Outils de veille scientifique
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Les (big) data : un relais de croissance stratégique pour les fournisseurs d’information spécialisée face à la "commodification" des contenus ?

Les (big) data : un relais de croissance stratégique pour les fournisseurs d’information spécialisée face à la "commodification" des contenus ? | Outils de veille scientifique | Scoop.it

Les mutations de l’économie de la connaissance à l’ère digitale génèrent des bouleversements profonds sur les modèles économiques et les métiers des acteurs qui la composent et que le GFII (Groupement Français de l’Industrie de l’Information) a vocation à rassembler : éditeurs professionnels, scientifiques, juridiques, grossistes de données, "infomédiaires" et fournisseurs de solutions de traitement de l’information (veille, agrégateurs, moteurs de recherche, etc.).

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Cinq compagnies contrôlent plus de la moitié de la communication ... - Techno-science.net

Cinq compagnies contrôlent plus de la moitié de la communication ... - Techno-science.net | Outils de veille scientifique | Scoop.it
Une étude menée à l'Université de Montréal démontre que suite à une importante vague de fusions et d'acquisitions, la part de marché des cinq maisons de publication de recherche...
Christophe Sabatier, PhD's insight:

La concentration des revues chez quelques éditeurs maintient des tarifs d'accès à l’information scientifique ce qui limite la diffusion des connaissances et rends la veille scientifique plus couteuse et moins efficace.

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La méthode pour ne plus haïr PubMed (3) : deux paradoxes

La méthode pour ne plus haïr PubMed (3) : deux paradoxes | Outils de veille scientifique | Scoop.it

Le paradoxe de la recherche
Il s’énonce ainsi : il n’y a qu’une seule bonne façon de formuler la première équation, mais il faudra toujours la reformuler.

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La méthode pour ne plus haïr PubMed (1) : deux enfants

La méthode pour ne plus haïr PubMed (1) : deux enfants | Outils de veille scientifique | Scoop.it

Le livre numérique « la méthode pour ne plus haïr PubMed » est disponible sur  Google Play, ITunes.
Il est principalement destiné aux tablettes, la lisibilité sur smartphone étant limitée.

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SVT : initier à la veille scientifique en 4e

SVT : initier à la veille scientifique en 4e | Outils de veille scientifique | Scoop.it
“Modalités : discipline : SVT niveau : 4e effectif : demi-classe durée : 1 séance de présentation de 55 min, puis les élèves viennent au CDI sur leur temps libre pour préparer l'exposé qu'ils présen...”
Christophe Sabatier, PhD's insight:
Une initiative courageuse en France, pays qui n'a pas de culture informationnelle. Ici on pense que l'information et son accès doivent être gratuites et qu'il est facile d'être bien informé malgré les 2 millions de brevets et 2 millions de publications publiés chaque année.
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Le paradoxe de PubMed

Le paradoxe de PubMed | Outils de veille scientifique | Scoop.it

Après quinze ans de « contacts » quasi quotidiens avec PubMed/MEDLINE, j’en suis arrivé à la conclusion suivante :
il n’y a qu’une seule bonne façon de formuler la première équation de recherche, mais cette première équation n’est jamais la bonne et doit toujours être reformulée.


Via SNJMG
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Scirus, l'outil le plus complet de la recherche scientifique sur le web, va disparaître début 2014 !

Scirus, l'outil le plus complet de la recherche scientifique sur le web, va disparaître début 2014 ! | Outils de veille scientifique | Scoop.it
Scirus is the most comprehensive science-specific search engine on the Internet. Driven by the latest search engine technology, Scirus searches millions science-specific Web pages.
Christophe Sabatier, PhD's insight:

