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Single-cell genome sequencing gets better and better

Single-cell genome sequencing gets better and better | Noticias ciencia y tecnología | Scoop.it

Researchers led by bioengineers at the University of California, San Diego have generated the most complete genome sequences from single E. coli cells and individual neurons from the human brain. The breakthrough comes from a new single-cell genome sequencing technique that confines genome amplification to fluid-filled wells with a volume of just 12 nanoliters. "Our preliminary data suggest that individual neurons from the same brain have different genetic compositions. This is a relatively new idea, and our approach will enable researchers to look at genomic differences between single cells with much finer detail," said Kun Zhang, a professor in the Department of Bioengineering at the UC San Diego Jacobs School of Engineering and the corresponding author on the paper.

 

The researchers report that the genome sequences of single cells generated using the new approach exhibited comparatively little "amplification bias," which has been the most significant technological obstacle facing single-cell genome sequencing in the past decade. This bias refers to the fact that the amplification step is uneven, with different regions of a genome being copied different numbers of times. This imbalance complicates many downstream genomic analyses, including assembly of genomes from scratch and identifying DNA content variations among cells from the same individual.

 

Sequencing the genomes of single cells is of great interest to researchers working in many different fields. For example, probing the genetic make-up of individual cells would help researchers identify and understand a wide range of organisms that cannot be easily grown in the lab from the bacteria that live within our digestive tracts and on our skin, to the microscopic organisms that live in ocean water. Single-cell genetic studies are also being used to study cancer cells, stem cells and the human brain, which is made up of cells that increasingly appear to have significant genomic diversity.


Via Dr. Stefan Gruenwald, Eduardo Camina Paniagua
Eduardo Camina Paniagua's insight:
DNA sequencing is the process of determining the precise order of nucleotides within a DNA molecule. It includes any method or technology that is used to determine the order of the four bases in a strand of DNA. The advent of rapid DNA sequencing methods has greatly accelerated biological and medical research and discovery.

Knowledge of DNA sequences has become indispensable for basic biological research, and in numerous applied fields such as diagnostic, and biological systemathics. The rapid speed of sequencing attained with modern DNA sequencing technology has been instrumental in the sequencing of complete DNA sequences, or genomes of numerous types and species of life, including the human genome and other complete DNA sequences of many animal, plant, and microbiall species.

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http://elpais.com/elpais/2013/10/18/eps/1382118764_024921.html El poder de lo pequeño - EL PAÍS Un avión parte de Moscú con destino a Madrid, pero sufre una avería inadvertida en su sistema de navegación que crea una mínima desviación del rumbo de menos de un grado. El avión acaba aterrizando en Mallorca. ¿Cómo se desvió tanto? Un grado es muy poco, sin embargo, ese pequeño desajuste durante cinco horas de vuelo crea una enorme diferencia en el resultado. Cuando hablamos de comportamientos humanos durante… ¡toda una vida!, las desviaciones son aún mayores. En realidad, lo que determina lo que conseguimos no son las grandes decisiones, sino las menores y los actos cotidianos. En este artículo trataremos sobre cómo las personas pueden alejarse de sus deseos y objetivos si no disponen de un plan de vuelo y un sistema de navegación perfectamente ajustados. Dos hermanos comparten la misma familia, genética, posibilidades y educación, entorno…, y, sin embargo, con el paso de los años, sus vidas se hacen cada vez más diferentes. Básicamente hay tres factores que influyen en esa divergencia: sus elecciones, sus acciones y sus relaciones. Lo cierto es que no podemos “no elegir”. No tomar una decisión es, en realidad, tomar una: demorarla. De modo que estamos decidiendo o dejando de hacerlo, cada día. Y lo que acaba ocurriendo es que la vida es el resumen de todas ellas, sean menores o mayores. Cualquier cosa que acaba entrando en nuestras vidas es la consecuencia de una cadena de actos y caminos que elegimos o no. Las decisiones mayores son aquellas que se toman conscientemente y suelen requerir a veces ayuda de terceros en forma de consejo, pero siempre tiempo de reflexión. Las menores son las que se deciden casi sin pensarlo y acaban creando un efecto compuesto. De las dos, son las pequeñas elecciones las que se acumulan día tras día y marcan una gran diferencia. Tomar decisiones sabias es más sencillo cuando se tienen claros cuáles son los valores prioritarios y adónde se va. Para no equivocarse conviene hacerse esta sencilla pregunta: ¿la dirección que voy a tomar concuerda con lo que me importa prioritariamente en la vida? Para conseguir grandes resultados no es preciso llevar a cabo grandes acciones, sino pequeñas repetidamente a lo largo del tiempo. El éxito es el efecto acumulado de hábitos insignificantes. Y el truco está en insistir en un comportamiento positivo el tiempo suficiente como para que marque una distinción significativa a medio plazo. Es el poder de las pequeñeces acumuladas. Ganar es el resultado de una suma de costumbres; perder, también. Es algo que saben muy bien los deportistas. Por ejemplo, Michael Phelps es un brillante modelo del poder multiplicativo del hábito. Sus rutinas de entrenamiento son muy estrictas, previsibles, sistemáticas. Es obvio que su anatomía estaba diseñada para ganar, pero su enorme éxito es fruto de su persistencia. A menudo, para implementar una rutina, las personas recurren a la fuerza de voluntad. Es un error. Están luchando consigo mismas, y, a la larga, abandonarán, porque la lucha desgasta. ¿Cuál es la alternativa? La mo­­tivación. Establecer un hábito nuevo solo tiene futuro cuando concuerda con los valores principales de la persona. El poder de algo que nos estimula disuelve las luchas internas y proporciona combustible mental para pasar a la acción. Sin tener en cuenta en cualquier elección esos valores básicos, las personas caen víctimas de sus contradicciones internas y dejan de perseguir sus deseos y sus sueños. Por suerte, todo lo que se aprende en la vida puede reaprenderse. Los hábitos no son una excepción a esta regla y se pueden cambiar. El mejor modo de terminar con uno negativo es empezar uno nuevo y positivo que lo sustituya, y que esté propulsado por la fuerza imbatible de la motivación. “El mundo entero se aparta cuando ve pasar a un hombre que sabe adónde va” Antoine de Saint-ExupÉry
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África necesita confianza para aceptar biotecnología :: El Informador

