bioinformatique
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L’open access ne nuit pas à la qualité scientifique

L’open access ne nuit pas à la qualité scientifique | bioinformatique | Scoop.it
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Un billet sur le blog Alambic de la bibliothèque de Clermont-Ferrand, sur Hypotheses.org, pose la question « L’open access nuit-il à la qualité scientifique ? » (explication de ce qu’est l’open access dans ce billet).
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bioinformatique
La bioinformatique. Un champ d’application et de recherche né de la rencontre entre la biologie et l’informatique. Un domaine très vaste et pluridisciplinaire où se côtoie la biologie et l’informatique souvent en relation avec la médecine, la physique ou encore la chimie.
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Packrat ou comment gérer ses packages R par projet | bioinfo-fr.net

Packrat ou comment gérer ses packages R par projet | bioinfo-fr.net | bioinformatique | Scoop.it
Qui ne s'est jamais retrouvé coincé entre deux projets R utilisant deux versions différentes d'un même package ?
Qui n'a jamais eu cette idée folle, un jour d'inventer un cas d'école (via R) qu'il souhaitait partager ?
Qui n'a jamais eu à chercher quelle version de package est nécessaire avec un code récupéré d'un collègue pour qu'il fonctionne comme celui du dit collègue ?
Qui n'a jamais installé nombre de packages dans sa librairie pour divers projets et n'a jamais osé les désinstaller par peur que des projets ne fonctionnent plus ?
Qui n'a jamais mis à jour un package dans un projet pour qu'il fonctionne, et ainsi cessé de faire fonctionner un autre projet ?
Qui n'a jamais mis à jour par erreur un package et involontairement TOUTES ses dépendances avec la même conséquence que ci-dessus ?

Je vais m'arrêter là, je pense que vous avez compris que la gestion de packages sous R est une source d'erreurs faciles...
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BLAST en pratique

BLAST en pratique | bioinformatique | Scoop.it
Alignement de séquences avec BLAST Cet article a pour but de vous montrer une application pratique de BLAST, le fameux programme d'alignement de séquences détenant un record de citations, avec certains problèmes qu'on peut rencontrer et ce qu'on...
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Avec Calico, Google veut s'attaquer à la vieillesse et à la maladie

Avec Calico, Google veut s'attaquer à la vieillesse et à la maladie | bioinformatique | Scoop.it

Le géant de la recherche sur Internet veut repousser les limites de l'espérance de vie, même si les détails de son projet sont encore flous.


Via Jocelyn BOUILHOL, Loiret David
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Introduction à la ligne de commande

Introduction à la ligne de commande | bioinformatique | Scoop.it
Langage : Shell Niveau : Grand débutant Ce tutoriel n'a originellement pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bioinformaticiens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se...
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Blogs de sciences, articles scientifiques ou revues scientifiques ? | Bioinformations

Blogs de sciences, articles scientifiques ou revues scientifiques ? | Bioinformations | bioinformatique | Scoop.it
Les Bioinformations rebondissent sur le débat des blogs scientifiques.
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Methods to study splicing from high-throughput RNA sequencing data | RNA-Seq Blog

Methods to study splicing from high-throughput RNA sequencing data | RNA-Seq Blog | bioinformatique | Scoop.it
Sounds interesting.
via https://twitter.com/SAGRudd/status/436742116442931200
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Soirée BED & FASTA !

Soirée BED & FASTA ! | bioinformatique | Scoop.it
bed & fasta
Après la petite histoire de l’analyse des séquences d’ADN, voici un tutoriel pour apprendre quelques trucs et astuces dans ce domaine.
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Etre jugé par ses pairs en sciences : un privilège d’homme ?

Etre jugé par ses pairs en sciences : un privilège d’homme ? | bioinformatique | Scoop.it
Cliquez sur l’image Ca fait plusieurs fois que je participe à des comités ou jurys d’un type ou d’un autre, dans lesquels un certain nombre d’hommes (dont moi) jugent une jeune femme : jurys de thèse, comités de pilotage, commissions de...
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Single-cell sequencing : le séquençage à la cellule près

Single-cell sequencing : le séquençage à la cellule près | bioinformatique | Scoop.it
Cellules d'oignon (CC BY Scphillips)
Dans la grande famille du séquençage, on distingue le DNAseq et le RNAseq. Le premier capture la séquence d'ADN contenue dans un organisme, un tissu, une tumeur.
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Qlucore, logiciel pour la bioinformatique - Images des mathématiques

Qlucore, logiciel pour la bioinformatique - Images des mathématiques | bioinformatique | Scoop.it

Grâce aux avancées technologiques des dernières décennies, il y a eu une augmentation phénoménale de la quantité de mesures « à haut débit » de ce que l’on nomme les « Omics-data » . Le grand défi pour toute la communauté académique est de tirer des conclusions biologiques utiles à partir de ces ensembles de données qui s’accumulent rapidement.

