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Institut national du Cancer - Bourses de Doctorats

Institut national du Cancer - Bourses de Doctorats | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it
L’Institut national du cancer (INCa) publie aujourd’hui son appel à candidatures pour le financement de quatre allocations doctorales en Sciences Humaines et Sociales, Épidémiologie et Santé Publique. Les thèmes sont libres et les thèses peuvent couvrir tous les champs disciplinaires des sciences humaines et sociales, de l’épidémiologie et de la santé publique.

La date limite de soumission des projets est le 29 mars 2018.
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Initiation à la cytométrie en flux - 1er Février 2019 (J-2 pour les inscriptions !)

Initiation à la cytométrie en flux - 1er Février 2019 (J-2 pour les inscriptions !) | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La plateforme PLAIMMO (immunomonitorage) de l’Institut Paris Saclay d’Innovation Thérapeutique (IPSIT) organise une formation gratuite (théorie + pratique) à la cytométrie de flux.

Programme : Principes de cytométrie en flux -- Création d'un panel multi-couleur   -- Initiation pratique au logiciel Diva
Théorie : 1 Février 2019 à 10H30
Pratique (par demi-journée) : du 1 au 7 Février 2019
Adresse : Plate-forme PLAIMMO -- 32 rue des carnets --         92140 Clamart - Géraldine Schlecht-louf , MCU Immunologie à la Faculté de Médecine Paris-Sud
Public : Etudiants, Post-doctorants, Techniciens, Ingénieurs
Date limite d'inscription : 18 Janvier 2018
Inscription  : marie-laure.aknin@u-psud.fr   

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l'Édition de l'Université Paris-Saclay #9 | Université Paris Saclay

l'Édition de l'Université Paris-Saclay #9 | Université Paris Saclay | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

l'Édition de l'Université Paris-Saclay #9
Au sommaire du numéro de janvier 2019 :

Formation : Un été riche d'expériences dans les laboratoires
Médiation des sciences : Apprendre à jouer (et vice versa) avec les données
Recherche : Promesses et progrès de l'ingénierie quantique
Recherche : La microfluidique au secours de la médecine
Business & Innovation : La photonique à l'Université Paris-Saclay
Recherche : Quand les nanoparticules rencontrent la médecine
Recherche : Changements environnementaux : quels impacts sur la santé ?
Vie de campus : Le C2N a emménagé dans ses nouveaux locaux


Via Saclay Plant Sciences
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The HisCl1 histamine receptor acts in photoreceptors to synchronize Drosophila behavioral rhythms with light-dark cycles

The HisCl1 histamine receptor acts in photoreceptors to synchronize Drosophila behavioral rhythms with light-dark cycles | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les photorécepteurs parlent aux photorécepteurs pour synchroniser les rythmes veille-sommeil de la drosophile

 

Chez tous les animaux une horloge circadienne située dans le cerveau contrôle les rythmes veille-sommeil. Elle met en jeu des gènes d’horloge découverts chez la mouche drosophile et très conservés au cours de l’évolution. L’horloge cérébrale se synchronise avec les cycles jour-nuit principalement grâce aux changements de lumière et de température. Chez la drosophile, la synchronisation par la lumière repose sur la protéine photoréceptrice Cryptochrome, sensible à la lumière bleue et présente dans les neurones d’horloge. Par ailleurs, ceux-ci perçoivent la lumière de façon indirecte, via les neurones photorécepteurs du système visuel. Ceux-ci expriment chacun une des six rhodopsines différentes dont la sensibilité va de l’ultra-violet au rouge. Les neurones photorécepteurs utilisent l’histamine comme neurotransmetteur et le récepteur à l’histamine Ort est présent dans les interneurones qui transmettent l’information lumineuse depuis la rétine jusqu’au centres cérébraux qui traitent l’information visuelle. Un deuxième récepteur, HisCl1, est utilisé dans les photorécepteurs pour renforcer la spécificité de détection des couleurs.

 

Les travaux publiés par deux équipes de l’Institut des Neurosciences Paris-Saclay montrent qu’une catégorie particulière de photorécepteurs rétiniens, qui expriment la rhodopsine 6 sensible au vert, utilisent le récepteur à l’histamine HisCl1 pour percevoir les informations lumineuses en provenance des autres photorécepteurs et synchroniser les rythmes veille-sommeil. Les neurones photorécepteurs à rhodopsine 6 jouent donc un double rôle inattendu, photorécepteur sensible au vert et interneurone sensible de façon indirecte à d’autres longueurs d’onde. Cette double fonction définit deux circuits indépendants pour la synchronisation de l’horloge cérébrale par la lumière perçue via la rétine. Elle constitue un parallèle fonctionnel aux cellules ganglionnaires intrinsèquement photoréceptrices de la rétine mammifère, qui sont d’une part des interneurones collectant l’information lumineuse en provenance des cônes et des bâtonnets, et d’autre part des photorécepteurs grâce à l’expression de la mélanopsine. Ces travaux dévoilent une complexité inattendue dans l’organisation anatomique et neurophysiologique des circuits rétiniens. Ils suggèrent que les variations de couleur pourraient jouer un rôle important dans la synchronisation des rythmes circadiens ou dans d’autres effets de la lumière sur le cerveau.

