionale pour l’acquisition de ces équipements s’élève à 66% du montant HT du coût total du projet. Ce taux d’intervention régionale pour les projets d’équipements en sciences humaines et sociales pourra néanmoins atteindre 100% du montant HT du coût total, à condition que 3 laboratoires franciliens distincts ou plus participent au projet.

 

Les critères d'éligibilité et de sélection sont disponibles dans le texte de l'appel à projet SESAME 2022.

 

D’autre part, le dossier de candidature est à compléter en ligne sur mesdemarches.iledefrance.fr, par le porteur du projet directement, après sélection par l’Université Paris-Saclay en ce qui nous concerne. Cette sélection se fera naturellement en prenant en compte, outre les critères de la Région mentionnés dans l'AAP, la plus-value collective pour l'Université Paris-Saclay. Attention également de bien prendre les critères d'exclusion mentionnées dans l’AAP, et si cela s'applique à votre projet, de tenir compte des remarques faites par le jury de la Région en cas de soumission les années précédentes.

 

Ci-dessous, le rappel du calendrier, intégrant les échéances propres à l’Université Paris-Saclay :

  • le 6 mai 2022 au plus tard : les porteurs de projet transmettent aux écoles graduées/institut concernés leur projet dans l'état le plus avancé possible, avec copie à l'adresse vp.recherche@universite-paris-saclay.fr (et mention de l'institution qui porterait le projet) ;
  • du 9 au 25 mai 2022: les GS/I évaluent les dossiers qui leur sont remontés et produisent un avis (classement en trois catégories A, B, C) et le cas échéant les priorisent au sein d'une catégorie s'il y a beaucoup de projets. Deux sessions d’auditions des projets sont à ce titre programmées pour les 5 GS rattachées au domaine Sciences de la Vie de l’Université Paris-Saclay, les 18 et 19 mai 2022, sessions pilotées par la VP-Recherche en charge du domaine ;
  • le 1er juin 2022: le CoDiReV sélectionne les huit projets que l'UPSaclay est autorisée à faire remonter ;
  • entre le 2 et le 10 juin 2022 s'effectuent les dépôts de projets auprès de la Région, par les institutions porteuses.
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FOCUS PLATEFORME : Vos expertises et équipements au soutien de projets collaboratifs et d’une action pilotée par UPSaclay et le consortium EUGLOHRIA ?

FOCUS PLATEFORME : Vos expertises et équipements au soutien de projets collaboratifs et d’une action pilotée par UPSaclay et le consortium EUGLOHRIA ? | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

EUGLOHRIA est un projet européen piloté par UPSaclay, et dont les enjeux et thématiques scientifiques sont ceux liés aux pandémies au sens large et en particulier la COVID.

 

Dans ce cadre, se tiendra les 16 et 17 mai prochain une « seeding conference », 100% digitale, visant à mettre en relations des ingénieurs et chercheurs associés aux 5 universités constitutives de l’alliance EUGLOH, autour de quatre thématiques principales, avec un objectif fort : la constitution de consortium et le montage de projets communs. Ces quatre thématiques sont :

 

UNDERSTAND sous-entendu « comprendre le virus et l'hôte », avec des projets à venir ou en cours dont l'objectif principal est l’étude au sens large de l'agent pathogène (sa structure, ses fonctions) et la manière dont il provoque la maladie.

 

DETECT pour « détecter le virus », avec des projets dont l'objectif principal est de repérer / détecter et identifier le virus, mais aussi ses mécanismes de propagation chez les individus ou dans l'environnement.

 

ACT AGAINST pour « agir contre le virus et sa propagation », avec des projets dont l'objectif principal est de combattre la maladie (thérapies vaccinales et médicamenteuses bien sûr, mais aussi développement de dispositifs médicaux ou de dispositifs limitant les contagions et la dissémination du pathogène).