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Les mélanges gaussiens

Les mélanges gaussiens | bioinformatique | Scoop.it
Un boa qui a mangé trois éléphants. La plupart des mesures que l'on obtient des expériences en biologie suivent approximativement une distribution dite "normale", ou "gaussienne", dont la densité a la forme d'une cloche, symétrique avec un unique...
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Formation NGS : Analyse de données ChIP-Seq avec Galaxy

Tutoriel Galaxy pour la réalisation d'une analyse de données ChIP-Seq. Formateur : Jean-Charles Cadoret. Vidéo réalisée dans le cadre de la formation en bio-...
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Un site web est-il scientifiquement sérieux ? Le test #OGM + #climat

Un site web est-il scientifiquement sérieux ? Le test #OGM + #climat | bioinformatique | Scoop.it
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Quand je blogue sur des sujets écologiquement sensibles, commes les OGM, j’ai pas mal de liens ou de commentaires depuis des sites plus ou moins militants.
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Rescooped by Félix from Data is Beautiful
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Dynamic Visualization of Biomedical Journals 2003-2012

Dynamic Visualization of Biomedical Journals 2003-2012 | bioinformatique | Scoop.it
An animated bubble plot of nearly four-thousand biomedical journals over ten years reveals success, decline and the shifting nature of science publishing.

Via blogbrevity
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Laura Perez's curator insight, October 9, 2013 9:51 AM

Aunque es un gráfico muy bonito hay algunos datos que se han procesado de manera no muy comprensible pero... se puede tener en cuenta a la hora de buscar referéncias. :)!

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Bioinformatician’s Pocket Reference !! | !nfoplatter

Bioinformatician’s Pocket Reference !! | !nfoplatter | bioinformatique | Scoop.it
TD;LR
via http://links.yome.ch/?Sprn7Q
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Recherche française: des laboratoires vidés de leurs jeunes | Le Figaro

Recherche française: des laboratoires vidés de leurs jeunes | Le Figaro | bioinformatique | Scoop.it
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Julia: le successeur de R ?

Julia: le successeur de R ? | bioinformatique | Scoop.it
Logo du langage Julia.
Source: http://julialang.org/
Actuellement le langage R est incontournable pour qui veut manipuler des données en bioinformatique, en particulier pour l'analyse statistique.
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Parser des fichiers HTML en Python

Parser des fichiers HTML en Python | bioinformatique | Scoop.it
I can haz HTML (CC-BY Tomomi)
Langage : Python
Bibliothèques : bioservices, HTMLParser, re (partiellement)
Niveau : débutant-intermédiaire
Dans un article précédent, je vous ai présenté le module bioservices en Python.
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L’open access ne nuit pas à la qualité scientifique

L’open access ne nuit pas à la qualité scientifique | bioinformatique | Scoop.it
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Un billet sur le blog Alambic de la bibliothèque de Clermont-Ferrand, sur Hypotheses.org, pose la question « L’open access nuit-il à la qualité scientifique ? » (explication de ce qu’est l’open access dans ce billet).
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Introduction aux ontologies

Introduction aux ontologies | bioinformatique | Scoop.it
Qu'est-ce que c'est ?
Les ontologies telles qu'on les emploie en informatique (car le concept est philosophique avant tout) ont d'abord été mises au point pour l'intelligence artificielle.
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Bioservices, un module Python très utile

Bioservices, un module Python très utile | bioinformatique | Scoop.it
Logo officiel du langage de programmation Python |Tous droits réservés
Dans notre domaine si vaste, il existe de nombreuses bases de données (cf.
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Formaliser ses protocoles avec Snakemake

Formaliser ses protocoles avec Snakemake | bioinformatique | Scoop.it
Vous avez dit protocole?
Mon prochain protocole. Sans aucun doute un pas de géant pour la science.
Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental.
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