 

Alejevski, F., Saint-Charles, A., Michard-Vanhée, C., Martin, B., Galant, S., Vasiliauskas, D., and Rouyer, F. (2019). The HisCl1 histamine receptor acts in photoreceptors to synchronize Drosophila behavioral rhythms with light-dark cycles. Nat Commun 10, 252.

https://www.nature.com/articles/s41467-018-08116-7

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Exploration multi-omique de facteurs clés pour l’expression génique de plus de 3200 tumeurs

Exploration multi-omique de facteurs clés pour l’expression génique de plus de 3200 tumeurs | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

The Cancer Genome Atlas (TCGA) a considérablement fait progresser la recherche sur le cancer grâce a la génération, organisation, et publication de données moléculaires riches issues de milliers d'échantillons de tumeurs. En particulier, les mesures de l’expression de gènes dans différents types de cancer sont utilisées pour déterminer les gènes et les protéines actifs dans les cellules tumorales.

 

Afin de caractériser l’expression de gènes dans les échantillons tumoraux du TCGA, une équipe de l’unité INRA UMR1313 (Andrea Rau, INRA Jouy-en-Josas, AgreenSkills+ Fellow), en collaboration avec l’University of Wisconsin-Milwaukee (Paul Livermore Auer) et le Medical College of Wisconsin, vient de publier un article dans Bioinformatics. L’équipe a proposé un cadre statistique pour fractionner la variabilité de l'expression de gènes en composantes moléculaires comprenant les mutations somatiques, l’expression de facteurs de transcription (TF) et de microARN, l’altération de nombre de copies (CNA), la méthylation, et la variation génétique de la lignée germinale. Une application web interactive, EDGE in TCGA, facilite l’exploration et la visualisation des résultats de ces analyses à l’échelle du transcriptome dans 17 cancers différents.

 

Une étude des tendances pan-tumorales pour la voie oncogénique p53-DNA repair (Figure) a révélé un effet prépondérant des CNAs pour l’ensemble des cancers, ainsi que le rôle important des TFs pour le sarcome, le glioblastome, et les cancers de la peau et du poumon. En outre, l’application interactive a permis l’identification, confirmée par la suite par une expérience, de TFs spécifiques agissant sur l’expression du gène PTPN14 dans les cellules de cancer de sein.

 

Contact : andrea.rau@inra.fr ou pauer@uwm.edu

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Nouvelle stratégie thérapeutique anticancéreuse via la génération de stress oxydant

Nouvelle stratégie thérapeutique anticancéreuse via la génération de stress oxydant | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La connaissance des rôles physiologiques et pathologiques des radicaux libres, en particulier des espèces radicalaires dérivées de l’oxygène (ROS) est en pleine évolution. Les données accumulées démontrent que l’équilibre précis et dynamique des ROS intracellulaires joue un rôle critique dans le destin cellulaire. Les cellules cancéreuses présentent un niveau basal de ROS plus élevé, et un réservoir d’antioxydants moins important que les cellules normales. Par conséquent, il est plus facile d’y atteindre un seuil létal d’oxydants que chez les cellules normales. Cette caractéristique biologique permet d’envisager de nouvelles stratégies applicables aux traitements anticancéreux.

 

Dans ce contexte, les membres de l’équipe de Meng-Er Huang (UMR3348 CNRS/Institut Curie/Université Paris-Sud) et leurs collaborateurs ont démontré que la combinaison entre l’auranofin –médicament historiquement utilisé pour traiter l’arthrite rhumatoïde–, et la vitamine C –molécule pro-oxydante à dose élevée–, présente une efficacité anticancéreuse synergétique due à l’accumulation de ROS dans des lignées cellulaires de cancer du sein triple négative, forme particulièrement agressive de la maladie. Un marqueur biologique potentiel présentant une valeur prédictive de la sensibilité des cellules à cette combinaison a également été identifié. L’efficacité thérapeutique de cette combinaison a été confirmée sur des souris greffées avec des cellules de cancer du sein triple négative, sans toxicité significative pour les animaux. Ces premiers résultats encourageants, récemment publiés dans The Journal of the National Cancer Institute, constituent une base solide permettant, à terme, une étude plus poussée en vue de la mise en place d’une nouvelle stratégie thérapeutique contre le cancer du sein.

 

Contact : meng-er.huang@curie.fr

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Nuit de la lecture - 19 janvier 2019 à Orsay

Nuit de la lecture - 19 janvier 2019 à Orsay | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Avec la participation de Anne-Marie Cassard (UMR-S 996 INSERM/UPSud, Clamart) et Myriam Harry (EGCE, Gif-sur-Yvette).