 

CONSEQUENCES pour « conséquences de la pandémie au sens large », avec des projets liés à l'étude des conséquences de la pandémie au niveau sociétal (non médical) mais aussi environnemental.

 

La date limite d’inscription vient d’être repoussée au 8 avril 2022, profitez-en et participez à cette première « seeding conference » ! N’hésitez pas mettez en valeurs vos expertises et savoir-faire, mais aussi vos équipements, que vous ayez déjà des projets sur ces thématiques ou non ! Les inscriptions sont gratuites, mais restent obligatoires.

 

A noter : A l'issue de la conférence, les personnes intéressées par un approfondissement des liens avec les partenaires identifié(e)s pourront se tourner vers le point de contact du projet (euglohria.upsaclay@universite-paris-saclay.fr) afin d'effectuer une demande de financement d'une mission (seed funding, ou early-stage funding), et ceci en vue de rencontrer un laboratoire potentiellement partenaire et d’échanger plus concrètement sur les suites à donner et le montage d’un projet commun. L'enveloppe financière à UPSaclay devrait permettre d'envisager le financement de 20 à 30 missions au total.

 

Contacts UPSaclay / EUGLOHRIA : Eric Cassan (eric.cassan@universite-paris-saclay.fr) et pour les WPs scientifiques associés à EUGLOHRIA, Agnès Linglart (agnes.linglart@aphp.fr), Frédéric Dollé (frederic.dolle@cea.fr)

 

A propos d’EUGLOHRIA. EUGLOHRIA est un projet H2020 d’une durée de trois ans, et obtenu en réponse à l’appel SwafS de la Commission Européenne (“Science with and for Society” (SwafS)-call “Support for the Research and Innovation Dimension of European Universities”). Accepté le 24 juillet 2020, EUGLOHRIA est doté d’un budget de 2M€, et s’inscrit dans la dynamique de l’alliance européenne EUGLOH coordonnée par l’Université Paris-Saclay et associant 4 autres universités en Europe : Lund University (LU), Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), Universidade do Porto (UPorto), University of Szeged (USZ).

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FOCUS PLATEFORME : De la lame virtuelle à la caractérisation de mécanismes pathologiques et l’identification de pistes thérapeutiques !

FOCUS PLATEFORME : De la lame virtuelle à la caractérisation de mécanismes pathologiques et l’identification de pistes thérapeutiques ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La plateforme d'histologie expérimentale ou PHIC (Plateforme d'Histologie souris Immunopathologie de Clamart, UMS IPSIT) offre une expertise en analyse histologique de tissus issus de modèles animaux ou cellulaires (2D et 3D) de pathologies humaines. PHIC a bâti sa notoriété sur le développement de la méthodologie des lames virtuelles qui offre la possibilité d’observer l’échantillon biologique dans sa globalité comme de zoomer sur les zones d’intérêts. Françoise Mercier-Nomé (IE Inserm), responsable de la plateforme, a considérablement diversifié l’ensemble d’équipements et l’expertise de la plateforme fournissant un large portfolio d’applications dont la plus recherchée est aujourd’hui l’étude des changements morphologiques des tissus au cours du processus pathologique, études dont la quantification est réalisée par Séverine Domenichini (IE CNRS, Chargée de projets imagerie - Pôle ImCellF.

 

Retour sur trois publications récentes illustrant les applications impliquant la plateforme !

 

Dans une première publication, l’équipe « Microbiome in liver disease: from susceptibility to treatment » de l’UMR-S 996 (Inflammation, Microbiome and Immunosurveillance, INSERM – UPSaclay) a identifié le rôle causal d’un déséquilibre du microbiote intestinal dans la stéatose hépatique causée par l’abus d’alcool basé sur des modèles originaux de transplantation de microbiotes intestinaux de patients à des souris. En savoir plus ? Spatz et al., JHEP Report 2021

 