Pour assurer une transition en douceur, Elsevier nous informe dès maintenant de l’arrêt de Scirus afin que nous ayons suffisamment de temps pour trouver une solution de recherche alternative pour la recherche de contenu scientifique. Mais quelle alternative si ce n’est Google Scholar comme outil gratuit pour faire sa veille scientifique ? Avec Scirus, la recherche de documents scientifiques pouvait se faire sur des sources qualifiées, au contraire de Google Scholar dont la couverture réelle n’est pas connue précisément (voir comparatif sur http://toupourleco.wordpress.com/2011/06/07/scirus-google-scholar/). La qualité des résultats des recherches obtenus avec Google Scholar n’atteint pas celle des bases de données classiques. Il ne reste plus qu’à faire sa veille scientifique sur des outils payants comme Web of science ou … Scopus d’Elsevier ! Ne s’agit-il pas tout simplement d’une décision purement commerciale afin d’obliger les utilisateurs de Scirus à passer sur Scopus ?

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Trois remarques à propos d’une récente comparaison entre PubMed et Google Scholar

Trois remarques à propos d’une récente comparaison entre PubMed et Google Scholar | Outils de veille scientifique | Scoop.it

Journal of Medical Internet Research (JMIR) a publié dans son numéro d’aout 2013 un article intitulé “Retrieving Clinical Evidence : A Comparison of PubMed and Google Scholar for Quick Clinical searches ».

Contrairement à plusieurs confrontations précédentes, Google Scholar s’en tire bien et décroche la médaille haut la main.

Christophe Sabatier, PhD's insight:

A lire sur "Le blog de phe", cette intéressante analyse d'un article comparant PubMed et Google Scholar, lequel semble gagner. C'était déjà le cas dans une précédente étude signalée par Hervé Basset (http://scienceintelligence.wordpress.com/2012/08/27/reading-is-google-scholar-better-than-pubmed/). Mais cette fois, Philippe Eveillard démontre que cette étude compare  des carottes et des navets et que les outils ne sont pas (souvent) utilisés à bon escient. Ni au maximum de leurs fonctionnalités d'ailleurs. Les outils grands publics seront toujours préférés par les non-veilleurs parce qu'ils ne nécessitent aucun apprentissage. Et "phe" de conclure que "Google Scholar, ça ne sert à rien, c’est « juste pour voir »… comme au poker !"

Malheureusement, ces pratiques font qu'en France, les chercheurs ou les entreprises pensent pouvoir se passer des professionnels de la veille.

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Stéphane Crémier's curator insight, September 23, 2013 4:16 AM

Deux outils complémentaires, aux objectifs et fonctionnements différents. Attention aux raccourcis trop souvent entendus et à la paresse qui pousse dans les bras du géant accueillant !

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Les bibliothèques clandestines de l'édition scientifique - Le Monde

Les bibliothèques clandestines de l'édition scientifique - Le Monde | Outils de veille scientifique | Scoop.it

Des millions d’articles scientifiques, de livres et de manuels peuvent être téléchargés gratuitement.

Sur le Web, dans des endroits discrets car non indexés par les moteurs de recherche, existent de véritables bibliothèques clandestines, fournissant gratuitement leurs contenus.

Christophe Sabatier, PhD's insight:

La situation d'oligopole de l'édition scientifique pousse certain à des pratiques alternatives pour pouvoir accéder aux articles scientifiques à moindre coût. De pratiques, parfois illégales selon le droit d'auteur détourné par les éditeurs, qui sont amenées à se développer. Sauf si la neutralité du Net ou des traités comme TTIP/TAFTA viennent au secours des grands éditeurs.

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La méthode pour ne plus haïr PubMed (4) : synthèse

La méthode pour ne plus haïr PubMed (4) : synthèse | Outils de veille scientifique | Scoop.it

Dans PubMed, la difficulté ne vient ni du concept d’affiliation descripteur/qualificatif, ni de la technicité de la navigation dans l’interface, mais :
– de la tendance à la googlisation systématique de toutes les requêtes quelque soit l’outil de recherche,
– et du refus des internautes « d’approcher » les fondamentaux (le B.A-BA) des techniques documentaires.