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Annonce des Lauréats French Tech Seed Billets, jeudi 17 janvier à 12:30

Annonce des Lauréats French Tech Seed Billets, jeudi 17 janvier à 12:30 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Soutenir les start-up technologiques en phase de post-maturation, notamment les start-up de la Deep Tech et de moins de trois ans : telle est l’ambition affichée par le Premier ministre Edouard Philippe lors de la mise en place en juin dernier du Fonds French Tech Seed. Doté de 400 millions d’euros issus du PIA3 et géré par Bpifrance, ce fonds a pour spécificité de reposer sur un mécanisme d’apporteurs d’affaires labellisés et un effet de levier sur l’investissement privé – un euro d’investissement privé donnant droit à deux euros de Bpifrance.
Ce jeudi 17 Janvier 2019, à 12h30 dans les locaux de la SATT Paris-Saclay, les lauréats nationaux French Tech Seed, seront dévoilés par Frédérique Vidal, Ministre de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation et Agnès Pannier-Runacher, Secrétaire d’État auprès du Ministre de l’Économie et des Finances, en présence de Guillaume Boudy, Secrétaire général au Secrétariat Général Pour l’Investissement. Cet évènement sera suivi d'un buffet déjeunatoire.

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Pré-annonce : un appel à projets européens de recherche sur les maladies cardiovasculaires

Pré-annonce : un appel à projets européens de recherche sur les maladies cardiovasculaires | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Dans le cadre de l’ERA-NET ERA-CVD, l'Agence nationale de la recherche (ANR) lancera, en collaboration avec 14 pays (l’Autriche, l'Allemagne, la Belgique, le Canada, l’Estonie, l’Espagne, Israël, l’Italie, la Lettonie, les Pays-Bas, la Pologne, la Roumanie, la Slovaquie, Taiwan), un appel à projets recherche sur les maladies cardiovasculaires, portés par des chercheurs en début de carrière. L’ouverture est prévue entre le 14 et le 18 janvier 2019.

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Révision d'un dogme : L'évolution du cerveau au sein des primates n'est pas associée à une augmentation de la taille relative de leur cortex cérébral

Révision d'un dogme : L'évolution du cerveau au sein des primates n'est pas associée à une augmentation de la taille relative de leur cortex cérébral | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les chercheurs de MIRCen (CEA DRF, Institut François Jacob, Fontenay-aux-Roses) ont créé un atlas anatomique numérique du cerveau du plus petit primate existant sur terre, le microcèbe murin. Ils ont pu montrer que le ratio entre le volume du néocortex et l'ensemble du cerveau est constant chez tous les primates. De plus, ils ont mis en évidence que le ratio entre le volume de substance blanche (zone cérébrale permettant à différentes régions du cerveau de communiquer entre elles) et l'ensemble du cerveau varie selon les types de primates.

 

Article dans NeuroImage.

Contact : marc.dhenain@cea.fr

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CRISPR : du labo au champs

CRISPR : du labo au champs | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Le 5 juin 2018, le premier essai en plein champ d'une culture CRISPR-Cas-9 génétiquement modifiée a débuté à Rothamsted Research au Royaume-Uni, après avoir été approuvé par le ministère britannique de l'environnement, de l'alimentation et des affaires rurales comme des plantes ne pouvant être différenciées de plantes issues de variabilité naturelle et donc pouvant être cultivées comme toute variété traditionnelle. Cependant, le 25 juillet 2018, la Cour européenne de justice a statué que des techniques telles que l'édition de gènes relèvent maintenant de la directive OGM de l'Union européenne de 2001, ce qui signifie que ces plantes de Cameline mutagénisées par CRISPR-Cas9 devaient être soumises aux même règles d’évaluation et de confinement que des plantes transgéniques. Dans une lettre publiée dans eLIFE, Jean-Denis Faure (Institut Jean-Pierre Bourgin, INRA, AgroParisTech, CNRS, Université Paris-Saclay, Versailles) et Johnathan A Napier (Department of Plant Sciences, Rothamsted Research, Harpenden, GB) décrivent leur expérience dans la conduite de cet essai et de la transformation légale, du jour au lendemain, de leurs plantes. Ils se penchent également sur l'avenir de ces plantes pour la recherche européenne mais aussi pour l’amélioration variétale qui sont désormais soumises à la réglementation sur les OGM, et sur la manière dont cela risque d'entraver l'application et l'innovation dans la recherche fondamentale financée par des fonds publics.

 

Figure : Des nuages pour l’avenir des essais aux champs des variétés CRISPR de cameline.

 

Contact : jean-denis.faure@agroparistech.fr

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Le rôle de la filamine A dans la production des plaquettes

Le rôle de la filamine A dans la production des plaquettes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les filaminopathies constituent un groupe de maladies héréditaires rares affectant plusieurs tissus y compris les plaquettes. Etant donné que ce syndrome est associé à des mutations hétérozygotes du gène codant pour une protéine de cytosquelette, la filamine A (FLNa), qui est localisé sur le chromosome X, uniquement les femmes sont atteintes car la dysfonction de cette protéine est létale.

 

Dans le sang de ces patientes on peut observer deux populations de plaquettes : une de taille normale et l’autre de taille augmentée (macroplaquettes). De plus le nombre de plaquettes est diminué. Une des hypothèses conduisant à ce phénotype particulier est qu’en fonction du chromosome X actif, les mégacaryocytes (MKs, précurseurs de plaquettes) exprimant le chromosome avec FLNA sauvage vont générer des plaquettes normales et les MKs exprimant le gène FLNA muté généreront des macroplaquettes en quantité diminuée.