Dans une deuxième publication, l’équipe « Nanomédicaments pour le traitement de maladies graves » de l’Institut Galien Paris-Saclay (UMR 8612 CNRS/UPSaclay), reconnue pour ses travaux dans le domaine de la vectorisation des médicaments (nanomédicaments), montre le bénéfice de l’administration de nanoparticules combinant plusieurs principes actifs dans le but d’atténuer une inflammation incontrôlée, ici celles du foie et du poumon, et ceci via l’étude histologique d’un modèle murin de septicémie létale. En savoir plus ? Dormont et al., Sci Adv 2020

 

Dans une troisième et dernière publication, l’équipe « Immunoregulation, chemokines and viral persistence » de l’UMR-S 996, qui s’intéresse aux interactions entre le papillomavirus humain (HPV) et son hôte humain, rapporte l’importance des cellules dendritiques dans le contrôle de la dysplasie causée par HPV dans un modèle de souris transgéniques. En savoir plus ? Gallego et al., Blood 2021

 

Des développements technologiques ? Une des perspectives d’évolution de PHIC est d’implanter la transparisation d’échantillons épais associée au développement de la microscopie de fluorescence par feuille de lumière (LSFM), adaptée à l’imagerie de tissus en 3D. Un projet d’acquisition d’un système LSFM est porté par F. Mercier-Nomé, S. Domenichini avec le concours de Françoise Bachelerie (directrice UMR-S 996, référente scientifique de la plateforme).

Contact : francoise.mercier-nome@universite-paris-saclay.fr

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IPSIT / Plateforme d'histologie souris immunopathologie de Clamart (PHIC). La plateforme d'Histologie Expérimentale localisée dans l'UMRS-996 à Clamart et créée en 2010 a pour objectif de proposer son expertise dans l'analyse immunopathologique de souris génétiquement modifiées et de modèles animaux de pathologies humaines inflammatoires et / ou hématologiques. Son expertise est particulièrement forte dans l'analyse macroscopique et histologique de la peau, des organes lymphoïdes, du foie, des poumons, du tube digestif, du cœur, de la vessie, des os, du cerveau. Elle dispose aussi d'une tissuthèque d'organes sains de souris et organes de modèles animaux étudiés dans l'UMRS-996. La plateforme s'adresse aux académiques et industriels, au niveau local et national et propose des services modulables allant du conseil technique pour la réalisation de modèles animaux aux analyses morphologiques et in situ.

 

A propos d’IPSIT. Ingénierie et Plateformes au Service de l’Innovation Thérapeutique (IPSIT Université-Paris-Saclay, US31 Inserm, UAR3679 CNRS) est une Unité Mixte de Service (UMS) qui regroupe 11 plateformes technologiques et se veut résolument à l’interface de la chimie, de la biologie et de la clinique en établissant le lien entre la cible pathologique et le médicament. Elle est adossée à une Structure Fédérative de Recherche (SFR) qui rassemble l’UMS-IPSIT et 25 équipes de recherche. L’IPSIT participe à l’animation scientifique et à la formation des étudiants et des personnels tout en contribuant au rapprochement d’équipes d’horizons différents et à la transdisciplinarité des collaborations.

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FOCUS PLATEFORME : Quand la spectroscopie électronique contribue à la compréhension des mécanismes réactionnels impliqués dans la photoréparation de l’ADN !

FOCUS PLATEFORME : Quand la spectroscopie électronique contribue à la compréhension des mécanismes réactionnels impliqués dans la photoréparation de l’ADN ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, Gif-sur-Yvette, Institut Joliot, CEA, Saclay) est une unité mixte de recherche soutenue par l'Université Paris-Saclay, le CNRS et le CEA, accueillant une soixantaine d’équipes de recherche et hébergeant 15 plateformes technologiques et 2 plateaux techniques, répartis en 6 pôles. Aujourd’hui, honneur à la plateforme de spectroscopies électroniques et sa contribution à la compréhension des mécanismes réactionnels impliqués dans la photoréparation des lésions de l’ADN !