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Pourquoi un livre numérique sur PubMed ? (2)

Pourquoi un livre numérique sur PubMed ? (2) | Outils de veille scientifique | Scoop.it

Pour faire mieux que les copies d’écran
Les brochures-modes d’emploi, diapositives et autres vidéos bourrées de copie d’écran n’ont plus lieu d’être. Deux raisons à cela. Les (trop) fréquentes évolutions de l’interface rendent obsolètes ces copies d’écran au bout de quelques mois.

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Dijon : l'intelligence économique vue par Oncodesign - Traces Ecrites | L'actualité économique de Bourgogne,

Dijon : l'intelligence économique vue par Oncodesign - Traces Ecrites | L'actualité économique de Bourgogne, | Outils de veille scientifique | Scoop.it
“Traces Ecrites | L'actualité économique de Bourgogne, Dijon : l'intelligence économique vue par Oncodesign Traces Ecrites | L'actualité économique de Bourgogne, Il en couvre tout l'éventail avec une stratégie très élaborée qui va de la protection...”
Christophe Sabatier, PhD's insight:
Peu de Biotech françaises osent faire de la veille et encore moins de l'IE de manière approfondie parce qu'elles pensent que ces activités ne sont qu'un coût et qu'elles peuvent le faire en interne avec des outils gratuits et sans personnel formé.
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Sur “Les dérives de la bibliométrie” | Data Sciences Sociales

Sur “Les dérives de la bibliométrie” | Data Sciences Sociales | Outils de veille scientifique | Scoop.it
“Faut-il brûler le Web of Science ? Là où l'ouvrage de Gingras se démarque des discours classiques sur la bibliométrie, c'est qu'il propose non pas de jeter mais de s'en réapproprier les données et les outils, actuellement ...”
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Comment explorer la partie non indexée de PubMed ?

Comment explorer la partie non indexée de PubMed ? | Outils de veille scientifique | Scoop.it
La réponse est dans l’article publié en juillet 2013 dans BMC Medical Research Methodology. J’ai l’article sous le coude depuis le début de l’été, mais sa méthodologie est tellement « tordue » que je repousse chaque jour le moment de la décrire.
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Enfin une version avancée de Pubmed pour trier les publications par citation ?

Enfin une version avancée de Pubmed pour trier les publications par citation ? | Outils de veille scientifique | Scoop.it

Développé en collaboration avec des associations de thésards, des chercheurs en Life Sciences et des leaders d’opinion, PubAdvanced est comme Pubmed (« open access », même résultats de recherche, même look) avec en plus des fonctionnalités avancées afin d’économiser votre temps dans vos recherches bibliographiques et contribuant à lier le monde académique et industriel par le partage d’informations supplémentaires 

Christophe Sabatier, PhD's insight:

Le réseau professionnel des acteurs des sciences du vivant, Biowebspin, annonce l’arrivée de PubAdvanced, une nouvelle alternative de PubMed ayant plein de fonctionnalités avancées. Hervé Basset (http://scienceintelligence.wordpress.com/) en recense déjà plus d’une trentaine (voir http://www.slideshare.net/hbasset/how-many-medline-platforms-on-the-web), dont certaines vraiment utiles (GoPubMed, Qurtle, PubFocus, Pubget ou Biblimed).

 

Alors que peut bien apporter cette énième copie de PubMed ?

 

Les concepteurs l’affirment (http://goo.gl/haqOz3), PubAdvanced est doté de fonctionnalités avancées telles que :

 

- Trier les publications scientifiques en fonction de leur influence et importance.

@ Le score CitImpact combine différents indicateurs numériques existants (Journal Impact Factor, 5-Year Journal Impact Factor, the Eigenfactor score, the Article Influence), mais quelle est la méthode utilisée ? Ce score est-il pertinent ? Qu’apporte-t-il par rapport aux précédents qui montrent des limites (voir http://www.mysciencework.com/fr/news/6290/les-indicateurs-de-l-evaluation-de-la-recherche-de-l-impact-factor-a-l-h-index) ?

 

- Rechercher simultanément des brevets à partir de WIPO, USPTO, EPO.