 

Pour confirmer cette hypothèse et pour mieux comprendre la physiopathologie de cette maladie rare, l’équipe de Hana Raslova à l’UMR 1170 INSERM/UPSud/Gustave Roussy (Villejuif) a développé un modèle cellulaire basé sur les cellules souches pluripotentes induites (iPSCs). Dans une étude qui vient d’être publiée dans la revue Blood, les chercheurs ont généré à partir des cellules sanguines des patientes plusieurs lignées pluripotentes capables de devenir n’importe quel type de cellules matures, y compris les MKs. Sachant qu’une lignée iPSC provient d’une seule cellule qui a déjà inactivé un chromosome X, il est possible de comparer directement des cellules exprimant le chromosome muté à celles exprimant le chromosome sauvage du même individu (modèle isogénique). L’équipe a pu découvrir que les MKs mutés sont quasi incapables de générer des plaquettes à cause d’un défaut de contractilité du cytosquelette. Cette anomalie est due à l’absence de la filamine A, car les mutations entrainent une perte totale de la protéine. Les chercheurs ont pu montrer que l’absence de FLNa induit une activation anormale de RhoA, un médiateur de la signalisation cellulaire, mais seulement après l’activation de l’intégrine aIIbb3 par le fibrinogène. Cette activation anormale de RhoA est en grande partie responsable du défaut de production de plaquettes car il est partiellement corrigé par un inhibiteur chimique de la signalisation en aval de RhoA. En conclusion, ce nouvel axe fibrinogène–aIIbb3-FLNa–RhoA est crucial pour la production normale de plaquettes.

 

Contact : hana.raslova@gustaveroussy.fr ou alessandro.donada@gustaveroussy.fr

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Alzheimer : identification d’agrégats de protéines cibles potentielles pour soigner la maladie

Alzheimer : identification d’agrégats de protéines cibles potentielles pour soigner la maladie | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

La propagation des agrégats de la protéine Tau dans le cerveau contribue à la progression de la maladie d’Alzheimer. Des chercheurs du Laboratoire des maladies neurodégénératives (LMN, CNRS/CEA/Université Paris-Sud, MIRCen), en collaboration avec l’Ecole normale supérieure, Sorbonne Université et l’Inserm, viennent d’identifier les cibles de ces agrégats. Publiés dans EMBO Journal le 10 janvier, ces travaux permettront la conception d’outils capables de bloquer ces éléments clés dans la propagation des agrégats et de contrecarrer ainsi leur effet pathologique.

 

L’agrégation des protéines alpha-synucléine, pour la maladie de Parkinson, et Tau, pour la maladie d’Alzheimer, est intimement liée à la progression de ces pathologies neurodégénératives. Ces agrégats se propagent d’une cellule neuronale à l’autre en se liant aux cellules. Ils se multiplient pendant cette propagation. Il a été montré que la propagation et l’amplification de ces agrégats protéiques sont délétères et contribuent à l’évolution de ces maladies.

 

La compréhension de la formation de ces agrégats, de leur propagation et de leur multiplication dans les cellules du système nerveux central présente un potentiel thérapeutique : elle permettrait de cibler ces processus et d’agir sur leurs conséquences.

 

Contact : ronald.melki@cnrs.fr

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Du CO2 et du cuivre pour marquer des produits pharmaceutiques au carbone

Du CO2 et du cuivre pour marquer des produits pharmaceutiques au carbone | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Des chercheurs du SCBM (Institut Joliot, CEA de Saclay) en collaboration avec une équipe de l’IRAMIS (CEA/CNRS) ont mis au point une méthode de marquage au carbone 14 de molécules organiques d’intérêt thérapeutique, basée sur l’échange dynamique de dioxyde de carbone. Cette méthode comporte une seule étape et génère beaucoup moins de déchets radioactifs que les méthodes actuelles. En facilitant certaines études précliniques et cliniques, elle devrait à terme contribuer à accélérer la mise sur le marché de nouveaux médicaments. Ces travaux ont été publiés dans le Journal of the American Chemical Society

 

Contact : davide.audisio@cea.fr ou thibault.cantat@cea.fr

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POLQ plays a key role in repair of CRISPR/Cas9 induced double strand breaks in the moss Physcomitrella patens (IJPB, SPS)

POLQ plays a key role in repair of CRISPR/Cas9 induced double strand breaks in the moss Physcomitrella patens (IJPB, SPS) | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Double strand breaks can be repaired by different mechanisms such as homologous recombination (HR), classical non-homologous end joining (C-NHEJ) and alternative end joining (Alt-EJ). The polymerase Q (POLQ) has been proposed to be the main factor involved in Alt-EJ mediated DNA repair. •Here we describe the role of POLQ in DNA repair and gene targeting in Physcomitrella patens. The disruption of the POLQ gene does not influence the genetic stability of P. patens nor its development. •The polq mutant shows the same sensitivity as wild-type towards most of the genotoxic agents tested (UV, MMS and cisplatin) with the notable exception of bleomycin for which it shows less sensitivity than the wild-type. Furthermore, we show that POLQ is involved in the repair of CRISPR-Cas9 induced double strand breaks in P. patens. We also demonstrate that POLQ is a potential competitor and/or inhibitor of the HR repair pathway. •This has a consequence in terms of genetic engineering as in absence of POLQ the frequency of gene targeting is significantly increased and the number of clean two-sided HR-mediated insertions is enhanced. Thus, controlling POLQ activity in plants could be a useful strategy to optimize the tools of genome engineering for plant breeding.