 

Retour sur une publication toute récente ! Les photolyases de l’ADN sont des flavoenzymes photoactives répandues dans tous les règnes du vivant. Apparues lors des premiers stades de l'évolution de la vie sur Terre, elles utilisent la lumière du soleil pour inverser les modifications chimiques cancérigènes de l'ADN causées par la lumière UV et pour préserver ainsi l’intégrité génétique de tous les organismes à l'exception des mammifères placentaires. C’est dans ce contexte, que l'équipe 3P (Photobiologie, Photosynthèse, Photocatalyse), explore les mécanismes moléculaires par lesquels ces photoenzymes essentielles opèrent. Dans un article tout récemment publié dans ACS Catalysis (Brettel, Müller et Yamamoto, ACS Catal. 2022, 12, 3041–3045), les chercheurs de cette équipe viennent de montrer que la réparation des lésions dues aux UV dites ‘photoproduits (6-4)’ s’effectue en deux photoréactions successives (nécessitant l’absorption de deux photons distincts), chacune commençant par un transfert d'électron de la flavine excitée vers la lésion. L’étude, qui repose sur l’utilisation du système spectroscopique développé par plateforme de spectroscopies électroniques, a notamment permis de suivre le retour des électrons vers la flavine après les transformations chimiques de la lésion, et tout particulièrement de disséquer la cinétique de retour des électrons finalisant la première et la seconde photoréaction (en ~40 microsecondes et ~200 nanosecondes, respectivement), corroborant et détaillant le modèle de réaction à deux photons.

 

Contact : pavel.muller@i2bc.paris-saclay.fr

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Aussi, le 26 aout 2019, la plateforme de spectroscopies électroniques publiait son premier un Scoop-it® / FOCUS PLATEFORME : Un montage spectroscopique optique unique pour mesurer des mécanismes enzymatiques photo-induits ultra-rapides. Le lire à nouveau ?

 

I2BC / Plateforme de spectroscopies électroniques. La plateforme de Spectroscopies Électroniques (Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ? I2BC) offre ses services appliqués aux biomolécules à des équipes de recherche françaises et internationales. Nous sommes capables de suivre des changements spectroscopiques au niveau de la protéine dans des cellules intactes. La plateforme est équipée de plusieurs spectromètres d'absorption et de fluorescence (y compris un certain nombre de spectromètres PAM spécialisés) ainsi que des spectromètres à thermoluminescence. Pour certaines configurations, des cryostats sont disponibles pour les études à basse température, jusqu'à 77K ou 4K. La plateforme a développé (et continue à améliorer) un montage unique de spectroscopie optique résolue dans le temps (ca. 300 ps), surpassant les montages conventionnels (commerciaux) en sensibilité et en résolution temporelle. Ce type de méthodologie est particulièrement déterminant pour l'élucidation de processus irréversibles et/ou de processus qui se produisent dans des fenêtres temporelles allant de quelques centaines de picosecondes à des dizaines de nanosecondes, où les montages conventionnels performent mal ou ne peuvent pas être utilisées du tout. Cette plateforme fait partie du pôle des plateformes de Biophysiques de l'I2BC qui comprend les plateformes de RPE, FTIR, Résonance Raman, Spectroscopies Electroniques et Microscopie de fluorescence à super-résolution.

 

A propos de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC - UMR 9198). L’I2BC est une Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay), constituée de 70 équipes de recherches et 15 plateformes technologiques, provenant de 8 unités de recherches (CGM, IBBMC, IGM, ISV, LEBS, VMS, SB2SM, SBiGeM). L’institut est réparti sur 3 sites de recherche (Campus d’Orsay Vallée de l’Université Paris-Saclay, Campus du CNRS de Gif sur Yvette et Campus du CEA / Centre de Saclay) au sein de 14 bâtiments jusqu’au rassemblement programmé en 2021 sur le campus du CNRS de Gif-sur-Yvette.