@ La recherche « betahistine » donne 5 résultats dans PubAdvanced contre 45 pour Patentscope du WIPO ! Pire, ces 5 résultats renvoient vers le site … Espacenet. Et cetera … A l’heure de la mondialisation, la veille brevet à partir de sources gratuites (couverture réduite et sans fonctionnalités avancées) n’est pas conseillée. C’est bien mal connaître les brevets et les base brevet que de proposer un outil de recherche aussi pauvre. Surtout comparé aux outils professionnels comme Orbit, Thomson Innovation ou STN avec leurs nombreuses fonctionnalités à valeur ajoutée (voir le guide WIPO sur les différents outils http://www.wipo.int/freepublications/fr/patents/434/wipo_pub_l434_11.pdf)

 

- Chercher les publications scientifiques en accès gratuit sur Internet.

@ C’est la finalité de Pubget et c’est également possible avec PubMed (« Free Full Text » et PubMed Central). D’ailleurs il semble que PubAdvanced ne fait que reprendre les données de PubMed Central mais avec un bug sur le nombre d’articles (le 23/09/13, la requête « betahistine » donne 409 full-text dans PubAdvanced au lieu de 158 dans PubMed Central. En fait, 409 c’est le nombre de références dans PubMed).

 

- Suivre les tendances des publications et des brevets dans votre secteur d’activité.

@ Pour les publications, GoPubMed propose des statistiques très détaillées ainsi qu’une cartographie des relations entre les auteurs de votre recherche bibliographique.

 

- Gérer votre bibliographie, i.e. exporter vos publications, brevets, et protocoles dans votre EndNote.

@ Déjà possible pour les publications avec PubMed !

 

- De filtrer sa recherche initiale avec des « keywords »

@ Cette fonctionnalité, importante lorsque l’on fait une recherche bibliographique n’est malheureusement pas très efficace : en effet les « keywords » sont limités (par exemple pas de « adverse effects »), la liste disponible est statique et les ne semblent pas correspondre aux qualificatifs (« Subheadings ») de l’indexation MeSH de la base de données Medline disponible dans PubMed.

 

PubAdvanced veut que ses utilisateurs économisent leur temps dans leurs recherches bibliographiques mais si la recherche n'est pas fiable ni exhaustive, le coût final risque d'être très lourd pour le chercheur ou l'industriel. Au final, beaucoup d’alternatives à PubMed veulent « simplifier » la recherche bibliographique dans Medline sans tenir compte des spécificités de cette base (indexation, synthaxe de recherche) alors même que le NCBI a doté son outil d’une fonction de recherche sémantique afin d’aider les non-spécialistes dans leurs recherches. Il en est de même pour les bases brevets qui permettent l’interrogation sur la classification internationale des brevets (CIB), ce que ne font pas Google Patent ou PubAdvanced.

 

Alors que la quantité d'informations publiées et la mondialisation de l’accès à l’information s’amplifient, il est illusoire de faire croire que l’on peut simplifier la veille, notamment scientifique et technique. Les outils spécialement dédiés (PubMed, Orbit, …) et les professionnels qui maitrisent ces outils et leurs langage d’interrogation permettent de garantir une grande fiabilité et une quasi-exhaustivité pour des veille scientifiques et technologiques efficaces.

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Stéphane Crémier's curator insight, September 24, 2013 5:45 PM

A lire le long commentaire posté par C.Sabatier, on continuera de penser qu'une bonne maîtrise de PubMed résiste encore aux prétendues innovations logicielles...