Via Institute Jean-Pierre Bourgin, Saclay Plant Sciences
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Fascination of Plants Day 2019

Fascination of Plants Day 2019 | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Fascination of Plants Day 2019,

16 mai 2019 - Centre INRA - Versailles

La biologie végétale expliquée aux lycéens...
A l’occasion de la journée Fascination of Plants Day 2019, Sciences des Plantes de Saclay organise une journée de découverte de la biologie des plantes, destinée aux lycéens, en collaboration avec le Centre Inra Île-de-France Versailles-Grignon.

Qu’est-ce que la journée Fascination of Plants Day ?

La journée internationale de célébration des plantes est parrainée par l’Organisation Européenne pour la Science Végétale (EPSO). Le but de cette journée est de montrer au monde entier l’intérêt de travailler sur les plantes et l’importance que ce domaine d’étude peut avoir notamment pour l’agriculture, la production durable de nourriture, l’énergie et l’environnement.

Accueil des classes de lycées - 10h > 16h
Programme prévisionnel
10h00: Accueil
- Présentation du réseau Sciences des Plantes de Saclay
- Présentation : "Pourquoi étudier les plantes ?"

10h30: Activité 1
11h00: Activité 2
11h30: Activité 3
12h00: Déjeuner (prévoir pique-nique)
13h30: Conférence
14h00: Activité 4
14h30: Activité 5
15h00: Découverte des métiers de la recherche
16h00: Fin prévue de la journée

Activités
Conférence: "Les sucres : biosynthèse, transport et utilisation chez les végétaux"
Afin de croître et de s’adapter à des modifications de leur environnement, les végétaux fabriquent des sucres à partir du dioxyde de carbone atmosphérique, de l’eau et de la lumière grâce à la photosynthèse. Une fois synthétisés, les sucres sont transportés dans tous les autres organes et sont utilisés dans de nombreux processus biologiques. Dans cet exposé, nous détaillerons la biosynthèse, le transport et l’utilisation des sucres chez les plantes grâce à des exemples concrets.

Atelier: "Analyser le hasard dans l’espace à trois dimensions"
Les systèmes biologiques sont organisés de façon hiérarchique à travers plusieurs niveaux d’organisation (molécules, cellules, tissus, organes, etc.). Le fonctionnement de ces systèmes est étroitement lié à la façon dont leurs constituants sont organisés dans l’espace. Dans cet atelier, nous montrerons comment l’imagerie, les mathématiques et l’informatique permettent d’analyser de façon objective la répartition d’objets biologiques dans l’espace.

Atelier: "Parcours scientifique : un exemple de recherche, une découverte !"
De l’hypothèse de départ à la publication scientifique, l’activité de recherche est loin d’être toujours un chemin direct et sans embûches. Un résultat nouveau et inattendu peut être au bout du chemin. Venez découvrir la démarche mise en œuvre et comment une nouvelle connaissance s’acquiert étape par étape, à travers un exemple concret de recherche scientifique sur l’arabette des dames (Arabidopsis thaliana), la « souris verte » des laboratoires de biologie végétale.

Atelier: "Cellules de plantes en puzzle et musique, une même histoire de mathématiques !"
La surface des feuilles est couverte de cellules en forme de pièces de puzzle. En regardant de près, on remarque une structure organisée et harmonique que l’on peut décrire par des outils mathématiques similaires à ceux que l’on peut utiliser pour décrire la musique ! On comprend alors que la croissance des plantes est finement régulée par des mécanismes de contrôle. Ceci nous amènera vers les processus chimiques, mécaniques et génétiques impliqués dans la formation des plantes et indirectement de tout être vivant.

Visite de serres
Visite de laboratoire

Candidatures
Seul un nombre restreint de classes pourront être accueillies.

Date limite pour candidater: 15 mars 2019 (minuit)

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Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur les Graduate Schools...

Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur les Graduate Schools... | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Qu'est-ce qu'une Graduate School ? Pourquoi l'Université Paris-Saclay doit-elle se restructurer en Graduate Schools ? Quelles sont les ambitions des futures Graduate Schools de l'Université Paris-Saclay ? Cette newsletter fait le point sur l'état d'avancement de la réflexion.

 

La structuration de ces Graduate Schools est assurée par le groupe de travail Graduate Schools et Pôles. Le rôle et l'organisation des Pôles seront abordés à l'occasion d'une prochaine newsletter.

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RetroRules – Une collection de règles de réaction en libre accès pour prédire des produits alternatifs d’enzymes

RetroRules – Une collection de règles de réaction en libre accès pour prédire des produits alternatifs d’enzymes | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Les règles de réaction sont des descriptions génériques des réactions chimiques. Elles permettent de généraliser et d’étendre la diversité des transformations biochimiques en prédisant de nouvelles transformations.