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FOCUS PLATEFORME : Pharmacocinétique et biodistribution de nanoparticules par imagerie in vivo : vers une meilleure personnalisation des traitements

FOCUS PLATEFORME : Pharmacocinétique et biodistribution de nanoparticules par imagerie in vivo : vers une meilleure personnalisation des traitements | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L’utilisation aujourd’hui de nanoparticules en oncologie est en plein essor, que ce soit pour la délivrance de médicaments (vectorisée ou non) ou en tant qu’outil thérapeutique pour exalter les effets des rayons en radiothérapie externe. Tout particulièrement, les nanoparticules inorganiques à haut numéro atomique présentent un intérêt majeur en démultipliant les effets de la radiothérapie spécifiquement dans les lésions tumorales. Grâce à leurs biocompatibilités élevées sans toxicité aiguë sévère et une petite taille permettant une élimination rapide avec une forte diffusion dans la tumeur, elles permettent également de diminuer les dommages des rayonnements sur les tissus sains avoisinants : les nanoparticules thérapeutiques peuvent en effet s’accumuler davantage dans les tumeurs solides que dans les tissus sains grâce à un phénomène d’accumulation passive due à un système vasculaire tumorale non étanche, appelé effet EPR (pour « Enhanced Permeability and Retention effect »).

 

Parmi ces nanoparticules, celles à base de gadolinium (Gd) et de polysiloxane (AGuIX®, NH TherAGuIX) bénéficient de propriétés biologiques favorables telles une bonne tolérance, une clairance rénale rapide et une absorption tumorale significative qui leur permettent de faire l'objet de plusieurs évaluations cliniques de phase 2 actuellement en France et aux Etats-Unis. Les premiers résultats cliniques publiés sur AGuIX® ont démontré l'efficacité thérapeutique de la combinaison des nanoparticules avec la radiothérapie fractionnée du cerveau entier (Verry et al, Radiother Oncol 2021). Il a aussi été démontré que les AGuIX se maintiennent dans les tumeurs pendant plus d'une semaine après injection grâce à l’effet EPR. Par contre, cet effet EPR est très hétérogène en fonction des patients et du type de tumeurs. Or, la plupart des essais cliniques utilisant des nanoparticules manquent de critères d'inclusion personnalisés basés sur le statut individuel de l'EPR, en particulier pour les tumeurs cérébrales. La quantification par imagerie in vivo de l’effet EPR sur la distribution hétérogène des nanoparticules dans la tumeur pourrait donc être un biomarqueur à forte valeur ajoutée pour prédire l'efficacité thérapeutique des nanoparticules en oncologie (Lee et al, Clin Cancer Res 2017) et particulièrement pour les radionanothérapies.

 

Parmi les techniques d’imagerie moléculaire, la tomographie par émission de positrons (TEP) offre une résolution temporelle, une sensibilité et une fiabilité de quantification appropriées pour explorer la cinétique tissulaire d'une nanoparticule marquée au zirconium-89 (89Zr, t1/2 = 78,4 heures), en particulier dans des fenêtres d’observation longues (10 jours). Dans une étude publiée tout récemment (Tran et al, Advanced Healthcare Materials 2021), la possibilité d'une méthode de marquage simple et stable des AGuIX a été démontrée permettant d’observer une distribution originale de cette molécule révélée chez le rongeur et le primate non-humain, et ceci avec l’appui des plateaux techniques d’imagerie in vivo (µTEP, TEP/IRM) en place au SHFJ (UMR BioMaps, Institut Joliot, Orsay). En particulier, l'imagerie [89Zr]AGuIX / TEP a révélé une accumulation persistante dans les zones nécrosées qui peut potentiellement conduire à une percée pour le traitement des tumeurs radiorésistantes. Translationelle par nature, la TEP au 89Zr devrait rapidement devenir un outil clinique puissant pour évaluer chez le patient, la distribution de ces nanoparticules dans la tumeur entre différentes sessions de radiothérapie clinique et ainsi d’adapter le traitement.