África necesita confianza para aceptar biotecnología :: El Informador | Noticias ciencia y tecnología | Scoop.it
En África es más difícil establecer confianza en cultivos biotecnológicos destinados al consumo humano...

Via Julia Mendoza Roy
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Consideraciones sobre bioseguridad en la práctica de la autopsia. Biosafety considerations for autopsy practice

Consideraciones sobre bioseguridad en la práctica de la autopsia. Biosafety considerations for autopsy practice | Noticias ciencia y tecnología | Scoop.it

http://amplia-mente.com/?p=546


Via Sebastian Diaz
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Sebastian Diaz's curator insight, October 14, 2013 3:25 AM

La realización de cualquier trabajo lleva consigo la posibilidad de sufrir una lesión o daño, de forma directa o indirecta, derivado de dicha actividad laboral. La única forma de disminuir la gravedad de dicho daño es extremar las medidas de prevención del riesgo que se presenta.

En España la legislación vigente en esta materia queda recogida en la Ley 31/1995 de 8 de Noviembre de Prevención de Riesgos Laborales, donde se recoge que “la prevención es el conjunto de actividades o medidas adoptadas o previstas en todas las fases de la actividad de la empresa con el fin de evitar o disminuir los riesgos derivados del trabajo”.

The performance of any work involves the possibility of injury or damage, directly or indirectly derived from such work activity. The only way to reduce the severity of that damage is extreme risk prevention measures. In Spain the legislation in this matter is contained in Ley 31/1995 de 8 de Noviembre de Prevención de Riesgos Laborales, where it is stated that “prevention is the set of activities or actions taken or planned in all phases of the activity company in order to avoid or reduce risks arising from work “. As stated in this law, is mandatory to perform an analysis of the risks in each position and develop a prevention plan and action in case of accidents. Among the preventive measures include the use of personal protective equipment (suitable gloves, glasses, safety masks, gowns and shoes, etc.), the technical characteristics of the facilities where they practice autopsies, vaccination of staff at risk and especially and fundamentally should formative and informative training courses for staff at risk know what these risks are and how to act in front of them in a timely and in accidents which is the mode of action in each times. Both in conducting risk map as prevention plans at any time should have personnel is exposed, so it should be to promote training courses for staff. But all this now absent and we who are the major stakeholders and affected should be the first to be consulted, which as always the public forgets.