 

L’utilisation des règles de réaction est une étape clé en ingénierie métabolique et en biologie de synthèse pour la découverte in silico de nouvelles voies métaboliques, pour la biosynthèse de composés d’intérêt ou l’ingénierie de biocapteurs. Elle trouve aussi des applications en biologie des systèmes notamment pour étudier le métabolisme underground dû à la promiscuité enzymatique.

 

RetroRules est présenté dans la revue Nucleic Acids Research, publié par l’équipe BioRetroSynth de l’Institut Micalis (INRA/AgroParisTech, Jouy-en-Josas). RetroRules est une ressource en libre accès qui propose un ensemble d’outils pour interroger et générer des règles de réaction. La base de données regroupe environ 400 000 règles générées à partir de plus de 15 000 réactions biochimiques. Chaque réaction biochimique est encodée à différents niveaux de spécificité enzymatique par des règles de réactions distinctes qui peuvent inclure des changements stéréochimiques.

 

Le site web RetroRules (https://retrorules.org), le service API REST ainsi que la base de données téléchargeable permettent à l’utilisateur d’interroger les règles pré-calculées en se basant sur le nombre EC des réactions, leurs identifiants, le nom des substrats ou les structures chimiques. Un générateur de règles de réaction en ligne permet par ailleurs de construire ses propres règles en cas de besoin. L’ensemble des règles de réactions proposé par RetroRules peut être utilisé dans des outils de chémo-informatiques, ou par des pipelines d’analyse tels que RetroPath2.0 (https://www.myexperiment.org/workflows/4987.html)

 

Contact : Jean-Loup.Faulon@inra.fr

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Séminaire "Single cell" - 28 janvier 2019 à l'INRA de Jouy-en-Josas

Séminaire "Single cell" - 28 janvier 2019 à l'INRA de Jouy-en-Josas | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L'analyse « Single cell » est une approche en évolution rapide qui permet de caractériser l'information moléculaire à l'échelle de la cellule.

La mise ou point de technologies et méthodes de plus en plus fiables et variées sur un Jorge spectre de types cellulaires a permis des avancées significatives dons des domaines très différents.

Sur le Centre de Jouy mais aussi ou sein du réseau des plateformes de génomique du Département SDV Paris-Saclay (GENOPS} des collègues chercheurs sont de plus en plus demandeurs d'information sur l’approche« Single cell ».

La plateforme @BRIDGe possède une longue expertise en matière d'isolement de cellules et de microgénomique et organise ce séminaire qui rassemblera quelques spécialistes du domaine ainsi que des fournisseurs pour faire le point sur les solutions proposées pour l'analyse « Single Cell » aujourd’hui. Cette journée va nourrir notre réflexion sur l'évolution de nos services en génomique.

 

Deux conférenciers de renommée internationale sont invités à présenter des approches très différentes dans le cadre de leur recherche :une approche scRNAseq haut-débit (P. Barbry} et une approche plus ciblée sur des cellules rares, telles que les CTC {P. Pinzani). Un espace sera également réservé pour de courtes présentations des différentes technologies.

 

Les sponsors seront présents avec des stands au moment de l’accueil et de la pause-café.

Une table ronde dans laquelle des collègues d'autres plateformes partageront leur expérience « Single cell » clôturera la journée.

 

Pour des raisons logistiques, l’inscription au séminaire « SINGLE CELL » est GRATUITE MAIS OBLIGATOIRE à l’adresse suivante

 

La plateforme espère vous voir nombreux !

 

Contact : claudia.bevilacqua@inra.fr

 

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Gabriel Perlemuter, invité de « Grand bien vous fasse » sur France Inter

Gabriel Perlemuter, invité de « Grand bien vous fasse » sur France Inter | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Présent en particulier dans la flore intestinale… Mais pas que. Le microbiote est également présent dans notre bouche, notre foie ou encore nos parties génitales. Pourquoi est-il essentiel de cultiver une flore diversifiée… Quels sont les aliments indiqués pour en prendre soin ? Dans son émission « Grand bien vous fasse » diffusée hier, France Inter s’est penchée sur le microbiote à l’occasion de l’exposition qui lui est consacrée à la Cité des Sciences de La Villette. Etaient invités de l’émission notamment Dorothée Vatinel, commissaire de l’exposition, et Gabriel Perlemuter, PU-PH en hépato-gastro-entérologie, chef du service gastro-entérologie et nutrition de l’hôpital Antoine Béclère (UFR Médecine UPSud), à Paris, et directeur d’une équipe de recherches sur le microbiote du foie au sein de l'UMR-S 996 INSERM/UPSud, membre du LabEx LERMIT.

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Invitation - Meet My Platform | Université Paris-Saclay - Sciences de la Vie | Genopole

Invitation - Meet My Platform | Université Paris-Saclay - Sciences de la Vie | Genopole | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Nous avons le plaisir de vous convier aux nouvelles rencontres
Meet My Platform | Université Paris-Saclay dont

la première édition est dédiée aux Sciences de la Vie,
le 31 janvier 2019 à CENTRALE SUPELEC.