 

Contacts : Charles Truillet (charles.truillet@cea.fr & charles.truillet@universite-paris-saclay.fr)

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI pour SHFJ/imagerie préclinique, in vivo, microTEP, et cliquez ICI pour SHFJ/Imagerie préclinique et clinique, in vivo, TEP/IRM

 

SHFJ / imagerie préclinique, in vivo, microTEP : La plateforme d’imagerie TEP préclinique du SHFJ offre les équipements nécessaires pour préparer les animaux et réaliser de l’imagerie corps entier par tomographie par émission de positons (TEP) ou TEP couplée à la tomodensitométrie (CT) chez le rongeur, au moyen de radiotraceurs extérieurs ou produits sur site. Les services associées (hébergement des animaux, autoradiographie, immunohistochimie) peuvent compléter les prestations.

 

SHFJ / Imagerie préclinique et clinique, in vivo, TEP/IRM : La plateforme d'imagerie TEP-IRM du SHFJ permet de réaliser des acquisitions simultanées TEP (tomographie par émission de positons) et IRM (imagerie par résonance magnétique, 3 Tesla) cliniques et précliniques, corps entier, synchronisées ou non à la respiration, statiques ou dynamiques. L'imagerie TEP se fait au moyen de radiotraceurs extérieurs ou produits sur site. Les compétences sont disponibles pour l'analyse et l'interprétation des données pharmacocinétiques en regard de données d'imagerie multimodale acquises au SHFJ ou dans d'autres centres.

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FOCUS PLATEFORME : Le transfert de gènes, un outil indispensable des neurosciences modernes !

FOCUS PLATEFORME : Le transfert de gènes, un outil indispensable des neurosciences modernes ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La plateforme de biologie moléculaire et production virale de MIRCen (Institut de Biologie François Jacob, CEA, centre de Fontenay-aux-Roses) a pour mission de fournir à la communauté des outils pour le transfert de gènes in vivo avec une spécialisation dans le ciblage du système nerveux central. La plateforme a ainsi développé une grande quantité d'outils moléculaires permettant de modifier génétiquement les différents types cellulaires du tissu cérébral et ce à la fois in vivo et in vitro. Ces outils sont ensuite déclinés dans différents types de vecteurs viraux qui peuvent être utilisés pour transduire des cellules en culture, comme les vecteurs dérivés des lentivirus, ou bien qui peuvent être utilisés directement in vivo, par injection dans le parenchyme cérébral, comme les vecteurs dérivés des virus adéno-associés (rAAV).

 

Récemment, les outils développés par la plateforme de biologie moléculaire et production virale ont été utilisés dans une étude menée par l'équipe du Dr Nathalie Rouach (Collège de France) qui montre que les astrocytes sont responsables de la fermeture de la période critique de plasticité synaptique lors de la mise en place des circuits visuels chez la souris.

 