Spinotech's comment, September 25, 2013 5:00 AM
Qu’est-ce que PubAdvanced, à quel besoin répond-il et à qui s’adresse-t-il ?
PubAdvanced a été créé à la demande de chercheurs et d’organismes de valorisation qui souhaitent avoir les mêmes résultats que Pubmed avec une interface analogue et la possibilité de trier les publications en fonction de leurs importances. Pubmed ne permet pas de trier les résultats par leur nombre de citations au contraire de Google Scholar. Ainsi, PubAdvanced propose une solution venant d’un besoin de sa communauté de professionnels en Life sciences pour trier les publications en fonction de leurs importances. Plus une publication est citée, mieux cette dernière est appréciée par son audience. Toutefois, une publication citée une dizaine de fois dans des journaux à faible impact factor, n’a pas la même importance qu’une publication citée le même nombre de fois dans des journaux à plus fort impact factor. C’est dans le but d’apporter de la clarté entre le nombre de citations des publications et l’influence des journaux les citant que le CitImpact a été développé. PubAdvanced, avec le CitImpact, propose donc de trier les publications en fonction du nombre de citations, pour une publication donnée, mais également de l’importance des journaux la citant, i.e. déterminer par la moyenne des différents indices déjà existant: Impact Factor, Eigenfactor (pour plus d’information veuillez consulter http://www.biowebspin.com/pubadvanced/about-citimpact/).
Parmi les autres versions de Pubmed, Seul PubFocus propose de trier par l’importance des journaux. Malheureusement, si vous le testez, la fonction « sorted results » ne fonctionne pas. En ce qui concerne les autres versions de Pubmed, leurs fonctions sont différentes. Par exemple, elles sont orientées principalement vers l‘achat simplifié de publications et la réorganisation des résultats par nuages de mots sur une thématique.

Faire une même recherche de brevets et de publication sur différentes plateformes est laborieux en termes de temps. PubAdvanced permet de synchroniser ces recherches afin d'obtenir une seule liste de résultats, que l'utilisateur exploitera à sa convenance, à partir de plusieurs bases de données disponibles sur le Web. Ainsi, PubAdvanced permet une recherche simultanée dans les bases de brevets les plus importantes (WIPO,EPO,USPTO). Le but est de gagner du temps : 5 résultats sont présentés et si l’utilisateur souhaite davantage de résultat, il est redirigé directement sur la page des résultats des différentes bases de données. PubAdvanced ne s’adresse pas à des spécialistes des brevets.

Enfin, un besoin très important des chercheurs est de trouver des protocoles. PubAdvanced en compte plus de 17000.

PubAdvanced répond à des besoins demandés par sa communauté. D’ailleurs, depuis son lancement, la semaine dernière, PubAdvanced compte déjà plus de 1500 utilisateurs...
Christophe Sabatier, PhD's comment, September 25, 2013 5:44 AM
@Spinotech. Merci de votre réponse très détaillée. Soyons clair, mon commentaire n'avais pas pour but de "démolir" votre outil. En tant que professionnel de la veille, je souhaitais réagir afin de sensibiliser la communauté scientifique sur les limites des outils gratuits, sur l'existence d'outils beaucoup plus appropriés et des professionnels qui sont à sa disposition pour effectuer des veilles plus approfondies.

Parmi les précisions que vous apportez, permettez moi de répondre :

"PubAdvanced propose une solution venant d’un besoin de sa communauté de professionnels en Life sciences pour trier les publications en fonction de leurs importances."
@ Pubmed permet un tri par pertinence par rapport à la requête, mais effectivement pas par citation. Pour cela il existe des outils pro (Scopus, Web of Science ou STN) qui le permettent sur des requêtes avancées.

"Faire une même recherche de brevets et de publication sur différentes plateformes est laborieux en termes de temps."
@ Justement il existe des outils pro comme Orbit et Thomson Innovation qui ont une très large couverture (85 offices pour Orbit) et des fonctionnalités très avancées que n'ont pas votre outil ni les autres gratuits d'ailleurs.

"PubAdvanced ne s’adresse pas à des spécialistes des brevets."
@ Effectivement mais je m'interroge sur la pertinence de faire une recherche brevet avec des outils gratuits lorsque le business d'une entreprise est en jeu lors d'un dépôt de brevet ? Il s'agit de bien évaluer le coût si un brevet gênant n'a pas identifié avant l'étape de R&D ou le dépôt de son brevet.

Cordialement