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Berenjena transgénica

Berenjena transgénica | Noticias ciencia y tecnología | Scoop.it
En Bangladesh:
El Comité Nacional de Bioseguridad (BCN) lanzó oficialmente el primer cultivo de alimentos genéticamente modificados (GM) del país, berenjenas, a las que se le infunde con el gen resistente a las plagas.

 

Información relacionada en Toca Comer: http://adf.ly/1861940/toca-comer


Via Barzanallana
Eduardo Camina Paniagua's insight:

A la hora de sacar al mercado estos productos  en la creaccion de nuevos hay que tener en cuenta el principio de precaución. El problema es que cada uno lo aplica de una manera distinta, ya que los riesgos no están claros.

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5 prácticas deshonestas (y compartidas) entre las tabacaleras y la industria farmacéutica

5 prácticas deshonestas (y compartidas) entre las tabacaleras y la industria farmacéutica | Noticias ciencia y tecnología | Scoop.it
El tabaco y los medicamentos son un gran negocio. En este recorrido revisamos sólo algunas de las muchas cosas que estas industrias hacen para que el público siga consumiéndolas.

 

1. Mantienen descubrimientos nocivos para el negocio fuera del alcance del público

Tanto las tabacaleras como las farmacéuticas niegan la presencia de sustancias dañinas en sus productos, gastando millones de dólares tratando de desacreditar investigaciones que pongan en riesgo su negocio.

 

2. Ambas crean pruebas fraudulentas y sobornan investigadores para producir resultados deseados

Muchas investigaciones sirven para generar datos que avalen productos dañinos. A diferencia de los laboratorios estatales, las farmacéuticas y tabacaleras no están sujetas a estrechos presupuestos, por lo que el supuesto doctor Fulanito de Tal de una ignota Universidad de Nueva Zelanda que afirma que los cigarrillos mejoran la presión sanguínea probablemente es una estafa.

 

3. Ambos se dirigen a dos públicos: Hollywood y los niños

El cigarrillo ha sido un emblema del cine desde sus inicios, pero puede deberse menos a la estética que a una extensa campaña publicitaria. Durante los 80, algunas compañías impulsaron además la asociación entre glamour y tabaco al regalarles cigarrillos a los actores. En el caso de los niños se torna siniestro con personajes como Joe Camel.

 

4. Ambas están ligadas al crimen organizado

Se estima que uno de cada tres cigarrillos se venden en el mercado negro. Esto es posible utilizando la misma infraestructura industrial de las tabacaleras: el mercado de los cigarrillos ilegales florece en cualquier ciudad, pero no se trata de compañías de tabaco fuera de la ley en todos los casos, sino de las mismas tabacaleras importantes atacando otros nichos de mercado con productos de calidad inferior y potencialmente más nociva, si cabe, que los cigarros normales.

 

5.El gobierno permite que sigan operando gracias a que colocan información preventiva

El caso paradigmático son las fotos o leyendas de los riesgos para la salud que ilustran todas las cajetillas de cigarros. Incluso después de que se comprueban nuevos daños para la salud, las tabacaleras siguen operando, como en la película Thanks for smoking. En los medicamentos nocivos las demandas de los afectados llegarán, pero serán desestimadas rápidamente gracias a la presencia de advertencias. La otra cara de este aspecto son los infomerciales y el gusto por los diagnósticos rápidos, que hacen que la gente perfectamente sana quiera tomar pastillas, vitaminas y suplementos simplemente para “estar mejor”, en vez de hacer ejercicio y llevar una vida sana.

 

Saber más en el enlace


Via yolaterra
Eduardo Camina Paniagua's insight:

Los intereses económicos que producen ciertas sustancias permiten enriquecerse a unos pocos a costa de la salud de un gran porcentaje de la población. A pesar de ello muchos países siguen permitiendo la venta de este tipo de sustancias

 

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Genetically Modified Foods

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Some claim that genetically modified foods are safe and reduce world hunger, but they have actually been proven to be unhealthy and even deadly.

Via Troy Mccomas (troy48)
Eduardo Camina Paniagua's insight:

GM food Creaccion been a forward for the world and the possibility of cure world hunger, however uncontrolled use of these new foods can be harmful to the environment.

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Single-cell genome sequencing gets better and better

Single-cell genome sequencing gets better and better | Noticias ciencia y tecnología | Scoop.it

Researchers led by bioengineers at the University of California, San Diego have generated the most complete genome sequences from single E. coli cells and individual neurons from the human brain. The breakthrough comes from a new single-cell genome sequencing technique that confines genome amplification to fluid-filled wells with a volume of just 12 nanoliters. "Our preliminary data suggest that individual neurons from the same brain have different genetic compositions. This is a relatively new idea, and our approach will enable researchers to look at genomic differences between single cells with much finer detail," said Kun Zhang, a professor in the Department of Bioengineering at the UC San Diego Jacobs School of Engineering and the corresponding author on the paper.