Retour sur cet exemple choisi ! Le développement du cerveau se caractérise par des périodes critiques au cours desquelles un remodelage des circuits par raffinement des synapses a lieu en fonction de l'activité neuronale. Les mécanismes cellulaires et moléculaires mis en jeu lors de ces périodes critiques restent encore largement inconnus. Pour élucider ces mécanismes, le cortex visuel de la souris est un modèle classiquement utilisé pour l'étude de la période critique. Sur cette base, dans un premier temps, l'équipe du Collège de France a démontré que des astrocytes immatures sont capables d'induire de la plasticité synaptique dans le cortex visuel de souris adultes. Pour cela, des astrocytes ont été extraits de cerveaux de souriceaux nouveau-nés puis transduits in vitro avec un vecteur lentiviral produit par la plateforme de biologie moléculaire et vectorisation virale, avant d'être greffés dans l'aire corticale visuelle V1 de souris âgées de 100 jours. Un test de dominance oculaire a alors montré que cette greffe entraînait une réactivation de la plasticité cérébrale typique de la période critique. L'expression de la GFP a permis de visualiser la bonne intégration des astrocytes greffés. Une étude de transcriptomique a alors été entreprise et a montré que l'expression de la connexine 30 augmente fortement dans les astrocytes au cours du développement, suggérant que cela pourrait contribuer à la fermeture de la période critique. Cette hypothèse a pu être confirmée grâce à l'utilisation de souris présentant une diminution de l’expression de la connexine 30 spécifiquement dans les astrocytes. Dans cette souris, il a été observé que la plasticité de la période critique continue d’augmenter jusqu'à un âge de 50 jours, alors qu'elle atteint son maximum normalement après 28 jours. Pour marquer les astrocytes du cortex visuel afin de les phénotyper précisément, la plateforme de biologie moléculaire et production virale a aussi développé un vecteur AAV exprimant la GFP sous contrôle du promoteur astrocytaire GFAP. Ce vecteur a en particulier permis de suivre l’intégration des astrocytes immatures ou matures greffés dans le cortex visuel de souris adultes, ainsi que de caractériser in vitro et in situ l’expression de la connexine 30 au cours du développement dans les astrocytes de souris sauvages et mutantes. Cette étude, récemment publiée (Ribot et al., Science 2021), a démontré pour la première fois que les astrocytes jouent un rôle clé dans la formation expérience-dépendante des circuits neuronaux qui a lieu lors de la période critique développementale.

 

Aussi, en juillet 2021, la plateforme publiait son premier FOCUS PLATEFORME … prenez le temps de le relire !

 

Contact : Alexis Bemelmans (alexis.bemelmans@cea.fr)

Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI

 

MIRCEN / Biologie moléculaire et production virale propose son expertise pour l'élaboration de vecteurs viraux dérivés d'AAV (adeno-associated virus) et de lentivirus, leur production et leur caractérisation. Ces vecteurs viraux permettent le transfert de gène de façon stable ou transitoire in vitro dans des lignées cellulaires ou des cultures primaires et in vivo dans un organisme entier (rongeur, primate non humain, etc.). Ils peuvent être utilisés dans une grande variété de modalités, comme l'expression d'un gène d'intérêt ou d'un gène rapporteur, l'inhibition d'un gène endogène par silencing utilisant des shRNA ou des miRNA, l'édition génique avec le système CRISPR/Cas9, etc. La plateforme est composée de 2 plateaux techniques : i) un laboratoire L1 de biologie moléculaire et microbiologie cellulaire dédié au clonage de gènes d'intérêt dans des plasmides d'expression eucaryotes mais aussi à l'étude de l'expression des gènes dans des modèles animaux ; ii) un laboratoire L3 composé de 10 pièces dédiées à la production et à la manipulation des vecteurs viraux. Les vecteurs viraux y sont titrés et testés pour leur efficacité. L'évaluation de la biodistribution et de l'effet biologique de ces vecteurs est ensuite prise en charge principalement par la plateforme d'histologie mais également par la plateforme d'imagerie in vivo (et notamment imagerie TEP) et la plateforme d'analyse comportementale.

 

A propos de MIRCen. MIRCen - Molecular Imaging Research Center - est une installation de recherche préclinique développée par le CEA et l'INSERM. Cette installation, basée sur le site CEA de Fontenay-aux-Roses, est constituée d'un ensemble de plateformes dédiées au développement et à la validation de modèles animaux pertinents de pathologies humaines. Ces modèles sont utilisés pour le développement et la validation de nouvelles techniques permettant de détecter des déficits à un stade précoce de la maladie. Ils sont également utilisés pour évaluer des thérapies innovantes dans le domaine des maladies neurodégénératives. Ce centre fait partie intégrante de l’Infrastructure Nationale en Biologie et Santé (INBS) Neuratris, infrastructure dédiée aux thérapies innovantes en neurosciences.

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