 

Cet évènement, porté par Genopole et le département Sciences de la Vie de l'Université Paris-Saclay, s’inscrit dans la dynamique de  mise en visibilité de leurs plateformes via le portail Plug in labs Université Paris-Saclay.

 

Il s'adresse ainsi aux plateformes, unités de recherche et entreprises, avec pour objectif de :

  • Créer une communauté des plateformes Sciences de la Vie
  • Initier ou renforcer les relations plateformes – entreprises.

 

Programme détaillé et inscriptions sur :

www.universite-paris-saclay.fr/fr/mmp-sdv 

 

Cette journée est organisée avec le soutien du pôle de compétitivité Medicen Paris Region, la SATT Paris-Saclay et le Département SdV de l'UPSaclay.

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Shall AgenT rats be the missing link to defeat Alzheimer’s?

Shall AgenT rats be the missing link to defeat Alzheimer’s? | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Alzheimer’s disease (AD) is now considered as an events continuum. Alzheimer’s starts by a silent phase consisting in a period at least longer than 20 years, in which pathological disturbances accumulate in the brains of individuals without cognitive impairments. Unfortunately, patients are diagnosed only when huge behavioral disabilities have appeared. Thus, the clinical phase begins as soon as these lesions affect the daily lives of patients. Currently, no efficient treatment is available to stop dementia from progressing. This may be explained by the fact that therapies are prescribed 15 years too late. It is crucial to better understand this silent phase to allow development of early diagnosis and efficient treatments. Until now, no in vitro or in vivo tools allowed research laboratories to develop this approach. To overcome this lack, Dr Jérôme Braudeau and his collaborators at INSERM/UPSud/CEA UMR-S 1169 (CEA-DRF, Institut Francois Jacob, MIRCen, Fontenay-aux-Roses) have developed the AgenT rat model. This model is induced through adenovirus (AAV) injection coding for human mutated APP and presenilin 1 (PS1) genes in the adult rodent hippocampus. This disruptive modelling technology was recently published in Cerebral Cortex.

 

This technology leads to the production of Aβ42 peptide by a very limited number of neurons (less than 10% of neurons). Thus, the majority of hippocampus cells have no genetic modification, making it a relevant model for non-genetic forms of the disease that represent more than 95% of cases (sporadic forms). Aβ42 peptides gradually diffuse throughout the hippocampus and their concentration increases with age to reach at the late stage concentrations comparable to those measured in the hippocampus of AD patients. Hyperphosphorylation of the endogenous Tau protein gradually rises associated with an accelerated long-term forgetting. Finally, amyloid plaques, cerebral amyloid angiopathy and intraneuronal aggregates of hyperphosphorylated Tau protein develop only in AgenT older rats, confirming a total commitment of both amyloid and Tau pathologies. All these features make the AgenT rat model a powerful tool to better predict the drug efficacy during clinical trials. It could thus accelerate the development of therapies specifically acting during silent AD phases. Finally, this model also constitutes a formidable tool to characterize new biomarkers in order to develop an early diagnosis.

 

See The AgenT rat model in 60’’ : https://www.youtube.com/watch?v=xJvpU6BNH0Q

 

Contact : jerome.braudeau@agent-biotech.com

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Vasodilatation coronaire dans l’insuffisance cardiaque : attention, changement de signalisation !

Vasodilatation coronaire dans l’insuffisance cardiaque : attention, changement de signalisation ! | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

De nombreux médiateurs régulent le flux artériel en agissant sur le tonus vasculaire, souvent par l’intermédiaire des voies des nucléotides cycliques (AMPc et GMPc), de petites molécules agissant comme des messagers intracellulaires. La stimulation de ces voies de signalisation induit une vasodilatation par l’intermédiaire de plusieurs mécanismes, notamment l’activation de canaux ioniques. Une équipe du laboratoire « Signalisation et Physiopathologie Cardiovasculaire », (UMR-S 1180 Inserm/UPSud) s’intéresse au rôle joué par des enzymes responsables de l’inactivation de ces messagers, les phosphodiestérases (PDE), dont l’inhibition pharmacologique provoque une relaxation du muscle lisse vasculaire. Un travail récemment publié dans Cardiovascular Research a permis de préciser le rôle du canal BK(Ca) dans la réponse vasorelaxante induite par l’inhibition des isoformes PDE3 et PDE4 dans l’artère coronaire isolée de rat. L’équipe a démontré que la contribution du canal BK(Ca) est importante en condition basale de production d’AMPc, ou lors d’une stimulation bêta-adrénergique, mais qu’elle est moindre lors de la stimulation directe de l’enzyme qui synthétise l’AMPc. De plus, en utilisant un modèle d’insuffisance cardiaque élaboré chez le rat par la plateforme ANIMEX (UMS IPSIT), il apparaît que la contribution du canal BK(Ca) en condition basale est absente dans les coronaires de rat malades en comparaison aux rats témoins (Cf. figure). Ceci pourrait s’expliquer par une diminution de moitié de l’expression du canal BK(Ca), observée dans les tissus pathologiques. Ces résultats permettent pour la première fois d’appréhender le remodelage de la voie de l’AMPc agissant sur le canal BK(Ca) dans un contexte pathologique.