 

The researchers report that the genome sequences of single cells generated using the new approach exhibited comparatively little "amplification bias," which has been the most significant technological obstacle facing single-cell genome sequencing in the past decade. This bias refers to the fact that the amplification step is uneven, with different regions of a genome being copied different numbers of times. This imbalance complicates many downstream genomic analyses, including assembly of genomes from scratch and identifying DNA content variations among cells from the same individual.

 

Sequencing the genomes of single cells is of great interest to researchers working in many different fields. For example, probing the genetic make-up of individual cells would help researchers identify and understand a wide range of organisms that cannot be easily grown in the lab from the bacteria that live within our digestive tracts and on our skin, to the microscopic organisms that live in ocean water. Single-cell genetic studies are also being used to study cancer cells, stem cells and the human brain, which is made up of cells that increasingly appear to have significant genomic diversity.


Via Dr. Stefan Gruenwald
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Eduardo Camina Paniagua's curator insight, November 19, 2013 1:55 AM
DNA sequencing is the process of determining the precise order of nucleotides within a DNA molecule. It includes any method or technology that is used to determine the order of the four bases in a strand of DNA. The advent of rapid DNA sequencing methods has greatly accelerated biological and medical research and discovery.

Knowledge of DNA sequences has become indispensable for basic biological research, and in numerous applied fields such as diagnostic, and biological systemathics. The rapid speed of sequencing attained with modern DNA sequencing technology has been instrumental in the sequencing of complete DNA sequences, or genomes of numerous types and species of life, including the human genome and other complete DNA sequences of many animal, plant, and microbiall species.

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Patentan un método para reducir los efectos secundarios de la quimioterapia / Noticias / SINC - Servicio de Información y Noticias Científicas

Patentan un método para reducir los efectos secundarios de la quimioterapia / Noticias / SINC - Servicio de Información y Noticias Científicas | Noticias ciencia y tecnología | Scoop.it
SINC, Servicio de Información y Noticias Científicas, plataforma multimedia de comunicación científica...

Via Julia Mendoza Roy
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eva gil's curator insight, November 5, 2013 6:28 AM

como hemos visto en clase las patentes en es Eapaña no son muy abundantes, pero este es un ejemplo de una patente en la rama sanitaria

bosco_emparanza's curator insight, November 26, 2013 12:03 PM

El Centro de Investigación Príncipe Felipe patenta un novedoso método de eliminación de metales en sangre, principal causante de los efectos secundarios en la quimioterapia.

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CREAN RED DE LABORATORIOS PARA ATENDER PROBLEMAS EN MATERIA DE BIOSEGURIDAD

CREAN RED DE LABORATORIOS PARA ATENDER PROBLEMAS EN MATERIA DE BIOSEGURIDAD | Noticias ciencia y tecnología | Scoop.it

Respaldar acciones y decisiones informadas, entre las finalidades...


Via Ursula Sola de Hinestrosa
Eduardo Camina Paniagua's insight:

Las garantías políticas sobre la salud de personas y animales suelen ser objeto de controversia. Dichas garantías pueden formar parte de casi cualquier medio para la organización de la supervivencia, incluyendo tanto sistemas políticos como económicos, doctrinas militares y pólizas de seguro. Los últimos retos se centran en la proliferación de amenazas biológicas, la dificultad de controlar la contaminación (en especial si es llevada a cabo por procesos naturales internos de una ecorregión), y numerosas barreras políticas con diferentes grados de justificación.

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Ana Martín Zabalegui's curator insight, October 20, 2013 5:22 AM

Todos los avances en principio son buenos, pero siempre hay que tener en cuenta su repercusión en nmuestro mundo. Laboratorios investigan la seguridad en elementos modificados genéticamente.

Rescooped by Eduardo Camina Paniagua from Noticias informatica by josem2112
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El primer hígado impreso en 3D saldrá al mercado el 2014 [Scoopit @josem2112]

El primer hígado impreso en 3D saldrá al mercado el 2014 [Scoopit @josem2112] | Noticias ciencia y tecnología | Scoop.it
Creado por Organovo, primero serán utilizados en la industria farmacéutica para luego poder ser trasplantados directamente en pacientes.

