veille séquençage
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L'actualité autour du séquençage
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Séquençage haut-débit nouvelle génération: Principes et caractéristiques (1) By renaud blervaque On novembre 18, 2011

L’objectif de cet article est de proposer de manière synthétique, un tour d’horizon des différents principes et caractéristiques de ces nouveaux outils et ainsi fournir quelques orientations et solutions techniques en réponses à des questions biologiques.

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FRANCE – Projets de séquençage du maïs et du blé à l’Inra par Eric MEUNIER , avril 2012

En juillet 2011, l’Institut national de la recherche agronomique (Inra) a annoncé la mise en place du Groupement d’Intérêt Scientifique (GIS) « Biotechnologies vertes » [1]. Ce dernier a pour objectif de « créer les technologies et compétences, et de produire les connaissances nécessaires pour le développement de variétés innovantes ».

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Séquençage de l'ADN : bien plus vite et bien moins cher

Deux études proposent des méthodes globalement assez similaires pour réaliser un séquençage de l’ADN abordable et bien plus rapide. Le principe : faire passer un simple brin de la molécule dans un trou minuscule et détecter la signature électronique au passage de chacun des nucléotides. Pourra-t-on bientôt connaître tout son génome en 15 minutes chrono ?

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GATC Biotech’s NightXpress sequencing service goes Europe-wide

New Cologne laboratories bring GATC Biotech closer to its customers

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Séquenceurs haut débit 3ème génération ou le séquençage d’ADN simple molécule By renaud blervaque On février 3, 2012

Ce post fait naturellement suite à celui dédié à la seconde génération de séquenceurs multi-parallélisés, et conserve la même approche, à savoir un tour d’horizon des technologies et une évocations des informations générales sur le sujet.

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Le retour du lien du mois : une liste de logiciels d’analyse de données issues de séquençage haut-débit

Cet article est l’occasion de mettre en avant un site plutôt fourni, SEQanswers… un jeu de mots pour une communauté d’utilisateurs de technologie de séquençage haut-débit. Ce site, un peu bouillon, fondé en 2007 par Eric Olivares (qui a travaillé pour Pacific Biosciences) s’adresse aux biologistes moléculaires plus qu’aux bio-informaticiens. Malgré tout, le lien que nous vous présentons ici, renvoie sur la partie Wiki du site SEQanswers. Cette page liste et ordonne en fonction de leurs domaines d’applications les logiciels (gratuits et commerciaux) utiles pour le devenir de vos reads produits par séquençage haut-débit : http://seqanswers.com/wiki/Software/Cette page est plutôt bien renseignée et vous donnera un large choix de logiciels : vous y trouverez des assemblers de novo, des logiciels pour réaliser du RNAseq (quantification), des logiciels permettant de trouver des pics après ChipSeq… peu de logiciels indispensables sont absents de cette liste qui comporte un peu moins de 500 logiciels…

Mots-clés : logiciels analyse séquençage haut-débit

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RNAseq

Qu'est ce que le RNAseq

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Roche relève son offre sur Illumina, pourrait encore le faire

Roche offre $51 par action IlluminaAG d'Illumina le 18 avril, fin de l'offre le 20 avrilRoche pourrait encore relever son offre - sourceLe titre Illumina gagne plus de 4% à $52 (Actualisé avec une source disant que Roche pourrait encorerelever)

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