 

Contact : boris.manoury@u-psud.fr

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Early alterations in intracellular calcium by anticancer therapy induce later cardiac failure

Early alterations in intracellular calcium by anticancer therapy induce later cardiac failure | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Cardiac failure is a common complication in cancer survivors treated with anthracyclines, but its origin is not completely elucidated. In a study published in the Journal of Molecular and Cellular Cardiology conducted at the UMR-S 1180 (INSERM/UPSud, Châtenay-Malabry), the cardiac function and cardiomyocyte intracellular calcium handling was evaluated using in-vivo, confocal microscopy and biochemistry techniques in a long follow up manner (up to 15 weeks) after the last fractionated doxorubicin (Dox) iv injection in mice. Three phases were observed: 1/ depression and slowing of the Ca2+ cycling (2 weeks), 2/ compensatory state (6 weeks) and 3/ further depression of Ca2+ transients with diminished cellular contraction and dilated cardiomyopathy. These effects may be the reflect of a low Ca2+ storage due to depression in SERCA expression and enhanced Ca2+ leak through the intracellular Ca2+ release channel (RyR, for ryanodine receptor) at early and late stage. Llach et al. also identified posttranslational modifications in the RyR channel: an increase in its level of phosphorylation at early time after the last Dox injection, which can be involved in the enhanced occurrence of arrhythmias in the acute phase and depressed contraction in the latter. This work points out that Ca2+ homeostasis alterations contribute to Dox induced cardiomyopathy from early stage, before any clinical signs, instead of - or additional to - the classical and current dogma linking cardiotoxicity to the sole cell death. Moreover, this cardiac dysfunction seems to be specific to Dox-induced toxicity, being different from cardiac dysfunction from other etiologies, notably by the lack of hypertrophy and electrophysiological alterations.

 

Contact: ana-maria.gomez@inserm.fr our eric.morel@u-psud.fr

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Small is big in Arabidopsis mitochondrial ribosome (coll IBMP, IJPB/SPS)

Small is big in Arabidopsis mitochondrial ribosome (coll IBMP, IJPB/SPS) | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Mitochondria are responsible for energy production through aerobic respiration, and represent the powerhouse of eukaryotic cells. Their metabolism and gene expression processes combine bacterial-like features and traits that evolved in eukaryotes. Among mitochondrial gene expression processes, translation remains the most elusive. In plants, while numerous pentatricopeptide repeat (PPR) proteins are involved in all steps of gene expression, their function in mitochondrial translation remains unclear. Here we present the biochemical characterization of Arabidopsis mitochondrial ribosomes and identify their protein subunit composition. Complementary biochemical approaches identified 19 plant-specific mitoribosome proteins, of which ten are PPR proteins. The knockout mutations of ribosomal PPR (rPPR) genes result in distinct macroscopic phenotypes, including lethality and severe growth delay. The molecular analysis of rppr1 mutants using ribosome profiling, as well as the analysis of mitochondrial protein levels, demonstrate rPPR1 to be a generic translation factor that is a novel function for PPR proteins. Finally, single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) reveals the unique structural architecture of Arabidopsis mitoribosomes, characterized by a very large small ribosomal subunit, larger than the large subunit, bearing an additional RNA domain grafted onto the head. Overall, our results show that Arabidopsis mitoribosomes are substantially divergent from bacterial and other eukaryote mitoribosomes, in terms of both structure and protein content.

 

Contact : hakim.mireau@inra.fr


Via Saclay Plant Sciences
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Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot - Evolution de la maladie d’Alzheimer : un rôle dual de la réaction neuroimmune

Institut des sciences du vivant Frédéric Joliot - Evolution de la maladie d’Alzheimer : un rôle dual de la réaction neuroimmune | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

Une collaboration impliquant le Centre hospitalier Sainte-Anne, le Service Hospitalier Frédéric Joliot (SHFJ, CEA,  Orsay), le centre de recherche Saint-Antoine et l’ICM, a identifié, grâce à une étude d’imagerie cérébrale en TEP réalisée chez des patients souffrant de la maladie d’Alzheimer, deux profils cinétiques distincts de la réaction neuro-immunitaire cérébrale, qui impactent différemment la progression de la maladie. Les chercheurs proposent un modèle original de la neuro-inflammation, susceptible d’ouvrir de nouvelles pistes thérapeutiques.

Voir article dans Brain.

Contact : michel.bottlaender@cea.fr

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L'écosystème français des plateformes bioinformatiques face aux défis de l'analyse des données de biologie et de santé

L'écosystème français des plateformes bioinformatiques face aux défis de l'analyse des données de biologie et de santé | Life Sciences Université Paris-Saclay | Scoop.it

L'écosystème français des plateformes de bioinformatique face aux défis de l'analyse des données de biologie et de santé.

Date : 25 janvier 2019 à Paris + 12 villes (retransmission)
Organisateur : Inserm

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