 

[Scoopit @josem2112]


Via José M García
Eduardo Camina Paniagua's insight:

La creación de órganos artificiales supondrá la creaccion de nuevas patentes ,problemas eticos y legales de hasta donde se puede llegar a pantentar. ¿es posible patentar un ser vivo entero en el futuro?

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Una nueva ley protegerá a los animales de la experimentación científica

Una nueva ley protegerá a los animales de la experimentación científica | Noticias ciencia y tecnología | Scoop.it
El Consejo de Ministros ha dado luz verde hoy a un anteproyecto para modificar la ley de 2007 para el cuidado de los animales en su explotación, transporte, experimentación y sacrificio, que transpone...

Via wizfun
Eduardo Camina Paniagua's insight:

La utilizacion de animales para llevar a cabo la labor de los investigadores es un tema controvertido en el que se discuten los límites de hasta donde podemos realizar experimentos con los animales. Es por ello porque se necesita una regulación.

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Alba Calvo Bacaicoa's curator insight, November 12, 2013 1:55 PM

En mi opinión, la experimentación con animales debería estar controlada, por lo que esta nueva ley me parece acertada. En cierto modo, la experimentación con animales puede parecer cruel, pero por otro lado, pienso que es imprescindible para probar ciertos productos  o medicamentos que pueden ser dañinos para el ser humano, protegiendo así su salud y seguridad. 

 
Asier Sanado Bonafonte's curator insight, December 1, 2013 7:15 AM

Este artículo trata sobre una ley necesaria en los tiempos que corren.

No es posible que en el siglo XXI haya empresas que lleven a los animales con los que experimentan a los límites del sufrimiento.

Es cierto que es en gran medida necesario investigar con animales pero también es cierto que hay que regular aun más cuando hacer estas experimentaciones, como hacerlas, disminuir al mínimo el sufrimiento de los animales y sobre todo potenciar la experimentación no animal en los casos en los que se pueda.

Rescooped by Eduardo Camina Paniagua from Noticias ciencia y tecnología
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Single-cell genome sequencing gets better and better

Single-cell genome sequencing gets better and better | Noticias ciencia y tecnología | Scoop.it

Researchers led by bioengineers at the University of California, San Diego have generated the most complete genome sequences from single E. coli cells and individual neurons from the human brain. The breakthrough comes from a new single-cell genome sequencing technique that confines genome amplification to fluid-filled wells with a volume of just 12 nanoliters. "Our preliminary data suggest that individual neurons from the same brain have different genetic compositions. This is a relatively new idea, and our approach will enable researchers to look at genomic differences between single cells with much finer detail," said Kun Zhang, a professor in the Department of Bioengineering at the UC San Diego Jacobs School of Engineering and the corresponding author on the paper.

 

The researchers report that the genome sequences of single cells generated using the new approach exhibited comparatively little "amplification bias," which has been the most significant technological obstacle facing single-cell genome sequencing in the past decade. This bias refers to the fact that the amplification step is uneven, with different regions of a genome being copied different numbers of times. This imbalance complicates many downstream genomic analyses, including assembly of genomes from scratch and identifying DNA content variations among cells from the same individual.

 

Sequencing the genomes of single cells is of great interest to researchers working in many different fields. For example, probing the genetic make-up of individual cells would help researchers identify and understand a wide range of organisms that cannot be easily grown in the lab from the bacteria that live within our digestive tracts and on our skin, to the microscopic organisms that live in ocean water. Single-cell genetic studies are also being used to study cancer cells, stem cells and the human brain, which is made up of cells that increasingly appear to have significant genomic diversity.


Via Dr. Stefan Gruenwald, Eduardo Camina Paniagua
Eduardo Camina Paniagua's insight:
DNA sequencing is the process of determining the precise order of nucleotides within a DNA molecule. It includes any method or technology that is used to determine the order of the four bases in a strand of DNA. The advent of rapid DNA sequencing methods has greatly accelerated biological and medical research and discovery.

Knowledge of DNA sequences has become indispensable for basic biological research, and in numerous applied fields such as diagnostic, and biological systemathics. The rapid speed of sequencing attained with modern DNA sequencing technology has been instrumental in the sequencing of complete DNA sequences, or genomes of numerous types and species of life, including the human genome and other complete DNA sequences of many animal, plant, and microbiall species.

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